单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1621	2025-01-23	Preliminary Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Uncovers Adipocyte Heterogeneity in Lipedema 2024-06-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13121028 PMID:38920656	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了脂肪水肿中三种不同的脂肪细胞群体	首次在脂肪水肿中识别出三种具有独特基因特征的脂肪细胞亚群	样本量较小，且仅针对西方人群	研究脂肪水肿的病理机制	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本	生物信息学	脂肪水肿	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本
1622	2025-01-23	Identifying gene expression programs in single-cell RNA-seq data using linear correlation explanation 2024-06, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2024.104644 PMID:38631462	研究论文	本研究利用线性相关解释（linear CorEx）方法，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义的基因表达程序（GEPs）	提出了一种基于机器学习的线性CorEx方法，通过总相关优化函数从scRNA-seq数据中推断GEPs，并展示了其在识别细胞类型和活动程序方面的优越性能	研究主要基于模拟和真实世界的scRNA-seq数据集，可能在实际应用中存在数据特异性的限制	从scRNA-seq数据中推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义的基因表达程序	小鼠齿状回和胚胎结肠发育的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性CorEx	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集
1623	2025-01-23	Ly6Chi Monocytes Are Metabolically Reprogrammed in the Blood during Inflammatory Stimulation and Require Intact OxPhos for Chemotaxis and Monocyte to Macrophage Differentiation 2024-05-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13110916 PMID:38891050	研究论文	本文研究了急性炎症过程中单核细胞的起源和转录重编程，特别是Ly6Chi单核细胞在血液中的代谢重编程及其在趋化和向巨噬细胞分化中的作用	揭示了Ly6Chi单核细胞在急性炎症初期六小时内经历两次主要的转录重编程事件，并证明氧化磷酸化（OxPhos）在这些过程中起关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨急性炎症中单核细胞的代谢重编程及其功能	Ly6Chi单核细胞及其向巨噬细胞的分化	免疫学	炎症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类单核细胞样本
1624	2025-01-23	25-Hydroxycholesterol regulates lysosome AMP kinase activation and metabolic reprogramming to educate immunosuppressive macrophages 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.021 PMID:38640930	研究论文	本文研究了25-羟基胆固醇（25HC）在肿瘤微环境中通过调节巨噬细胞的代谢重编程和免疫抑制功能，影响CD8 T细胞的监视和抗肿瘤反应	揭示了胆固醇-25-羟化酶（Ch25h）通过STAT6转录因子被IL-4和IL-13诱导表达，导致25HC积累，并发现CH25H亚群在免疫抑制巨噬细胞亚群中富集，与多种癌症的较低生存率相关	未明确提及具体局限性	研究25-羟基胆固醇在肿瘤微环境中对巨噬细胞免疫抑制功能和代谢重编程的影响	巨噬细胞、CD8 T细胞、肿瘤微环境	免疫代谢	癌症	scRNA-seq分析	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1625	2025-01-23	A human neural crest model reveals the developmental impact of neuroblastoma-associated chromosomal aberrations 2024-May-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47945-7 PMID:38702304	研究论文	本文通过人类胚胎干细胞分化和单细胞转录组及表观基因组分析，研究了神经母细胞瘤中常见的染色体17q/1q增益对胚胎肿瘤发生的影响	首次使用人类胚胎干细胞模型揭示了染色体拷贝数变异在胚胎肿瘤发生中的具体作用机制	研究主要依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内环境	探讨染色体拷贝数变异如何影响胚胎肿瘤的发生	人类胚胎干细胞及其分化的神经嵴细胞	发育生物学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	人类胚胎干细胞模型	单细胞RNA-seq数据、表观遗传数据	NA
1626	2025-01-23	Circulating myeloid-derived MMP8 in stress susceptibility and depression 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07015-2 PMID:38326622	研究论文	本文探讨了循环髓系细胞特异性蛋白酶MMP8在应激易感性和抑郁症中的作用	揭示了MMP8在应激易感性和抑郁症中的新机制，并提出了针对外周免疫细胞来源的基质金属蛋白酶作为治疗应激相关神经精神疾病的新靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证	研究应激相关疾病如重度抑郁症的潜在机制	人类和应激易感小鼠	神经科学	抑郁症	质谱流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	血清样本和脑组织样本	人类和应激易感小鼠
1627	2025-01-23	Unveiling and validating biomarkers related to the IL-10 family in chronic sinusitis with nasal polyps: insights from transcriptomics and single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1513951 PMID:39830981	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞RNA测序分析，揭示并验证了与IL-10家族相关的慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）生物标志物	首次系统地探索了IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别了新的生物标志物和潜在治疗靶点	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别相关生物标志物和潜在治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	生物信息学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	转录组学分析，单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE, Boruta算法	基因表达数据	多个公开的基因表达数据集（GSE136825, GSE179265, GSE196169）
1628	2025-01-23	Identification and validation of five ferroptosis-related molecular signatures in keloids based on multiple transcriptome data analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1490745 PMID:39834787	研究论文	本研究通过多转录组数据分析，识别并验证了与瘢痕疙瘩形成相关的五个铁死亡相关分子标志物	首次系统地研究了铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的作用，并识别了五个关键基因	样本量相对较小，仅包括24个瘢痕疙瘩和17个正常皮肤样本	探讨铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的分子机制	瘢痕疙瘩和正常皮肤组织	生物信息学	皮肤疾病	转录组数据分析、qRT-PCR、Western blot	LASSO回归	转录组数据、单细胞数据	24个瘢痕疙瘩样本和17个正常皮肤样本
1629	2025-01-22	The transcription factor TCF21 is necessary for adoption of cell fates by Foxd1+ stromal progenitors during kidney development 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.14.607910 PMID:39211232	研究论文	本研究探讨了转录因子TCF21在Foxd1+基质祖细胞命运决定中的作用，揭示了其在肾脏发育中的关键角色	首次使用单细胞RNA测序技术分析了Tcf21缺失对Foxd1+基质祖细胞分化的影响，并发现了一个新的表达Endomucin的细胞群	研究仅针对胚胎期14.5天的肾脏样本，未涉及其他发育阶段或成年肾脏	探究Tcf21在Foxd1+基质祖细胞命运决定中的作用及其对肾脏发育的影响	Foxd1+基质祖细胞及其分化产生的多种细胞类型	发育生物学	先天性肾脏异常	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	32,461个GFP+细胞来自胚胎期14.5天的肾脏样本
1630	2025-01-22	CH6824025, Potent and Selective Discoidin Domain Receptor 1 Inhibitor, Reduces Kidney Fibrosis in Unilateral Ureteral Obstruction Mice 2024-Nov-19, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics IF:3.1Q2 DOI:10.1124/jpet.124.002330 PMID:39379147	研究论文	本研究探讨了新型DDR1抑制剂CH6824025在单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠模型中改善肾纤维化的效果	首次开发并验证了CH6824025作为强效选择性DDR1磷酸化抑制剂在肾纤维化治疗中的潜力	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究CH6824025对肾纤维化的治疗效果及其机制	单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠	生物医学	肾纤维化	10x Visium空间转录组学分析	NA	mRNA表达数据	UUO小鼠模型
1631	2025-01-22	Longitudinal analysis of genetic and epigenetic changes in human pluripotent stem cells in the landscape of culture-induced abnormality 2024-Nov, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01334-8 PMID:39482531	研究论文	本文通过对人类胚胎干细胞（hESCs）在体外培养过程中遗传和表观遗传变化的纵向分析，揭示了培养诱导异常的表型获得机制	首次全面分析了hESCs在体外培养过程中遗传和表观遗传的变化，揭示了20q11.21拷贝数增加和表观遗传变化在培养适应表型表达中的必要性	研究主要基于同基因hESC模型，可能无法完全反映不同遗传背景下的变化	探究hESCs在体外培养过程中遗传和表观遗传变化的分子机制	人类胚胎干细胞（hESCs）	干细胞研究	NA	基因组分析、单细胞转录组分析、单细胞ATAC-seq分析	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA
1632	2025-01-22	Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis 2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225630 PMID:38816066	研究论文	本研究探讨了Takayasu动脉炎（TAK）中血管平滑肌细胞（VSMCs）早衰与血管炎症之间的关联	首次揭示了IL-6通过非经典线粒体定位的磷酸化STAT3（Tyr705）防止MFN2蛋白降解，从而促进VSMCs早衰的机制	研究主要基于体外和离体实验，需要进一步在体内模型中验证	研究TAK中VSMCs早衰是否参与血管炎症及其机制	Takayasu动脉炎患者的血管手术样本	NA	心血管疾病	组织学检查、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-seq	NA	RNA序列数据	TAK患者的血管手术样本
1633	2025-01-22	Single-cell transcriptomics reveal potent extrafollicular B cell response linked with granzyme K+ CD8 T cell activation in lupus kidney 2024-Oct-17, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225876 PMID:39419536	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是发现了与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应	研究样本量有限，且仅针对活动性狼疮性肾炎患者，未涉及其他类型的肾炎或疾病阶段	探索活动性狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观	活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）测序、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、转座酶可及性测序、多重免疫组化	NA	单细胞转录组数据、BCR/TCR序列数据	活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本，以及匹配的对照组的外周血样本
1634	2025-01-22	Continuous cell type diversification throughout the embryonic and postnatal mouse visual cortex development 2024-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.02.616246 PMID:39829740	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，构建了小鼠视觉皮层发育过程中的细胞类型图谱，揭示了细胞类型在不同发育阶段的连续多样化过程	提供了迄今为止最详细的动态分子图谱，直接关联到个体细胞类型和特定发育事件，揭示了视觉皮层发育过程中细胞类型身份连续精细化的分子逻辑	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于人类或其他物种	研究小鼠视觉皮层发育过程中细胞类型的多样化和分子机制	小鼠视觉皮层的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核多组学（Multiome）	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	568,674个高质量单细胞转录组和194,545个高质量单核多组学数据
1635	2025-01-22	CD8+ tissue-resident memory T cells are expanded in primary Sjögren's disease and can be therapeutically targeted by CD103 blockade 2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225069 PMID:38777379	研究论文	本文研究了原发性干燥综合征（pSS）中CD8+组织驻留记忆T细胞（Trm）的表型和功能，以及CD103在其中的作用	首次在pSS中详细描述了CD8+CD103+ Trm细胞的表型和功能，并探索了通过CD103阻断进行治疗的潜力	研究主要基于动物模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床验证	探讨CD8+ Trm细胞在pSS中的作用及其治疗潜力	原发性干燥综合征（pSS）患者和非pSS干燥综合征患者的唾液腺和外周血	免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNAseq）和批量RNA测序	实验性干燥综合征（ESS）小鼠模型	基因表达数据	pSS和非pSS干燥综合征患者的唾液腺和外周血样本，以及ESS小鼠模型
1636	2025-01-22	Characterisation of choroid plexus-infiltrating T cells reveals novel therapeutic targets in murine neuropsychiatric lupus 2024-Jul-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224689 PMID:38531610	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和免疫T细胞受体分析，揭示了小鼠神经精神性狼疮（NPSLE）模型中脉络丛浸润T细胞的特征及其在疾病进展中的作用	首次在NPSLE小鼠模型中详细评估了脉络丛浸润T细胞的特征，并发现了与疾病进展相关的动态转录组变化，为狼疮脑部治疗靶点的识别提供了新视角	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究神经精神性狼疮（NPSLE）疾病进展中脉络丛浸润T细胞的作用及其潜在治疗靶点	MRL/lpr小鼠（NPSLE小鼠模型）的脉络丛组织	生物医学	狼疮	单细胞RNA测序、免疫T细胞受体分析	NA	单细胞转录组数据、免疫T细胞受体数据	MRL/lpr小鼠的脉络丛组织（早期和晚期疾病状态）
1637	2025-01-22	Unveiling inflammatory and prehypertrophic cell populations as key contributors to knee cartilage degeneration in osteoarthritis using multi-omics data integration 2024-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224420 PMID:38325908	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了人类膝关节软骨组织中的炎症和前肥大细胞群在骨关节炎（OA）软骨退化中的关键作用	发现了新的炎症性软骨细胞群（InfC）和前肥大软骨细胞群（preHTC），并验证了它们在OA中的关键作用，同时提出了基于这些细胞群的患者分层策略	样本量相对较小（8名OA患者和3名非OA对照），且仅针对膝关节软骨，未涉及其他关节或更广泛的OA病理机制	研究骨关节炎（OA）中膝关节软骨退化的关键细胞群及其分子机制	人类膝关节软骨组织	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化染色、定量实时PCR	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、全基因组关联研究数据	8名OA患者和3名非OA对照，共19个样本
1638	2025-01-22	Disease activity drives divergent epigenetic and transcriptomic reprogramming of monocyte subpopulations in systemic lupus erythematosus 2024-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225433 PMID:38413168	研究论文	本研究探讨了系统性红斑狼疮（SLE）中不同单核细胞亚群的表观遗传和转录组特征，及其与疾病活动和进展的关系	揭示了SLE疾病活动对单核细胞分化的表观遗传和转录组程序的影响，并识别了单核细胞亚群特异性的改变	研究主要基于DNA甲基化和转录组数据，可能未涵盖所有影响单核细胞功能的因素	研究SLE中单核细胞亚群的表观遗传和转录组特征，以理解疾病活动和进展的机制	SLE患者和健康捐赠者的经典、中间和非经典单核细胞	生物信息学	系统性红斑狼疮	DNA甲基化测序、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	SLE患者和健康捐赠者的单核细胞样本
1639	2025-01-22	Adhesion G Protein-Coupled Receptor Gpr126 (Adgrg6) Expression Profiling in Diseased Mouse, Rat, and Human Kidneys 2024-05-18, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100874 PMID:38786096	研究论文	本文研究了粘附G蛋白偶联受体Gpr126在小鼠、大鼠和人类患病肾脏中的表达特征	揭示了Gpr126在肾脏疾病中的表达变化，特别是在不同类型的肾损伤中的动态表达模式	研究主要基于表达分析，未深入探讨Gpr126在肾脏疾病中的具体功能机制	探讨Gpr126在肾脏疾病中的表达变化及其潜在的治疗靶点价值	小鼠、大鼠和人类的患病肾脏	分子生物学	肾脏疾病	RT-PCR, RNAscope分析, 微阵列分析, 单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	小鼠、大鼠和人类肾脏样本，包括多种肾脏疾病患者
1640	2025-01-22	Single-Cell Transcriptomic Profiling Unveils Dynamic Immune Cell Responses during Haemonchus contortus Infection 2024-05-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100842 PMID:38786064	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，监测了山羊在Haemonchus contortus感染期间外周血单核细胞（PBMCs）的动态免疫细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了H. contortus感染期间宿主PBMCs的细胞类型特异性机制	样本量较小，仅使用了四只山羊	研究H. contortus感染期间宿主免疫反应的遗传机制	山羊的外周血单核细胞（PBMCs）	生物信息学	寄生虫感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	四只山羊（两只感染，两只健康对照）