单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1801 2025-10-07
Failure of metabolic checkpoint control during late-stage granulopoiesis drives neutropenia in reticular dysgenesis
2024-Dec-26, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学分析网状发育不全患者样本和CRISPR模型,揭示了线粒体腺苷酸激酶2功能缺失导致中性粒细胞减少症的代谢调控机制 首次发现代谢检查点在造血不同阶段的差异调控作用,揭示了AK2缺陷在粒细胞生成晚期导致mTOR信号异常激活和代谢失衡的新机制 研究主要基于体外模型和患者样本,缺乏体内功能验证实验 探究网状发育不全综合征中代谢检查点调控失常导致中性粒细胞减少的分子机制 人类造血干细胞、粒细胞前体细胞、网状发育不全患者样本 单细胞生物学 免疫缺陷综合征 单细胞转录组测序, CRISPR基因编辑 NA 单细胞RNA测序数据 网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞CRISPR模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1802 2025-10-07
Genetic inference and single cell expression analysis of potential targets in heart failure and breast cancer
2024-Oct-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3
研究论文 通过遗传推断和单细胞表达分析探索心力衰竭与乳腺癌的潜在遗传靶点 整合全基因组关联研究、单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法,首次系统揭示ITM2B基因在乳腺癌中的功能作用 研究样本量未明确说明,体外实验仅针对MCF7细胞系,缺乏体内验证 探索心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点并验证其因果关系 心力衰竭和乳腺癌相关的遗传变异及ITM2B基因 生物信息学 乳腺癌,心血管疾病 GWAS, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 免疫荧光 NA 基因组数据, 单细胞表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1803 2025-10-07
Astrocytes Modulate a Specific Paraventricular Thalamus→Prefrontal Cortex Projection to Enhance Consciousness Recovery from Anesthesia
2024-Aug-21, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
研究论文 本研究揭示了星形胶质细胞通过调控丘脑室旁核→前额叶皮层特定神经通路促进七氟醚麻醉后意识恢复的新机制 首次发现星形胶质细胞Kir4.1通道在麻醉恢复中的关键作用,并鉴定出丘脑室旁核中两种不同的谷氨酸能神经元亚型 研究仅使用雄性小鼠模型,未验证在雌性动物中的适用性;机制研究主要集中于PVT-mPFC通路 探索星形胶质细胞在麻醉后意识恢复中的调控机制 雄性小鼠的丘脑室旁核星形胶质细胞和谷氨酸能神经元 神经科学 麻醉相关意识障碍 单细胞RNA测序,电生理记录,膜片钳技术 动物模型 基因表达数据,电生理数据 雄性小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1804 2025-10-07
Trem2 Agonist Reprograms Foamy Macrophages to Promote Atherosclerotic Plaque Stability-Brief Report
2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 本研究探讨Trem2激动剂抗体AL002a通过重编程泡沫巨噬细胞功能来促进动脉粥样硬化斑块稳定性 首次证明Trem2激动剂治疗可通过改变泡沫巨噬细胞转录组来改善斑块稳定性,而非单纯减少斑块负荷 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类中验证;治疗时间相对较短 测试Trem2激动剂抗体是否能通过增强巨噬细胞存活和减少坏死核心形成来改善动脉粥样硬化斑块稳定性 动脉粥样硬化易感小鼠(Ldlr-/-)和泡沫巨噬细胞 心血管疾病研究 心血管疾病 单细胞RNA测序,体外功能验证 NA 基因表达数据,组织学数据 动脉粥样硬化小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1805 2025-10-07
Pharmacological suppression of the OTUD4/CD73 proteolytic axis revives antitumor immunity against immune-suppressive breast cancers
2024-Mar-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究通过多组学分析发现OTUD4/CD73蛋白水解轴是治疗免疫抑制性三阴性乳腺癌的潜在靶点,并开发了特异性抑制剂ST80 首次揭示OTUD4通过去泛素化稳定CD73的机制,开发了特异性抑制剂ST80,并证明其能增强抗PD-L1疗法的效果 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验 开发针对免疫抑制性乳腺癌的新型免疫治疗策略 三阴性乳腺癌(TNBC)及其肿瘤微环境 肿瘤免疫学 乳腺癌 多组学分析,空间转录组学,实验验证 NA 多组学数据,空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1806 2025-10-07
[Microglia differential genes and their functions in paraquat-induced Parkinson's disease-like in mice's brains based on single-cell RNA sequencing]
2024-Apr-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases
研究论文 基于单细胞RNA测序分析百草枯诱导帕金森病样小鼠脑内小胶质细胞亚群的差异基因及相关信号通路 首次在百草枯诱导的帕金森病样小鼠模型中通过单细胞RNA测鉴定了小胶质细胞亚群,并发现其向M2表型极化的新机制 样本量较小(每组3只小鼠),且仅在细胞系中验证了部分基因表达 阐明百草枯诱导帕金森病样脑部变化的机制 C57BL/6小鼠和小鼠小胶质细胞(BV2细胞) 单细胞测序分析 帕金森病 单细胞RNA测序,实时荧光定量PCR,生物信息学分析 NA 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 6只6周龄雄性C57BL/6小鼠(对照组和实验组各3只),BV2细胞系 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Genomics单细胞RNA测序平台
1807 2025-10-07
Association of HLA-DRB1*15:01 Status with Transcriptomic Pattern of B cells in CSF in Multiple Sclerosis (P7-6.011)
2024-Apr-09, Neurology IF:7.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析多发性硬化症患者脑脊液中B细胞的基因表达模式与HLA-DRB1*15:01单倍型状态的关联 首次在单细胞水平揭示HLA-DRB1*15:01单倍型状态与多发性硬化症患者脑脊液B细胞转录组模式的关联 样本量有限(25个脑脊液样本),且使用公开数据可能受原始研究设计限制 探讨HLA-DRB1*15:01单倍型状态对多发性硬化症患者脑脊液B细胞基因表达模式的影响 多发性硬化症患者和健康对照者的外周血单核细胞和脑脊液样本 单细胞转录组学 多发性硬化症 单细胞RNA测序, VDJ分析 TRUST4, ArcasHLA 单细胞RNA测序数据 25个脑脊液样本中的1376个B系细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1808 2025-10-07
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of M2 macrophages of head and neck squamous cell carcinoma
2024-03, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 通过整合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq分析头颈鳞状细胞癌中M2巨噬细胞的分子特征 首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建M2巨噬细胞相关特征模型,并鉴定FCGR2A作为潜在免疫治疗靶点 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 阐明M2肿瘤相关巨噬细胞在头颈鳞状细胞癌中的作用机制 头颈鳞状细胞癌患者和肿瘤微环境中的M2巨噬细胞 生物信息学 头颈鳞状细胞癌 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq Consensus Clustering, 特征模型 基因表达谱, 临床数据 TCGA数据库HNSC患者数据 + GSE139324单细胞数据集 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
1809 2025-02-21
FastTENET: an accelerated TENET algorithm based on manycore computing in Python
2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种基于多核计算的加速版TENET算法,称为FastTENET,用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络 FastTENET通过数组计算优化了TENET算法,使其在多核处理器(如GPU)上加速,性能提升高达973倍 尽管FastTENET显著提升了计算速度,但其性能提升依赖于硬件(如GPU)的支持 解决TENET算法在处理大规模单细胞RNA测序数据时计算时间过长的问题 单细胞RNA测序数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序(scRNAseq) TENET算法 基因表达数据 NA NA NA NA NA
1810 2025-02-21
Microfluidic Chip-Based Automatic System for Sequencing Patient-Derived Organoids at the Single-Cell Level
2024-10-22, Analytical chemistry IF:6.7Q1
研究论文 本研究介绍了一种基于微流控芯片的自动系统MASSO,用于在单细胞水平上对患者来源的类器官进行测序 MASSO系统通过在单一微流控芯片上执行所有必要步骤,避免了珍贵PDO的损失,并确保了单PDO细胞的全基因组扩增的高质量,自动化操作过程消除了人为错误,提高了数据重复性 NA 解决现有单细胞测序技术在处理临床组织样本来源的PDO时效率低下的问题 患者来源的类器官(PDOs) 数字病理学 肺癌 全基因组测序 NA 基因组数据 NA NA NA NA NA
1811 2025-02-21
DEPICT-seq: Single-Cell Transcriptomic Analysis of Rare Cell Subsets Isolated via Nucleic Acid Cytometry
2024-10-15, Analytical chemistry IF:6.7Q1
研究论文 本文介绍了一种名为DEPICT-seq的高通量液滴核酸细胞计数方法,用于分离和分析基于核酸标记的稀有细胞亚群 DEPICT-seq方法结合了批量细胞固定、双乳液数字PCR细胞分选和单细胞分辨率下的全长转录组分析,能够针对感兴趣的核酸标记进行细胞分选和转录组分析 NA 开发一种能够深入分析稀有细胞亚群的方法,以理解组织生理学和病理学 稀有细胞亚群,特别是T细胞受体(TCR)工程化的T细胞 单细胞转录组学 NA 双乳液数字PCR、单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA NA NA NA
1812 2025-02-21
Correlation of LLT-1 and NLRC4 inflammasome and its effect on glioblastoma prognosis
2024-Sep, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2
研究论文 本研究探讨了LLT-1与NLRC4炎症小体在胶质母细胞瘤(GBM)组织中的表达及其相互作用,揭示了它们与肿瘤恶性程度和预后的潜在关联 揭示了LLT-1与NLRC4炎症小体在GBM中的共表达及其与肿瘤炎症和进展的潜在关联,提出了新的NK细胞介导的抗胶质瘤途径 研究样本量相对较小,且主要基于中国人群数据,可能限制了结果的普适性 探讨LLT-1与NLRC4炎症小体在GBM中的表达及其相互作用,以揭示其与肿瘤恶性程度和预后的关联 胶质母细胞瘤(GBM)组织 肿瘤生物学 胶质母细胞瘤 RNA测序(RNA-seq)、免疫荧光实验、单细胞RNA测序分析 NA RNA-seq数据、免疫荧光图像 296名患者来自中国胶质瘤基因组图谱,52名患者来自CHA医疗记录 NA NA NA NA
1813 2025-10-07
The transcription factor Aiolos restrains the activation of intestinal intraepithelial lymphocytes
2024-Jan, Nature immunology IF:27.7Q1
研究论文 本研究揭示了转录因子Aiolos通过调控肠道上皮内淋巴细胞活化来限制其效应功能 首次发现Aiolos作为IELs活化的调节因子,并阐明其通过影响IL-15信号通路和染色质可及性来调控效应功能 Ikzf3缺陷仅部分解释观察到的表型,表明存在其他调控机制 探究Aiolos在肠道上皮内淋巴细胞活化调控中的作用机制 小鼠肠道上皮内淋巴细胞 免疫学 结肠炎 单细胞RNA测序,染色质可及性分析,组蛋白乙酰化检测 NA 基因表达数据,表观遗传数据 Ikzf3+/+和Ikzf3-/-小鼠IELs NA 单细胞RNA测序 NA NA
1814 2025-10-07
NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data
2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出了一种基于非负最小二乘的空间转录组学数据细胞类型反卷积方法NLSDeconv 开发了计算效率优于现有18种反卷积方法的新算法 NA 解决空间转录组学数据缺乏单细胞分辨率的问题 空间转录组学数据 生物信息学 NA 空间转录组学 非负最小二乘法 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1815 2025-10-07
Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data
2024-Dec-18, BMC biology IF:4.4Q1
研究论文 提出一种名为VeloVGI的新方法,用于在批次单细胞RNA测序数据中准确估计RNA速度并揭示复杂细胞谱系 通过结合最优传输和互最近邻方法构建批次数据中的邻居关系,并将图结构整合到编码器中改进速度估计 未明确说明方法在更广泛数据集上的适用性和计算效率 解决批次效应对RNA速度估计的影响,提高细胞发育轨迹推断的准确性 小鼠脊髓和嗅球组织细胞,以及多个公共单细胞RNA测序数据集 单细胞生物信息学 NA 单细胞RNA测序 VeloVGI(基于图神经网络的编码器模型) 单细胞RNA测序数据(剪接和未剪接矩阵) 多个公共数据集,包括小鼠脊髓和嗅球组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1816 2025-10-07
B-Cell Activation Gene Signature in Blood and Liver of Hepatitis B e Antigen-Positive Patients With Immune Active Chronic Hepatitis B
2024-Dec-16, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过分析慢性乙型肝炎患者血液和肝脏中B细胞的基因表达谱,揭示了免疫活跃期患者的B细胞激活特征 首次在慢性乙型肝炎患者中同时分析血液和肝脏B细胞的基因表达特征,并通过单细胞RNA测序技术识别了naive和记忆B细胞亚群作为主要特征携带者 样本量有限,研究主要关注免疫活跃期患者,未涵盖所有慢性HBV感染阶段 探究慢性乙型肝炎患者B细胞的激活状态及其在HBV感染中的免疫反应特征 免疫活跃期慢性乙型肝炎患者和健康对照者的血液及肝脏B细胞 免疫学 乙型肝炎 RNA测序, 流式细胞术, 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据, 流式细胞数据 慢性乙型肝炎患者和健康对照者样本 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术 NA NA
1817 2025-10-07
Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine
2024-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新型潜在调节因子 首次在猪模型中识别出表达细胞迁移转录途径的修复性肠细胞亚群,并预测CSF-1作为年龄依赖性修复反应的上游调节因子 研究基于猪模型,结果向人类转化的适用性需要进一步验证 探索年龄依赖性肠道屏障修复的分子机制,寻找改善新生儿肠道损伤预后的潜在治疗靶点 幼猪和新生猪的肠道黏膜上皮细胞,猪肠道上皮细胞系IPEC-J2 单细胞转录组学 肠道缺血损伤 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 猪肠道黏膜上皮细胞(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
1818 2025-10-07
Elevated phagocytic capacity directs innate spinal cord repair
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过比较斑马鱼和哺乳动物脊髓损伤后的免疫反应,揭示了高吞噬能力在脊髓先天修复中的核心作用 发现斑马鱼巨噬细胞具有高吞噬能力并促进脊髓再生,鉴定出关键基因,并证明人类同源基因可加速损伤修复 研究主要基于斑马鱼模型,在哺乳动物中的直接应用效果需进一步验证 探究脊髓损伤后免疫细胞在组织修复中的作用机制 斑马鱼和哺乳动物的巨噬细胞 发育生物学 脊髓损伤 单细胞转录组测序,基因敲除,细胞移植 NA 基因表达数据,功能实验数据 斑马鱼脊髓损伤模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1819 2025-10-07
The cancer-associated fibroblasts interact with malignant T cells in mycosis fungoides and promote the disease progression
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示蕈样肉芽肿中恶性T细胞与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 首次在蕈样肉芽肿中发现恶性T细胞具有组织驻留记忆T细胞和中央记忆T细胞双重表型,并揭示CAFs通过IL-6/JAK2/STAT3/SOX4和IL-6/HIF-1α/SOX4通路促进疾病进展的正反馈循环 样本量有限,主要关注晚期蕈样肉芽肿患者 探究蕈样肉芽肿的发病机制及肿瘤微环境的作用 晚期蕈样肉芽肿患者的肿瘤组织、癌旁正常组织和外周血单个核细胞,以及健康对照 单细胞基因组学 皮肤T细胞淋巴瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 晚期蕈样肉芽肿患者和健康对照的样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1820 2025-10-07
High throughput single cell metagenomic sequencing with semi-permeable capsules: unraveling microbial diversity at the single-cell level in sewage and fecal microbiomes
2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2
研究论文 本研究验证了使用微流控和半透性胶囊技术对污水和猪粪便样本进行高通量单细胞宏基因组测序的方法 开发了结合半透性胶囊和组合拆分-合并单扩增基因组条形码的高通量单细胞测序方法,可在单细胞水平解析微生物多样性 仅测试了污水和猪粪便两种样本类型,样本量相对有限 开发和应用高通量单细胞测序技术研究微生物群落 污水和猪粪便样本中的单个细菌细胞 宏基因组学 NA 单细胞测序,微流控技术,组合拆分-合并单扩增基因组条形码,短读长测序 NA 基因组测序数据 污水样本和猪粪便样本各1个,深测序检测1,796和1,220个SAGs,浅测序检测12,731和17,909个SAGs Atrandi 单细胞测序,微流控技术 半透性胶囊技术 微流控和半透性胶囊单细胞分离技术,结合组合拆分-合并单扩增基因组条形码
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