单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 444 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-07 |
Studying temporal dynamics of single cells: expression, lineage and regulatory networks
2024-Feb, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-023-01090-5
PMID:38495440
|
综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，通过计算方法研究细胞分化和细胞命运决定的时空动态 | 总结了轨迹推断（TI）、谱系追踪（LT）和基因调控网络（GRN）推断等不同计算方法的优势和局限 | 讨论了不同方法的局限性 | 探讨多细胞器官从单细胞到不同细胞类型的发育过程 | 研究细胞分化和细胞命运决定 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis deciphers heterogenous cancer stem-like cells in colorectal cancer and their organ-specific metastasis
2024-02-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330243
PMID:38050068
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和空间转录组分析，揭示了结直肠癌中异质性癌症干细胞样细胞及其器官特异性转移的机制 | 首次通过综合分析揭示了结直肠癌中具有高PTPRO和ASCL2表达的干细胞样细胞群是转移的关键，并展示了这些细胞群在肝脏和卵巢转移中的特异性 | NA | 揭示结直肠癌中异质性癌症细胞的类型及其器官特异性转移的机制 | 结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移中的单细胞转录组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2024-08-04 |
Cell-type deconvolution of bulk-blood RNA-seq reveals biological insights into neuropsychiatric disorders
2024-02-01, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.018
PMID:38306997
|
研究论文 | 本研究通过对大规模血液RNA测序数据进行细胞类型解卷积，提供了精神疾病的生物学见解 | 本研究使用计算推断细胞类型比重和基因表达，发现了多个未通过常规分析得出的与精神疾病相关的基因 | 该研究的细胞类型特定信号可能仍会受到某些因素的影响，且未使用单细胞测序 | 探讨基因变异与精神疾病风险之间的因果机制 | 来自1730例患有双相情感障碍和精神分裂症个体的全血样本 | 数字病理学 | 精神疾病 | RNA测序 | NA | 血液样本 | 1730个全血样本 | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-08-04 |
Landscape of Epstein-Barr virus gene expression and perturbations in cancer
2024-Feb-02, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3911441/v1
PMID:38352479
|
研究论文 | 该文章研究了EB病毒在癌症中的基因表达及其扰动 | 首次识别出RPMS1非编码RNA通过干扰素反应的破坏支持癌细胞特性 | 研究中未详细探讨癌细胞和健康细胞的具体环境交互 | 探索EB病毒在癌症中的基因表达及其对癌细胞特性的影响 | 研究与EB病毒相关的肿瘤及其细胞特性 | 数字病理学 | NA | 长读长单分子测序 | NA | 转录组数据 | 通过单细胞测序分离了来自同一组织活检的癌细胞和健康细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-08-05 |
Collagen induction of immune cells in the mammary glands during pregnancy
2024-Feb-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
|
研究论文 | 该研究评估了妊娠-哺乳周期中乳腺胶原蛋白的动态变化 | 本研究首次显示免疫细胞在乳腺胶原动态中发挥作用 | 本研究主要依赖单细胞RNA测序数据，可能未能涵盖所有细胞类型的完整情况 | 阐明妊娠-哺乳周期中乳腺胶原的动态特征 | 乳腺组织中的免疫细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-08-04 |
STIGMA: Single-cell tissue-specific gene prioritization using machine learning
2024-02-01, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.011
PMID:38228144
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用单细胞RNA-seq数据的针对特定组织的基因优先排序方法STIGMA | STIGMA通过学习不同细胞类型在健康器官生成过程中的基因表达动态，弥补了现有方法未能捕捉细胞亚群体表达异质性的不足 | 未提及具体局限性 | 研究主要致力于利用单细胞转录组数据优先排序与罕见先天疾病相关的候选基因 | 研究对象包括小鼠肢体和人类胎心的单细胞RNA-seq数据集，以及特定先天性疾病患者的基因变异 | 机器学习 | 先天性疾病 | 单细胞RNA-seq（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及7,958个个体的研究，特定病例的样本数量未明确说明 | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-08-05 |
Astrocyte-like subpopulation of NG2 glia in the adult mouse cortex exhibits characteristics of neural progenitor cells
2024-02, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24471
PMID:37772368
|
研究论文 | 本研究探讨了成年小鼠皮层中NG2胶质细胞的特性及其在缺血后的功能 | 首次发现NG2胶质细胞具有神经祖细胞的表型，并显示其在缺血后可能发展为神经元样细胞 | 研究主要集中在小鼠模型中，结果是否适用于人类尚需进一步验证 | 调查缺血脑中NG2胶质细胞的特性及功能 | 使用转基因小鼠标记NG2表达细胞及其后代 | 数字病理学 | 脑缺血 | 单细胞RNA测序、膜片钳技术 | NA | 基因表达数据、免疫组化分析 | 转基因小鼠的不同亚群体，具体样本数量未说明 | NA | NA | NA | NA |
| 188 | 2024-08-05 |
Cell type evolution reconstruction across species through cell phylogenies of single-cell RNA sequencing data
2024-Feb, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02281-9
PMID:38182680
|
研究论文 | 该论文探讨了细胞类型的起源和进化，利用单细胞RNA测序数据重建细胞谱系 | 首次通过显式的谱系学方法应用于单细胞数据，使用主成分作为谱系特征以构建细胞谱系 | 谱系构建依赖于现有的数据，可能受限于样本的多样性和数量 | 研究细胞类型的进化及其在不同物种之间的比较 | 来自五种远缘相关哺乳动物的眼细胞的比较单细胞数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 主成分分析 | 基因表达数据 | 五种哺乳动物的眼细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2024-08-04 |
TFvelo: gene regulation inspired RNA velocity estimation
2024-Feb-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45661-w
PMID:38360714
|
研究论文 | TFvelo 是一种扩展 RNA 速度概念的模型，通过引入基因调控信息来提高模型的准确性 | 提出了一种不依赖剪接信息的 RNA 速度估计方法，结合了基因调控信息 | 可能在某些数据集上表现不佳，具体限制未在文中详细说明 | 提高 RNA 速度估计的准确性，拓宽其在单细胞数据上的应用 | 基因动态和细胞伪时间的推断 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 合成数据和多组单细胞 RNA-seq 数据集 | 具体样本数量未在文中说明 | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2024-08-04 |
Progress in single-cell multimodal sequencing and multi-omics data integration
2024-Feb, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-023-01092-3
PMID:38495443
|
综述 | 本文总结了单细胞多模态组学数据的实验方法和多组学数据整合的计算方法 | 提出了将多种单细胞组学技术整合以获得更全面的细胞状态 | 可能没有深入探讨每种整合技术的具体应用和局限性 | 旨在探讨单细胞多模态组学及其数据整合在理解细胞状态和基因调控中的应用 | 单细胞多模态组学技术和数据整合方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveals granzyme K-expressing cytotoxic Tfh cells in tertiary lymphoid structures in IgG4-RD
2024-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.019
PMID:37652139
|
研究论文 | 本研究揭示了在IgG4相关疾病患者的三级淋巴结构中表达颗粒酶K的细胞毒性Tfh细胞。 | 发现了一种新的HLA+GZMK+细胞毒性Tfh细胞亚群，并提出浸润的Tfr细胞可能抑制这些细胞的功能。 | 研究主要集中在IgG4相关疾病患者的特定组织，可能限制了结果的广泛适用性。 | 通过单细胞转录组学识别IgG4-RD患者三级淋巴结构中的GC-Tfh细胞亚群。 | 来自IgG4相关疾病患者的组织浸润T细胞。 | 数字病理 | IgG4相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 已分析的样本来自IgG4相关疾病患者的受累病灶中的CD3+ T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-05 |
Genome-wide meta-analysis implicates variation affecting mast cell biology in urticaria
2024-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.033
PMID:37690594
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联研究确定了影响荨麻疹易感性的基因组位点 | 识别了6个基因组位点与荨麻疹相关的常见遗传变异，这些位点涉及肥大细胞生物学中的特定基因 | 缺乏对其他种族或地区的研究结果，这可能限制了结果的普遍性 | 旨在确定影响荨麻疹易感性的基因组位点 | 研究对象为来自三个欧洲队列的荨麻疹病例和对照组 | 数字病理学 | 荨麻疹 | 全基因组关联研究 | NA | 遗传数据 | 14,306个荨麻疹病例和650,664个对照 | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2024-08-05 |
Unravelling the heterogeneity of oral squamous cell carcinoma by integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data
2024-02, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18108
PMID:38279519
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和整体转录组数据的综合分析揭示了口腔鳞状细胞癌的异质性 | 识别出四种主要的肿瘤细胞亚群及其独特的分子特征和功能特性，并探讨其与肿瘤微环境的相互作用 | 研究可能没有涵盖所有潜在的亚群和与其相关的临床特征 | 探讨口腔鳞状细胞癌组织中肿瘤细胞的异质性及其与肿瘤微环境的相互作用 | 口腔鳞状细胞癌组织中的肿瘤细胞亚群及其功能特征 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-05 |
A multi-dimensional approach to unravel the intricacies of lactylation related signature for prognostic and therapeutic insight in colorectal cancer
2024-02-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04955-9
PMID:38419085
|
研究论文 | 该研究探讨了乳酸化在结直肠癌中的作用及其相关基因特征 | 该研究首创性地发现了结直肠癌中全球乳酸化的显著升高，并确认其作为CRC的独立预后因素 | 该研究的局限性未在摘要中明确提及 | 本研究旨在识别乳酸化相关基因与结直肠癌预后之间的关系 | 研究对象为结直肠癌患者的肿瘤组织及细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序、Cox回归和Lasso回归分析 | NA | 组织微阵列、基因组数据库、细胞系 | 在研究中涉及了多个结直肠癌患者的样本，但具体样本数量未在摘要中提供 | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-04 |
Metabolic heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma revealed by single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics
2024-02-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04848-x
PMID:38414015
|
研究论文 | 本研究揭示了透明细胞肾细胞癌的代谢异质性 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的代谢变化 | 研究主要集中在透明细胞肾细胞癌，可能不适用于其他肿瘤类型 | 分析透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境的代谢重编程 | 透明细胞肾细胞癌及其肿瘤微环境中的多种细胞类型 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 195个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-08-05 |
Integrative single-cell transcriptomic analyses reveal the cellular ontological and functional heterogeneities of primary and metastatic liver tumors
2024-02-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04947-9
PMID:38414027
|
研究论文 | 本文阐述了原发性和转移性肝肿瘤细胞生态的本体论和功能异质性 | 通过单细胞转录组学分析，揭示了肝肿瘤微环境中新发现的细胞群体及其功能差异 | 本研究主要基于已获得的转录组数据，可能存在样本偏差 | 明确原发性和转移性肝肿瘤细胞生态系统的异质性 | 原发性肝肿瘤、转移性肝肿瘤及非肿瘤肝组织的细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-seq、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-08-05 |
Decoding the transcriptional heterogeneity, differentiation lineage, clinical significance in tissue-resident memory CD8 T cell of the small intestine by single-cell analysis
2024-02-25, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04978-2
PMID:38403590
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了小肠组织驻留记忆CD8 T细胞的转录异质性、分化谱系及临床意义 | 首次整合scRNA-seq和scTCR-seq数据探索小肠Trm细胞的异质性和其发育途径 | 未详细探讨Trm细胞在不同组织中的功能差异以及其他细胞类型的影响 | 研究小肠组织驻留记忆T细胞的转录特征和发育路径 | 小肠中的组织驻留记忆CD8 T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq和scTCR-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 198 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Communication in Diabetic Retinopathy
2024-Feb-21, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
|
研究论文 | 本研究首次基于单细胞RNA测序调查了RPE细胞在糖尿病视网膜病变中的细胞间信号传递机制 | 该研究首次揭示了RPE细胞在糖尿病视网膜病变进展中传递信号的作用 | 该研究依赖于小鼠模型，可能不能完全代表人类疾病 | 研究糖尿病视网膜病变中视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞之间的受体-配体通信 | 小鼠视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞的通信 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用GEO数据库的一个小鼠单细胞RNA测序数据集 (GSE178121) | NA | NA | NA | NA |
| 199 | 2024-08-05 |
A single-cell atlas of the murine pancreatic ductal tree identifies novel cell populations with potential implications in pancreas regeneration and exocrine pathogenesis
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582044
PMID:38463969
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序全面描述了小鼠胰腺导管的异质性，识别了新的细胞群体，可能对胰腺再生和外分泌病理有重要影响 | 识别出15个胰腺健康状态下共存的导管细胞群体，并揭示了其在组织形成和内分泌分化中的潜力 | 主要研究集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类胰腺的复杂特征 | 研究胰腺导管细胞的异质性及其在胰腺再生和外分泌病理中的作用 | 小鼠胰腺导管的不同细胞群体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 使用胰腺伤害模型、胰腺肿瘤样本，以及健康胰腺样本 | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-04 |
A statistical learning method for simultaneous copy number estimation and subclone clustering with single-cell sequencing data
2024-02-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278098.123
PMID:38290978
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于融合套索模型的亚克隆聚类方法FLCNA，旨在同时检测单细胞DNA测序数据中的拷贝数异常(CNA) | FLCNA方法通过融合套索模型实现了同时检测CNA和亚克隆聚类，克服了现有方法可能产生的错误结果 | 未提及具体的限制 | 研究旨在改善在复杂细胞群体中亚克隆识别的准确性 | 研究对象为乳腺癌的单细胞DNA测序数据集 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞DNA测序（scDNA-seq） | 融合套索模型 | 基因组数据 | 未提及具体样本量 | NA | NA | NA | NA |