单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1701	2025-01-15	Mechanisms of HIF1A-mediated immune evasion in gastric cancer and the impact on therapy resistance 2024-10-10, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09917-x PMID:39384651	研究论文	本研究探讨了胃癌中静止癌细胞（QCCs）通过HIF1A介导的免疫逃逸机制及其对治疗抵抗的影响	揭示了QCCs通过HIF1A介导的糖酵解相关基因上调来抵抗T细胞介导的免疫反应的分子机制，并展示了HIF1A沉默在增强免疫治疗效果方面的潜力	研究主要依赖于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类临床试验中验证这些发现	探索胃癌中QCCs的免疫抑制机制及其对免疫治疗抵抗的影响，以改进治疗策略	胃癌中的静止癌细胞（QCCs）及其与免疫细胞的相互作用	癌症研究	胃癌	基因编辑技术、转录组测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、细胞实验数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和体外细胞实验
1702	2025-01-15	Single-cell transcriptomics in thyroid eye disease 2024 Oct-Dec, Taiwan journal of ophthalmology IF:1.0Q4 DOI:10.4103/tjo.TJO-D-23-00096 PMID:39803402	综述	本文综述了单细胞转录组学在甲状腺眼病（TED）研究中的应用，总结了近年来的突破和新兴机会	利用高通量单细胞RNA测序技术，在单细胞分辨率上揭示了TED的细胞类型多样性和分子机制，提供了关于新型生物标志物和治疗靶点的前所未有的见解	目前仍有10%-20%的TED患者在治疗停药后复发，20%-30%的患者对主流治疗无反应，原因尚不明确	探讨单细胞和单核转录组数据在表征甲状腺眼病（TED）这一复杂疾病状态中的应用，以改善患者生活质量并促进疾病终点的逆转	甲状腺眼病（TED）患者	数字病理学	甲状腺眼病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1703	2025-01-15	The role of GDF15 in attenuating noise-induced hidden hearing loss by alleviating oxidative stress 2024-09-18, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09912-2 PMID:39289208	研究论文	本研究探讨了GDF15在减轻噪声引起的隐性听力损失（HHL）中的作用，通过缓解氧化应激来保护耳蜗	首次揭示了GDF15在HHL中的保护作用，并提出了针对GDF15的治疗策略	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究GDF15在噪声引起的隐性听力损失中的作用	小鼠耳蜗	生物医学	听力损失	单细胞转录组分析	小鼠模型	转录组数据	HHL小鼠的耳蜗细胞
1704	2025-01-15	Interferon signaling and ferroptosis in tumor immunology and therapy 2024-Aug-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00668-w PMID:39127858	研究论文	本研究旨在阐明干扰素信号通路对肿瘤细胞铁死亡的影响机制及其与CD8+T细胞耗竭的相关性	通过单细胞测序和生物信息学工具揭示了CD8+T细胞耗竭的关键基因及其下游因子，并分析了干扰素相关基因与铁死亡的关系	研究主要依赖于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨干扰素信号通路在肿瘤免疫学和治疗中的作用	肿瘤细胞和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序、生物信息学分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、实验数据	小鼠模型和TCGA数据库中的肿瘤组织样本
1705	2025-01-15	Single-cell transcriptomics reveals antigen-presenting capacity and therapeutic resistance potential of immunomodulatory endothelial cells in colorectal cancer 2024-06, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1311 PMID:38874280	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了结直肠癌中免疫调节内皮细胞的抗原呈递能力和治疗耐药潜力	首次聚焦于免疫调节内皮细胞（IMECs）在肿瘤免疫平衡调节中的作用及其对抗血管生成疗法（AATs）的影响	研究主要基于公开数据库的单细胞转录组数据，缺乏实验验证	探讨结直肠癌中免疫调节内皮细胞的功能及其对抗血管生成疗法的影响	结直肠癌中的免疫调节内皮细胞（IMECs）	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	基于公开数据库的结直肠癌样本
1706	2025-01-15	Single-cell analysis reveals insights into epithelial abnormalities in ovarian endometriosis 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113716 PMID:38412094	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，分析了卵巢子宫内膜异位症中正常、在位和异位子宫内膜的细胞特征，揭示了该疾病的病理生理机制	首次利用高精度单细胞RNA测序技术，全面描绘了卵巢子宫内膜异位症的细胞图谱，并揭示了凋亡抵抗和慢性炎症的潜在机制	样本量相对较小，仅包括34名个体，且未涉及长期随访数据	研究卵巢子宫内膜异位症的病理生理机制，寻找潜在的治疗靶点	34名个体的正常、在位和异位子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	34名个体的子宫内膜组织
1707	2025-01-15	Single-cell RNA-seq reveals keratinocyte and fibroblast heterogeneity and their crosstalk via epithelial-mesenchymal transition in psoriasis 2024-03-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06583-z PMID:38472183	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了银屑病中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性及其通过上皮-间质转化的相互作用	首次在单细胞水平上揭示了银屑病皮肤中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性，并发现它们通过上皮-间质转化相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索银屑病的发病机制，特别是角质形成细胞和成纤维细胞在其中的作用	银屑病模型小鼠和野生型小鼠的皮肤细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13个样本中的94,759个细胞
1708	2025-01-15	Gasdermin E promotes translocation of p65 and c-jun into nucleus in keratinocytes for progression of psoriatic skin inflammation 2024-03-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06545-5 PMID:38429278	研究论文	本文研究了Gasdermin E（GSDME）在角质形成细胞中对银屑病皮肤炎症进展的作用	揭示了GSDME在角质形成细胞中通过促进p65和c-jun的核转位，以不依赖焦亡的方式参与银屑病的发病机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨GSDME在银屑病皮肤炎症中的作用机制	角质形成细胞和银屑病皮肤炎症	生物医学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	GEO数据集中的银屑病患者样本和IMQ诱导的银屑病样皮炎小鼠模型
1709	2025-01-15	Endocardium gives rise to blood cells in zebrafish embryos 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113736 PMID:38308842	研究论文	本研究利用斑马鱼胚胎模型，证明了心内膜在造血过程中的作用，特别是髓系细胞和中性粒细胞的主要来源	首次在斑马鱼胚胎中明确证明心内膜是髓系细胞和中性粒细胞的主要来源，并揭示了Hedgehog信号通路在此过程中的作用	研究结果主要基于斑马鱼胚胎模型，尚未在哺乳动物胚胎中得到验证	探究心内膜在造血过程中的作用及其调控机制	斑马鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、时间推移成像、谱系追踪	NA	基因表达数据、成像数据	斑马鱼胚胎
1710	2025-01-15	Spatiotemporal role of SETD2-H3K36me3 in murine pancreatic organogenesis 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113703 PMID:38265933	研究论文	本文通过多种测序技术研究了SETD2-H3K36me3在小鼠胰腺器官发生中的时空作用	揭示了SETD2在胰腺发育中的关键作用，特别是其在胰腺外分泌和内分泌谱系中的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺发育的相似性尚需进一步验证	探讨组蛋白修饰在胰腺发育中的协调作用	小鼠胰腺	表观遗传学	胰腺疾病	CUT&Tag, ATAC-seq, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
1711	2025-01-15	The single-cell transcriptome program of nodule development cellular lineages in Medicago truncatula 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113747 PMID:38329875	研究论文	本文描述了Medicago truncatula根在早期根瘤发育过程中对根瘤菌的细胞类型特异性转录组反应	通过单细胞转录组分析，揭示了根瘤发育过程中细胞谱系的转录重编程，并鉴定了新的根瘤调控因子	研究主要集中于早期根瘤发育阶段，未涵盖整个根瘤发育过程	研究Medicago truncatula根在根瘤发育过程中对根瘤菌的细胞类型特异性转录组反应	Medicago truncatula根细胞	植物生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	野生型Jemalong A17和超结瘤突变体sunn-4的根细胞
1712	2025-01-15	Single-cell RNA sequencing of cervical exfoliated cells reveals potential biomarkers and cellular pathogenesis in cervical carcinogenesis 2024-02-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06522-y PMID:38346944	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了宫颈脱落细胞，揭示了宫颈癌发生过程中的潜在生物标志物和细胞病理机制	首次在单细胞分辨率下描绘了宫颈病变进展过程中免疫细胞和上皮细胞的变化，并识别出一组脂质相关巨噬细胞作为预测低级别鳞状上皮内病变向高级别病变进展的生物标志物	样本量相对较小，仅包括15个样本，且未明确说明这些样本是否来自不同患者	探索宫颈癌发生过程中的细胞异质性和潜在生物标志物，以改进宫颈癌的早期筛查方法	宫颈脱落细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	56,173个宫颈脱落细胞，来自15个样本（包括正常宫颈、低级别鳞状上皮内病变、高级别鳞状上皮内病变和恶性肿瘤）
1713	2025-01-14	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.30.629739 PMID:39803459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了与年龄相关的T细胞亚群在症状性良性前列腺增生（BPH）中的作用	首次将年龄相关的CD8 T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并发现其通过Granzyme K介导的机制促进前列腺炎症	研究主要基于体外实验和相关性分析，缺乏直接的体内机制验证	探讨年龄相关免疫细胞变化在BPH中的作用	人类前列腺组织及BPH患者来源的前列腺成纤维细胞	单细胞RNA测序	前列腺增生	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类前列腺组织及BPH患者来源的细胞
1714	2025-01-14	Preclinical Models for Functional Precision Lung Cancer Research 2024-Dec-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17010022 PMID:39796653	研究论文	本文探讨了肺癌功能精准医学研究中的临床前模型及其技术进展	介绍了患者来源的肺癌类器官（LCOs）作为一种新型体外工具，其在生长和维持方面具有高成功率，并能准确反映原始肿瘤的组织学和基因组学特征	尽管这些体内模型（如PDXs、GEMMs）具有重要价值，但它们成本高、劳动强度大且耗时	推动肺癌的个体化精准治疗，通过临床前模型提高系统治疗的选择准确性	肺癌的临床前模型，包括患者来源的异种移植模型（PDXs）、人源化PDX小鼠模型、同基因小鼠模型、基因工程小鼠模型（GEMMs）和肺癌类器官（LCOs）	数字病理学	肺癌	成像技术、空间和单细胞转录组学、蛋白质组学、人工智能	NA	NA	NA
1715	2025-01-14	Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment 2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629650 PMID:39764057	研究论文	本文介绍了一种名为IN-DEPTH的空间多组学整合方法，用于在同一张切片上进行高分辨率转录组和蛋白质组的分析，揭示了肿瘤微环境中的空间重组	提出了IN-DEPTH方法，结合k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)进行空间多组学整合分析，能够在同一张切片上进行单细胞表型和转录组捕获，解决了现有方法在plex、空间分辨率和分析方法的局限性	虽然IN-DEPTH方法在空间分辨率和资源效率上有显著提升，但其在更大规模的组织样本中的应用仍需进一步验证	研究肿瘤微环境中的空间重组及其与肿瘤病毒的关系	EBV阳性和EBV阴性的弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	空间转录组学、空间蛋白质组学	k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)	空间多组学数据	EBV阳性和EBV阴性的DLBCL样本
1716	2025-01-14	Mechanistic insights into sevoflurane-induced hippocampal neuronal damage and cognitive dysfunction through the NEAT1/Nrf2 signaling axis in aged rats 2024-12-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09964-4 PMID:39707048	研究论文	本研究探讨了七氟醚通过NEAT1/Nrf2信号轴诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	首次揭示了lncRNA NEAT1通过抑制Nrf2/ARE/HO-1通路相关因子，促进七氟醚诱导的氧化应激和神经元凋亡的分子机制	研究仅限于老年大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨七氟醚诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	老年大鼠	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组评估、TUNEL染色、H&E染色、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术	大鼠模型	RNA测序数据、图像数据	老年大鼠
1717	2025-01-14	Spatial multiomics atlas reveals smooth muscle phenotypic transformation and metabolic reprogramming in diabetic macroangiopathy 2024-10-12, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02458-x PMID:39395983	研究论文	本研究通过单细胞转录组、空间转录组和空间代谢组测序，构建了糖尿病大血管病变的空间多组学图谱，揭示了平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的特征	首次构建了糖尿病大血管病变的空间基因-代谢图谱，揭示了血管钙化特征、平滑肌细胞表型转化趋势及其转录驱动网络	研究样本量较小，仅包括11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本	探索糖尿病大血管病变中平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的分子机制	糖尿病大血管病变患者的前胫动脉样本	数字病理学	糖尿病大血管病变	单细胞转录组测序、空间转录组测序、空间代谢组测序	NA	转录组数据、代谢组数据	11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本
1718	2025-01-14	Spatial transcriptomics reveals gene interactions and signaling pathway dynamics in rat embryos with anorectal malformation 2024-05-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09878-1 PMID:38769159	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了正常和肛门直肠畸形（ARM）大鼠胚胎中基因相互作用和信号通路动态	首次在ARM胚胎中应用空间转录组学技术，结合多种生物信息学分析方法，揭示了位置特异性的基因表达和信号通路动态	研究仅针对大鼠胚胎，未涉及人类样本，且样本量有限	研究肛门直肠畸形（ARM）的分子机制和基因调控	大鼠胚胎的肛门直肠区域	数字病理学	肛门直肠畸形	空间转录组学，WGCNA，GSEA，PROGENy，免疫荧光染色	NA	基因表达数据	妊娠14至16天的大鼠胚胎，包括正常和ARM病例
1719	2025-01-13	Miltefosine reinvigorates exhausted T cells by targeting their bioenergetic state 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101869 PMID:39657666	研究论文	本文研究了米替福新如何通过改善T细胞的生物能量状态来恢复耗竭T细胞的功能	发现米替福新能够以不依赖PD-1/PD-L1的方式恢复CAR-T细胞的功能，并在终末耗竭状态下仍有效	研究主要基于体外模型和小鼠肿瘤模型，尚未进行人体临床试验	探索恢复耗竭T细胞功能的新方法，以提高免疫治疗的疗效	耗竭的CAR-T细胞和T细胞	免疫治疗	癌症	单细胞测序分析	CAR-T细胞模型	细胞实验数据	NA
1720	2025-01-13	Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq 2024-Nov-12, Aging DOI:10.18632/aging.206151 PMID:39537209	研究论文	本研究通过bulk和单细胞RNA-seq分析，揭示了与肝细胞癌（HCC）预后不良和免疫浸润相关的多个关键分子的上调	结合bulk和单细胞RNA-seq数据，构建了一个基于关键基因的HCC预后预测模型，并揭示了这些基因在免疫细胞中的高表达	由于肝癌的高度异质性，预测患者预后仍然具有挑战性	构建一个预测HCC预后的模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	LASSO回归模型	RNA表达数据和临床数据	TCGA提供的RNA表达和临床数据