单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-04 |
Molecular classification and tumor microenvironment characteristics in pheochromocytomas
2024-Feb-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.87586
PMID:38407266
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研究论文 | 本研究对嗜铬细胞瘤的分子特征和肿瘤微环境进行了单细胞转录组分析 | 提出了一种基于单细胞转录组的分子分类和微环境特征分析，为嗜铬细胞瘤的潜在治疗策略提供线索 | CD8 T细胞浸润缺乏的情况限制了对免疫治疗效果的评估 | 探讨嗜铬细胞瘤的细胞分子特征及其免疫微环境 | 对4名散发性未分类嗜铬细胞瘤患者和1名具有冯·希佩尔-林道综合征的遗传性患者的组织进行研究 | 数字病理学 | 嗜铬细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 16个组织样本，来自5名患者 |
| 242 | 2024-08-04 |
Molecular, Metabolic, and Subcellular Mapping of the Tumor Immune Microenvironment via 3D Targeted and Non-Targeted Multiplex Multi-Omics Analyses
2024-Feb-20, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16050846
PMID:38473208
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研究论文 | 本研究开发了一种整合多重空间分辨的多组学平台，研究肿瘤免疫微环境的三维映射 | 提出了一种新颖的方法，通过多重组学分析实现了对肿瘤免疫微环境的空间和单细胞分辨率的研究 | 在研究中仅使用了两种妇科肿瘤样本，可能不足以普遍适用于所有类型的肿瘤 | 研究肿瘤免疫微环境中细胞间及细胞与细胞外基质的相互作用 | 两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）妇科肿瘤样本 | 数字病理学 | NA | 非靶向质谱成像、空间转录组学、靶向seqIF | NA | 图像 | 两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本 |
| 243 | 2024-08-04 |
Identification of robust cellular programs using reproducible LDA that impact sex-specific disease progression in different genotypes of a mouse model of AD
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582178
PMID:38464087
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研究论文 | 本文开发了一个可重复的LDA（rLDA）包，以识别影响老年痴呆症小鼠不同基因型的性别特异性疾病进展的细胞程序 | 提出了Topyfic，一个可重复的LDA包，能够更准确地推断单细胞数据中细胞程序的身份和活性 | LDA的可解释性受制于超参数选择及随机初始化导致的主题定义变异性 | 识别在单细胞RNA-seq数据分析中活跃的细胞程序 | 研究老年痴呆症小鼠模型中不同基因型的细胞类型及其状态 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | LDA | 基因表达数据 | 使用了两种5xFAD小鼠模型的脑单细胞和单核数据集 |
| 244 | 2024-08-04 |
Comprehensive analysis of the effects of the cuprotosis-associated gene SLC31A1 on patient prognosis and tumor microenvironment in human cancer
2024-Feb-29, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-23-1308
PMID:38482443
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研究论文 | 本研究分析了SLC31A1基因在多种癌症中的表达与预后及肿瘤微环境的关系 | 提出SLC31A1作为癌症能量代谢相关的潜在靶点，提供新的治疗方向 | 未详细探讨不同癌症中SLC31A1的具体功能机制 | 探索SLC31A1在癌症中的生物功能及其预后价值 | 分析SLC31A1在多种癌症中的表达、突变、甲基化及免疫细胞浸润等 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序、RT-qPCR、WB | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症组织的样本 |
| 245 | 2024-08-04 |
The integration of bulk and single-cell sequencing data revealed the function of FKBP10 in the gastric cancer microenvironment
2024-Feb-29, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-23-1484
PMID:38482445
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研究论文 | 本研究揭示了FKBP10在胃癌微环境中的功能 | 整合了散装和单细胞测序数据，提供了FKBP10及其共表达基因在肿瘤微环境中的影响 | 未提及具体限制 | 研究FKBP10在胃癌微环境中的表达和功能 | 胃癌细胞及其微环境中的相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | qRT-PCR、单细胞和散装测序 | NA | NA | NA |
| 246 | 2024-08-07 |
Identification of fatty acid oxidation-related subtypes by integrated analysis of bulk- and single-cell transcriptome profiling in colorectal cancer
2024-Feb-29, Journal of gastrointestinal oncology
IF:2.0Q3
DOI:10.21037/jgo-23-833
PMID:38482228
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研究论文 | 本研究通过综合分析大量和单细胞转录组数据，识别了结直肠癌中与脂肪酸氧化（FAO）相关的亚型。 | 本研究首次揭示了结直肠癌患者中FAO水平的基因组模式，并构建了FAO相关基因评分（GFAO_Score），有助于精准筛选患者并优化临床策略。 | NA | 研究结直肠癌中脂肪酸氧化的分子生物化学特征及其相互作用机制。 | 结直肠癌患者的脂肪酸氧化水平及其相关基因。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数据来自TCGA和GEO数据库中的结直肠癌患者。 |
| 247 | 2024-08-07 |
Disulfidptosis-related genes of prognostic signature and immune infiltration features in hepatocellular carcinoma supported by bulk and single-cell RNA sequencing data
2024-Feb-29, Journal of gastrointestinal oncology
IF:2.0Q3
DOI:10.21037/jgo-23-949
PMID:38482234
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研究论文 | 本研究通过分析肝细胞癌的癌症基因组图谱-肝细胞癌和基因表达综合数据库数据，识别与硫化物应激相关的关键基因，并探讨其在肝细胞癌预后和免疫浸润中的作用 | 首次探讨了硫化物应激相关基因在肝细胞癌中的预后价值和免疫治疗潜力 | NA | 研究硫化物应激相关基因在肝细胞癌中的预后和免疫治疗作用 | 肝细胞癌患者的基因表达数据和免疫细胞浸润情况 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序 | Cox回归分析 | 基因表达数据 | 使用了来自癌症基因组图谱-肝细胞癌和基因表达综合数据库的数据集 |
| 248 | 2024-08-07 |
Tumoral C2 Regulates the Tumor Microenvironment by Increasing the Ratio of M1/M2 Macrophages and Tertiary Lymphoid Structures to Improve Prognosis in Melanoma
2024-Feb-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16050908
PMID:38473271
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研究论文 | 本研究通过多维分析转录组数据，探讨了C2在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的调节机制 | 首次发现C2水平的上调与黑色素瘤的良好预后相关，并能增强M1巨噬细胞的招募和极化 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床试验验证 | 探究C2在黑色素瘤中的作用及其对免疫治疗效果的影响 | C2在黑色素瘤中的表达及其对肿瘤微环境和免疫细胞的影响 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 转录组分析、免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了C57BL/6小鼠构建的皮下肿瘤模型 |
| 249 | 2024-08-07 |
Identification of bZIP Transcription Factors That Regulate the Development of Leaf Epidermal Cells in Arabidopsis thaliana by Single-Cell RNA Sequencing
2024-Feb-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25052553
PMID:38473801
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究了拟南芥叶片表皮细胞的转录组特征，并鉴定了两个bZIP转录因子基因在调控表皮细胞发育中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片表皮细胞中bZIP转录因子的表达模式及其在细胞发育中的调控作用 | 研究仅限于3天龄的拟南芥真叶，未涵盖其他发育阶段的叶片 | 探究拟南芥叶片表皮细胞发育的转录调控机制 | 拟南芥叶片表皮细胞中的bZIP转录因子 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 3天龄的拟南芥真叶中的表皮细胞 |
| 250 | 2024-08-05 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Expression of Immune-Related Genes in Macrophages of Diabetic Kidney Disease
2024-Feb, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-023-01906-2
PMID:37777674
|
研究论文 | 本研究旨在识别糖尿病肾病中巨噬细胞的免疫相关基因 | 该研究首次揭示了糖尿病肾病巨噬细胞中免疫相关基因的表达，并确定了相关的标记基因 | 样本量相对较小，仅分析了三只糖尿病小鼠和三只对照小鼠 | 识别糖尿病肾病中的免疫相关基因，以探索其作为治疗靶点的潜力 | 糖尿病小鼠的肾小管细胞和对照小鼠的肾小管细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 总共分析了59个正常肾小管和66个糖尿病肾病样本 |
| 251 | 2024-08-07 |
NMI Functions as Immuno-regulatory Molecule in Sepsis by Regulating Multiple Signaling Pathways
2024-Feb, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-023-01893-4
PMID:37679586
|
研究论文 | 本文探讨了NMI作为免疫调节分子在脓毒症中的作用，通过调节多种信号通路来影响炎症反应 | 首次揭示了NMI通过多种受体和信号通路在脓毒症中的作用机制 | NA | 研究NMI在脓毒症中的功能机制及其对炎症反应的影响 | NMI在脓毒症中的表达及其对免疫和炎症反应的调节作用 | NA | 脓毒症 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 来自GEO数据库的脓毒症患者的中性粒细胞和单核细胞样本 |
| 252 | 2024-08-04 |
Stromal Signals Dominate Gene Expression Signature Scores That Aim to Describe Cancer Cell-intrinsic Stemness or Mesenchymality Characteristics
2024-02-23, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0383
PMID:38349551
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研究论文 | 本文探讨了肿瘤微环境对EMT相关基因表达特征分数的影响 | 揭示了肿瘤样本中细胞成分主导EMT特征分数的现象 | 未能深入探讨非癌细胞的具体影响机制 | 验证非癌细胞在肿瘤特征评分中的主导作用 | 已发表的11个与EMT相关的基因表达特征 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序(RNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 分析了多个肿瘤类型的样本 |
| 253 | 2024-08-07 |
EZH2 Inhibition Promotes Tumor Immunogenicity in Lung Squamous Cell Carcinomas
2024-02-13, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0399
PMID:38265267
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研究论文 | 本研究探讨了抑制甲基转移酶增强子zeste 2 (EZH2)是否能增加肺鳞状细胞癌(LSCC)对免疫检查点抑制剂(ICI)的反应 | 首次证明EZH2抑制剂能增加MHC I/II类分子的表达，并通过单细胞RNA测序和免疫细胞分析揭示了肿瘤抑制表型的变化 | NA | 研究EZH2抑制剂在肺鳞状细胞癌中增强免疫检查点抑制剂反应的作用 | 肺鳞状细胞癌(LSCC) | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | 染色质免疫沉淀测序 | NA | mRNA和蛋白质 | 使用二维人类癌细胞系和三维小鼠及患者来源的类器官进行体外实验 |
| 254 | 2024-08-04 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals the Heterogeneity of the Immune Landscape of IDH-Wild-Type High-Grade Gliomas
2024-02-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0211
PMID:38091354
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研究论文 | 本研究构建了IDH野生型高等级胶质瘤的免疫细胞单细胞转录组景观 | 揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在胶质瘤进展中的潜在作用，并探讨了T细胞的功能失调调节因子AHR | 研究主要聚焦于IDH-WT高等级胶质瘤，可能不适用于其他类型的胶质瘤 | 全面了解IDH-WT高等级胶质瘤的免疫微环境 | IDH-WT高等级胶质瘤患者的肿瘤组织和外周血单核细胞样本 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | RNA数据 | 肿瘤组织和外周血单核细胞的样本来自IDH-WT高等级胶质瘤患者 |
| 255 | 2024-08-07 |
Ultrahigh frequencies of peripherally matured LGI1- and CASPR2-reactive B cells characterize the cerebrospinal fluid in autoimmune encephalitis
2024-Feb-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2311049121
PMID:38319973
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研究论文 | 研究利用LGI1和CASPR2抗体介导的自身免疫性脑炎作为人类模型，全面重建和分析脑脊液（CSF）B细胞受体（BCR）特征 | 发现脑脊液中克隆扩增的自体抗原反应性抗体分泌细胞（ASCs）频率极高，且BCR成熟主要在外周获得 | 研究样本量较小，仅包括三名患者 | 探究脑脊液中B细胞受体的特征及其在自身免疫性脑炎中的作用 | LGI1和CASPR2抗体介导的自身免疫性脑炎患者的脑脊液B细胞 | NA | 自身免疫性脑炎 | 细胞分选和单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 三名患者 |
| 256 | 2024-08-04 |
Quantifying the clusterness and trajectoriness of single-cell RNA-seq data
2024-Feb, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011866
PMID:38416795
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research paper | 本文提出了多个分数来量化单细胞RNA-seq数据的“聚类性”和“轨迹性”，即数据是呈现为独立的聚类还是连续的进程轨迹 | 引入了基于成对距离分布、持久同源性、向量大小、Ripley's K和连接度的多个新分数来评估数据的特性 | 研究可能受到模拟数据和真实数据领域的局限性影响 | 研究单细胞RNA-seq数据的聚类和轨迹推断的可视化差异 | 单细胞RNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 数据集 | 使用模拟数据集和真实单细胞RNA-seq数据集 |
| 257 | 2024-08-07 |
Tracking early mammalian organogenesis - prediction and validation of differentiation trajectories at whole organism scale
2024-Feb-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201867
PMID:37982461
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研究论文 | 本研究通过采集小鼠胚胎在E8.5至E9.5期间的30万个单细胞转录组数据，结合先前的数据集，构建了一个密集采样的时间序列，用于追踪早期器官发生过程中的细胞分化轨迹。 | 研究首次在小鼠早期器官发生过程中，通过计算方法重建了血液和内皮细胞的复杂发育波，并发现了由体节衍生的内皮细胞的新程序。 | NA | 旨在预测和验证早期哺乳动物器官发生过程中的细胞分化轨迹。 | 小鼠胚胎在E8.5至E9.5期间的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过40万个细胞 |
| 258 | 2024-08-04 |
Plant biotechnology research with single-cell transcriptome: recent advancements and prospects
2024-Feb-21, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-024-03168-0
PMID:38381195
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综述 | 本文回顾了植物单细胞转录组学技术的最新进展，以及这些技术在植物生物学和生物技术研究中的潜在作用 | 突出单细胞转录组学在植物研究中的快速应用和先进技术 | 批判性地审视单细胞技术的固有挑战和限制 | 旨在提升对植物发展和生物技术研究的理解 | 重点研究单细胞转录组学在植物中的应用与发展 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 259 | 2024-08-05 |
[The characteristics and impact on prognosis of cytopenia after anti-BCMA-CAR-T therapy in patients with relapsed and refractory multiple myeloma]
2024-Feb-20, Zhonghua yi xue za zhi
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研究论文 | 研究复发和难治性多发性骨髓瘤患者在接受BCMA CAR-T免疫治疗后细胞减少症的特征及其预后影响。 | 首次全面分析了BCMA CAR-T细胞治疗后复发和难治性多发性骨髓瘤患者细胞减少症的发生率及其对生存预后的影响。 | 研究基于单中心数据，样本量较小，可能影响结果的普遍适用性。 | 探讨细胞减少症的特征及其对复发和难治性多发性骨髓瘤患者预后的影响。 | 36名接受BCMA CAR-T治疗的复发和难治性多发性骨髓瘤患者。 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 临床数据 | 36名复发和难治性多发性骨髓瘤患者 |
| 260 | 2024-08-04 |
PARD3 drives tumorigenesis through activating Sonic Hedgehog signalling in tumour-initiating cells in liver cancer
2024-Feb-06, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-02967-3
PMID:38317186
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研究论文 | 本研究探讨了PARD3在肝癌肿瘤发生中的作用 | 揭示了PARD3通过激活Sonic Hedgehog信号通路调控肿瘤干细胞，并对肝癌发生具有重要影响 | 未明确说明其他潜在影响因素和机制 | 研究PARD3在肝脏肿瘤发生中的作用 | 主要研究肝癌中的肿瘤发生细胞及其调控机制 | 数字病理 | 肝癌 | RNA测序 | NA | 组织样本 | 在饮食诱导的肝癌模型中进行了评估，研究是否包括具体样本数未说明 |