本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1861 | 2025-10-07 |
Cellular transitions during cranial suture establishment in zebrafish
2024-Aug-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50780-5
PMID:39138165
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了斑马鱼颅缝发育过程中非成骨性间充质细胞通过BMP拮抗作用调控骨形成的机制 | 首次在斑马鱼颅缝中段鉴定出表达BMP拮抗剂和促血管生成因子的非成骨性间充质细胞亚群 | 研究局限于斑马鱼模型,未验证在哺乳动物中的保守性 | 探究颅缝发育过程中骨形成调控机制 | 斑马鱼颅缝发育 | 发育生物学 | 颅缝早闭 | 单细胞转录组学,谱系追踪,突变分析 | NA | 基因表达数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1862 | 2025-10-07 |
Secreted clusterin inhibits tumorigenesis by modulating tumor cells and macrophages in human meningioma
2024-07-05, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noae034
PMID:38416702
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了分泌型簇集蛋白(CLU)通过诱导线粒体损伤和触发1型干扰素通路抑制脑膜瘤肿瘤发生和恶性转化的机制 | 首次发现分泌型CLU通过同步调控肿瘤细胞和巨噬细胞抑制脑膜瘤恶性转化,并揭示TNFα可增强CLU的抑癌作用 | 研究样本量相对有限,动物模型验证需要进一步扩展 | 探索脑膜瘤恶性转化的生物学机制并识别潜在治疗靶点 | 人类脑膜瘤组织样本,包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移灶 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 18个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1863 | 2025-10-07 |
Tumor and immune cell types interact to produce heterogeneous phenotypes of pediatric high-grade glioma
2024-03-04, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad207
PMID:37934854
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童高级别胶质瘤中肿瘤细胞与免疫细胞的相互作用及其异质性 | 首次在单细胞水平揭示PHGG包含三种主要肿瘤细胞类型及其与免疫细胞的相互作用机制 | 样本量较小(仅19个PHGG样本),需要更大规模研究验证 | 解析儿童高级别胶质瘤的肿瘤异质性及其形成机制 | 19例儿童高级别胶质瘤样本中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 19个儿童高级别胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1864 | 2025-10-07 |
Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma
2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.16.575895
PMID:38293110
|
研究论文 | 本研究揭示了铜通过驱动代谢重塑促进肾透明细胞癌进展的机制 | 首次阐明铜通过调控线粒体呼吸链复合物形成和谷胱甘肽生物合成,协调能量代谢与氧化还原平衡的新机制 | 未明确铜积累的具体调控机制及其在其他癌症类型中的普适性 | 探究铜在肾透明细胞癌代谢重塑和肿瘤进展中的作用机制 | 肾透明细胞癌细胞和肿瘤组织 | 癌症代谢研究 | 肾透明细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1865 | 2025-10-07 |
Optimizing CAR-T cell Culture: Differential effects of IL-2, IL-12, and IL-21 on CAR-T cells
2024-Dec, Cytokine
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cyto.2024.156758
PMID:39299100
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析比较了IL-2、IL-12和IL-21三种细胞因子对CAR-T细胞的影响 | 首次在单细胞水平系统比较不同细胞因子对CAR-T细胞表型的影响,发现IL-21能避免细胞衰竭和衰老 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 优化CAR-T细胞培养条件,寻找最佳细胞因子组合 | CAR-T细胞 | 单细胞测序分析 | 血液恶性肿瘤 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1866 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq in diabetic foot ulcer wound healing
2024 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.13218
PMID:39264020
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索糖尿病足溃疡创面愈合的分子机制 | 首次在单细胞水平系统研究糖尿病足溃疡创面愈合过程中的细胞亚群、基因和分子特征 | NA | 深入理解糖尿病足溃疡创面愈合机制并识别潜在治疗靶点 | 糖尿病足溃疡慢性创面相关细胞 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1867 | 2025-10-07 |
Intestinal Stromal Cells in the Turmoil of Inflammation and Defective Connective Tissue Remodeling in Inflammatory Bowel Disease
2024-09-03, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izae066
PMID:38581412
|
综述 | 本文综述了肠道基质细胞在炎症性肠病中对炎症反应和细胞外基质重塑的调控作用 | 通过单细胞测序和空间转录组学揭示了基质细胞表型复杂性及空间功能分区,为靶向治疗提供新视角 | 当前IBD治疗主要针对炎症过程,对纤维狭窄或瘘管性疾病疗效有限 | 探讨肠道基质细胞在IBD发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | 肠道上皮下肌成纤维细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1868 | 2025-10-07 |
West Nile Virus-Induced Expression of Senescent Gene Lgals3bp Regulates Microglial Phenotype within Cerebral Cortex
2024-Jul-08, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14070808
PMID:39062523
|
研究论文 | 本研究探讨西尼罗河病毒感染如何通过衰老基因Lgals3bp调控小胶质细胞表型变化 | 首次揭示LGALS3BP蛋白在病毒感染诱导的小胶质细胞衰老过程中的调控作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 阐明西尼罗河病毒感染与大脑皮层小胶质细胞衰老的分子机制 | 成年和老年小鼠的大脑皮层小胶质细胞 | 神经科学 | 神经病毒感染 | 空间转录组学,RNA测序,流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 成年和老年小鼠群体 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1869 | 2025-10-07 |
Loss of p73 Expression Contributes to Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2024-01-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202303-0503OC
PMID:37931077
|
研究论文 | 本研究探讨p73表达缺失在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的作用 | 首次揭示p73缺失导致多纤毛细胞缺失并自发引发COPD样肺部病理改变 | 样本量有限,人类研究样本数量较少(吸烟者82例,既往吸烟者69例,COPD患者11例,对照组12例) | 确定p73缺失是否导致小鼠出现COPD样表型,并探讨吸烟或COPD对p73表达的影响 | 小鼠模型、人类气道上皮细胞、吸烟者和COPD患者 | 呼吸系统疾病研究 | 慢性阻塞性肺疾病 | 电子显微镜、流式细胞术、形态计量学、强迫振荡技术、单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、形态学数据 | 小鼠模型未明确数量,人类研究:当前吸烟者82例,既往吸烟者69例,COPD患者11例,非COPD对照12例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1870 | 2025-10-07 |
Interleukin 13 Promotes Maturation and Proliferation in Metaplastic Gastroids
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101366
PMID:38815928
|
研究论文 | 本研究建立Meta1胃类器官模型,探究IL-13通过STAT6信号通路促进SPEM细胞成熟与增殖的机制 | 首次建立可稳定传代的SPEM细胞体外类器官模型,揭示IL-13/STAT6轴在胃黏膜化生中的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明IL-13对SPEM细胞成熟和增殖的分子机制 | 小鼠胃类器官(正常和化生型)、人类化生胃类器官、ILC2细胞 | 细胞生物学 | 胃黏膜化生 | 单细胞RNA测序、细胞分选、三维共培养、气液界面培养、STAT6抑制实验 | 类器官模型 | 基因表达数据、蛋白质磷酸化数据 | Mist1-Kras转基因小鼠和IL-13-tdTomato报告基因小鼠的胃组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1871 | 2025-10-07 |
Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598905
PMID:38915688
|
研究论文 | 通过多组学分析和机器学习预测输卵管对配子和胚胎存在的响应机制 | 开发了基于transformer的机器学习模型整合转录组和蛋白质组数据,首次系统揭示输卵管对配子和胚胎的时空特异性响应 | 小鼠模型与人类输卵管炎症反应存在部分差异,样本采集时间点有限 | 阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制 | 小鼠输卵管组织及输卵管液样本 | 机器学习 | 生殖系统疾病 | RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学 | transformer | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 小鼠输卵管组织在不同交配后时间点的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1872 | 2025-10-07 |
Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors
2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2402913121
PMID:39186651
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素通路受损,恢复该通路可增强免疫检查点抑制疗效 | 首次揭示KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素通路受损是贯穿肿瘤发展的关键特征,证明恢复该通路可使免疫冷肿瘤转化为热肿瘤 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索KRAS突变肺肿瘤早期发展阶段的功能性改变及其对免疫治疗的影响 | 表达KRAS致癌基因的小鼠肺泡II型细胞及携带p53或LKB1突变的小鼠和人类晚期肿瘤 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1873 | 2025-10-07 |
cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf071
PMID:39987461
|
研究论文 | 提出基于扩散模型的高质量单细胞RNA测序数据生成方法cfDiffusion | 结合无分类器引导和高级特征缓存机制,显著降低训练成本并提高多属性单细胞数据生成效率 | 推理时间仍长于scDiffusion方法 | 解决单细胞RNA测序数据模拟中的质量和效率问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1874 | 2025-10-07 |
Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer
2024-Nov, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:39044458
|
研究论文 | 本研究通过建立原位移植小鼠模型,利用单细胞RNA测序技术揭示了肺癌早期肿瘤微环境的细胞和分子变化 | 首次在携带Kras G12C突变的Lewis肺癌原位移植模型中,通过检测突变Kras转录本识别肿瘤细胞,并系统揭示了早期肿瘤微环境中成纤维细胞、髓系细胞和T/NK细胞的表型变化 | 研究基于小鼠移植模型,可能无法完全模拟人类肺癌的自然发生过程 | 探究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化 | Lewis肺癌细胞系(LLC)和原位移植小鼠模型 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1875 | 2025-10-07 |
MCAM is a prognostic biomarker in patients with liver cirrhosis and HCC
2024-Oct-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000532
PMID:39992088
|
研究论文 | 本研究评估了可溶性黑色素瘤细胞粘附分子(sMCAM)作为肝硬化和肝细胞癌患者预后血液生物标志物的潜力 | 首次发现sMCAM在肝纤维化和HCC患者血液中水平升高,并证明其作为预后生物标志物的价值 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 评估sMCAM作为肝硬化和HCC患者预后血液生物标志物的临床应用价值 | 健康对照者、慢性肝病患者、肝硬化患者和肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 组织图像, 血液样本 | 健康对照8例, 慢性肝病66例, 肝硬化236例, 肝细胞癌72例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1876 | 2025-10-07 |
POSTN+ cancer-associated fibroblasts determine the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2024-Jul-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-008721
PMID:39067872
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据、空间转录组学和多重免疫荧光技术,揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞在肝细胞癌免疫治疗抵抗中的关键作用 | 首次系统鉴定POSTN+ CAF亚群在肝癌免疫治疗中的屏障作用,并阐明其通过IL-6/STAT3信号通路招募SPP1+巨噬细胞形成免疫抑制微空间的机制 | 研究基于六个数据集的220个样本,样本来源和数量可能存在局限性 | 探究肝细胞癌免疫治疗抵抗机制,特别关注癌症相关成纤维细胞亚群的作用 | 肝细胞癌患者肿瘤微环境中的细胞组成和相互作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 220个样本来自六个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1877 | 2025-10-07 |
The rise of single-cell transcriptomics in yeast
2024-04, Yeast (Chichester, England)
DOI:10.1002/yea.3934
PMID:38403881
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组技术在酵母研究中的应用现状与发展前景 | 系统总结了酵母单细胞RNA测序技术面临的独特技术挑战及解决方案 | NA | 探讨单细胞转录组技术在酵母研究中的技术发展和应用潜力 | 酵母单细胞转录组学研究 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1878 | 2025-10-07 |
scMGATGRN: a multiview graph attention network-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae526
PMID:39417321
|
研究论文 | 提出基于多视图图注意力网络的scMGATGRN方法,用于从单细胞转录组数据推断基因调控网络 | 首次将多视图图注意力网络应用于基因调控网络推断,能够同时利用局部特征信息和高阶邻居特征信息 | 未明确说明模型的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性 | 开发更准确的基因调控网络推断方法 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图注意力网络(GAT), 多视图注意力机制 | 单细胞转录组数据 | 7个基准单细胞RNA测序数据集,来自5个细胞系(2个人类,3个小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1879 | 2025-10-07 |
Identification of microenvironment features associated with primary resistance to anti-PD-1/PD-L1 + antiangiogenesis in gastric cancer through spatial transcriptomics and plasma proteomics
2024-Sep-13, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02092-x
PMID:39272096
|
研究论文 | 通过空间转录组学和血浆蛋白质组学分析胃癌对抗PD-1/PD-L1+抗血管生成联合疗法原发性耐药的肿瘤微环境特征 | 首次结合空间转录组学和血浆蛋白质组学系统分析胃癌联合治疗耐药机制,发现M2巨噬细胞浸润和S100A10过表达的关键作用 | 研究样本仅限REGOMUNE II期临床试验的 Caucasian 患者群体,样本代表性有限 | 探究胃癌患者对抗PD-1/PD-L1+抗血管生成联合疗法原发性耐药的分子机制 | 晚期胃癌患者 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学, 血浆蛋白质组学, 生物标志物分析 | NA | 空间转录组数据, 血浆蛋白质数据, 临床数据 | REGOMUNE II期临床试验患者群体 | NA | 空间转录组学, 血浆蛋白质组学 | NA | NA |
| 1880 | 2025-10-07 |
Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease
2024-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07493-y
PMID:38987604
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了人类大脑血管系统在发育期、成年期和疾病状态下的分子图谱 | 首次在单细胞水平系统描绘人类大脑血管系统的分子异质性,揭示了疾病状态下动静脉分化改变和胎儿期基因重新激活等新现象 | 样本来源和数量仍有限,未能覆盖所有脑部血管疾病类型 | 解析人类大脑血管系统的细胞和分子结构 | 人类胎儿和成年患者的大脑血管内皮细胞、周细胞及其他组织来源细胞 | 单细胞基因组学 | 脑部血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 117个样本,606,380个细胞,来自68名人类胎儿和成年患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |