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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1821 | 2025-10-07 |
Recruitment of homodimeric proneural factors by conserved CAT-CAT E-boxes drives major epigenetic reconfiguration in cortical neurogenesis
2024-Nov-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae950
PMID:39494521
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研究论文 | 通过整合分析揭示神经发生过程中同源二聚体前神经因子通过CAT-CAT E-boxes驱动表观遗传重编程的机制 | 发现NEUROG2和NEUROD2作为同源二聚体优先结合CAT-CAT E-boxes,并在神经元分化中期阶段发挥最大染色质重塑作用 | 研究主要基于小鼠皮层发育数据,人类中的保守性需要进一步验证 | 探究前神经因子在不同E-box类型上的协作机制及其染色质重塑功能 | 小鼠发育中的皮层神经细胞 | 表观遗传学 | 神经精神疾病 | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, DNA甲基化测序, HT-SELEX, DNA足迹分析 | 结构建模 | 基因组学数据,表观基因组数据 | NA | NA | 染色质免疫沉淀测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序, DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 1822 | 2025-10-07 |
Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics
2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401540121
PMID:39150785
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研究论文 | 通过从单细胞RNA速度数据学习细胞状态矢量场,量化细胞分化和重编程的非平衡驱动力 | 提出通过景观和通量量化单细胞全局非平衡驱动力的方法,挑战了传统的过渡态估计 | NA | 探索细胞分化和重编程的物理原理和驱动力 | 单细胞转录组数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 景观和通量理论模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1823 | 2025-10-07 |
Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02284-9
PMID:38844627
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研究论文 | 开发了一种名为IRIS的计算方法,用于在空间转录组学研究中准确高效地检测空间域 | 独特利用单细胞RNA测序数据进行参考信息化的空间域检测,整合多个SRT切片并同时考虑切片内和切片间的相关性 | NA | 表征空间转录组学研究中的组织空间组织结构 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 脑部疾病,肿瘤,糖尿病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 计算方法 | 空间转录组数据 | 六个SRT数据集,涵盖不同技术、组织、物种和分辨率 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Xenium,Stereo-seq | NA |
| 1824 | 2025-10-07 |
Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330
PMID:39936155
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研究论文 | 本研究通过分析NOD和NOR小鼠模型,探索了干燥综合征相关自身免疫性泪腺炎中血清和泪液自身抗体作为局部和全身炎症诊断指标的潜力 | 首次系统比较了干燥综合征小鼠模型中血清和泪液自身抗体谱的差异,发现泪液IgA同种型自身抗体比IgG具有更高的多样性 | 研究仅限于雄性小鼠模型,未涉及雌性动物或人类样本 | 探索干燥综合征相关自身免疫性泪腺炎的诊断生物标志物 | NOD和NOR雄性小鼠的泪腺、血清和泪液样本 | 免疫学 | 干燥综合征 | 免疫荧光,自身抗体微阵列,单细胞RNA测序 | NA | 图像数据,基因表达数据,蛋白质组数据 | 两种小鼠模型(NOD和NOR)与健康BALB/c小鼠对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1825 | 2025-10-07 |
Mechanism of mTOR/RILP-regulated autophagic flux in increased susceptibility to myocardial ischemia-reperfusion in diabetic mice
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1506401
PMID:39958873
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研究论文 | 本研究探讨了糖尿病小鼠心肌缺血再灌注损伤易感性增加的机制,重点关注mTOR/RILP通路调控的自噬流 | 首次通过单细胞测序分析糖尿病心肌缺血再灌注后自噬相关基因的转录组变化,并揭示mTOR/RILP通路在调节自噬流中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究糖尿病心肌缺血再灌注损伤易感性增加的内在机制 | 糖尿病小鼠模型和高糖培养的心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞测序, qRT-PCR, 蛋白质印迹, 透射电镜, HE染色 | 动物模型和细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 形态学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1826 | 2025-10-07 |
CBX1 is involved in hepatocellular carcinoma progression and resistance to sorafenib and lenvatinib via IGF-1R/AKT/SNAIL signaling pathway
2024-Oct, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-024-10696-0
PMID:38769286
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研究论文 | 本研究探讨CBX1在肝细胞癌进展及对索拉非尼和乐伐替尼耐药性中的作用机制 | 首次揭示CBX1通过IGF-1R/AKT/SNAIL信号通路促进肝细胞癌进展和酪氨酸激酶抑制剂耐药性的新机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型,需要进一步临床验证 | 探究CBX1在泛癌及肝细胞癌中的表达特征、功能作用及其分子机制 | 肝细胞癌组织、癌细胞系、裸鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序、RT-PCR、Western Blotting、免疫组化、组织芯片、CCK-8、集落形成、Transwell侵袭、划痕实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、临床病理数据 | 肝细胞癌组织及癌旁组织、多种癌细胞系、裸鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1827 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomic Analysis Identifies Epithelium-Macrophage Crosstalk in Endometriotic Lesions
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.23.586434
PMID:38798560
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研究论文 | 本研究通过空间转录组分析揭示了子宫内膜异位病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用机制 | 首次发现浅表腹膜子宫内膜异位病变上皮细胞通过补体3驱动炎症信号并促进巨噬细胞向促修复表型转化 | 仅分析了浅表腹膜病变,未涉及其他类型子宫内膜异位病变 | 阐明子宫内膜异位病变中细胞类型特异性基因表达变化及细胞间通讯机制 | 子宫内膜异位病变组织和患者匹配的在位子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 子宫内膜异位症 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 患者匹配的病变组织和正常组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1828 | 2025-10-07 |
Transcriptomic landscape of endothelial cells: Key tumor microenvironment components indicating variable clinical outcomes in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-Feb, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.23881
PMID:37449672
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了胰腺导管腺癌中内皮细胞的异质性及其对临床预后的影响 | 首次在胰腺导管腺癌中系统鉴定出7个不同的内皮细胞亚群,并阐明其与肿瘤恶性进展和患者预后的关联 | 样本量相对有限(24个肿瘤和11个正常胰腺),需要更大规模的研究验证 | 阐明胰腺导管腺癌肿瘤微环境中内皮细胞的异质性及其对临床结局的影响 | 胰腺导管腺癌患者肿瘤组织和正常胰腺组织中的内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,拟时序分析 | NA | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | 24个PDAC肿瘤样本和11个正常胰腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1829 | 2025-10-07 |
Interferon-γ signaling in eosinophilic esophagitis has implications for epithelial barrier function and programmed cell death
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.26.577407
PMID:38352458
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外器官模型探讨了干扰素-γ信号在嗜酸性粒细胞性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响 | 首次在单细胞水平揭示EoE患者食管上皮细胞中干扰素反应特征基因上调,并通过器官模型证实IFN-γ可破坏上皮分化和屏障完整性并诱导细胞凋亡 | 研究样本量有限,主要依赖体外模型验证,需要进一步在体实验确认 | 阐明嗜酸性粒细胞性食管炎中免疫细胞与上皮细胞间的相互作用机制 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 器官模型培养 | NA | 基因表达数据 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者食管活检组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1830 | 2025-10-07 |
A Foundation Model for Cell Segmentation
2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.17.567630
PMID:38045277
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研究论文 | 提出了一种名为CellSAM的基础模型,用于实现跨多种细胞成像数据的通用细胞分割 | 基于Segment Anything Model开发了提示工程方法,结合自动细胞检测器CellFinder,实现了在哺乳动物细胞、酵母和细菌等多种成像模态下的通用细胞分割 | NA | 开发一个能够跨不同细胞成像领域通用的基础细胞分割模型 | 哺乳动物细胞(组织和细胞培养)、酵母和细菌的成像数据 | 计算机视觉 | NA | 深度学习,提示工程 | 基础模型,目标检测器,Segment Anything Model | 细胞成像数据 | NA | NA | 空间转录组学,细胞追踪 | NA | NA |
| 1831 | 2025-10-07 |
Interleukin-22 inhibits cardiac fibrosis by regulating fibroblast metabolic reprogramming in myocardial infarction
2024-Apr, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2024.155256
PMID:38492359
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研究论文 | 本研究探讨白细胞介素-22通过调节成纤维细胞代谢重编程抑制心肌梗死后心脏纤维化的作用机制 | 首次揭示IL-22通过JNK/PKM2通路抑制有氧糖酵解从而减轻心脏纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在临床患者中验证 | 探究IL-22在心肌梗死后心肌纤维化中的作用及代谢机制 | 心肌梗死患者和小鼠模型的成纤维细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞测序,代谢分析,体外实验,体内实验 | NA | 单细胞测序数据,代谢数据,分子表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1832 | 2025-10-07 |
Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block
2024-Nov-28, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-024-10159-x
PMID:39609308
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研究论文 | 本研究揭示了衰老相关基因FKBP5和DDIT3在冠心病与认知障碍共病机制中的关键作用,并评估了星状神经节阻滞的治疗潜力 | 首次通过单细胞和bulk RNA测序技术系统阐明FKBP5和DDIT3在冠心病与认知障碍共病机制中的核心作用,并发现星状神经节阻滞通过调节自主神经可同时改善心脏功能和认知能力 | 研究主要基于动物模型,尚未在人类临床试验中得到验证 | 阐明冠心病与认知障碍共病的分子机制,探索星状神经节阻滞的治疗效果 | 冠心病和认知障碍的分子机制及治疗干预 | 生物医学研究 | 冠心病, 认知障碍 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 激光多普勒血流仪, 脑电图, 行为学测试 | 动物模型 | 基因表达数据, 行为学数据, 生理信号数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1833 | 2025-10-07 |
Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis
2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2024-225630
PMID:38816066
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研究论文 | 本研究探讨高安氏动脉炎中血管平滑肌细胞早衰与血管炎症之间的关联 | 首次揭示IL-6-线粒体STAT3-MFN2信号通路驱动血管平滑肌细胞衰老的分子机制 | 样本来源于手术患者,可能存在选择偏倚;体外实验结果需在更大样本中验证 | 探究高安氏动脉炎中血管平滑肌细胞衰老是否参与血管炎症过程 | 高安氏动脉炎患者的血管手术样本和原代血管平滑肌细胞 | 分子病理学 | 高安氏动脉炎 | 组织学检测、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-seq、体外实验、离体实验 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | 高安氏动脉炎患者血管手术样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1834 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveal potent extrafollicular B cell response linked with granzyme K+ CD8 T cell activation in lupus kidney
2024-Oct-17, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2024-225876
PMID:39419536
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了狼疮性肾炎肾脏中滤泡外B细胞反应与GZMK+ CD8 T细胞活化的关联机制 | 首次在单细胞水平系统描绘狼疮性肾炎肾脏适应性免疫景观,发现肾脏特异性IGHG4-59克隆扩增和GZMK+ CD8 T细胞与ABCs通过II型干扰素通路的相互作用 | 样本量有限,主要基于相关性分析,功能验证需要进一步深入 | 探索活动性狼疮性肾炎患者肾脏特异性适应性免疫景观 | 狼疮性肾炎患者的肾脏和配对外周血B、T细胞,以及匹配对照的外周血细胞 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA/BCR/TCR测序,流式细胞术,ATAC-seq,多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据,BCR/TCR序列数据,表观遗传数据,蛋白质表达数据 | 活动性狼疮性肾炎患者肾脏和外周血样本,匹配对照外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞BCR/TCR测序,ATAC-seq | NA | NA |
| 1835 | 2025-10-07 |
CD8+ tissue-resident memory T cells are expanded in primary Sjögren's disease and can be therapeutically targeted by CD103 blockade
2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-225069
PMID:38777379
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研究论文 | 本研究探讨了组织驻留记忆T细胞在原发性干燥综合征中的作用及CD103阻断的治疗潜力 | 首次系统表征pSS中CD8+组织驻留记忆T细胞的表型功能,并证明CD103阻断可改善疾病症状 | 动物模型结果需在人类临床试验中进一步验证 | 研究组织驻留记忆T细胞在原发性干燥综合征发病机制中的作用及治疗靶点 | 原发性干燥综合征患者、非特异性干燥综合征患者、实验性干燥综合征小鼠模型 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 流式细胞术, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据, 临床指标 | 人类唾液腺组织和外周血样本, 实验性干燥综合征小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1836 | 2025-10-07 |
A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types
2024-Sep-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278980.124
PMID:39142810
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研究论文 | 通过转录抑制结合RNA测序技术,构建了线虫胚胎发育过程中mRNA衰减速率的时空图谱 | 首次在全转录组范围内直接测量胚胎发育过程中具有时空分辨率的mRNA衰变速率,揭示了不同发育阶段和细胞类型中mRNA稳定性的差异调控 | 研究仅限于线虫胚胎发育过程,未涉及其他生物或发育阶段 | 探究胚胎发育过程中mRNA衰变速率的时空动态变化及其对基因表达的调控作用 | 秀丽隐杆线虫(C. elegans)胚胎 | 转录组学 | NA | 转录抑制,bulk RNA-seq,单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 线虫胚胎发育全过程样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1837 | 2025-10-07 |
Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER
2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.04.611293
PMID:39282389
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研究论文 | 开发了一种名为CLEANSER的混合模型,用于识别和过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声 | 利用CRISPR混合实验表征环境gRNA噪声,开发了包含gRNA和细胞特异性归一化参数的混合模型 | NA | 提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配准确性 | 单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序CRISPR筛选 | 混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1838 | 2025-10-07 |
New dimension in viral hepatitis research
2024-Sep, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2024-100136
PMID:39944365
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研究论文 | 使用GeoMx数字空间分析技术研究乙型肝炎患者肝组织中基因表达的空间分布特征 | 首次应用GeoMx DSP技术对HBV感染肝组织进行空间转录组分析,能够靶向选择特定组织区域进行精确基因表达定位 | 样本量较小(仅3例患者),目前仍处于概念验证阶段 | 通过空间转录组学技术深入了解肝脏免疫反应和HBV感染细胞分布,最终实现HBV功能性治愈 | 三名患者的肝组织(一名HBV单感染、一名HBV/HDV共感染、一名HBV/HIV共感染) | 空间转录组学 | 病毒性肝炎 | 数字空间分析,空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 3例患者肝组织样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx DSP | GeoMx数字空间分析技术,支持靶向选择特定组织区域(感兴趣区域)进行分析 |
| 1839 | 2025-10-07 |
Characterisation of choroid plexus-infiltrating T cells reveals novel therapeutic targets in murine neuropsychiatric lupus
2024-Jul-15, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-224689
PMID:38531610
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了神经精神性狼疮小鼠模型中脉络丛浸润T细胞的特征及其在疾病进展中的作用 | 首次在神经精神性狼疮小鼠模型中系统表征脉络丛浸润T细胞,发现特异性T细胞克隆并验证VCAM/VLA-4信号通路作为潜在治疗靶点 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究神经精神性狼疮疾病进展中脉络丛浸润免疫细胞的作用机制 | MRL/lpr小鼠(神经精神性狼疮模型)的脉络丛组织 | 单细胞组学 | 神经精神性狼疮 | 单细胞RNA测序,T细胞受体分析 | NA | 单细胞转录组数据 | MRL/lpr小鼠在疾病早期和晚期的脉络丛组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 液滴式单细胞转录组分析平台 |
| 1840 | 2025-10-07 |
Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling
2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598858
PMID:38948758
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研究论文 | 通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑 | 开发了使用线性混合效应模型系统量化染色质可及性区域与基因表达关联的新方法,并发现正常细胞中基因表达沉默子转变为癌细胞中增强子的调控元件 | 研究样本仅限于手术切除后立即处理的人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织 | 解析乳腺癌细胞的转录失调调控机制 | 人类乳腺肿瘤、健康乳腺组织和乳腺癌细胞系 | 单细胞多组学 | 乳腺癌 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | 线性混合效应模型 | 表观遗传数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |