单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 1701 - 1720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1701 | 2025-10-07 |
A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS
2024-01-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.11.011
PMID:38151022
|
研究论文 | 开发胰腺癌类器官平台筛选出特异性靶向KRAS突变的抑制剂 | 建立高通量药物筛选平台，利用等基因小鼠胰腺类器官鉴定出可特异性抑制KRAS突变型胰腺癌的化合物 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩展 | 发现靶向PDAC相关KRAS突变的新型抑制剂 | 胰腺导管腺癌(PDAC)类器官模型 | 癌症研究 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高通量药物筛选 | 类器官模型 | 基因表达数据, 药物反应数据 | 超过6000种化合物筛选 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1702 | 2025-10-07 |
Cytokine expression and cytokine-mediated cell-cell communication during skeletal muscle regeneration revealed by integrative analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1002/ccs3.12055
PMID:39691872
|
研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序数据揭示骨骼肌再生过程中的细胞因子表达和细胞间通讯机制 | 首次整合15个公共单细胞RNA测序数据集，系统分析393种小鼠细胞因子在骨骼肌再生中的动态表达谱和细胞间通讯网络 | 仅分析早期再生时间点（0、2、5、7天），未涵盖完整再生过程；基于转录组数据推断细胞通讯，需实验验证 | 解析骨骼肌再生过程中细胞因子介导的细胞间通讯机制 | 小鼠骨骼肌再生过程中的各种细胞类型 | 单细胞生物学 | 肌肉损伤修复 | 单细胞RNA测序 | CellChat | 单细胞转录组数据 | 整合15个公共scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1703 | 2025-10-07 |
Single-cell multi-ome regression models identify functional and disease-associated enhancers and enable chromatin potential analysis
2024-Apr, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01689-8
PMID:38514783
|
研究论文 | 开发了一种名为SCARlink的单细胞多组学回归模型，用于预测基因表达并将增强子与靶基因关联 | 使用正则化泊松回归对瓦片水平可及性数据进行建模，避免了传统基因-峰相关性分析和峰值调用的限制 | NA | 建立基因水平调控模型，识别功能性增强子并分析染色质潜能 | 单细胞多组学测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学测序 | 正则化泊松回归 | 基因组可及性数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1704 | 2025-10-07 |
EBF1 Limits the Numbers of Cochlear Hair and Supporting Cells and Forms the Scala Tympani and Spiral Limbus during Inner Ear Development
2024-02-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1060-23.2023
PMID:38176908
|
研究论文 | 本研究探讨了早期B细胞因子1（EBF1）在小鼠内耳发育过程中对毛细胞和支持细胞数量的调控作用 | 首次发现EBF1通过抑制前感觉域和Kölliker器细胞的增殖来调控内耳细胞数量，并参与螺旋缘和鼓阶的形成 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 阐明EBF1在内耳发育过程中的功能机制 | 小鼠内耳组织 | 发育生物学 | 听力障碍 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织形态学数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1705 | 2025-10-07 |
Combining Cre-LoxP and single-cell sequencing technologies: insights into the extracellular vesicle cargo transfer
2024, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids
DOI:10.20517/evcna.2024.58
PMID:39811732
|
研究论文 | 本研究首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术结合，用于追踪胰腺导管腺癌模型中肿瘤来源细胞外囊泡的摄取和功能 | 首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术相结合，能够在不干扰EV生物发生或表型的情况下特异性识别单个EV受体细胞 | NA | 研究肿瘤来源细胞外囊泡在受体非恶性细胞中的摄取和功能 | 胰腺导管腺癌小鼠模型中的巨噬细胞、中性粒细胞和肥大细胞 | 单细胞生物学 | 胰腺癌 | Cre-LoxP重组系统，单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1706 | 2025-10-07 |
Neurodegeneration: 2024 update
2024-Jan, Free neuropathology
|
综述 | 本文回顾了过去一年神经退行性疾病神经病理学领域的重要研究进展 | 综合展示了从传统病理学到单细胞RNA测序、人工智能等前沿技术在神经退行性疾病研究中的应用 | 仅代表作者个人选择的文献，可能无法涵盖该领域所有重要研究 | 总结神经退行性疾病神经病理学领域的最新研究进展 | 人类组织样本和神经退行性疾病相关研究 | 神经病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,人工智能,人诱导多能干细胞模型,临床病理解剖相关研究 | NA | 组织病理学数据,基因组数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1707 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomes and chromatin accessibility of endothelial cells unravel transcription factors associated with dysregulated angiogenesis in systemic sclerosis
2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-225415
PMID:38754983
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了系统性硬化症中内皮细胞的转录组和染色质可及性变化，发现ETS转录因子家族在血管异常调控中的关键作用 | 首次在系统性硬化症中整合单细胞转录组和染色质可及性分析，识别出ELK4、ERF和ETS1作为调控血管异常的新靶点 | 样本量相对有限，主要聚焦皮肤组织，需要进一步验证这些发现在其他血管床的普适性 | 阐明系统性硬化症中内皮细胞功能障碍的分子机制 | 系统性硬化症患者和对照的内皮细胞 | 单细胞组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序, 单核转座酶可及染色质测序, 免疫荧光染色, 蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 蛋白质组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1708 | 2025-10-07 |
Multimodal contrastive learning for spatial gene expression prediction using histology images
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae551
PMID:39471412
|
研究论文 | 提出一种基于多模态对比学习的空间基因表达预测方法mclSTExp，使用组织学图像预测空间转录组数据 | 将每个斑点视为'单词'，通过Transformer自注意力机制整合内在特征与空间上下文，并利用对比学习融合图像特征 | 仅在乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集上进行了评估，未验证在其他癌症类型上的泛化能力 | 开发成本效益高的空间基因表达预测方法 | 乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌组织样本 | 计算机视觉 | 乳腺癌,皮肤鳞状细胞癌 | 多模态对比学习,Transformer,自注意力机制 | Transformer,Densenet-121 | 图像,空间基因表达数据 | 两个乳腺癌数据集和一个皮肤鳞状细胞癌数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1709 | 2025-10-07 |
Scaling deep identifiable models enables zero-shot characterization of single-cell biological states
2024-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.11.566161
PMID:38014345
|
研究论文 | 开发了scShift深度学习框架，用于消除单细胞RNA测序数据中的批次效应并识别真实生物差异 | 通过扩展深度可识别模型实现了零样本表征能力，能够外推至未见过的生物状态如COVID-19后纤维化 | 需要大规模单细胞图谱数据进行训练，存在数据多样性过渡阈值 | 解决单细胞RNA测序数据分析中跨数据集批次效应的挑战 | 单细胞RNA测序数据，特别是肺纤维化状态 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 深度变分推断框架 | 单细胞RNA测序数据 | 超过200个训练模型，基于大规模单细胞图谱汇编 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1710 | 2025-10-07 |
STMGraph: spatial-context-aware of transcriptomes via a dual-remasked dynamic graph attention model
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae685
PMID:39764614
|
研究论文 | 开发了一种名为STMGraph的空间上下文感知双视图动态深度学习框架，用于空间转录组数据分析 | 提出双重掩码机制与动态图注意力模型相结合的方法，通过建立双解码视图共享特征，并利用自监督从两个不同视角更新图连接关系 | NA | 提高空间转录组数据分析的准确性和鲁棒性，实现微环境异质性检测、空间域聚类和批次效应校正 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 动态图注意力模型(DGAT), 深度学习 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1711 | 2025-10-07 |
Comprehensive Characterization of a Subfamily of Ca2+-Binding Proteins in Mouse and Human Retinal Neurons at Single-Cell Resolution
2024-Sep, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0145-24.2024
PMID:39260891
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术全面分析小鼠和人类视网膜神经元中钙结合蛋白亚家族的表达谱 | 首次在单细胞分辨率下系统比较小鼠和人类视网膜神经元中CaBP1-5的表达模式，发现双极细胞共表达多种CaBP而非单一蛋白 | 研究主要基于转录组数据，蛋白质水平验证不足；功能机制研究有待深入 | 阐明CaBP1、CaBP2和CaBP5在视网膜神经元中的表达模式和潜在功能 | 小鼠和人类视网膜神经元（包括无长突细胞、神经节细胞、水平细胞和双极细胞） | 单细胞转录组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序，单细胞逆转录聚合酶链反应 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类视网膜神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1712 | 2025-10-07 |
iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis
2024-06-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03289-5
PMID:38844966
|
研究论文 | 开发了一种整合组织图像和分子谱的多阶段统计方法iIMPACT，用于空间转录组学数据分析 | 首次将AI重建的组织图像与基因表达空间背景相结合定义空间区域，克服了现有方法仅依赖分子信息的局限 | NA | 提高空间转录组学数据聚类分析的准确性和可解释性 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | 多阶段统计方法 | 组织图像、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1713 | 2025-10-07 |
Clearance of VWF by hepatic macrophages is critical for the protective effect of ADAMTS13 in sickle cell anemia mice
2024-03-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021583
PMID:38142410
|
研究论文 | 本研究揭示了肝巨噬细胞通过清除ADAMTS13切割的VWF在镰状细胞贫血中的保护作用机制 | 首次发现Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群以去唾液酸化依赖方式清除VWF，并证明巨噬细胞介导的VWF清除对ADAMTS13保护效应至关重要 | 研究仅在镰状细胞贫血小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证 | 阐明肝巨噬细胞在镰状细胞贫血病理机制中的作用及ADAMTS13的保护机制 | 镰状细胞贫血小鼠模型及其肝巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 镰状细胞贫血 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重错误鲁棒荧光原位杂交 | NA | 单细胞基因表达数据,空间基因表达数据 | 镰状细胞贫血小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1714 | 2025-10-07 |
IKKε-deficient macrophages impede cardiac repair after myocardial infarction by enhancing the macrophage-myofibroblast transition
2024-Sep, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01304-0
PMID:39261656
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和磷酸化蛋白阵列技术，揭示了IKKε缺失通过增强巨噬细胞-肌成纤维细胞转化导致心肌梗死后心脏修复障碍的机制 | 首次发现IKKε-p38轴通过调控巨噬细胞-肌成纤维细胞转化影响心肌梗死后的心脏修复过程 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究IKKε在心肌梗死后炎症反应和心脏修复中的调控作用 | 心肌梗死小鼠模型中的心脏巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白阵列 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | IKKε敲除小鼠和野生型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1715 | 2025-10-07 |
FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium
2024-Jun-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174888
PMID:38916962
|
研究论文 | 本研究揭示了FGF受体通过MAPK p38信号通路介导囊性纤维化气道上皮细胞衰老的机制 | 首次发现FGFR4和FGFR1在CF气道上皮细胞衰老中的关键作用，并证明抑制FGFR可改善黏液纤毛清除功能 | 研究主要基于体外和动物模型，需要进一步临床验证 | 探究囊性纤维化气道上皮细胞衰老的分子机制及潜在治疗策略 | 非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系、Cftr基因敲除大鼠 | 单细胞测序 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF细胞系、Cftr-/-大鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1716 | 2025-10-07 |
B-cell depletion limits HTLV-1-infected T-cell expansion and ameliorate HTLV-1-associated myelopathy
2024-Oct, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.52190
PMID:39186315
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和临床试验证明B细胞耗竭可限制HTLV-1感染T细胞的扩增并改善HTLV-1相关脊髓病 | 首次提出通过靶向B细胞治疗HAM的创新策略，揭示了HTLV-1感染B细胞并促进T细胞增殖的新机制 | 样本量有限（14例临床试验患者），需要更大规模研究验证疗效 | 探索HAM的发病机制并评估利妥昔单抗治疗HAM患者的疗效 | HTLV-1相关脊髓病患者的外周血单个核细胞和临床病例 | 单细胞测序分析 | HTLV-1相关脊髓病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | 14例HAM患者参与临床试验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1717 | 2025-10-07 |
An initial game-theoretic assessment of enhanced tissue preparation and imaging protocols for improved deep learning inference of spatial transcriptomics from tissue morphology
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae476
PMID:39367648
|
研究论文 | 本研究通过改进组织制备和成像方案，评估其对基于深度学习的空间转录组学形态学推断性能的影响 | 首次从博弈论角度评估组织处理标准化对空间转录组学深度学习模型性能的边际效益 | 研究样本量有限（仅13例结直肠癌患者），需要更大规模验证 | 探索优化组织制备和成像方案对空间转录组学形态学推断模型性能的提升效果 | 13例病理T分期III期结直肠癌患者组织样本 | 数字病理 | 结直肠癌 | 空间转录组学，深度学习 | Inceptionv3 | 全切片图像 | 13例结直肠癌患者 | 10x Genomics, Leica | 空间转录组学 | Visium CytAssist, Leica Bond | Visium CytAssist检测，自动化苏木精-伊红染色，40×分辨率成像 |
| 1718 | 2025-10-07 |
An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium
2024-Sep, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01873-w
PMID:39198675
|
研究论文 | 构建了一个高分辨率的人类子宫内膜单细胞参考图谱，整合了63位女性的单细胞转录组数据 | 首次创建了人类子宫内膜细胞图谱(HECA)，识别了先前未报告的细胞类型，并通过空间转录组学进行原位定位验证 | 样本数量相对有限(63位女性)，需要进一步扩大样本规模验证发现 | 建立人类子宫内膜的高分辨率单细胞参考图谱，研究子宫内膜生理和疾病机制 | 人类子宫内膜组织，包括患有和未患有子宫内膜异位症的女性 | 单细胞生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞转录组测序，空间转录组学，单核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 313,527个细胞(单细胞数据集)，312,246个细胞核(单核数据集)，来自63位捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学，单核RNA-seq | NA | NA |
| 1719 | 2025-10-07 |
scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae134
PMID:39345754
|
研究论文 | 开发了一个针对跨组比较优化的单细胞转录组学综合分析流程scDAPP | 首个专门针对跨组比较设计的自动化单细胞转录组分析流程，采用数据学习参数进行预处理并使用经过基准测试的软件 | NA | 开发标准化、自动化的单细胞转录组数据分析流程以解决跨组比较的复杂需求 | 单细胞或单核转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1720 | 2025-10-07 |
Molecular and network disruptions in neurodevelopment uncovered by single cell transcriptomics analysis of CHD8 heterozygous cerebral organoids
2024-Jul-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34862
PMID:39149047
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析CHD8杂合脑类器官，揭示神经发育过程中的分子和网络紊乱 | 首次在脑类器官模型中系统研究CHD8单倍体不足对早期神经发育的影响，发现细胞组成变化和细胞间通讯紊乱 | 研究基于体外脑类器官模型，可能与体内真实神经发育存在差异 | 研究CHD8基因在神经和大脑发育中的分子和细胞功能，并探索其与自闭症谱系障碍临床表现的关联 | CHD8杂合敲除的脑类器官及其同基因对照 | 单细胞转录组学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑 | 脑类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |