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当前共找到 444 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-11-06 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.03.565463
PMID:37961672
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研究论文 | 本文提出一种改进的条件变分自编码器方法，用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集 | 引入并比较多种正则化约束策略，提出结合VampPrior和循环一致性损失的新模型sysVI | 方法主要针对cVAE框架，对其他整合方法的适用性需要进一步验证 | 开发能够有效处理显著批次效应同时保留生物学变异的单细胞数据整合方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器(cVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-17 |
A call for a unified and multimodal definition of cellular identity in the enteric nervous system
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.15.575794
PMID:38293133
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评论 | 本文呼吁建立统一的多模态细胞身份定义方法以研究肠神经系统 | 强调整合多组学数据和创新技术来重新定义肠神经系统细胞身份 | 当前研究过度依赖转录组数据且缺乏组织验证 | 建立肠神经系统细胞身份的统一定义标准 | 小鼠和人类肠神经系统数据集 | 单细胞生物学 | 肠神经病变 | 单细胞转录组测序, 多重成像, 电生理学, 空间转录组学, 表观基因组分析, 蛋白质组学, 代谢组学 | 差异基因表达分析, 模块评分, 共表达分析, 层次聚类, 数据整合, 标签转移 | 单细胞转录组数据, 多组学数据 | 多个独立报告的ENS数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-16 |
Cortical somatostatin long-range projection neurons and interneurons exhibit divergent developmental trajectories
2024-Feb-21, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.013
PMID:38086373
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了小鼠大脑皮层中表达生长抑素的抑制性神经元在发育过程中的分化轨迹 | 首次发现SST+抑制性神经元在胚胎阶段就分为长程投射神经元和两种中间神经元类型，并遵循不同的发育轨迹 | 研究仅针对小鼠模型，且中间神经元的多样性可能在出生后早期继续完善 | 探究大脑皮层抑制性神经元的发育多样性和分化机制 | 小鼠大脑皮层中表达生长抑素(SST+)的抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-05 |
Lupus dermal fibroblasts are proinflammatory and exhibit a profibrotic phenotype in scarring skin disease
2024-02-15, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173437
PMID:38358820
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研究论文 | 本研究探讨狼疮皮肤成纤维细胞的炎症反应特征及其在瘢痕形成中的作用机制 | 首次揭示系统性红斑狼疮成纤维细胞对炎症的过度反应特性，并发现瘢痕与非瘢痕患者存在差异性的TGF-β反应通路 | 样本量有限（56例），仅针对皮肤成纤维细胞进行研究 | 探究皮肤狼疮患者瘢痕形成的细胞机制 | 系统性红斑狼疮和皮肤狼疮患者的真皮成纤维细胞 | 细胞生物学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序，细胞因子刺激实验 | NA | 基因表达数据 | 22例狼疮患者和34例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-05 |
Single-cell analyses of metastatic bone marrow in human neuroblastoma reveals microenvironmental remodeling and metastatic signature
2024-02-15, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173337
PMID:38358826
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析神经母细胞瘤骨转移骨髓微环境，揭示免疫细胞重塑和转移特征 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘神经母细胞瘤骨转移微环境的细胞组成和转录重编程特征 | 样本量相对有限，需要更大队列验证发现 | 探究神经母细胞瘤骨转移的微环境机制和开发新治疗策略 | 神经母细胞瘤患者的骨髓样本 | 单细胞组学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含转移和非转移患者的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-05 |
Obesogenic diet disrupts tissue-specific mitochondrial gene signatures in the artery and capillary endothelium
2024-Feb-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序技术探究肥胖饮食对动脉和毛细血管内皮细胞线粒体基因表达的影响 | 首次揭示肥胖饮食导致脂肪和肠系膜内皮细胞表型趋同的机制，发现PPAR-γ在此过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 探究肥胖对内皮细胞代谢表型，特别是线粒体基因表达的影响 | 小鼠和人类脂肪组织及肠系膜的内皮细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖相关代谢疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠脂肪和肠系膜血管内皮细胞，人类内脏脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-05 |
A human stomach cell type transcriptome atlas
2024-02-14, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01812-5
PMID:38355543
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研究论文 | 通过整合相关性分析方法构建人类胃部细胞类型转录组图谱 | 首次利用未分级的胃部RNAseq数据预测胃部细胞类型转录组特征，填补了主要单细胞测序图谱中胃部细胞类型基因富集谱的空白 | 基于相关性分析的预测方法而非直接单细胞测序，可能无法完全捕获细胞异质性 | 建立人类胃部细胞类型特异性基因表达图谱 | 人类胃部细胞（壁细胞、主细胞、胃黏液细胞、胃肠内分泌细胞等11种细胞类型） | 单细胞生物学 | 胃癌 | RNA-seq，整合相关性分析 | 相关性分析模型 | RNA测序数据 | 359名个体的未分级胃部RNAseq数据 | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-05 |
Defining the T cell transcriptional landscape in pediatric liver transplant rejection at single cell resolution
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582173
PMID:38464256
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了儿童肝移植排斥反应中T细胞的转录组特征 | 首次在单细胞分辨率下定义了儿童肝移植排斥中CD8+ T细胞的克隆扩增和基因表达特征，并发现这些克隆在组织学排斥缓解后仍持续存在 | 样本量相对较小（14名患者），且为回顾性研究 | 探究儿童肝移植急性细胞排斥反应中T细胞的转录组特征和免疫应答机制 | 儿童肝移植患者的肝脏活检组织 | 单细胞生物学 | 肝移植排斥反应 | 单细胞测序，免疫受体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 14名患者的30份冷冻肝脏活检组织（5份移植前或无排斥，9份有排斥） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞免疫受体谱分析 |
| 9 | 2025-10-05 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.21.537881
PMID:37162914
|
研究论文 | 开发了一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM | 提出使用泊松双线性模型直接建模计数数据，引入快速估计算法可扩展到数百万细胞的数据集，并能量化细胞潜在位置的不确定性 | 未明确说明方法在其他单细胞数据类型上的适用性 | 解决单细胞RNA测序数据降维中标准方法可能诱导虚假异质性和掩盖真实生物学变异的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义双线性模型,泊松双线性模型 | 基因表达计数数据 | 可扩展到数百万细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease
2024-Feb-01, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN
IF:8.5Q1
DOI:10.2215/CJN.0000000000000276
PMID:37533147
|
研究论文 | 通过空间转录组学技术分析糖尿病肾病患者肾活检样本中肾小球新生血管的分子特征 | 首次使用三维免疫荧光成像和空间转录组学揭示糖尿病肾病中肾小球周围新生血管的分子特征，突破了传统病理学评估的局限 | 仅基于单个病例分析，样本量有限，需要更大规模研究验证 | 探索糖尿病肾病中肾小球新生血管的分子机制 | 66岁女性糖尿病肾病患者 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学，三维免疫荧光成像 | NA | 基因表达数据，影像数据 | 1例患者肾活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Development and experimental validation of a machine learning-based disulfidptosis-related ferroptosis score for hepatocellular carcinoma
2024-02, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-023-01900-x
PMID:37875647
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研究论文 | 开发并实验验证了一种基于机器学习的双硫死亡相关铁死亡评分系统，用于肝细胞癌研究 | 首次构建双硫死亡相关铁死亡(DRF)评分系统，并通过单细胞水平分析和体外实验验证KIF20A功能 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证 | 探索双硫死亡相关铁死亡基因在肝细胞癌中的作用机制 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 体外实验 | Pearson分析, 差异分析, uniCox回归, lasso, ranger, 多变量Cox回归 | 基因表达数据 | 肝细胞癌患者队列 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Myeloid-specific ablation of Basp1 ameliorates diet-induced NASH in mice by attenuating pro-inflammatory signaling
2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000537
PMID:37505219
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现Basp1是NASH中髓系细胞炎症信号的关键调控因子 | 首次发现Basp1在NASH肝脏中特异性高表达，并通过髓系特异性敲除证实其在NASH发病机制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床意义需要进一步验证 | 探究髓系细胞在NASH发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | 小鼠髓系细胞（巨噬细胞和树突状细胞）及人类NASH肝脏样本 | 生物医学研究 | 非酒精性脂肪性肝炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据 | 小鼠模型及人类肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
AMPK signaling inhibits the differentiation of myofibroblasts: impact on age-related tissue fibrosis and degeneration
2024-02, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-023-10072-9
PMID:37917219
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研究论文 | 本文探讨AMPK信号通路通过抑制肌成纤维细胞分化对年龄相关组织纤维化和退化的影响 | 揭示了AMPK信号通路作为肌成纤维细胞分化的有效抑制剂，并阐明其通过抑制TGF-β、NF-κB、STAT3和YAP/TAZ等信号通路发挥作用 | NA | 研究AMPK信号通路在年龄相关组织纤维化和退化中的作用机制 | 组织成纤维细胞、肌成纤维细胞及间充质细胞和髓系细胞 | 细胞生物学 | 年龄相关疾病 | 单细胞转录组研究 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.28.582629
PMID:38464041
|
研究论文 | 本研究揭示了胰岛素信号通过调控R2逆转座子表达来维持跨代核糖体DNA拷贝数稳定的机制 | 首次发现胰岛素受体作为R2逆转座子的主要抑制因子，并阐明其通过整合rDNA拷贝数监测与环境感知来调控生殖系基因组稳定性 | 研究主要基于果蝇模型，在哺乳动物中的保守性尚需验证 | 探究生殖系rDNA拷贝数维持的调控机制 | 果蝇雄性生殖干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis
2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000497
PMID:37982646
|
研究论文 | 基于单细胞测序分析构建巨噬细胞相关治疗疗效预测因子的新方法 | 开发了基于单细胞测序的巨噬细胞相关风险评分(TRS)模型，能够预测结直肠癌患者的预后和治疗反应 | NA | 构建结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的预后预测模型并评估其治疗预测价值 | 结直肠癌患者和肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞测序分析 | Cox回归, LASSO回归 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结直肠癌患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Tertiary lymphoid structures sustain cutaneous B cell activity in hidradenitis suppurativa
2024-02-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.169870
PMID:38113104
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研究论文 | 本研究通过组织学分析、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了化脓性汗腺炎皮损中三级淋巴结构的存在及其对B细胞活性的维持作用 | 首次在化脓性汗腺炎皮损中发现三级淋巴结构，并证明这些结构支持B细胞的持续活化和成熟过程 | 研究样本数量有限，且主要关注皮损局部微环境，未涉及全身免疫反应 | 探究化脓性汗腺炎皮损中B细胞的动态变化和微环境相互作用 | 化脓性汗腺炎患者的皮肤病变组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 组织学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 组织图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics reveals variations in monocytes and Tregs between gout flare and remission
2024-02-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.179067
PMID:38329132
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Granulocytic myeloid-derived suppressor cell activity during biofilm infection is regulated by a glycolysis/HIF1a axis
2024-Feb-29, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174051
PMID:38421730
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和代谢分析揭示了糖酵解/HIF1α轴在金黄色葡萄球菌生物膜感染中调控粒细胞性髓源抑制细胞免疫抑制功能的作用机制 | 首次发现糖酵解/HIF1α信号轴通过调控G-MDSCs代谢状态影响生物膜感染的慢性化进程 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩大 | 探究G-MDSCs代谢特征与金黄色葡萄球菌假体关节感染慢性化的关联机制 | 粒细胞性髓源抑制细胞(G-MDSCs)和金黄色葡萄球菌生物膜感染模型 | 免疫代谢学 | 假体关节感染 | 单细胞RNA测序, 生物信息学代谢算法, 条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | PJI患者粒细胞样本和小鼠感染模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
Circulating cancer-specific CD8 T cell frequency is associated with response to PD-1 blockade in Merkel cell carcinoma
2024-02-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101412
PMID:38340723
|
研究论文 | 本研究通过检测默克尔细胞癌患者血液中MCPyV特异性CD8 T细胞频率，发现其与PD-1抑制剂治疗反应密切相关 | 首次系统鉴定病毒驱动型癌症特异性T细胞，并揭示循环癌症特异性CD8 T细胞频率与免疫治疗疗效的强关联性 | 样本量有限（27例患者），且主要针对病毒相关默克尔细胞癌 | 探究癌症特异性T细胞在PD-1阻断治疗应答中的作用机制 | 默克尔细胞癌患者 | 癌症免疫学 | 默克尔细胞癌 | 多肽-HLA-I多聚体技术，26色流式细胞术，单细胞转录组测序，T细胞受体测序 | NA | 流式细胞数据，单细胞转录组数据，TCR序列数据 | 27例默克尔细胞癌患者 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
An alternative splicing signature defines the basal-like phenotype and predicts worse clinical outcome in pancreatic cancer
2024-02-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101411
PMID:38325381
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研究论文 | 本研究发现了胰腺癌基底样亚型的特异性剪接特征及其与预后的关联 | 首次鉴定出QKI剪接因子作为基底样亚型决定因子，揭示了剪接调控在胰腺癌亚型分化中的新机制 | 未明确说明样本量大小和研究人群特征 | 探索剪接失调在胰腺癌亚型分化中的作用机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)的分子亚型 | 分子生物学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |