单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1621	2024-11-19	Identification of PDLIM1 as a glioblastoma stem cell marker driving tumorigenesis and chemoresistance 2024-Nov-15, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02241-7 PMID:39548074	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞标记物，驱动肿瘤发生和化学抗性	首次鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞的新标记物，并揭示其在肿瘤发生和化学抗性中的作用	NA	识别新的胶质母细胞瘤干细胞标记物，以改善诊断和靶向治疗	胶质母细胞瘤干细胞及其在肿瘤进展、复发和化学抗性中的作用	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	NA
1622	2024-11-19	Defective germinal center selection results in persistence of self-reactive B cells from the primary to the secondary repertoire in Primary Antiphospholipid Syndrome 2024-Nov-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54228-8 PMID:39548093	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）谱分析、CITEseq分析和单细胞永生化技术，研究了原发性抗磷脂综合征（PAPS）患者外周血和骨髓中自反应性B细胞的起源	发现抗磷脂（aPL）特异性B细胞存在于幼稚B细胞区室中，具有多反应性，并源自天然B细胞库；此外，这些B细胞在PAPS患者中未被清除，可能由于生发中心选择缺陷而持续存在，并在记忆和长寿浆细胞阶段变得较少多反应性	NA	揭示原发性抗磷脂综合征（PAPS）中自反应性B细胞的存活机制，并提出潜在的治疗靶点	原发性抗磷脂综合征（PAPS）患者的自反应性B细胞	NA	原发性抗磷脂综合征	单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）谱分析、CITEseq分析、单细胞永生化	NA	RNA	NA
1623	2024-11-19	Single cell-spatial transcriptomics and bulk multi-omics analysis of heterogeneity and ecosystems in hepatocellular carcinoma 2024-Nov-15, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00752-1 PMID:39548284	研究论文	本研究通过单细胞空间转录组学和批量多组学分析，揭示了肝细胞癌（HCC）生态系统的异质性和多样性	首次全面分析了HCC细胞在塑造肿瘤生态系统中的核心作用，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的代谢紊乱和免疫功能障碍	研究样本量较小，仅包括六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照	探讨肝细胞癌的异质性和生态系统构成	肝细胞癌（HCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肝癌	单细胞空间转录组学和批量多组学分析	NA	转录组数据	六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照
1624	2024-11-19	Multi-omics-driven discovery of invasive patterns and treatment strategies in CA19-9 positive intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05854-9 PMID:39548460	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了CA19-9阳性肝内胆管癌的分子特征和治疗靶点	首次系统地阐明了CA19-9阳性肝内胆管癌的临床、基因组、转录组和免疫特征，并揭示了与糖酵解相关的细胞群及其促进癌症的机制	NA	支持CA19-9阳性肝内胆管癌的个性化治疗	CA19-9阳性肝内胆管癌	数字病理学	肝内胆管癌	多组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	7个临床队列、2个全外显子测序队列、6个RNA测序/微阵列队列、1个蛋白质组队列、20个单细胞RNA测序样本、1个空间转录组样本、52个组织微阵列样本
1625	2024-11-19	Single-cell transcriptomics link gene expression signatures to clinicopathological features of gonadotroph and lactotroph PitNET 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05821-4 PMID:39548496	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了垂体神经内分泌肿瘤（PitNET）中生殖细胞和催乳细胞的基因表达特征与临床病理特征之间的关系	本研究首次系统地分析了生殖细胞和催乳细胞PitNET的单细胞转录组数据，揭示了肿瘤微环境细胞与肿瘤侵袭性行为之间的关系	本研究仅基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，未涉及其他类型的数据或技术	探讨垂体神经内分泌肿瘤中不同细胞类型的基因表达特征与临床病理特征之间的关系	生殖细胞和催乳细胞垂体神经内分泌肿瘤	数字病理学	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7个生殖细胞PitNET和3个催乳细胞PitNET的单细胞RNA测序数据，以及134个PitNET的批量RNA测序数据
1626	2024-11-19	Efficacy and safety of novel multiple-chain DAP-CAR-T cells targeting mesothelin in ovarian cancer and mesothelioma: a single-arm, open-label and first-in-human study 2024-Nov-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01405-5 PMID:39548510	研究论文	研究了针对间皮素的多链DAP-CAR-T细胞在卵巢癌和间皮瘤中的疗效和安全性	开发了多链DAP-CAR-T细胞，通过结合自然杀伤细胞免疫球蛋白样受体截短子和DAP12，显示出比其他自然杀伤细胞激活受体更好的细胞毒性和肿瘤杀伤能力	研究样本量较小，仅涉及8名患者，且结果主要基于体外实验和动物模型	评估多链DAP-CAR-T细胞在治疗卵巢癌和间皮瘤中的安全性和疗效	卵巢癌和间皮瘤患者	免疫治疗	卵巢癌	CAR-T细胞疗法	多链DAP-CAR-T细胞	细胞	8名表达间皮素的卵巢癌和间皮瘤患者
1627	2024-11-19	Modulation of SRC by SNTB1 activates the Hippo-YAP pathway during colon adenocarcinoma metastasis 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05548-2 PMID:39548564	研究论文	研究探讨了SNTB1通过调节SRC激活Hippo-YAP通路在结肠腺癌转移中的作用	首次揭示了SNTB1与SRC相互作用激活Hippo-YAP通路，促进结肠腺癌转移的机制	NA	探究结肠腺癌转移的分子机制，寻找新的治疗靶点	结肠腺癌及其转移组织	数字病理学	结肠腺癌	RNA测序	NA	RNA	408名结肠腺癌患者
1628	2024-11-19	Phylogenomic workflow for uncultivable microbial eukaryotes using single-cell RNA sequencing - A case study with planktonic ciliates (Ciliophora, Oligotrichea) 2024-Nov-15, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2024.108239 PMID:39551225	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的系统发育工作流程，用于分析不可培养的微生物真核生物，并以浮游纤毛虫为例进行了验证	本文首次提出了一种基于单细胞RNA测序的系统发育工作流程，能够有效处理复杂基因组和非目标序列的问题	本文仅以浮游纤毛虫为例进行了验证，尚未在其他微生物真核生物中进行广泛应用	开发一种适用于不可培养微生物真核生物的系统发育分析工作流程	浮游纤毛虫（Oligotrichea）的系统发育关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共使用了39个转录组样本，其中11个来自公开数据，28个为新产生的数据
1629	2024-11-19	Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621159 PMID:39553941	研究论文	研究探讨了伤口微环境中分泌信号对巨噬细胞代谢的年龄依赖性重编程	首次揭示了早期伤口巨噬细胞中代谢基因表达定义了不同的细胞群体，并发现这些信号以年龄依赖的方式驱动代谢输入和线粒体代谢	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要在人类样本中验证这些发现	探讨伤口微环境中分泌信号如何影响巨噬细胞的代谢，并研究其对炎症和年龄相关疾病的影响	早期伤口中的巨噬细胞及其代谢变化	NA	年龄相关炎症疾病	单细胞RNA测序、单细胞分泌组学	NA	RNA	小鼠早期伤口中的巨噬细胞
1630	2024-11-19	Single-cell, spatial, and fate-mapping analyses uncover niche dependent diversity of cochlear myeloid cells 2024-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621184 PMID:39554030	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱和共生实验，揭示了小鼠耳蜗中五种髓系细胞的共存及其在不同耳蜗隔室中的特定功能	首次全面分析了耳蜗中髓系细胞的多样性及其与微环境的相互作用	研究主要集中在小鼠模型上，未来需在人类样本中验证	探讨耳蜗中髓系细胞的多样性及其在不同微环境中的功能	小鼠耳蜗中的髓系细胞	NA	NA	单细胞转录组学、命运图谱、共生实验	NA	基因表达数据	小鼠耳蜗样本
1631	2024-11-19	Stomatal maturomics: hunting genes regulating guard cell maturation and function formation from single-cell transcriptomes 2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.05.004 PMID:38768655	研究论文	研究通过整合分析三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集，识别出586个在气孔成熟和功能形成过程中特异性上调的基因	首次定义并应用了“maturomics”概念，即组织或器官成熟过程的组学分析，并识别出与气孔成熟和功能形成相关的基因列表	研究主要基于已有的公开数据集，未进行新的实验验证	研究气孔成熟和功能形成过程中基因的调控机制	气孔及其保卫细胞的成熟过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集
1632	2024-11-19	Insights into left-right asymmetric development of chicken ovary at the single-cell level 2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.08.002 PMID:39147128	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析了鸡胚胎发育过程中左右卵巢的基因表达模式，揭示了卵巢不对称发育的分子机制	首次在单细胞水平上揭示了鸡卵巢左右不对称发育的基因表达模式，并识别了特定细胞类型和信号通路在不对称发育中的作用	研究仅限于鸡胚胎发育阶段，未涵盖成年鸡的卵巢发育情况	探讨鸡卵巢左右不对称发育的分子机制	鸡胚胎发育过程中左右卵巢的细胞	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	135,000个细胞，来自鸡胚胎发育的六个不同阶段
1633	2024-11-19	NF-κB-activated oncogene inhibition strategy for cancer gene therapy 2024-Nov, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00828-x PMID:39227689	研究论文	本研究开发了一种名为HOPE的新型癌症基因治疗方法，通过激活外源效应基因CRISPR-Cas13a来抑制癌细胞中的癌基因表达	本研究提出了一种新的癌症治疗策略，通过激活CRISPR-Cas13a来抑制癌基因表达，而不是传统的NF-κB抑制方法	NA	开发一种新的癌症基因治疗方法，抑制癌细胞生长并激活免疫系统	癌细胞中的癌基因TERT、PLK1、KRAS和MYC的mRNA表达	基因治疗	结直肠癌	CRISPR-Cas13a	NA	scRNA-seq数据	多种培养细胞和小鼠模型
1634	2024-11-19	Widespread transposable element dysregulation in human aging brains with Alzheimer's disease 2024-Nov, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.14164 PMID:39356058	研究论文	研究了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中转座元件（TE）的失调现象，并利用大规模RNA测序和全基因组测序数据识别了TE表达的定量性状位点（teQTLs）	首次在人类衰老大脑中系统地描述了TE表达的定量性状位点（teQTLs），并验证了AD相关TE的功能	研究主要集中在AD患者的大脑样本上，可能无法完全代表所有衰老大脑的情况	探讨阿尔茨海默病患者大脑中转座元件的失调现象及其与神经炎症的关系	阿尔茨海默病患者的大脑样本和人类诱导多能干细胞衍生的神经元	基因组学	阿尔茨海默病	RNA测序、全基因组测序、CRISPR干扰（CRISPRi）	NA	基因组数据	三个阿尔茨海默病大脑生物库的样本，共26,188个基因组范围内的显著TE表达QTLs
1635	2024-11-19	From MGUS to multiple myeloma: Unraveling the unknown of precursor states 2024-Nov, Blood reviews IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.blre.2024.101242 PMID:39389906	综述	本文回顾了从单克隆免疫球蛋白病到多发性骨髓瘤的前驱状态的历史、当前定义、风险分层模型的挑战以及新兴技术在预测和改善患者预后中的作用	本文介绍了新兴技术如全基因组测序、肿瘤微环境分析和单细胞RNA测序在分子水平上理解前驱状态的应用	当前的统计模型仅提供平均风险评分，无法在个体层面上预测进展风险	旨在更好地表征单克隆免疫球蛋白病和其他骨髓瘤前驱状态，以提供更精确的个体化风险评估	单克隆免疫球蛋白病和多发性骨髓瘤的前驱状态	NA	多发性骨髓瘤	全基因组测序、肿瘤微环境分析、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1636	2024-11-19	[Current applications and translational prospects of omics technologies in urothelial carcinoma] 2024-Nov-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery] DOI:10.3760/cma.j.cn112139-20240814-00375 PMID:39394630	研究论文	本文探讨了组学技术在尿路上皮癌诊断和治疗中的应用及转化前景	利用基因组学、转录组学和蛋白质组学揭示了尿路上皮癌的分子机制和生物学特性，单细胞组学和空间转录组学进一步加深了对细胞异质性和肿瘤微环境的理解	NA	探讨组学技术在尿路上皮癌诊断和治疗中的应用及转化前景	尿路上皮癌	NA	泌尿系统肿瘤	组学技术	NA	NA	NA
1637	2024-11-19	Comprehensive mapping of somatotroph pituitary neuroendocrine tumour heterogeneity using spatial and single-cell transcriptomics 2024-Nov, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70090 PMID:39548559	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，全面分析了生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤的异质性	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，可视化了正常和肿瘤垂体组织的细胞分布，并揭示了生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤的转录组异质性	NA	研究生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤的驱动基因和机制，以开发新的治疗策略	生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤和正常垂体样本	数字病理学	垂体肿瘤	空间转录组学 (ST) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	生长激素细胞肿瘤和正常垂体样本
1638	2024-11-19	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.26.620414 PMID:39553977	研究论文	研究胰腺腺泡-导管化生过渡状态的DNA甲基化记忆，探讨在缺乏Kras突变的情况下，Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的改变	首次揭示了在缺乏致癌基因突变的情况下，胰腺腺泡-导管化生过渡状态的DNA甲基化记忆，并发现这种记忆与癌症细胞的可塑性相关	研究主要集中在体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探讨胰腺腺泡-导管化生过渡状态的DNA甲基化记忆及其在癌症发生中的作用	胰腺腺泡-导管化生过渡状态的细胞及其DNA甲基化模式	数字病理学	胰腺癌	DNA甲基化测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠模型和体外培养的胰腺细胞
1639	2024-11-19	VAPOR: Variational autoencoder with transport operators decouples co-occurring biological processes in development 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620534 PMID:39554007	研究论文	本文介绍了一种名为VAPOR的方法，通过变分自编码器与传输算子来解耦发育过程中同时发生的生物学过程	VAPOR方法能够将基因表达动态分解为多个子空间，每个子空间的动态由常微分方程模型控制，从而揭示不同生物学过程的多方面时间尺度	NA	开发一种新的计算方法来解耦发育过程中同时发生的生物学过程的基因表达动态	发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	基因表达数据	发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据
1640	2024-11-19	Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619905 PMID:39553982	研究论文	研究探讨了耐药性前列腺癌细胞的蛋白质组和转录组特征，揭示了与形态变化相关的分子特征	采用单细胞蛋白质组学（SCP）结合优化的数据独立采集（DIA）方法，能够在单细胞水平上进行蛋白质的定量分析，并识别出与细胞大小变化相关的蛋白质亚群	NA	研究耐药性前列腺癌细胞的蛋白质组和转录组特征，揭示其分子机制	耐药性前列腺癌细胞及其蛋白质组和转录组特征	数字病理学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学（SCP），数据独立采集（DIA），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据，转录组数据	每天处理60个样本，平均每个细胞识别和定量超过1,300种蛋白质