本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1661 | 2025-10-07 |
Gene interactions analysis of brain spatial transcriptome for Alzheimer's disease
2024-Nov, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2024.101337
PMID:39281834
|
研究论文 | 本研究通过分析阿尔茨海默病脑空间转录组数据,揭示了淀粉样蛋白-β积累过程中基因相互作用的动态变化 | 首次基于空间转录组学识别淀粉样蛋白-β积累过程中的多种基因关联,从时空依赖的基因相互作用角度为AD病因研究提供新视角 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 揭示阿尔茨海默病中基因相互作用的时空动态特征 | 小鼠和人类大脑组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组测序,单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单核RNA-seq数据 | 敲除AD和野生型小鼠模型,不同AD小鼠模型,人类单核RNA-seq数据 | NA | 空间转录组学,单核RNA-seq | NA | NA |
| 1662 | 2025-10-07 |
Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model
2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.05.602313
PMID:39026724
|
研究论文 | 本研究通过构建食管上皮细胞Ikkβ条件性敲除小鼠模型,揭示了上皮IKKβ/NFκB信号通路在嗜酸性食管炎发病机制中的关键保护作用 | 首次在实验性过敏小鼠模型中证明食管上皮细胞特异性Ikkβ缺失会加剧嗜酸性食管炎病理特征,并利用单细胞RNA测序技术深入解析了上皮分化和屏障完整性的破坏机制 | 研究基于小鼠模型,其病理特征与人类疾病的完全对应性仍需进一步验证 | 探究上皮IKKβ/NFκB信号通路在嗜酸性食管炎发病机制中的作用 | 食管上皮细胞条件性Ikkβ敲除小鼠 | 单细胞测序分析 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序,RNA测序,组织学分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织学图像数据 | Ikkβ EEC-KO小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1663 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis identifies PLK1 as a driver of immunosuppressive tumor microenvironment in LUAD
2024-Jun, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011309
PMID:38885192
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析发现PLK1是肺腺癌免疫抑制肿瘤微环境的关键驱动因子 | 首次揭示PLK1通过调控CXCL2细胞因子分泌促进肿瘤相关巨噬细胞M2极化和抑制抗原呈递过程的新机制 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类临床样本验证尚不充分 | 探究PLK1在肺腺癌免疫抑制肿瘤微环境形成中的作用机制 | 肺腺癌小鼠模型和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 单细胞分析 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1664 | 2025-10-07 |
Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN
2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761
PMID:39283774
|
研究论文 | 提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法,用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞并进行聚类 | 首次利用张量亲和力学习模块挖掘细胞间的局部-全局平衡拓扑结构,并设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞 | 在无监督场景下发现真实细胞类型仍然具有挑战性 | 开发自动检测锚点细胞和确定聚类数量的单细胞RNA测序数据分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | 张量共享最近邻聚类模型 | 单细胞RNA测序数据 | 合成数据集和真实scRNA-seq数据集,包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1665 | 2025-10-07 |
Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood
2024-09-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092
PMID:39113621
|
研究论文 | 本研究探索从头颈鳞状细胞癌患者外周血单细胞转录组数据推断肿瘤免疫微环境特征的可能性 | 首次证明可从外周血单细胞RNA测序数据推断肿瘤免疫微环境中的免疫细胞比例和基因表达谱,并开发了TIMEP预测工具 | 研究样本量有限,需要在更大规模研究中验证 | 探索从外周血推断肿瘤免疫微环境特征的方法及其在癌症免疫治疗中的应用价值 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个头颈鳞状细胞癌患者数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 外周血单个核细胞和肿瘤组织的单细胞RNA测序 |
| 1666 | 2025-10-07 |
STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer
2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295
PMID:40031511
|
研究论文 | 提出STFormer深度学习模型,通过组织学图像预测结直肠癌空间转录组数据 | 引入Style-Aug模块增强特征泛化能力,采用Cross-WSI Transformer模块有效捕获跨WSI的spot关系 | 在有限WSI数据场景下的性能表现未充分验证 | 开发从组织学图像预测空间转录组数据的成本效益方法 | 结直肠癌组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学,深度学习 | Transformer | 图像,基因表达数据 | 内部和外部数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1667 | 2025-10-07 |
Autofluorescence is a biomarker of neural stem cell activation state
2024-Apr-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.02.011
PMID:38521057
|
研究论文 | 本研究利用自发荧光成像技术识别神经干细胞静息和激活状态的生物标志物 | 首次发现静息神经干细胞在特定溶酶体亚群中富集自发荧光,可作为单细胞水平预测干细胞行为的梯度标志物 | 研究仅限于小鼠神经干细胞,技术应用范围需进一步验证 | 开发非破坏性活细胞成像方法追踪神经干细胞激活状态 | 小鼠神经干细胞 | 细胞生物学 | NA | 荧光寿命成像(FLIM), 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1668 | 2025-10-07 |
Unraveling the immunomodulatory impact of hydroxychloroquine on peripheral T cells using single-cell RNA sequencing
2024-12, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2024.103324
PMID:39405653
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示羟氯喹对外周T细胞的免疫调节作用机制 | 首次在单细胞水平系统阐明羟氯喹对T细胞亚群的差异化调控作用,特别是发现其对CD8+T细胞细胞毒性的增强作用 | 研究主要基于体外实验,需要更多体内实验验证;样本量有限 | 探究羟氯喹对T细胞的免疫调节机制 | 外周T细胞(CD4+T细胞和CD8+T细胞) | 单细胞组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 狼疮患者样本(含羟氯喹治疗组和未治疗组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1669 | 2025-10-07 |
Cellular communication network factor 3 contributes to the pathological process of rheumatoid arthritis through promoting cell senescence and osteoclastogenesis in the joint
2024-12, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2024.103334
PMID:39549484
|
研究论文 | 本研究探讨细胞通讯网络因子3在类风湿关节炎病理过程中的作用机制及治疗潜力 | 首次揭示CCN3通过促进细胞衰老和破骨细胞分化参与类风湿关节炎病理过程,并验证其抗体治疗的潜在价值 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探究CCN3在类风湿关节炎中的分子功能及治疗靶点潜力 | 类风湿关节炎患者的关节组织、滑膜细胞、单核细胞及实验小鼠模型 | 病理学研究 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序、体外细胞培养、动物模型实验 | 实验性关节炎动物模型 | 基因表达数据、细胞表型数据、组织病理数据 | 公共单细胞RNA测序数据集及实验动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1670 | 2025-10-07 |
EZH2 promotes B-cell autoimmunity in primary Sjogren's syndrome via METTL3-mediated m6A modification
2024-12, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2024.103341
PMID:39577129
|
研究论文 | 本研究揭示了EZH2通过METTL3介导的m6A修饰促进原发性干燥综合征中B细胞自身免疫反应的机制 | 首次阐明METTL3通过m6A修饰调控EZH2表达,进而影响B细胞功能的分子机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 探索EZH2在原发性干燥综合征B细胞自身免疫反应中的作用及治疗潜力 | 原发性干燥综合征患者外周血B细胞、唾液腺组织及三种干燥综合征小鼠模型 | 生物医学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序,RNA测序,ChIP测序,ChIP-qPCR,流式细胞术,CFSE检测,RIP实验,放线菌素D实验,m6A-RIP-qPCR | NA | 基因表达数据,表观遗传数据,临床数据 | 原发性干燥综合征患者样本和三种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序,染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 1671 | 2025-10-07 |
PAGE-based transfer learning from single-cell to bulk sequencing enhances model generalization for sepsis diagnosis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae661
PMID:39710434
|
研究论文 | 提出基于单细胞转录组的迁移学习方法scPAGE2,通过整合单细胞和批量转录组数据构建脓毒症诊断模型 | 开发了改进的差异表达基因对分析方法,实现了从单细胞到批量转录组数据的知识迁移 | 模型在更广泛疾病类型和临床场景中的适用性需要进一步验证 | 提高脓毒症诊断模型的泛化能力 | 脓毒症患者和急性髓系白血病患者的转录组数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,批量转录组测序,荧光激活细胞分选 | 迁移学习 | 转录组数据 | 来自三个转录组平台和FACS的七个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1672 | 2025-10-07 |
Metabolic Labeling and Digital Microfluidic Single-Cell Sequencing for Single Bacterial Genotypic-Phenotypic Analysis
2024-11, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202402177
PMID:39077951
|
研究论文 | 开发了一种基于数字微流控的单细菌基因型-表型分析方法,用于抗生素耐药性分析 | 首次将代谢标记与数字微流控单细胞测序相结合,实现单细菌水平的基因型和表型同步分析 | NA | 开发能够同时分析细菌基因型和表型特征的方法,以全面了解抗生素耐药性 | 抗生素耐药性细菌 | 单细胞测序 | 细菌感染 | 全基因组测序,代谢标记,数字微流控 | NA | 基因组数据,荧光图像数据 | NA | NA | 单细胞全基因组测序 | 数字微流控平台 | 数字微流控自动化检测系统,用于单细菌分离和测序 |
| 1673 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing analysis of chronic subdural hematoma cell subpopulations and their potential therapeutic mechanisms
2024-06-01, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析慢性硬膜下血肿患者外周血和血肿中的细胞亚群及其潜在治疗机制 | 首次通过单细胞测序对慢性硬膜下血肿手术切除血肿中的细胞进行全面分类,并发现cDC2和M2巨噬细胞在病灶部位的富集与脑损伤相关 | 样本量有限,需要更大规模研究验证细胞亚群比例与疾病复发的相关性 | 分析慢性硬膜下血肿细胞亚群组成及其与疾病发生发展的关系 | 慢性硬膜下血肿患者的外周血和手术切除的血肿组织 | 单细胞测序分析 | 慢性硬膜下血肿 | 单细胞测序 | UMAP降维聚类分析 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1674 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomic Dataset of RPGR-associated Retinitis Pigmentosa Patient-Derived Retinal Organoids
2024-Nov-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-04124-z
PMID:39592612
|
研究论文 | 本研究利用正常和RPGR突变的人诱导多能干细胞来源的视网膜类器官,通过单细胞RNA测序分析了71,096个细胞,探索RPGR相关视网膜色素变性的发病机制 | 首次提供了RPGR相关视网膜色素变性患者来源视网膜类器官的单细胞转录组数据集,涵盖了四个发育阶段 | 研究机制尚未完全阐明,有效治疗方法仍有待开发 | 探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制,为靶向治疗开发提供支持 | 正常和RPGR突变的人诱导多能干细胞来源的视网膜类器官 | 单细胞转录组学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 71,096个细胞(对照组33,839个,RPGR组37,257个),涵盖40、90、150和200天四个发育阶段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1675 | 2025-10-07 |
Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages
2024-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181686
PMID:39405117
|
研究论文 | 本研究揭示了PADI2和PADI4缺失通过抑制NLRP3+巨噬细胞改善脓毒症诱导的急性肺损伤的机制 | 首次发现PADI2和PADI4双敲除通过调节NLRP3/Ym1轴促进抗炎巨噬细胞分化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体作用机制 | 铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型 | 单细胞组学 | 脓毒症诱导急性肺损伤 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1676 | 2025-10-07 |
A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.18.624210
PMID:39605632
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中起关键作用 | 首次发现PIEZO2作为脂肪组织感觉神经支配的主要机械受体,揭示了非传统机械活性器官中的机械感觉机制 | 未明确PIEZO2在脂肪组织中的具体机械刺激来源及其下游信号通路 | 探究脂肪组织感觉神经支配的分子机制 | 脂肪组织神经支配的背根神经节神经元 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 器官靶向单细胞RNA测序 |
| 1677 | 2025-10-07 |
Multidimensional profiling of human T cells reveals high CD38 expression, marking recent thymic emigrants and age-related naive T cell remodeling
2024-10-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.019
PMID:39321807
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析鉴定人类近期胸腺迁出细胞并揭示年龄相关的幼稚T细胞重塑动态 | 首次通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq联合分析确定SOX4、IKZF2、TOX和CD38作为人类RTEs的分子标志物,并发现CD38表面表达可普遍识别CD8和CD4 RTEs | 研究队列规模有限(158名个体),需要更大样本验证 | 阐明人类近期胸腺迁出细胞的分子特征及其在免疫衰老过程中的动态变化 | 人类T细胞,特别是幼稚T细胞和近期胸腺迁出细胞 | 免疫学 | 免疫衰老 | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,单细胞表观基因组数据,流式细胞数据 | 158名个体 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1678 | 2025-10-07 |
Enhancing Endogenous Hyaluronic Acid in Osteoarthritic Joints with an Anti-Inflammatory Supramolecular Nanofiber Hydrogel Delivering HAS2 Lentivirus
2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202400542
PMID:38593309
|
研究论文 | 开发了一种超分子纳米纤维水凝胶用于递送HAS2慢病毒,以增强骨关节炎关节内源性透明质酸产生 | 首次使用地塞米松磷酸钠作为载体构建超分子纳米纤维水凝胶递送HAS2慢病毒,实现内源性HA增强和滑膜炎症抑制的双重功能 | 研究仅在前交叉韧带横断诱导的OA小鼠模型中进行,尚未在更大型动物或临床环境中验证 | 开发新型骨关节炎治疗策略,通过增强内源性透明质酸产生和抑制炎症来延缓疾病进展 | 骨关节炎小鼠模型和滑膜组织细胞 | 生物医学工程 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,慢病毒递送技术 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | 前交叉韧带横断诱导的OA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1679 | 2025-10-07 |
Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614811
PMID:39386686
|
研究论文 | 本研究探讨了TREM2缺陷在不同体重状态下对乳腺癌肿瘤生长的影响及其与T细胞克隆群体的关联 | 首次揭示TREM2缺陷在瘦小鼠而非肥胖或减重小鼠中抑制肿瘤生长,并发现肿瘤与周围脂肪组织间存在共享的T细胞克隆型 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究肥胖与乳腺癌预后的关联机制及TREM2在其中的作用 | 绝经后乳腺癌小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, VDJ测序 | 基因敲除模型 | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 不同饮食干预组的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1680 | 2025-10-07 |
Analyses of combined Merkel cell carcinomas with neuroblastic components suggests that loss of T antigen expression in Merkel cell carcinoma may result in cell cycle arrest and neuroblastic transdifferentiation
2024-09, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6304
PMID:39049595
|
研究论文 | 本研究通过对两例合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌进行多组学分析,探讨了T抗原表达缺失导致细胞周期停滞和神经母细胞转分化的机制 | 首次对合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌进行全面的形态学、免疫组化、转录组、遗传和表观遗传特征分析,揭示了T抗原表达缺失与神经母细胞转分化的关联 | 仅分析了两例罕见病例,样本量有限 | 探究默克尔细胞癌中神经母细胞分化的分子机制 | 两例合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌病例 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 全外显子测序,空间转录组学,DNA甲基化分析,免疫组化 | NA | 基因组数据,转录组数据,表观遗传数据,病理图像 | 2例老年男性患者的肿瘤样本 | NA | 全外显子测序,空间转录组学,DNA甲基化分析 | NA | NA |