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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-11-14 |
Unraveling the Heterogeneity of Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma by SingleCell RNA Sequencing and its Implications for Prognosis and Therapeutic Response
2024-11-28, The Turkish journal of gastroenterology : the official journal of Turkish Society of Gastroenterology
DOI:10.5152/tjg.2024.24118
PMID:39641225
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综述 | 通过单细胞RNA测序技术解析肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性及其对预后和治疗反应的影响 | 首次从细胞、转录和标志物三个维度系统阐述肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性,并探讨其在免疫治疗时代的意义 | 对肿瘤免疫微环境异质性在肝细胞癌发展中的作用理解仍有限 | 探索肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性及其临床意义 | 肝细胞癌肿瘤免疫微环境 | 单细胞测序分析 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 162 | 2025-11-14 |
Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations
2024-11-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007
PMID:39395421
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研究论文 | 本研究揭示了髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的关键作用及其受组蛋白突变调控的机制 | 首次在免疫健全的原位小鼠模型中证实髓系细胞是pHGGs中主要的非肿瘤浸润细胞,并发现组蛋白突变和肿瘤位置共同塑造髓系细胞异质性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需扩展 | 探究髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及潜在治疗靶点 | 儿童高级别胶质瘤(pHGGs)包括半球pHGGs和弥漫中线胶质瘤(DMGs) | 单细胞生物学 | 儿童高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、组织切片图像 | 小鼠模型和人类pHGG样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 163 | 2025-11-14 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法,用于比较和对比空间转录组数据集 | 通过引入代表正常组织的背景数据集,增强目标数据集中有趣模式的识别,同时减少共享主导模式的影响 | 方法主要针对空间转录组数据,在其他数据类型上的适用性尚未验证 | 开发能够更好识别空间转录组数据中生物学相关特征的方法 | 小鼠癌前肺组织样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 164 | 2025-11-13 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对两种真菌病原体的细胞类型特异性反应 | 首次报道使用单细胞转录组分析研究人类气道上皮细胞对曲霉菌和球孢子菌感染的反应 | 动物模型不能完全模拟人类疾病,需要使用先进的人类细胞模型 | 研究人类气道上皮细胞对不同真菌病原体的早期发病机制 | 原代人类气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 165 | 2025-11-12 |
BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences
2024-12-18, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01906-9
PMID:39696694
|
研究论文 | 本研究探讨了利鲁唑通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗诱导的认知衰退和神经退行性后果 | 首次证明FDA批准的ALS药物利鲁唑可通过增加BDNF水平逆转放疗诱导的认知功能障碍,并利用空间转录组学揭示其神经保护机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人体验证;未评估神经发生的影响 | 评估利鲁唑对放疗诱导认知功能障碍的治疗效果 | 成年小鼠模型(颅脑照射9 Gy) | 神经科学 | 神经系统疾病 | 空间转录组学,双重免疫荧光染色,生化评估 | 动物模型 | 基因表达数据,免疫荧光图像,行为学数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 166 | 2025-11-11 |
CORTADO: Hill Climbing Optimization for Cell-Type Specific Marker Gene Discovery
2024-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.23.630040
PMID:39763976
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研究论文 | 本文介绍了一种基于爬山优化算法的计算框架CORTADO,用于高效发现细胞类型特异性标记基因 | CORTADO通过优化差异表达、基因表达谱独特性和稀疏性三个关键特性,克服了传统方法仅依赖p值排序的局限性 | NA | 开发高效发现细胞类型特异性标记基因的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群和标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 爬山优化算法 | 基因表达数据 | 多个数据集(包括DLPFC 151507、Zeisel小鼠脑数据集和外周血单核细胞数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 167 | 2025-11-09 |
Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages
2024-Nov-07, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.09.023
PMID:39413794
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建单细胞基因表达轨迹,揭示了巨噬细胞对刺激的动态响应特异性 | 首次生成高分辨率时间序列单细胞RNA测序数据,并构建实时单细胞基因表达轨迹集合,揭示动态信息对巨噬细胞刺激响应特异性的重要贡献 | 技术限制可能影响单细胞可诱导基因表达动态的捕获能力 | 研究巨噬细胞对免疫威胁的基因表达动态响应机制 | 小鼠巨噬细胞 | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因表达轨迹分析 | 单细胞基因表达数据 | 针对六种刺激的巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 168 | 2025-11-08 |
Preclinical lentiviral hematopoietic stem cell gene therapy corrects Pompe disease-related muscle and neurological manifestations
2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.024
PMID:39295144
|
研究论文 | 本研究通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法在临床前小鼠模型中逆转庞贝病的病理效应 | 首次系统性评估慢病毒造血干细胞基因疗法对庞贝病相关肌肉和神经系统表现的矫正效果,并包含整合位点分析和单细胞RNA测序的全面安全性评估 | 研究仅限于临床前小鼠模型,尚未进行人体临床试验 | 开发治疗庞贝病的下一代基因疗法 | 庞贝病小鼠模型 | 基因治疗 | 庞贝病 | 慢病毒载体基因治疗,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,整合位点分析数据 | 临床前小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 169 | 2025-11-08 |
Advancing bone biology: The mutual promotion of biology and pioneering technologies
2024-Sep-16, The innovation life
DOI:10.59717/j.xinn-life.2024.100078
PMID:41189598
|
综述 | 回顾骨生物学发展历程并探讨前沿技术对骨生物学研究的推动作用 | 系统梳理骨生物学历史里程碑,强调多组学方法和人工智能等新兴技术的整合潜力 | NA | 探讨骨生物学发展历程与前沿技术的相互促进作用 | 骨组织生物学研究 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学方法 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 170 | 2025-11-08 |
Multi-model analysis of gallbladder cancer reveals the role of OxLDL-absorbing neutrophils in promoting liver invasion
2024-May-31, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00521-7
PMID:38822440
|
研究论文 | 通过多模型分析揭示胆囊癌中吸收氧化低密度脂蛋白的中性粒细胞在促进肝脏侵袭中的作用 | 发现通过细胞间接触诱导的OLR1介导的oxLDL吸收中性粒细胞亚群在胆囊癌肝侵袭中的促瘤作用 | NA | 研究胆囊癌肝侵袭的肿瘤微环境特征及中性粒细胞的作用机制 | 胆囊癌患者样本 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,蛋白质组学,多重免疫组化 | 多模型分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据,组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 171 | 2025-11-07 |
Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.21.619529
PMID:39484491
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术,揭示了肺腺癌肿瘤生长和转移过程中的时空动态结构 | 首次将高分辨率空间转录组学与演化谱系追踪技术相结合,阐明肿瘤扩张、可塑性和转移与微环境重塑的协同演化关系 | 研究基于小鼠模型,结果向人类临床转化的适用性需要进一步验证 | 探究肿瘤进展过程中癌细胞与微环境相互作用的时空动态演化机制 | Kras驱动的肺腺癌小鼠模型 | 空间转录组学 | 肺腺癌 | 空间转录组学, 谱系追踪 | 小鼠模型 | 空间转录组数据, 谱系追踪数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞技术 | NA | NA |
| 172 | 2025-11-06 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.03.565463
PMID:37961672
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研究论文 | 本文提出一种改进的条件变分自编码器方法,用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集 | 引入并比较多种正则化约束策略,提出结合VampPrior和循环一致性损失的新模型sysVI | 方法主要针对cVAE框架,对其他整合方法的适用性需要进一步验证 | 开发能够有效处理显著批次效应同时保留生物学变异的单细胞数据整合方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器(cVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 173 | 2025-11-05 |
A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603542
PMID:39071399
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小肠中罕见分泌细胞CHEs的命运特化机制 | 发现Notch信号通路在分泌谱系中发生第二波激活以特化CHEs细胞群体 | CHEs细胞在大鼠和人类中存在但小鼠中缺失,限制了部分实验模型的适用性 | 探究小肠分泌细胞谱系多样化的分子机制 | 大鼠和人类小肠中的C FTR高表达细胞(CHEs) | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 174 | 2025-11-05 |
GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease
2024-Jul-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2
PMID:38196575
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析健康与疾病状态下的人类小唾液腺,揭示了干燥综合征中特定腺泡细胞被靶向的机制 | 首次发现新型浆黏液腺泡细胞类型,并鉴定出GZMK+CD8+ T细胞特异性靶向其中一类腺泡细胞的免疫机制 | 未明确说明样本数量和技术平台的详细配置信息 | 解析干燥综合征的发病机制和细胞靶向特性 | 人类小唾液腺组织 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 175 | 2025-11-03 |
Expression of novel androgen receptors in three GnRH neuron subtypes in the cichlid brain
2024-11, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.13429
PMID:38986626
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研究论文 | 本研究通过多种技术方法揭示了慈鲷鱼脑中三种GnRH神经元亚型表达新型雄激素受体的特异性模式 | 首次在慈鲷鱼中明确区分了ar1和ar2基因在三种GnRH神经元亚型中的差异表达,揭示了GnRH1神经元存在遗传学上不同的亚型 | 研究仅针对A. burtoni物种,结果在其他硬骨鱼中的普适性需要进一步验证 | 探究雄激素受体基因在GnRH神经元中的特异性表达模式 | 慈鲷鱼(A. burtoni)脑中的三种GnRH神经元亚型(GnRH1、GnRH2、GnRH3) | 神经科学 | NA | 免疫组织化学, 原位杂交链式反应(HCR), 空间转录组学 | NA | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 176 | 2025-11-03 |
In situ reprogramming of cardiac fibroblasts into cardiomyocytes in mouse heart with chemicals
2024-Nov, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-024-01308-6
PMID:38890526
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研究论文 | 本研究通过化学混合物在小鼠心脏中原位将心脏成纤维细胞重编程为心肌细胞 | 首次在全心脏水平使用化学混合物CRFVPTM实现原位成纤维细胞向心肌细胞转分化,并采用组织透明化技术进行三维观察 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索化学诱导原位心脏成纤维细胞向心肌细胞转分化的可行性 | 小鼠心脏成纤维细胞 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 组织透明化技术, 3D成像 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 两种品系的基因示踪小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | CUBIC组织透明化技术 |
| 177 | 2025-11-03 |
Establishment of a conditionally reprogrammed primary eccrine sweat gland culture for evaluation of tissue-specific CFTR function
2024-Nov, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society
IF:5.4Q1
DOI:10.1016/j.jcf.2024.06.013
PMID:38969603
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研究论文 | 建立条件性重编程的原代外泌汗腺培养体系,用于评估组织特异性CFTR功能 | 首次报道应用条件性重编程和单细胞RNA测序技术研究显微解剖的外泌汗腺 | 样本量有限,仅包含非CF供体和少数CF患者 | 表征外泌汗腺离子转运特性并评估CFTR调节剂疗效 | 外泌汗腺细胞和鼻上皮细胞 | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 短路电流测量, 条件性重编程培养 | 原代细胞培养模型 | 基因表达数据, 电生理数据 | 非CF皮肤供体和两名CF患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 178 | 2025-11-03 |
Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion
2024-Nov, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010
PMID:39089570
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学方法,揭示心肌梗死中巨噬细胞不会转化为成纤维细胞,但会表达促纤维化的基质细胞蛋白 | 首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术,明确证明心肌梗死中的巨噬细胞不会转分化为成纤维细胞,同时发现其表达多种促纤维化基质蛋白的新功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究心肌梗死中巨噬细胞是否会发生成纤维细胞转化及其在细胞外基质表达中的作用 | 心肌梗死小鼠模型中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 对照组和心肌梗死组小鼠的CSF1R+髓系细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 179 | 2025-11-03 |
Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders
2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021
PMID:39098508
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研究论文 | 通过空间转录组学揭示皮肤肉芽肿性疾病中免疫激活的空间组织模式 | 首次在皮肤肉芽肿性疾病中应用空间转录组学技术,揭示了不同类型疾病特有的空间组织化免疫激活模式 | 样本量有限,仅包含四种皮肤肉芽肿性疾病 | 理解皮肤肉芽肿性疾病的空间基因表达特征 | 皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质坏死病和坏死性黄色肉芽肿患者组织样本 | 空间转录组学 | 皮肤肉芽肿性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | CS、GA、NL、NXG病例组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 180 | 2025-11-03 |
Spatial Transcriptomic Approach to Understanding Coronary Atherosclerotic Plaque Stability
2024-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320330
PMID:39234691
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学方法分析冠状动脉粥样硬化斑块的稳定性 | 首次将GeoMx空间分析平台与全转录组图谱结合,在保留细胞间信号的同时实现斑块细胞形态和空间分辨的转录组分析 | 样本量较小(每组5例患者),仅使用尸检来源的冠状动脉 | 研究稳定和不稳定斑块中血管微环境的分子特征 | 尸检获取的冠状动脉粥样硬化斑块 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,空间反卷积分析 | NA | 空间转录组数据,组织形态学数据 | 10例患者(稳定斑块组5例,不稳定斑块组5例) | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间分析平台与全转录组图谱 |