单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 444 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2026-09-13	vSPACE: Exploring Virtual Spatial Representation of Articular Chondrocytes at the Single-Cell Level 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.07.577817 PMID:38370845	研究论文	该文章提出了一种名为vSPACE的新方法，通过虚拟空间表示在二维空间中展示人类关节软骨细胞的单细胞RNA测序数据，揭示软骨细胞的带状分布模式	开发了vSPACE方法，通过模拟空间转录组学技术的概念（但以虚拟方式）将单细胞RNA测序数据在二维空间中进行虚拟空间表示，生成沿带状轴的插补空间分布模式，并发现这些模式在六个健康供体中具有可解释性和高度一致性	摘要中未提及该方法的局限性	探索人类关节软骨细胞在单细胞水平上的虚拟空间表示方法，以揭示细胞的带状分布模式	人类关节软骨细胞	机器学习	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6个健康供体	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
2	2026-08-25	Enabling methanol fixation of pediatric nasal wash during respiratory illness for single cell sequencing in comparison with fresh samples 2024-02, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-023-02780-2 PMID:37758866	研究论文	本研究开发了一种使用甲醇固定的儿科鼻洗液样本进行单细胞RNA测序的方案，并与新鲜样本进行比较，发现两者在定性和定量参数上无显著差异	首次提出并验证了甲醇固定儿科鼻洗液样本用于单细胞RNA测序的方案，解决了临床样本处理灵活性不足和多中心协作受限的问题	研究为试点研究，样本量可能有限，且仅针对住院儿童的下呼吸道感染患者，可能无法推广至其他人群或疾病	开发并验证一种利用甲醇固定的儿科鼻洗液样本进行单细胞RNA测序的方案，以克服临床样本处理的挑战，并促进多中心合作	患有下呼吸道感染的住院儿童的鼻洗液样本	机器学习和数字病理学	下呼吸道感染（包括肺炎、支气管炎和细支气管炎）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和甲醇固定	NA	单细胞基因表达数据	试点研究，具体样本数量未在标题和摘要中提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
3	2024-08-07	Recommendations on single-cell RNA sequencing of skin xenografts in the study of genetic skin diseases 2024-02, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15036 PMID:38389155	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4	2026-08-21	Quantifying the clusterness and trajectoriness of single-cell RNA-seq data 2024-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011866 PMID:38416795	研究论文	提出多个评分来量化单细胞RNA-seq数据的“聚类性”和“轨迹性”，以指导分析选择	首次提出基于多种数学方法（如距离分布、持续同调、向量幅度、Ripley's K和连通度）的评分体系，客观评估数据更偏向聚类还是轨迹	评分在模拟和真实数据上验证，但未详细讨论对复杂或噪声数据的鲁棒性	开发量化单细胞RNA-seq数据聚类性和轨迹性的评分方法，帮助研究者选择更合适的分析策略	模拟数据集和真实单细胞RNA-seq数据集	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量，包括模拟数据和真实单细胞RNA-seq数据	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
5	2026-08-21	A novel batch-effect correction method for scRNA-seq data based on Adversarial Information Factorization 2024-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011880 PMID:38386700	研究论文	提出一种基于对抗信息分解的scRNA-seq数据批次效应校正方法，无需细胞类型先验或特定标准化策略，适用于多种下游分析。	提出Adversarial Information Factorization方法，不依赖细胞类型先验知识或特定标准化策略，在低信噪比、批次特异性细胞类型、多批次不均衡等场景中表现优于现有方法，且能最好地保留细胞类型间相对基因表达，提升差异表达分析结果。	摘要未提及明显的局限性。	开发一种鲁棒的批次效应校正方法，以消除scRNA-seq数据中的批次效应，支持聚合下游分析。	scRNA-seq数据集，包括模拟场景和白血病队列。	机器学习	白血病	scRNA-seq	对抗网络（Adversarial Network）	基因表达数据（单细胞RNA测序数据）	未明确提及具体样本数量，提及多个模拟场景和一个白血病队列。	NA	scRNA-seq	NA	NA
6	2026-08-17	Defining Endogenous Mitochondrial Transfer in Muscle After Rotator Cuff Injury 2024-02, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/03635465231214225 PMID:38174367	研究论文	本研究探讨了肩袖损伤后肌肉中内源性线粒体从纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）向肌原细胞转移的过程，并评估了β-激动剂对这一过程的影响。	首次描述了肩袖损伤中FAPs与肌原细胞之间内源性线粒体转移的新机制，并发现β-激动剂能显著促进这一过程，为肩袖肌肉退化的治疗提供了新靶点。	研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证；未深入探讨线粒体转移对肌肉功能恢复的具体生理效应。	研究FAPs向肌原细胞线粒体水平转移的机制，并评估β-激动剂对这一过程的促进作用。	小鼠肩袖损伤模型、纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）、C2C12肌母细胞。	数字病理学	肩袖损伤（肌肉退化）	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、共培养、荧光显微镜、旋转盘共聚焦显微镜、双光子显微镜	NA	图像（荧光显微图像）、单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未在摘要中提及）	10x Genomics（推测，未明确指定）	单细胞RNA-seq	NA	NA
7	2026-08-09	Identifying Spatial Co-occurrence in Healthy and InflAmed tissues (ISCHIA) 2024-Feb, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-023-00006-5 PMID:38225383	研究论文	开发了ISCHIA计算框架，用于分析空间转录组数据中细胞类型和转录本在斑点内的空间共现，并在人类溃疡性结肠炎数据中验证了炎症诱导的细胞网络和配体-受体相互作用	首次提出利用空间转录组中斑点的固有邻近性重建细胞网络，共现分析独立于细胞丰度和表达水平，补充了差异表达分析	未明确提及局限性	开发计算框架以分析空间转录组中细胞类型和转录本的空间共现，并揭示炎症相关细胞网络和信号交互	人类溃疡性结肠炎患者的空间转录组数据集及匹配的单细胞分辨率数据	计算机视觉、机器学习	炎症性肠病（溃疡性结肠炎）	空间转录组学、单细胞RNA测序	计算框架（未指定具体模型类型）	空间转录组数据、单细胞数据	人类溃疡性结肠炎患者样本（具体数量未提及）	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	10x Visium平台用于空间转录组测序
8	2026-08-05	The cycling and aging mouse female reproductive tract at single-cell resolution 2024-02-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.01.021 PMID:38325365	研究论文	利用单细胞和空间转录组学系统描绘了小鼠雌性生殖道在动情周期、蜕膜化和衰老过程中的细胞及基因表达变化，揭示了成纤维细胞在组织重塑中的核心作用，并提出了周期性重塑驱动衰老相关纤维化和慢性炎症的模型。	首次以单细胞分辨率全面解析小鼠雌性生殖道各器官（卵巢、输卵管、子宫、宫颈、阴道）在动情周期各阶段、蜕膜化及衰老过程中的形态和基因表达变化，并揭示成纤维细胞在组织重塑中的器官特异性作用，提出并验证了周期性重塑导致衰老相关纤维化的新模型。	研究基于小鼠模型，其发现可能不完全适用于人类；化学消融周期性实验可能引入非生理性干扰；具体分子机制和临床转化仍需进一步研究。	系统表征小鼠雌性生殖道在生殖周期和衰老过程中的细胞和分子变化，并探讨周期性重塑对器官衰老的影响。	小鼠雌性生殖道组织，包括卵巢、输卵管、子宫、宫颈和阴道。	单细胞转录组学、空间转录组学	衰老相关疾病（如纤维化、慢性炎症）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据、空间转录组数据、形态学图像	不同动情周期阶段、蜕膜化和衰老过程中的小鼠雌性生殖道组织样本（具体数量未提及）	10x Genomics	单细胞RNA测序、空间转录组学	10x Chromium、10x Visium	10x Chromium单细胞3‘文库制备，10x Visium空间转录组学（具体版本未提及）
9	2026-06-30	Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia 2024-02, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC PMID:37874230	研究论文	本研究探讨细胞衰老在支气管肺发育不良（BPD）进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序证明高氧诱导的BPD中多种细胞类型（包括2型肺泡细胞）存在细胞衰老，并验证Foxo4-p53结合增加	未提及具体限制	验证细胞衰老是否促进高氧性支气管肺发育不良的进展	人类尸检肺组织及暴露于95%氧气的Sprague-Dawley新生大鼠	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序, 组织学, 转录组学, 免疫印迹	NA	基因表达数据, 组织图像	人类尸检肺组织及新生大鼠（P1-P10）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
10	2026-06-26	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-02-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文测试了使用现有灭活方案从高安全级别实验室移除单细胞RNA测序文库的可行性，并证明灭活不影响样本质量	首次验证了将现有核酸提取灭活方案用于移除单细胞测序文库，无需开发新方法即可安全操作	未明确说明不同灭活方案对特定病原体或极端条件下的适用性比较	评估现有灭活方案在处理单细胞RNA测序文库时的有效性和样本完整性	单细胞RNA测序文库在生物安全3级及以上实验室中的处理	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
11	2026-06-26	Residual ANTXR1+ myofibroblasts after chemotherapy inhibit anti-tumor immunity via YAP1 signaling pathway 2024-02-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45595-3 PMID:38346978	研究论文	化疗后残留的ANTXR1+肌成纤维细胞通过YAP1信号通路抑制抗肿瘤免疫	揭示了化疗对高级别浆液性卵巢癌中CAF亚群的不同影响，并发现ECM-myCAF通过YAP1通路抑制CD8 T细胞毒性，为靶向治疗提供新方向	未探讨其他CAF亚群在化疗后的具体作用机制，且样本量和临床验证有限	研究化疗对高级别浆液性卵巢癌中CAF亚群的影响及其免疫抑制机制	高级别浆液性卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞亚群	数字病理学	卵巢癌	单细胞分析、空间转录组学、免疫组织化学	NA	图像、转录组数据	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序、空间转录组学	10x Chromium、10x Visium	用于单细胞RNA测序和空间转录组分析的10x平台
12	2026-06-26	Tertiary lymphoid structures sustain cutaneous B cell activity in hidradenitis suppurativa 2024-02-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169870 PMID:38113104	研究论文	该研究结合组织学分析、单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了化脓性汗腺炎（HS）皮肤病变中三级淋巴结构的存在及其在B细胞活动中的作用	首次在HS皮肤病变中鉴定出三级淋巴结构，并描述了其内B细胞的成熟过程，包括生发中心反应和类别转换重组	NA	探究HS皮肤病变中B细胞的动态变化及其微环境相互作用	化脓性汗腺炎患者的皮肤病变组织	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序，空间转录组学，组织学分析	NA	图像，文本	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序，空间转录组学	10x Chromium，10x Visium	10x Chromium Single Cell 3'，10x Visium
13	2026-06-26	Molecular Insights From Multiomics Studies of Physical Activity 2024-02-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/dbi23-0004 PMID:38241506	综述	基于多组学技术研究体力活动的分子效应，探讨其系统性健康效益的机制	系统整合多种组学技术（代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、脂质组学、单细胞RNA测序及表观基因组学）全面揭示体力活动对全身器官及分子通讯的影响	未提及具体局限性，但作为综述可能缺乏对特定组学技术深度定量分析的验证	揭示多组学技术如何提升对体力活动系统性效应（器官间整合反应及组织通讯分子机制）的理解	体力活动相关的全身性分子变化及组织间通讯机制	机器学习	NA	NA	NA	多组学数据（代谢组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组、脂质组、单细胞转录组、表观基因组）	NA	NA	单细胞RNA测序, 代谢组学, 蛋白质组学, 磷酸化蛋白质组学, 脂质组学, 表观基因组学	NA	NA
14	2026-06-19	Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.03.556122 PMID:37732188	研究论文	提出Polaris分析流程，利用弱监督深度学习实现图像空间转录组学中准确的单分子点检测	将深度学习模型用于细胞分割和点检测，结合概率基因解码器，提供统一的一键式解决方案，适用于MERSFISH、seqFISH或ISS实验	NA	开发准确分析图像空间转录组数据的统一流程	图像空间转录组数据中的单分子和单细胞基因表达	计算机视觉	NA	空间转录组学	深度学习	图像	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
15	2026-06-18	Cortical somatostatin long-range projection neurons and interneurons exhibit divergent developmental trajectories 2024-02-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.013 PMID:38086373	研究论文	结合单细胞RNA测序和空间转录组学，研究小鼠皮层中表达生长抑素的抑制性神经元的发育轨迹	首次揭示SST+抑制性神经元在胚胎期分化为长投射神经元和两种中间神经元，并遵循不同的发育路径	中间神经元多样性可能需要在出生后早期进一步细化，文中未提供出生后阶段的详细数据	探究皮层抑制性神经元的细胞多样性出现的时间和机制	小鼠皮层中表达生长抑素的细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠胚胎和出生后早期样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq，空间转录组学	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'，空间转录组学平台
16	2026-06-18	The role of NF-κB signaling pathway in reactive astrocytes among neurodegeneration after methamphetamine exposure by integrated bioinformatics 2024-02-08, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2023.110909 PMID:38061485	研究论文	通过整合生物信息学方法，探究NF-κB信号通路在甲基苯丙胺暴露后反应性星形胶质细胞导致神经退行性变中的作用	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，系统分析METH暴露后反应性星形胶质细胞的免疫微环境变化及其与帕金森病的共同致病机制，并利用随机森林算法建立诊断模型	未提及具体局限性，可能包括样本数量有限、动物模型与人类差异、以及NF-κB通路调控机制在体内外的验证不足	阐明METH暴露后反应性星形胶质细胞过度激活在神经退行性变中的作用及NF-κB信号通路的机制	METH暴露后小鼠脑组织中的星形胶质细胞和神经元，以及人类GEO数据库中的转录组数据	机器学习	神经退行性疾病（帕金森病）	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	随机森林	转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
17	2026-06-15	Rapid anti-myeloma activity by T cells expressing an anti-BCMA CAR with a human heavy-chain-only antigen-binding domain 2024-02-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2023.12.018 PMID:38155568	研究论文	开发了一种全人源抗BCMA嵌合抗原受体T细胞疗法FHVH-T，并在复发多发性骨髓瘤患者中进行了首次人体临床试验，显示出快速、持久且强大的抗肿瘤活性	首次使用仅含重链抗原识别域的全人源抗BCMA CAR，结合4-1BB和CD3ζ结构域，设计为FHVH33-CD8BBZ，并在25例患者中验证了其高严格完全缓解率和良好的安全性	部分患者（4/12）产生了抗CAR抗体反应，且细胞因子释放综合征3级发生率为25%，需进一步优化降低免疫原性和毒性	评估全人源抗BCMA CAR T细胞疗法（FHVH-T）在复发多发性骨髓瘤中的安全性和疗效	25例复发多发性骨髓瘤患者	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	25例患者（其中24例可评估）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台
18	2026-06-02	Tissue niches and immunopathology through the lens of spatial tissue profiling techniques 2024-02, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350484 PMID:37985207	综述	本综述通过空间组织分析技术探讨了组织微环境与免疫病理学的关系，强调了多组学组织学和空间转录组学在研究免疫反应中的重要性	综合讨论了空间组织分析技术相较于传统组织病理学研究的优势，并指出了其在疾病诊断和治疗中的革命性潜力	承认了空间组织分析技术存在挑战和局限性	探讨空间组织分析技术如何揭示组织微环境调控区域免疫的机制，及其在组织免疫病理学中的相关性	组织微环境、免疫反应、空间组织分析技术	计算机视觉, 机器学习	癌症, 自身免疫性疾病, 感染性疾病	空间转录组学, 多重组织学	NA	图像	NA	NA	空间转录组学, 多重组织学	NA	NA
19	2026-06-02	Distinct immune escape and microenvironment between RG-like and pri-OPC-like glioma revealed by single-cell RNA-seq analysis 2024-Feb, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-023-1017-7 PMID:37955814	研究论文	通过单细胞RNA-seq分析揭示RG样和pri-OPC样胶质瘤之间不同的免疫逃逸和微环境特征	首次将胶质瘤分为原始少突胶质前体细胞样和放射状胶质样亚型，并发现它们在免疫逃逸机制上的显著差异，尤其是pri-OPC样肿瘤中MHC-I基因下调以及肿瘤浸润淋巴细胞中特定基因表达与免疫检查点和不良预后的关联	样本量较小，仅基于26例胶质瘤的单细胞RNA-seq分析，且结论主要依赖公共数据库验证，可能缺乏广泛的临床代表性	研究神经发生和胶质发生与胶质瘤的关系，揭示不同胶质瘤亚型的免疫逃逸机制	26例胶质瘤样本及其肿瘤浸润淋巴细胞	单细胞转录组学	胶质瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组表达数据	26例胶质瘤样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
20	2026-06-02	Tumor-derived exosomes induce initial activation by exosomal CD19 antigen but impair the function of CD19-specific CAR T-cells via TGF-β signaling 2024-Feb, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-023-1010-1 PMID:37870681	研究论文	研究了肿瘤来源外泌体通过外泌体CD19抗原诱导初始激活，但通过TGF-β信号损害CD19特异性CAR-T细胞功能	首次揭示了B细胞淋巴瘤来源外泌体对CD19-CAR T细胞的双重作用：初始激活与后续抑制，并发现TGF-β抑制剂可逆转抑制作用	未明确外泌体诱导CAR-T细胞凋亡和功能损害的具体分子机制细节	探究淋巴瘤来源外泌体对CD19-CAR T细胞功能的影响及其机制	B细胞淋巴瘤来源外泌体、CD19-CAR T细胞、淋巴瘤患者血浆外泌体	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究对象包括来自淋巴瘤患者的血浆外泌体及CD19-CAR T细胞	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台