单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1901	2024-11-09	Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion 2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03851-x PMID:39487896	研究论文	研究探讨了肿瘤细胞表面抗原Ly6E在肿瘤微环境中对T细胞反应的抑制作用及其机制	首次揭示了Ly6E通过促进M2型巨噬细胞在肿瘤微环境中的积累，从而导致CD8+ T细胞排斥的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探讨Ly6E在肿瘤微环境中对免疫反应的调控机制，为癌症免疫治疗提供新思路	Ly6E在肿瘤细胞中的表达及其对T细胞和巨噬细胞的影响	肿瘤学	多种癌症	流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序(ScRNA-seq)	NA	RNA	包括人乳腺癌组织、肿瘤细胞系以及Ly6E敲除和过表达的小鼠细胞系
1902	2024-11-09	FIND-seq: high-throughput nucleic acid cytometry for rare single-cell transcriptomics 2024-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01021-y PMID:39039320	研究论文	本文介绍了一种名为FIND-seq的高通量核酸细胞计数平台，用于分离和研究稀有单细胞转录组	开发了一种新的核酸细胞计数平台FIND-seq，能够基于RNA或DNA标记物分离稀有细胞，并进行批量或单细胞转录组分析	需要微流体学、光学和分子生物学知识	开发和优化一种新的技术平台，用于分离和研究稀有细胞的转录组	稀有细胞，特别是HIV感染的细胞和其他难以分离和测序的细胞亚群	单细胞转录组学	HIV感染	FIND-seq	NA	RNA或DNA	稀有HIV感染细胞和其他难以分离的细胞亚群
1903	2024-11-09	Single-cell RNA sequencing elucidated the landscape of breast cancer brain metastases and identified ILF2 as a potential therapeutic target 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13697 PMID:38943472	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌脑转移的生态系统，并鉴定了ILF2作为潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序全面描绘了乳腺癌脑转移的肿瘤生态系统，并发现ILF2在乳腺癌脑转移进展中的关键作用	研究样本量较小，仅涉及六个患者的乳腺癌脑转移数据	开发更有效的治疗策略，探索乳腺癌脑转移的潜在治疗靶点	乳腺癌脑转移患者的肿瘤生态系统及ILF2的功能	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	六个乳腺癌脑转移患者的样本
1904	2024-11-09	Regulating Astrocytes via Short Fibers for Spinal Cord Repair 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406742 PMID:39120009	研究论文	研究通过全转录组测序识别出VIM基因在脊髓损伤小鼠模型中的关键调节作用，并构建3D可注射电纺短纤维抑制反应性星形胶质细胞增生，促进脊髓神经功能恢复	首次通过全转录组测序揭示VIM基因在反应性星形胶质细胞中的关键作用，并设计3D电纺短纤维抑制其异常扩张	NA	研究抑制反应性星形胶质细胞增生以促进脊髓损伤修复的机制	脊髓损伤小鼠模型中的反应性星形胶质细胞	生物材料	脊髓损伤	全转录组测序	NA	RNA	脊髓损伤小鼠模型
1905	2024-11-09	CCL5/CCR5/CYP1A1 pathway prompts liver cancer cells to survive in the combination of targeted and immunological therapies 2024-Nov, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16320 PMID:39183447	研究论文	研究揭示了CCL5/CCR5/CYP1A1通路在肝癌细胞对抗靶向和免疫联合治疗中的作用	发现CCL5/CCR5/CYP1A1通路在肝癌细胞对抗靶向和免疫联合治疗中的作用，并验证了bergamottin作为CYP1A1竞争性抑制剂可以增强治疗效果	NA	探讨肝癌细胞在靶向和免疫联合治疗中的生存机制	肝癌细胞、CD8 T细胞、CCL5/CCR5/CYP1A1通路	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序(RNA-seq)	NA	RNA	治疗前后的肿瘤样本、CCL5刺激的Huh7细胞、携带肿瘤的小鼠
1906	2024-11-09	Spatial Transcriptomic Study Reveals Heterogeneous Metabolic Adaptation and a Role of Pericentral PPARα/CAR/Ces2a Axis During Fasting in Mouse Liver 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405240 PMID:39234807	研究论文	研究通过空间转录组学分析小鼠肝脏在不同营养状态下的基因表达变化，揭示了肝脏代谢适应的异质性和PPARα/CAR/Ces2a轴在禁食期间的作用	首次通过空间转录组学技术揭示了小鼠肝脏在不同营养状态下的动态基因表达变化，并确定了PPARα/CAR/Ces2a轴在禁食期间的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肝脏在不同营养状态下代谢适应的异质性和机制	小鼠肝脏在喂食、禁食和再喂食状态下的基因表达	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠肝脏样本在喂食、禁食和再喂食状态下的数据
1907	2024-11-09	SHP2-Triggered Endothelial Cell Activation Fuels Estradiol-Independent Endometrial Sterile Inflammation 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403038 PMID:39234819	研究论文	研究了SHP2在雌激素非依赖性子宫内膜无菌炎症中的作用	首次揭示了SHP2在子宫内膜内皮细胞中的上调促进炎症激活和巨噬细胞迁移，从而维持无菌炎症	研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证	探讨雌激素诱导的无菌炎症如何调节子宫内膜增生	子宫内膜内皮细胞和巨噬细胞	NA	子宫内膜增生	单细胞RNA测序、RNA测序、磷酸化蛋白质组分析	NA	RNA	小鼠模型
1908	2024-11-09	Epigenetic Dynamics in Reprogramming to Dopaminergic Neurons for Parkinson's Disease 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403105 PMID:39279468	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析多巴胺能神经元重编程的轨迹，揭示了重编程过程中的关键调控因子Arid4b	首次揭示了Arid4b在多巴胺能神经元重编程中的关键作用，并通过过表达Arid4b提高了重编程效率	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	揭示多巴胺能神经元重编程的分子机制，为帕金森病的治疗提供新策略	多巴胺能神经元的重编程过程及其关键调控因子	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠脑组织样本
1909	2024-11-09	Differentiating visceral sensory ganglion organoids from induced pluripotent stem cells 2024-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02455-8 PMID:39438735	研究论文	本文介绍了从诱导多能干细胞（iPS细胞）生成内脏感觉神经元（VSN）的方法，并探讨了其在神经系统疾病中的应用	本文首次建立了从人类iPS细胞分化出内脏感觉神经节类器官（VSGOs）的协议，并将其应用于阿尔茨海默病的研究	NA	研究内脏感觉神经元在神经系统疾病中的作用	内脏感觉神经元（VSN）和内脏感觉神经节类器官（VSGOs）	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1910	2024-11-09	Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells 2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175147 PMID:39312740	研究论文	研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制	首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路，促进髓系细胞迁移并分化为免疫抑制状态	研究主要基于小鼠模型和人类卵巢癌组织样本，需进一步验证在其他癌症类型中的适用性	探讨Egfl6在卵巢癌中的免疫抑制机制及其作为治疗靶点的潜力	卵巢癌、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和髓源性抑制细胞（MDSCs）	免疫学	卵巢癌	scRNA-Seq	NA	组织样本	小鼠模型和人类卵巢癌组织样本
1911	2024-11-09	Single-cell transcriptomics reveal individual and synergistic effects of Trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis 2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595827 PMID:38826323	研究论文	研究使用单细胞转录组测序分析唐氏综合症和GATA1s对造血作用的个体和协同效应	首次使用同基因人诱导多能干细胞研究唐氏综合症和GATA1s对造血祖细胞的个体和协同效应	研究仅限于同基因人诱导多能干细胞，未涉及临床样本	探讨唐氏综合症和GATA1s对造血作用的个体和协同效应	造血祖细胞	数字病理学	唐氏综合症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	同基因人诱导多能干细胞的造血祖细胞
1912	2024-11-09	Multi-omics revealed that ELAVL3 regulates MYCN in neuroblastoma via immunogenic cell death: Risk stratification and experimental research 2024-Oct-31, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.137045 PMID:39486730	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了ELAVL3通过免疫原性细胞死亡调节神经母细胞瘤中的MYCN，并进行了风险分层和实验研究	首次报道了免疫原性细胞死亡相关指数（ICDR-Index），并发现ELAVL3在神经母细胞瘤中的关键作用	研究主要基于批量转录组数据和单细胞RNA测序数据，未涉及临床试验	研究神经母细胞瘤的风险分层和免疫原性细胞死亡机制	神经母细胞瘤患者及其免疫治疗反应	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	1244个神经母细胞瘤样本和16个单细胞RNA测序数据集
1913	2024-11-09	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619760 PMID:39484623	研究论文	本文研究了从等位基因包含现象中学习抗体序列约束的方法	利用大规模单细胞测序数据，发现数千个幼稚B细胞中的轻链等位基因包含现象，并训练机器学习模型识别这些异常序列，结果模型与未训练的抗体特性（如多反应性、表面表达和亲和力成熟中的突变使用）相关性更高	NA	研究抗体序列约束	抗体和B细胞受体（BCR）的序列约束	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习模型	序列数据	数千个幼稚B细胞
1914	2024-11-09	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2024-Oct-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi.org数据库2025年的更新，扩展了支持新技术和物种的资源	扩展了数据库以包括新的数据中心资源，支持单细胞转录组学的挖掘和分析，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于Drosophila和其他节肢动物病媒	NA	推进生物学和生物医学理解的'omics研究设计、分析和挖掘	Drosophila和其他节肢动物的功能基因组学研究	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR	NA	基因组数据	NA
1915	2024-11-09	Circulating Adenoid Cystic Carcinoma associated MYB transcripts enable rapid and sensitive detection of metastatic disease in blood liquid biopsies 2024-Oct-17, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.15.24315549 PMID:39484279	研究论文	开发了一种基于qPCR的检测方法，通过监测血液中MYB转录本的表达来快速敏感地检测腺样囊性癌的转移	首次提出通过血液液体活检中的MYB转录本检测来早期诊断腺样囊性癌的转移	研究样本量较小，需要进一步验证和扩大样本量以提高检测方法的普适性和准确性	开发一种新的诊断方法，用于早期检测腺样囊性癌的转移	血液样本中的MYB转录本表达	数字病理学	头颈部癌症	qPCR	NA	RNA	共收集了49份血液样本，包括23份无ACC历史或证据的样本，15份有ACC历史但无疾病证据的样本，6份局部ACC样本和5份转移性ACC样本
1916	2024-11-09	Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06214-4 PMID:38967666	研究论文	研究探讨了体外高糖条件下人胰腺胰岛基因表达在24小时内的变化	首次在单细胞分辨率下深入研究了人胰腺胰岛对葡萄糖暴露的24小时转录组响应	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境	探讨高糖条件下人胰腺胰岛基因表达的变化及其与2型糖尿病的关系	人胰腺胰岛中的六种细胞类型：alpha、beta、gamma、delta、导管和腺泡细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自两个供体的人胰腺胰岛样本
1917	2024-11-09	The SWI/SNF chromatin remodelling complex regulates pancreatic endocrine cell expansion and differentiation in mice in vivo 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06211-7 PMID:38958700	研究论文	研究SWI/SNF染色质重塑复合物在胰腺内分泌细胞扩展和分化中的作用	揭示了SWI/SNF复合物在胰腺内分泌细胞发育和扩展中的关键作用	实验主要在小鼠模型中进行，结果的临床转化需进一步验证	研究SWI/SNF复合物对胰腺内分泌细胞发育的影响	胰腺内分泌细胞及其前体细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括Brg1Δendo;Brm+/-和DKOΔendo小鼠模型，以及胚胎发育中的细胞
1918	2024-11-09	Heterotypic macrophages/microglia differentially contribute to retinal ischaemia and neovascularisation 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06215-3 PMID:38977459	研究论文	研究了异型巨噬细胞/小胶质细胞在视网膜缺血和新生血管形成中的不同作用	揭示了异型巨噬细胞/小胶质细胞在视网膜缺血和新生血管形成中的不同作用，为针对特定细胞的治疗方法提供了新的基础	NA	阐明巨噬细胞/小胶质细胞在增生性缺血性视网膜病变发病机制中的不同作用	巨噬细胞和小胶质细胞在糖尿病视网膜病变中的作用	数字病理学	糖尿病视网膜病变	免疫染色、定量实时RT-PCR、流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	图像	NA
1919	2024-11-09	Defining heritability, plasticity, and transition dynamics of cellular phenotypes in somatic evolution 2024-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01920-6 PMID:39317739	研究论文	本文介绍了一种名为PATH的框架，用于量化细胞状态的可遗传性和可塑性，并从单细胞谱系追踪数据中推断细胞状态的转变和增殖动态	PATH框架通过量化细胞状态的可遗传性和可塑性，取代了传统的定性概念，为研究体细胞进化提供了新的方法	NA	研究细胞状态的可遗传性和可塑性，并推断细胞状态的转变和增殖动态	胰腺癌、胶质母细胞瘤和B细胞急性淋巴细胞白血病中的细胞状态	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
1920	2024-11-09	Utilizing epigenetic regulators to improve HSC-based lentiviral gene therapy 2024-09-24, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024013047 PMID:38916861	研究论文	本文探讨了利用表观遗传调节剂优化培养条件，以提高造血干细胞（HSC）为基础的慢病毒基因治疗效果	本文首次探索了使用组蛋白去乙酰化酶抑制剂和溴域抑制剂来增强HSC的体外扩增和基因转导效率	NA	优化HSC的体外扩增条件，以提高基于HSC的基因治疗效果	造血干细胞（HSC）及其早期祖细胞	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA