单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1641	2025-02-02	Molecular Organization of Autonomic, Respiratory, and Spinally-Projecting Neurons in the Mouse Ventrolateral Medulla 2024-Jul-31, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2211-23.2024 PMID:38918066	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，创建了小鼠腹外侧延髓（VLM）细胞的全面数据集，揭示了VLM中神经元和星形胶质细胞的分子和细胞组织	首次通过单细胞RNA测序技术，系统地识别了VLM中23种神经元亚型和5种星形胶质细胞亚型，并验证了脊髓投射神经元的丰富性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	揭示腹外侧延髓（VLM）中神经元和星形胶质细胞的分子和细胞组织，以更好地理解VLM在重要功能和运动控制中的作用	小鼠腹外侧延髓（VLM）中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	114,805个VLM细胞
1642	2025-02-01	TNFα has differential effects on the transcriptome profile of selected populations in murine cartilage 2024-Dec, Osteoarthritis and cartilage open DOI:10.1016/j.ocarto.2024.100528 PMID:39494399	研究论文	本文研究了肿瘤坏死因子α（TNFα）对小鼠软骨细胞转录组的影响，特别是在总RNA和单细胞分辨率下的差异	通过单细胞RNA测序技术，揭示了TNFα对不同细胞群体的转录组影响，特别是对炎症反应和基质生物合成的抑制作用	研究仅限于新生C57BL/6小鼠的软骨细胞，可能不适用于其他物种或年龄段的细胞	探讨TNFα在软骨细胞炎症反应中的作用	新生C57BL/6小鼠的软骨细胞	生物信息学	骨关节炎	RNA-Seq, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	14,239个细胞和24,320个基因
1643	2025-02-01	Spatial resolution of the head and neck cancer tumor microenvironment to identify tumor and stromal features associated with therapy response 2024-10, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12811 PMID:39048134	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，解析头颈癌肿瘤微环境中的特征，以识别与治疗反应相关的肿瘤和基质特征	首次结合NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler和Akoya PhenoCycler-Fusion技术，对头颈癌肿瘤微环境进行高精度空间转录组和蛋白质组分析，揭示了与免疫治疗反应相关的生物标志物	样本量较小，仅包含12名患者的25个肿瘤核心，可能限制结果的普适性	识别头颈癌肿瘤微环境中与免疫治疗反应相关的生物标志物	头颈癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	头颈癌	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, Akoya PhenoCycler-Fusion	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	12名患者的25个肿瘤核心
1644	2025-02-01	Computational estimation of clonal diversity in autoimmunity 2024-09, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12801 PMID:39010261	综述	本文综述了当前用于从单细胞T细胞受体和B细胞受体测序中测量多样性的方法，并讨论了单细胞测序和多样性估计在自身免疫性疾病发现和治疗创新中的突破	讨论了单细胞测序和多样性估计在自身免疫性疾病研究中的应用及其重要性	NA	探讨适应性免疫系统中多样性的测量和解释方法，及其在自身免疫性疾病中的作用	单细胞T细胞受体和B细胞受体测序数据	生物信息学	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
1645	2025-02-01	Discovery of a monoclonal, high-affinity CD8+ T-cell clone following natural hepatitis C virus infection 2024-08, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12791 PMID:38855806	研究论文	本文报道了在自然感染丙型肝炎病毒（HCV）后，发现了一种单克隆、高亲和力的CD8+ T细胞克隆	首次在急性HCV感染后直接从体内分离出特异性针对HCV衍生HLA I类表位的单克隆CD8 T细胞群体，并发现其具有异常长的抗原解离时间	研究仅基于两个个体的样本，样本量较小，可能限制了结果的普遍性	研究HCV感染后CD8 T细胞的特异性反应及其TCR-pMHC相互作用的特性	HCV感染后的CD8 T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞测序，HLA-多聚体染色	NA	细胞数据	两个个体的样本
1646	2025-02-01	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.12.603155 PMID:39071344	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在单细胞水平上比较了早期妊娠胎盘细胞滋养层与滋养层干细胞的转录组差异，并揭示了不同胎盘区域CTB的异质性	样本量相对较小（6个正常胎盘和3个TSC系），且仅关注了早期妊娠阶段	探究早期妊娠胎盘细胞滋养层的转录多样性，并比较其与滋养层干细胞的异同	早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）和滋养层干细胞（TSC）	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	6个正常胎盘（4个6-8周，2个12-14周）和3个TSC系
1647	2025-02-01	Characterization of NOD-like receptor-based molecular heterogeneity in glioma and its association with immune micro-environment and metabolism reprogramming 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1498583 PMID:39882240	研究论文	本研究揭示了NOD样受体（NLR）信号通路在高级别胶质瘤中的特征及其与胶质母细胞瘤（GBM）患者临床异质性的关联，并探讨了NLR通路核心基因在GBM发生和发展中的作用	首次基于NLR基因表达谱将GBM患者分为具有不同临床结果的两个亚型，并开发了基于NLR表达谱的GBM预后标志物	研究主要依赖于转录组数据，缺乏对NLR信号通路在GBM中具体机制的深入实验验证	揭示NLR信号通路在GBM中的特征及其与临床异质性的关联，并探索NLR通路核心基因在GBM发生和发展中的作用	496名具有完整预后信息的GBM患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组数据分析，单细胞测序	NMF聚类算法，LASSO和COX回归分析，随机森林算法	转录组数据	496名GBM患者
1648	2025-01-31	Transcriptional Profiling of Testis Development in Pre-Sexually-Mature Hezuo Pig 2024-Dec-29, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47010010 PMID:39852125	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对合作猪（HZP）青春期前一个月龄的睾丸进行了转录组分析，揭示了不同细胞类型在精子发生过程中的转录变化	首次在合作猪中应用单细胞RNA测序技术，揭示了睾丸发育过程中不同细胞类型的转录变化，为理解精子发生和睾丸细胞生物学提供了新的见解	研究仅针对一个月龄的合作猪睾丸，未涵盖更广泛的发育阶段或不同品种的猪	探索合作猪青春期前睾丸发育过程中的细胞类型和转录变化	合作猪（HZP）一个月龄的睾丸	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	14,276个细胞
1649	2025-01-31	Application of Spatial Transcriptomics in Digestive System Tumors 2024-Dec-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15010021 PMID:39858416	综述	本文综述了空间转录组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用，包括其在揭示肿瘤空间结构、异质性、肿瘤微环境及细胞间相互作用方面的作用，以及在诊断、预后和治疗中的应用	结合空间转录组学与单细胞RNA测序（scRNA-seq）、人工智能和机器学习在消化系统癌症研究中的重要性	技术挑战和应用前景仍需进一步探讨	探讨空间转录组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用及其前景	消化系统肿瘤	数字病理学	消化系统肿瘤	空间转录组学, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1650	2025-01-31	SSL5-AnxA5 Fusion Protein Constructed Based on Human Atherosclerotic Plaque scRNA-Seq Data Preventing the Binding of Apoptotic Endothelial Cells, Platelets, and Inflammatory Cells 2024-Dec-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13010008 PMID:39857592	研究论文	本文基于人类动脉粥样硬化斑块的单细胞RNA测序数据，构建了SSL5-AnxA5融合蛋白，用于防止凋亡内皮细胞、血小板和炎症细胞的结合	通过单细胞测序分析，识别了SAP和ACS患者斑块中annexin V和P-selectin糖蛋白配体1通路的显著变化，并构建了SSL5-AnxA5融合蛋白，展示了其在防止细胞间相互作用中的潜力	NA	研究SSL5-AnxA5融合蛋白在防止动脉粥样硬化斑块破裂后局部炎症中的作用	凋亡内皮细胞、血小板和炎症细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、PCR、Western blot、流式细胞术、免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	SAP和ACS患者的斑块样本
1651	2025-01-31	Disruption of immune responses by type 1 diabetes exacerbates SARS-CoV-2 mediated lung injury 2024-Dec-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00250.2024 PMID:39320093	研究论文	本文研究了1型糖尿病（T1DM）对COVID-19肺炎严重程度的影响，通过小鼠模型发现高血糖小鼠表现出更严重的肺损伤和免疫反应受损	引入了一种新技术，用于将高度固定的组织消化成单细胞悬液，适用于流式细胞术分析，并揭示了T1DM小鼠肺部T细胞募集减少和炎症性巨噬细胞的特征	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类数据，且样本量未明确说明	评估1型糖尿病是否加剧COVID-19肺炎的严重程度，并探索其潜在机制	野生型小鼠感染小鼠适应的SARS-CoV-2病毒	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、流式细胞术	小鼠模型	转录组数据、流式细胞数据	NA
1652	2025-01-31	Deciphering cell states and the cellular ecosystem to improve risk stratification in acute myeloid leukemia 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf028 PMID:39865982	研究论文	本文通过构建急性髓性白血病（AML）单细胞转录组图谱，提出sciNMF工作流程，系统解析细胞异质性，并开发了ACE特征（ACEsig）以预测AML预后	提出了sciNMF工作流程，识别了26种与临床变量、突变和预后相关的白血病和免疫细胞状态，并开发了ACE特征（ACEsig）以预测AML预后	NA	提高急性髓性白血病（AML）的风险分层精度	急性髓性白血病（AML）患者	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	sciNMF	单细胞转录组数据	公共RNA-seq队列
1653	2025-01-31	A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08002-x PMID:39415002	研究论文	本文构建了一个全面的产前人类皮肤多组学参考图谱，揭示了非免疫细胞与免疫细胞之间的相互作用在皮肤形态发生中的关键作用	首次构建了产前人类皮肤的多组学参考图谱，揭示了免疫细胞在皮肤形态发生中的非传统功能	皮肤器官模型缺乏免疫细胞，且内皮细胞异质性和数量显著减少	研究产前人类皮肤的形态发生机制，特别是免疫细胞在其中的作用	产前人类皮肤（7-17周）和皮肤器官模型	生物医学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	皮肤器官模型（SkO）	单细胞和空间转录组数据	产前人类皮肤（7-17周）和皮肤器官模型
1654	2025-01-31	Construction and Validation of a Novel T/NK-Cell Prognostic Signature for Pancreatic Cancer Based on Single-Cell RNA Sequencing 2024-Nov, Cancer investigation IF:1.8Q3 DOI:10.1080/07357907.2024.2424328 PMID:39523741	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，构建并验证了一种新的胰腺癌T/NK细胞预后特征模型	首次利用单细胞RNA测序技术，识别出胰腺癌原发肿瘤与肝转移之间的T/NK细胞亚群差异，并构建了基于6个特定基因的预后模型	样本量较小，仅包括3名胰腺癌患者的配对原发和转移肿瘤组织	研究胰腺癌原发肿瘤与转移肿瘤之间的差异，并构建预后模型	胰腺癌患者的原发和转移肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	3名胰腺癌患者的配对原发和转移肿瘤组织
1655	2025-01-31	Scoping Review: Methods and Applications of Spatial Transcriptomics in Tumor Research 2024-Sep-06, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16173100 PMID:39272958	综述	本文综述了空间转录组学（ST）在肿瘤研究中的方法和应用，总结了当前的方法、趋势和数据分析技术	总结了空间转录组学在肿瘤研究中的最新进展和应用，提出了提高研究可重复性和可靠性的建议	近一半的研究缺乏全面的数据处理协议，影响了其可重复性	探讨空间转录组学在肿瘤研究中的挑战和实际应用	肿瘤组织和肿瘤微环境	数字病理学	癌症	空间转录组学（ST）、单细胞测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、免疫组织化学数据	分析了41篇截至2023年底发表的文章和公共数据仓库
1656	2025-01-31	Delving deeper into the mechanisms fundamental to HIV-associated immunopathology using single-cell sequencing techniques: A scoping review of current literature 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35856 PMID:39224354	综述	本文通过综述14篇已发表的HIV相关单细胞RNA测序研究，探讨了HIV感染和发病机制的潜在机制，并探索了HIV疾病进展和抗病毒治疗的潜在候选生物标志物	利用单细胞RNA测序技术深入探讨HIV相关免疫病理学的基本机制，识别特定细胞类型的转录变化，作为HIV疾病监测和治疗靶向的潜在生物标志物	综述文章，未进行新的实验研究，依赖于已有文献的分析	探讨HIV感染和发病机制的潜在机制，并探索HIV疾病进展和抗病毒治疗的潜在候选生物标志物	HIV感染者	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14篇已发表的研究
1657	2025-01-29	Molecular dynamics of chemotactic signalling orchestrates dental pulp stem cell fibrosis during aging 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1530644 PMID:39866843	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了衰老过程中牙髓纤维化的分子机制，特别是Ccrl2巨噬细胞在早期衰老阶段的脆弱性	发现了RARRES2/CCRL2/CMKLR1轴在牙髓纤维化中的作用，为针对巨噬细胞和调节免疫微环境的治疗策略提供了新视角	研究主要基于单细胞转录组分析，需要进一步的体内实验验证	揭示衰老过程中牙髓纤维化的分子机制	牙髓干细胞和巨噬细胞	分子生物学	牙髓疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	包括自有和公开数据集中的样本
1658	2025-01-31	Tuberculous meningitis diagnosis and treatment: classic approaches and high-throughput pathways 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1543009 PMID:39867878	综述	本文综述了结核性脑膜炎（TBM）的诊断和治疗方法，包括传统方法和高通量技术	探讨了核酸检测、基因组学、代谢组学和蛋白质组学等新技术在TBM诊断中的应用，提高了诊断的敏感性和特异性	未提及具体的研究局限性	优化TBM诊断策略，探索多组学技术的整合和临床转化	结核性脑膜炎（TBM）	数字病理学	结核性脑膜炎	核酸检测、基因组学、代谢组学、蛋白质组学、Xpert Ultra、mNGS、单细胞测序	NA	核酸、代谢物、蛋白质	NA
1659	2025-01-31	Infiltrating lipid-rich macrophage subpopulations identified as a regulator of increasing prostate size in human benign prostatic hyperplasia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1494476 PMID:39867899	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了人类良性前列腺增生（BPH）中浸润的富含脂质的巨噬细胞亚群，并探讨了这些细胞在前列腺体积增大中的作用	首次定义了BPH中的两种新的免疫亚群——TREM2high和MARCOhigh巨噬细胞，并揭示了这些富含脂质的巨噬细胞在前列腺体积增大和症状加重中的潜在作用	需要进一步研究以评估针对这些细胞的治疗在BPH中的益处	探讨巨噬细胞亚群在前列腺体积增大中的作用及其对BPH的影响	人类良性前列腺增生（BPH）组织中的巨噬细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	20个人类前列腺样本（10个大前列腺和10个小前列腺）
1660	2025-01-31	Single-cell transcriptome analysis of medaka lymphocytes reveals absence of fully mature T cells in the thymus and the T-lineage commitment in the kidney 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1517467 PMID:39867910	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了青鳉淋巴细胞发育的独特特征，特别是在胸腺中缺乏完全成熟的T细胞以及肾脏中T系细胞的早期承诺	首次在青鳉中通过单细胞转录组分析揭示了其淋巴细胞发育的独特特征，包括胸腺中缺乏完全成熟的T细胞和肾脏中T系细胞的早期承诺	研究仅限于青鳉和斑马鱼两种模式生物，可能无法完全代表所有硬骨鱼的淋巴细胞发育机制	探讨青鳉和斑马鱼在淋巴细胞发育中的分子和细胞机制的差异	青鳉的淋巴细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	野生型和突变型青鳉的淋巴细胞