单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 1741 - 1760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1741 | 2025-10-07 |
Integrating scRNA-seq and scATAC-seq with inter-type attention heterogeneous graph neural networks
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae711
PMID:39800872
|
研究论文 | 提出一种名为scMI的异构图嵌入方法，通过跨模态注意力机制整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 设计了跨类型注意力机制来有效捕获基因与染色质可及性区域之间的长程跨模态相互作用，不依赖motif数据库 | 未明确说明方法在特定细胞类型或疾病背景下的适用性限制 | 开发单细胞多组学数据整合方法，改善跨模态关系学习 | 单细胞RNA测序和ATAC测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 异构图神经网络, 注意力机制 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1742 | 2025-10-07 |
Deep learning in integrating spatial transcriptomics with other modalities
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae719
PMID:39800876
|
综述 | 系统回顾深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的应用 | 首次系统综述深度学习整合空间转录组学与多模态数据的方法，提出分类框架并总结整合策略 | 作为综述文章，不包含原始实验验证 | 促进开发更全面利用多模态信息的稳健计算方法 | 空间转录组学数据整合方法 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序，组织学成像，染色质成像 | 深度学习 | 空间转录组数据，组织学图像，染色质图像，scRNA-seq数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq，空间多组学 | NA | NA |
| 1743 | 2025-10-07 |
CellMsg: graph convolutional networks for ligand-receptor-mediated cell-cell communication analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae716
PMID:39800874
|
研究论文 | 提出了一种基于图卷积网络的细胞间通讯分析计算框架CellMsg | 结合配体-受体多模态特征和图卷积网络识别高可信度配体-受体相互作用，采用三点估计方法量化细胞间通讯强度 | NA | 开发计算工具解析细胞间通讯 | 细胞间通讯和配体-受体相互作用 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 图卷积网络(GCN) | 单细胞RNA测序数据 | 四个基准LRI数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1744 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages
2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.29.620810
PMID:39554015
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤，揭示了惰性和恶性谱系的分化 | 首次使用数字空间RNA分析技术识别IPMN中与癌症风险相关的三种不同转录组状态 | 样本量较小(仅10个IPMN标本)，需要更大规模研究验证 | 开发改善IPMN风险分类准确性的分子诊断方法 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 数字空间RNA分析(DSP-RNA),全转录组测序 | NA | 空间转录组数据,基因表达数据 | 10个IPMN标本，涵盖从正常导管到癌症的各级异型增生 | Illumina | 空间转录组学,全转录组测序 | Illumina测序平台 | 数字空间RNA分析(DSP-RNA)技术 |
| 1745 | 2025-10-07 |
Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity
2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.08.588525
PMID:38645263
|
研究论文 | 本研究开发了一种稳健的单核RNA测序技术，并应用于揭示肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞群动态变化 | 开发了适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量；首次系统表征了肥胖过程中脂肪组织不同区域的细胞动态变化；通过整合bulk核RNA测序识别了按大小和功能分类的脂肪细胞亚群 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 研究肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞群动态变化机制 | 脂肪组织中的各种细胞类型，特别是不同大小的脂肪细胞亚群 | 单细胞测序 | 肥胖 | 单核RNA测序(snRNA-seq), bulk核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1746 | 2025-10-07 |
Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung
2024-Feb-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3576483/v2
PMID:38077002
|
研究论文 | 本研究揭示了成人肺脏中存在功能性造血祖细胞及其在血管丰富的肺泡间质生态位中的分布 | 首次在人类肺脏中发现具有增殖和移植潜能的造血前体细胞，其频率与骨髓相当，并揭示了肺源性祖细胞特有的免疫和造血通路激活特征 | NA | 探索肺脏作为髓外造血器官的功能潜力 | 成人肺组织中的CD34+造血祖细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1747 | 2025-10-07 |
Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma
2024-12-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.115045
PMID:39661516
|
研究论文 | 本研究揭示了哮喘中细胞因子通过JAK/STAT6通路重编程气道伤害感受神经元获得促炎表型的机制 | 首次发现IL-13通过JAK/STAT6通路触发伤害感受神经元中Npy1r过表达，并揭示NPY/NPY1R信号轴在限制神经元兴奋性中的代偿作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究过敏反应中伤害感受神经元获得促炎特性的分子机制 | 小鼠气道伤害感受神经元 | 神经免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序，逆行追踪，谱系报告，细胞因子筛选 | NA | 基因表达数据，细胞成像 | 卵清蛋白诱导的过敏性气道炎症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1748 | 2025-10-07 |
Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma
2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.26.525731
PMID:39345572
|
研究论文 | 本研究揭示了哮喘中细胞因子如何重编程气道感觉神经元及其在过敏反应中的作用机制 | 发现了一类特异性支配气道的炎症性迷走伤害感受神经元，并阐明了IL-13通过JAK/STAT6通路驱动神经元重编程的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究过敏性气道炎症中伤害感受神经元获得促炎特性的分子机制 | 小鼠气道伤害感受神经元和肺免疫细胞 | 神经免疫学 | 哮喘 | 逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序、细胞特异性基因敲除 | NA | 基因表达数据、细胞测序数据 | 卵清蛋白诱导的气道炎症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1749 | 2025-10-07 |
Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche
2024-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00594-3
PMID:38553564
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学系统分析部分重编程对老年小鼠脑室下区神经发生生态位的影响 | 首次揭示部分重编程可特异性恢复老年神经发生生态位中的神经母细胞比例，并证明其改善作用具有生态位内在性 | 研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性仍需验证 | 探索部分重编程对老年大脑神经发生生态位的影响机制 | 老年小鼠的脑室下区神经发生生态位和神经干细胞培养物 | 神经科学 | 老年性脑功能衰退 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 老年小鼠神经发生生态位和神经干细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1750 | 2025-10-07 |
Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts
2024-01-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44427-0
PMID:38172108
|
研究论文 | 本研究通过血管生成芯片结合单细胞RNA测序技术，揭示了自噬在血管新生芽孢中不同空间位置的差异性激活模式 | 首次将血管生成芯片与单细胞RNA测序相结合，揭示了自噬在血管新生芽孢中不同细胞群体的空间差异性激活 | 研究依赖于体外芯片模型，可能无法完全模拟体内复杂的血管生成微环境 | 探究自噬在血管新生过程中不同空间位置的功能异质性 | 血管内皮细胞 | 单细胞生物学 | 血管生成相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 血管生成芯片模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1751 | 2025-10-07 |
Lipoxin A 4 /FPR2 signaling mitigates ferroptosis of alveolar epithelial cells via NRF2-dependent pathway during lung ischemia-reperfusion injury
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590127
PMID:38712069
|
研究论文 | 本研究探讨了肺泡上皮细胞中铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用及Lipoxin A4/FPR2信号通路的保护机制 | 首次揭示了Lipoxin A4通过FPR2受体激活NRF2通路抑制肺泡上皮细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化价值需进一步验证 | 探究铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的细胞特异性作用及Lipoxin A4的保护机制 | 肺移植患者样本、C57BL/6小鼠、Fpr2-/-和Nrf2-/-基因敲除小鼠、肺泡II型上皮细胞 | 分子生物学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序、基因敲除模型、原位肺移植模型、体外细胞研究 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、生理指标、生化指标 | 未明确样本数量，包含患者组织样本和多个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1752 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates
2024-Apr, European journal of protistology
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062
PMID:38368736
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示捕食性裂口纲纤毛虫的基因组进化机制 | 首次对六种捕食性裂口纲纤毛虫进行单细胞转录组测序，发现与跨膜活性和氧化应激反应相关的基因家族扩张及三次全基因组复制事件 | 样本数量有限（仅六种捕食性物种），基因组进化机制仍需功能验证 | 探究纤毛虫捕食能力的遗传进化基础 | 六种捕食性裂口纲纤毛虫 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 6种捕食性裂口纲纤毛虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1753 | 2024-08-07 |
Author Correction: Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON
2024-Feb-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45929-1
PMID:38351163
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1754 | 2025-10-07 |
SuperSpot: coarse graining spatial transcriptomics data into metaspots
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae734
PMID:39657949
|
研究论文 | 提出一种名为SuperSpot的工作流程，将空间转录组学数据中的相邻且转录组相似的spots聚合成metaspots | 基于metacell概念，首次提出将空间邻近性和转录组相似性结合的空间spots聚合方法 | NA | 减少空间转录组数据的规模和稀疏性，促进大型数据集分析 | 空间转录组学数据中的spots（细胞或区域） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络，层次聚类 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | VisiumHD | NA |
| 1755 | 2025-10-07 |
Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae727
PMID:39705183
|
研究论文 | 提出了一种名为Scope+的开源通用架构，用于单细胞RNA测序图谱在样本和细胞级别的快速访问和元分析 | 开发了首个支持细胞级别元分析的开源单细胞图谱架构，采用细胞为单元的数据建模、创新的数据库优化技术和软件架构设计 | 目前主要应用于COVID-19血液和免疫细胞数据，在其他疾病和组织类型中的通用性需要进一步验证 | 解决大规模单细胞RNA测序图谱数据难以快速访问和进行元分析的问题 | 单细胞RNA测序图谱数据，特别是COVID-19相关的血液和免疫细胞 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 500万个COVID-19血液和免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1756 | 2025-10-07 |
Metalloproteinase inhibitors regulate biliary progenitor cells through sDLK1 in organoid models of liver injury
2024-Dec-19, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164997
PMID:39699962
|
研究论文 | 本研究通过器官样模型揭示金属蛋白酶抑制剂通过sDLK1调控胆道祖细胞在肝损伤中的作用机制 | 首次发现TIMP/ADAM/NOTCH/DLK1轴在肝祖细胞维持和胆管细胞分化中的调控作用 | 研究主要基于动物模型和器官样模型，尚未在人体内验证 | 探索肝损伤中胆道祖细胞的命运调控机制 | 肝祖细胞、胆管细胞、门静脉间充质细胞 | 细胞生物学 | 肝病 | 单细胞RNA测序、RNAscope、器官样培养 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 小鼠模型和患者来源的肝器官样 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1757 | 2025-10-07 |
Highly neurogenic glia from human and mouse myenteric ganglia generate functional neurons following culture and transplantation into the gut
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114919
PMID:39471175
|
研究论文 | 本研究开发了从人和小鼠肠肌层神经节中分离高神经源性肠神经干细胞的方法，并验证了其移植后生成功能性神经元的能力 | 首次发现肠肌层神经节内的胶质细胞亚群是具有高神经源性潜能的肠神经干细胞库，并建立了选择性分离这些细胞的新方法 | 研究主要基于动物模型和异种移植实验，人类临床应用仍需进一步验证 | 开发更有效的肠神经干细胞分离方法，用于神经肠道疾病的再生治疗 | 人和小鼠肠肌层神经节中的肠胶质细胞 | 干细胞与再生医学 | 神经肠道疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 多组学分析, 光遗传学刺激 | NA | 基因表达数据, 生理功能数据 | 人和小鼠肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1758 | 2025-10-07 |
Resident Synovial Macrophages in Synovial Fluid: Implications for Immunoregulation in Infectious and Inflammatory Arthritis
2024-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.29.560183
PMID:37873090
|
研究论文 | 本研究通过鉴定滑膜液中定居滑膜巨噬细胞的特征，揭示其在感染性和炎症性关节炎中的免疫调节作用 | 首次在滑膜液中鉴定出CD14dim/OPG+/ZO-1+的定居滑膜巨噬细胞群体，并证明其迁移能力和M2极化特征 | 样本量有限，主要针对未分化关节炎患者，需要更大规模研究验证 | 探究定居滑膜巨噬细胞在关节炎发病机制中的免疫调节功能 | 人类关节炎患者的滑膜液和外周血样本 | 免疫学 | 关节炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, ELISA, 迁移实验 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多名未分化关节炎患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1759 | 2025-10-07 |
Interleukin-1β modulates lymphoid differentiation of Flt3-positive multipotent progenitors after transplantation
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114890
PMID:39425929
|
研究论文 | 本研究揭示了IL-1β在移植后通过调节Flt3阳性多能祖细胞命运促进B淋巴细胞生成的新机制 | 首次发现IL-1β能够诱导Flt3 MPPs从髓系偏向向淋巴系偏向的细胞命运转换，并促进B淋巴细胞生成 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类系统中验证 | 探究应激环境中调控造血干细胞和祖细胞行为的因子及其机制 | 表达Flt3的小鼠多能祖细胞(MPPs) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪,克隆分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1760 | 2025-10-07 |
IL-2-inducible T cell kinase deficiency sustains chimeric antigen receptor T cell therapy against tumor cells
2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178558
PMID:39589809
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9技术敲除CAR-T细胞中的ITK基因，显著改善了CAR-T细胞的抗肿瘤效果和持久性 | 首次揭示ITK缺失可通过降低CAR-T细胞耗竭、增强记忆特征来提升抗肿瘤疗效 | 研究主要聚焦CD19-CAR-T细胞，尚未验证其他CAR靶点的普适性 | 探索改善CAR-T细胞治疗持久性和抗肿瘤效果的新策略 | CD19-CAR-T细胞 | 免疫治疗 | 白血病 | CRISPR-Cas9基因编辑，RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | NA |