单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1741	2025-01-07	DeepDecon accurately estimates cancer cell fractions in bulk RNA-seq data 2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.100969 PMID:38800361	研究论文	本文介绍了DeepDecon，一种利用单细胞基因表达信息准确预测大块组织中癌细胞比例的深度神经网络模型	DeepDecon通过迭代估计癌细胞比例的策略，提高了大块RNA-seq数据中细胞组成分解的准确性	NA	研究目的是提高大块RNA-seq数据中癌细胞比例的估计准确性	大块RNA-seq数据中的癌细胞比例	机器学习	癌症	RNA-seq	深度神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据
1742	2025-01-07	Comprehensive integration of single-cell transcriptomic data illuminates the regulatory network architecture of plant cell fate specification 2024-May, Plant diversity IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.pld.2024.03.008 PMID:38798726	研究论文	本文通过整合63个已发表的单细胞转录组数据集，构建了一个全面的植物幼苗单细胞转录组图谱，揭示了细胞类型特异性基因调控网络	首次整合大量单细胞转录组数据，构建了涵盖广泛组织的植物细胞图谱，并系统性地构建了细胞类型特异性基因调控网络	NA	揭示植物细胞命运决定的调控网络架构	植物幼苗	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	整合了63个已发表的scRNA-seq数据集
1743	2025-01-07	Spatial transcriptomics in breast cancer: providing insight into tumor heterogeneity and promoting individualized therapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1499301 PMID:39749323	研究论文	本文综述了空间转录组学的关键技术方法、最新进展及其在乳腺癌中的应用，并讨论了当前空间转录组学方法的局限性和未来发展前景	空间转录组学解决了单细胞RNA测序缺乏空间信息的问题，能够定位和区分特定组织区域内功能基因的活跃表达，有助于识别新的乳腺癌亚型和空间区分特征，促进个体化精准治疗	当前空间转录组学方法仍存在局限性，未来需要进一步发展和改进	推进乳腺癌研究，全面理解肿瘤异质性、肿瘤微环境和耐药机制	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	RNA-seq数据	NA
1744	2025-01-07	New Posttranslational Modification Lactylation Brings New Inspiration for the Treatment of Rheumatoid Arthritis 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497240 PMID:39758940	综述	本文综述了乳酸化在类风湿性关节炎（RA）相关细胞和机制中的研究，为RA的发病机制、诊断和治疗提供了新的见解	提出了乳酸化作为一种新的翻译后修饰在RA中的关键作用，并发现了潜在的生物标志物	本文为综述文章，未涉及具体实验数据，缺乏直接的研究验证	探讨乳酸化在类风湿性关节炎中的作用及其潜在的治疗应用	类风湿性关节炎相关细胞，如成纤维样滑膜细胞（FLSs）和巨噬细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞测序	NA	NA	NA
1745	2025-01-07	Unveiling Ventilator-Associated Pneumonia: S100A8 as a Promising Biomarker Through Integrated RNA-Seq Analysis 2024, Journal of multidisciplinary healthcare IF:2.7Q2 DOI:10.2147/JMDH.S495121 PMID:39759083	研究论文	本研究通过整合RNA-Seq分析，揭示了S100A8作为呼吸机相关性肺炎（VAP）的潜在生物标志物	结合bulk RNA-seq和scRNA-seq分析，筛选并验证了S100A8作为VAP诊断的潜在生物标志物，为VAP诊断提供了新的视角	样本量相对较小，仅分析了46个VAP样本和48个正常样本	探索VAP的发病机制并识别潜在的生物标志物	呼吸机相关性肺炎（VAP）患者	生物信息学	肺炎	RNA-Seq, scRNA-seq, Western blot	NA	RNA序列数据	46个VAP样本和48个正常样本
1746	2025-01-07	Unveiling the NEFH+ malignant cell subtype: Insights from single-cell RNA sequencing in prostate cancer progression and tumor microenvironment interactions 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1517679 PMID:39759507	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌中NEFH+恶性细胞亚型的存在，并探讨了其与肿瘤微环境的相互作用	首次识别出与高级别前列腺癌密切相关的NEFH+恶性细胞亚型，并揭示了其与肿瘤微环境的复杂相互作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证其临床应用的可行性	提高前列腺癌的预防、诊断和治疗水平，改善患者预后和生活质量	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险评分模型	RNA测序数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据，并使用MDA PCa 2b和VCap细胞系进行验证
1747	2025-01-07	Spatially-resolved analyses of muscle invasive bladder cancer microenvironment unveil a distinct fibroblast cluster associated with prognosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522582 PMID:39759522	研究论文	本研究利用成像质谱流式细胞术（IMC）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，分析了肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）微环境的空间异质性，并揭示了一个与预后相关的特定成纤维细胞簇	通过IMC和scRNA-seq技术结合空间转录组学（ST），首次揭示了MIBC微环境中特定成纤维细胞簇（S3）与内皮细胞之间的相互作用及其对预后的影响	样本量相对较小（40个组织样本），且研究结果需要进一步验证	评估MIBC微环境的空间异质性，并探索其临床意义	肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）的微环境	数字病理学	膀胱癌	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	机器学习算法	图像、RNA序列数据	40个组织样本中的185个感兴趣区域
1748	2025-01-06	Multi-omics approach reveals TGF-β signaling-driven senescence in periodontium stem cells 2024-Dec-30, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.037 PMID:39743213	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了TGF-β信号驱动的牙周膜干细胞衰老机制	首次提供了小鼠颌骨组织的空间转录组图谱，并揭示了DNA甲基化在TGF-β1诱导的牙周膜干细胞衰老中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类牙周膜干细胞，可能需要在更广泛的样本中进行验证	阐明TGF-β1在牙周膜干细胞衰老中的作用及其分子机制，以推动对年龄相关牙周疾病的理解和靶向治疗策略的开发	小鼠颌骨组织和人类牙周膜干细胞	生物医学	牙周疾病	空间转录组学、DNA甲基化分析	NA	转录组数据、DNA甲基化数据	小鼠颌骨组织和人类牙周膜干细胞
1749	2025-01-06	Highly neurogenic glia from human and mouse myenteric ganglia generate functional neurons following culture and transplantation into the gut 2024-Nov-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114919 PMID:39471175	研究论文	本文描述了从人和小鼠的肌间神经节中分离出高度神经源性的胶质细胞，这些细胞在培养和移植到肠道后能够生成功能性神经元	提出了新的分离方法，能够从肌间神经节中富集高度神经源性的肠神经干细胞，相比传统方法生成更高纯度的神经元	NA	研究肠神经干细胞疗法在神经肠道疾病中的应用潜力	人和小鼠的肌间神经节中的肠胶质细胞	神经科学	神经肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人和小鼠的肌间神经节样本
1750	2025-01-06	Online-adjusted evolutionary biclustering algorithm to identify significant modules in gene expression data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae681 PMID:39749664	研究论文	本文提出了一种新的基于进化的双聚类算法OAEVOB，用于高效处理大规模基因表达数据	OAEVOB算法引入了在线调整功能，通过更新突变概率和交叉参数来有效识别显著基因群组	现有算法未解决对不同基因表达数据源的泛化问题	开发一种可靠的创新方法，用于深入分析生物数据并确保基于准确信息做出决策	基因表达数据	机器学习	癌症	DNA微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序	进化算法	基因表达数据	六个来自不同测序数据源的基因表达数据集
1751	2025-01-06	BACT: nonparametric Bayesian cell typing for single-cell spatial transcriptomics data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae689 PMID:39751646	研究论文	本文提出了一种非参数贝叶斯模型BACT，用于单细胞空间转录组数据的细胞类型分析	BACT模型无需预先指定细胞类型数量，能够自动从数据中学习细胞类型数量，并利用非参数Potts先验引入邻近细胞的空间依赖性	NA	解决现有细胞空间聚类方法需要预先指定细胞类型数量的问题	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞空间转录组技术	非参数贝叶斯模型	基因表达数据和空间坐标数据	三个单细胞空间转录组数据集
1752	2025-01-06	scRNA-seq profiling of human granulocytes reveals expansion of developmentally flexible neutrophil precursors with mixed neutrophil and eosinophil properties in asthma 2024-Nov-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae120 PMID:38814679	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性，揭示了未成熟的中性粒细胞在严重哮喘炎症中的扩张及其表达中性粒细胞和嗜酸性粒细胞标记物的现象	首次在人类粒细胞中证实了造血灵活性，并揭示了哮喘炎症中未成熟中性粒细胞向嗜酸性粒细胞表型分化的机制	研究主要集中于哮喘患者，未涉及其他疾病状态下的粒细胞行为	探讨人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性及其在嗜酸性粒细胞发育和过敏性疾病中的重要性	人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞	生物信息学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确提及样本数量，但涉及人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞
1753	2025-01-06	Engineered T cell therapy for central nervous system injury 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07906-y PMID:39232158	研究论文	本文探讨了工程化T细胞疗法在中枢神经系统损伤中的应用，通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠和人类脊髓损伤相关T细胞的克隆扩增及其抗原特异性	利用mRNA基础的T细胞受体重构技术生成工程化瞬时自身免疫T细胞，展示了其在CNS损伤模型中的显著神经保护效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和效果尚需进一步验证	开发针对中枢神经系统损伤的免疫介导细胞疗法	小鼠和人类的脊髓损伤相关T细胞	生物医学工程	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，mRNA基础的T细胞受体重构	NA	RNA序列数据	未明确提及具体样本数量，涉及小鼠和人类样本
1754	2025-01-06	MNMST: topology of cell networks leverages identification of spatial domains from spatial transcriptomics data 2024-05-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03272-0 PMID:38783355	研究论文	本文提出了一种多层网络模型MNMST，用于通过联合学习识别空间转录组数据中的空间域	利用细胞网络的拓扑结构精确表征和区分空间域，提高了空间域的识别和可解释性，超越了现有基线方法	未提及具体局限性	提高空间转录组数据中空间域的识别和可解释性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	多层网络模型	空间转录组数据	NA
1755	2025-01-06	Integrated epigenetic and transcriptional single-cell analysis of t(11;14) multiple myeloma and its BCL2 dependency 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020276 PMID:37729611	研究论文	本研究通过整合单细胞水平的ATAC-seq和RNA-seq技术，分析了t(11;14)多发性骨髓瘤（MM）的表观遗传调控和转录组特征，并探讨了其对BCL2抑制剂venetoclax的依赖性	首次在原发性MM细胞中整合单细胞ATAC-seq和RNA-seq分析，深入解析了t(11;14) MM的表观遗传调控组和转录组特征及其与venetoclax耐药性的关系	研究主要聚焦于t(11;14) MM，未涵盖其他类型的多发性骨髓瘤	揭示t(11;14)多发性骨髓瘤对BCL2抑制剂的依赖性及其表观遗传调控机制	t(11;14)多发性骨髓瘤患者	表观遗传学	多发性骨髓瘤	ATAC-seq, RNA-seq	NA	单细胞测序数据	原发性MM样本
1756	2025-01-05	Spatial transcriptomics reveals unique metabolic profile and key oncogenic regulators of cervical squamous cell carcinoma 2024-Dec-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06011-y PMID:39741285	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了宫颈鳞状细胞癌（CSCC）肿瘤微环境和代谢特征，揭示了不同肿瘤区域的代谢分布及其与肿瘤分化程度的关系	首次结合空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，详细描绘了CSCC肿瘤边缘和核心区域的空间代谢分布，并发现了APP和TRPS1在肿瘤进展中的关键作用	研究样本量有限，且主要基于FFPE样本，可能影响结果的普适性	深入理解CSCC的肿瘤微环境和代谢特征，探索肿瘤进展的潜在机制	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者的FFPE肿瘤样本	数字病理学	宫颈癌	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	CSCC患者的FFPE肿瘤样本
1757	2025-01-05	Targeting AURKA with multifunctional nanoparticles in CRPC therapy 2024-Dec-30, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03070-7 PMID:39734237	研究论文	本研究探讨了ART-T细胞膜包裹的AMS@AD纳米颗粒在光热-化疗-免疫联合治疗中对去势抵抗性前列腺癌（CRPC）的疗效	首次将光热、化疗和免疫治疗结合，使用T细胞膜仿生纳米颗粒靶向AURKA，为CRPC提供了一种新的三重联合治疗方法	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验，实际疗效和安全性仍需进一步验证	评估CM-AMS@AD纳米颗粒在CRPC治疗中的疗效和潜在临床应用	去势抵抗性前列腺癌（CRPC）	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、动态光散射、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、细胞图像	TCGA-PRAD数据集和GEO数据库中的单细胞RNA测序数据
1758	2025-01-05	Single-cell RNA sequencing identifies the expression of hemoglobin in chondrocyte cell subpopulations in osteoarthritis 2024-Dec-30, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-024-00519-3 PMID:39736555	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了骨关节炎中软骨细胞亚群中血红蛋白的表达特征及其相关通路	首次在软骨细胞中发现血红蛋白的表达，并揭示了其在骨关节炎进展中的潜在机制	研究依赖于公共数据库中的数据，未进行实验验证	探讨骨关节炎中软骨细胞亚群中血红蛋白的表达特征及其相关通路	正常人和骨关节炎患者的软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	从GEO数据库下载的正常人和骨关节炎患者的数据
1759	2025-01-05	Single-cell and spatial transcriptomics reveal SPP1-CD44 signaling drives primary resistance to immune checkpoint inhibitors in RCC 2024-Dec-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06018-5 PMID:39736762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了SPP1-CD44信号在肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的作用机制	首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和临床样本分析，揭示了SPP1-CD44信号在肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的具体机制	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	揭示肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的肿瘤-免疫相互作用和信号通路	肾细胞癌患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 基因集富集分析(GSEA)	细胞-细胞通信网络, 伪时间轨迹	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
1760	2025-01-05	Microdissection and Single-Cell Suspension of Neocortical Layers From Ferret Brain for Single-Cell Assays 2024-Dec-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5133 PMID:39735300	研究论文	本文描述了一种从活体脑切片中微解剖发育中的大脑皮层各层，并通过酶解和机械解离生成单细胞悬液的方法，适用于高通量单细胞分析	该方法提高了大脑皮层遗传分析的分辨率，并促进了比小鼠更能模拟人类皮层发育的实验室动物模型（如雪貂）的研究	NA	研究大脑皮层发育过程中的遗传复杂性	雪貂大脑的发育中的大脑皮层	生物医学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TrackerSeq	NA	单细胞数据	胚胎期和早期出生后的雪貂大脑皮层