单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-12	Defining the T cell transcriptional landscape in pediatric liver transplant rejection at single cell resolution 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582173 PMID:38464256	研究论文	本研究利用单细胞测序技术描绘了儿童肝移植排斥反应中T细胞的转录组特征	首次在单细胞分辨率下定义了晚期急性细胞排斥反应中CD8+ T细胞的克隆扩增、基因表达谱及其与库普弗细胞的互作机制	样本量较小（14名患者），且为回顾性研究	探究儿童肝移植后晚期急性细胞排斥反应的免疫机制	儿童肝移植受者的肝活检组织	单细胞生物学	肝移植排斥反应	单细胞测序（10X Genomics）、免疫受体谱分析	NA	单细胞转录组数据	14名患者的30份冷冻肝活检样本（5份无排斥，9份有排斥）
2	2025-09-12	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537881 PMID:37162914	研究论文	提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM	开发了使用泊松双线性模型的快速估计算法，能扩展到百万级细胞数据集并量化潜在位置的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序数据降维中虚假异质性掩盖和计算不可行性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	广义双线性模型（GBM），泊松双线性模型	基因表达计数数据	能处理百万级细胞的大型数据集
3	2025-09-10	Lupus dermal fibroblasts are proinflammatory and exhibit a profibrotic phenotype in scarring skin disease 2024-Feb-15, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173437 PMID:38358820	研究论文	本研究探讨了狼疮患者皮肤成纤维细胞的炎症反应和纤维化表型在瘢痕形成中的作用	揭示了SLE成纤维细胞对炎症的过度反应特性，并发现瘢痕与非瘢痕患者存在差异反应机制，TGF-β被鉴定为关键上游调节因子	样本量有限（22例患者和34例对照），仅针对皮肤组织进行分析	阐明皮肤红斑狼疮患者瘢痕形成的细胞机制和成纤维细胞的作用	系统性红斑狼疮（SLE）和皮肤红斑狼疮（CLE）患者的皮肤成纤维细胞	细胞生物学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、体外细胞因子刺激实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	22例SLE和CLE患者非皮损皮肤样本，34例健康对照样本
4	2025-08-10	Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582629 PMID:38464041	研究论文	本研究揭示了胰岛素信号通过调节R2反转录转座子表达来控制跨代rDNA拷贝数维持的机制	首次发现胰岛素受体(InR)是R2表达的主要抑制因子，并揭示了饮食调控通过胰岛素通路影响rDNA拷贝数扩增的跨代表观遗传机制	研究主要基于果蝇模型，在高等生物中的普适性有待验证	探究生殖细胞中rDNA拷贝数维持的调控机制	雄性生殖干细胞(GSCs)和rDNA重复序列	分子遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5	2025-08-05	A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis 2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000497 PMID:37982646	研究论文	提出了一种基于单细胞测序分析构建巨噬细胞相关治疗疗效预测因子的新方法	开发了TAMs风险评分（TRS）作为结直肠癌的预后指标，并预测患者对免疫治疗和化疗的反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在结直肠癌（CRC）发展和预后中的作用，并构建预测模型	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	Cox回归和LASSO分析	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库的样本
6	2025-07-29	vSPACE: Exploring Virtual Spatial Representation of Articular Chondrocytes at the Single-Cell Level 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.07.577817 PMID:38370845	研究论文	本文介绍了一种名为vSPACE的新方法，用于在2D空间中虚拟展示单细胞RNA测序数据，模拟空间转录组学技术	开发了vSPACE方法，首次在单细胞水平上虚拟展示人类关节软骨细胞的空间分布模式	仅针对健康捐赠者的关节软骨细胞进行研究，未涉及疾病状态或更大样本量	探索单细胞RNA测序数据的虚拟空间表示方法	人类关节软骨细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	6名健康捐赠者的关节软骨细胞
7	2025-07-29	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals endoplasmic reticulum stress-related CAF subpopulations associated with chordoma progression 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad173 PMID:37772937	研究论文	该研究通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了与脊索瘤进展相关的内质网应激相关CAF亚群	首次在脊索瘤中鉴定出表达低氧基因并富集内质网应激功能的CAF亚群，并揭示了其与肿瘤细胞的相互作用及临床意义	样本量相对有限（6个肿瘤样本和3个对照样本用于scRNA-seq），且需要进一步的功能实验验证	解析脊索瘤中CAF的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	脊索瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 多重定量免疫荧光（QIF）	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 免疫荧光图像	6个脊索瘤样本（3原发+3复发）和3个髓核对照样本用于scRNA-seq，126例患者用于bulk RNA-seq分析，105例患者用于QIF验证
8	2025-07-26	Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers 2024-02-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35030 PMID:37751191	研究论文	本研究评估了子宫内膜癌中错配修复(MMR)/微卫星不稳定性(MSI)状态检测的一致性及其表达异质性的影响因素	揭示了MMR表达异质性病例的高复发率及其与肿瘤侵袭性的关联，并指出仅报告MMR完整/缺失会错过生物标志物导向治疗的机会	样本量相对有限(666例)，且未对所有病例进行全转录组分析和下一代测序	评估子宫内膜癌中MMR/MSI状态检测的一致性及其临床意义	666例子宫内膜癌患者	数字病理学	子宫内膜癌	免疫组化(IHC)、MSI检测、MLH1甲基化分析、全转录组分析、下一代测序	NA	组织样本、基因表达数据	666例子宫内膜癌病例
9	2024-08-07	Partners in Crime: Inferring Cell-to-cell Interactions in Kidney Allograft Rejection From Single-cell RNA Sequencing 2024-02-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004763 PMID:37638872	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
10	2025-07-22	Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites 2024-02-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7481 PMID:38354249	研究论文	该研究探讨了运动如何通过激活代谢转导酶SCD1来促进血管保护性代谢物的产生，从而减轻血管炎症反应	揭示了运动通过增加内皮SCD1表达，催化抗炎脂质代谢物OA和PA，减轻NF-κB介导的炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究运动对血管保护的代谢转导机制	野生型小鼠和SCD1缺失小鼠	心血管疾病	心血管疾病	非靶向代谢组学分析、计算机模拟分析、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量
11	2025-07-22	Single-cell sequencing reveals Hippo signaling as a driver of fibrosis in hidradenitis suppurativa 2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169225 PMID:38051587	研究论文	通过单细胞测序揭示Hippo信号通路在化脓性汗腺炎纤维化中的作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫染色技术，首次全面描述了慢性化脓性汗腺炎的发病机制，并发现Hippo信号通路在促进纤维化中的核心作用	NA	探索化脓性汗腺炎的发病机制，特别是纤维化的分子机制	化脓性汗腺炎患者的组织样本	数字病理学	化脓性汗腺炎	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫染色	NA	RNA测序数据, 图像数据	NA
12	2025-07-20	A novel EIF3C-related CD8+ T-cell signature in predicting prognosis and immunotherapy response of nasopharyngeal carcinoma 2024-Feb-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05552-x PMID:38400862	研究论文	本研究探索了EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并构建了一个基于EIF3C相关CD8+ T细胞标记基因的预测模型ETS，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	首次发现EIF3C与CD8+ T细胞浸润水平的显著关系，并构建了ETS预测模型，该模型不仅能预测鼻咽癌患者的预后，还能作为免疫治疗反应的准确指标	研究样本量未明确说明，且模型的临床适用性需要进一步验证	识别能够准确预测免疫治疗效果的可靠标记物，并构建预测模型	鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的CD8+ T细胞	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序、scRNA-seq、lasso算法	ETS预测模型	基因表达数据	NA
13	2025-07-20	Indoximod-based chemo-immunotherapy for pediatric brain tumors: A first-in-children phase I trial 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad174 PMID:37715730	research paper	该研究是一项针对儿童复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG）的I期临床试验，评估了口服IDO通路抑制剂indoximod与化疗或放疗联合使用的安全性和初步疗效	首次在儿童中进行的indoximod联合化疗或放疗的I期临床试验，并确定了儿童剂量	研究样本量较小（81例患者），且为I期试验，主要关注安全性和剂量确定，疗效数据为初步结果	评估indoximod联合化疗或放疗在儿童脑肿瘤治疗中的安全性和初步疗效	儿童复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG）患者	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序与配对单细胞T细胞受体测序	NA	临床数据和血液样本	81例患者（68例复发性疾病，13例DIPG）
14	2025-07-20	Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis 2024-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01767-y PMID:37231261	research paper	该论文提出了一种名为'桥接整合'的方法，用于跨模态整合单细胞数据集，利用多组学数据集作为分子桥梁	引入'桥接整合'方法，通过多组学数据集作为桥梁，实现跨模态单细胞数据整合，扩展了单细胞参考数据集的实用性	未明确提及具体局限性，但可能依赖于多组学数据集的质量和覆盖范围	开发一种方法来整合不同分子模态的单细胞数据集，提高数据分析和比较的效率	单细胞测序数据，包括转录组、染色质可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和蛋白质水平数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、多组学数据分析	字典学习	单细胞测序数据	860万个人类免疫细胞图谱
15	2025-07-19	Therapeutic application of human type 2 innate lymphoid cells via induction of granzyme B-mediated tumor cell death 2024-02-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.12.015 PMID:38211590	研究论文	本文探讨了人类2型先天淋巴样细胞(ILC2s)通过诱导颗粒酶B介导的肿瘤细胞死亡的潜在治疗应用	首次发现人类ILC2s分泌颗粒酶B(GZMB)并通过诱导焦亡和/或凋亡直接溶解肿瘤细胞，揭示了DNAM-1-CD112/CD155相互作用调控FOXO1的机制	未提及具体临床转化面临的挑战或体内应用的潜在副作用	探索人类ILC2s在肿瘤治疗中的潜在应用价值	人类2型先天淋巴样细胞(ILC2s)和肿瘤细胞	免疫治疗	白血病和实体瘤	单细胞RNA测序	NA	分子和细胞数据	未明确提及具体样本数量，但建立了可扩展2000倍的人类ILC2s培养平台
16	2025-07-18	CCDC66 mutations are associated with high myopia through affected cell mitosis 2024-02-21, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2023-109434 PMID:37852749	研究论文	本研究通过外显子测序和功能分析，揭示了CCDC66基因突变与高度近视的关联及其在细胞有丝分裂中的作用	首次发现CCDC66基因的无义突变(c.C172T, p.Q58X)与高度近视表型共分离，并揭示了该基因通过影响视网膜细胞有丝分裂导致高度近视的分子机制	样本量相对有限(1个家族病例和200例散发病例)，且功能研究主要在体外细胞系中进行	探索高度近视的致病基因及其分子机制	高度近视患者家族和散发病例，以及人类和小鼠的视网膜发育过程	遗传学	高度近视	外显子测序，Sanger测序，单细胞RNA测序，CRISPR/Cas9基因敲除，免疫荧光染色，免疫印迹	NA	基因组数据，转录组数据，细胞图像数据	1个高度近视家族和200例散发性高度近视患者
17	2025-07-08	Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome 2024-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3946910/v1 PMID:38463959	研究论文	研究探讨了PEG化血小板生成素模拟肽JNJ-26366821（TPOm）如何通过刺激骨髓血管和基质微环境来缓解急性辐射综合征（ARS）	首次阐明了TPOm通过调节骨髓血管和基质微环境支持造血干细胞和祖细胞（HSPCs）再生的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索TPOm作为治疗急性辐射综合征（ARS）的潜在医疗对策	C57BL/6J小鼠的骨髓造血干细胞和祖细胞（HSPCs）、内皮细胞（ECs）和间充质基质细胞（MSCs）	放射医学	急性辐射综合征	流式细胞术、全组织共聚焦显微镜、单细胞RNA测序	小鼠模型	实验数据	C57BL/6J小鼠（9-14周龄）
18	2025-06-18	ACC1-mediated fatty acid biosynthesis intrinsically controls thymic iNKT cell development 2024-02-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad049 PMID:38041796	研究论文	本研究探讨了乙酰辅酶A羧化酶1（ACC1）在胸腺不变自然杀伤T细胞（iNKT细胞）发育中的关键作用	揭示了ACC1通过调控细胞存活来控制胸腺iNKT细胞发育的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类iNKT细胞的发育	探究代谢通路在iNKT细胞发育中的作用	胸腺iNKT细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	T细胞特异性ACC1缺失的小鼠模型
19	2025-06-18	Techniques for Rapidly Sampling Six Crucial Organs in Adult Xenopus 2024-02-16, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66489 PMID:38436453	研究论文	本文提供了一种快速采样成年非洲爪蟾六个关键器官的技术方案	更新了成年非洲爪蟾器官识别和取样的标准，以适应定量蛋白质组学和单细胞转录组学等现代方法的需求	仅针对六种特定器官，未涵盖所有可能的器官或组织	建立成年非洲爪蟾器官识别和取样的标准化方法，以促进多实验室对成年器官系统的研究	成年非洲爪蟾的心脏心室、肝脏、脂肪体、胰腺、成对肾脏和皮肤	生物医学研究	NA	定量蛋白质组学、单细胞/核转录组学、原位杂交、免疫组织化学、组织学	NA	组织样本	NA
20	2025-06-15	Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer 2024-02, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.7053 PMID:38426622	review	本文综述了乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在正常发育和癌症进展中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示乳腺和乳腺癌中巨噬细胞亚群的异质性及其功能差异	NA	探讨乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	乳腺组织中的组织驻留巨噬细胞和乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	NA	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	NA