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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1741 | 2025-10-07 |
Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma
2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society
IF:2.1Q2
DOI:10.1002/jor.25757
PMID:38047487
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研究论文 | 本研究构建并验证了一个新型NAD+代谢相关风险模型,用于骨肉瘤的预后预测 | 首次将NAD+代谢相关基因与肿瘤免疫微环境联系起来,构建了骨肉瘤预后风险模型,并通过体外实验验证了CBS和INPP1基因通过TGF-β1/Smad2/3通路促进骨肉瘤细胞迁移、增殖和侵袭的机制 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步临床样本验证 | 探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联 | 骨肉瘤患者数据和骨肉瘤细胞系 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 细胞迁移侵袭实验 | Cox风险比例模型, Lasso回归模型, 诺莫图 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TARGET和GEO数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1742 | 2025-10-07 |
The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1498031
PMID:39640482
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据构建了基于表观遗传特征的胰腺导管腺癌预后预测模型 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示PDAC表观遗传调控全景,并构建了优于现有模型的机器学习预后预测模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要前瞻性临床研究验证 | 探索表观遗传调控在胰腺导管腺癌进展和药物反应中的作用并建立预后预测模型 | 胰腺导管腺癌患者 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | Lasso, 随机生存森林 | 基因表达数据, 临床数据 | 多个公共数据库的样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1743 | 2025-10-07 |
HIV-SEQ REVEALS GLOBAL HOST GENE EXPRESSION DIFFERENCES BETWEEN HIV-TRANSCRIBING CELLS FROM VIREMIC AND SUPPRESSED PEOPLE WITH HIV
2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.17.629023
PMID:39763963
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研究论文 | 开发了HIV-seq方法用于更有效地捕获HIV转录本,并比较HIV病毒血症期和抑制期患者中HIV转录细胞的基因表达差异 | 开发了HIV-seq技术,通过添加针对HIV基因组保守区域的定制捕获序列,将HIV RNA+细胞的检测效率提高了44% | HIV转录细胞频率低且HIV转录本水平低,非多聚腺苷酸化转录本难以捕获 | 研究HIV转录细胞在病毒血症期和抗逆转录病毒治疗抑制期的基因表达差异 | HIV感染者的血液样本细胞 | 单细胞测序分析 | HIV感染 | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | 单细胞RNA测序数据,表面表型数据 | 配对的HIV感染者血液样本(治疗前vs治疗后) | NA | 单细胞RNA-seq,表面表型分析 | NA | HIV-seq与CITE-seq联合使用 |
| 1744 | 2025-10-07 |
Pseudo-Label Guided Structural Discriminative Subspace Learning for Unsupervised Feature Selection
2024-Dec, IEEE transactions on neural networks and learning systems
IF:10.2Q1
DOI:10.1109/TNNLS.2023.3319372
PMID:37796670
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研究论文 | 提出一种名为伪标签引导结构判别子空间学习的无监督特征选择方法 | 将概率图构建引入特征选择学习过程作为统一框架,并提出伪标签引导学习机制结合基于图的方法和类间散布矩阵最大化思想 | 需要解决NP难问题,存在参数确定和计算复杂度挑战 | 开发更有效的无监督特征选择方法 | 九个真实世界数据集和三个单细胞RNA测序基因数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 子空间学习模型 | 基因表达数据 | 12个数据集(9个通用数据集+3个scRNA-seq数据集) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1745 | 2025-10-07 |
Genetic variation and molecular profiling of congenital malformations of the female genital tract based on whole-genome sequencing
2024-11, World journal of pediatrics : WJP
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s12519-024-00839-6
PMID:39251565
|
研究论文 | 通过全基因组测序分析女性生殖道先天性畸形的遗传变异和分子特征 | 发现了7个新发拷贝数变异、12个罕见单核苷酸变异和10个罕见3'UTR突变,首次确定ASH1L为致病基因 | 样本量相对有限,主要基于中国人群数据 | 探索女性生殖道先天性畸形的遗传病因和分子机制 | 590名中国个体(95名患者、442名病例对照和53名家族对照) | 基因组学 | 女性生殖道先天性畸形 | 全基因组测序, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 单细胞表达数据 | 590名个体 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1746 | 2025-10-07 |
Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior
2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2316256121
PMID:39226366
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研究论文 | 提出一种基于深度学习和混合先验的统计方法VITAE,用于单细胞基因组数据的轨迹推断 | 将潜在层次混合模型与变分自编码器相结合,实现同时轨迹推断和数据整合,并提供细胞投影的不确定性量化 | NA | 开发更准确可靠的单细胞轨迹推断方法 | 单细胞测序数据中的细胞发育轨迹 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE), 层次混合模型 | 单细胞基因组数据 | 三个小鼠新皮质单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学 | NA | NA |
| 1747 | 2025-10-07 |
Acyl-coenzyme a binding protein (ACBP) - a risk factor for cancer diagnosis and an inhibitor of immunosurveillance
2024-Sep-06, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02098-5
PMID:39242519
|
研究论文 | 本研究探讨了酰基辅酶A结合蛋白(ACBP/DBI)作为癌症风险因子和免疫监视抑制剂的作用 | 首次发现ACBP/DBI可作为癌症发展的风险预测因子,并证明其中和抗体能增强化疗免疫疗法的疗效 | 研究主要基于临床前模型,需要进一步的人体临床试验验证 | 探究ACBP/DBI在癌症发展和免疫监视中的作用机制 | 癌症患者、遗传性癌症易感人群、小鼠癌症模型 | 癌症免疫学 | 肺癌、乳腺癌、肉瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质浓度数据、基因表达数据 | 癌症患者、遗传易感人群和健康对照群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1748 | 2025-10-07 |
Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM
2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609797
PMID:39253453
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研究论文 | 本研究通过识别血脑肿瘤屏障的12基因特征并开发BIA纳米颗粒制剂,改善了胶质母细胞瘤的化疗药物递送效率 | 首次发现CDH5作为血脑肿瘤屏障核心分子,开发具有双重功能的BIA衍生物既能破坏屏障又能增强化疗效果 | 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证 | 改善胶质母细胞瘤化疗药物的肿瘤内递送效率 | 胶质母细胞瘤血管系统、血脑肿瘤屏障、内皮细胞单层和3D球体模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学、纳米颗粒制剂 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 胶质母细胞瘤患者标本、荷瘤小鼠模型、患者来源的胶质母细胞瘤异种移植模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1749 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma
2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607447
PMID:39211259
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研究论文 | 通过单细胞分析识别与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型 | 首次在单细胞水平揭示肥胖哮喘中特定CD4+ T细胞亚群的CDC42上调、Th1炎症和类固醇耐药性特征 | 未明确说明样本量大小和研究人群的具体特征 | 探索儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞亚型的分子特征及其与疾病表型的关系 | 儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+ T细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1750 | 2025-10-07 |
Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer
2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-024-00914-x
PMID:38965396
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综述 | 全面概述小细胞肺癌的分子特征和新兴治疗策略的最新进展 | 首次系统总结基于四种转录因子表达状态的SCLC分子分型,并整合单细胞RNA测序揭示肿瘤异质性与治疗耐药性的关联 | 缺乏有效生物标志物用于患者选择,且面临治疗耐药性快速发展的挑战 | 改善小细胞肺癌患者预后的治疗策略开发 | 小细胞肺癌的分子特征和治疗方法 | 肿瘤学 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序,基因组评估,转录组分析 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1751 | 2025-10-07 |
Letter to editor: single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells of published cases
2024-Apr-02, Neurosurgical review
IF:2.5Q1
DOI:10.1007/s10143-024-02375-3
PMID:38561568
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comments | 对已发表的ECM重塑脑膜瘤细胞单细胞转录组分析研究进行细致评估 | 强调需要更全面地考虑肿瘤异质性和微环境影响,指出ECM重塑研究可能忽略其他关键肿瘤生物学方面 | 存在数据解读和验证的挑战,ECM重塑研究可能无意中忽视肿瘤生物学的其他关键方面 | 评估ECM重塑脑膜瘤细胞的单细胞转录组分析研究 | 已发表的ECM重塑脑膜瘤细胞研究 | digital pathology | meningioma | single-cell transcriptome analysis | NA | transcriptome data | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1752 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells
2024-Mar-16, Neurosurgical review
IF:2.5Q1
DOI:10.1007/s10143-024-02349-5
PMID:38491247
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录特征和生物学特性 | 首次在单细胞水平系统研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录特征,发现其主要分布于脑-肿瘤界面且恶性程度较低 | NA | 研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性 | 脑膜瘤细胞 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1753 | 2025-10-07 |
Screening, identification and targeted intervention of necroptotic biomarkers of asthma
2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150674
PMID:39270557
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法鉴定哮喘中坏死性凋亡相关生物标志物,并探索靶向干预策略 | 首次系统鉴定哮喘中坏死性凋亡相关差异表达基因,并发现白藜芦醇和雷公藤甲素可作为潜在治疗药物 | 研究样本量有限,需要进一步实验验证药物疗效 | 阐明坏死性凋亡在哮喘发病机制中的作用并寻找治疗靶点 | 哮喘患者与健康对照的基因表达数据 | 机器学习 | 哮喘 | 机器学习算法(LASSO,随机森林,SVM-RFE),Western blot,qPCR,单细胞RNA测序,分子对接 | LASSO,随机森林,SVM-RFE | 基因表达数据,临床指标,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1754 | 2025-10-07 |
Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene
2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731
PMID:39423574
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研究论文 | 通过生物信息学方法鉴定木薯4CL基因家族并分析Me4CL32基因的表达模式 | 首次在木薯基因组中系统鉴定50个4CL基因家族成员,并发现与橡胶树存在密切同源关系 | 研究主要基于生物信息学分析和基因表达模式,缺乏功能验证实验 | 研究木薯4CL基因家族的功能及其在植物生长和胁迫响应中的作用 | 木薯(Manihot esculenta Crantz)的4CL基因家族,特别是Me4CL32基因 | 生物信息学 | NA | 生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq转录组、单细胞转录组、亚细胞定位 | NA | 基因组数据、表达数据 | NA | NA | 单细胞转录组、RNA-seq | NA | NA |
| 1755 | 2025-10-07 |
Transcriptional regulation of the postnatal cardiac conduction system heterogeneity
2024-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50849-1
PMID:39095365
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观和区域特异性基因调控网络 | 首次在单细胞分辨率下结合空间信息展示出生后心脏传导系统的转录组景观,并发现Tbx3和Irx3转录因子在区域特异性基因调控中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类心脏传导系统中的适用性需要进一步验证 | 阐明出生后心脏传导系统的分子组成和调控机制 | 出生后小鼠心脏传导系统细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,ATAC-seq,ChIP-seq | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据,表观基因组数据 | 小鼠心脏传导系统不同区域细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,ATAC-seq,ChIP-seq | NA | NA |
| 1756 | 2025-10-07 |
spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.27.601050
PMID:39005315
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研究论文 | 开发了一个用户友好的网络应用程序spatialGE,用于简化空间转录组学数据分析 | 提供了一个无需编程专业知识即可进行空间转录组学数据分析的友好界面,支持多种分析流程和ST技术 | 未在摘要中明确说明具体的技术限制 | 开发简化空间转录组学数据分析的工具,使其更易于被广泛科学界使用 | 黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌的肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 黑色素瘤,默克尔细胞癌 | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1757 | 2025-10-07 |
Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone
2024-04, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.107158
PMID:38479598
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据构建小鼠骨相关细胞图谱,澄清了与骨相关的间充质细胞类型身份 | 揭示了11个主要的骨相关间充质细胞簇,包括新发现的骨-X细胞,并发现Wnt16在骨膜细胞中的特异性表达 | 研究仅限于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类 | 增加骨细胞单细胞RNA测序数据,比较骨膜和骨内细胞,澄清小鼠骨相关主要细胞类型 | 小鼠骨相关间充质细胞,特别是成骨细胞和骨细胞 | 单细胞测序分析 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过100,000个间充质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1758 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.02.577085
PMID:38370717
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析黑色素瘤靶向治疗过程中的细胞持久性状态和耐药机制 | 首次在患者来源异种移植模型中结合空间转录组学和深度学习,揭示黑色素瘤治疗过程中克隆谱系演化的时空动态 | 研究基于患者来源异种移植模型,可能与实际患者肿瘤微环境存在差异 | 阐明BRAF突变黑色素瘤靶向治疗中持久性细胞状态和耐药机制 | BRAF突变黑色素瘤细胞和患者来源异种移植模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学, 深度学习 | 深度学习模型 | 空间转录组数据, 组织病理切片图像 | 患者来源异种移植模型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 空间转录组学平台 |
| 1759 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomes and Immune Repertoires Reveal the Cell State and Molecular Changes in Pemphigus Vulgaris
2024-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300312
PMID:38117802
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研究论文 | 通过单细胞转录组和免疫受体分析揭示天疱疮的细胞状态和分子变化 | 首次结合5'单细胞RNA测序与V(D)J富集技术分析天疱疮患者治疗前后样本,发现IL-1α信号通路、髓系APC细胞和功能失调的T细胞亚群在疾病中的作用 | 样本量有限,部分发现仅通过免疫组化和多重免疫荧光验证 | 阐明天疱疮的病因和发病机制,特别是免疫细胞与上皮细胞的相互作用 | 初治天疱疮患者的口腔黏膜病变和外周血样本,以及泼尼松治疗后的外周血样本 | 单细胞组学 | 天疱疮 | 5'单细胞RNA测序,V(D)J富集,免疫组化,多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,免疫受体序列数据 | 天疱疮患者的口腔黏膜和外周血样本(具体数量未明确说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,单细胞免疫受体测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 5' |
| 1760 | 2025-10-07 |
YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity
2024-Oct-16, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351734.124
PMID:39362773
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研究论文 | 本研究通过敲除YY1转录因子,揭示了其在B细胞谱系定向中的关键作用及其缺失导致的异常造血谱系可塑性 | 首次发现YY1敲除可消除B细胞谱系定向,使前B细胞获得生成T细胞等多系造血细胞的能力 | 研究主要基于小鼠模型,在人类细胞中的适用性尚需验证 | 探究YY1转录因子在B细胞谱系定向和造血发育中的调控机制 | 小鼠前B细胞 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 基因敲除,单细胞RNA测序,ChIP-seq,scATAC-seq | NA | 基因表达数据,染色质可及性数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,scATAC-seq | NA | NA |