单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1741	2024-11-17	Deciphering lineage-relevant gene regulatory networks during endoderm formation by InPheRNo-ChIP 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae592 PMID:39535258	研究论文	开发了一种名为InPheRNo-ChIP的计算框架，用于整合多模态数据以重建与内胚层发育相关的表型相关基因调控网络	InPheRNo-ChIP直接在基因调控网络推断过程中整合表型信息，能够区分谱系特异性和普遍的调控相互作用	NA	揭示早期人类胚胎发生过程中调控内胚层形成的基因调控网络	人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程	生物信息学	NA	RNA-seq, ChIP-seq	概率图模型	多模态数据	三个实验研究的数据
1742	2024-11-17	Identifying cell types by lasso-constraint regularized Gaussian graphical model based on weighted distance penalty 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae572 PMID:39541187	研究论文	本文提出了一种基于加权距离惩罚的Lasso约束正则化高斯图模型的新算法框架WLGG，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	引入加权距离惩罚项和高斯核函数，捕捉非线性信息；使用Lasso约束增强模型捕捉线性数据特征的能力；利用Eigengap策略预测细胞类型数量	未提及	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯图模型	基因表达数据	14个测试数据集
1743	2024-11-17	SpaGIC: graph-informed clustering in spatial transcriptomics via self-supervised contrastive learning 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae578 PMID:39541189	研究论文	本文介绍了一种名为SpaGIC的新型图神经网络框架，结合图卷积网络和自监督对比学习技术，用于空间转录组学中的聚类分析	SpaGIC通过最大化图结构中的边和局部邻域的互信息，以及最小化空间相邻点的嵌入距离，学习有意义的潜在嵌入	NA	开发一种新的深度学习框架，以更有效地利用空间转录组学中的基因和空间数据，准确识别空间域	空间转录组学数据中的空间域识别、数据去噪、可视化和轨迹推断	机器学习	NA	图卷积网络、自监督对比学习	图神经网络	基因表达数据	七个空间转录组学数据集
1744	2024-11-17	Deciphering gene expression patterns using large-scale transcriptomic data and its applications 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae590 PMID:39541191	研究论文	本研究分析了大规模转录组数据，探索了基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用	提出了基于偏度的度量方法来量化数据集间的分布变化，并改进了朴素贝叶斯方法以提高模拟性能	NA	揭示基因表达模式，识别信息基因，分类样本，并理解疾病	基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用	基因组学	癌症	RNA-seq	朴素贝叶斯	转录组数据	11,252个bulk RNA-seq样本和4,884个单细胞RNA-seq样本
1745	2024-11-17	B-cell-directed CAR T-cell therapy activates CD8+ cytotoxic CARneg bystander T cells in patients and nonhuman primates 2024-07-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022717 PMID:38558106	研究论文	研究了B细胞靶向CAR T细胞疗法在患者和非人灵长类动物中激活CD8+细胞毒性CARneg旁观者T细胞的现象	首次全面识别和分析了B细胞靶向CAR T细胞疗法后CARneg旁观者CD8+ T细胞的特征，并提出了一种新的机制，即CAR T细胞输注可能通过激活旁观者T细胞增强抗白血病反应	NA	探讨B细胞靶向CAR T细胞疗法激活周围CARneg旁观者T细胞的机制及其潜在的抗肿瘤作用	非人灵长类动物和患者的T细胞	免疫学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	非人灵长类动物和患者的T细胞样本
1746	2024-11-17	Single-cell and spatial transcriptomics reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in osteosarcoma 2024-05-17, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03319-w PMID:38755647	研究论文	研究揭示了骨肉瘤淋巴结转移的分子机制及其对淋巴结微环境的改造	发现了新的ETS2/IBSP信号轴可能促进淋巴结转移，并阐明了骨肉瘤细胞如何影响淋巴结微环境	NA	揭示骨肉瘤淋巴结转移的机制及其对微环境的改造	骨肉瘤的淋巴结转移及其微环境改造	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、生物信息学、体外实验、免疫组化	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	18个样本，包含117,964个细胞
1747	2024-11-17	Osimertinib in combination with anti-angiogenesis therapy presents a promising option for osimertinib-resistant non-small cell lung cancer 2024-04-24, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03389-w PMID:38658988	研究论文	本文探讨了奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者中的应用	提出了奥希替尼联合抗血管生成疗法作为奥希替尼耐药非小细胞肺癌的新治疗策略	研究为回顾性研究，且样本量有限	探讨奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药非小细胞肺癌患者中的疗效	奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	111例晚期非小细胞肺癌患者
1748	2024-11-17	CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens 2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585235 PMID:38558968	研究论文	本文介绍了一种名为CROPseq-multi的多重扰动和解码系统，用于在CRISPR筛选中实现多重扰动	开发了一种基于CROPseq的慢病毒系统，能够与mRNA嵌入的条形码兼容，并支持多种筛选方法	NA	旨在提高单目标筛选的性能，并支持基因相互作用的研究	CRISPR筛选中的多重扰动和解码	基因组学	NA	CRISPR筛选	NA	mRNA	NA
1749	2024-11-17	Spatially Exploring RNA Biology in Archival Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues 2024-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.06.579143 PMID:38370833	研究论文	本文介绍了一种名为Patho-DBiT的技术，结合多聚腺苷酸化和确定性条形码，用于空间全覆盖转录组测序，特别适用于临床存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中的RNA生物学研究	Patho-DBiT技术能够在FFPE组织中进行空间共分析基因表达和RNA加工，揭示区域特异性剪接异构体，并进行高灵敏度的转录组映射	NA	探索福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的RNA生物学	人类疾病相关组织的RNA生物学	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	RNA	临床存档的FFPE肿瘤组织样本，存储时间长达五年
1750	2024-11-17	The shared biomarkers and immune landscape in psoriatic arthritis and rheumatoid arthritis: Findings based on bioinformatics, machine learning and single-cell analysis 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0313344 PMID:39509434	研究论文	本研究通过生物信息学、机器学习和单细胞分析方法，识别了银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享生物标志物和免疫景观	本研究首次通过机器学习算法和单细胞分析，识别了RPL22L1和LY96作为银屑病关节炎和类风湿性关节炎的潜在诊断标志物，并揭示了它们与T细胞发育和VEGF信号的关联	本研究主要基于现有数据集进行分析，未来需要更多的实验验证和临床样本验证	识别银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享标志基因和机制相似性	银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享生物标志物和免疫细胞功能	机器学习	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	LASSO和支持向量机递归特征消除	基因表达数据	NA
1751	2024-11-17	Combining single-cell RNA sequencing and network pharmacology to explore the target of cangfu daotan decoction in the treatment of obese polycystic ovary syndrome from an immune perspective 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1451300 PMID:39539629	研究论文	本文结合单细胞RNA测序和网络药理学，从免疫角度探讨苍附导痰汤治疗肥胖型多囊卵巢综合征的作用机制	首次结合单细胞RNA测序和网络药理学，揭示苍附导痰汤在肥胖型多囊卵巢综合征中的免疫调节机制	研究样本量较小，且为单中心研究，结果的普适性有待进一步验证	探讨苍附导痰汤在肥胖型多囊卵巢综合征中的作用机制，特别是其免疫调节作用	肥胖型多囊卵巢综合征患者及其免疫微环境	数字病理学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	129例，包括肥胖型多囊卵巢综合征患者、正常体重多囊卵巢综合征患者和健康女性
1752	2024-11-17	Uncovering SPP1+ Macrophage, Neutrophils and Their Related Diagnostic Biomarkers in Intracranial Aneurysm and Subarachnoid Hemorrhage 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S493828 PMID:39539729	研究论文	本研究通过单细胞和转录组数据分析，揭示了颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血中SPP1+巨噬细胞和嗜中性粒细胞的作用及其相关诊断生物标志物	首次通过单细胞测序和孟德尔随机化分析揭示了SPP1+巨噬细胞在颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血中的有害作用，并识别出CD36作为风险因素和有效的血液生物标志物	NA	探讨颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血的分子机制和诊断生物标志物	颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血中的巨噬细胞、嗜中性粒细胞及其相关生物标志物	数字病理学	脑血管疾病	单细胞测序、转录组分析、孟德尔随机化分析	NA	单细胞数据、转录组数据	从GEO数据库获取的单细胞和转录组数据，以及建立的临床队列
1753	2024-11-17	Differences in cell subsets between sun-exposed and unexposed skin: preliminary single-cell sequencing and biological analysis from a single case 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1453940 PMID:39540047	研究论文	本研究通过单细胞测序和生物分析，比较了同一患者阳光暴露和未暴露皮肤中的细胞亚群差异	首次揭示了光老化皮肤中单个病例的细胞成分变化，并提供了关于细胞亚群和病理学的新见解	研究仅基于单一病例，结果的普遍性和代表性有待进一步验证	评估光老化皮肤中细胞亚群变化的生物学过程和机制	阳光暴露和未暴露的皮肤细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞数据	单一病例，包括阳光暴露的前臂皮肤和未暴露的臀部皮肤
1754	2024-11-17	Identify novel therapeutic targets for type II diabetes and periodontitis: insights from single-cell analysis and Mendelian randomization analysis 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1410537 PMID:39544234	研究论文	通过单细胞分析和孟德尔随机化分析，识别II型糖尿病和牙周炎的新治疗靶点	整合单细胞分析、孟德尔随机化分析和共定位分析，识别出II型糖尿病和牙周炎的新治疗靶点	NA	揭示II型糖尿病和牙周炎之间的关联，并识别新的治疗靶点	II型糖尿病和牙周炎	生物信息学	糖尿病	单细胞分析、孟德尔随机化分析、共定位分析	NA	基因数据	NA
1755	2024-11-17	Possible involvement of Toll-like receptor 8-positive monocytes/macrophages in the pathogenesis of Sjögren's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1480675 PMID:39544932	研究论文	研究探讨了Toll样受体8阳性单核细胞/巨噬细胞在干燥综合征发病机制中的可能作用	首次通过单细胞RNA测序和多色免疫荧光染色技术，揭示了Toll样受体8阳性单核细胞/巨噬细胞在干燥综合征中的表达和功能	研究样本量较小，且仅限于干燥综合征患者，结果的普适性有待进一步验证	探讨Toll样受体在干燥综合征发病机制中的作用	干燥综合征患者的唾液腺组织	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序、实时PCR、多色免疫荧光染色	NA	基因表达数据	32例实时PCR样本，19例多色免疫荧光染色样本
1756	2024-11-15	Integration of transcriptomics and spatial biology analyses reveals Galactomyces ferment filtrate promotes epidermal interconnectivity via induction of keratinocyte differentiation, proliferation and cellular bioenergetics 2024-Dec, International journal of cosmetic science IF:2.7Q2 DOI:10.1111/ics.12991 PMID:38924095	研究论文	研究评估了Galactomyces Ferment Filtrate（GFF）对表皮分化和氧化应激反应的影响	首次通过转录组学和空间生物学分析揭示了GFF促进表皮细胞间连通性，并通过诱导角质形成细胞分化、增殖和细胞生物能量来实现	NA	评估GFF对表皮分化和氧化应激反应的影响	角质形成细胞和体外皮肤组织	NA	NA	转录组学	NA	转录组数据	多个供体的角质形成细胞和体外皮肤组织
1757	2024-11-15	Single-cell integrated transcriptomics reveals the role of keratinocytes in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Dec, Journal of applied genetics IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s13353-024-00842-7 PMID:38421592	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，全面分析了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的细胞水平特征，揭示了角质形成细胞在HNSCC发展中的潜在作用	通过hdWGCNA共表达网络分析，识别了与HNSCC进展相关的基因模块，并构建了一个基于特定基因的预测模型，展示了其在多个数据集中的稳健预测性能	需要进一步研究来验证和扩展这些发现，以最终改善HNSCC患者的治疗效果	理解HNSCC的分子机制，识别预后标志物和治疗靶点，以提高患者治疗效果	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其相关细胞类型	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多个数据集
1758	2024-11-15	Prediction of clinical prognosis and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma through the combination of multiple cell death pathways 2024-Dec, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12235 PMID:39192561	研究论文	研究通过结合多种细胞死亡途径预测肝细胞癌的临床预后和药物敏感性	开发了一种基于细胞死亡指数（CDI）的预测模型，结合了多种细胞死亡途径和临床信息，用于预测肝细胞癌的预后和药物敏感性	研究依赖于现有数据集，可能存在数据偏差；模型在不同数据集上的验证结果可能存在差异	开发一种预测肝细胞癌临床预后和药物敏感性的模型	肝细胞癌患者的临床预后和药物敏感性	机器学习	肝癌	机器学习算法	NA	转录组数据、单细胞转录组数据、基因组数据和临床信息	使用了来自TCGA-LIHC、GSE14520、GSE45436和GSE166635数据集的数据
1759	2024-11-15	Elucidating ferroptosis mechanisms in heart failure through transcriptomics, single-cell sequencing, and experimental validation 2024-Dec, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111416 PMID:39293745	研究论文	本研究通过转录组学、单细胞测序和实验验证，阐明了铁死亡在心力衰竭中的机制	首次通过转录组学和单细胞测序技术，识别并验证了与心力衰竭相关的铁死亡基因，揭示了这些基因在不同细胞类型中的差异表达模式	研究主要基于公共数据集和实验模型，需要进一步的临床验证	阐明铁死亡在心力衰竭中的机制，并识别潜在的治疗靶点	心力衰竭相关的铁死亡基因及其在不同细胞类型中的表达模式	基因组学	心血管疾病	转录组学、单细胞测序、LASSO回归、SVM-RFE机器学习	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	心力衰竭细胞和小鼠模型
1760	2024-11-15	Disruption of immune responses by type 1 diabetes exacerbates SARS-CoV-2 mediated lung injury 2024-Dec-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00250.2024 PMID:39320093	研究论文	研究了1型糖尿病对SARS-CoV-2感染引起的肺损伤的影响	引入了一种新的组织消化技术，用于高度固定组织的流式细胞分析	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨1型糖尿病如何加剧COVID-19肺炎的严重性	1型糖尿病小鼠模型中的SARS-CoV-2感染	NA	糖尿病	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型小鼠感染了适应性SARS-CoV-2