单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-12-20	Transcriptome and Temporal Transcriptome Analyses in Single Cells 2024-Nov-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312845 PMID:39684556	综述	本文综述了单细胞转录组分析技术的发展，特别是结合RNA代谢标记的单细胞RNA测序技术，探讨了其在生物学过程中的应用	本文介绍了RNA代谢标记与单细胞RNA测序技术的结合，能够对单个细胞中的时间转录组进行分析，提供了对RNA动力学和细胞命运决定等动态生物过程的新见解	NA	探讨单细胞转录组分析技术的发展及其在生物医学研究中的应用	单细胞转录组和时间转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
162	2024-12-20	scDCA: deciphering the dominant cell communication assembly of downstream functional events from single-cell RNA-seq data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae663 PMID:39694816	研究论文	提出了一种基于深度学习的方法scDCA，用于从单细胞RNA-seq数据中解析对特定功能事件有重要影响的细胞通信组合	首次提出了一种基于多视图图卷积网络和注意力机制的深度学习方法，用于量化细胞类型对特定功能过程的贡献	目前仅在肾细胞癌样本中进行了验证，未来需要在更多疾病和样本中进行验证	开发一种新的计算方法，用于解析细胞通信对特定功能事件的影响，以促进癌症治疗	单细胞RNA-seq数据中的细胞通信及其对下游功能事件的影响	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA-seq	多视图图卷积网络	基因表达数据	肾细胞癌样本
163	2024-12-20	Unlocking the Complexity: Exploration of Acute Lymphoblastic Leukemia at the Single Cell Level 2024-Nov, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-024-00739-5 PMID:39190087	综述	本文综述了单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用及其优势和局限性	本文介绍了单细胞测序技术在ALL研究中的最新进展，特别是多组学技术和空间维度的引入，为揭示ALL的分子复杂性提供了新的视角	本文主要讨论了现有技术的优势和局限性，但未提出具体的改进方法	探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病研究中的应用	急性淋巴细胞白血病（ALL）的分子复杂性、异质性及其与微环境的相互作用	数字病理学	血液肿瘤	单细胞测序	NA	DNA、RNA、表观遗传修饰、细胞内和细胞表面蛋白	数千个细胞
164	2024-12-20	Mechanisms of Berberine in anti-pancreatic ductal adenocarcinoma revealed by integrated multi-omics profiling 2024-10-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74943-y PMID:39358545	研究论文	本研究通过整合药理学数据库与bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，揭示了小檗碱在抗胰腺导管腺癌中的潜在机制	首次通过多组学分析揭示了小檗碱在胰腺导管腺癌中的潜在抗肿瘤机制，并识别了关键的药物靶点和免疫调节作用	研究主要基于体外数据和计算分析，缺乏体内实验验证	揭示小檗碱在抗胰腺导管腺癌中的潜在机制	小檗碱在胰腺导管腺癌中的作用机制及潜在靶点	NA	胰腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	PPI网络	基因表达数据	NA
165	2024-12-20	Intestinal Tuft Cells Are Enriched With Protocadherins 2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554241287267 PMID:39360911	研究论文	研究揭示了肠绒毛细胞中富含原钙粘蛋白（protocadherins），并探讨了其在细胞微绒毛组织中的作用	首次发现原钙粘蛋白在肠绒毛细胞中的富集，并证明了其在小鼠和人类肠绒毛细胞中的关键作用	研究主要集中在小鼠和人类的小肠和结肠样本，未涵盖其他器官或物种	探讨肠绒毛细胞的结构和功能，特别是微绒毛组织的调控机制	肠绒毛细胞及其中的原钙粘蛋白	NA	NA	免疫染色和单细胞RNA测序	NA	组织样本和RNA序列	小鼠和人类的肠组织样本
166	2024-12-20	Oligoclonal CD4+CXCR5+ T cells with a cytotoxic phenotype appear in tonsils and blood 2024-07-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06563-1 PMID:39025930	研究论文	研究比较了外周血和扁桃体中CD3CD4CXCR5 T细胞的异质性，发现了一种具有细胞毒性表型的寡克隆CD4+CXCR5+ T细胞亚群	首次发现了一种具有细胞毒性表型的寡克隆CD4+CXCR5+ T细胞亚群，并描述了其在扁桃体和外周血中的分布特征	研究仅限于扁桃体和外周血样本，未涉及其他组织或疾病状态	探讨外周血和扁桃体中CD3CD4CXCR5 T细胞的异质性及其在临床中的潜在应用	外周血和扁桃体中的CD3CD4CXCR5 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	NA	转录组、TCR库、细胞表面蛋白表达	外周血和扁桃体中的CD3CD4CD45RACXCR5细胞
167	2024-12-20	PPPCT: Privacy-Preserving framework for Parallel Clustering Transcriptomics data 2024-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108351 PMID:38520921	研究论文	本文提出了一种隐私保护的并行聚类转录组数据框架，用于处理单细胞RNA测序数据	该方法通过使用Intel SGX处理器确保敏感代码和数据的安全性，并采用对数变换、非负矩阵分解和并行k-means聚类等技术，在保证隐私的同时提高了聚类质量和计算效率	NA	解决单细胞转录组数据聚类中的隐私保护问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、非负矩阵分解、并行k-means聚类	并行计算框架	转录组数据	5000个基因和6000个细胞的单细胞RNA测序数据集
168	2024-12-20	Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease 2024-Feb-01, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN IF:8.5Q1 DOI:10.2215/CJN.0000000000000276 PMID:37533147	研究论文	本文报道了一例66岁糖尿病肾病患者肾活检的分子特征，揭示了肾小球新生血管化的基因表达特征	通过三维免疫荧光成像和空间转录组学技术，发现了标准病理学方法低估的肾小球新生血管化现象，并揭示了相关的基因表达特征	仅基于单一病例的研究，结果的普适性有待进一步验证	通过分子研究揭示糖尿病肾病患者的肾小球新生血管化特征，为精准医学提供新见解	一例66岁糖尿病肾病患者的肾活检样本	NA	糖尿病肾病	三维免疫荧光成像、空间转录组学	NA	组织样本	1例
169	2024-12-20	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530 PMID:39697344	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重染色技术，探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的机制	首次揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在人类中的作用机制，特别是树突状细胞和CD8 T细胞的相互作用	研究样本量较小，仅涉及三名患者，且为预手术临床试验，结果的广泛适用性有待进一步验证	揭示TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤免疫微环境	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	三名头颈部鳞状细胞癌患者
170	2024-12-20	Heterogeneous immune landscapes and macrophage dynamics in primary and lung metastatic adenoid cystic carcinoma of the head and neck 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1483887 PMID:39697346	研究论文	研究探讨了头颈部腺样囊性癌原发肿瘤和肺转移瘤的免疫微环境及巨噬细胞动态	首次通过RNA测序和单细胞测序分析了原发肿瘤和肺转移瘤的免疫景观，揭示了肺转移瘤中免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞的存在	研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨头颈部腺样囊性癌原发肿瘤和肺转移瘤的肿瘤免疫微环境，理解免疫治疗的挑战	头颈部腺样囊性癌的原发肿瘤和肺转移瘤	数字病理学	头颈部肿瘤	RNA测序、免疫组织化学、单细胞测序	NA	RNA序列数据、图像	25个原发肿瘤和34个肺转移瘤
171	2024-12-20	Identification of Macrophage-Related Biomarkers for Abdominal Aortic Aneurysm Through Combined Single-Cell Sequencing and Machine Learning 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S499593 PMID:39697792	研究论文	本研究通过结合单细胞测序和机器学习技术，揭示了巨噬细胞在腹主动脉瘤（AAA）进展中的作用机制，并识别了相关的生物标志物	首次通过单细胞测序和机器学习结合的方法，揭示了THBS1-CD47信号通路在巨噬细胞驱动AAA进展中的关键作用，并验证了THBS1作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于单细胞测序和机器学习分析，未来需要更多临床样本验证和进一步的功能实验	揭示巨噬细胞在腹主动脉瘤进展中的作用机制，并识别相关的生物标志物，以开发新的靶向治疗和改善患者预后	腹主动脉瘤患者样本中的巨噬细胞及相关基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序，机器学习	NA	基因表达数据	腹主动脉瘤患者样本
172	2024-12-20	Deciphering the evolving niche interactome of human hematopoietic stem cells from ontogeny to aging 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1479605 PMID:39698109	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，系统地描述了从胚胎发育到衰老过程中人类造血干细胞（HSC）微环境的相互作用网络	首次系统地揭示了HSC微环境在不同发育阶段和衰老过程中的动态变化，特别是细胞间相互作用和信号通路的变化	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能无法完全捕捉到所有细胞间的相互作用和微环境的复杂性	揭示从胚胎发育到衰老过程中HSC微环境的动态变化，为维持HSC功能和促进健康衰老提供新的干预策略	人类造血干细胞（HSC）及其微环境中的细胞间相互作用网络	数字病理学	血液疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及不同发育阶段和衰老时期的HSC微环境样本
173	2024-12-20	Narrative Review of Mesenchymal Stem Cell Therapy in Renal Diseases: Mechanisms, Clinical Applications, and Future Directions 2024, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/sci/8658246 PMID:39698513	综述	本文综述了间充质干细胞在肾脏疾病中的应用，讨论了其机制、临床应用及未来发展方向	本文探讨了间充质干细胞在肾脏疾病治疗中的潜力，并展望了结合单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑等前沿技术的未来研究方向，以实现更安全、更有效的个性化治疗	本文主要基于过去五年内的研究，可能未能涵盖所有相关研究，且未来研究方向仍需进一步验证	探讨间充质干细胞在肾脏疾病治疗中的应用及其未来发展方向	间充质干细胞在急性肾损伤和慢性肾病中的应用	NA	肾脏疾病	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑	NA	NA	NA
174	2024-12-20	Revealing induced pluripotent stem cells' potential as a better alternative to embryonic stem cells for Parkinson's disease treatment based on single-cell RNA-seq 2024, Brazilian journal of medical and biological research = Revista brasileira de pesquisas medicas e biologicas DOI:10.1590/1414-431X2024e13482 PMID:39699375	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据比较了诱导多能干细胞（iPSCs）和胚胎干细胞（ESCs）在帕金森病（PD）治疗中的细胞类型差异，探讨了iPSCs作为ESCs替代品的潜力	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了iPSCs在细胞类型多样性和基因表达上与ESCs的差异，并提出了iPSCs在PD治疗中的潜在优势	研究主要基于GEO数据库的数据，未进行体内实验验证iPSCs在PD治疗中的实际效果	探讨iPSCs作为ESCs替代品在帕金森病治疗中的可行性	诱导多能干细胞（iPSCs）和胚胎干细胞（ESCs）在帕金森病（PD）治疗中的细胞类型差异	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从GEO数据库收集的ESCs和iPSCs的单细胞RNA测序数据和微阵列数据
175	2024-12-19	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	研究分析了HIV患者皮下脂肪的单细胞RNA测序数据，揭示了与内脏脂肪体积相关的成纤维细胞和中间巨噬细胞的比例增加	首次揭示了HIV患者皮下脂肪中特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪体积的关系	需要进一步的纵向研究来确定方向性和机制	研究HIV患者皮下脂肪的细胞类型组成和转录程序与内脏脂肪体积的关系	HIV患者的皮下脂肪组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	92名HIV患者进行了皮下脂肪组织的bulk RNA测序，43名进行了单细胞RNA测序
176	2024-12-19	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-Dec-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和微胶质突触重塑在七氟醚诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	首次揭示了神经元SIRPα和微胶质突触重塑在七氟醚诱导的认知功能障碍中的作用，并发现了IRF8与SIRPα表达的相关性	研究仅在新生小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨七氟醚诱导的认知功能障碍的机制	新生小鼠的神经元SIRPα和微胶质突触重塑	NA	认知功能障碍	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	新生小鼠
177	2024-12-19	Initial regional cytoarchitectonic differences in dorsal and orbitobasal human developing frontal cortex revealed by spatial transcriptomics 2024-Dec-18, Brain structure & function IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00429-024-02865-6 PMID:39692769	研究论文	本文通过空间转录组学技术研究了人类发育中额叶皮质的背侧和眶额区域在转录水平上的细胞结构差异	发现了发育中的人类额叶皮质背侧和眶额区域在转录水平上的差异表达基因，证实了高级联合前额叶皮质的区域模式和特化在胎儿早期发育中已经出现	研究仅集中在15周孕龄的胎儿额叶皮质，未涵盖其他发育阶段	深入研究人类发育中额叶皮质的细胞结构特征在转录水平上的差异	人类发育中额叶皮质的背侧和眶额区域	NA	NA	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)	NA	基因表达数据	15周孕龄的胎儿额叶皮质样本
178	2024-12-19	Aging and head and neck cancer insights from single cell and spatial transcriptomic analyses 2024-Dec-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01672-z PMID:39692961	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析，深入探讨了衰老相关基因（ARGs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的表达及其预后意义	本研究首次结合单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了ARGs在HNSCC中的表达及其对预后的影响	本研究主要基于数据库数据和现有工具进行分析，缺乏实验验证	提供新的理论支持并为个性化治疗提供方向	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的衰老相关基因（ARGs）	数字病理学	头颈部癌症	单细胞测序、空间转录组学分析	Cox回归模型	基因表达数据	使用GSE139324系列数据和TCGA数据库中的样本
179	2024-12-19	An improved bacterial single-cell RNA-seq reveals biofilm heterogeneity 2024-Dec-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97543 PMID:39689163	研究论文	本研究提出了一种改进的细菌单细胞RNA测序方法RiboD-PETRI，用于探索生物膜异质性	引入了一种新的方法RiboD，通过去除核糖体RNA衍生的cDNA，显著提高了mRNA检测率，解决了细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题	NA	解决细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题，并探索生物膜的异质性	细菌单细胞RNA测序和生物膜异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
180	2024-12-19	A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-17, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01432-0 PMID:39690246	研究论文	本文研究了肝细胞癌中GMPS通过调节PD-L1的糖基化修饰促进肿瘤免疫逃逸的机制	首次揭示了GMPS通过调节PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸的机制，并提出了靶向GMPS作为肝细胞癌治疗新策略的可能性	实验主要集中在体外和细胞水平，缺乏临床试验验证	探索肝细胞癌快速生长和转移的调控机制，并寻找潜在的治疗靶点	肝细胞癌组织、GMPS、PD-L1、CD8 T细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-Seq	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	晚期肝细胞癌组织