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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1841 | 2024-11-14 |
TWIST1+FAP+ fibroblasts in the pathogenesis of intestinal fibrosis in Crohn's disease
2024-Jul-18, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI179472
PMID:39024569
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研究论文 | 研究了克罗恩病中肠纤维化的发病机制,特别是TWIST1+FAP+成纤维细胞的作用 | 首次揭示了TWIST1+FAP+成纤维细胞在肠纤维化中的关键作用,并提出了通过抑制TWIST1来治疗克罗恩病纤维化的潜在策略 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据,需要进一步的临床验证 | 探讨克罗恩病中肠纤维化的发病机制,并寻找有效的治疗策略 | 克罗恩病患者的纤维化和非纤维化回肠组织,以及小鼠的慢性葡聚糖硫酸钠盐结肠炎模型 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 克罗恩病患者和小鼠模型的多个样本 |
1842 | 2024-11-14 |
Metabolic regulator ERRγ governs gastric stem cell differentiation into acid-secreting parietal cells
2024-Jun-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.04.016
PMID:38733994
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研究论文 | 研究揭示了代谢调节因子ERRγ在胃干细胞向壁细胞分化中的作用 | 首次识别了从峡部干细胞产生的壁细胞前体,并展示了ERRγ在壁细胞分化过程中的关键作用 | NA | 阐明胃干细胞向壁细胞分化的机制 | 小鼠模型和人类胃细胞中的壁细胞前体 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 细胞 | 小鼠模型和人类胃细胞 |
1843 | 2024-11-14 |
Differential CpG methylation at Nnat in the early establishment of beta cell heterogeneity
2024-Jun, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06123-6
PMID:38512414
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研究论文 | 研究探讨了Nnat基因在β细胞异质性早期建立中的差异CpG甲基化机制 | 首次揭示了Nnat基因的差异甲基化在β细胞异质性建立中的作用 | NA | 探讨β细胞异质性建立的分子机制 | 胰腺β细胞及其亚群 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、亲和纯化质谱分析、钙成像 | NA | RNA、蛋白质 | 转基因小鼠和db/db小鼠 |
1844 | 2024-11-14 |
Cellular-resolution gene expression mapping reveals organization in the head ganglia of the gastropod, Berghia stephanieae
2024-06, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25628
PMID:38852042
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研究论文 | 本文通过结合高通量单细胞RNA测序和原位杂交链反应,在海蛞蝓Berghia stephanieae中识别和可视化了细胞类型的标记基因表达 | 首次在海蛞蝓中进行细胞分辨率的基因表达图谱绘制,揭示了神经元和胶质细胞的分子标记及其在神经节中的组织结构 | 仅限于海蛞蝓Berghia stephanieae,未涵盖其他软体动物 | 揭示软体动物神经系统中神经元和胶质细胞的基本细胞组织结构 | 海蛞蝓Berghia stephanieae的头部神经节 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、原位杂交链反应 | NA | 基因表达数据 | 多个神经元和胶质细胞样本 |
1845 | 2024-11-14 |
Notch ligands are biomarkers of anti-TNF response in RA patients
2024-May, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-023-09897-2
PMID:37796367
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研究论文 | 研究探讨了Notch配体在类风湿性关节炎(RA)患者中的表达及其作为抗TNF治疗反应的生物标志物的潜力 | 首次揭示了RA患者中Notch配体在不同细胞类型中的表达模式及其对抗TNF治疗反应的影响 | 研究主要集中在RA患者的滑膜组织,未涵盖其他组织或细胞类型 | 探讨Notch通路在RA发病机制中的作用及其在RA治疗中的潜在应用 | RA患者的滑膜组织细胞和内皮细胞 | NA | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及RA患者的滑膜组织细胞和内皮细胞 |
1846 | 2024-11-14 |
Maximum Likelihood Inference of Time-scaled Cell Lineage Trees with Mixed-type Missing Data
2024-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.05.583638
PMID:38496496
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研究论文 | 本文介绍了一种用于推断带有混合类型缺失数据的时间缩放细胞谱系树的最大似然方法 | 引入了Probabilistic Mixed-type Missing (PMM)模型,并开发了LAML算法,该算法结合了期望最大化(EM)算法和启发式树搜索,能够更准确地推断树拓扑结构和分支长度 | NA | 解决动态谱系追踪中的关键计算问题,即从测量的CRISPR诱导突变中推断细胞谱系树 | 细胞谱系树的推断 | 生物信息学 | 肺癌 | CRISPR-based genome editing, single-cell sequencing | 最大似然模型 | 基因组数据 | NA |
1847 | 2024-11-14 |
Comprehensive phenotypic and genomic characterization of venous malformations
2024-03, Human pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1016/j.humpath.2024.02.004
PMID:38367816
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研究论文 | 研究静脉畸形(VMs)的表型和基因型特征,并探讨基因突变与临床病理特征之间的关系 | 首次系统地分析了TEK和PIK3CA基因突变与静脉畸形临床病理特征之间的关联,并揭示了基因特异性效应 | 研究样本量有限,且未涉及所有可能的基因突变类型 | 探讨静脉畸形中基因突变与临床病理特征之间的关联 | 静脉畸形患者及其基因突变和临床病理特征 | 数字病理学 | 血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因数据 | 114名静脉畸形患者 |
1848 | 2024-11-14 |
Identification of AgRP cells in the murine hindbrain that drive feeding
2024-Feb, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.101886
PMID:38246589
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研究论文 | 研究在啮齿动物后脑中发现的AgRP细胞群,这些细胞在驱动摄食行为中起关键作用 | 首次发现并描述了小鼠后脑中的AgRP细胞群,这些细胞在摄食行为中独立于下丘脑AgRP神经元发挥作用 | 研究主要集中在小鼠模型上,结果的普适性需要进一步验证 | 探讨中枢黑皮质素系统在后脑中的摄食调节作用 | 小鼠后脑中的AgRP细胞 | NA | NA | 基因表达分析、单细胞RNA测序、免疫荧光分析、转基因小鼠模型、DREADD技术、光遗传学刺激 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像 | 成年小鼠 |
1849 | 2024-11-14 |
From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data
2024-Jan-29, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujae001
PMID:38465983
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研究论文 | 本文探讨了一种先进的网络估计技术,用于在单细胞RNA-seq数据中表征基因关系 | 提出了一个新的单变量依赖性度量方法,即平均局部密度间隙(aLDG),能够检测任何非线性、非单调的关系,并且在模拟和真实数据分析中表现优于现有方法 | NA | 研究基因关系,特别是局部基因关系,并提出新的统计方法来处理大规模异质数据集中的基因关系估计问题 | 单细胞RNA-seq数据中的基因关系 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
1850 | 2024-11-13 |
Spatial domains identification in spatial transcriptomics using modality-aware and subspace-enhanced graph contrastive learning
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.029
PMID:39507820
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研究论文 | 本文提出了一种基于图对比学习和子空间分析的框架GRAS4T,用于空间转录组学中的空间域识别 | 结合对比学习和子空间分析模型,通过捕捉同一域内点的自表达性来准确区分不同的空间域 | NA | 开发一种新的方法来提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性 | 空间转录组学数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 图对比学习 | 图对比学习框架 | 空间转录组数据 | 八个来自五个不同平台的空间转录组数据集 |
1851 | 2024-11-13 |
Machine Learning-enhanced Signature of Metastasis-related T Cell Marker Genes for Predicting Overall Survival in Malignant Melanoma
2024-Nov-07, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000544
PMID:39506915
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和机器学习技术,识别与转移相关的T细胞标记基因,以预测恶性黑色素瘤患者的总体生存率 | 通过机器学习方法识别出与转移相关的T细胞标记基因,并开发了一种结合MRTMGs签名、T阶段和N阶段的诺模图,用于准确预测患者的生存概率 | NA | 研究原发性和转移性恶性黑色素瘤的肿瘤免疫微环境差异,并识别用于预测患者生存的转移相关T细胞标记基因 | 恶性黑色素瘤患者的肿瘤免疫微环境和转移相关T细胞标记基因 | 机器学习 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 10×scRNA-seq数据中的6个不同T细胞簇 |
1852 | 2024-11-13 |
Shared and unique transcriptomic signatures of antidepressant and probiotics action in the mammalian brain
2024-Nov, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02619-0
PMID:38844534
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研究论文 | 研究探讨了不同抗抑郁药物和益生菌对哺乳动物大脑不同区域的转录组影响 | 首次系统分析了抗抑郁药物和益生菌在哺乳动物大脑中的共同和独特转录组特征 | 研究仅限于特定药物和益生菌组合,未涵盖所有可能的治疗方案 | 揭示抗抑郁药物和益生菌在治疗情绪障碍中的共同和差异机制 | 抗抑郁药物(如安非他酮、地昔帕明、氟西汀)和益生菌(Lacidofil®)对大脑10个区域的影响 | 数字病理学 | 情绪障碍 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及10个大脑区域,每个区域-治疗组合平均有2211个差异表达基因 |
1853 | 2024-11-13 |
Interpretable spatially aware dimension reduction of spatial transcriptomics with STAMP
2024-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02463-8
PMID:39407016
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STAMP的空间感知维度缩减方法,用于空间转录组学数据的高维基因表达测量 | STAMP基于深度生成模型,能够返回生物学上有意义的低维空间主题和相关基因模块,适用于多种数据类型和样本 | NA | 开发一种可解释的空间感知维度缩减方法,以获得空间转录组学数据的有意义的低维表示 | 空间转录组学数据,包括单个切片、多个切片、不同技术以及时间序列数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 深度生成模型 | NA | 基因表达数据 | 超过500,000个细胞 |
1854 | 2024-11-13 |
The multifaceted role of mitochondria in cardiac function: insights and approaches
2024-Oct-29, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01899-x
PMID:39472951
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综述 | 本文综述了线粒体在心脏功能中的多方面作用及其在心血管疾病中的重要性 | 讨论了线粒体异质性和亚群在维持心脏功能和疾病相关重塑中的作用,并强调了线粒体与核的逆向通讯 | 未提供具体的研究数据或实验结果 | 探讨线粒体在心脏功能中的作用及其在心血管疾病中的潜在治疗策略 | 线粒体及其在心脏功能和疾病中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究 (GWAS) | NA | NA | NA |
1855 | 2024-11-13 |
Plasma proteometabolome in lung cancer: exploring biomarkers through bidirectional Mendelian randomization and colocalization analysis
2024-09-19, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddae110
PMID:39011643
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研究论文 | 研究利用孟德尔随机化方法探索肺癌相关的血浆蛋白质组和代谢组生物标志物 | 首次通过双向孟德尔随机化和共定位分析识别出与肺癌相关的血浆蛋白质和代谢物的新关联 | NA | 开发非侵入性诊断生物标志物以改善肺癌管理 | 血浆蛋白质组和代谢组 | 生物标志物 | 肺癌 | 孟德尔随机化 | NA | 蛋白质组学数据、代谢组学数据 | NA |
1856 | 2024-11-13 |
ADAMTS12 promotes fibrosis by restructuring extracellular matrix to enable activation of injury-responsive fibroblasts
2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170246
PMID:39286973
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研究论文 | 研究揭示了ADAMTS12在纤维化过程中的作用,通过重构细胞外基质促进损伤响应性成纤维细胞的激活 | 首次发现ADAMTS12在纤维化中的关键作用,并阐明了其通过重构细胞外基质和切割HMCN1来激活特定成纤维细胞亚群的机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中验证其结果 | 探讨ADAMTS12在纤维化中的作用及其分子机制 | ADAMTS12在心脏和肾脏纤维化中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
1857 | 2024-11-13 |
Predicting prognosis and immunotherapy response in colorectal cancer by pericytes insights from single-cell RNA sequencing
2024-07-06, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddae064
PMID:38652261
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析,揭示了结直肠癌微环境中周细胞的功能及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 首次揭示了周细胞在结直肠癌微环境中的富集及其与不良预后和免疫治疗抵抗的关系 | 研究主要基于现有数据集,缺乏体内实验验证 | 探讨周细胞在结直肠癌中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 结直肠癌中的周细胞及其在免疫微环境中的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过1000个样本,包括453个免疫治疗数据集样本 |
1858 | 2024-11-13 |
Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing
2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597786
PMID:38895367
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研究论文 | 研究描述了在骨折愈合过程中,感觉神经元如何介导骨骼再生,并确定了神经源性信号在骨折修复中的关键作用 | 首次详细描述了感觉神经元在骨折愈合中的神经解剖学通路,并揭示了神经源性FGF9在骨折修复中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型,结果的临床应用可能受限 | 探讨感觉神经元在骨折愈合中的作用机制,并确定关键的神经源性信号 | 小鼠的长骨骨折及其愈合过程 | 神经科学 | 骨折 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 6648个背根神经节神经元 |
1859 | 2024-11-13 |
Identifying gene expression programs in single-cell RNA-seq data using linear correlation explanation
2024-06, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2024.104644
PMID:38631462
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研究论文 | 本研究使用线性相关解释(linear CorEx)方法,通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据识别与细胞表型和活动程序相关的基因表达程序(GEPs) | 本研究首次应用线性CorEx方法,通过总相关优化函数在模拟和真实scRNA-seq数据中推断GEPs,并展示了其在识别细胞类型和活动程序方面的优越性能 | 本研究主要集中在模拟和特定物种的scRNA-seq数据上,未来需要在更多物种和数据集上验证其通用性 | 旨在通过scRNA-seq数据推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义GEPs | 单细胞RNA测序数据中的基因表达程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 线性CorEx | 基因表达数据 | 包括模拟数据和来自小鼠齿状回及胚胎结肠发育的真实scRNA-seq数据 |
1860 | 2024-11-13 |
Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis
2024-May-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48484-x
PMID:38734693
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研究论文 | 研究SPI1对阿尔茨海默病相关表型的影响 | 首次探讨了SPI1在阿尔茨海默病中的作用及其对疾病表型的影响 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探讨调节SPI1水平对阿尔茨海默病发病机制的影响 | SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型 |