单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-08-07	Human archetypal pluripotent stem cells differentiate into trophoblast stem cells via endogenous BMP5/7 induction without transitioning through naive state 2024-02-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-53381-w PMID:38332235	研究论文	本研究展示了人类原始多能干细胞可以通过内源性BMP5/7诱导分化为滋养层干细胞，无需经过原始状态	本研究首次证明了人类原始多能干细胞可以直接分化为滋养层干细胞，无需添加外源性BMP4，通过激活EGF和WNT通路以及抑制TGFβ、HDAC和ROCK信号通路	NA	探索人类多能干细胞向滋养层干细胞分化的机制	人类多能干细胞和滋养层干细胞	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个原始诱导多能干细胞和胚胎干细胞系
262	2024-08-07	Microglia sense astrocyte dysfunction and prevent disease progression in an Alexander disease model 2024-02-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awad358 PMID:37955589	研究论文	本研究探讨了微胶质细胞在亚历山大疾病模型中感知星形胶质细胞功能障碍并防止疾病进展的作用	首次展示了微胶质细胞通过P2Y12受体感知星形胶质细胞功能障碍，并通过改变形态和钙信号传导来保护对抗亚历山大疾病病理	NA	探究微胶质细胞在亚历山大疾病中的作用及其机制	微胶质细胞和星形胶质细胞在亚历山大疾病模型中的相互作用	神经科学	神经退行性疾病	免疫组织化学研究，钙成像，单细胞RNA测序，ATP成像	NA	图像数据	60TM小鼠模型和野生型小鼠
263	2024-08-07	A novel batch-effect correction method for scRNA-seq data based on Adversarial Information Factorization 2024-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011880 PMID:38386700	研究论文	本文提出了一种基于对抗信息分解的新型批次效应校正方法，用于单细胞RNA测序数据	该方法不依赖于细胞类型的先验知识或特定的标准化策略，适用于任何下游分析任务，并在多种情况下优于现有技术	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	白血病	scRNA-seq	对抗信息分解	基因表达数据	NA
264	2024-08-07	Lineage and ecology define liver tumor evolution in response to treatment 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101394 PMID:38280378	研究论文	本文通过单细胞转录组学方法，研究了肝癌患者肿瘤样本在治疗过程中的进化轨迹	提出了一种基于细胞谱系和生态学的评分系统，用于监测肿瘤在治疗干预下的进化	NA	研究肝癌在治疗反应中的进化机制	肝癌患者的肿瘤样本	数字病理学	肝癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	716名肝癌患者
265	2024-08-07	Multi-organ single-cell RNA sequencing in mice reveals early hyperglycemia responses that converge on fibroblast dysregulation 2024-02-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302003R PMID:38305779	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了糖尿病小鼠模型中多个器官对高血糖的早期转录反应	首次进行了单细胞和多器官分析，探讨了1型糖尿病相关高血糖的早期功能障碍	研究仅使用了小鼠模型，且仅分析了8周后的数据	探讨糖尿病早期高血糖对多个器官细胞类型的转录反应	心脏、肾脏、肝脏和脾脏的细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	67,611个细胞
266	2024-08-04	Single-cell insights into immune dysregulation in rheumatoid arthritis flare versus drug-free remission 2024-Feb-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45213-2 PMID:38316770	研究论文	本文探讨类风湿性关节炎（RA）在药物撤除后的免疫失调及其发作过程	提出了一种模型来理解RA的免疫失调，为治疗和预防提供了新的研究方向	研究主要集中在药物撤除后的短期效果，可能未能全面覆盖所有RA患者的情况	探讨类风湿性关节炎发作时的免疫机制	分析类风湿性关节炎患者在发作与药物撤除缓解状态下的免疫细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞测序和质谱细胞术	NA	细胞数据	研究涉及类风湿性关节炎患者的循环细胞亚群
267	2024-08-07	Baf-mediated transcriptional regulation of teashirt is essential for the development of neural progenitor cell lineages 2024-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01169-3 PMID:38374207	研究论文	研究通过遗传学方法破坏果蝇神经系统中的进化保守屏障自整合因子（Baf），利用单细胞RNA测序技术揭示了Baf敲降引起的转录组变化，特别是I型神经母细胞中的变化，并发现Baf与转录因子teashirt（tsh）共同作用于异染色质锚定至内核膜的过程，从而调控神经前体细胞谱系的发育	首次揭示了Baf介导的teashirt转录调控是一种新的分子机制，用于调节神经前体细胞谱系的发育	NA	探索异染色质锚定至内核膜的细胞类型特异性或上下文依赖性程序化调控对神经细胞发育的影响	果蝇神经系统中的Baf因子及其对神经前体细胞谱系发育的影响	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	果蝇神经系统中的I型神经母细胞
268	2024-08-07	IFN-γ decreases PD-1 in T lymphocytes from convalescent COVID-19 patients via the AKT/GSK3β signaling pathway 2024-02-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55191-6 PMID:38424104	研究论文	本文研究了康复期COVID-19患者中IFN-γ通过AKT/GSK3β信号通路降低T淋巴细胞PD-1表达的现象	首次揭示了IFN-γ通过AKT/GSK3β信号通路调控康复期COVID-19患者CD8 T细胞PD-1表达的机制	NA	探讨康复期COVID-19患者免疫状态异常的原因	康复期COVID-19患者的T淋巴细胞和免疫分子	免疫学	COVID-19	scRNA-seq	NA	细胞和蛋白质表达数据	康复期COVID-19患者的CD8 T细胞和血浆样本
269	2024-08-07	Integrated meta-omics reveals the regulatory landscape involved in lipid metabolism between pig breeds 2024-Feb-20, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-023-01743-3 PMID:38374121	研究论文	本文通过综合代谢组学和宏基因组学方法，揭示了不同猪品种间脂质代谢调控的分子机制	首次系统地研究了不同猪品种间脂质代谢的细胞和分子机制，为改善动物生产和人类疾病提供了新的视角	NA	探究不同猪品种间脂质代谢的调控机制	猪的空肠、结肠、肝脏和背最长肌组织的细胞类型	代谢组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两品种猪的多个组织样本
270	2024-08-07	Mef2c regulates bone mass through Sost-dependent and -independent mechanisms 2024-02, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2023.116976 PMID:38042445	研究论文	本文研究了转录因子Mef2c通过Sost依赖和非依赖机制调节骨量的作用	发现了Mef2c通过Sost以外的机制调节骨量，并识别了新的Mef2c转录靶点	NA	识别Mef2c在骨代谢中的新转录靶点	Mef2c在骨形成中的作用及其转录靶点	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Mef2c; Dmp1-Cre和Mef2c; Bglap-Cre小鼠的股骨细胞亚群
271	2024-08-07	Single-cell analysis of MYD88L265P and MYD88WT Waldenström macroglobulinemia patients 2024-Feb, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.27 PMID:38435423	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了MYD88L265P和MYD88WT基因型的瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症患者的CD19阳性细胞，揭示了肿瘤内克隆异质性及其对B细胞组成的潜在影响	首次在单细胞水平上分析了两种不同基因型的瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症患者的转录组特征，揭示了患者间的转录组差异和共同特征	研究样本量较小，仅包括五名MYD88L265P基因型和两名MYD88WT基因型患者以及两名健康对照	评估瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症中的克隆异质性	MYD88L265P和MYD88WT基因型的瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症患者的CD19阳性细胞	数字病理学	瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	五名MYD88L265P基因型患者、两名MYD88WT基因型患者和两名健康对照
272	2024-08-04	IL6-STAT3-C/EBPβ-IL6 positive feedback loop in tumor-associated macrophages promotes the EMT and metastasis of lung adenocarcinoma 2024-Feb-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-02989-x PMID:38424624	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）通过IL6-STAT3-C/EBPβ-IL6正反馈环路促进肺腺癌的上皮间质转化（EMT）和转移的机制	揭示了巨噬细胞促进肿瘤进展的新机制，IL6-STAT3-C/EBPβ-IL6信号级联可能成为肺癌治疗的新靶点	研究的样本主要来自单一医院，样本容量相对较小	研究肿瘤相关巨噬细胞在肺癌转移中的调控机制	研究对象包括来自公共数据库和14名肺癌患者的正常及肿瘤组织样本	数字病理	肺癌	单细胞测序，RT-qPCR，Western blotting，免疫荧光，双荧光素酶报告实验，ChIP	NA	组织样本	14名手术患者的肿瘤和正常组织样本
273	2024-08-07	The Role of CD8A in the Immune Microenvironment of Breast Cancer 2024-Feb-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2902073 PMID:38420798	研究论文	研究探讨了CD8A在三阴性乳腺癌（TNBC）免疫微环境中的作用及其与预后的关系	通过使用单细胞RNA测序数据和临床样本评估，揭示了CD8A在转移性乳腺癌免疫微环境中的表达及其对预后的影响	NA	寻找新的治疗靶点和策略，改善三阴性乳腺癌的预后	三阴性乳腺癌及其免疫微环境中的CD8A表达	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了GSE102818、GSE118389和GSE202695等多个数据集，具体样本数量未详细说明
274	2024-08-07	Enabling methanol fixation of pediatric nasal wash during respiratory illness for single cell sequencing in comparison with fresh samples 2024-Feb, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-023-02780-2 PMID:37758866	研究论文	本研究开发了一种协议，允许在甲醇固定的儿童鼻洗样本中进行单细胞RNA测序，并与新鲜样本进行比较	首次展示了甲醇固定儿童鼻洗样本进行单细胞RNA测序的可行性，并发现其与新鲜样本在定性和定量参数上无显著差异	NA	探索甲醇固定儿童鼻洗样本在单细胞RNA测序中的应用	儿童鼻洗样本	数字病理学	呼吸道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
275	2024-08-04	Endothelial downregulation of nuclear m6A reader YTHDC1 promotes pulmonary vascular remodeling in sugen hypoxia model of pulmonary hypertension 2024-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24963 PMID:38318069	研究论文	本文分析了YTHDC1在苏根缺氧小鼠模型中的表达变化及其在肺动脉内皮细胞功能障碍中的作用	首次分析了苏根缺氧小鼠模型中m6A调节因子的表达和生物功能变化，建立了YTHDC1与PAECs功能障碍之间的因果关系	目前对m6A调节因子在肺动脉内皮细胞功能障碍中的具体机制尚不完全清楚	研究m6A调节因子在肺动脉内皮细胞功能障碍中的作用	鼠类模型中的肺动脉内皮细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞测序	苏根缺氧模型	RNA测序数据	苏根缺氧小鼠模型的肺动脉内皮细胞
276	2024-08-07	Centrosome amplification-related signature correlated with immune microenvironment and treatment response predicts prognosis and improves diagnosis of hepatocellular carcinoma by integrating machine learning and single-cell analyses 2024-Feb, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-023-10538-5 PMID:37154991	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，构建了与免疫微环境和治疗反应相关的中心体扩增相关特征，用于预测肝细胞癌的预后和改善诊断	首次详细探讨了中心体扩增在肝细胞癌中的作用，并构建了一个具有高敏感性和特异性的预后和诊断特征	研究主要基于TCGA和ICGC数据集，可能需要更多临床数据验证	探讨中心体扩增在肝细胞癌中的分子机制及其对临床特征、肿瘤微环境和临床药物反应的影响	肝细胞癌患者及其中心体扩增相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO-惩罚Cox回归算法	基因表达数据	134个中心体扩增相关预后基因，其中6个关键预后基因
277	2024-08-07	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing reveals CK19 + cancer stem cells and their specific SPP1 + tumor-associated macrophage niche in HBV-related hepatocellular carcinoma 2024-Feb, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-023-10615-9 PMID:38159218	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了HBV相关肝细胞癌中CK19阳性癌症干细胞及其特异的SPP1阳性肿瘤相关巨噬细胞微环境	首次全面探索了HBV相关肝细胞癌中的CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞，并揭示了其异质性和免疫抑制特性	NA	探索HBV相关肝细胞癌中CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞的特性，为临床治疗提供新思路	HBV相关肝细胞癌中的CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	64,581个单细胞来自人类肝细胞癌及邻近正常组织
278	2024-08-05	Single-cell and spatial transcriptomics in endocrine research 2024-Feb-28, Endocrine journal IF:1.3Q4 DOI:10.1507/endocrj.EJ23-0457 PMID:38220200	综述	本综述探讨了单细胞和空间转录组学在内分泌研究中的应用及其局限性	提出了单细胞和空间转录组学在研究内分泌器官及其疾病中的潜在未来应用	这些技术在内分泌研究中的应用仍然有限	揭示内分泌器官中细胞异质性及其细胞间相互作用的功能角色	主要研究内分泌器官的细胞类型及其互作	数字病理学	NA	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	NA	NA
279	2024-08-07	Endothelial cells drive organ fibrosis in mice by inducing expression of the transcription factor SOX9 2024-Feb-28, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abq4581 PMID:38416842	研究论文	研究揭示了内皮细胞通过诱导转录因子SOX9的表达在多种小鼠纤维化模型中驱动器官纤维化的机制	首次证明了内皮细胞中SOX9的诱导表达足以导致多器官纤维化，并揭示了SOX9通过调节细胞外基质、生长因子和炎症基因表达促进纤维化的具体机制	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨内皮细胞在器官纤维化中的作用及其分子机制	内皮细胞、转录因子SOX9、纤维化	NA	心血管疾病	RNA测序	NA	RNA	多个小鼠纤维化模型及心脏衰竭患者的心脏组织
280	2024-08-07	Identification of common stria vascularis cellular alteration in sensorineural hearing loss based on ScRNA-seq 2024-Feb-27, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10122-7 PMID:38413848	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据，分析了耳蜗血管纹（SV）在感音神经性听力损失（SNHL）中的细胞间通讯变化及其在病理发生中的作用。	发现了新的保守基因和下调通路，并预测了转录因子Nfe2l2作为多个共享细胞通路的上游调控因子。	NA	旨在通过分析公共可用的单细胞转录组测序数据，识别感音神经性听力损失中常见的调控信号通路。	耳蜗血管纹（SV）的细胞间通讯及其在感音神经性听力损失（SNHL）病理发生中的作用。	数字病理学	感音神经性听力损失	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自感音神经性听力损失小鼠和正常成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）样本