单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2026-03-21	Characterization of the m6A/m1A/m5C/m7G-related regulators on the prognosis and immune microenvironment of glioma by integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data 2024-02, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3666 PMID:38391150	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了m6A/m1A/m5C/m7G相关调节因子在胶质瘤预后和免疫微环境中的作用	首次整合了m6A、m1A、m5C和m7G四种RNA甲基化调节因子，在胶质瘤中分析其与预后和肿瘤内异质性的关系	NA	研究RNA甲基化调节因子对胶质瘤预后和免疫微环境的影响	胶质瘤患者样本	生物信息学	胶质瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	机器学习方法, 多元Cox回归分析	RNA测序数据	三个内部单细胞RNA测序数据集和一个公开批量RNA测序数据队列	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
2	2026-03-13	A Cell Cycle-aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-cell RNA-seq and ATAC-seq 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.31.578213 PMID:38352302	研究论文	本文开发了一种细胞周期感知网络（CCAN），用于在整合单细胞多组学数据时去除细胞周期效应，同时保留细胞类型特异性变异	这是首个研究单细胞多组学数据整合中细胞周期效应的计算模型	NA	研究单细胞多组学数据整合中的细胞周期效应，并开发去除该效应的方法	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据	机器学习	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	细胞周期感知网络（CCAN）	单细胞多组学数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	NA
3	2026-03-13	Tracking early mammalian organogenesis - prediction and validation of differentiation trajectories at whole organism scale 2024-02-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201867 PMID:37982461	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序追踪小鼠早期器官发生过程，结合计算预测和实验验证，揭示了细胞分化轨迹	整合了高密度时间点单细胞数据（从E6.5到E9.5），首次在整体生物尺度上预测并验证了分化轨迹，发现了新的体节来源内皮程序	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于其他物种；时间范围限于早期器官发生阶段	追踪早期哺乳动物器官发生过程，建立细胞状态与命运关系的高分辨率图谱	小鼠胚胎（E6.5至E9.5阶段）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算谱系重建模型	单细胞转录组数据	超过400,000个细胞（包括300,000个新采样细胞）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4	2026-03-10	Comprehensive Integration of Multiple Single-Cell Transcriptomic Data Sets Defines Distinct Cell Populations and Their Phenotypic Changes in Murine Atherosclerosis 2024-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320030 PMID:38152886	研究论文	本研究通过整合多个单细胞转录组数据集，定义了小鼠动脉粥样硬化中不同的细胞群体及其表型变化	开发了基于报告基因表达的算法来量化平滑肌细胞向巨噬细胞表型的转分化，并整合多个数据集进行元分析以解决现有研究中的不一致发现	研究受限于现有数据集的实验条件，且转分化事件在检测范围内极为罕见	解决动脉粥样硬化单细胞RNA测序研究中的不一致结果，并深入理解驻留血管细胞在疾病中的作用	小鼠动脉粥样硬化模型中的血管细胞，包括平滑肌细胞、内皮细胞和主动脉瓣细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，原位杂交	分类算法	单细胞转录组数据，图像数据	多个已发表数据集的整合，具体样本数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
5	2026-03-06	Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease 2024-02-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-53993-2 PMID:38351241	研究论文	本研究通过空间转录组学和单核RNA测序技术，优化了临床肝病样本的处理和分析流程，生成了空间分辨的单细胞数据集	首次结合空间转录组学和单核RNA测序，在肝纤维化样本中建立了组织处理、数据分析和细胞互作评估的优化框架	样本量有限，空间转录组学尚未达到单细胞分辨率，且组织保存技术对数据有影响	优化空间分辨单细胞转录组数据集的技术流程，以研究临床肝病	来自组织学正常或晚期纤维化患者的匹配肝样本	数字病理学	肝纤维化	空间转录组学, 单核RNA测序	NA	转录组数据	匹配的肝样本（具体数量未明确）	NA	空间转录组学, 单核RNA测序	NA	NA
6	2026-03-02	Obesogenic diet disrupts tissue-specific mitochondrial gene signatures in the artery and capillary endothelium 2024-Feb-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00109.2023 PMID:37982169	研究论文	本研究探讨了肥胖如何通过影响动脉和毛细血管内皮细胞中的线粒体基因表达，导致内皮功能障碍	揭示了肥胖饮食下调PPAR-γ，导致脂肪和肠系膜内皮细胞表型趋同的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限，且未深入探究PPAR-γ下游的具体分子通路	理解肥胖对内皮细胞代谢表型，特别是线粒体基因表达的影响	小鼠和人类的内皮细胞，重点关注脂肪和肠系膜血管床	生物信息学	肥胖相关代谢疾病	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-nuclei RNA-seq	NA	RNA-seq数据	小鼠脂肪和肠系膜血管内皮细胞，以及人类内脏脂肪单核RNA-seq数据集	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-nuclei RNA-seq	NA	NA
7	2026-03-02	Enabling methanol fixation of pediatric nasal wash during respiratory illness for single cell sequencing in comparison with fresh samples 2024-Feb, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-023-02780-2 PMID:37758866	研究论文	本研究开发了一种用于儿童下呼吸道感染患者鼻腔冲洗样本的甲醇固定方案，并验证了其用于单细胞RNA测序的可行性	首次提出并验证了甲醇固定法可用于保存儿童鼻腔冲洗样本以进行单细胞RNA测序，解决了临床样本处理灵活性和多中心合作的难题	本研究为初步研究，样本量有限，且仅针对儿童下呼吸道感染患者	开发并验证一种适用于儿童呼吸道感染临床样本的单细胞测序样本保存方法	因下呼吸道感染住院儿童的鼻腔冲洗样本	单细胞测序	下呼吸道感染	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	初步研究，具体样本数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
8	2026-02-17	Molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330748 PMID:37758326	研究论文	本研究通过分析肝内胆管癌患者化疗前的分子特征，预测其对化疗的反应差异，并揭示了肿瘤-髓系细胞相互作用在先天化疗耐药中的关键作用	首次基于化疗前诊断活检的转录组特征，区分出化疗快速进展者与长期生存者，并发现该特征源于肿瘤-髓系细胞动态失衡，与肝微环境密切相关	研究样本量有限，且为回顾性分析，需要在前瞻性队列中进一步验证和开发该转录组特征	预测晚期肝内胆管癌患者对化疗的获益差异，并阐明先天化疗耐药的分子基础	晚期肝内胆管癌患者的诊断活检组织	数字病理学	肝内胆管癌	全转录组测序、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	图像、转录组数据	一组基线特征可比的晚期肝内胆管癌患者（包括快速进展者和长期生存者）	NA	空间转录组学, 单细胞RNA-seq	GeoMx	靶向数字空间分析平台
9	2026-02-17	Pro-inflammatory feedback loops define immune responses to pathogenic Lentivirus infection 2024-02-05, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01290-y PMID:38317183	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了高致病性慢病毒感染引发延迟、广泛且持续的炎症反馈环路，从而驱动疾病进展的免疫机制	利用遗传相似但毒力不同的SIV变体感染猪尾猕猴模型，结合纵向单细胞转录组学和细胞间通讯技术，首次系统阐明了慢病毒致病性差异的免疫基础，并识别出CXCL10和CXCL16作为关键炎症驱动因子	研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类HIV感染的直接转化需谨慎；单细胞技术可能无法完全捕获所有免疫细胞亚群或低丰度信号	探究慢病毒（如HIV/SIV）致病性差异的免疫机制，特别是宿主与病毒因素如何影响炎症反应和疾病进展	猪尾猕猴感染遗传相似但毒力不同的猴免疫缺陷病毒（SIV）变体	免疫学	艾滋病	单细胞转录组学，细胞间通讯分析	NA	单细胞RNA-seq数据	猪尾猕猴队列的纵向样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
10	2026-02-13	The HSP90-MYC-CDK9 network drives therapeutic resistance in mantle cell lymphoma 2024-Feb-07, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00484-9 PMID:38326887	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了套细胞淋巴瘤中HSP90-MYC-CDK9网络是治疗耐药性的主要驱动力	首次在套细胞淋巴瘤中通过单细胞RNA测序分析揭示了从BTKi到CAR-T疗法的序贯耐药机制，并识别出HSP90AB1和CDK9作为早期驱动因子	样本量相对较小（25名患者的66个样本），且为观察性研究，需要进一步功能验证和临床试验确认	剖析套细胞淋巴瘤对BTKi和CAR-T疗法序贯耐药的潜在机制	套细胞淋巴瘤患者样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	25名患者的66个样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
11	2026-02-08	scGIST: gene panel design for spatial transcriptomics with prioritized gene sets 2024-02-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03185-y PMID:38408997	研究论文	本文提出了一种名为scGIST的约束特征选择工具，用于设计单细胞空间转录组学（sc-ST）的基因面板，优先考虑用户指定的基因，同时不损害细胞类型检测的准确性	scGIST是一种创新的约束特征选择工具，能够在有限的面板大小下优先纳入用户指定的基因（如配体-受体复合物或特定通路基因），同时保持细胞类型检测的准确性，解决了sc-ST技术中面板大小的关键挑战	NA	开发一种工具以优化单细胞空间转录组学（sc-ST）的基因面板设计，在有限的面板大小内平衡用户指定基因的优先纳入和细胞类型检测的准确性	单细胞空间转录组学（sc-ST）技术中的基因面板设计	空间转录组学	NA	单细胞空间转录组学（sc-ST），荧光原位杂交（FISH）	约束特征选择工具	基因表达数据	NA	NA	单细胞空间转录组学	NA	NA
12	2026-02-08	Kidney double positive T cells have distinct characteristics in normal and diseased kidneys 2024-02-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54956-3 PMID:38396136	研究论文	本研究探讨了正常和疾病状态下肾脏中TCR+CD4+CD8+（双阳性；DP）T细胞的存在、特征及功能	首次系统描述了肾脏DP T细胞在正常和损伤条件下的独特炎症与代谢特征，并利用单细胞RNA-seq揭示了其基因表达变化	DP T细胞在肾脏中为少数群体，其具体病理生理作用仍需进一步验证；人类样本仅来源于肾细胞癌患者，可能限制结果的普适性	探究正常和疾病状态下肾脏DP T细胞的特性与功能	小鼠肾脏（正常、缺血再灌注损伤、顺铂损伤、病毒感染模型）及人类肾细胞癌患者的肾脏组织	免疫学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型及人类肾细胞癌患者肾脏样本（具体数量未明确）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
13	2026-02-08	Circulating cancer-specific CD8 T cell frequency is associated with response to PD-1 blockade in Merkel cell carcinoma 2024-02-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101412 PMID:38340723	研究论文	本研究探讨了Merkel细胞癌中循环MCPyV特异性CD8 T细胞频率与PD-1阻断治疗反应之间的关联	首次利用MCPyV肽-HLA-I多聚体结合多色流式细胞术、单细胞转录组学和TCR测序，系统分析了病毒驱动癌症中特异性T细胞的特征，并发现循环中而非肿瘤内的这些细胞频率与治疗反应显著相关	样本量较小（27例患者），且研究仅针对病毒驱动的Merkel细胞癌，可能不适用于非病毒性癌症	探究癌症特异性T细胞在PD-1免疫治疗中的作用机制	Merkel细胞癌患者中的MCPyV特异性CD8 T细胞	免疫肿瘤学	Merkel细胞癌	MCPyV肽-HLA-I多聚体检测、26色流式细胞术、单细胞转录组学、T细胞受体测序	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据、TCR序列数据	27例Merkel细胞癌患者	NA	单细胞转录组学	NA	NA
14	2026-02-08	Lineage and ecology define liver tumor evolution in response to treatment 2024-02-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101394 PMID:38280378	研究论文	本文提出了一种基于单细胞转录组的策略，通过测量细胞谱系和生态来追踪肝癌患者纵向肿瘤活检的进化，并构建了一个谱系与生态评分系统来预测临床结果	开发了一种结合细胞谱系和微环境生态的联合动态评分系统，用于分类肿瘤状态并追踪其在治疗响应中的进化轨迹	NA	监测肝癌在治疗干预下的肿瘤进化，并预测临床结果	肝癌患者的纵向肿瘤活检样本	数字病理学	肝癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	包括纵向活检样本和额外716名肝癌患者的批量转录组数据	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
15	2026-02-03	Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites 2024-02-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7481 PMID:38354249	研究论文	本研究探讨了运动如何通过减少血流再循环并激活内皮SCD1酶来催化保护性脂质代谢物，从而改善血管健康	首次揭示了运动通过调节血流动力学（如减少主动脉弓小弯处的血流再循环）并激活内皮SCD1酶，催化产生抗炎脂质代谢物（油酸和棕榈油酸），为血管保护提供新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证；且SCD1的具体信号通路和长期效应需进一步探索	探究运动如何通过代谢转换器SCD1介导血管保护作用，并阐明其与血流动力学变化的关联	野生型小鼠、内皮特异性SCD1敲除小鼠、高脂饮食小鼠以及主动脉内皮细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	非靶向代谢组学分析、单细胞转录组学、计算机模拟分析、腺病毒转染	NA	代谢组数据、转录组数据、血流动力学模拟数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）	NA	单细胞转录组学	NA	NA
16	2026-01-24	Single-cell transcriptome analysis reveals keratinocyte subpopulations contributing to psoriasis in corneum and granular layer 2024-Feb, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13572 PMID:38279596	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了与银屑病相关的角质形成细胞亚群及其分子机制	首次在单细胞水平上系统鉴定了银屑病皮肤角质层和颗粒层中特定的角质形成细胞功能亚群，并阐明了它们参与的关键信号通路	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证；样本量相对有限；未进行体内功能实验验证	探究银屑病发病机制中角质形成细胞的具体功能亚群及其分子特征	正常和银屑病皮肤组织	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
17	2026-01-23	Bacterial phenotypic heterogeneity through the lens of single-cell RNA sequencing 2024 Feb-Apr, Transcription DOI:10.1080/21541264.2024.2334110 PMID:38532542	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在研究细菌表型异质性方面的应用与前景	将单细胞转录组学技术应用于微生物群体，为研究细胞分化和细菌生态学提供了新的视角	作为一篇综述文章，未涉及具体实验数据或方法验证	探讨细菌转录异质性及其在微生物系统中的作用	细菌群体及其转录异质性	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
18	2026-01-13	A comprehensive database of exosome molecular biomarkers and disease-gene associations 2024-02-15, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03015-7 PMID:38360815	研究论文	本研究开发了一个全面的外泌体核酸生物标志物和疾病-基因关联数据库ExMdb，整合了已发表文献和高通量数据集	首次构建了系统整合外泌体核酸生物标志物、疾病-基因关联和高通量测序数据的综合数据库，并进行了全面的生物信息学分析	数据库主要基于已发表数据，缺乏实验验证；癌症相关外泌体核酸的系统研究仍面临挑战	建立外泌体生物标志物数据库，研究复杂疾病的调控机制并促进诊断和治疗生物标志物的开发	外泌体核酸生物标志物、疾病-基因关联、高通量测序数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq	NA	文本数据、测序数据	4586个实验支持的基因-疾病关联、13768个诊断和治疗生物标志物、312049个核酸亚细胞定位、164个高通量数据集	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
19	2026-01-13	A single cell RNAseq benchmark experiment embedding "controlled" cancer heterogeneity 2024-02-02, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03002-y PMID:38307867	研究论文	本文介绍了一个基于10X Genomics scRNA-seq的实验，通过使用表达七种不同驱动基因的肺癌细胞系，创建了一个受控的异质性环境，旨在为分析癌症异质性的方法提供基准数据集	利用表达特定驱动基因的肺癌细胞系构建了一个受控的异质性scRNA-seq基准数据集，为癌症异质性分析方法提供了验证框架	NA	为癌症异质性分析方法的开发和验证提供基准数据集	肺癌细胞系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	NA
20	2025-11-06	Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.03.565463 PMID:37961672	研究论文	本文提出一种改进的条件变分自编码器方法，用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集	引入并比较多种正则化约束策略，提出结合VampPrior和循环一致性损失的新模型sysVI	方法主要针对cVAE框架，对其他整合方法的适用性需要进一步验证	开发能够有效处理显著批次效应同时保留生物学变异的单细胞数据整合方法	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	条件变分自编码器(cVAE)	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA