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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1841 | 2025-10-07 |
Transcriptional regulation of the postnatal cardiac conduction system heterogeneity
2024-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50849-1
PMID:39095365
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观和区域特异性基因调控网络 | 首次在单细胞分辨率下结合空间信息展示出生后心脏传导系统的转录组景观,并发现Tbx3和Irx3转录因子在区域特异性基因调控中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类心脏传导系统中的适用性需要进一步验证 | 阐明出生后心脏传导系统的分子组成和调控机制 | 出生后小鼠心脏传导系统细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,ATAC-seq,ChIP-seq | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据,表观基因组数据 | 小鼠心脏传导系统不同区域细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,ATAC-seq,ChIP-seq | NA | NA |
| 1842 | 2025-10-07 |
spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.27.601050
PMID:39005315
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研究论文 | 开发了一个用户友好的网络应用程序spatialGE,用于简化空间转录组学数据分析 | 提供了一个无需编程专业知识即可进行空间转录组学数据分析的友好界面,支持多种分析流程和ST技术 | 未在摘要中明确说明具体的技术限制 | 开发简化空间转录组学数据分析的工具,使其更易于被广泛科学界使用 | 黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌的肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 黑色素瘤,默克尔细胞癌 | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1843 | 2025-10-07 |
Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone
2024-04, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.107158
PMID:38479598
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据构建小鼠骨相关细胞图谱,澄清了与骨相关的间充质细胞类型身份 | 揭示了11个主要的骨相关间充质细胞簇,包括新发现的骨-X细胞,并发现Wnt16在骨膜细胞中的特异性表达 | 研究仅限于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类 | 增加骨细胞单细胞RNA测序数据,比较骨膜和骨内细胞,澄清小鼠骨相关主要细胞类型 | 小鼠骨相关间充质细胞,特别是成骨细胞和骨细胞 | 单细胞测序分析 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过100,000个间充质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1844 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.02.577085
PMID:38370717
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析黑色素瘤靶向治疗过程中的细胞持久性状态和耐药机制 | 首次在患者来源异种移植模型中结合空间转录组学和深度学习,揭示黑色素瘤治疗过程中克隆谱系演化的时空动态 | 研究基于患者来源异种移植模型,可能与实际患者肿瘤微环境存在差异 | 阐明BRAF突变黑色素瘤靶向治疗中持久性细胞状态和耐药机制 | BRAF突变黑色素瘤细胞和患者来源异种移植模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学, 深度学习 | 深度学习模型 | 空间转录组数据, 组织病理切片图像 | 患者来源异种移植模型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 空间转录组学平台 |
| 1845 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomes and Immune Repertoires Reveal the Cell State and Molecular Changes in Pemphigus Vulgaris
2024-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300312
PMID:38117802
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研究论文 | 通过单细胞转录组和免疫受体分析揭示天疱疮的细胞状态和分子变化 | 首次结合5'单细胞RNA测序与V(D)J富集技术分析天疱疮患者治疗前后样本,发现IL-1α信号通路、髓系APC细胞和功能失调的T细胞亚群在疾病中的作用 | 样本量有限,部分发现仅通过免疫组化和多重免疫荧光验证 | 阐明天疱疮的病因和发病机制,特别是免疫细胞与上皮细胞的相互作用 | 初治天疱疮患者的口腔黏膜病变和外周血样本,以及泼尼松治疗后的外周血样本 | 单细胞组学 | 天疱疮 | 5'单细胞RNA测序,V(D)J富集,免疫组化,多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,免疫受体序列数据 | 天疱疮患者的口腔黏膜和外周血样本(具体数量未明确说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,单细胞免疫受体测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 5' |
| 1846 | 2025-10-07 |
YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity
2024-Oct-16, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351734.124
PMID:39362773
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研究论文 | 本研究通过敲除YY1转录因子,揭示了其在B细胞谱系定向中的关键作用及其缺失导致的异常造血谱系可塑性 | 首次发现YY1敲除可消除B细胞谱系定向,使前B细胞获得生成T细胞等多系造血细胞的能力 | 研究主要基于小鼠模型,在人类细胞中的适用性尚需验证 | 探究YY1转录因子在B细胞谱系定向和造血发育中的调控机制 | 小鼠前B细胞 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 基因敲除,单细胞RNA测序,ChIP-seq,scATAC-seq | NA | 基因表达数据,染色质可及性数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,scATAC-seq | NA | NA |
| 1847 | 2025-10-07 |
Synovial Tissue Insights into Heterogeneity of Rheumatoid Arthritis
2024-03, Current rheumatology reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1007/s11926-023-01129-2
PMID:38157158
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综述 | 本文综述了类风湿关节炎滑膜组织异质性的最新研究进展 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术揭示RA滑膜中新型细胞群体和分子异质性 | 作为综述文章,不涉及原始实验数据,主要依赖已有研究结果的整合分析 | 探讨类风湿关节炎滑膜组织的细胞和分子异质性及其临床意义 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,机器学习 | NA | 转录组数据,空间表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1848 | 2025-10-07 |
Associating growth factor secretions and transcriptomes of single cells in nanovials using SEC-seq
2024-Mar, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-023-01560-7
PMID:38082117
|
研究论文 | 开发并应用SEC-seq技术,在单细胞水平同时测量分泌因子和转录组 | 首次实现通过纳米孔水凝胶颗粒捕获单细胞及其分泌物,并同时测量VEGF-A分泌量和转录组 | 仅研究了VEGF-A一种生长因子和间充质基质细胞一种细胞类型 | 建立单细胞分泌因子与转录组关联分析方法 | 间充质基质细胞 | 单细胞多组学 | NA | SEC-seq,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质分泌数据 | 数千个单个间充质基质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,分泌组分析 | NA | 纳米孔水凝胶颗粒(nanovials)技术 |
| 1849 | 2025-10-07 |
Highlights of how single-cell analyses are illuminating differentiation and disease in the gastric corpus
2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00164.2023
PMID:38193187
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在胃体分化与疾病研究中的应用进展 | 系统总结了单细胞RNA测序在揭示胃体器官发生、细胞谱系标记物鉴定以及再生和肿瘤发生过程中转录变化的最新发现 | NA | 探讨单细胞分析技术在胃体分化与疾病研究中的应用价值 | 人类和小鼠系统的胃体组织 | 单细胞组学 | 胃部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1850 | 2025-10-07 |
Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons
2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00200.2023
PMID:38193160
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研究论文 | 本研究系统表征了小鼠肠道神经系统中VGLUT2阳性神经元(VGLUT2-ENs)的形态、分子和功能特性 | 首次通过稀疏标记、单细胞RNA测序和钙成像技术系统揭示了VGLUT2阳性肠神经元的独特解剖结构和功能特征 | 研究仅针对小鼠远端结肠和直肠区域,样本量相对有限(52个VGLUT2-ENs进行scRNA-seq) | 阐明VGLUT2阳性肠神经元在肠道神经系统中的结构和功能特性 | 小鼠远端结肠和直肠的VGLUT2阳性肠神经元 | 神经科学 | NA | 腺相关病毒稀疏标记,单细胞mRNA测序(scRNA-seq),GCaMP6f钙成像 | NA | 形态学数据,基因表达数据,钙成像数据 | 52个VGLUT2-ENs进行scRNA-seq,215个VGLUT2-ENs进行功能记录 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1851 | 2025-10-07 |
Incongruity between T cell receptor recognition of breast cancer hotspot mutations ESR1 Y537S and D538G following exogenous peptide loading versus endogenous antigen processing
2024-03, Cytotherapy
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.jcyt.2023.12.002
PMID:38231165
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研究论文 | 本研究探讨了T细胞受体对乳腺癌热点突变ESR1 Y537S和D538G的识别差异,发现外源性肽负载与内源性抗原加工之间存在不一致性 | 首次揭示了ESR1 Y537S突变肽虽能与HLA结合但在内源性加工过程中未被有效呈递,解释了TCR-T疗法识别失败的原因 | 研究基于体外实验和过表达细胞系,需要在更多临床样本和体内模型中验证 | 探索TCR-T疗法在转移性乳腺癌中的新抗原靶点及其识别机制 | 健康供体和转移性乳腺癌患者的T细胞,ESR1突变肽 | 免疫学 | 乳腺癌 | IFN-γ ELISpot, 单细胞RNA测序, 免疫肽组学分析 | NA | 基因表达数据, 肽段识别数据 | 健康供体和转移性乳腺癌患者的T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1852 | 2025-10-07 |
IL-33 potentiates histaminergic itch
2024-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.038
PMID:37984799
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研究论文 | 本研究揭示了IL-33通过肥大细胞和IL-13依赖机制增强组胺诱导的瘙痒 | 首次发现IL-33可不依赖感觉神经元信号直接通过肥大细胞-IL-13通路增强组胺性瘙痒 | 主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究IL-33是否能增强组胺诱导的瘙痒及其机制 | 小鼠模型、人类和小鼠皮肤样本、肥大细胞 | 免疫学 | 慢性自发性荨麻疹 | 单细胞RNA测序、微阵列分析、条件性基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据、行为学数据 | 多种小鼠模型和人类皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 1853 | 2025-10-07 |
Single cell RNA-seq: a novel tool to unravel virus-host interplay
2024-Mar, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-024-00859-w
PMID:38817399
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综述 | 本文探讨单细胞RNA测序技术在解析病毒-宿主相互作用机制中的应用价值 | 突破传统测序技术局限,首次实现单细胞水平解析病毒与宿主互作动态 | 技术方法仍需完善,多组学整合分析能力有待提升 | 推动单细胞测序技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用发展 | 病毒与宿主细胞的相互作用机制 | 单细胞组学 | 病毒性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1854 | 2025-10-07 |
Illuminating the terminal nerve: Uncovering the link between GnRH-1 neuron and olfactory development
2024-03, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25599
PMID:38488687
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了终末神经神经元在GnRH-1神经元形成和迁移中的关键作用 | 首次发现Prokr2在终末神经神经元中的表达,并通过单细胞技术确认终末神经与嗅觉神经元的差异 | 研究主要基于小鼠模型,人类直接证据有限 | 阐明嗅觉系统与GnRH-1神经元发育的机制联系 | 小鼠胚胎发育过程中的终末神经神经元和GnRH-1神经元 | 发育神经生物学 | 卡尔曼综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1855 | 2025-10-07 |
Application of Single Cell Gene Expression Technologies to Neurotoxicology
2024-Mar, Current opinion in toxicology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.cotox.2023.100458
PMID:38617035
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综述 | 探讨单细胞RNA测序技术在神经毒理学研究中的应用价值 | 首次系统阐述单细胞转录组技术在解决神经毒理学中细胞类型特异性差异和选择性脆弱性等挑战的潜力 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于技术前景的理论分析 | 探索单细胞基因表达技术在神经毒理学领域的应用前景 | 神经元细胞及复杂组织模型中的多种细胞类型 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1856 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Salivary Gland Endothelial Cells
2024-03, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345231219987
PMID:38411696
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的配体-受体相互作用 | 首次系统比较稳态与损伤状态下唾液腺内皮细胞的转录特征,并预测其与其他细胞类型的动态相互作用变化 | 研究仅基于雌性小鼠模型,样本量有限,且预测的相互作用需要实验验证 | 探索唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的细胞间通讯机制 | 成年雌性小鼠颌下腺和舌下腺的基质富集细胞 | 单细胞生物学 | 唾液腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量,使用成年雌性小鼠唾液腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1857 | 2025-10-07 |
Multiscale differential geometry learning of networks with applications to single-cell RNA sequencing data
2024-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108211
PMID:38422960
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研究论文 | 本文提出了一种多尺度微分几何策略,用于解决单细胞RNA测序数据分析中的挑战 | 首次将多尺度微分几何方法应用于scRNA-seq数据分析,通过构建多尺度细胞间相互作用流形来揭示复杂细胞网络关系 | NA | 开发新的计算方法以提升单细胞RNA测序数据的分析能力 | 单细胞RNA测序数据中的细胞网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多尺度微分几何模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1858 | 2025-10-07 |
Molecular and Spatial Signatures of Mouse Embryonic Endothelial Cells at Single-Cell Resolution
2024-03, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323956
PMID:38348657
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组技术绘制了小鼠胚胎内皮细胞的时空异质性图谱 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘胚胎内皮细胞异质性,发现动脉和静脉内皮细胞共享具有静脉特征的毛细血管前体细胞 | 研究局限于小鼠胚胎模型,人类相关性需要进一步验证 | 揭示血管系统发育过程中内皮细胞异质性建立机制 | E9.5、E12.5和E15.5小鼠胚胎的内皮细胞和内皮祖细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 多重错误鲁棒荧光原位杂交, CRISPR基因敲除 | 轨迹推断, 网络分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 7682个E9.5至E15.5内皮细胞进行单细胞测序,15448个内皮细胞进行空间转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 液滴式单细胞RNA测序 |
| 1859 | 2025-10-07 |
Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection
2024-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00730-z
PMID:39543407
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研究论文 | 通过空间转录组学和蛋白质组学分析COVID-19感染后全脑范围的分子改变 | 首次结合多种实验和分析方法揭示COVID-19对全脑范围的影响,发现与年龄相关神经退行性疾病重叠的分子通路改变 | 样本量相对有限(总计42例),仅研究严重急性/亚急性COVID-19病例 | 探究SARS-CoV2感染后神经系统症状的病理生理机制 | COVID-19患者和匹配肺部病理对照的尸检脑组织 | 空间生物学 | COVID-19神经系统并发症 | 空间转录组学, 批量基因表达分析, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 42例尸检脑组织(COVID-19患者和对照) | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1860 | 2025-03-01 |
Single-cell RNA sequencing data identify a conserved population of metallothionein-expressing macrophages that may be ubiquitous in vital human organs
2024-Oct, Clinical and translational discovery
DOI:10.1002/ctd2.348
PMID:40018369
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |