单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1721	2024-11-17	scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics 2024-Nov-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03426-0 PMID:39516853	研究论文	本文开发了scDOT，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，以提高重建单细胞分辨率空间图和识别衰老细胞的能力	scDOT通过整合最优传输和表达解卷积，学习细胞和spots之间的非线性耦合，推断细胞位置	NA	提高空间转录组学数据分辨率，识别衰老细胞及其空间组织	衰老细胞及其在空间转录组学数据中的组织	空间转录组学	NA	最优传输	NA	空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	NA
1722	2024-11-17	Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages 2024-Nov-07, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2024.09.023 PMID:39413794	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术揭示了单核细胞对不同刺激的动态基因表达响应	首次生成了高分辨率的时间序列单细胞RNA测序数据，并推断出实时单细胞基因表达轨迹，揭示了动态信息在单核细胞刺激响应特异性中的重要作用	NA	研究单核细胞对不同免疫威胁的基因表达动态响应	小鼠单核细胞对六种刺激的基因表达响应	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠单核细胞
1723	2024-11-17	Implication of CCNG1 in radiosensitivity via the Wnt/β-catenin pathway in esophageal squamous cells 2024-11-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77811-x PMID:39511268	研究论文	研究探讨了CCNG1在食管鳞状细胞中通过Wnt/β-catenin通路影响放射敏感性的机制	首次揭示了CCNG1作为Wnt/β-catenin通路下游效应因子在食管鳞状细胞癌放射敏感性中的关键作用	研究主要基于细胞系实验，未来需在临床样本中验证结果	探讨CCNG1在食管鳞状细胞癌放射敏感性中的作用及其机制	食管鳞状细胞癌及其放射敏感性	NA	食管癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲除、流式细胞术、凋亡检测、Western blot	NA	RNA	食管鳞状细胞癌样本，放射抵抗性食管鳞状细胞系
1724	2024-11-17	GraphPCA: a fast and interpretable dimension reduction algorithm for spatial transcriptomics data 2024-Nov-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03429-x PMID:39511664	研究论文	本文开发了一种名为GraphPCA的快速且可解释的降维算法，用于空间转录组数据	GraphPCA结合了图形正则化和主成分分析的优势，提供了一种新的降维方法	NA	解决空间转录组数据高维度和噪声问题，提升下游分析任务的性能	空间转录组数据	数字病理学	NA	图形正则化、主成分分析	NA	空间转录组数据	模拟数据和多分辨率空间转录组数据集
1725	2024-11-17	HistoSPACE: Histology-inspired spatial transcriptome prediction and characterization engine 2024-Nov-07, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.002 PMID:39521362	研究论文	本文开发了一种名为HistoSPACE的模型，用于从组织图像中提取分子信息，并将其与疾病病理联系起来	HistoSPACE模型利用空间转录组数据和组织图像的多样性，通过图像编码器和卷积块的结合，实现了高效的分子信息提取	NA	开发一种能够从组织图像中提取分子信息并将其与疾病病理联系起来的模型	组织图像和空间转录组数据	数字病理学	NA	深度学习	卷积神经网络	图像	NA
1726	2024-11-17	Basic Fibroblast Growth Factor Supports the Function of Limbal Niche Cells via the Wnt/β-Catenin Pathway 2024-Nov, Journal of ocular pharmacology and therapeutics : the official journal of the Association for Ocular Pharmacology and Therapeutics IF:1.9Q3 DOI:10.1089/jop.2024.0042 PMID:39083404	研究论文	研究bFGF对角膜缘微环境细胞功能的影响及其机制	首次探讨了bFGF通过Wnt/β-catenin途径支持角膜缘微环境细胞功能的机制	研究仅限于体外实验，缺乏体内验证	探讨bFGF对角膜缘微环境细胞功能的影响及其分子机制	角膜缘微环境细胞（LNC）及其增殖、干细胞标志物表达和β-catenin转录水平	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	不同浓度的bFGF处理组和FGFR抑制剂处理组
1727	2024-11-17	Macrophage iron dyshomeostasis promotes aging-related renal fibrosis 2024-Nov, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14275 PMID:39016438	研究论文	研究探讨了巨噬细胞在肾脏衰老中的作用，特别是铁稳态失调和铁死亡信号在促进肾脏纤维化中的作用	揭示了巨噬细胞铁稳态失调和铁死亡信号在肾脏衰老中的关键作用，并提出了Pcbp1作为干预靶点和Rutin作为潜在治疗药物	研究主要基于小鼠模型，结果的临床转化和人类适用性需要进一步验证	探讨巨噬细胞在肾脏衰老中的作用及其机制	C57BL/6J小鼠的肾脏单细胞RNA测序数据	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从8周到24个月大的C57BL/6J小鼠
1728	2024-11-17	Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders 2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021 PMID:39098508	研究论文	本文研究了非感染性皮肤肉芽肿性疾病的免疫激活特征	首次通过空间转录组学技术揭示了不同皮肤肉芽肿性疾病的免疫激活模式和分子特征	NA	理解这些疾病的基因表达特征	皮肤肉芽肿性疾病（如皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质渐进性坏死和渐进性坏死性黄色肉芽肿）	数字病理学	皮肤疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	涉及皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质渐进性坏死和渐进性坏死性黄色肉芽肿的病例
1729	2024-11-17	Tissue-specific functions of MSCs are linked to homeostatic muscle maintenance and alter with aging 2024-Nov, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14299 PMID:39323233	研究论文	研究探讨了间充质干细胞（MSCs）在不同组织中的特异性功能及其与肌肉维持和衰老的关系	首次通过单细胞RNA测序研究揭示了MSCs在不同组织中的异质性，并探讨了这种异质性在衰老过程中的功能意义	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨MSCs在不同组织中的特异性功能及其在衰老过程中的变化	小鼠的七种组织中的MSCs及其在衰老过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七种小鼠组织中的MSCs
1730	2024-11-17	Pan-Cancer Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Divergent Expression of Embryonic Proangiogenesis Gene Modules in Tumorigenesis 2024-Nov, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70373 PMID:39526457	研究论文	本研究通过泛癌单细胞转录组分析，揭示了胚胎血管生成基因模块在肿瘤发生中的表达差异	首次通过泛癌单细胞RNA测序分析，发现肿瘤微环境中髓系细胞高表达胚胎血管生成基因模块，表明肿瘤可能利用这些模块促进血管生成和持续生长	研究仅限于七种癌症类型，样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨胚胎血管生成基因模块在肿瘤发生中的表达及其潜在机制	髓系细胞及其亚群在不同癌症类型中的胚胎血管生成基因模块表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	332名患者，涵盖七种癌症类型
1731	2024-11-17	Integrated machine learning developed a prognosis-related gene signature to predict prognosis in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70171 PMID:39535375	研究论文	本研究开发了一种基于随机生存森林算法的17基因预后相关基因签名模型，用于预测食管鳞状细胞癌的预后	该模型在训练和验证队列中均表现出优于其他临床病理特征和已发表签名的预后准确性	NA	开发一种新的预测模型，以提高食管鳞状细胞癌的预后预测准确性	食管鳞状细胞癌患者的预后	机器学习	食管癌	随机生存森林算法	随机生存森林	基因表达数据	260名患者
1732	2024-11-17	Molecular characterization of human HSPCs with different cell fates in vivo using single-cell transcriptome analysis and lentiviral barcoding technology 2024-Nov, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70085 PMID:39538416	研究论文	本研究开发了一种名为SCALeBa的新技术，通过单细胞转录组分析和慢病毒条形码技术，研究人体HSPCs在体内的分子机制	首次引入SCALeBa技术，结合转录条形码库和算法，同时分析单个细胞的命运及其基因表达谱	NA	研究人体造血干细胞和祖细胞（HSPCs）在体内的异质性及其分子机制	人体造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化相关基因	生物信息学	NA	单细胞转录组分析，慢病毒条形码技术	NA	基因表达数据	NA
1733	2024-11-17	Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection 2024-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00730-z PMID:39543407	研究论文	研究使用空间转录组学和蛋白质组学技术，分析了COVID-19感染后患者大脑多个皮质和皮质下区域的分子变化	首次在多个大脑区域中观察到抗病毒反应，并发现与年龄相关神经退行性疾病相似的分子变化	样本量较小，且仅限于具有匹配肺病理的COVID-19患者和对照组	理解COVID-19感染后神经系统症状的病理生理机制，以优化治疗和预后	COVID-19患者和对照组的大脑组织	数字病理学	COVID-19	空间转录组学、基因表达和蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	42例COVID-19患者和对照组
1734	2024-11-17	Integrating Microarray Data and Single-Cell RNA-Seq Reveals Key Gene Involved in Spermatogonia Stem Cell Aging 2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252111653 PMID:39519201	研究论文	本文通过整合微阵列数据和单细胞RNA测序，揭示了精原干细胞衰老过程中的关键基因	本文创新性地整合了微阵列数据和单细胞RNA测序，识别出精原干细胞特异性转录因子和枢纽基因，并提出了复杂的网络调控机制	由于样本量有限且缺乏精确的衰老指标，研究结果的普适性和准确性可能受到限制	揭示精原干细胞衰老过程中的关键基因及其调控机制，为解决男性不育问题提供新思路	精原干细胞及其衰老过程中的基因表达变化	基因组学	男性不育	微阵列分析、单细胞RNA测序、ATAC-seq、DNase-seq	NA	基因表达数据	三个不同精原干细胞的人类样本
1735	2024-11-17	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Monocyte-Derived Interstitial Macrophages with a Pro-Fibrotic Phenotype in Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis 2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252111669 PMID:39519222	研究论文	通过单细胞RNA测序研究了博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中由单核细胞衍生的间质巨噬细胞的细胞异质性和发育轨迹	首次揭示了由单核细胞衍生的间质巨噬细胞在博来霉素诱导的肺纤维化中的促纤维化表型及其与成纤维细胞的相互作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨间质巨噬细胞在特发性肺纤维化发病机制中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的间质巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	博来霉素处理的小鼠肺组织
1736	2024-11-17	Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039 PMID:39436235	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A，并通过实验验证了其高效性和可靠性	Scm6A是一种新颖的单细胞m6A定量方法，结合了m6A转录调控因子的表达水平和顺式序列特征，具有显著的预测效率和可靠性	NA	开发一种高效、低成本的单细胞m6A定量方法	单细胞m6A修饰的定量	机器学习	NA	m6A-seq	机器学习模型	RNA序列	外周血单核细胞(PBMCs)、CD4+和CD8+ T细胞、肺癌组织、COVID-19患者血液样本
1737	2024-11-17	Dual targeting macrophages and microglia is a therapeutic vulnerability in models of PTEN-deficient glioblastoma 2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178628 PMID:39352749	研究论文	研究探讨了在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞来实现治疗效果的可能性	首次提出通过抑制LOX和CLOCK-OLFML3轴来双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞，结合抗PD1疗法，实现超过60%的动物模型中肿瘤完全消退	NA	探索在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过靶向巨噬细胞和微胶质细胞来增强治疗效果的策略	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中的巨噬细胞和微胶质细胞	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学、多重顺序免疫荧光	NA	转录组数据	NA
1738	2024-11-17	Endothelial YAP/TAZ activation promotes atherosclerosis in a mouse model of Hutchinson-Gilford progeria syndrome 2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173448 PMID:39352768	研究论文	研究了Hutchinson-Gilford早衰综合征（HGPS）小鼠模型中内皮细胞YAP/TAZ激活促进动脉粥样硬化的机制	首次揭示了内皮细胞YAP/TAZ信号通路在HGPS血管疾病中的关键作用，并提出了针对YAP/TAZ的治疗策略	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类HGPS患者中验证	探讨HGPS血管病理的机制	HGPS小鼠模型的主动脉内皮细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序、原子力显微镜、超声波评估	NA	基因表达数据	HGPS小鼠和野生型对照小鼠
1739	2024-11-17	SpaDiT: diffusion transformer for spatial gene expression prediction using scRNA-seq 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae571 PMID:39508444	研究论文	本文提出了一种名为SpaDiT的深度学习框架，用于利用scRNA-seq数据进行空间基因表达预测	SpaDiT通过使用scRNA-seq数据作为先验条件，并利用ST和scRNA-seq数据之间的共享基因作为潜在表示来构建输入，从而提高了空间基因表达预测的准确性	NA	解决空间转录组学数据中未检测到的基因数量多，应用价值有限的问题	空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	Transformer	基因表达数据	涉及多种空间转录组学数据集
1740	2024-11-17	Graph domain adaptation-based framework for gene expression enhancement and cell type identification in large-scale spatially resolved transcriptomics 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae576 PMID:39508445	研究论文	本文介绍了一种基于图域适应的深度学习框架SpaGDA，用于增强大规模空间转录组学中的基因表达和细胞类型识别	SpaGDA通过从参考单细胞RNA测序数据中无偏地转移知识，实现了基因表达插补和细胞类型识别的双重功能	NA	克服当前空间转录组学技术在基因检测灵敏度和基因通量方面的限制，提供更精确的生物学过程或疾病发展洞察	空间转录组学数据中的基因表达和细胞类型	机器学习	NA	深度学习	图域适应框架	转录组数据	涉及多个空间转录组学数据集和三种不同生物学背景的数据集