单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-05 |
Diffuse large B-cell lymphoma: the significance of CD8+ tumor-infiltrating lymphocytes exhaustion mediated by TIM3/Galectin-9 pathway
2024-02-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05002-3
PMID:38369502
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研究论文 | 本研究探讨了TIM3/Galectin-9通路在弥漫大B细胞淋巴瘤中对CD8+肿瘤浸润淋巴细胞疲惫的意义 | 首次揭示了TIM3/Galectin-9通路在CD8+肿瘤浸润淋巴细胞疲惫及免疫逃逸中的关键作用 | 对TIM3介导的CD8+TILs疲惫机制的理解仍然较为有限 | 明确TIM3介导的CD8+TILs疲惫的潜在通路及其在弥漫大B细胞淋巴瘤中的重要性 | 研究对象为弥漫大B细胞淋巴瘤中的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序，RNA测序 | NA | RNA，免疫组化 | NA |
| 182 | 2024-08-05 |
Potential crosstalk between SPP1 + TAMs and CD8 + exhausted T cells promotes an immunosuppressive environment in gastric metastatic cancer
2024-02-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04688-1
PMID:38365757
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研究论文 | 本文研究了SPP1+ TAM与CD8+衰竭T细胞在胃癌转移中的相互作用及其免疫抑制环境的影响 | 首次揭示了SPP1+ TAMs与CD8+衰竭T细胞之间的相互作用及其在胃癌转移中的免疫抑制作用 | 研究主要依赖于动物模型，可能存在物种间差异 | 探讨SPP1+ TAM在胃癌转移中的作用 | SPP1+ TAM和CD8+衰竭T细胞的相互作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组分析和动物模型 | NA | 转录组数据 | NA |
| 183 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals immunosuppressive landscape in overweight and obese colorectal cancer
2024-02-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04921-5
PMID:38311726
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研究论文 | 本研究探讨了超重和肥胖结直肠癌（CRC）的免疫抑制环境和代谢特征 | 首次在单细胞层面揭示了超重和肥胖CRC的免疫抑制微环境和特定代谢重编程 | 样本量相对较小，仅包括15名超重/肥胖及15名正常体重CRC患者 | 深入理解超重和肥胖CRC的肿瘤特征以推动更有效的治疗方案 | 超重/肥胖及正常体重的结直肠癌患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组数据 | 192,785个细胞，来自30名CRC患者的样本 |
| 184 | 2024-08-05 |
A fast, scalable and versatile tool for analysis of single-cell omics data
2024-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02139-9
PMID:38191932
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞组学数据分析的非线性降维算法SnapATAC2 | 该算法在提高单细胞组学数据异质性捕捉精度的同时，确保了运行时和内存使用的高效性 | 传统降维技术在计算效率和生物多样性描述上仍面临挑战 | 研究单细胞组学数据的降维与细胞异质性分析 | 多种单细胞组学数据集，包括单细胞RNA测序等 | 数字病理 | NA | 单细胞组学技术 | 非线性降维算法 | 组学数据 | 多个单细胞组学数据集 |
| 185 | 2024-08-04 |
Immunotherapy-resistant acute lymphoblastic leukemia cells exhibit reduced CD19 and CD22 expression and BTK pathway dependency
2024-Feb-20, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175199
PMID:38376944
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研究论文 | 本文探讨了对CD19免疫疗法产生耐药性的急性淋巴细胞白血病细胞的特征，发现其CD19和CD22的表达减少，并依赖于BTK通路 | 本研究首次揭示了CD19免疫耐药细胞中CD19和CD22表达的联合丧失以及对BTK通路的依赖性 | 研究主要基于体外模型，临床样本数量相对较少 | 探讨CD19免疫疗法耐药性机制及其对细胞信号通路的影响 | 急性淋巴细胞白血病细胞及其耐药性相关特征 | 数字病理 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq), 转座酶可及染色质测序 (ATAC-Seq), 大质量细胞术 | NA | 细胞 | 来自多名（儿科和年轻成人）复发B细胞急性淋巴细胞白血病患者的样本 |
| 186 | 2024-08-04 |
Insight into Tetrabromobisphenol A-Associated Liver Transcriptional Landscape via Single Cell RNA Sequencing
2024-02, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202300477
PMID:37867281
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术描述了四溴双酚A引起的小鼠肝脏转录组特征 | 揭示了四溴双酚A（TBBPA）对肝细胞和内皮细胞的功能障碍及其对免疫细胞招募的影响 | 研究仅在小鼠模型中进行，需在其他模型和人类样本中验证 | 探讨环境毒素四溴双酚A引发的肝脏损伤机制 | 小鼠肝脏中的主要细胞类型 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 187 | 2024-08-05 |
Identification and Validation of Glomeruli Cellular Senescence-Related Genes in Diabetic Nephropathy by Multiomics
2024-02, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202300453
PMID:37957539
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研究论文 | 本研究旨在识别和验证与糖尿病肾病相关的肾小球细胞衰老相关基因 | 研究首次揭示FOS和ZFP36可能在糖尿病肾病中发挥抗衰老作用 | 研究中只是验证了部分核心基因的表达，仍需更大规模的验证 | 提供新的线索以基于抗衰老策略治疗糖尿病肾病 | 研究对象包括糖尿病肾小球和对照肾小球样本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 微阵列分析, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 41个糖尿病肾小球和20个对照肾小球样本 |
| 188 | 2024-08-04 |
From patient tissue correlates to molecular mechanisms of cancer immune evasion: the emerging role of CD58 and PD-L1 co-regulation via CMTM6
2024-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-023-00224-9
PMID:38082156
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研究论文 | 本文探讨了CD58和PD-L1的共同调节在癌症免疫逃逸中的作用 | 揭示了CD58损失导致免疫逃逸的机制，并发现CMTM6在CD58和PD-L1的双重调节中的关键作用 | 仅在黑色素瘤患者样本中进行研究，可能不适用于所有类型癌症 | 研究癌细胞内在的免疫逃逸机制 | 黑色素瘤患者的组织样本和衍生的共同培养模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组分析 | 共同培养模型 | 组织样本 | 患者样本与肿瘤浸润性淋巴细胞的联合样本 |
| 189 | 2024-08-05 |
A conserved transcriptional program for MAIT cells across mammalian evolution
2024-Feb-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20231487
PMID:38117256
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研究论文 | 本文研究了MAIT细胞在跨越110百万年进化的六个物种中的转录组特征 | 揭示了不同物种中MAIT细胞成熟的保守转录事件，以及其在不同物种中的共享转录程序 | 主要集中在六个特定物种，可能无法全面代表所有哺乳动物的MAIT细胞功能 | 探索MAIT细胞在哺乳动物进化中的功能和转录程序 | 涉及六种跨越110百万年进化的物种中的MAIT细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 六种物种的MAIT细胞样本 |
| 190 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing reveals Hippo signaling as a driver of fibrosis in hidradenitis suppurativa
2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169225
PMID:38051587
|
研究论文 | 这篇文章整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫染色，为慢性脓肿性皮肤病的发病机制提供了前所未有的视角 | 首次揭示了Hippo信号通路在脓肿性皮肤病纤维化中的核心作用 | 尚未明确临床验证和实际应用的效果 | 研究脓肿性皮肤病的发病机制及其纤维化反应 | 主要关注脓肿性皮肤病中的细胞参与者及其相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 191 | 2024-08-05 |
Cross-Omic Transcription Factor Analysis: An Insight on Transcription Factor Accessibility and Expression Correlation
2024-02-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15030268
PMID:38540327
|
研究论文 | 本文探讨了不同功能基因组区域内转录因子的表达与模体信息之间的相关性 | 提出了对基因活动矩阵（GAM）和基因组注释基因活动矩阵（GAGAM）贡献的元分析，并探讨了转录因子的动态 | 对可及区域如何影响基因表达的概念缺乏明确的定义 | 研究转录因子表达与转录因子在不同细胞类型中的动态如何相关 | 不同功能基因组区域内的转录因子 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 192 | 2024-08-05 |
An integrated single-cell RNA-seq atlas of the mouse hypothalamic paraventricular nucleus links transcriptomic and functional types
2024-02, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.13367
PMID:38281730
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研究论文 | 本研究构建了小鼠下丘脑旁核的转录组细胞类型详细图谱 | 整合了多个PVN单细胞数据集，并进行功能性表征，首次提供了不同神经内分泌亚型的详细分类 | 目前的分子分类仍不够充分，未来需要更多的数据来完善分类 | 旨在详细描述小鼠下丘脑旁核的转录组细胞类型及其功能 | 研究对象为小鼠下丘脑旁核的神经细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 整合多个小鼠下丘脑旁核单细胞数据集，具体样本数量未明 |
| 193 | 2024-08-04 |
Resolving cellular dynamics using single-cell temporal transcriptomics
2024-02, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2023.103060
PMID:38194753
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综述 | 本文讨论了通过单细胞时间转录组学解决细胞动态的方法 | 介绍了非破坏性活细胞转录组学方法，并探讨了其与计算模型的互补性质 | 未具体提及研究的限制 | 加深对细胞动态及其在发育过程和疾病进展中作用的理解 | 单细胞转录组学及其在细胞状态动态重建中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算模型 | 转录组数据 | NA |
| 194 | 2024-08-05 |
Computing Minimal Boolean Models of Gene Regulatory Networks
2024-02, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2023.0122
PMID:37889991
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研究论文 | 文章提出了一种算法，用于优化基因调控网络的数据拟合和噪声消除。 | 提出了一种新的方法，将实验数据整合并通过优化线性目标函数在约束下寻找最佳一致结构。 | 对于基因调控的复杂性和实验技术的局限性，所需的逻辑规则未经预先确认。 | 开发一种算法，以最佳方式找到适合数据的基因调控网络。 | 对基因调控网络模型的构建与优化进行研究。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | 布尔网络 | 模拟数据和公开的scRNA-Seq数据集 | NA |
| 195 | 2024-08-04 |
Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.03.556122
PMID:37732188
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研究论文 | 本文提出Polaris，一个用于图像基础空间转录组分析的分析管道 | 结合深度学习模型进行细胞分割和点检测，以及概率基因解码器以准确量化单细胞基因表达 | NA | 开发一个无缝的解决方案用于分析空间转录组数据 | 图像基础空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | 图像 | NA |
| 196 | 2024-08-05 |
Immunoregulatory and neutrophil-like monocyte subsets with distinct single-cell transcriptomic signatures emerge following brain injury
2024-Feb-03, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03032-8
PMID:38310257
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研究论文 | 本研究揭示了脑损伤后单核细胞亚群的免疫调节特性及其单细胞转录组特征 | 首次表明创伤导致特定CD115/Ly6C单核细胞群体的释放，并与神经保护相关 | 研究主要在小鼠模型中进行，临床应用需要进一步验证 | 探索脑损伤后单核细胞的免疫反应和潜在的神经保护机制 | 小鼠模型中观察到的单核细胞亚群及其转录组特征 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中观察的单核细胞数目未具体说明 |
| 197 | 2024-08-04 |
Preparation of High-Viability Single-Cell Suspensions from African Turquoise Killifish Brain Tissue
2024-02-01, Cold Spring Harbor protocols
DOI:10.1101/pdb.prot107829
PMID:36931736
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research paper | 本研究描述了如何从非洲蓝色杀鱼的脑组织中准备高活性的单细胞悬液 | 本研究创新性地提供了一种从新兴模型生物制备高活性单细胞悬液的协议 | 未提及该方法在其他物种或组织中的适用性 | 本研究的目的是为单细胞测序准备高活性的单细胞悬液 | 非洲蓝色杀鱼的脑组织 | NA | NA | 酶解与机械解离 | NA | NA | 研究成功用于非洲蓝色杀鱼的10× Genomics单细胞测序实验 |
| 198 | 2024-08-04 |
Sfrp1 inhibits lung fibroblast invasion during transition to injury-induced myofibroblasts
2024-Feb, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.01326-2023
PMID:38212077
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研究论文 | 本文研究了Sfrp1在肺纤维母细胞转变为损伤诱导的肌成纤维细胞过程中的抑制作用 | 首次揭示了Sfrp1在调节人类肺纤维母细胞对TGFβ1响应中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和特定患者组织样本，可能限制结果的普遍适用性 | 探讨肺纤维母细胞在损伤和修复过程中的命运变化 | 小鼠肺再生过程中的纤维母细胞及其转变 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、免疫染色 | NA | 组织样本 | 小鼠模型和特定的特发性肺纤维化患者组织样本 |
| 199 | 2024-08-05 |
AMPK signaling inhibits the differentiation of myofibroblasts: impact on age-related tissue fibrosis and degeneration
2024-Feb, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-023-10072-9
PMID:37917219
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研究论文 | 本研究探讨了AMPK信号通路对肌成纤维细胞分化的抑制作用以及其对与年龄相关的组织纤维化和退化的影响 | 提出AMPK信号通路作为肌成纤维细胞分化的有效抑制因子，揭示其在抗衰老和抑制纤维化作用中的重要性 | 没有明确讨论AMPK信号通路的所有潜在机制及其在不同类型组织中的适用性 | 研究AMPK信号通路在衰老相关的组织纤维化和退化过程中的作用 | 研究对象是肌成纤维细胞及其在组织纤维化过程中的分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组研究 | NA | 细胞 | NA |
| 200 | 2024-08-05 |
Intrahepatic IgA complex induces polarization of cancer-associated fibroblasts to matrix phenotypes in the tumor microenvironment of HCC
2024-Feb-15, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000772
PMID:38466639
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研究论文 | 本研究揭示了IgA复合物对肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞（CAFs）的影响 | 首次阐明了肝内IgA如何诱导HCC-CAFs朝向更恶性基质表型极化 | 本研究的样本量相对较小，仅分析了50个HCC样本 | 探讨IgA复合物在HCC肿瘤微环境中对CAFs的作用 | 从HCC样本中分离的癌相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 50个HCC样本 |