单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1721	2025-01-13	New tools to study renal fibrogenesis 2024-07-01, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000988 PMID:38587103	综述	本文综述了单细胞和空间多组学技术在研究人类肾脏纤维化发展中的应用	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，识别了PDGFRα+/PDGFRβ+间充质细胞作为人类肾脏纤维化的主要细胞来源，并揭示了成纤维细胞和肌成纤维细胞的共同细胞状态及分子调控机制	需要精心设计和优化多组学实验，以解决与细胞谱系、可塑性和细胞间通讯相关的问题	探索人类肾脏纤维化发展的研究问题	健康人类肾脏和慢性肾脏病（CKD）患者的肾脏样本	生物医学研究	慢性肾脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	健康人类肾脏和CKD患者的肾脏样本
1722	2025-01-12	Lactylation-driven TNFR2 expression in regulatory T cells promotes the progression of malignant pleural effusion 2024-Dec-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010040 PMID:39721754	研究论文	本研究探讨了乳酸通过组蛋白H3K18乳酸化调控TNFR2在调节性T细胞中的表达及其在恶性胸腔积液（MPE）进展中的作用	揭示了乳酸通过组蛋白H3K18乳酸化调控TNFR2表达的机制，并提出了针对Treg细胞乳酸代谢的MPE治疗新策略	研究主要基于单细胞RNA测序和动物模型，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探究TNFR2在调节性T细胞中的表达调控机制及其在MPE进展中的作用	TNFR2+和TNFR2-调节性T细胞，以及人类和小鼠的恶性胸腔积液	肿瘤免疫学	恶性胸腔积液	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类和小鼠的恶性胸腔积液样本
1723	2025-01-12	Global identification of mammalian host and nested gene pairs reveal tissue-specific transcriptional interplay 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279430.124 PMID:39578100	研究论文	本文提供了一个关于小鼠和人类中宿主/嵌套基因对的最新目录，揭示了这些基因对在组织特异性转录中的相互作用	首次全面注释了宿主/嵌套基因对的位置及其表达模式，并发现这些基因对的转录共现具有组织特异性，尤其是在睾丸中	研究主要集中在小鼠和人类，未涉及其他哺乳动物	研究宿主/嵌套基因对在哺乳动物基因组中的转录相互作用	小鼠和人类的宿主/嵌套基因对	基因组学	NA	scRNA-seq分析	NA	基因序列数据	小鼠和人类的基因数据
1724	2025-01-12	Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma 2024-Dec-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001191 PMID:39666875	研究论文	本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，深入解析了多灶性肝细胞癌（HCC）中肿瘤微环境（TME）的异质性	首次在单细胞分辨率下对多灶性HCC的TME进行全外显子测序和单细胞RNA测序的综合分析，揭示了IM和MO之间TME的显著差异	样本量较小，仅包括7名患者的23个样本，可能限制结果的普遍性	解析多灶性肝细胞癌中肿瘤微环境的异质性，以改善诊断和治疗策略	多灶性肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	全外显子测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA数据	7名患者的23个样本
1725	2025-01-12	Single-Cell Transcriptomics Sheds Light on Tumor Evolution: Perspectives from City of Hope's Clinical Trial Teams 2024-Dec-10, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13247507 PMID:39768430	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在肿瘤进化研究中的应用，特别是其在临床试验设计中的实施挑战和技术考虑	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，在个体细胞水平上分析肿瘤异质性，从而更深入地理解肿瘤生长、进展和药物反应	实施单细胞方法在临床试验中面临挑战，如获取高质量细胞、技术变异性和需要复杂的计算分析	研究肿瘤异质性如何影响肿瘤进化和治疗反应，以开发更有效的治疗方法并改善患者预后	乳腺癌、脑癌和卵巢癌的肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌、脑癌、卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1726	2025-01-12	Deciphering progressive lesion areas in breast cancer spatial transcriptomics via TGR-NMF 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae707 PMID:39780487	研究论文	本研究通过开发三图正则化非负矩阵分解（TGR-NMF）方法，旨在解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	提出了TGR-NMF方法，通过整合基因表达邻域拓扑和空间位置邻域拓扑，构建了可解释的低维空间转录组数据表示，并揭示了乳腺癌进展的病变区域	NA	解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	TGR-NMF	基因表达数据	NA
1727	2025-01-12	Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331117 PMID:38744443	研究论文	本研究探讨了角鲨烯环氧化酶（SQLE）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎诱导的肝细胞癌（MASH-HCC）中的作用，特别是其在调节肿瘤免疫微环境中的角色	首次揭示了SQLE通过影响CD8+ T细胞功能和增加免疫抑制性髓源性抑制细胞（MDSCs）来抑制抗肿瘤反应，并证明靶向SQLE可以恢复抗PD-1治疗在MASH-HCC模型中的疗效	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨SQLE在MASH-HCC中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞特异性SQLE转基因和敲除小鼠，以及MASH-HCC模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确提及具体样本数量
1728	2025-01-12	Single-cell transcriptional atlas of human breast cancers and model systems 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70044 PMID:39417215	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序数据，创建了一个包含117个样本和506,719个细胞的人类乳腺癌及其模型系统的转录图谱	通过单细胞分辨率研究乳腺癌亚型的遗传变异，深入理解癌症进展，并探索基于亚型比例的治疗药物效果	研究主要依赖于模型系统，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	提高对乳腺癌细胞多样性的理解，以识别有效治疗方法	乳腺癌患者肿瘤、匹配的淋巴结转移、乳腺缩小术样本、乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs）、PDX来源的类器官（PDXOs）和细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	117个样本，总计506,719个细胞
1729	2025-01-12	Loss of p53 and SMAD4 induces adenosquamous subtype pancreatic cancer in the absence of an oncogenic KRAS mutation 2024-Sep-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101711 PMID:39232498	研究论文	本研究通过基因工程小鼠模型，探讨了在无致癌KRAS突变情况下，Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失诱导自发性胰腺癌的机制	首次在无致癌KRAS突变背景下，通过Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失成功诱导出胰腺癌，并揭示了其独特的组织学特征和肿瘤免疫微环境	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺癌中验证这些发现	探讨无致癌KRAS突变情况下胰腺癌的发生机制	基因工程小鼠模型（Trp53;Smad4;Pdx1-Cre和Trp53;Tgfbr2;Pdx1-Cre）	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因工程小鼠模型	基因表达数据	两种基因工程小鼠模型（PPSSC和PPTTC）
1730	2025-01-12	Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis 2024-Sep, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109 PMID:38527663	研究论文	本研究探讨了损伤和β-肾上腺素能激活对小鼠创伤后骨关节炎（PTOA）模型中代谢和炎症介质的性别特异性影响	揭示了β-肾上腺素能受体激动剂异丙肾上腺素在女性小鼠中对PTOA相关炎症的抑制作用，并发现这种作用具有性别依赖性	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且未探讨长期治疗效果	研究β-肾上腺素能受体激活对PTOA炎症和代谢的影响	12周龄的雄性和雌性小鼠	骨关节炎研究	骨关节炎	组织学分析、多重基因表达分析、滑液代谢组学分析	小鼠PTOA模型	基因表达数据、代谢组学数据、行为学数据	未明确说明具体样本数量，但涉及雄性和雌性小鼠
1731	2025-01-12	The Effect of Exposure to Neighborhood Violence on Glucocorticoid Receptor Signaling in Lung Tumors 2024-07-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0032 PMID:38912926	研究论文	本研究探讨了社区暴力暴露对肺肿瘤中糖皮质激素受体信号的影响	首次将社区暴力犯罪率与肺肿瘤中糖皮质激素受体结合及靶基因表达水平联系起来	样本量较小（15个肺肿瘤样本），且仅针对芝加哥地区	研究社会压力暴露与肺肿瘤基因表达之间的关系	肺肿瘤样本	数字病理学	肺癌	空间转录组学、CUT&RUN（一种ChIP测序技术）	NA	基因表达数据、社区暴力犯罪率数据	15个肺肿瘤样本
1732	2025-01-12	Comprehensive single-cell atlas of the mouse retina 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109916 PMID:38812536	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术构建了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞图谱，涵盖了超过330,000个细胞，并识别了12个主要类别和138种细胞类型	生成了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞RNA测序数据集，整合了公共数据集，构建了小鼠视网膜细胞图谱（MRCA），并识别了新的细胞类型	数据集主要来自C57BL/6J小鼠，可能不适用于其他品系或物种	构建一个全面的小鼠视网膜单细胞图谱，以促进视网膜研究	C57BL/6J小鼠视网膜细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	约190,000个单细胞，整合后超过330,000个细胞
1733	2025-01-12	Circulating cancer-specific CD8 T cell frequency is associated with response to PD-1 blockade in Merkel cell carcinoma 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101412 PMID:38340723	研究论文	本文研究了Merkel细胞癌（MCC）患者中MCPyV特异性CD8 T细胞的频率与抗PD-1治疗反应之间的关系	通过使用MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学和T细胞受体（TCR）测序，首次在MCC患者中详细分析了MCPyV特异性T细胞的特征及其与抗PD-1治疗反应的关系	样本量较小（27名患者），且仅针对病毒驱动的MCC，可能不适用于其他类型的癌症	探讨MCPyV特异性CD8 T细胞在抗PD-1治疗中的作用及其与治疗反应的关系	Merkel细胞癌（MCC）患者	癌症免疫学	Merkel细胞癌	MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学、T细胞受体（TCR）测序	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据、TCR测序数据	27名MCC患者
1734	2025-01-12	Pro-inflammatory feedback loops define immune responses to pathogenic Lentivirus infection 2024-02-05, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01290-y PMID:38317183	研究论文	本文通过研究不同致病性的慢病毒感染模型，揭示了促炎性反馈回路在免疫反应中的作用	利用单细胞转录组学和细胞间通讯技术，揭示了高致病性慢病毒感染导致炎症通路延迟、广泛且持续激活的机制	研究主要基于猪尾猕猴模型，可能无法完全反映人类HIV感染的情况	探讨慢病毒致病性的免疫机制	猪尾猕猴和不同致病性的SIV病毒变体	免疫学	艾滋病	单细胞转录组学、单细胞分辨率细胞间通讯技术	NA	单细胞转录组数据	猪尾猕猴感染不同致病性SIV病毒变体的队列
1735	2025-01-07	Linking transcriptome and morphology in bone cells at cellular resolution with generative AI 2024-Dec-31, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae151 PMID:39303095	研究论文	本文探讨了生成式AI在骨细胞研究中的应用，特别是在转录组和形态学数据的整合分析方面	利用生成式AI模型在细胞水平上揭示骨细胞的复杂生物学过程，并预测细胞分化动态、分子与形态特征的关联以及细胞对扰动的响应	骨单细胞数据集中的技术偏差、重要骨细胞类型的缺乏以及空间信息的不足	探索生成式AI在骨细胞研究中的潜力，特别是在转录组和形态学数据的整合分析方面	骨细胞	计算机视觉	NA	单细胞测序、空间转录组学	生成式AI	组织学图像、单细胞分子数据、空间转录组数据	NA
1736	2025-01-07	Prognostic model based on M2 macrophage-related signatures for predicting outcomes, enhancing risk stratification, and providing therapeutic insights in diffuse large B-cell lymphoma 2024-Dec-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41007 PMID:39759325	研究论文	本研究提出了一种基于M2巨噬细胞相关基因的预测模型，用于对新诊断的弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者进行风险分层、预后预测和免疫特征评估	利用M2巨噬细胞相关基因构建预测模型，提供新的治疗选择和风险分层方法	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	开发一种预测模型，用于DLBCL患者的风险分层和预后预测	新诊断的DLBCL患者	数字病理学	淋巴瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	Cox回归, LASSO回归	基因表达数据, 临床信息	来自TCGA和GEO数据库的DLBCL患者数据
1737	2025-01-07	The network structural entropy for single-cell RNA sequencing data during skin aging 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae698 PMID:39757115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析皮肤老化过程中的基因网络，引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性	引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性，并发现老化细胞中的整体网络结构熵增加	未提及具体局限性	理解老化过程中细胞功能变化的分子机制	单细胞RNA测序数据中的基因网络	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序	随机游走模型	基因表达数据	超过15,000个细胞
1738	2025-01-07	Single-cell RNA sequencing reveals the changes of the pulmonary immune environment in rat after Siegesbeckia orientalis L. treatment 2024-Nov, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.101035 PMID:39759974	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了东方泽兰治疗后大鼠肺部免疫环境的变化	使用单细胞RNA测序技术详细分析东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响	NA	研究东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响	大鼠肺部免疫环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1739	2025-01-07	Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer 2024-May-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48700-8 PMID:38782901	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，探讨了非小细胞肺癌中的肿瘤生态系统，特别是髓系细胞的作用	揭示了肿瘤中抗炎性巨噬细胞与NK细胞/T细胞之间的反向关系，以及巨噬细胞在肿瘤中的转录重编程现象	样本量相对较小，仅包括25名未接受治疗的患者	研究非小细胞肺癌肿瘤生态系统中的免疫细胞类型及其作用	25名未接受治疗的腺癌和鳞状细胞癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间转录组数据	约900,000个细胞，来自25名患者
1740	2025-01-07	MUSTANG: Multi-sample spatial transcriptomics data analysis with cross-sample transcriptional similarity guidance 2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.100986 PMID:38800365	研究论文	本文介绍了一种名为MUSTANG的空间转录组数据分析框架，能够通过跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性进行多样本空间转录组数据的细胞去卷积	MUSTANG框架创新性地结合了跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性，提升了多样本空间转录组数据的分析能力	NA	开发一种能够有效分析多样本空间转录组数据的框架，以揭示组织样本细胞特征中的生物学见解	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	一个半合成空间转录组数据集和三个真实世界空间转录组数据集