单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1861	2025-01-05	Development and validation of a programmed cell death index to predict the prognosis and drug sensitivity of gastric cancer 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1477363 PMID:39744132	研究论文	本研究开发并验证了一种基于程序性细胞死亡（PCD）的胃癌预后和药物敏感性预测指标	开发了一种新的十二基因标志物PCDI，用于预测胃癌患者的预后和药物敏感性，并建立了整合PCDI和临床特征的高性能列线图	研究依赖于公开的转录组数据和临床信息，可能受到数据质量和样本量的限制	开发一种基于PCD的胃癌预后和药物敏感性预测指标	胃癌患者	数字病理学	胃癌	转录组数据分析	LASSO回归分析	转录组数据和临床信息	TCGA-STAD数据集以及GSE62254、GSE15459和GSE26901微阵列数据用于验证，GSE183904单细胞转录组数据用于分析
1862	2025-01-05	ABCA1 promote tumor environment heterogeneity via epithelial mesenchymal transition in Huh7 and HepG2 liver cancer cell 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1498528 PMID:39749197	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）中细胞通讯的内在机制，通过单细胞测序分析了恶性细胞亚群和癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，揭示了它们通过受体-配体相互作用的相互作用，并特别关注了SPP1	通过单细胞测序和湿实验室实验揭示了ABCA1在肝细胞癌中的促癌作用，并开发了基因风险评分模型来预测患者预后	研究主要基于Huh7和HepG2肝癌细胞系，可能无法完全代表所有肝细胞癌的异质性	探讨肝细胞癌中细胞通讯的内在机制及其对肿瘤微环境异质性的影响	Huh7和HepG2肝癌细胞系	数字病理学	肝癌	单细胞测序	基因风险评分模型	单细胞数据	Huh7和HepG2肝癌细胞系
1863	2025-01-05	Single-cell and spatiotemporal transcriptomic profiling of brain immune infiltration following Venezuelan equine encephalitis virus infection 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1497839 PMID:39749347	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，在小鼠模型中全面分析了Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV)感染后脑部免疫细胞的转录组特征	揭示了VEEV感染后脑部免疫细胞的不同亚群及其独特的转录特征，包括一种表达I型干扰素的小胶质细胞亚群，以及髓系细胞和细胞毒性淋巴细胞的顺序浸润	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	阐明VEEV感染后脑部免疫反应的机制，特别是特定免疫细胞亚群的作用	VEEV感染后的小鼠脑部免疫细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
1864	2025-01-04	[Research progress of single-cell RNA sequencing in the immune microenvironment of spinal cord injury] 2024-Dec, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology PMID:39750053	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在脊髓损伤免疫微环境中的研究进展	利用单细胞RNA测序技术揭示脊髓损伤后局部免疫微环境中的细胞异质性和复杂的细胞间相互作用	NA	探讨单细胞RNA测序技术在脊髓损伤免疫微环境中的应用，以更全面地理解脊髓损伤的病理生理过程	脊髓损伤后的局部免疫微环境	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1865	2025-01-04	Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression 2024-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01802-x PMID:39048792	研究论文	本文通过单细胞多组学和空间分析技术，研究了人类肾脏在健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境在肾脏疾病进展中的作用	结合单细胞、单核、空间RNA表达和单核开放染色质数据，首次全面绘制了人类肾脏的空间分子图谱，并揭示了纤维化微环境在疾病分类和预后中的临床价值	研究样本数量有限（81个），且主要关注糖尿病和高血压相关的肾脏疾病，可能无法完全代表其他类型的肾脏疾病	揭示肾脏健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境的作用	人类肾脏样本（健康、糖尿病和高血压相关疾病）	数字病理学	肾脏疾病	单细胞多组学、空间RNA表达（Visium、CosMx）、单核开放染色质分析	NA	单细胞RNA表达数据、空间RNA表达数据、单核开放染色质数据	81个样本（包括健康、糖尿病和高血压相关疾病的肾脏样本）
1866	2025-01-04	Deciphering the heterogeneity of neutrophil cells within circulation and the lung cancer microenvironment pre- and post-operation 2024-02-06, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09850-z PMID:38319415	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌患者手术前后血液和肿瘤组织中的中性粒细胞亚群的分布，并开发了一种过表达率（OER）计算方法来评估中性粒细胞亚群的特异性	开发了过表达率（OER）计算方法，用于评估中性粒细胞亚群的特异性，并识别出具有潜在临床应用价值的基因组合	研究样本量有限，且仅针对非小细胞肺癌患者，未涵盖其他类型的癌症	评估非小细胞肺癌患者手术前后中性粒细胞亚群的分布及其特异性，以帮助诊断和预后评估	非小细胞肺癌患者手术前后的血液和肿瘤组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	非小细胞肺癌患者的肿瘤和癌旁组织、手术前后血液样本
1867	2025-01-03	Intervention of Tanshinone IIA on the PGK1-PDHK1 Pathway to Reprogram Macrophage Phenotype After Myocardial Infarction 2024-Dec, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07520-6 PMID:37991600	研究论文	本研究探讨了丹参酮IIA通过调节巨噬细胞的能量代谢和表型变化来改善心肌梗死的机制	首次提出丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1信号通路调节巨噬细胞能量代谢和表型变化的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨丹参酮IIA在心肌梗死治疗中的药理作用及其机制	心肌梗死模型中的巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	RT-PCR, ELISA, 免疫荧光, JC-1, 钙离子浓度检测, 活性氧检测, 线粒体电子显微镜分析, 单细胞转录组数据挖掘, 细胞转录组测序, 分子对接技术	心肌梗死模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞表型数据	心肌梗死模型中的巨噬细胞
1868	2025-01-03	Tcf21 as a Founder Transcription Factor in Specifying Foxd1 Cells to the Juxtaglomerular Cell Lineage 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.25.586641 PMID:38585851	研究论文	本文探讨了Tcf21在Foxd1+基质祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期肾脏发育中对Foxd1+细胞向JG细胞分化的关键作用，并通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序分析了Tcf21的表达动态	Tcf21在已确立的肾素表达细胞中的作用未被充分探讨	研究Tcf21在Foxd1+祖细胞向JG细胞分化中的作用	Foxd1+基质祖细胞和肾小球旁细胞（JG细胞）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞基因表达数据，染色质可及性数据	2,054个GFP+细胞（基质谱系）
1869	2025-01-03	A cost-effective protocol for single-cell RNA sequencing of human skin 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1393017 PMID:39539550	研究论文	本文介绍了一种成本效益高的人类皮肤单细胞RNA测序（scRNAseq）和流式细胞术分析的新协议	提出了一种无标签样本多重化策略，结合souporcell算法，实现了配对血液和皮肤样本的scRNAseq分析，并提供了同时进行流式细胞术分析的详细步骤	未明确提及具体局限性	开发一种成本效益高的方法，使更多研究者能够进行皮肤样本的scRNAseq和流式细胞术分析	人类皮肤样本	单细胞RNA测序	NA	scRNAseq, 流式细胞术	souporcell算法	RNA序列数据, 流式细胞术数据	未明确提及具体样本数量
1870	2025-01-02	Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae239 PMID:39498803	研究论文	本文探讨了YTHDF1依赖的PIEZO2 mRNA m6A修饰在心脏纤维化中的表观转录调控机制	揭示了YTHDF1通过m6A依赖的调控机制识别PIEZO2并控制心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究心脏纤维化的分子机制，特别是Piezo家族机械敏感离子通道的作用	小鼠心脏成纤维细胞和心脏组织	分子生物学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, 组织学和生化分析	NA	RNA序列数据, 单细胞数据	小鼠模型
1871	2025-01-02	CHST4 associates with high-abundance immune infiltration in hormone receptor-positive breast cancer 2024-Dec-31, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae190 PMID:39213175	研究论文	本文研究了CHST4在激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）中与高丰度免疫浸润的关联	首次发现CHST4在HR+ BRCA中异常下调，并与淋巴结转移相关，揭示了CHST4在增强免疫细胞浸润中的潜在作用	研究主要基于预测和实验验证，尚未进行大规模的临床验证	探讨CHST4在HR+ BRCA中调控免疫浸润的机制	激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）	数字病理学	乳腺癌	免疫组织化学染色、单细胞测序	NA	单细胞测序数据、免疫组织化学数据	NA
1872	2025-01-02	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文详细探讨了炎症和机械力诱导的骨重塑过程，特别是牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑机制	通过单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型在炎症和机械力诱导的骨重塑中的角色和相互作用	未明确提及具体的研究限制	研究炎症和机械力如何影响骨重塑，特别是在牙周炎和正畸牙齿移动中的机制	牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑过程	NA	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1873	2025-01-02	Comprehensive analysis of heterogeneity and cell-cell interactions in Crohn's disease reveals novel location-specific insights 2024-Dec-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.042 PMID:39732334	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了克罗恩病中结肠和回肠的异质性，并发现了一种新的上皮细胞亚群DUOX2-epi	发现了表达高水平DUOX2和DUOXA2的上皮细胞亚群DUOX2-epi，并揭示了其在结肠和回肠中通过不同机制触发炎症反应	研究仅限于未接受过治疗的克罗恩病患者，未涵盖其他治疗阶段的患者	理解克罗恩病中不同肠段的发病机制和治疗反应的多样性	克罗恩病患者的结肠和回肠	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但研究对象为未接受过治疗的克罗恩病患者
1874	2025-01-02	Score matching for differential abundance testing of compositional high-throughput sequencing data 2024-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627006 PMID:39713439	研究论文	本文提出了一种扩展的a-b幂交互模型，用于处理包含协变量信息的稀疏组合计数数据，并结合差异丰度测试方法cosmoDA，以减少相关特征导致的假阳性检测	扩展了a-b幂交互模型以包含协变量信息，并提出了新的差异丰度测试方法cosmoDA，显著降低了相关特征的假发现率	未明确提及具体局限性	开发一种能够准确表征异质群体中协变量依赖关系的模型，并减少差异丰度测试中的假阳性检测	稀疏组合计数数据，特别是单细胞RNA测序和扩增子测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，扩增子测序	a-b幂交互模型	计数数据	模拟数据和真实数据
1875	2025-01-02	Neutrophils drive sexual dimorphism in experimental periodontitis 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625678 PMID:39677749	研究论文	本研究旨在通过阐明性别特异性的牙周病进展机制，改善牙周病的治疗	揭示了中性粒细胞在牙周病性别二态性中的机制作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	改善牙周病的治疗	C57BL/6j小鼠和人类牙周病患者	NA	牙周病	流式细胞术、单细胞测序	NA	实验数据、临床数据	≥5只小鼠
1876	2025-01-02	Pan-cancer analysis of the immunological and oncogenic roles of ATAD2 with verification in papillary thyroid carcinoma 2024-09-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73274-2 PMID:39333272	研究论文	本文通过泛癌分析探讨了ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的角色，并在甲状腺乳头状癌中进行了验证	首次在泛癌范围内系统分析了ATAD2的表达、突变及其与免疫浸润的关系，并在甲状腺乳头状癌中验证了其致癌功能	研究主要依赖于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的共同角色，并验证其在甲状腺乳头状癌中的致癌功能	ATAD2基因及其在多种肿瘤中的表达和突变情况	肿瘤学	甲状腺乳头状癌	单细胞测序、MTT、伤口愈合、transwell、流式细胞术	NA	基因表达数据、突变数据、单细胞测序数据	利用TCGA、GTEx、CPTAC、HPA和cBioPortal数据库中的泛癌数据
1877	2025-01-01	Interpretable machine learning-driven biomarker identification and validation for Alzheimer's disease 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80401-6 PMID:39730451	研究论文	本研究结合生物信息学方法和可解释的机器学习，识别并验证了阿尔茨海默病的可靠生物标志物	引入了交互式SHAP面板用于精确决策，并通过可解释的机器学习诊断模型提供了新的生物标志物识别见解，特别是MYH9作为潜在的新生物标志物	RHOQ在AD细胞模型和人脑组织样本中的mRNA表达模式相反，其作用仍需进一步探索	提高阿尔茨海默病的早期检测和诊断准确性，改善干预效果	阿尔茨海默病	机器学习	阿尔茨海默病	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞转录组分析	机器学习算法、SHAP	基因表达数据	GEO数据库中的AD数据集
1878	2025-01-01	Prognostic model based on tumor stemness genes for triple-negative breast cancer 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81503-x PMID:39730613	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，从肿瘤干细胞性的角度分析三阴性乳腺癌，并开发了一个基于7个肿瘤干细胞相关基因的预后模型	首次从肿瘤干细胞性的角度对三阴性乳腺癌进行分析，并开发了一个基于特定亚型标记基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	开发一个基于肿瘤干细胞相关基因的三阴性乳腺癌预后模型	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	预后模型	基因表达数据	NA
1879	2025-01-01	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02019-8 PMID:39627432	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了外周血中细胞类型特异性剪接调控与自身免疫和炎症疾病的关系	首次在亚洲免疫多样性图谱中，揭示了细胞类型特异性、性别偏向性和祖先偏向性的剪接差异，并发现了与自身免疫和炎症疾病遗传性相关的cis-sQTL效应	研究样本主要来自健康捐赠者，未涉及疾病患者，可能限制了结果的广泛适用性	探讨剪接调控在复杂疾病中的作用，特别是在不同遗传背景下的细胞类型特异性差异	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞	生物信息学	自身免疫和炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞
1880	2025-01-01	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-Sep-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探讨了二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的作用及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡相关基因与缺血性卒中的免疫病理特征联系起来，并开发了预测缺血性卒中风险的可靠模型	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏大规模临床验证	探讨二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的机制作用及其与免疫病理特征的相关性	缺血性卒中患者的外周血样本	机器学习	缺血性卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）	预测模型（nomogram模型）	基因表达数据、单细胞测序数据	NA