单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1921	2024-11-09	scDTL: enhancing single-cell RNA-seq imputation through deep transfer learning with bulk cell information 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae555 PMID:39504481	研究论文	本文提出了一种基于深度迁移学习的单细胞RNA测序数据插补方法scDTL，通过利用批量细胞信息来增强插补效果	scDTL利用批量RNA测序数据训练的去噪自编码器作为初始插补模型，并通过领域适应框架将批量插补模型的知识迁移到单细胞RNA测序学习任务中，同时采用1D U-Net去噪模型进行并行操作，捕捉单细胞RNA测序数据的粗粒度和细粒度特征，并通过交叉通道注意力机制融合特征	NA	解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	去噪自编码器、1D U-Net	RNA测序数据	NA
1922	2024-11-09	PAC1 constrains type 2 inflammation through promotion of CGRP signaling in ILC2s 2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI180109 PMID:39287985	研究论文	研究探讨了PAC1通过促进CGRP信号传导在ILC2中调节2型炎症的作用	首次揭示了PAC1在ILC2中通过细胞内在机制促进CGRP信号传导，从而调节2型炎症	研究主要基于小鼠模型和人类循环ILC2，未来需进一步验证在其他物种和疾病模型中的适用性	探讨PAC1在ILC2中调节2型炎症的机制	PAC1在ILC2中的作用及其对CGRP信号传导的影响	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类循环ILC2样本
1923	2024-11-09	Epigenetic regulation of cell state by H2AFY governs immunogenicity in high-risk neuroblastoma 2024-Sep-10, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175310 PMID:39255035	研究论文	研究探讨了H2AFY在高度风险神经母细胞瘤中的表观遗传调控作用及其对免疫原性的影响	通过全基因组CRISPR/Cas9筛选识别出H2AFY作为PD-1阻断抗体nivolumab的耐药基因，并揭示了其在单细胞RNA-Seq数据中的富集及其与患者生存的关联	NA	阐明H2AFY在高度风险神经母细胞瘤中的表观遗传调控作用及其对免疫原性的影响	H2AFY在神经母细胞瘤中的作用及其对PD-1阻断疗法的耐药性	NA	神经母细胞瘤	CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA-Seq、多组学分析	NA	RNA-Seq数据	NA
1924	2024-11-09	Single-cell sequencing analysis confirms the association of ANRIL with the increased smooth muscle cell proliferation and migration gene signatures in pulmonary artery hypertension in silico 2024-Sep, Advances in medical sciences IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.advms.2024.04.002 PMID:38631609	研究论文	本研究通过单细胞测序分析，探讨了肺动脉高压中平滑肌细胞的异质性及其与ANRIL表达的关系	首次通过单细胞测序技术分析了肺动脉高压中平滑肌细胞的异质性，并证实了ANRIL表达与平滑肌细胞增殖和迁移基因特征的关联	研究样本量较小，仅包括三名肺动脉高压患者和三名健康对照	探讨肺动脉高压中平滑肌细胞的异质性及其与ANRIL表达的关系	肺动脉高压患者的肺动脉平滑肌细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三名肺动脉高压患者和三名健康对照的肺动脉样本
1925	2024-11-09	Early Injury Landscape in Vein Harvest by Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Jun-21, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323939 PMID:38808504	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应	首次应用单细胞和空间转录组学技术研究静脉病理，揭示了静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应及其分子机制	研究仅在犬模型中进行，结果的普适性需进一步验证	阐明静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应，识别潜在的治疗靶点	静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应及其分子机制	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	4只犬
1926	2024-11-09	Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments 2024-Jun-01, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09665-5 PMID:38824268	研究论文	研究了异质性肿瘤相关巨噬细胞在三种乳腺癌亚型中的机制，通过单细胞RNA测序和体外实验的整合	揭示了异质性肿瘤相关巨噬细胞在不同乳腺癌亚型中的作用机制，并通过特定的配体-受体对调控下游通路	NA	阐明肿瘤相关巨噬细胞在三种乳腺癌亚型中的作用	三种乳腺癌亚型（三阴性乳腺癌、腔内型和HER2型）中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种乳腺癌细胞系（MDA-MB-231、MCF-7和SKBR3）和巨噬细胞
1927	2024-11-09	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	研究论文	本文研究了人类特异性增强子在调节神经前体细胞增殖和神经发生能力以及皮质发育中的作用	揭示了人类特异性加速区域（HARs）作为关键调控元件在人类大脑皮质扩展和复杂性中的新功能	NA	探讨人类特异性增强子在皮质发育中的功能及其对神经前体细胞行为的影响	人类特异性增强子、神经前体细胞、皮质发育	NA	NA	基因编辑、活体成像、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、图像数据	基因编辑的小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩的神经前体细胞及皮质类器官
1928	2024-11-09	Pan-cancer scRNA-seq analysis reveals immunological and diagnostic significance of the peripheral blood mononuclear cells 2024-02-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddad187 PMID:37944069	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了癌症患者和健康供者外周血单核细胞的组成和状态差异，并探讨了这些特征在癌症诊断中的潜力	首次系统性地分析了癌症患者外周血单核细胞的免疫激活和分化状态，并基于这些特征构建了高敏感性的癌症诊断模型	研究样本量相对较小，且仅限于特定类型的癌症和健康对照	探讨外周血单核细胞在癌症进展中的免疫反应及其在癌症诊断中的应用潜力	癌症患者和健康供者的外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	逻辑回归	RNA	262,025个外周血单核细胞，来自68个癌症样本和14个健康样本
1929	2024-11-09	Humanized CXCL12 antibody delays onset and modulates immune response in alopecia areata mice: insights from single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1444777 PMID:39483478	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨人源化CXCL12抗体在斑秃小鼠模型中的作用机制	首次使用人源化CXCL12抗体治疗斑秃，并通过单细胞RNA测序揭示其分子机制	研究仅限于小鼠模型，需进一步在人体中验证	探讨人源化CXCL12抗体在斑秃治疗中的作用及其分子机制	斑秃小鼠模型及其免疫细胞	NA	斑秃	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的皮肤样本
1930	2024-11-09	mRNA-seq-based analysis predicts: AEG-1 is a therapeutic target and immunotherapy biomarker for pan-cancer, including OSCC 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1484226 PMID:39483471	研究论文	本文通过mRNA-seq分析预测AEG-1是泛癌治疗靶点和免疫治疗生物标志物，包括OSCC	首次全面分析了AEG-1表达与OSCC及其他肿瘤类型中免疫浸润的关系，并发现AEG-1与免疫浸润标志物之间的强相关性	NA	探讨AEG-1在泛癌中的表达及其与免疫浸润和患者预后的关系	AEG-1在不同肿瘤类型中的表达水平、预后和临床病理特征	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	mRNA-seq	NA	基因表达数据	多个数据库中的多种肿瘤样本，包括OSCC
1931	2024-11-09	Potential molecular mechanisms of ETV6-RUNX1-positive B progenitor cell cluster in acute lymphoblastic leukemia revealed by single-cell RNA sequencing 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18445 PMID:39498293	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了ETV6-RUNX1阳性B祖细胞簇在急性淋巴细胞白血病中的潜在分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ETV6-RUNX1阳性B祖细胞簇在急性淋巴细胞白血病中的细胞周期调控机制及其与NK细胞和T细胞的相互作用	NA	探索免疫景观和免疫细胞在急性淋巴细胞白血病进展中的作用	ETV6-RUNX1阳性B祖细胞簇及其在急性淋巴细胞白血病中的作用	数字病理学	血液系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自GSE132509的ETV6-RUNX1和健康儿科样本的骨髓单个核细胞
1932	2024-11-08	Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene 2024-Nov-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731 PMID:39423574	研究论文	本文通过生物信息学方法鉴定了木薯基因组中的4CL家族，并分析了Me4CL32基因的表达模式	首次在木薯基因组中鉴定出50个Me4CL基因，并进行了全面的4CL基因家族分析	NA	研究木薯4CL基因家族的功能，以理解植物生长、发育和抗逆机制	木薯4CL基因家族及其在环境压力和激素信号响应中的表达模式	NA	NA	生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
1933	2024-11-08	Identifying Multiomic Signatures of X-Linked Retinoschisis-Derived Retinal Organoids and Mice Harboring Patient-Specific Mutation Using Spatiotemporal Single-Cell Transcriptomics 2024-Nov-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405818 PMID:39503290	研究论文	本文通过多组学方法研究X连锁视网膜劈裂症（XLRS）的转录组特征，揭示了ER应激/eIF2信号通路在疾病中的作用	首次结合单细胞RNA测序和时空转录组学技术，分析XLRS相关的小鼠模型和患者来源的视网膜类器官，发现并验证了ER应激/eIF2信号通路在XLRS中的关键作用	NA	揭示X连锁视网膜劈裂症的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	XLRS相关的小鼠模型和患者来源的视网膜类器官	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、时空转录组学	NA	转录组数据	包括基因工程小鼠（Rs1）和携带相同患者特异性p.R209C突变的患者来源视网膜类器官
1934	2024-11-08	Enhancing Single-Cell RNA-seq Data Completeness with a Graph Learning Framework 2024-Nov-06, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	本文提出了一种基于图学习框架的单细胞RNA测序数据完整性增强方法	开发了VAImpute，一种基于变分图自编码器的插补技术，利用细胞/基因之间的copula相关性学习单细胞RNA测序数据构建的大网络/图的固有分布	NA	提高单细胞RNA测序数据的完整性	单细胞RNA测序数据中的缺失表达值	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分图自编码器	单细胞表达矩阵	模拟和真实单细胞RNA测序数据集
1935	2024-11-08	Stem cell transplantation extends the reproductive life span of naturally aging cynomolgus monkeys 2024-Nov-05, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00726-4 PMID:39496598	研究论文	研究探讨了间充质干细胞移植对自然衰老的食蟹猴卵巢功能的影响	首次证明了人胚胎干细胞衍生的MSC样细胞（M细胞）移植可以显著改善自然衰老卵巢的功能，并成功诞生了健康的幼猴	研究仅在食蟹猴模型中进行，尚未在人类中验证	探讨间充质干细胞移植对自然衰老卵巢功能的影响及其分子机制	自然衰老的食蟹猴卵巢	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了自然衰老的食蟹猴模型
1936	2024-11-08	Biallelic null variants in PNPLA8 cause microcephaly by reducing the number of basal radial glia 2024-Nov-04, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae185 PMID:39082157	研究论文	本文研究了PNPLA8基因的双等位基因缺失变异如何通过减少基底放射状胶质细胞的数量导致小头畸形	首次发现PNPLA8基因的双等位基因缺失变异与小头畸形相关，并通过人诱导多能干细胞生成的大脑类器官模型揭示了其分子机制	样本量较小，且仅限于特定家族，可能影响结果的普遍性	探讨PNPLA8基因变异与神经发育障碍之间的关系及其分子机制	PNPLA8基因、基底放射状胶质细胞、大脑类器官	NA	神经发育障碍	空间转录组学	NA	基因数据	25名受影响的个体，来自20个家庭
1937	2024-11-08	Multi-bioinformatics revealed potential biomarkers and repurposed drugs for gastric adenocarcinoma-related gastric intestinal metaplasia 2024-Nov-04, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00455-0 PMID:39496635	研究论文	本研究利用多组学生物信息学方法揭示了胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和重新定位药物	首次综合利用多种生物信息学工具，包括基因表达矩阵、单细胞RNA测序数据分析、信号通路分析等，揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和治疗靶点	研究样本量较小，仅包括16名患者，可能影响结果的普适性	揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和预测潜在的药物重新定位	胃腺癌相关胃肠化生的生物标志物和治疗靶点	生物信息学	胃癌	基因表达矩阵、单细胞RNA测序、信号通路分析、分子对接分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	16名胃腺癌相关胃肠化生患者，共64个样本
1938	2024-11-08	Immunopathological markers and cell types linked to COVID-19 symptom manifestation 2024-Nov-04, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-10139-z PMID:39497098	研究论文	研究分析了与COVID-19症状表现相关的免疫病理学标志物和细胞类型	首次通过血液蛋白因子分析和单细胞RNA测序数据，识别出与COVID-19症状相关的关键蛋白因子和特定细胞类型	研究样本量有限，未来需要进一步验证和扩展研究结果	深入理解COVID-19的免疫病理机制，为开发靶向治疗和预防措施提供依据	COVID-19症状相关的免疫病理学标志物和细胞类型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	LASSO算法	血液蛋白因子数据	420名个体（包括健康、无症状和有症状患者）和141名个体的单细胞RNA测序数据
1939	2024-11-08	Shared and unique patterns of autonomous human endogenous retrovirus loci transcriptomes in CD14 + monocytes from individuals with physical trauma or infection with COVID-19 2024-Nov-04, Retrovirology IF:2.7Q3 DOI:10.1186/s12977-024-00652-z PMID:39497142	研究论文	研究探讨了在物理创伤或COVID-19感染情况下，CD14+单核细胞中人类内源性逆转录病毒（HERV）位点的转录组模式	首次在单细胞RNA测序数据中分析了HERV位点在不同病理条件下的转录组模式，并发现了共享和独特的HERV位点	研究仅限于CD14+单核细胞，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HERV在不同病理条件下对先天免疫细胞的调控作用	CD14+单核细胞中的HERV位点转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	21名正常个体和物理创伤或COVID-19感染患者的样本
1940	2024-11-08	Cancer-associated fibroblasts shape early myeloid cell response to chemotherapy-induced immunogenic signals in next generation tumor organoid cultures 2024-Nov-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009494 PMID:39500527	研究论文	研究了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，使用下一代肿瘤类器官培养系统	首次在复杂的初级共培养系统中研究了CAFs、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和类器官之间的相互作用，并评估了化疗和溶瘤病毒治疗对这些细胞的影响	研究主要集中在结直肠癌（CRC），可能不适用于其他类型的癌症	探讨CAFs在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，并评估其在肿瘤微环境中的作用	癌症相关成纤维细胞（CAFs）、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、结直肠癌细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	细胞	从手术切除中获得的初级类器官和患者匹配的CAF培养物