单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-08-04	Defining the T cell transcriptional landscape in pediatric liver transplant rejection at single cell resolution 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582173 PMID:38464256	研究论文	本文探讨了小儿肝脏移植排斥反应中的T细胞转录谱，以单细胞分辨率定义其特征	使用单细胞测序和免疫谱系分析揭示了CD8+ T细胞的特异性和基因表达特征，以及在排斥反应中的持续活性	本研究的样本量较小，仅包括14名患者，可能限制了结果的广泛适用性	研究小儿肝脏移植在急性细胞排斥中的T细胞反应及其转录特征	14名小儿肝脏移植患者的肝活检样本	免疫学	肝脏移植排斥反应	单细胞测序和免疫谱系分析	CD8+ T细胞克隆类型分析	生物样本（肝活检）	14名患者的30个冷冻保存的肝活检样本
222	2024-08-07	Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582629 PMID:38464041	研究论文	本文研究了胰岛素信号通路如何通过调节R2逆转录转座子的表达，来维持代际间核糖体DNA（rDNA）拷贝数的稳定	首次揭示了胰岛素受体（InR）作为R2表达的主要抑制因子，并通过单细胞RNA测序发现InR表达与rDNA拷贝数的关系	NA	探讨胰岛素信号通路在维持rDNA拷贝数稳定中的作用及其机制	胰岛素信号通路、R2逆转录转座子、核糖体DNA拷贝数	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
223	2024-08-04	PI3K/mTOR is a therapeutically targetable genetic dependency in diffuse intrinsic pontine glioma 2024-Feb-06, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI170329 PMID:38319732	研究论文	本文探讨了针对弥漫性内在脑干胶质瘤的治疗靶点和组合疗法的潜力	识别了PIK3CA和MTOR作为可靶向的分子依赖性，并提出了paxalisib与二甲双胍及标准放疗联合的临床相关治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床应用仍需进一步验证	开发有效的针对弥漫性中线胶质瘤的治疗策略	研究弥漫性内在脑干胶质瘤患者衍生模型及其针对性治疗效果	数字病理学	NA	CRISPR/Cas9基因删除筛选，空间转录组学，ATAC-Seq	正交肿瘤模型	分子数据	多种患者衍生和免疫相容性的异种移植模型
224	2024-08-07	Temporal transcriptomic dynamics in developing macaque neocortex 2024-Feb-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90325 PMID:38415809	研究论文	研究描述了猕猴新皮质发育过程中的转录组动态变化	首次通过单细胞RNA测序技术，构建了猕猴新皮质发育的转录组图谱，揭示了从干细胞到神经元的分化轨迹	NA	探究人类和非人灵长类新皮质神经发生中的转录调控	猕猴的顶叶新皮质在不同发育阶段的转录组变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	在E40、E50、E70、E80和E90五个时间点采集的猕猴顶叶样本
225	2024-08-04	The E3 ubiquitin ligase MARCH2 protects against myocardial ischemia-reperfusion injury through inhibiting pyroptosis via negative regulation of PGAM5/MAVS/NLRP3 axis 2024-Feb-27, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-023-00622-3 PMID:38409220	研究论文	本研究揭示了E3泛素连接酶MARCH2通过负调控PGAM5/MAVS/NLRP3通路抑制心肌细胞焦亡，从而保护心脏免受缺血-再灌注损伤的机制	发现MARCH2通过促进PGAM5的K48连接聚泛素化和蛋白酶体降解，抑制心肌细胞中的NLRP3炎症小体激活	本研究未涉及在临床试验中的应用及长期效应	研究MARCH2在心肌缺血-再灌注损伤中的保护作用及其机制	人心脏和小鼠心脏中的MARCH2表达水平及其对心肌细胞的影响	心血管疾病	心肌缺血	单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	人心脏和小鼠心脏的样本
226	2024-08-04	Molecular classification and tumor microenvironment characteristics in pheochromocytomas 2024-Feb-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87586 PMID:38407266	研究论文	本研究对嗜铬细胞瘤的分子特征和肿瘤微环境进行了单细胞转录组分析	提出了一种基于单细胞转录组的分子分类和微环境特征分析，为嗜铬细胞瘤的潜在治疗策略提供线索	CD8 T细胞浸润缺乏的情况限制了对免疫治疗效果的评估	探讨嗜铬细胞瘤的细胞分子特征及其免疫微环境	对4名散发性未分类嗜铬细胞瘤患者和1名具有冯·希佩尔-林道综合征的遗传性患者的组织进行研究	数字病理学	嗜铬细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	16个组织样本，来自5名患者
227	2024-08-04	Molecular, Metabolic, and Subcellular Mapping of the Tumor Immune Microenvironment via 3D Targeted and Non-Targeted Multiplex Multi-Omics Analyses 2024-Feb-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16050846 PMID:38473208	研究论文	本研究开发了一种整合多重空间分辨的多组学平台，研究肿瘤免疫微环境的三维映射	提出了一种新颖的方法，通过多重组学分析实现了对肿瘤免疫微环境的空间和单细胞分辨率的研究	在研究中仅使用了两种妇科肿瘤样本，可能不足以普遍适用于所有类型的肿瘤	研究肿瘤免疫微环境中细胞间及细胞与细胞外基质的相互作用	两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）妇科肿瘤样本	数字病理学	NA	非靶向质谱成像、空间转录组学、靶向seqIF	NA	图像	两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本
228	2024-08-04	Identification of robust cellular programs using reproducible LDA that impact sex-specific disease progression in different genotypes of a mouse model of AD 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582178 PMID:38464087	研究论文	本文开发了一个可重复的LDA（rLDA）包，以识别影响老年痴呆症小鼠不同基因型的性别特异性疾病进展的细胞程序	提出了Topyfic，一个可重复的LDA包，能够更准确地推断单细胞数据中细胞程序的身份和活性	LDA的可解释性受制于超参数选择及随机初始化导致的主题定义变异性	识别在单细胞RNA-seq数据分析中活跃的细胞程序	研究老年痴呆症小鼠模型中不同基因型的细胞类型及其状态	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	LDA	基因表达数据	使用了两种5xFAD小鼠模型的脑单细胞和单核数据集
229	2024-08-04	Comprehensive analysis of the effects of the cuprotosis-associated gene SLC31A1 on patient prognosis and tumor microenvironment in human cancer 2024-Feb-29, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-1308 PMID:38482443	研究论文	本研究分析了SLC31A1基因在多种癌症中的表达与预后及肿瘤微环境的关系	提出SLC31A1作为癌症能量代谢相关的潜在靶点，提供新的治疗方向	未详细探讨不同癌症中SLC31A1的具体功能机制	探索SLC31A1在癌症中的生物功能及其预后价值	分析SLC31A1在多种癌症中的表达、突变、甲基化及免疫细胞浸润等	数字病理学	NA	单细胞测序、RT-qPCR、WB	NA	基因表达数据	涉及多种癌症组织的样本
230	2024-08-04	The integration of bulk and single-cell sequencing data revealed the function of FKBP10 in the gastric cancer microenvironment 2024-Feb-29, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-1484 PMID:38482445	研究论文	本研究揭示了FKBP10在胃癌微环境中的功能	整合了散装和单细胞测序数据，提供了FKBP10及其共表达基因在肿瘤微环境中的影响	未提及具体限制	研究FKBP10在胃癌微环境中的表达和功能	胃癌细胞及其微环境中的相关基因	数字病理学	胃癌	qRT-PCR、单细胞和散装测序	NA	NA	NA
231	2024-08-07	Identification of fatty acid oxidation-related subtypes by integrated analysis of bulk- and single-cell transcriptome profiling in colorectal cancer 2024-Feb-29, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-23-833 PMID:38482228	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞转录组数据，识别了结直肠癌中与脂肪酸氧化（FAO）相关的亚型。	本研究首次揭示了结直肠癌患者中FAO水平的基因组模式，并构建了FAO相关基因评分（GFAO_Score），有助于精准筛选患者并优化临床策略。	NA	研究结直肠癌中脂肪酸氧化的分子生物化学特征及其相互作用机制。	结直肠癌患者的脂肪酸氧化水平及其相关基因。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数据来自TCGA和GEO数据库中的结直肠癌患者。
232	2024-08-07	Disulfidptosis-related genes of prognostic signature and immune infiltration features in hepatocellular carcinoma supported by bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-Feb-29, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-23-949 PMID:38482234	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌的癌症基因组图谱-肝细胞癌和基因表达综合数据库数据，识别与硫化物应激相关的关键基因，并探讨其在肝细胞癌预后和免疫浸润中的作用	首次探讨了硫化物应激相关基因在肝细胞癌中的预后价值和免疫治疗潜力	NA	研究硫化物应激相关基因在肝细胞癌中的预后和免疫治疗作用	肝细胞癌患者的基因表达数据和免疫细胞浸润情况	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	使用了来自癌症基因组图谱-肝细胞癌和基因表达综合数据库的数据集
233	2024-08-07	Tumoral C2 Regulates the Tumor Microenvironment by Increasing the Ratio of M1/M2 Macrophages and Tertiary Lymphoid Structures to Improve Prognosis in Melanoma 2024-Feb-23, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16050908 PMID:38473271	研究论文	本研究通过多维分析转录组数据，探讨了C2在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的调节机制	首次发现C2水平的上调与黑色素瘤的良好预后相关，并能增强M1巨噬细胞的招募和极化	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床试验验证	探究C2在黑色素瘤中的作用及其对免疫治疗效果的影响	C2在黑色素瘤中的表达及其对肿瘤微环境和免疫细胞的影响	数字病理学	黑色素瘤	转录组分析、免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了C57BL/6小鼠构建的皮下肿瘤模型
234	2024-08-07	Identification of bZIP Transcription Factors That Regulate the Development of Leaf Epidermal Cells in Arabidopsis thaliana by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Feb-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25052553 PMID:38473801	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究了拟南芥叶片表皮细胞的转录组特征，并鉴定了两个bZIP转录因子基因在调控表皮细胞发育中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片表皮细胞中bZIP转录因子的表达模式及其在细胞发育中的调控作用	研究仅限于3天龄的拟南芥真叶，未涵盖其他发育阶段的叶片	探究拟南芥叶片表皮细胞发育的转录调控机制	拟南芥叶片表皮细胞中的bZIP转录因子	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3天龄的拟南芥真叶中的表皮细胞
235	2024-08-05	Single-Cell Sequencing Reveals the Expression of Immune-Related Genes in Macrophages of Diabetic Kidney Disease 2024-Feb, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-023-01906-2 PMID:37777674	研究论文	本研究旨在识别糖尿病肾病中巨噬细胞的免疫相关基因	该研究首次揭示了糖尿病肾病巨噬细胞中免疫相关基因的表达，并确定了相关的标记基因	样本量相对较小，仅分析了三只糖尿病小鼠和三只对照小鼠	识别糖尿病肾病中的免疫相关基因，以探索其作为治疗靶点的潜力	糖尿病小鼠的肾小管细胞和对照小鼠的肾小管细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共分析了59个正常肾小管和66个糖尿病肾病样本
236	2024-08-07	NMI Functions as Immuno-regulatory Molecule in Sepsis by Regulating Multiple Signaling Pathways 2024-Feb, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-023-01893-4 PMID:37679586	研究论文	本文探讨了NMI作为免疫调节分子在脓毒症中的作用，通过调节多种信号通路来影响炎症反应	首次揭示了NMI通过多种受体和信号通路在脓毒症中的作用机制	NA	研究NMI在脓毒症中的功能机制及其对炎症反应的影响	NMI在脓毒症中的表达及其对免疫和炎症反应的调节作用	NA	脓毒症	转录组分析	NA	转录组数据	来自GEO数据库的脓毒症患者的中性粒细胞和单核细胞样本
237	2024-08-04	Stromal Signals Dominate Gene Expression Signature Scores That Aim to Describe Cancer Cell-intrinsic Stemness or Mesenchymality Characteristics 2024-02-23, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0383 PMID:38349551	研究论文	本文探讨了肿瘤微环境对EMT相关基因表达特征分数的影响	揭示了肿瘤样本中细胞成分主导EMT特征分数的现象	未能深入探讨非癌细胞的具体影响机制	验证非癌细胞在肿瘤特征评分中的主导作用	已发表的11个与EMT相关的基因表达特征	数字病理学	癌症	RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	分析了多个肿瘤类型的样本
238	2024-08-07	EZH2 Inhibition Promotes Tumor Immunogenicity in Lung Squamous Cell Carcinomas 2024-02-13, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0399 PMID:38265267	研究论文	本研究探讨了抑制甲基转移酶增强子zeste 2 (EZH2)是否能增加肺鳞状细胞癌(LSCC)对免疫检查点抑制剂(ICI)的反应	首次证明EZH2抑制剂能增加MHC I/II类分子的表达，并通过单细胞RNA测序和免疫细胞分析揭示了肿瘤抑制表型的变化	NA	研究EZH2抑制剂在肺鳞状细胞癌中增强免疫检查点抑制剂反应的作用	肺鳞状细胞癌(LSCC)	数字病理学	肺鳞状细胞癌	染色质免疫沉淀测序	NA	mRNA和蛋白质	使用二维人类癌细胞系和三维小鼠及患者来源的类器官进行体外实验
239	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics Reveals the Heterogeneity of the Immune Landscape of IDH-Wild-Type High-Grade Gliomas 2024-02-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0211 PMID:38091354	研究论文	本研究构建了IDH野生型高等级胶质瘤的免疫细胞单细胞转录组景观	揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在胶质瘤进展中的潜在作用，并探讨了T细胞的功能失调调节因子AHR	研究主要聚焦于IDH-WT高等级胶质瘤，可能不适用于其他类型的胶质瘤	全面了解IDH-WT高等级胶质瘤的免疫微环境	IDH-WT高等级胶质瘤患者的肿瘤组织和外周血单核细胞样本	数字病理学	神经胶质瘤	单细胞转录组测序	NA	RNA数据	肿瘤组织和外周血单核细胞的样本来自IDH-WT高等级胶质瘤患者
240	2024-08-07	Ultrahigh frequencies of peripherally matured LGI1- and CASPR2-reactive B cells characterize the cerebrospinal fluid in autoimmune encephalitis 2024-Feb-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2311049121 PMID:38319973	研究论文	研究利用LGI1和CASPR2抗体介导的自身免疫性脑炎作为人类模型，全面重建和分析脑脊液（CSF）B细胞受体（BCR）特征	发现脑脊液中克隆扩增的自体抗原反应性抗体分泌细胞（ASCs）频率极高，且BCR成熟主要在外周获得	研究样本量较小，仅包括三名患者	探究脑脊液中B细胞受体的特征及其在自身免疫性脑炎中的作用	LGI1和CASPR2抗体介导的自身免疫性脑炎患者的脑脊液B细胞	NA	自身免疫性脑炎	细胞分选和单细胞RNA测序	NA	细胞	三名患者