单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 448 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-04 |
Quantifying the clusterness and trajectoriness of single-cell RNA-seq data
2024-Feb, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011866
PMID:38416795
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research paper | 本文提出了多个分数来量化单细胞RNA-seq数据的“聚类性”和“轨迹性”，即数据是呈现为独立的聚类还是连续的进程轨迹 | 引入了基于成对距离分布、持久同源性、向量大小、Ripley's K和连接度的多个新分数来评估数据的特性 | 研究可能受到模拟数据和真实数据领域的局限性影响 | 研究单细胞RNA-seq数据的聚类和轨迹推断的可视化差异 | 单细胞RNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 数据集 | 使用模拟数据集和真实单细胞RNA-seq数据集 |
| 242 | 2024-08-07 |
Tracking early mammalian organogenesis - prediction and validation of differentiation trajectories at whole organism scale
2024-Feb-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201867
PMID:37982461
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研究论文 | 本研究通过采集小鼠胚胎在E8.5至E9.5期间的30万个单细胞转录组数据，结合先前的数据集，构建了一个密集采样的时间序列，用于追踪早期器官发生过程中的细胞分化轨迹。 | 研究首次在小鼠早期器官发生过程中，通过计算方法重建了血液和内皮细胞的复杂发育波，并发现了由体节衍生的内皮细胞的新程序。 | NA | 旨在预测和验证早期哺乳动物器官发生过程中的细胞分化轨迹。 | 小鼠胚胎在E8.5至E9.5期间的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过40万个细胞 |
| 243 | 2024-08-04 |
Plant biotechnology research with single-cell transcriptome: recent advancements and prospects
2024-Feb-21, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-024-03168-0
PMID:38381195
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综述 | 本文回顾了植物单细胞转录组学技术的最新进展，以及这些技术在植物生物学和生物技术研究中的潜在作用 | 突出单细胞转录组学在植物研究中的快速应用和先进技术 | 批判性地审视单细胞技术的固有挑战和限制 | 旨在提升对植物发展和生物技术研究的理解 | 重点研究单细胞转录组学在植物中的应用与发展 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 244 | 2024-08-05 |
[The characteristics and impact on prognosis of cytopenia after anti-BCMA-CAR-T therapy in patients with relapsed and refractory multiple myeloma]
2024-Feb-20, Zhonghua yi xue za zhi
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研究论文 | 研究复发和难治性多发性骨髓瘤患者在接受BCMA CAR-T免疫治疗后细胞减少症的特征及其预后影响。 | 首次全面分析了BCMA CAR-T细胞治疗后复发和难治性多发性骨髓瘤患者细胞减少症的发生率及其对生存预后的影响。 | 研究基于单中心数据，样本量较小，可能影响结果的普遍适用性。 | 探讨细胞减少症的特征及其对复发和难治性多发性骨髓瘤患者预后的影响。 | 36名接受BCMA CAR-T治疗的复发和难治性多发性骨髓瘤患者。 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 临床数据 | 36名复发和难治性多发性骨髓瘤患者 |
| 245 | 2024-08-04 |
PARD3 drives tumorigenesis through activating Sonic Hedgehog signalling in tumour-initiating cells in liver cancer
2024-Feb-06, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-02967-3
PMID:38317186
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研究论文 | 本研究探讨了PARD3在肝癌肿瘤发生中的作用 | 揭示了PARD3通过激活Sonic Hedgehog信号通路调控肿瘤干细胞，并对肝癌发生具有重要影响 | 未明确说明其他潜在影响因素和机制 | 研究PARD3在肝脏肿瘤发生中的作用 | 主要研究肝癌中的肿瘤发生细胞及其调控机制 | 数字病理 | 肝癌 | RNA测序 | NA | 组织样本 | 在饮食诱导的肝癌模型中进行了评估，研究是否包括具体样本数未说明 |
| 246 | 2024-08-07 |
Dynamics of host immune responses and a potential function of Trem2hi interstitial macrophages in Pneumocystis pneumonia
2024-Feb-05, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02709-1
PMID:38317180
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研究论文 | 本研究通过时间分辨的单细胞RNA测序分析，探讨了Pneumocystis肺炎过程中宿主免疫反应的变化及Trem2hi间质巨噬细胞的潜在作用 | 首次详细描述了Pneumocystis肺炎过程中免疫细胞的动态转录变化，并揭示了PCP相关巨噬细胞（PAM）在疾病中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 阐明Pneumocystis肺炎过程中宿主免疫反应的动态变化及Trem2hi间质巨噬细胞的功能 | Pneumocystis肺炎感染的小鼠肺组织中的CD45+细胞 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 感染Pneumocystis的小鼠肺组织中的CD45+细胞 |
| 247 | 2024-08-07 |
Neutrophils in the era of single-cell RNA sequencing: functions and targeted therapies in cancer
2024-02-05, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 248 | 2024-08-04 |
Nicotinamide riboside activates renal metabolism and protects the kidney in a model of Alport syndrome
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.580911
PMID:38464264
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研究论文 | 这篇文章展示了烟酰胺核糖在Alport综合征小鼠模型中激活肾脏代谢并保护肾脏的作用 | 首次在Alport小鼠模型中发现烟酰胺核糖补充恢复近端肾小管中的脂肪酸氧化，并揭示了性别差异 | 当前对NAD补充的保护机制及其主要负责的细胞类型理解较少 | 研究烟酰胺核糖对慢性肾病的保护作用及其机制 | 使用Alport综合征小鼠模型进行研究 | 数字病理学 | 慢性肾病 | RNA测序 | 小鼠模型 | 转录组数据 | NA |
| 249 | 2024-08-07 |
WITHDRAWN: The effect of ischemia on expression quantitative trait loci (eQTL) in human myocardium and insights into myocardial injury etiology
2024-Feb-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3967889/v1
PMID:38464039
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了118名接受主动脉瓣置换手术患者的心肌组织样本，探讨缺血对人类心肌表达数量性状位点（eQTL）的影响及其与心肌损伤病因的关系 | 本研究首次在人类心肌组织中识别并复制了缺血条件下的局部表达数量性状位点（cis-eQTL），并结合基因组关联研究，确定了心肌损伤的因果基因 | 研究样本主要集中在接受特定心脏手术的患者，可能限制了结果的普遍性 | 旨在理解人类心肌缺血的病理过程，并探索心肌损伤的病因 | 人类心肌组织样本及心肌损伤的因果基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 118名患者的心肌组织样本及2,371名患者的独立队列 |
| 250 | 2024-08-04 |
Spatial analyses: Focusing on immune-stromal interactions to understand immunity in the tissue context
2024-Feb, Seminars in arthritis and rheumatism
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.semarthrit.2023.152319
PMID:38040516
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研究论文 | 本文探讨免疫细胞在组织环境中的作用，重点分析免疫-基质相互作用 | 运用多重免疫荧光组织学结合基于机器学习的细胞分割和注释方法，以识别和定位稀有免疫细胞群体 | 是否类似的机制适用于其他与纤维化相关的疾病尚待进一步研究 | 全面了解免疫细胞在组织环境中的功能及其微环境的影响 | 研究不同人类组织中的免疫细胞，特别是固有淋巴细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 多重免疫荧光组织学 | 机器学习 | 组织切片 | 涉及多种人类组织中的稀有免疫细胞群体 |
| 251 | 2024-08-07 |
Transcriptome network analysis of inflammation and fibrosis in keloids
2024-Feb, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2023.12.007
PMID:38242738
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研究论文 | 本文通过转录组测序和微小RNA测序，分析了人类瘢痕疙瘩组织与正常皮肤组织中的炎症和纤维化转录组图谱，并利用单细胞RNA测序研究了细胞间通讯网络和成纤维细胞的多样性 | 本文首次通过多组学数据揭示了瘢痕疙瘩中炎症细胞与成纤维细胞之间的细胞间对话，并发现了可能与瘢痕疙瘩发展相关的miRNA和基因 | 研究样本量较小，仅包括六个瘢痕疙瘩组织和两个正常皮肤样本，可能影响结果的普遍性 | 探究瘢痕疙瘩中炎症和纤维化的转录组图谱 | 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤肿瘤 | 转录组测序、微小RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、微小RNA数据、单细胞RNA数据 | 六个瘢痕疙瘩组织和两个正常皮肤样本，共24,086个细胞 |
| 252 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA profiling reveals classification and characteristics of mononuclear phagocytes in colorectal cancer
2024-Feb, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011176
PMID:38408082
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对结直肠癌中的单核吞噬细胞进行了分类和特征分析 | 本研究发现了与结直肠癌预后相关的新亚群，并揭示了调控单核吞噬细胞分化的转录因子调控网络 | NA | 深入全面地理解单核吞噬细胞的免疫功能 | 结直肠癌中的单核吞噬细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6种不同的单核吞噬细胞亚群 |
| 253 | 2024-08-07 |
NeuroTri2-VISDOT: An open-access tool to harness the power of second trimester human single cell data to inform models of Mendelian neurodevelopmental disorders
2024-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.01.578438
PMID:38352329
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研究论文 | 本文介绍了一个名为NeuroTri2-VISDOT的网络工具，用于探索第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据，以支持孟德尔神经发育障碍的研究 | 开发了一个易于访问的网络工具，降低了使用单细胞数据分析的门槛，促进了孟德尔神经发育障碍的转化研究 | NA | 提供一个易于访问的工具，帮助研究人员利用第二孕期人类大脑的单细胞数据来构建孟德尔神经发育障碍的模型 | 第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 由Bhaduri等人在2021年产生的第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据集 |
| 254 | 2024-08-04 |
Recent progress in hair follicle stem cell markers and their regulatory roles
2024-Feb-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v16.i2.126
PMID:38455104
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研究论文 | 本文回顾了毛囊干细胞的分子标记物及其调节作用 | 探讨了单细胞转录组技术提供的详细数据，聚焦于重要的HFSC分子标记物 | 缺乏HFSC的实验验证和比较不同标记物的实用性 | 旨在总结和分析毛囊干细胞标记物及其功能 | 主要研究毛囊干细胞及其在损伤愈合中的功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | NA | NA |
| 255 | 2024-08-07 |
Identification and validation of a pyroptosis-related prognostic model for colorectal cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2024-Feb-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v15.i2.329
PMID:38455135
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研究论文 | 本研究基于大量和单细胞RNA测序数据，构建并验证了与结直肠癌（CRC）预后相关的细胞焦亡相关预测模型。 | 首次构建了一个基于细胞焦亡相关基因的结直肠癌预后模型，并验证了其与免疫浸润的相关性。 | NA | 评估细胞焦亡相关基因对结直肠癌预后的影响及其与免疫浸润的关联。 | 结直肠癌（CRC）患者的预后及免疫浸润情况。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序 | LASSO回归算法 | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA和GEO的数据集，具体样本数量未在摘要中明确。 |
| 256 | 2024-08-04 |
Granzyme B+ B cells detected by single-cell sequencing are associated with prognosis in patients with intrahepatic cholangiocarcinoma following liver transplantation
2024-Feb-22, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03609-x
PMID:38386050
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研究论文 | 本研究探讨了单细胞测序检测到的granzyme B+ B细胞与肝移植后肝内胆管癌患者预后的关系 | 首次揭示了肿瘤样本中granzyme B+ B细胞的显著增加及其与无病生存的正相关性 | 研究仅涉及肝内胆管癌，无法广泛适用于其他癌症类型 | 研究granzyme B+ B细胞在肝内胆管癌中的作用及其对预后的影响 | 肝移植接受者的肝内胆管癌患者 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞测序 | NA | 样本数据 | 25个样本来自基因表达综合数据库以及40名肝移植接受者 |
| 257 | 2024-08-04 |
Identification macrophage signatures in prostate cancer by single-cell sequencing and machine learning
2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03633-5
PMID:38349474
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和机器学习识别前列腺癌中的巨噬细胞特征。 | 提出了一种基于巨噬细胞相关基因的风险标签，用于预测前列腺癌患者的进展。 | 样本来源于公共数据库，可能缺乏来自不同临床环境的数据验证。 | 分析肿瘤相关巨噬细胞在前列腺癌中的作用，并建立相关的预后模型。 | 关注肿瘤微环境中巨噬细胞与前列腺癌进展之间的关系。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序、机器学习 | NA | 基因数据、RNA数据 | 从多个公共数据库下载的前列腺癌单细胞测序数据 |
| 258 | 2024-08-07 |
uPAR (PLAUR) Marks Two Intra-Tumoral Subtypes of Glioblastoma: Insights from Single-Cell RNA Sequencing
2024-Feb-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25041998
PMID:38396677
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，分析了uPAR（PLAUR）在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用及其分子合作者 | 首次全面研究uPAR在GBM内部亚型中的功能及其分子合作者，无需预设生物学途径 | NA | 探讨uPAR在胶质母细胞瘤内部亚型中的作用及其分子机制 | uPAR在胶质母细胞瘤中的作用及其分子合作者 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 37名胶质母细胞瘤患者 |
| 259 | 2024-08-04 |
ITGAM-mediated macrophages contribute to basement membrane damage in diabetic nephropathy and atherosclerosis
2024-Feb-27, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-024-03505-1
PMID:38413872
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研究论文 | 本研究分析了ITGAM介导的巨噬细胞在糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的作用 | 发现ITGAM作为关键基因参与了糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤 | 未提供研究中可能存在的具体局限性信息 | 研究糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤及其相关机制 | 糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者的转录组特征 | 生物信息学 | 糖尿病相关并发症 | 转录组分析、免疫浸润分析、单细胞测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 来源于基因表达综合数据库的糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者样本 |
| 260 | 2024-08-04 |
High-throughput mapping of single-neuron projection and molecular features by retrograde barcoded labeling
2024-Feb-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85419
PMID:38390967
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研究论文 | 该文章建立了一种新型的多重追踪方法，同时表征单神经元的投射组和转录组 | 提出了rAAV2-retro条形码的多重追踪方法，能够同时分析神经元投射和转录组特征 | 该研究在复杂脑网络中可能仍面临技术挑战 | 帮助揭示神经电路的组织原则和信息处理机制 | 探究腹内侧前额叶皮层(vmPFC)神经元的投射模式及其分子特征 | 神经科学 | NA | 条形码连接组学 | NA | 转录组数据 | 大量单神经元样本 |