单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 444 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-04 |
A Bayesian framework to study tumor subclone-specific expression by combining bulk DNA and single-cell RNA sequencing data
2024-02-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278234.123
PMID:38195207
|
研究论文 | 本研究开发了一种Bayesian框架scBayes，以结合肿瘤亚克隆特定的基因表达和基因组数据。 | 提出了一种新方法，通过结合bulk DNA测序和单细胞RNA测序数据，填补了肿瘤亚克隆结构与转录组异质性之间的缺口。 | 使用了模拟数据及生物学数据集进行验证，但缺乏更广泛的临床数据。 | 研究肿瘤亚克隆特定的基因表达，为癌症的演化和耐药机制提供新的见解。 | 针对来自同一肿瘤的bulk DNA和单细胞RNA测序数据进行分析。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，bulk DNA测序 | Bayesian模型 | 基因组数据和RNA测序数据 | 使用生物数据集和模拟数据集进行验证，具体样本规模未明确说明 | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-08-05 |
Data integration and inference of gene regulation using single-cell temporal multimodal data with scTIE
2024-02-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277960.123
PMID:38190633
|
研究论文 | 本研究提出scTIE，一种整合时间多模态数据并推测基因调控关系的方法 | scTIE通过使用自编码器和迭代最优传输，联合分析不同时间点的细胞数据，提供了对细胞转态变化的预测 | 该研究主要集中在单细胞数据集的整合上，可能对其他类型的数据整合不适用 | 旨在通过整合和推断基因调控关系，理解细胞状态变化的机制 | 研究对象为不同时间点的单细胞样本 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq 和 scATAC-seq | 自编码器 | 时间序列的多模态数据 | 使用多种合成和真实的时间多模态数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2024-08-05 |
Transcriptional programs mediating neuronal toxicity and altered glial-neuronal signaling in a Drosophila knock-in tauopathy model
2024-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.02.578624
PMID:38352559
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas基因编辑技术构建了前额叶痴呆的果蝇模型，并探讨了神经元功能障碍和死亡的分子机制 | 该研究使用自有基因编辑方法忠实地重现了人类疾病的遗传背景与表型特征 | 该研究使用的模型可能无法完全代表人类疾病的所有复杂性 | 研究前额叶痴呆中tau蛋白突变导致的神经元毒性及胶质细胞-神经元信号改变的分子机制 | 进行单细胞RNA测序分析的果蝇，具体包括tau P251L突变体和对照果蝇 | 数字病理 | 前额叶痴呆 | CRISPR-Cas基因编辑 | 突变体模型 | 单细胞RNA测序数据 | 约130,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 204 | 2024-08-04 |
An atlas of cell-type-specific interactome networks across 44 human tumor types
2024-02-12, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01303-w
PMID:38347596
|
研究论文 | 本研究提出了一种涵盖44种人类肿瘤类型的细胞类型特异性相互作用网络图谱。 | 开发了名为CellNetdb的数据门户，为研究人员提供细胞类型特异性相互作用网络的全面资源，并识别了不同肿瘤类型中的共同特征和差异。 | 尚未明确指出具体的研究限制 | 研究细胞类型中特异性相互作用网络以及其在肿瘤微环境中的作用。 | 563名患者和44种不同类型的肿瘤样本。 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 563个患者的样本，涉及44种不同的肿瘤类型 | NA | NA | NA | NA |
| 205 | 2024-08-05 |
Soluble PD-L1 reprograms blood monocytes to prevent cerebral edema and facilitate recovery after ischemic stroke
2024-02, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2023.12.007
PMID:38070624
|
研究论文 | 这篇文章探讨了可溶性PD-L1如何通过重新编程血液单核细胞来预防脑水肿并促进缺血性中风后的恢复。 | 相关研究首次展示了PD-1阳性单核细胞作为sPD-L1的治疗靶点的潜力。 | 研究在小鼠模型中进行，实际临床应用的效果和安全性仍需进一步验证。 | 研究PD-L1在急性缺血性中风恢复中的治疗潜力。 | 研究对象为急性缺血性中风患者的循环单核细胞以及小鼠模型。 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序 | 小鼠中动脉闭塞（MCAO）模型 | 生物样本 | 涉及人类患者和小鼠模型，具体样本量未列明 | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2024-08-05 |
Unlocking the potential of senescence-related gene signature as a diagnostic and prognostic biomarker in sepsis: insights from meta-analyses, single-cell RNA sequencing, and in vitro experiments
2024-02-26, Aging
DOI:10.18632/aging.205574
PMID:38412321
|
研究论文 | 该研究开发了一个与衰老相关的基因特征，以作为脓毒症的诊断和预后生物标志物 | 研究揭示了衰老相关基因在脓毒症中的诊断和预后价值，并提供了新的生物标志物候选 | 研究中样本来自单一基因表达数据库，可能影响结果的普适性 | 探讨衰老相关基因特征作为脓毒症的生物标志物的潜力 | 研究对象包括脓毒症样本和健康对照样本 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 42个对照样本和760个脓毒症样本 | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2024-08-04 |
Single-Cell RNA-seq reveals transcriptomic modulation of Alzheimer's disease by activated protein C
2024-02-21, Aging
DOI:10.18632/aging.205624
PMID:38385967
|
研究论文 | 单细胞RNA测序揭示了激活蛋白C对阿尔茨海默病的转录组调节 | 研究发现激活蛋白C能够通过下调炎症过程和恢复神经系统功能来改善阿尔茨海默病模型的小鼠的认知功能 | 未提及研究的局限性 | 探讨激活蛋白C在阿尔茨海默病进展中的潜在影响 | 使用5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型与野生型小鼠进行比较研究 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用5xFAD小鼠和野生型小鼠进行比较 | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics identifies senescence-associated secretory phenotype (SASP) features of testicular aging in human
2024-02-12, Aging
DOI:10.18632/aging.205538
PMID:38349859
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学揭示了人类睾丸老化的细胞衰老相关分泌表型特征 | 首次使用单细胞RNA测序分析睾丸老化的细胞间通讯网络，并识别了衰老睾丸中主要表达于莱迪格细胞的SASP相关基因 | 尚无法提前预测睾丸老化的发生 | 探讨睾丸老化的分子机制及其细胞衰老相关分泌表型特征 | 主要研究对象为不同年龄组的人类睾丸样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 使用GEO数据库中的数据，涉及年轻组与老年组的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-08-04 |
Machine learning constructs a T cell-related signature for predicting prognosis and drug sensitivity in ovarian cancer
2024-02-09, Aging
DOI:10.18632/aging.205536
PMID:38345575
|
研究论文 | 本文构建了一个T细胞相关的预后标志以预测卵巢癌的预后和药物敏感性 | 使用10种不同的机器学习算法构建了TRS预测卵巢癌患者的临床结果和免疫治疗反应 | 本文的限制未详细说明 | 研究卵巢癌中T细胞相关标志物与预后及药物敏感性之间的关系 | 卵巢癌患者 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因组数据 | 多个数据集，包括TCGA和其他GSE数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2024-08-05 |
Anoikis-related gene signature is associated with immune infiltration and predicts the prognosis of non-small cell lung cancer
2024-02-07, Aging
DOI:10.18632/aging.205522
PMID:38329444
|
研究论文 | 本文探讨了与anoikis相关的基因签名与非小细胞肺癌的免疫浸润相关，并预测其预后 | 提出了一个基于与anoikis相关的基因的预后模型，并分析了其与免疫特征的相关性 | 未详细讨论其他可能影响免疫浸润的因素 | 探讨anoikis在非小细胞肺癌患者中的预后价值和治疗指导 | 研究对象为非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了来自RNA测序的数据集，样本量未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-08-04 |
Integrative analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data revealed disulfidptosis genes-based molecular subtypes and a prognostic signature in lung adenocarcinoma
2024-02-05, Aging
DOI:10.18632/aging.205509
PMID:38319721
|
研究论文 | 本文进行了一项单细胞和bulk RNA测序数据的综合分析，揭示了基于二硫化物凋亡基因的分子亚型和预后特征 | 本文首次提出并验证了基于二硫化物凋亡基因的预后风险模型DRG评分，推动了肺腺癌的免疫治疗和化疗研究 | 研究中可能存在样本量限制和数据来源的偏倚 | 探索二硫化物凋亡基因在肺腺癌中的作用及其预后价值 | 本研究主要针对肺腺癌患者样本，通过单细胞RNA测序和bulk RNA测序分析 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | Cox回归和LASSO回归 | 基因表达数据 | TCGA样本和GSE131907数据集中的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2024-08-04 |
scGIST: gene panel design for spatial transcriptomics with prioritized gene sets
2024-02-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03185-y
PMID:38408997
|
研究论文 | 本文提出了一个名为scGIST的工具，用于设计优先考虑特定基因的单细胞空间转录组面板 | scGIST是一个受限特征选择工具，能够在不影响细胞类型检测精度的情况下设计面板 | 该工具面板大小受限于基因数，且依赖于荧光原位杂交技术 | 研究旨在改善单细胞空间转录组技术中的基因面板设计 | 研究对象包括不同细胞类型的标记基因及其他感兴趣基因 | 数字病理学 | NA | 荧光原位杂交 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-08-04 |
Characterizing hub biomarkers for post-transplant renal fibrosis and unveiling their immunological functions through RNA sequencing and advanced machine learning techniques
2024-02-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04971-9
PMID:38378674
|
研究论文 | 本文探讨了肾移植后肾纤维化的中心生物标志物及其免疫功能 | 识别了与肾纤维化相关的四个核心基因及其潜在的有效小分子，提出了新的研究思路 | 缺乏临床数据验证所识别生物标志物的实用性 | 研究肾移植后肾纤维化的生物标志物及其机制 | 聚焦于肾纤维化患者的基因组数据和小鼠模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | RNA测序、单细胞测序、加权基因共表达网络分析 (WGCNA) | NA | 转录组数据 | 从NCBI基因表达综合体 (GEO) 获取的多名患者的数据和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-08-04 |
Senescent fibroblast facilitates re-epithelization and collagen deposition in radiation-induced skin injury through IL-33-mediated macrophage polarization
2024-02-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04972-8
PMID:38369466
|
研究论文 | 这篇文章探讨了衰老成纤维细胞在辐射诱导的皮肤损伤中的作用 | 本研究揭示了p16表达的衰老成纤维细胞通过分泌IL-33促进辐射诱导的皮肤愈合的机制 | 本研究的限制在于未完全阐明所有潜在的细胞机制和其他因素 | 研究衰老细胞在辐射诱导的皮肤损伤中的作用及其机制 | 辐射诱导的皮肤损伤中的衰老成纤维细胞及其对愈合过程的影响 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序, 转录组测序 | NA | 单细胞数据, 组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 215 | 2024-08-05 |
Diffuse large B-cell lymphoma: the significance of CD8+ tumor-infiltrating lymphocytes exhaustion mediated by TIM3/Galectin-9 pathway
2024-02-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05002-3
PMID:38369502
|
研究论文 | 本研究探讨了TIM3/Galectin-9通路在弥漫大B细胞淋巴瘤中对CD8+肿瘤浸润淋巴细胞疲惫的意义 | 首次揭示了TIM3/Galectin-9通路在CD8+肿瘤浸润淋巴细胞疲惫及免疫逃逸中的关键作用 | 对TIM3介导的CD8+TILs疲惫机制的理解仍然较为有限 | 明确TIM3介导的CD8+TILs疲惫的潜在通路及其在弥漫大B细胞淋巴瘤中的重要性 | 研究对象为弥漫大B细胞淋巴瘤中的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序，RNA测序 | NA | RNA，免疫组化 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-08-05 |
Potential crosstalk between SPP1 + TAMs and CD8 + exhausted T cells promotes an immunosuppressive environment in gastric metastatic cancer
2024-02-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04688-1
PMID:38365757
|
研究论文 | 本文研究了SPP1+ TAM与CD8+衰竭T细胞在胃癌转移中的相互作用及其免疫抑制环境的影响 | 首次揭示了SPP1+ TAMs与CD8+衰竭T细胞之间的相互作用及其在胃癌转移中的免疫抑制作用 | 研究主要依赖于动物模型，可能存在物种间差异 | 探讨SPP1+ TAM在胃癌转移中的作用 | SPP1+ TAM和CD8+衰竭T细胞的相互作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组分析和动物模型 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals immunosuppressive landscape in overweight and obese colorectal cancer
2024-02-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04921-5
PMID:38311726
|
研究论文 | 本研究探讨了超重和肥胖结直肠癌（CRC）的免疫抑制环境和代谢特征 | 首次在单细胞层面揭示了超重和肥胖CRC的免疫抑制微环境和特定代谢重编程 | 样本量相对较小，仅包括15名超重/肥胖及15名正常体重CRC患者 | 深入理解超重和肥胖CRC的肿瘤特征以推动更有效的治疗方案 | 超重/肥胖及正常体重的结直肠癌患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组数据 | 192,785个细胞，来自30名CRC患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-08-05 |
A fast, scalable and versatile tool for analysis of single-cell omics data
2024-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02139-9
PMID:38191932
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞组学数据分析的非线性降维算法SnapATAC2 | 该算法在提高单细胞组学数据异质性捕捉精度的同时，确保了运行时和内存使用的高效性 | 传统降维技术在计算效率和生物多样性描述上仍面临挑战 | 研究单细胞组学数据的降维与细胞异质性分析 | 多种单细胞组学数据集，包括单细胞RNA测序等 | 数字病理 | NA | 单细胞组学技术 | 非线性降维算法 | 组学数据 | 多个单细胞组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2024-08-04 |
Insight into Tetrabromobisphenol A-Associated Liver Transcriptional Landscape via Single Cell RNA Sequencing
2024-02, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202300477
PMID:37867281
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术描述了四溴双酚A引起的小鼠肝脏转录组特征 | 揭示了四溴双酚A（TBBPA）对肝细胞和内皮细胞的功能障碍及其对免疫细胞招募的影响 | 研究仅在小鼠模型中进行，需在其他模型和人类样本中验证 | 探讨环境毒素四溴双酚A引发的肝脏损伤机制 | 小鼠肝脏中的主要细胞类型 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2024-08-05 |
Identification and Validation of Glomeruli Cellular Senescence-Related Genes in Diabetic Nephropathy by Multiomics
2024-02, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202300453
PMID:37957539
|
研究论文 | 本研究旨在识别和验证与糖尿病肾病相关的肾小球细胞衰老相关基因 | 研究首次揭示FOS和ZFP36可能在糖尿病肾病中发挥抗衰老作用 | 研究中只是验证了部分核心基因的表达，仍需更大规模的验证 | 提供新的线索以基于抗衰老策略治疗糖尿病肾病 | 研究对象包括糖尿病肾小球和对照肾小球样本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 微阵列分析, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 41个糖尿病肾小球和20个对照肾小球样本 | NA | NA | NA | NA |