单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	EBF1 Limits the Numbers of Cochlear Hair and Supporting Cells and Forms the Scala Tympani and Spiral Limbus during Inner Ear Development 2024-02-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1060-23.2023 PMID:38176908	研究论文	本研究探讨了早期B细胞因子1（EBF1）在小鼠内耳发育中的作用及其对听觉功能的影响	揭示了EBF1在内耳感觉上皮细胞中的表达及其对螺旋缘和鼓阶形成、柯蒂氏器和柯氏器官细胞数量的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究EBF1在小鼠内耳发育过程中的功能及其对听觉系统的影响	小鼠内耳发育过程中的细胞和组织	发育生物学	听力障碍	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠进行研究
2	2025-03-28	Bacterial phenotypic heterogeneity through the lens of single-cell RNA sequencing 2024 Feb-Apr, Transcription DOI:10.1080/21541264.2024.2334110 PMID:38532542	综述	本文综述了细菌表型异质性通过单细胞RNA测序的研究进展	应用单细胞转录组学技术研究微生物群体，为细胞分化和细菌生态学提供新见解	NA	探讨微生物系统中的转录异质性及其在细胞生物学和异质性机制中的作用	细菌群体及其转录异质性	微生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
3	2025-03-22	Response to tumor-infiltrating lymphocyte adoptive therapy is associated with preexisting CD8+ T-myeloid cell networks in melanoma 2024-02-02, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adg7995 PMID:38306416	研究论文	本文研究了肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）过继细胞疗法（ACT）在转移性黑色素瘤患者中的疗效，并探讨了肿瘤微环境（TME）中的细胞状态及其相互作用	通过纵向样本分析，发现ACT响应者具有更高的基础肿瘤细胞内在免疫原性和突变负担，并揭示了响应者中丰富的基线肿瘤内和基质肿瘤反应性T细胞网络与激活的髓系细胞群	样本量较小，仅涉及13名患者，可能影响结果的普遍性	探索TIL-ACT疗法在转移性黑色素瘤患者中的疗效机制，并寻找潜在的生物标志物以改善患者选择和指导ACT临床试验设计	转移性黑色素瘤患者	肿瘤免疫学	黑色素瘤	bulk和单细胞RNA测序、全外显子测序、空间蛋白质组分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	13名转移性黑色素瘤患者
4	2025-03-17	Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation 2024-Feb-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45489-4 PMID:38336745	研究论文	本文研究了雄激素剥夺疗法（ADT）如何通过异常的核输出和核糖体生物合成诱导双阴性前列腺癌（DNPC），并揭示了HGF/MET和Wnt/β-catenin信号通路的共激活在这一过程中的作用	揭示了当前ADT通过异常的HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号，从而诱导DNPC的机制，并提出了XPO1和核糖体蛋白作为潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和临床样本，尚未在更大规模的人体试验中验证	探讨雄激素剥夺疗法（ADT）诱导双阴性前列腺癌（DNPC）的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	前列腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	人类DNPC样本和小鼠模型
5	2025-03-15	Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics 2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13030188 PMID:38535532	研究论文	本文综述了非洲锥虫病中宿主与寄生虫相互作用的免疫学进展，包括单细胞转录组学的应用	介绍了最新的单细胞和空间测序技术，用于研究寄生虫生命周期阶段以及宿主细胞在不同组织和器官中的转录组学	NA	深入了解寄生虫生物学和宿主免疫，以开发新的疫苗和治疗策略	非洲锥虫病的寄生虫和宿主细胞	免疫学	非洲锥虫病	单细胞转录组学、空间测序	NA	转录组数据	NA
6	2025-03-15	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高生物安全级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（如Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）在单细胞RNA测序文库中的应用，不影响样本质量	研究仅针对特定灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	评估在高生物安全级别实验室中保存单细胞RNA测序文库的可行性	单细胞RNA测序文库	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
7	2025-03-08	Identification of AgRP cells in the murine hindbrain that drive feeding 2024-Feb, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101886 PMID:38246589	研究论文	本研究在小鼠后脑中鉴定出一种新的AgRP细胞群，这些细胞能够独立于下丘脑AgRP神经元刺激进食	首次在小鼠后脑中发现并表征了AgRP表达细胞群，揭示了后脑中央黑皮质系统具有促进食欲的成分	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于其他哺乳动物尚需进一步验证	探索中央黑皮质系统在调节进食和体重中的作用，特别是AgRP细胞的功能	小鼠后脑中的AgRP表达细胞	神经科学	NA	基因表达分析、单细胞RNA测序、免疫荧光分析、DREADD技术、光遗传学刺激	NA	基因表达数据、细胞活性数据	多种转基因小鼠模型
8	2025-03-05	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2024-Feb-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3576483/v2 PMID:38077002	研究论文	本文揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，并且其基因特征表明它们在免疫、巨核细胞/血小板和红细胞相关通路中具有更高的基线激活	首次在人类肺中发现了功能性造血祖细胞，并揭示了这些细胞在肺中的特定基因特征和空间分布	研究主要基于人类肺组织样本，未涉及其他物种或更广泛的临床样本	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特性	人类肺组织中的CD34造血祖细胞	生物医学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	人类肺组织样本
9	2025-03-04	Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.02.577085 PMID:38370717	研究论文	本文通过空间转录组学和深度学习技术，研究了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	结合空间转录组学和深度学习分析，揭示了黑色素瘤治疗中细胞状态的时空变化和谱系选择	研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能不完全反映人体内的实际情况	研究BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性机制	BRAF突变黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习	深度学习	转录组数据，病理切片图像	患者来源的异种移植模型
10	2025-03-04	Single-Cell Transcriptomes and Immune Repertoires Reveal the Cell State and Molecular Changes in Pemphigus Vulgaris 2024-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300312 PMID:38117802	研究论文	本文通过单细胞转录组和免疫组库分析，揭示了天疱疮（PV）中细胞状态和分子变化	首次结合5'单细胞RNA测序和V(D)J富集技术，分析了未经治疗和口服泼尼松治疗后的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本	研究样本量有限，且仅针对特定类型的PV（黏膜主导型）	揭示PV的病因和发病机制，特别是免疫细胞与上皮细胞之间的相互作用	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本	单细胞组学	天疱疮	5'单细胞RNA测序，V(D)J富集，免疫组化检测，多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组库数据	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本
11	2025-03-02	Myeloid-specific ablation of Basp1 ameliorates diet-induced NASH in mice by attenuating pro-inflammatory signaling 2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000537 PMID:37505219	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了Basp1在NASH中的关键作用，并发现其在髓系细胞中的特异性失活可以减轻NASH的病理严重程度	首次发现Basp1在NASH中的关键调控作用，并通过髓系特异性失活Basp1减轻NASH病理	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨髓系细胞在NASH中的转录组重编程及其对疾病进展的贡献	小鼠和人类的NASH肝脏中的髓系细胞	生物医学	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（sc-RNA seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类NASH肝脏样本
12	2025-02-18	Transcriptomic landscape of endothelial cells: Key tumor microenvironment components indicating variable clinical outcomes in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Feb, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.23881 PMID:37449672	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中内皮细胞（ECs）的多样性及其对临床结果的影响	首次在PDAC中识别出七种不同的ECs簇，并探讨了它们与恶性细胞的相互作用及其对患者预后的影响	样本量相对较小，仅包括24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本	阐明PDAC肿瘤微环境中ECs的多样性及其对治疗效果和患者预后的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的内皮细胞（ECs）	生物信息学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本
13	2025-02-17	Recruitment and Maintenance of CX3CR1+CD4+ T Cells during Helminth Infection 2024-Feb-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300451 PMID:38180236	研究论文	本研究通过命运映射小鼠模型，在急性和慢性蠕虫感染模型中表征了CX3CR1+CD4+ T细胞的行为和异质性，并发现BCL6在维持这些细胞中的作用	揭示了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的行为和异质性，并首次发现BCL6在维持这些细胞中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的行为和维持机制	CX3CR1+CD4+ T细胞	免疫学	蠕虫感染	命运映射小鼠模型，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型中的CX3CR1+CD4+ T细胞
14	2025-02-14	RNA-seq analysis reveals prenatal alcohol exposure is associated with placental inflammatory cells and gene expression 2024-Feb-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.147951 PMID:37918548	研究论文	本研究通过RNA-seq分析揭示了产前酒精暴露与胎盘炎症细胞和基因表达的关系	首次在胎盘细胞类型组成和转录组分析中考虑了细胞类型的影响，揭示了产前酒精暴露对胎盘细胞类型比例和炎症基因表达的影响	需要进一步研究以表征这些影响并评估胎盘炎症在胎儿酒精谱系障碍中的潜在功能作用	研究产前酒精暴露对胎盘细胞类型组成和基因表达的影响	35名重度饮酒孕妇和33名对照的胎盘样本	生物信息学	胎儿酒精谱系障碍	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	线性回归模型	RNA-seq数据	68名孕妇的胎盘样本
15	2025-02-13	Targeting metabolic sensing switch GPR84 on macrophages for cancer immunotherapy 2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03603-3 PMID:38349405	研究论文	本文探讨了通过靶向巨噬细胞上的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的潜力	发现并验证了GPR84作为调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）抗肿瘤表型的重要代谢感应开关，并展示了其激动剂6-OAU在增强抗肿瘤免疫反应中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证GPR84激动剂的效果	探索通过调控巨噬细胞的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的策略	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢感应开关GPR84	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	多个肿瘤模型的小鼠数据
16	2025-02-13	A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07042-7 PMID:38355792	研究论文	本文通过建立人类神经网络模型，揭示了ALS和FTLD中NPTX2的病理机制	通过诱导多能干细胞生成的iCoMoNSCs，建立了长期存活的功能性神经网络模型，揭示了TDP-43病理与NPTX2积累的直接联系	模型依赖于体外培养的细胞系统，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探索TDP-43病理的出现及其后果，特别是其在ALS和FTLD中的作用	诱导多能干细胞衍生的神经网络模型	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶变性（FTLD）	单细胞转录组学	iCoMoNSCs和iNets	单细胞转录组数据	NA
17	2025-02-09	Rapid anti-myeloma activity by T cells expressing an anti-BCMA CAR with a human heavy-chain-only antigen-binding domain 2024-Feb-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2023.12.018 PMID:38155568	研究论文	本文介绍了一种新型的完全人源化抗BCMA嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ，用于治疗多发性骨髓瘤（MM）的首次人体临床试验	开发了一种具有重链唯一抗原识别域、4-1BB域和CD3ζ域的完全人源化抗BCMA CAR，并首次在人体临床试验中验证其疗效	样本量较小（25名患者），且未进行长期随访以评估持久性疗效	评估新型CAR-T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ在多发性骨髓瘤患者中的安全性和有效性	25名复发多发性骨髓瘤患者	生物医学工程	多发性骨髓瘤	嵌合抗原受体T细胞疗法（CAR-T）	NA	临床数据	25名复发多发性骨髓瘤患者
18	2025-02-08	Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.22.576756 PMID:38405830	研究论文	本文介绍了一种在哺乳动物基因组中多重生成和单细胞分析结构变异的方法	开发了一种基于‘shuffle cassettes’整合的方法，能够在哺乳动物基因组中多重生成和映射多种主要形式的结构变异	诱导的结构变异在细胞群体中随时间迅速减少，可能是由于Cre介导的毒性和/或对重排本身的负选择	系统探索结构变异对基因表达、染色质景观和3D核结构的功能影响	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Cre-loxP重组，T7介导的转录	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	数千个基因组结构变异在小鼠胚胎干细胞中诱导和映射
19	2025-02-03	Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease 2024-Feb-01, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN IF:8.5Q1 DOI:10.2215/CJN.0000000000000276 PMID:37533147	研究论文	本文通过分子研究分析了一名糖尿病肾病患者肾活检样本，揭示了肾小球新生血管化的分子特征	使用三维免疫荧光成像和空间转录组学技术，揭示了标准组织病理学方法低估的肾小球周围新生血管化，并发现了与血管生成信号、内皮细胞增殖和存活以及新血管成熟和稳定性相关的基因表达特征	研究仅基于单一病例，样本量有限，可能无法推广到所有糖尿病肾病患者	通过分子研究揭示糖尿病肾病患者肾小球新生血管化的分子特征，以补充和丰富肾活检的组织病理学诊断	一名66岁女性糖尿病肾病患者的肾活检样本	数字病理学	糖尿病肾病	三维免疫荧光成像、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	1名患者的肾活检样本
20	2025-02-03	Prostacyclin Mitigates Renal Fibrosis by Activating Fibroblast Prostaglandin I 2 Receptor 2024-02-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000286 PMID:38062563	研究论文	本研究探讨了前列腺素I2（PGI2）及其受体PTGIR在肾脏纤维化和慢性肾病（CKD）进展中的作用	提供了PGI2在肾脏损伤/修复过程中通过减少纤维化和保护肾功能的新证据，并提出了PGI2/PTGIR作为CKD潜在治疗靶点的新见解	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	研究PGI2及其受体PTGIR在肾脏纤维化和CKD进展中的作用	PGI2、PTGIR、肾脏纤维化、慢性肾病	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	P tgis 和 Ptgir 缺陷小鼠模型及CKD患者的肾脏样本