单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-05	Computing Minimal Boolean Models of Gene Regulatory Networks 2024-02, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0122 PMID:37889991	研究论文	文章提出了一种算法，用于优化基因调控网络的数据拟合和噪声消除。	提出了一种新的方法，将实验数据整合并通过优化线性目标函数在约束下寻找最佳一致结构。	对于基因调控的复杂性和实验技术的局限性，所需的逻辑规则未经预先确认。	开发一种算法，以最佳方式找到适合数据的基因调控网络。	对基因调控网络模型的构建与优化进行研究。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	布尔网络	模拟数据和公开的scRNA-Seq数据集	NA
202	2024-08-04	Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.03.556122 PMID:37732188	研究论文	本文提出Polaris，一个用于图像基础空间转录组分析的分析管道	结合深度学习模型进行细胞分割和点检测，以及概率基因解码器以准确量化单细胞基因表达	NA	开发一个无缝的解决方案用于分析空间转录组数据	图像基础空间转录组数据	数字病理学	NA	深度学习	NA	图像	NA
203	2024-08-05	Immunoregulatory and neutrophil-like monocyte subsets with distinct single-cell transcriptomic signatures emerge following brain injury 2024-Feb-03, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03032-8 PMID:38310257	研究论文	本研究揭示了脑损伤后单核细胞亚群的免疫调节特性及其单细胞转录组特征	首次表明创伤导致特定CD115/Ly6C单核细胞群体的释放，并与神经保护相关	研究主要在小鼠模型中进行，临床应用需要进一步验证	探索脑损伤后单核细胞的免疫反应和潜在的神经保护机制	小鼠模型中观察到的单核细胞亚群及其转录组特征	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型中观察的单核细胞数目未具体说明
204	2024-08-04	Preparation of High-Viability Single-Cell Suspensions from African Turquoise Killifish Brain Tissue 2024-02-01, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.prot107829 PMID:36931736	research paper	本研究描述了如何从非洲蓝色杀鱼的脑组织中准备高活性的单细胞悬液	本研究创新性地提供了一种从新兴模型生物制备高活性单细胞悬液的协议	未提及该方法在其他物种或组织中的适用性	本研究的目的是为单细胞测序准备高活性的单细胞悬液	非洲蓝色杀鱼的脑组织	NA	NA	酶解与机械解离	NA	NA	研究成功用于非洲蓝色杀鱼的10× Genomics单细胞测序实验
205	2024-08-04	Sfrp1 inhibits lung fibroblast invasion during transition to injury-induced myofibroblasts 2024-Feb, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01326-2023 PMID:38212077	研究论文	本文研究了Sfrp1在肺纤维母细胞转变为损伤诱导的肌成纤维细胞过程中的抑制作用	首次揭示了Sfrp1在调节人类肺纤维母细胞对TGFβ1响应中的作用	研究主要基于小鼠模型和特定患者组织样本，可能限制结果的普遍适用性	探讨肺纤维母细胞在损伤和修复过程中的命运变化	小鼠肺再生过程中的纤维母细胞及其转变	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、单细胞RNA测序、免疫染色	NA	组织样本	小鼠模型和特定的特发性肺纤维化患者组织样本
206	2024-08-05	AMPK signaling inhibits the differentiation of myofibroblasts: impact on age-related tissue fibrosis and degeneration 2024-Feb, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-023-10072-9 PMID:37917219	研究论文	本研究探讨了AMPK信号通路对肌成纤维细胞分化的抑制作用以及其对与年龄相关的组织纤维化和退化的影响	提出AMPK信号通路作为肌成纤维细胞分化的有效抑制因子，揭示其在抗衰老和抑制纤维化作用中的重要性	没有明确讨论AMPK信号通路的所有潜在机制及其在不同类型组织中的适用性	研究AMPK信号通路在衰老相关的组织纤维化和退化过程中的作用	研究对象是肌成纤维细胞及其在组织纤维化过程中的分化	数字病理学	NA	单细胞转录组研究	NA	细胞	NA
207	2024-08-05	Intrahepatic IgA complex induces polarization of cancer-associated fibroblasts to matrix phenotypes in the tumor microenvironment of HCC 2024-Feb-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000772 PMID:38466639	研究论文	本研究揭示了IgA复合物对肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞（CAFs）的影响	首次阐明了肝内IgA如何诱导HCC-CAFs朝向更恶性基质表型极化	本研究的样本量相对较小，仅分析了50个HCC样本	探讨IgA复合物在HCC肿瘤微环境中对CAFs的作用	从HCC样本中分离的癌相关成纤维细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	生物样本	50个HCC样本
208	2024-08-04	Single-cell sequencing of the retina shows that LDHA regulates pathogenesis of autoimmune uveitis 2024-02, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2023.103160 PMID:38160538	研究论文	本文研究了LDHA在自身免疫性葡萄膜炎中对病理发生的调节作用	研究发现LDHA的抑制可以恢复炎症下T效应细胞和T调节细胞的不平衡，并揭示了其在自身免疫性葡萄膜炎中的作用机制	未提及具体的临床数据或者长期观察结果	旨在揭示自身免疫性葡萄膜炎中视网膜损伤的细胞动态和致病机制	实验自身免疫性葡萄膜炎小鼠及葡萄膜炎患者外周血单核细胞	数字病理学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	实验中使用了自身免疫性葡萄膜炎小鼠和人类患者的样本
209	2024-08-05	The Characteristics of Macrophage Heterogeneity in Atherosclerotic Aortas 2024-02, Journal of cardiovascular translational research IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12265-023-10434-1 PMID:37713049	研究论文	本文研究了动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群的特征	通过单细胞RNA测序分析巨噬细胞亚群的不同表型和功能特性	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏大型临床样本的验证	探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用及其异质性	动脉粥样硬化中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	6个亚群（基于单细胞分析）
210	2024-08-04	Distinct immune escape and microenvironment between RG-like and pri-OPC-like glioma revealed by single-cell RNA-seq analysis 2024-Feb, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-023-1017-7 PMID:37955814	research paper	通过单细胞RNA-seq分析对26个胶质瘤进行分类，揭示了原始少突胶质细胞样（pri-OPC）和放射胶质细胞样（RG）的肿瘤之间的免疫逃逸和微环境的区别	首次揭示了pri-OPC样和RG样胶质瘤在免疫逃逸程序上的显著差异	样本数量较少，仅涉及26个胶质瘤，可能影响结果的广泛适用性	探讨胶质瘤与神经发生和胶质发生之间的关系	26个胶质瘤样本，分类为pri-OPC样和RG样肿瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	26个胶质瘤样本
211	2024-08-07	Tumor-derived exosomes induce initial activation by exosomal CD19 antigen but impair the function of CD19-specific CAR T-cells via TGF-β signaling 2024-Feb, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-023-1010-1 PMID:37870681	研究论文	研究肿瘤来源的外泌体（TEXs）对CD19特异性CAR T细胞功能的影响及其机制	首次揭示了淋巴瘤来源的外泌体通过TGF-β信号通路影响CAR T细胞的功能，并提出了一种新的治疗策略	研究主要集中在体外实验，需要进一步的临床试验验证	探讨肿瘤来源的外泌体对CAR T细胞功能的影响及其潜在机制	CD19特异性CAR T细胞及肿瘤来源的外泌体	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自淋巴瘤患者的血浆外泌体及CAR T细胞
212	2024-08-04	Spatial transcriptomics reveals heterogeneity of histological subtypes between lepidic and acinar lung adenocarcinoma 2024-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1573 PMID:38318637	研究论文	本文探讨了早期肺腺癌不同组织学亚型之间的异质性。	提出了一种在单细胞水平上评估患者组织学亚型的新方法，揭示了肿瘤内皮细胞对免疫反应的抑制作用。	研究样本量较小，仅包含11名手术后患者，可能限制了结果的普遍适用性。	研究早期肺腺癌不同组织学亚型的临床意义以及其在单细胞层面的异质性。	研究对象为11名病理确认的早期IA期肺腺癌患者。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和数字空间分析（DSP）	NA	组织样本	11名早期IA期肺腺癌患者的样本
213	2024-08-04	Granulocytic myeloid-derived suppressor cell activity during biofilm infection is regulated by a glycolysis/HIF1a axis 2024-Feb-29, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174051 PMID:38421730	研究论文	这篇文章探讨了糖酵解/HIF1a轴对粒细胞来源的抑制细胞在生物膜感染中的作用	该研究揭示了糖酵解和HIF1a在促进粒细胞来源抑制细胞抗炎活性和生物膜持续性中的重要性	文章未提及特定的实验局限性	研究糖酵解和HIF1a在生物膜相关的假体关节感染中的作用	粒细胞来源的抑制细胞与金黄色葡萄球菌假体关节感染的关系	数字病理学	NA	单细胞测序	小鼠模型	基因组数据	包括PJI患者的粒细胞样本
214	2024-08-07	Advanced patient-specific microglia cell models for pre-clinical studies in Alzheimer's disease 2024-Feb-15, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03037-3 PMID:38365833	研究论文	本研究开发了一种基于Matrigel的三维单层培养和与神经胶质细胞共培养的单核细胞衍生的微胶质样细胞（MDMi）模型，用于阿尔茨海默病（AD）的临床前研究	本研究首次开发了一种生理相关且具有AD患者特异性的三维微胶质细胞模型，该模型能够更好地模拟人微胶质的形态和功能	本研究仅在体外模型中进行了实验，尚未在动物模型或临床试验中验证其有效性	开发一种新型的、生理相关的AD患者特异性微胶质细胞模型，以改进AD个性化药物开发策略	单核细胞衍生的微胶质样细胞（MDMi）及其在AD中的应用	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	3D细胞培养模型	细胞	十六名AD患者及匹配的健康对照
215	2024-08-04	Integration of scRNA and bulk RNA-sequence to construct the 5-gene molecular prognostic model based on the heterogeneity of thyroid carcinoma endothelial cell 2024-02-25, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2023254 PMID:38186223	研究论文	本研究构建了基于甲状腺癌内皮细胞异质性的5基因分子预后模型	揭示内皮细胞与乳头状甲状腺癌进展的强关联，并筛选出5个关键基因	对于肿瘤微环境中的细胞关注较少，可能影响研究的全面性	探索甲状腺癌的分子预后过程及其内皮细胞的作用	甲状腺癌的内皮细胞及其相关基因	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 定量实时聚合酶链反应 (qRT-PCR)	NA	基因表达数据	NA
216	2024-08-07	Proteomic profiling of aqueous humor-derived exosomes in Vogt-Koyanagi-Harada disease and Behcet's uveitis 2024-02, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.109895 PMID:38185270	research paper	本研究首次对来自Vogt-Koyanagi-Harada病和Behcet氏葡萄膜炎患者的房水来源外泌体进行了无标记定量蛋白质组学分析，以确定其在疾病中的潜在作用	首次对房水来源的外泌体进行无标记定量蛋白质组学分析，并发现补体相关通路在这些疾病发病机制中的重要作用	NA	探究Vogt-Koyanagi-Harada病和Behcet氏葡萄膜炎中房水来源外泌体的蛋白质组学特征及其在疾病发病机制中的作用	Vogt-Koyanagi-Harada病和Behcet氏葡萄膜炎患者的房水来源外泌体	NA	Vogt-Koyanagi-Harada病, Behcet氏葡萄膜炎	无标记定量蛋白质组学	NA	蛋白质	84名患者
217	2024-08-07	[Single-cell transcriptome characterization of oral mucosal fibroblasts] 2024-Feb, Shanghai kou qiang yi xue = Shanghai journal of stomatology PMID:38583017	研究论文	本研究通过整合口腔黏膜和皮肤组织的单细胞数据库，对成纤维细胞亚群进行了分类和功能分析	首次在单细胞水平上统一了口腔黏膜和皮肤组织成纤维细胞亚型的分类，并分析了它们在功能上的异同	NA	阐明正常口腔黏膜和皮肤组织中成纤维细胞亚型的组成和功能差异，为组织修复和再生领域的未来应用提供基础	口腔黏膜和皮肤组织的成纤维细胞亚群	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	UMAP	转录组数据	四个单细胞数据库
218	2024-08-04	Molecular map of disulfidptosis-related genes in lung adenocarcinoma: the perspective toward immune microenvironment and prognosis 2024-02-11, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-024-01632-y PMID:38342890	研究论文	本研究系统探讨了与二硫化物相关的基因在肺腺癌中的表达及其预后意义	提出了一种新的DRG标记风险评分，可以预测肺腺癌的免疫微环境和预后	未提及具体的样本量和实验方法的局限性	阐明与二硫化物相关基因在肺腺癌中的预后重要性	研究与肺腺癌相关的二硫化物相关基因及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	肺癌	qRT-PCR、单细胞测序	Cox回归模型	基因表达数据	NA
219	2024-08-04	Single-cell sequencing identifies inflammation-promoting fibroblast-neutrophil interaction in peri-implantitis 2024-02, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.13912 PMID:38088448	研究论文	本文揭示了通过单细胞测序技术获得的周围种植体炎症浸润的细胞组成和分子环境	该研究首次发现了在种植体炎症中促炎症成纤维细胞与中性粒细胞的相互作用	该研究可能未涵盖所有相关的细胞类型和潜在的分子机制	解释周围种植体炎与牙周炎之间的病理差异	周围种植体炎患者的组织与牙周炎患者及健康供体的牙周组织	数字病理学	牙周炎	单细胞转录组测序	NA	组织样本	来自患有周围种植体炎和牙周炎的患者，以及健康供体的高通量样本
220	2024-08-07	Revisiting Multi-Omics Data to Unravel Galectins as Prognostic Factors in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2024-Feb-27, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12030529 PMID:38540141	研究论文	本研究重新审视多组学数据，以揭示半乳糖凝集素作为头颈鳞状细胞癌的预后因子	本研究通过单细胞RNA测序分析了半乳糖凝集素在肿瘤微环境中的表达及其对预后的影响，并展示了其在预测HPV和突变状态、分层HNSCC预后和预测治疗反应中的三重功能	本研究强调需要进一步研究以评估半乳糖凝集素在HNSCC中的作用，并明确个体半乳糖凝集素在患者分层中的角色	评估半乳糖凝集素作为头颈鳞状细胞癌的预后生物标志物	头颈鳞状细胞癌中的半乳糖凝集素表达及其与HPV和突变状态的关系	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA