单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1681	2024-11-17	RB1 Mutations Induce Smoking-Related Bladder Cancer by Modulating the Cytochrome P450 Pathway 2024-Dec, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24409 PMID:39239764	研究论文	研究探讨了RB1基因突变如何通过调节细胞色素P450途径促进吸烟相关的膀胱癌发生	首次揭示了RB1突变在吸烟相关膀胱癌中的作用机制，并阐明了其通过抑制细胞色素P450途径和调节肿瘤免疫微环境来驱动肿瘤发生	研究主要基于TCGA数据集和细胞实验，缺乏临床样本的验证	探讨吸烟引起的RB1突变与膀胱癌发生之间的关系及其分子机制	RB1基因突变、细胞色素P450途径、膀胱癌细胞	数字病理学	膀胱癌	RT-qPCR	NA	转录组数据	使用了The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据集和细胞实验样本
1682	2024-11-17	Identification of psoriasis-associated immune marker G3BP2 through single-cell RNA sequencing and meta analysis 2024-Dec, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13851 PMID:39267394	研究论文	通过单细胞RNA测序和元分析识别与银屑病相关的免疫标记物G3BP2	结合单细胞RNA测序和元分析，揭示银屑病在细胞水平的潜在机制，并识别出具有统计学意义的免疫调节标记基因	研究样本量较小，仅涉及12名银屑病患者	揭示银屑病的发病和进展机制，并寻找有效的治疗靶点	银屑病患者的皮肤组织样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12名银屑病患者的皮肤组织样本
1683	2024-11-17	Spatial proteomics and transcriptomics of the maternal-fetal interface in placenta accreta spectrum 2024-Dec, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.004 PMID:39349165	研究论文	研究探讨了在严重胎盘植入谱（PAS）病例中，母胎界面在胎盘植入（胎盘增厚）情况下的蛋白质组学和转录组学变化	通过系统生物学方法，结合免疫组化、空间转录组学和蛋白质组学，揭示了胎盘植入区域中T细胞和转录因子的空间分布变化，以及与细胞凋亡抑制和细胞粘附相关的蛋白质表达变化	研究主要集中在胎盘植入区域，未涵盖所有PAS病例，且未探讨这些变化对母婴长期健康的影响	探讨胎盘植入谱病例中母胎界面的蛋白质组学和转录组学变化	胎盘植入谱病例中的母胎界面	数字病理学	妊娠相关疾病	免疫组化、空间转录组学、蛋白质组学	NA	蛋白质、基因表达	NA
1684	2024-11-17	STGAT: Graph attention networks for deconvolving spatial transcriptomics data 2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108431 PMID:39461117	研究论文	本文提出了一种名为STGAT的图注意力网络方法，用于解卷积空间转录组数据	STGAT通过生成伪空间转录组数据和构建综合图，利用图注意力网络动态分配权重，显著提高了细胞类型组成的预测准确性	NA	提高空间转录组数据分析的分辨率和准确性	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据的整合与解卷积	数字病理学	NA	图注意力网络	图注意力网络	空间转录组数据	NA
1685	2024-11-17	Integrating transcriptomic data and digital pathology for NRG-based prediction of prognosis and therapy response in gastric cancer 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2426758 PMID:39527470	研究论文	本文研究了非凋亡性细胞死亡相关基因（NRG）在胃癌（GC）中的预后和治疗反应预测作用，并开发了一种基于深度学习的模型	首次将转录组数据与数字病理学结合，构建NRG特征并开发深度学习模型，用于胃癌患者的预后和治疗反应预测	NA	研究非凋亡性细胞死亡相关基因在胃癌中的预后和治疗反应预测作用	胃癌患者的转录组数据和数字病理学图像	数字病理学	胃癌	RNA-seq	ResNet50	图像	NA
1686	2024-11-17	PTEN Loss Shapes Macrophage Dynamics in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3890 PMID:39186679	研究论文	研究PTEN缺失对高级别浆液性卵巢癌中巨噬细胞动态的影响	首次揭示了PTEN缺失导致高级别浆液性卵巢癌中巨噬细胞的特定亚群出现，并提出了针对这些巨噬细胞的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证	探讨PTEN缺失对高级别浆液性卵巢癌免疫微环境的影响及其潜在治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌中的巨噬细胞及其基因表达	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型中的Pten-null腹膜肿瘤样本及人类高级别浆液性卵巢癌样本
1687	2024-11-17	Galectin-9 Mediates the Functions of Microglia in the Hypoxic Brain Tumor Microenvironment 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3878 PMID:39207402	研究论文	研究探讨了Galectin-9在缺氧脑肿瘤微环境中对小胶质细胞功能的影响	揭示了Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞的独特功能，并发现Gal-9高表达的小胶质细胞具有炎症激活和较高的细胞死亡率，而Gal-9低表达的小胶质细胞则具有更强的吞噬能力	研究主要基于小鼠模型和人类胶质母细胞瘤的bulk RNA测序数据，可能需要进一步的人类临床数据验证	阐明Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞功能的调控作用，并探讨其作为治疗靶点的潜力	Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞和巨噬细胞的功能影响	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	RNA	小鼠脑肿瘤模型和人类胶质母细胞瘤样本
1688	2024-11-17	Divergent clinical and immunologic outcomes based on STK11 co-mutation status in resectable KRAS-mutant lung cancers following neoadjuvant immune checkpoint blockade 2024-Nov-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2983 PMID:39545922	研究论文	研究了在可切除的KRAS突变型肺癌中，STK11共突变状态对新辅助免疫检查点阻断治疗后临床和免疫学结果的影响	首次探讨了在可切除的KRAS突变型非小细胞肺癌中，STK11共突变对新辅助免疫检查点阻断治疗后复发风险和免疫反应的影响	研究样本量较小，仅包括13个KRAS突变/STK11野生型肿瘤和6个KRAS突变/STK11突变肿瘤	探讨STK11共突变在可切除的KRAS突变型非小细胞肺癌中对新辅助免疫检查点阻断治疗后临床和免疫学结果的影响	可切除的KRAS突变型非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	13个KRAS突变/STK11野生型肿瘤和6个KRAS突变/STK11突变肿瘤
1689	2024-11-17	SPathDB: a comprehensive database of spatial pathway activity atlas 2024-Nov-15, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1041 PMID:39546631	研究论文	介绍了一个名为SPathDB的综合数据库，用于解析空间通路活动图谱	首次构建了一个包含大量空间转录组数据和生物通路的数据库，提供了对空间异质性功能活动的交互分析和可视化	NA	揭示驱动空间异质性的功能特征和理解复杂的生物过程	人类和小鼠的空间转录组数据及生物通路	生物信息学	癌症	空间转录组测序技术	NA	转录组数据	1689868个空间点，来自84个空间转录组数据集的695个切片，涉及36种组织和疾病
1690	2024-11-17	Integrated proteomics and scRNA-seq analyses of ovarian cancer reveal molecular subtype-associated cell landscapes and immunotherapy targets 2024-Nov-15, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02894-2 PMID:39548315	研究论文	本研究通过蛋白质组学和单细胞RNA测序分析卵巢癌，揭示了分子亚型相关的细胞景观和免疫治疗靶点	本研究识别了四种具有不同临床相关性的蛋白质组亚型，并确定了CD40作为C2亚型的特异性预后因子，以及TYMP抑制剂作为非免疫患者的潜在治疗策略	本研究仅涉及154个卵巢癌肿瘤样本和29个正常输卵管样本，样本量有限	研究卵巢癌的分子亚型及其与治疗的相关性	卵巢癌肿瘤样本和正常输卵管样本	数字病理学	卵巢癌	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA数据	154个卵巢癌肿瘤样本和29个正常输卵管样本
1691	2024-11-17	Contributions of T Cell Signaling for Wound Healing 2024-Nov-14, Journal of burn care & research : official publication of the American Burn Association IF:1.5Q3 DOI:10.1093/jbcr/irae151 PMID:39110034	研究论文	研究探讨了T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制	通过scRNA-seq和免疫荧光成像技术，首次识别了伤口愈合炎症阶段中不同T细胞群体的信号传导特征	研究主要集中在炎症阶段的T细胞信号传导，未来需要进一步研究T细胞在伤口愈合其他阶段的作用	揭示T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制及其对伤口愈合质量的影响	T细胞在伤口愈合过程中的信号传导	NA	NA	scRNA-seq, 免疫荧光成像	NA	RNA, 图像	具体样本数量未在摘要中提及
1692	2024-11-17	Profound cellular defects attribute to muscular pathogenesis in the rhesus monkey model of Duchenne muscular dystrophy 2024-Nov-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.08.041 PMID:39305903	研究论文	研究揭示了在杜氏肌营养不良（DMD）的恒河猴模型中，肌肉病理发生与细胞缺陷之间的关系	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了DMD恒河猴模型中肌肉组织的细胞和分子变化，发现了免疫细胞景观的改变、纤维化纤维脂肪前体细胞（FAPs）的谱系进展方向逆转以及FAPs和肌肉干细胞（MuSCs）对TGF-β的抵抗性	NA	阐明在病理条件下肌肉组织中多种细胞类型的细胞和分子变化	杜氏肌营养不良（DMD）的恒河猴模型中的肌肉组织	数字病理学	肌肉疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1693	2024-11-17	Chemokine expression profile of an innate granuloma 2024-Nov-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96425 PMID:39541153	研究论文	研究了先天性肉芽肿中趋化因子的表达谱及其在免疫细胞组织中的作用	建立了小鼠感染模型，揭示了趋化因子在肉芽肿形成中的动态表达和作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	探讨趋化因子在先天性肉芽肿形成中的作用及其对免疫反应的影响	趋化因子的空间和时间表达及其在肉芽肿形成中的作用	NA	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠感染模型
1694	2024-11-17	Monocyte Invasion into the Retina Restricts the Regeneration of Neurons from Müller Glia 2024-Nov-13, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0938-24.2024 PMID:39353729	研究论文	研究探讨了单核细胞侵入视网膜对Müller胶质细胞神经元再生的抑制作用	发现外周免疫系统的反应是视网膜再生策略的障碍，并揭示了Osteopontin信号轴在抑制哺乳动物神经发生中的作用	Ascl1只能重新编程部分Müller胶质细胞为神经元	研究如何刺激成年视网膜中的Müller胶质细胞再生神经元	Müller胶质细胞和视网膜中的神经元再生	NA	NA	scRNA-seq分析	NA	单细胞RNA测序数据	CCR2敲除小鼠（雌雄两性）
1695	2024-11-17	Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of quinoa salt bladders 2024-Nov-13, Stress biology DOI:10.1007/s44154-024-00189-3 PMID:39532803	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了藜麦盐囊泡的发育轨迹和转录调控网络	首次通过单细胞RNA测序构建了藜麦盐囊泡的细胞图谱，并识别了13个不同的细胞集群，揭示了盐囊泡发育过程中的关键调控因子	研究主要集中在藜麦盐囊泡的发育机制，未涉及其在实际农业生产中的应用	揭示藜麦盐囊泡的发育机制及其在盐胁迫下的耐受性	藜麦盐囊泡的发育过程及其转录调控网络	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	藜麦幼叶来源的原生质体
1696	2024-11-17	N-CADHERIN+/CD168- subpopulation determines therapeutic variations of UC-MSCs for cardiac repair after myocardial infarction 2024-Nov-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04032-4 PMID:39533355	研究论文	研究探讨了不同供体来源的间充质干细胞（MSCs）在心肌梗死（MI）治疗中的疗效差异，并确定了N-CADHERIN+/CD168-亚群在提高治疗效果中的关键作用	首次揭示了N-CADHERIN+/CD168-亚群在间充质干细胞治疗心肌梗死中的功能作用，并发现该亚群与促进血管生成密切相关	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索间充质干细胞在心肌梗死治疗中的疗效差异机制，并确定筛选高效MSCs的标准	不同供体来源的脐带间充质干细胞（UC-MSCs）及其在心肌梗死治疗中的疗效	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	10,463个脐带间充质干细胞
1697	2024-11-17	Phenotypic and transcriptomic profiling of induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived NK cells and their cytotoxicity against cancers 2024-Nov-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04029-z PMID:39533434	研究论文	研究通过单层无饲养层分化协议生成的诱导多能干细胞（iPSC）衍生的自然杀伤（NK）细胞的表型和转录组特征，并评估其对癌症的细胞毒性	开发了一种更高效的方法，通过单层无饲养层分化协议生成iNK细胞，并优化了培养基	NA	探索iPSC衍生的NK细胞在癌症免疫治疗中的潜力	iPSC衍生的NK细胞及其对胆管癌和乳腺癌细胞的细胞毒性	细胞生物学	癌症	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	iPSC衍生的NK细胞、外周血NK细胞、NK-92细胞系、胆管癌细胞系、乳腺癌细胞系
1698	2024-11-17	The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial 2024-Nov-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54290-2 PMID:39537648	临床试验	评估IL-1β抑制剂canakinumab在先前治疗过的低风险骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的安全性和疗效	首次在临床试验中评估IL-1β抑制剂canakinumab对低风险MDS患者无效红细胞生成的挽救作用	研究样本量较小，且仅限于低遗传复杂性的患者	评估IL-1β信号通路靶向治疗在低风险MDS患者中的临床效果	先前治疗过的低风险MDS患者	NA	骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	25名患者
1699	2024-11-17	Single-cell transcriptomics reveals the molecular basis of human iPS cell differentiation into ectodermal ocular lineages 2024-Nov-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07130-4 PMID:39532995	研究论文	本文利用单细胞转录组学研究了人类诱导多能干细胞（hiPSCs）分化为眼外胚层谱系的分子基础	本文揭示了眼外胚层细胞在SEAM形成过程中的发育轨迹，并展示了从多能性到组织特化和分化的进展	NA	研究人类诱导多能干细胞分化为眼外胚层谱系的分子机制	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）分化为眼外胚层谱系的分子基础	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	12周内的多个时间点样本
1700	2024-11-17	Single-cell and bulk transcriptome analysis reveals tumor cell heterogeneity and underlying molecular program in uveal melanoma 2024-Nov-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05831-2 PMID:39533334	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组分析揭示了葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞异质性及其潜在的分子机制	首次通过单细胞转录组分析揭示了葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞异质性，并开发了一种基于机器学习的9基因签名用于患者分层	研究仅限于17个肿瘤样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	揭示葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞异质性及其对患者分层的潜在影响	葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞及其分子特征	数字病理学	眼癌	单细胞转录组测序	机器学习	转录组数据	37,660个恶性细胞来自17个葡萄膜黑色素瘤肿瘤样本