单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 1901 - 1920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1901 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine
2024-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601271
PMID:38979337
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新型潜在调节因子 | 首次在猪模型中识别出表达细胞迁移转录途径的修复性肠细胞亚群，并预测CSF-1作为年龄依赖性修复反应的上游调节因子 | 研究基于猪模型，结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 探索年龄依赖性肠道屏障修复的分子机制，寻找改善新生儿肠道损伤预后的潜在治疗靶点 | 幼猪和新生猪的肠道黏膜上皮细胞，猪肠道上皮细胞系IPEC-J2 | 单细胞转录组学 | 肠道缺血损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 猪肠道黏膜上皮细胞（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1902 | 2025-10-07 |
Elevated phagocytic capacity directs innate spinal cord repair
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598515
PMID:38915507
|
研究论文 | 本研究通过比较斑马鱼和哺乳动物脊髓损伤后的免疫反应，揭示了高吞噬能力在脊髓先天修复中的核心作用 | 发现斑马鱼巨噬细胞具有高吞噬能力并促进脊髓再生，鉴定出关键基因，并证明人类同源基因可加速损伤修复 | 研究主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的直接应用效果需进一步验证 | 探究脊髓损伤后免疫细胞在组织修复中的作用机制 | 斑马鱼和哺乳动物的巨噬细胞 | 发育生物学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组测序，基因敲除，细胞移植 | NA | 基因表达数据，功能实验数据 | 斑马鱼脊髓损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1903 | 2025-10-07 |
The cancer-associated fibroblasts interact with malignant T cells in mycosis fungoides and promote the disease progression
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1474564
PMID:39963655
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示蕈样肉芽肿中恶性T细胞与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 首次在蕈样肉芽肿中发现恶性T细胞具有组织驻留记忆T细胞和中央记忆T细胞双重表型，并揭示CAFs通过IL-6/JAK2/STAT3/SOX4和IL-6/HIF-1α/SOX4通路促进疾病进展的正反馈循环 | 样本量有限，主要关注晚期蕈样肉芽肿患者 | 探究蕈样肉芽肿的发病机制及肿瘤微环境的作用 | 晚期蕈样肉芽肿患者的肿瘤组织、癌旁正常组织和外周血单个核细胞，以及健康对照 | 单细胞基因组学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 晚期蕈样肉芽肿患者和健康对照的样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1904 | 2025-10-07 |
High throughput single cell metagenomic sequencing with semi-permeable capsules: unraveling microbial diversity at the single-cell level in sewage and fecal microbiomes
2024, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2024.1516656
PMID:39968047
|
研究论文 | 本研究验证了使用微流控和半透性胶囊技术对污水和猪粪便样本进行高通量单细胞宏基因组测序的方法 | 开发了结合半透性胶囊和组合拆分-合并单扩增基因组条形码的高通量单细胞测序方法，可在单细胞水平解析微生物多样性 | 仅测试了污水和猪粪便两种样本类型，样本量相对有限 | 开发和应用高通量单细胞测序技术研究微生物群落 | 污水和猪粪便样本中的单个细菌细胞 | 宏基因组学 | NA | 单细胞测序，微流控技术，组合拆分-合并单扩增基因组条形码，短读长测序 | NA | 基因组测序数据 | 污水样本和猪粪便样本各1个，深测序检测1,796和1,220个SAGs，浅测序检测12,731和17,909个SAGs | Atrandi | 单细胞测序，微流控技术 | 半透性胶囊技术 | 微流控和半透性胶囊单细胞分离技术，结合组合拆分-合并单扩增基因组条形码 |
| 1905 | 2025-10-07 |
Recruitment of homodimeric proneural factors by conserved CAT-CAT E-boxes drives major epigenetic reconfiguration in cortical neurogenesis
2024-Nov-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae950
PMID:39494521
|
研究论文 | 通过整合分析揭示神经发生过程中同源二聚体前神经因子通过CAT-CAT E-boxes驱动表观遗传重编程的机制 | 发现NEUROG2和NEUROD2作为同源二聚体优先结合CAT-CAT E-boxes，并在神经元分化中期阶段发挥最大染色质重塑作用 | 研究主要基于小鼠皮层发育数据，人类中的保守性需要进一步验证 | 探究前神经因子在不同E-box类型上的协作机制及其染色质重塑功能 | 小鼠发育中的皮层神经细胞 | 表观遗传学 | 神经精神疾病 | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, DNA甲基化测序, HT-SELEX, DNA足迹分析 | 结构建模 | 基因组学数据，表观基因组数据 | NA | NA | 染色质免疫沉淀测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序, DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 1906 | 2025-10-07 |
Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics
2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401540121
PMID:39150785
|
研究论文 | 通过从单细胞RNA速度数据学习细胞状态矢量场，量化细胞分化和重编程的非平衡驱动力 | 提出通过景观和通量量化单细胞全局非平衡驱动力的方法，挑战了传统的过渡态估计 | NA | 探索细胞分化和重编程的物理原理和驱动力 | 单细胞转录组数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 景观和通量理论模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1907 | 2025-10-07 |
Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02284-9
PMID:38844627
|
研究论文 | 开发了一种名为IRIS的计算方法，用于在空间转录组学研究中准确高效地检测空间域 | 独特利用单细胞RNA测序数据进行参考信息化的空间域检测，整合多个SRT切片并同时考虑切片内和切片间的相关性 | NA | 表征空间转录组学研究中的组织空间组织结构 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 脑部疾病,肿瘤,糖尿病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 计算方法 | 空间转录组数据 | 六个SRT数据集，涵盖不同技术、组织、物种和分辨率 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Xenium,Stereo-seq | NA |
| 1908 | 2025-10-07 |
Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330
PMID:39936155
|
研究论文 | 本研究通过分析NOD和NOR小鼠模型，探索了干燥综合征相关自身免疫性泪腺炎中血清和泪液自身抗体作为局部和全身炎症诊断指标的潜力 | 首次系统比较了干燥综合征小鼠模型中血清和泪液自身抗体谱的差异，发现泪液IgA同种型自身抗体比IgG具有更高的多样性 | 研究仅限于雄性小鼠模型，未涉及雌性动物或人类样本 | 探索干燥综合征相关自身免疫性泪腺炎的诊断生物标志物 | NOD和NOR雄性小鼠的泪腺、血清和泪液样本 | 免疫学 | 干燥综合征 | 免疫荧光，自身抗体微阵列，单细胞RNA测序 | NA | 图像数据，基因表达数据，蛋白质组数据 | 两种小鼠模型（NOD和NOR）与健康BALB/c小鼠对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1909 | 2025-10-07 |
Mechanism of mTOR/RILP-regulated autophagic flux in increased susceptibility to myocardial ischemia-reperfusion in diabetic mice
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1506401
PMID:39958873
|
研究论文 | 本研究探讨了糖尿病小鼠心肌缺血再灌注损伤易感性增加的机制，重点关注mTOR/RILP通路调控的自噬流 | 首次通过单细胞测序分析糖尿病心肌缺血再灌注后自噬相关基因的转录组变化，并揭示mTOR/RILP通路在调节自噬流中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究糖尿病心肌缺血再灌注损伤易感性增加的内在机制 | 糖尿病小鼠模型和高糖培养的心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞测序, qRT-PCR, 蛋白质印迹, 透射电镜, HE染色 | 动物模型和细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 形态学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1910 | 2025-10-07 |
CBX1 is involved in hepatocellular carcinoma progression and resistance to sorafenib and lenvatinib via IGF-1R/AKT/SNAIL signaling pathway
2024-Oct, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-024-10696-0
PMID:38769286
|
研究论文 | 本研究探讨CBX1在肝细胞癌进展及对索拉非尼和乐伐替尼耐药性中的作用机制 | 首次揭示CBX1通过IGF-1R/AKT/SNAIL信号通路促进肝细胞癌进展和酪氨酸激酶抑制剂耐药性的新机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型，需要进一步临床验证 | 探究CBX1在泛癌及肝细胞癌中的表达特征、功能作用及其分子机制 | 肝细胞癌组织、癌细胞系、裸鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序、RT-PCR、Western Blotting、免疫组化、组织芯片、CCK-8、集落形成、Transwell侵袭、划痕实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、临床病理数据 | 肝细胞癌组织及癌旁组织、多种癌细胞系、裸鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1911 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomic Analysis Identifies Epithelium-Macrophage Crosstalk in Endometriotic Lesions
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.23.586434
PMID:38798560
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组分析揭示了子宫内膜异位病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用机制 | 首次发现浅表腹膜子宫内膜异位病变上皮细胞通过补体3驱动炎症信号并促进巨噬细胞向促修复表型转化 | 仅分析了浅表腹膜病变，未涉及其他类型子宫内膜异位病变 | 阐明子宫内膜异位病变中细胞类型特异性基因表达变化及细胞间通讯机制 | 子宫内膜异位病变组织和患者匹配的在位子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 子宫内膜异位症 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 患者匹配的病变组织和正常组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1912 | 2025-10-07 |
Transcriptomic landscape of endothelial cells: Key tumor microenvironment components indicating variable clinical outcomes in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-Feb, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.23881
PMID:37449672
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了胰腺导管腺癌中内皮细胞的异质性及其对临床预后的影响 | 首次在胰腺导管腺癌中系统鉴定出7个不同的内皮细胞亚群，并阐明其与肿瘤恶性进展和患者预后的关联 | 样本量相对有限（24个肿瘤和11个正常胰腺），需要更大规模的研究验证 | 阐明胰腺导管腺癌肿瘤微环境中内皮细胞的异质性及其对临床结局的影响 | 胰腺导管腺癌患者肿瘤组织和正常胰腺组织中的内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析，拟时序分析 | NA | 单细胞转录组数据，批量转录组数据 | 24个PDAC肿瘤样本和11个正常胰腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1913 | 2025-10-07 |
Interferon-γ signaling in eosinophilic esophagitis has implications for epithelial barrier function and programmed cell death
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.26.577407
PMID:38352458
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外器官模型探讨了干扰素-γ信号在嗜酸性粒细胞性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响 | 首次在单细胞水平揭示EoE患者食管上皮细胞中干扰素反应特征基因上调，并通过器官模型证实IFN-γ可破坏上皮分化和屏障完整性并诱导细胞凋亡 | 研究样本量有限，主要依赖体外模型验证，需要进一步在体实验确认 | 阐明嗜酸性粒细胞性食管炎中免疫细胞与上皮细胞间的相互作用机制 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 器官模型培养 | NA | 基因表达数据 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者食管活检组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1914 | 2025-10-07 |
A Foundation Model for Cell Segmentation
2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.17.567630
PMID:38045277
|
研究论文 | 提出了一种名为CellSAM的基础模型，用于实现跨多种细胞成像数据的通用细胞分割 | 基于Segment Anything Model开发了提示工程方法，结合自动细胞检测器CellFinder，实现了在哺乳动物细胞、酵母和细菌等多种成像模态下的通用细胞分割 | NA | 开发一个能够跨不同细胞成像领域通用的基础细胞分割模型 | 哺乳动物细胞（组织和细胞培养）、酵母和细菌的成像数据 | 计算机视觉 | NA | 深度学习，提示工程 | 基础模型，目标检测器，Segment Anything Model | 细胞成像数据 | NA | NA | 空间转录组学，细胞追踪 | NA | NA |
| 1915 | 2025-10-07 |
Interleukin-22 inhibits cardiac fibrosis by regulating fibroblast metabolic reprogramming in myocardial infarction
2024-Apr, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2024.155256
PMID:38492359
|
研究论文 | 本研究探讨白细胞介素-22通过调节成纤维细胞代谢重编程抑制心肌梗死后心脏纤维化的作用机制 | 首次揭示IL-22通过JNK/PKM2通路抑制有氧糖酵解从而减轻心脏纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在临床患者中验证 | 探究IL-22在心肌梗死后心肌纤维化中的作用及代谢机制 | 心肌梗死患者和小鼠模型的成纤维细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞测序，代谢分析，体外实验，体内实验 | NA | 单细胞测序数据，代谢数据，分子表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1916 | 2025-10-07 |
Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block
2024-Nov-28, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-024-10159-x
PMID:39609308
|
研究论文 | 本研究揭示了衰老相关基因FKBP5和DDIT3在冠心病与认知障碍共病机制中的关键作用，并评估了星状神经节阻滞的治疗潜力 | 首次通过单细胞和bulk RNA测序技术系统阐明FKBP5和DDIT3在冠心病与认知障碍共病机制中的核心作用，并发现星状神经节阻滞通过调节自主神经可同时改善心脏功能和认知能力 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中得到验证 | 阐明冠心病与认知障碍共病的分子机制，探索星状神经节阻滞的治疗效果 | 冠心病和认知障碍的分子机制及治疗干预 | 生物医学研究 | 冠心病, 认知障碍 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 激光多普勒血流仪, 脑电图, 行为学测试 | 动物模型 | 基因表达数据, 行为学数据, 生理信号数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1917 | 2025-10-07 |
Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis
2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2024-225630
PMID:38816066
|
研究论文 | 本研究探讨高安氏动脉炎中血管平滑肌细胞早衰与血管炎症之间的关联 | 首次揭示IL-6-线粒体STAT3-MFN2信号通路驱动血管平滑肌细胞衰老的分子机制 | 样本来源于手术患者，可能存在选择偏倚；体外实验结果需在更大样本中验证 | 探究高安氏动脉炎中血管平滑肌细胞衰老是否参与血管炎症过程 | 高安氏动脉炎患者的血管手术样本和原代血管平滑肌细胞 | 分子病理学 | 高安氏动脉炎 | 组织学检测、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-seq、体外实验、离体实验 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | 高安氏动脉炎患者血管手术样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1918 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveal potent extrafollicular B cell response linked with granzyme K+ CD8 T cell activation in lupus kidney
2024-Oct-17, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2024-225876
PMID:39419536
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了狼疮性肾炎肾脏中滤泡外B细胞反应与GZMK+ CD8 T细胞活化的关联机制 | 首次在单细胞水平系统描绘狼疮性肾炎肾脏适应性免疫景观，发现肾脏特异性IGHG4-59克隆扩增和GZMK+ CD8 T细胞与ABCs通过II型干扰素通路的相互作用 | 样本量有限，主要基于相关性分析，功能验证需要进一步深入 | 探索活动性狼疮性肾炎患者肾脏特异性适应性免疫景观 | 狼疮性肾炎患者的肾脏和配对外周血B、T细胞，以及匹配对照的外周血细胞 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA/BCR/TCR测序，流式细胞术，ATAC-seq，多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据，BCR/TCR序列数据，表观遗传数据，蛋白质表达数据 | 活动性狼疮性肾炎患者肾脏和外周血样本，匹配对照外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞BCR/TCR测序，ATAC-seq | NA | NA |
| 1919 | 2025-10-07 |
CD8+ tissue-resident memory T cells are expanded in primary Sjögren's disease and can be therapeutically targeted by CD103 blockade
2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-225069
PMID:38777379
|
研究论文 | 本研究探讨了组织驻留记忆T细胞在原发性干燥综合征中的作用及CD103阻断的治疗潜力 | 首次系统表征pSS中CD8+组织驻留记忆T细胞的表型功能，并证明CD103阻断可改善疾病症状 | 动物模型结果需在人类临床试验中进一步验证 | 研究组织驻留记忆T细胞在原发性干燥综合征发病机制中的作用及治疗靶点 | 原发性干燥综合征患者、非特异性干燥综合征患者、实验性干燥综合征小鼠模型 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 流式细胞术, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据, 临床指标 | 人类唾液腺组织和外周血样本, 实验性干燥综合征小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1920 | 2025-10-07 |
A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types
2024-Sep-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278980.124
PMID:39142810
|
研究论文 | 通过转录抑制结合RNA测序技术，构建了线虫胚胎发育过程中mRNA衰减速率的时空图谱 | 首次在全转录组范围内直接测量胚胎发育过程中具有时空分辨率的mRNA衰变速率，揭示了不同发育阶段和细胞类型中mRNA稳定性的差异调控 | 研究仅限于线虫胚胎发育过程，未涉及其他生物或发育阶段 | 探究胚胎发育过程中mRNA衰变速率的时空动态变化及其对基因表达的调控作用 | 秀丽隐杆线虫(C. elegans)胚胎 | 转录组学 | NA | 转录抑制，bulk RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 线虫胚胎发育全过程样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |