单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-19	Cellular atlas of the human ovary using morphologically guided spatial transcriptomics and single-cell sequencing 2024-04-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7506 PMID:38578993	research paper	该研究通过形态学引导的空间转录组学和单细胞测序技术，构建了人类卵巢的细胞图谱	结合空间转录组学和单细胞测序技术，首次全面描绘了人类卵巢中不同细胞类型的基因表达特征和空间分布	样本量较小(仅5名供体)，且均为绝经前女性，可能无法完全代表卵巢细胞的全貌	解析卵巢中不同细胞类型的空间分布和功能特征	人类卵巢组织	空间转录组学	生殖系统疾病	空间转录组学，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	257个卵巢区域(来自2名供体)和21,198个单细胞(来自另外3名供体)
162	2025-06-19	col1a2+ fibroblasts/muscle progenitors finetune xanthophore countershading by differentially expressing csf1a/1b in embryonic zebrafish 2024-04-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9637 PMID:38578990	research paper	研究揭示了斑马鱼胚胎中调控黄色素细胞反阴影的机制，通过成纤维细胞和肌肉祖细胞差异表达csf1a/1b来调节黄色素细胞模式	首次发现成纤维细胞和肌肉祖细胞通过差异表达csf1a/1b调控黄色素细胞的反阴影模式	研究仅限于斑马鱼胚胎，未在其他生物或发育阶段验证	探索脊椎动物反阴影色素模式的调控机制	斑马鱼胚胎中的黄色素细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马鱼胚胎
163	2025-06-19	Spatial transcriptomics identifies candidate stromal drivers of benign prostatic hyperplasia 2024-01-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176479 PMID:37971878	研究论文	通过空间转录组学技术识别良性前列腺增生（BPH）中潜在的基质驱动因子	首次利用激光显微切割和转录组分析技术，识别出BPH基质中可能介导前列腺腺上皮诱导的分泌因子IGF1和CXCL13，并验证了它们在BPH成纤维细胞中的共表达	研究仅部分支持历史关于BPH病因的推测，且未全面验证所有潜在分子靶点的治疗潜力	探究良性前列腺增生（BPH）的基质驱动因子及其分子机制	良性前列腺增生（BPH）的基质组织及腺上皮	数字病理学	前列腺癌	激光显微切割、转录组分析、RNA原位杂交、3D培养	NA	转录组数据、组织样本	患者来源的BPH细胞类器官和BPH-1细胞球体
164	2025-06-19	Integrin β1-rich extracellular vesicles of kidney recruit Fn1+ macrophages to aggravate ischemia-reperfusion-induced inflammation 2024-01-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169885 PMID:38258908	研究论文	本文研究了肾脏缺血再灌注损伤（IRI）中细胞外囊泡（EV）携带的蛋白质如何介导近端小管细胞（PTs）与单核吞噬细胞（MP）之间的细胞间通讯	通过多组学分析结合单细胞RNA测序和肾脏EV蛋白质谱，揭示了整合素β1富集的EV在招募Fn1+巨噬细胞并加剧炎症反应中的作用	缺乏对EV分泌阻断剂GW4869作用机制的详细探讨	阐明肾脏IRI中PTs与MP之间的细胞间通讯机制	近端小管细胞（PTs）和单核吞噬细胞（MP）	细胞生物学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质谱分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	NA
165	2025-06-19	Multiomics characterization of breast angiosarcoma from an Asian cohort reveals enrichment for angiogenesis signaling pathway and tumor-infiltrating macrophages 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1515935 PMID:39872529	研究论文	该研究通过多组学方法分析了亚洲人群中的乳腺血管肉瘤（AS-B），揭示了其与头颈部血管肉瘤（AS-HN）在分子和免疫特征上的差异	首次在亚洲人群中系统描述了AS-B的临床和分子特征，并发现其与血管生成信号通路和肿瘤浸润巨噬细胞的富集相关	样本量较小（AS-B仅16例），可能影响统计效力	阐明亚洲人群中AS-B的疾病特征及其潜在治疗靶点	176例血管肉瘤患者（其中AS-B 16例）	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序（WGS）、NanoString基因表达谱分析、10x Genomics Visium空间转录组学	NA	基因组数据、基因表达数据、空间转录组数据	176例血管肉瘤患者（AS-B 16例，AS-HN 104例）
166	2025-06-18	Spatial diversity of in vivo tissue immunity 2024-12-26, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxae051 PMID:39177484	research paper	本文探讨了体内组织免疫的空间多样性及其对器官完整性的影响	利用活体成像和空间转录组学等先进技术揭示了免疫细胞在器官中的空间异质性及其功能	未提及具体的技术限制或研究样本的局限性	研究免疫细胞在组织中的空间分布及其与环境的相互作用，以控制免疫反应和管理炎症性疾病	免疫细胞及其在肝脏、肾脏、肠道和肺等器官中的分布	免疫学	炎症性疾病	活体成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	NA
167	2025-06-18	Endothelial response to blood-brain barrier disruption in the human brain 2024-Dec-26, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187328 PMID:39724015	研究论文	研究人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应	首次在人类脑内皮细胞中研究了低强度脉冲超声与微泡（LIPU/MB）诱导的血脑屏障破坏后的转录和超微结构变化	研究样本仅限于复发性胶质母细胞瘤患者，可能不适用于其他神经系统疾病	探讨人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应机制	复发性胶质母细胞瘤患者的脑内皮细胞	神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、低强度脉冲超声与微泡（LIPU/MB）	NA	基因表达数据、超微结构图像	复发性胶质母细胞瘤患者（具体数量未提及）
168	2025-06-18	Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction 2024-Dec-24, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2024.12.020 PMID:39725169	research paper	该研究揭示了干扰素ε（IFNϵ）在9p21缺失的免疫冷肿瘤中对免疫检查点疗法（ICT）抵抗的作用及其与CXCL9/10诱导的关联	首次确定IFNϵ是9p21缺失肿瘤中导致免疫逃逸和ICT抵抗的关键IFN-I信号，并揭示了其在CXCL9/10表达调控中的核心作用	研究结果在34种肿瘤类型中仅4种显示出显著的组织特异性模式，可能限制了泛肿瘤应用的普适性	探究9p染色体缺失导致免疫冷肿瘤和ICT抵抗的分子机制	人类肿瘤样本、细胞系及小鼠模型中的9p缺失、IFN-I信号和肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	头颈鳞癌、非鳞状非小细胞肺癌、黑色素瘤、尿路上皮癌、间皮瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异分析、介导分析	基因工程小鼠模型（ΔS vs ΔL）	基因组数据、转录组数据	36个ICT队列（13项研究报告）及多种肿瘤细胞系
169	2025-06-18	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628827 PMID:39763829	research paper	该论文介绍了一种名为Nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）进行单细胞RNA测序中的多重标记，以提高标记密度和效率	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行高效标记，解决了现有DNA标记方法在稳定性和标记范围上的限制，显著提高了标记密度和效率	NA	开发一种高效、稳定的单细胞RNA测序多重标记方法，以降低成本并减少批次效应	培养细胞系和组织消化液中的异质细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化液和肥胖啮齿动物脂肪组织中的异质细胞
170	2025-06-18	Detecting Rhythmic Gene Expression in Single-cell Transcriptomics 2024-12, Journal of biological rhythms IF:2.9Q2 DOI:10.1177/07487304241273182 PMID:39377613	research paper	该研究评估了常用节律检测方法在单细胞RNA测序数据中的可靠性和效率，并提出了结合谐波回归的子采样策略	首次在单细胞RNA测序数据中评估和比较节律检测方法，并提出新的子采样策略	未明确说明所测试数据集的规模和多样性	评估和优化单细胞转录组数据中的节律基因检测方法	单细胞RNA测序数据中的节律基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	谐波回归	单细胞转录组数据	NA
171	2025-06-18	Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621867 PMID:39574747	research paper	该论文提出了一种名为spoon的统计框架，用于解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，以更准确地识别空间可变基因（SVGs）	首次在空间转录组学数据中证明了均值-方差关系的存在，并提出使用Empirical Bayes技术消除这种偏差的新方法	方法仅在模拟和真实空间转录组学数据中进行了验证，未涉及其他类型的数据	提高空间可变基因（SVGs）识别的准确性	空间分辨转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	Empirical Bayes	空间转录组学数据	模拟和真实空间转录组学数据（具体数量未提及）
172	2025-06-18	Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa 2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.08.617279 PMID:39416216	研究论文	本文研究了上呼吸道黏膜中多细菌细胞内大分子对单细胞表观因子谱的影响	揭示了多细菌细胞内大分子（PIMs）在黏膜上皮细胞中的持久存在及其对细胞因子表达和药物反应的线性驱动作用	研究主要基于人类口腔黏膜数据，可能不适用于其他黏膜部位	探究宿主与微生物在黏膜上皮细胞类型中的相互作用	人类口腔黏膜上皮细胞和基质细胞	单细胞RNA测序	慢性炎症性疾病	单细胞RNA测序、杂交、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	人类口腔角质形成细胞（HOKs）
173	2025-06-18	Immune profiling-based targeting of pathogenic T cells with ustekinumab in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52525-w PMID:39300109	research paper	该研究通过空间和单细胞转录组分析，识别了ANCA相关性肾小球肾炎中的致病性T细胞，并探索了ustekinumab作为潜在治疗药物的效果	首次利用转录组分析识别ANCA-GN中的致病性T细胞，并验证ustekinumab作为靶向治疗的潜力	样本量较小（34例患者分析，4例治疗），需要更大规模的临床试验验证	探索ANCA相关性血管炎肾损伤的新型靶向治疗方法	ANCA相关性肾小球肾炎患者	digital pathology	ANCA相关性血管炎	空间转录组分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据	34例患者样本分析，4例患者治疗试验
174	2025-06-18	Detecting anomalous anatomic regions in spatial transcriptomics with STANDS 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52445-9 PMID:39300113	研究论文	介绍了一种名为STANDS的创新框架，用于从多样本空间转录组数据中检测和解剖异常组织区域	首次提出基于生成对抗网络的框架STANDS，整合了多样本异常组织区域检测、对齐和亚型分析三大核心任务，并采用多模态学习、迁移学习和风格迁移技术解决关键挑战	未提及具体样本量限制或计算资源需求	开发能够从多样本空间转录组数据中进行从头异常组织区域检测与分析的算法	空间转录组数据中的异常组织区域	数字病理	NA	空间转录组技术	GAN	空间转录组数据	NA
175	2025-06-18	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-09-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52490-4 PMID:39294132	研究论文	本文提出了一种结合高度多重扰动与单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	开发了一种新的实验框架，结合多重扰动和单细胞RNA测序，能够高效识别细胞类型特异的CRISPRa响应元件	增强子对CRISPRa的响应受限于细胞类型，可能依赖于染色质景观或其他反式作用因子	开发一种方法用于大规模筛选细胞类型特异的基因激活gRNA	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因编辑与单细胞测序	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, sc-RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	493个gRNAs靶向候选顺式调控元件
176	2025-06-18	PRDM3/16 regulate chromatin accessibility required for NKX2-1 mediated alveolar epithelial differentiation and function 2024-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52154-3 PMID:39284798	研究论文	研究PRDM3和PRDM16如何通过调控染色质可及性影响NKX2-1介导的肺泡上皮细胞分化和功能	揭示了PRDM3和PRDM16通过调节染色质可及性在NKX2-1依赖的肺泡上皮细胞分化中的关键作用	未明确PRDM3/16与其他共激活因子的具体相互作用机制	探究肺泡上皮细胞分化和功能的表观遗传调控机制	肺泡上皮细胞（AT2细胞和AT1细胞）	表观遗传学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq、CUT&RUN	NA	基因组数据、表观遗传数据	基因敲除小鼠模型
177	2025-06-18	Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2024-Jun-26, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4559348/v1 PMID:38978578	研究论文	本文提出了一种名为TORC的策略，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）监督细胞类型识别中构建参考数据	TORC是首个针对scRNA-seq监督细胞类型识别中参考数据选择和构建的方法，能够缓解参考数据和目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异	未明确提及具体局限性	提高scRNA-seq数据中细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	模拟和真实数据分析
178	2025-06-18	Single-Cell Analysis Uncovers Striking Cellular Heterogeneity of Lung-Infiltrating Regulatory T Cells during Eosinophilic versus Neutrophilic Allergic Airway Inflammation 2024-Jun-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300646 PMID:38647384	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性粒细胞和中性粒细胞性气道炎症模型中肺部浸润的调节性T细胞（Tregs）的异质性	揭示了不同类型的气道炎症会导致肺部浸润的Tregs表现出显著的异质性，并发现ST2表达与嗜酸性炎症和组织驻留Tregs相关	Treg特异性ST2缺失并未影响嗜酸性过敏性炎症的发展或肺部驻留Tregs的生成，其具体机制仍需进一步研究	探究不同类型过敏性气道炎症对肺部浸润Tregs异质性和组织驻留特性的影响	肺部浸润的Foxp3+调节性T细胞（Tregs）	免疫学	过敏性气道炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
179	2025-06-18	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.595971 PMID:38853821	研究论文	本研究探讨了先驱因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制内皮细胞（EC）谱系定向的机制	揭示了ETV2通过招募REST抑制非EC谱系基因的创新机制	研究主要基于体外诱导多能干细胞模型，可能不完全反映体内情况	阐明ETV2驱动内皮细胞谱系定向的分子机制	人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	发育生物学	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因组学数据	NA
180	2025-06-18	Identification of epigenetic silencing of the SFRP2 gene in colorectal cancer as a clinical biomarker and molecular significance 2024-05-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05329-x PMID:38802858	研究论文	本研究探讨了SFRP2基因在结直肠癌中的甲基化状态及其作为临床生物标志物的潜力	首次在大型生物样本队列中验证SFRP2甲基化水平与结直肠癌临床分期的关系，并发现其在血液中的预测价值	样本量相对有限，需要更大规模研究验证	探究SFRP2甲基化水平在结直肠癌诊断和治疗中的意义	结直肠癌患者和健康参与者的血液、脂肪和结肠组织样本	分子病理学	结直肠癌	qPCR、450K DNA阵列、DNA焦磷酸测序	NA	基因表达和甲基化数据	健康参与者110人(男48/女62)，结直肠癌患者85人(男61/女24)