单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1941	2024-11-08	Combining genetic and single-cell expression data reveals cell types and novel candidate genes for orofacial clefting 2024-11-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77724-9 PMID:39489835	研究论文	结合遗传数据和单细胞表达数据，揭示了与口腔颌面裂相关的细胞类型和新候选基因	开发了单细胞疾病相关性评分（scDRS）方法，结合基因共表达网络和差异基因表达分析，优先筛选出与口腔颌面裂相关的候选基因	NA	揭示非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的效应基因和受风险等位基因影响的细胞类型	非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的遗传风险变异和相关细胞类型	基因组学	先天性畸形	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自未受影响的人类胚胎头部的单细胞RNA测序数据
1942	2024-11-08	Single-cell RNA-sequencing reveals a unique landscape of the tumor microenvironment in obesity-associated breast cancer 2024-Nov, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03161-7 PMID:39300255	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤微环境，揭示了肥胖相关乳腺癌的独特分子特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肥胖相关乳腺癌中肿瘤微环境的异质性，并发现了肥胖特异性巨噬细胞通过调节NR1H3和FABP4表达促进肿瘤细胞增殖的机制	研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普适性	探讨肥胖与乳腺癌之间的分子联系，特别是肥胖如何影响肿瘤微环境	肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6名肥胖与非肥胖乳腺癌患者，共分析了48,033个细胞
1943	2024-11-08	Hepatocellular carcinoma-specific epigenetic checkpoints bidirectionally regulate the antitumor immunity of CD4 + T cells 2024-Nov, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01215-0 PMID:39300319	研究论文	研究探讨了肝细胞癌（HCC）中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制，特别是MATR3作为表观遗传调控因子在Tconv细胞功能和免疫逃避中的作用	首次揭示了MATR3在HCC微环境中双向调节Tconv细胞抗肿瘤免疫的作用，为HCC治疗提供了新的靶点	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床数据支持	探讨肝细胞癌中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制	肝细胞癌（HCC）中的CD4 T细胞和表观遗传调控因子MATR3	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
1944	2024-11-08	Brain single-cell transcriptomics highlights comorbidity-related cell type-specific changes of Parkinson's disease with major depressive disorder after paraquat exposure 2024-Nov-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117193 PMID:39413649	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析了在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病相关的细胞类型特异性变化	首次使用单细胞RNA测序揭示了在百草枯暴露模型中帕金森病与重度抑郁症共病的细胞异质性，并识别出与共病相关的主要星形胶质细胞亚型	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病的细胞类型特异性变化及其潜在机制	小鼠脑组织中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠脑组织样本
1945	2024-11-08	Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease 2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12519 PMID:39499013	研究论文	研究探讨了源自人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞的外泌体在阿尔茨海默病模型中对疾病相关小胶质细胞的抗炎作用	首次展示了源自人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞的外泌体在阿尔茨海默病模型中抑制神经炎症信号通路的有效性	NA	探索源自人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞的外泌体在阿尔茨海默病中的抗炎作用	源自人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞的外泌体、阿尔茨海默病模型中的小胶质细胞和星形胶质细胞	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3个月大的5xFAD小鼠
1946	2024-11-08	Case report: Single-cell RNA sequencing of PBMCs highlights monocyte gene expression alterations in a type A HBV-ACLF patient 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38344 PMID:39502220	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其M1/M2极化状态的动态变化	单细胞RNA测序技术耗时且难以在日常临床实践中应用	探究HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其在疾病发展中的作用	HBV-ACLF患者的外周血单核细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	64名患者（包括15名正常对照、10名肝硬化患者、10名慢性乙型肝炎感染者、10名慢性肝功能障碍患者和20名HBV-ACLF患者）
1947	2024-11-08	Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling 2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405806121 PMID:39453742	研究论文	研究了拟南芥中控制花器官脱落的分子机制和生物物理断路器	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥花器官脱落的核心基因表达程序，并发现了MKP1基因作为该途径的负调控因子	NA	探讨拟南芥花器官脱落的分子机制和生物物理控制	拟南芥花器官脱落过程中的基因表达和信号传导	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	拟南芥花器官脱落区的单细胞样本
1948	2024-11-08	Genetic inference and single cell expression analysis of potential targets in heart failure and breast cancer 2024-Oct-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06010-y PMID:39460820	研究论文	本研究通过结合遗传推断和单细胞表达分析，探索心力衰竭和乳腺癌中的潜在遗传靶点，并使用孟德尔随机化方法评估这些靶点的因果关系	本研究首次将遗传推断与单细胞表达分析相结合，揭示心力衰竭和乳腺癌中的潜在遗传靶点，并验证其因果效应	本研究主要依赖于基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索心力衰竭和乳腺癌中的潜在遗传靶点，并评估其因果关系	心力衰竭和乳腺癌中的遗传变异及其在不同细胞类型中的表达模式	基因组学	心血管疾病和乳腺癌	基因组关联研究（GWAS）和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和单细胞RNA表达数据	涉及心力衰竭和乳腺癌的多个遗传变异及其在心脏和乳腺细胞中的表达模式
1949	2024-11-08	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本文通过整合单细胞组学和机器学习技术，开发了一种基于多胺代谢途径的乳腺癌风险评分模型	本文创新性地结合了单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了一种新的乳腺癌风险评分模型，并验证了其在预测患者预后中的高准确性	NA	开发一种基于多胺代谢途径的乳腺癌风险评分模型，以提高乳腺癌患者的预后预测准确性	乳腺癌患者及其肿瘤微环境中的多胺代谢相关基因	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	SuperPC模型	基因表达数据	286个与多胺途径相关的差异表达基因
1950	2024-11-08	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	研究利用机器学习模型分析HSPB6中的分子免疫浸润，开发用于乳腺癌诊断的前瞻性模型	首次开发了基于HSPB6的机器学习模型用于乳腺癌诊断，并揭示了Tregs和M2巨噬细胞在肿瘤免疫环境中的重要作用	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	深入理解乳腺癌进展的分子机制，并开发新的诊断标记物	乳腺癌相关的基因表达和免疫细胞浸润	机器学习	乳腺癌	基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	涉及多个乳腺癌相关基因和免疫细胞类型
1951	2024-11-08	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	本文开发了一种使用人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞（NSPCs）模拟胶质瘤起始的模型	首次使用人类神经干细胞和祖细胞构建胶质瘤异质性模型，并通过单细胞RNA测序分析细胞起源对肿瘤细胞亚型的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探究细胞起源如何影响胶质瘤的异质性	神经干细胞和祖细胞（NSPCs）以及胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用从人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞，并在免疫缺陷小鼠中进行移植和分析
1952	2024-11-08	YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity 2024-Oct-16, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351734.124 PMID:39362773	研究论文	研究YY1在B细胞发育中的作用，发现YY1敲除导致B细胞系分化受阻，并表现出异常的造血系可塑性	首次揭示YY1在B细胞系分化中的关键作用，并发现YY1敲除后B细胞表现出异常的造血系可塑性	NA	探讨YY1在B细胞发育中的作用及其对细胞系分化的影响	YY1敲除的B细胞	NA	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, scATAC-seq	NA	RNA, 染色质	YY1敲除的B细胞，OP9-DL4饲养系统培养的细胞，Rag1小鼠体内注射的细胞
1953	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis reveals alveolar dendritic cell-T cell immunity hubs defending against pulmonary infection 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00733-5 PMID:39414763	研究论文	本文通过高分辨率技术免疫制图，结合空间和单细胞RNA测序，研究了SARS-CoV-2感染的叙利亚仓鼠模型中肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	首次揭示了肺泡树突状细胞-T细胞免疫枢纽在SARS-CoV-2感染中的快速扩展和病毒清除机制	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中直接验证	揭示肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	肺泡树突状细胞、T细胞、巨噬细胞等免疫细胞	数字病理学	肺部感染	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	142,965个细胞，45个肺叶，25只仓鼠，5个时间点
1954	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis of the lungs reveals Slamf9+ macrophages involved in viral clearance and inflammation resolution 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00734-4 PMID:39414783	研究论文	研究了SARS-CoV-2感染后肺部免疫稳态的恢复过程，发现Slamf9+巨噬细胞在病毒清除和炎症消退中的作用	首次揭示了Slamf9+巨噬细胞在SARS-CoV-2感染后肺部组织修复和炎症消退中的关键作用	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中进行直接验证	探究肺部在SARS-CoV-2感染后免疫稳态的恢复机制	SARS-CoV-2感染后的肺部免疫反应和组织修复过程	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA-seq数据	叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，以及公开的人类尸检单细胞RNA-seq数据
1955	2024-11-08	An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07926-8 PMID:39232171	研究论文	研究了呼吸道病毒感染后的长期生理后果，特别是COVID-19后的后遗症，并建立了一个小鼠模型来识别驱动肺纤维化的异常免疫-上皮祖细胞生态位	通过空间转录组学和成像技术，揭示了肺驻留CD8 T细胞-巨噬细胞相互作用在急性病毒性肺炎后阻碍肺泡再生和驱动纤维化后遗症中的核心作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨呼吸道病毒感染后的长期生理后果，特别是COVID-19后的后遗症，并寻找治疗策略	呼吸道病毒感染后的肺部纤维化和肺泡再生	数字病理学	肺部疾病	空间转录组学和成像技术	NA	转录组数据和图像	三个呼吸道PASC患者队列和小鼠模型
1956	2024-11-08	TREM2 macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2024-Sep-18, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001098 PMID:39292863	研究论文	研究探讨了减肥手术对代谢相关脂肪性肝炎（MASH）的改善作用，并揭示了TREM2+巨噬细胞在此过程中的关键作用	首次揭示了TREM2+巨噬细胞在减肥手术改善MASH中的重要作用，并阐明了其机制	研究基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨减肥手术对MASH的改善机制	TREM2+巨噬细胞在减肥手术中的作用	NA	代谢相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
1957	2024-11-08	Endosialin-positive CAFs promote hepatocellular carcinoma progression by suppressing CD8+ T cell infiltration 2024-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009111 PMID:39260826	研究论文	研究了Endosialin阳性CAFs通过抑制CD8+ T细胞浸润促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了Endosialin通过抑制STAT1磷酸化和核转位，减少CXCL9/10表达和分泌，从而抑制CD8+ T细胞浸润，促进肝细胞癌进展	NA	探讨Endosialin阳性CAFs在肝细胞癌进展中的作用及其机制	Endosialin阳性CAFs、CD8+ T细胞、CXCL9/10	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、流式细胞术、RNA测序	NA	细胞	ENKO小鼠、Hepa1-6细胞、肝细胞癌患者肿瘤组织
1958	2024-11-08	Comprehensive characterization of cytokines in patients under extracorporeal membrane oxygenation: Evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data using multiple machine learning approaches 2024-Aug-23, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002425 PMID:39503329	研究论文	本文通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，利用多种机器学习方法，全面分析了接受体外膜氧合（ECMO）治疗的患者中细胞因子的表达模式及其潜在的生物学过程	开发了一个基于九个关键细胞因子相关基因（CRGs）的预测模型（CRG分类器），该模型在预测ECMO患者的死亡率和提供独立风险因素方面表现出色	NA	研究ECMO治疗期间细胞因子的表达模式及其对患者的影响，并开发预测模型以指导个性化治疗	接受ECMO治疗的患者及其细胞因子相关基因的表达	机器学习	NA	RNA测序	支持向量机（SVM）、随机森林（RF）、Lasso惩罚回归、极端梯度提升（XGBoost）、人工神经网络（ANN）	RNA测序数据	三个ECMO支持数据集，包括两个bulk RNA测序和一个单细胞RNA测序
1959	2024-11-08	Inference of genomic lesions from single-cell RNA-seq in myeloma improves functional intraclonal and interclonal analysis 2024-08-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012409 PMID:38830132	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序和拷贝数异常（CNA）分析，建立了一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进了多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）的功能性克隆间和克隆内分析	本文首次将单细胞RNA测序与B细胞受体测序和拷贝数异常分析相结合，用于推断基因组损伤，并改进了克隆间和克隆内的功能分析	研究样本仅来自5名患者，可能不足以代表所有多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的情况	建立一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的功能性克隆间和克隆内分析	多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）患者的骨髓浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序、拷贝数异常（CNA）分析	NA	转录组数据	20,465个骨髓浆细胞，来自5名患者
1960	2024-11-08	Identification of novel immune-related signatures for keloid diagnosis and treatment: insights from integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis 2024-07-16, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00647-z PMID:39014455	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因	本研究首次识别出PTGFR、RBP5和LIF作为瘢痕疙瘩的免疫相关基因，并构建了基于这些基因转录组模式的人工神经网络分子诊断模型，为瘢痕疙瘩的诊断和治疗提供了新的策略	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此其临床应用效果有待进一步验证	本研究旨在通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因，并探索其潜在的治疗机制	本研究主要研究对象为瘢痕疙瘩及其相关的免疫相关基因	数字病理学	瘢痕疙瘩	RNA-seq	人工神经网络	转录组数据	NA