单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-08-04	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	研究论文	本文介绍了一种名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据在轨迹推断中的适用性，并量化分析决策对轨迹特性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动评估减少轨迹推断分析中的不确定性和决策负担	未提及具体的数据集限制或框架的适用范围	解决单细胞RNA测序轨迹推断中方法选择和参数不确定性的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
162	2025-08-04	Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs) 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae230 PMID:38739758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞，揭示早期大脑发育的功能相关生物标志物及其调控网络	利用scRNA-seq技术识别早期神经元发育中的差异表达基因，并通过富集分析和构建基因调控网络揭示其功能角色和相互作用	研究仅基于体外培养的hESCs分化数据，可能无法完全反映体内发育的复杂性	阐明早期人类大脑发育的分子机制和转录动态	人类胚胎干细胞（hESCs）及其分化过程中的神经元	生物信息学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	hESCs体外分化至神经元第26天（D26）和第54天（D54）的scRNA-seq数据
163	2025-08-04	Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae233 PMID:38770716	研究论文	本文介绍了一种名为EMOGEA的框架，用于分析RNA-seq数据，该框架结合了测量不确定性，并特别适用于监测动态现象的数据	EMOGEA框架通过结合测量不确定性和特殊的时间序列数据建模方法，提供了对RNA-seq数据的更优分析，特别适用于低表达量转录本的研究	NA	改进RNA-seq数据的分析方法，特别是在时间序列和低表达量基因的研究中	时间序列RNA-seq数据，包括批量样本和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	EMOGEA	RNA-seq数据	斑马鱼胚胎发育的RNA-seq研究和小鼠植入前胚胎的scRNA-seq研究
164	2025-08-04	Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae202 PMID:38706319	研究论文	本文提出了一种名为IGAN的新方法，用于推断细胞间通讯（CCC）及其上下游通路	首次能够估计两个特定空间相邻单细胞之间的基因关联/网络，并探索配体/受体的上下游通路	NA	理解细胞间通讯的调控机制	细胞间通讯及其基因关联网络	空间转录组学	NA	空间转录组学	IGAN	空间转录组数据	多个公共数据集
165	2025-08-04	Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae209 PMID:38706317	research paper	该研究提出了一种基于双层特征传播的单细胞RNA测序数据插补方法，以解决数据稀疏性和技术噪声问题	提出了scBFP方法，通过两步图特征传播同时利用基因-基因和细胞-细胞关系进行数据插补和去噪	依赖于初始噪声数据构建的图结构，可能存在噪声传播风险	解决单细胞RNA测序数据中的技术噪声、丢失事件和稀疏性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图特征传播	基因表达数据	NA
166	2025-08-04	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	本研究探讨了β细胞中Jagged1表达对肥胖小鼠胰岛Notch活性和胰岛素分泌缺陷的影响	揭示了Jagged1在肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中的增加及其对Notch信号的影响，并探索了Jagged1中和抗体的潜在治疗价值	遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的主要来源，这限制了Jagged1作为治疗靶点的潜力	研究肥胖小鼠和2型糖尿病患者中β细胞Jagged1表达对Notch信号和胰岛素分泌功能的影响	高脂饮食喂养的小鼠、瘦素受体缺陷小鼠(db/db)以及2型糖尿病患者的胰岛	糖尿病研究	2型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、葡萄糖耐量测试、葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)实验	诱导性β细胞特异性Jag1转基因小鼠(β-Jag1TG)和功能丧失小鼠(iβ-Jag1KO)	基因表达数据、生理功能测试数据	高脂饮食喂养小鼠、db/db小鼠和2型糖尿病患者的胰岛样本
167	2025-08-03	Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD 2024-Dec, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.02071-2023 PMID:39147413	research paper	该研究发现了COPD中肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群，并揭示了其再生潜能受损的现象	首次识别出肺气肿特异性ATII细胞亚群（asATII细胞），并证明其与健康对照相比形成肺泡类器官的能力显著降低	研究主要基于单细胞RNA测序和类器官实验，尚未开展体内功能验证研究	探究COPD中肺组织再生障碍的细胞机制	人类和小鼠的肺泡II型细胞（ATII）及气道club细胞	呼吸病学	COPD（慢性阻塞性肺疾病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、谱系标记、肺泡类器官培养	小鼠COPD模型	基因表达数据、组织定位数据	未明确说明样本数量（涉及人类和小鼠样本）
168	2025-08-03	Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202307-1310OC PMID:38568479	研究论文	本研究利用数字空间转录组学技术，识别了肺动脉高压中血管病变的独特分子特征	首次在IPAH血管病变中发现了与TGF-β信号、细胞外基质和内皮-间质转化相关的差异表达基因	样本量较小（IPAH肺11例，对照肺动脉5例）	探究特发性肺动脉高压(IPAH)血管病变的分子特征	IPAH患者的肺血管病变（丛状病变、闭塞性病变等）与对照肺动脉	数字病理	肺动脉高压	数字空间转录组学	NA	转录组数据	IPAH肺11例，对照肺动脉5例
169	2025-08-03	Pleiotropy, a feature or a bug? Toward co-ordinating plant growth, development, and environmental responses through engineering plant hormone signaling 2024-Aug, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103151 PMID:38823314	综述	探讨系统生物学和单细胞测序技术在识别候选基因以协调植物生长和发育中的作用	结合系统生物学和单细胞测序技术，探索候选基因和通路模块的序列-功能空间，以推进育种和基因工程策略	基因网络的复杂性和多效性增加了确定特定基因和通路功能的难度	通过工程植物激素信号协调植物生长、发育和环境响应	植物基因网络和通路	合成生物学	NA	CRISPR, 单细胞测序	NA	基因序列数据	NA
170	2025-08-03	Synovial 5-Lipoxygenase-Derived Oxylipins Define a Lympho-Myeloid-Enriched Synovium 2024-Aug, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42848 PMID:38508862	研究论文	本研究探讨了炎症关节中滑膜氧脂与血浆氧脂的相关性，及其与滑膜组织学模式的关系	首次揭示了滑膜5-脂氧合酶衍生的氧脂在淋巴-骨髓富集滑膜中的高表达特征	样本量较小（32例滑膜组织和26例配对血浆样本），且仅针对特定关节炎患者	确定炎症关节中滑膜氧脂是否与血浆氧脂及滑膜组织学模式相关	类风湿性关节炎和银屑病关节炎患者的滑膜组织和血浆样本	生物医学研究	类风湿性关节炎/银屑病关节炎	液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS），单细胞RNA测序	NA	生物分子数据（氧脂水平），基因表达数据	32例滑膜组织和26例配对血浆样本
171	2025-08-03	Molecular Changes Implicate Angiogenesis and Arterial Remodeling in Systemic Sclerosis-Associated and Idiopathic Pulmonary Hypertension 2024-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320005 PMID:38841857	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的血管细胞转录组变化，揭示血管生成和动脉重塑的分子机制	识别出两种在系统性硬化症相关肺动脉高压肺中显著扩增的血管生成内皮细胞亚型，并揭示了相关的信号通路和转录调控网络	样本量相对较小，特别是特发性肺动脉高压组仅有3例样本	阐明系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的细胞分子机制	系统性硬化症相关肺动脉高压患者、特发性肺动脉高压患者和健康对照的肺组织血管细胞	分子生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、组织图像数据	16例系统性硬化症相关肺动脉高压患者、3例特发性肺动脉高压患者和15例健康对照的肺组织样本
172	2025-08-03	Expression of L1 Cell Adhesion Molecule, a Nephronal Principal Cell Marker, in Nephrogenic Adenoma 2024-Aug, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100540 PMID:38901674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，提出L1细胞粘附分子（L1CAM）作为肾源性腺瘤（NA）的潜在生物标志物，并探索其在诊断中的应用	首次利用单细胞RNA测序技术提名L1CAM作为NA的生物标志物，并发现其在所有NA样本中均呈阳性表达，而在其他泌尿系统组织中为阴性	研究样本量较小（35例NA患者样本），且未涉及NA与其他类似病变的广泛比较	探索肾源性腺瘤的潜在细胞起源和特异性生物标志物，以辅助病理诊断	肾源性腺瘤（NA）患者样本及正常泌尿系统组织	数字病理	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）、RNA原位杂交	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	35例NA患者样本及对照组织
173	2025-08-03	Identification of novel compound heterozygous ZFP36L2 variants implicated in oocyte maturation defects and female infertility 2024-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-024-03154-1 PMID:38829516	research paper	本研究通过全外显子测序和功能验证，鉴定了与卵母细胞成熟缺陷和女性不育相关的新型ZFP36L2复合杂合变异	首次报道了与ZFP36L2变异相关的人类卵母细胞转录组改变，并扩展了ZFP36L2的突变谱	研究主要基于体外细胞实验和小鼠卵母细胞，人类卵母细胞数据有限	探索卵母细胞成熟缺陷的发病机制	ZFP36L2基因变异及其对卵母细胞成熟的影响	生殖医学	女性不育	全外显子测序、Sanger测序、实时RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	1名患者及其家系成员、HeLa细胞、小鼠和人类卵母细胞
174	2024-08-07	Lung Single-Cell Transcriptomics in Alpha-1 Antitrypsin Deficiency 2024-Aug, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0064LE PMID:39087828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
175	2025-08-03	Analyzing Single Cell RNA Sequencing with Topological Nonnegative Matrix Factorization 2024-Aug-01, Journal of computational and applied mathematics IF:2.1Q1 DOI:10.1016/j.cam.2024.115842 PMID:38464901	研究论文	该论文介绍了两种基于持久拉普拉斯正则化的非负矩阵分解方法，用于分析单细胞RNA测序数据	提出了拓扑非负矩阵分解（TNMF）和鲁棒拓扑非负矩阵分解（rTNMF）方法，解决了传统NMF方法缺乏多尺度分析的问题	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析方法	单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	scRNA-seq	NMF, TNMF, rTNMF	RNA测序数据	12个数据集
176	2025-08-03	Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data 2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland) DOI:10.1007/s43657-024-00169-7 PMID:39583311	研究论文	通过整合多组学数据和分子生物学实验，探讨Calumenin（CALU）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的影响及其与肿瘤微环境异质性的关系	首次揭示了CALU在ccRCC中的表达与肿瘤进展、免疫微环境特征及化疗药物敏感性的关联	研究未涉及CALU在ccRCC中的具体作用机制	探究CALU在ccRCC中的生物学功能及其作为生物标志物的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者及细胞模型	肿瘤生物学	肾细胞癌	多组学数据分析、分子生物学实验、单细胞测序	NA	多组学数据（基因组、转录组等）	未明确提及具体样本数量
177	2025-08-03	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	research paper	该研究通过单细胞分析比较了人类外周动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了它们在重塑潜力上的差异	首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成及转录程序，发现了静脉中成纤维细胞的独特功能特性	样本量相对有限（30名器官捐赠者），且仅研究了上臂动脉和静脉	探究动脉和静脉在疾病发生和损伤反应中差异的生物学原因	人类外周动脉（肱动脉）和静脉（贵要静脉/头静脉）	单细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学图像	30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉样本
178	2025-08-03	NFĸB signaling drives myocardial injury via CCR2+ macrophages in a preclinical model of arrhythmogenic cardiomyopathy 2024-Apr-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172014 PMID:38564300	research paper	该研究探讨了NFκB信号在心律失常性心肌病（ACM）中心肌损伤的作用，特别是在Dsg2mut/mut小鼠模型中	揭示了NFκB信号通过CCR2+巨噬细胞介导心肌损伤和心律失常的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	阐明ACM中心肌损伤的免疫信号机制	Dsg2mut/mut小鼠模型中的心肌细胞和巨噬细胞	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	单细胞RNA-Seq, CITE-Seq	Dsg2mut/mut小鼠模型	基因表达数据	Dsg2mut/mut小鼠的心脏组织
179	2025-08-03	The intricate cellular ecosystem of human peripheral veins as revealed by single-cell transcriptomic analysis 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0296264 PMID:38206912	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示人类外周静脉复杂的细胞生态系统	首次在单细胞水平上解析了非病变人类上臂静脉的微解剖结构，揭示了静脉内皮细胞、平滑肌细胞、成纤维细胞和免疫细胞群的复杂生态系统	研究仅基于4个非病变静脉样本，样本量较小	探索静脉壁结构、重塑过程和炎症反应的细胞基础	人类上臂静脉（3条贵要静脉，1条头静脉）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类	转录组数据	4个非病变人类静脉样本，共20,006个细胞
180	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Interaction between CCL19+ Inflammatory Keratinocytes and CCR7+ Dendritic Cells and B Cells in Pemphigus 2024-Oct, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.03.016 PMID:38537931	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA