单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1601	2025-01-24	Unraveling the phenotypic states of human innate-like T cells: Comparative insights with conventional T cells and mouse models 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114705 PMID:39264810	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术，比较了人类胸腺和血液中先天样T细胞与传统T细胞的转录组特征，揭示了它们在效应程序和发展路径上的差异	揭示了人类先天样T细胞与传统T细胞在转录组特征上的差异，并发现了跨物种间的特异性区别，如人类缺乏类型2 T细胞	研究主要基于人类和小鼠模型，可能不适用于其他物种	探索先天样T细胞与传统T细胞的转录组特征及其发展路径	人类胸腺和血液中的先天样T细胞与传统T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	RNA测序数据，流式细胞数据	人类胸腺和血液样本
1602	2025-01-24	Molecular and spatial signatures of human and rat corpus cavernosum physiopathological processes at single-cell resolution 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114760 PMID:39299236	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序，全面描绘了人类和大鼠海绵体在正常和疾病状态下的空间细胞景观	首次在分子水平上揭示了人类和大鼠海绵体的空间异质性，并发现了不同区域机械力信号富集分数的差异及其与成纤维细胞亚型空间分布的相关性	研究主要基于体外实验，可能无法完全反映体内复杂的生理和病理过程	理解海绵体的分子解剖和勃起调控机制	人类和大鼠的海绵体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序	NA	RNA测序数据	人类和大鼠的海绵体样本
1603	2025-01-24	Bioinformatics and machine learning approaches reveal key genes and underlying molecular mechanisms of atherosclerosis: A review 2024-Aug-02, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038744 PMID:39093811	综述	本研究结合生物信息学工具和机器学习方法，探索了动脉粥样硬化的关键基因及其分子网络机制，并进行了药物预测	通过整合多种数据集，利用Lasso回归和随机森林算法筛选出5个关键基因，并首次将这些基因与铁死亡相关基因的表达差异联系起来	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索动脉粥样硬化的关键基因及其分子机制，并进行药物预测	动脉粥样硬化相关基因和分子网络	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序技术	Lasso回归, 随机森林	基因表达数据	GSE20129和GSE90074数据集
1604	2025-01-24	Cell-cell communication and initial population composition shape the structure of potato spindle tuber viroid quasispecies 2024-Mar-29, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koae012 PMID:38252648	研究论文	本文研究了细胞间通讯和初始种群组成如何影响马铃薯纺锤块茎类病毒准种的结构	通过比较缺乏胞间连丝连接的成熟保卫细胞和体外培养的叶肉细胞原生质体中的类病毒变异体积累，揭示了细胞间通讯和初始种群组成对准种结构的影响	研究仅针对马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系，未涵盖其他类病毒或病毒	探讨细胞间通讯和初始种群组成对类病毒准种结构的影响	马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系（PSTVd-I）及其变异体	病毒学	NA	测序技术	NA	RNA序列数据	成熟保卫细胞和体外培养的叶肉细胞原生质体
1605	2025-01-24	Magnetically functionalized hydrogels for high-throughput genomic applications 2024-Jan-22, Advanced materials technologies IF:6.4Q1 DOI:10.1002/admt.202301155 PMID:38645306	研究论文	本文介绍了一种磁化水凝胶珠的简单方法，以提高单细胞基因组学中的分池方法的自动化程度	开发了磁化水凝胶珠的方法，提高了纯化过程的产量和洗涤效率，并实现了分池方法的自动化	未提及具体的技术局限或实验中的挑战	提高单细胞基因组学中分池方法的自动化程度	水凝胶珠	基因组学	NA	BAG-Seq工作流程	NA	基因组数据	NA
1606	2025-01-24	The lysosome-related characteristics affects the prognosis and tumor microenvironment of lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1497312 PMID:39839650	研究论文	本研究探讨了溶酶体相关基因（LAGs）在肺腺癌（LUAD）中的预后和肿瘤微环境影响	构建了一个包含七个关键LAGs的风险特征，用于预测LUAD患者的预后状态，并通过单细胞测序和体外实验验证了CTSH在LUAD中的功能	研究主要依赖于公开的RNA-seq数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究溶酶体相关基因在肺腺癌中的预后和肿瘤微环境影响	肺腺癌（LUAD）患者	生物信息学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归分析	RNA-seq数据	来自TCGA和GEO的肺腺癌RNA-seq数据
1607	2025-01-24	Comparative evaluation of ACetic - MEthanol high salt dissociation approach for single-cell transcriptomics of frozen human tissues 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1469955 PMID:39839668	研究论文	本文介绍了一种用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的醋酸-甲醇高盐解离方法（ACME HS），并与其他方法进行了比较	首次将醋酸-甲醇解离方法优化应用于人类内分泌组织样本，并引入高盐洗涤缓冲液以稳定RNA并防止RNase再激活	NA	开发一种适用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的解离方法，以保留细胞形态和RNA完整性	冷冻人体组织样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA转录组数据	41个组织样本
1608	2025-01-24	Exploring the shared gene signatures and mechanism among three autoimmune diseases by bulk RNA sequencing integrated with single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1520050 PMID:39840076	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，探索了三种自身免疫性疾病（多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎）之间的共享基因特征和机制	结合单细胞RNA测序技术，识别了三种自身免疫性疾病之间的共享基因，并提出了潜在的早期诊断生物标志物	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究三种自身免疫性疾病之间的共享基因特征，寻找早期诊断的生物标志物	多发性硬化症（MS）、系统性红斑狼疮（SLE）和类风湿性关节炎（RA）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的MS、SLE和RA患者数据，以及小鼠模型和临床样本
1609	2025-01-23	Construction of a neutrophil extracellular trap formation-related gene model for predicting the survival of lung adenocarcinoma patients and their response to immunotherapy 2024-Dec-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-463 PMID:39830760	研究论文	本研究构建了一个基于中性粒细胞胞外陷阱形成相关基因（NFRGs）的预后模型，用于预测肺腺癌（LUAD）患者的生存和免疫治疗反应	首次使用NFRGs构建预测LUAD患者生存和免疫治疗反应的预后模型，并验证了其有效性	研究依赖于TCGA和GEO数据集，需要进一步的外部验证和临床实验来确认模型的普适性	构建一个基于NFRGs的预后签名，用于分层LUAD患者并指导个体化管理策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，RT-qPCR	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据集中的LUAD患者样本
1610	2025-01-22	An Integrative Approach to Precision Pre-implantation Genetic Diagnosis by Investigating Single-cell Sequencing, Polygenic Risk Assessment, Artificial Intelligence-guided Embryo Selection and Genome Editing in Embryos with COL4A1 c.1537G>A Mutation 2024 Oct-Dec, Journal of human reproductive sciences DOI:10.4103/jhrs.jhrs_145_24 PMID:39831092	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1611	2025-01-23	Spatial transcriptomics elucidates medulla niche supporting germinal center response in myasthenia gravis-associated thymoma 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114677 PMID:39180749	研究论文	本研究通过空间转录组分析胸腺瘤和胸腺增生样本，揭示了与重症肌无力（MG）相关的胸腺髓质微环境特征	首次使用空间转录组技术详细描述了MG相关胸腺瘤中髓质区域的特定化学因子模式和免疫细胞组成，并发现MG特异性生发中心结构	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普遍性	探讨重症肌无力（MG）与胸腺异常之间的病理联系	胸腺瘤和胸腺增生样本	数字病理学	重症肌无力	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	NA
1612	2025-01-23	Regulatory mechanisms orchestrating cellular diversity of Cd36+ olfactory sensory neurons revealed by scRNA-seq and scATAC-seq analysis 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114671 PMID:39215999	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）分析，揭示了Cd36+嗅觉感觉神经元（OSNs）的细胞多样性调控机制	首次揭示了Cd36+和Cd36-嗅觉感觉神经元在未成熟阶段的差异，并确定了Mef2a和Hdac9作为发育分歧的重要调控因子	研究主要聚焦于Cd36+嗅觉感觉神经元，未全面探讨其他类型嗅觉感觉神经元的调控机制	探究嗅觉感觉神经元中Cd36表达的调控机制及其对细胞多样性的影响	Cd36+和Cd36-嗅觉感觉神经元	单细胞组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	未明确提及样本数量
1613	2025-01-23	DCX knockout ferret reveals a neurogenic mechanism in cortical development 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114508 PMID:39018244	研究论文	本文通过建立DCX基因敲除雪貂模型，揭示了DCX在神经祖细胞增殖和放射状胶质纤维延伸中的关键作用，并利用单核RNA测序和空间转录组学技术，提供了无脑回皮层详细图谱	首次建立DCX基因敲除雪貂模型，该模型能准确复制人类无脑回畸形的关键特征，并揭示了DCX在神经发育中的具体作用机制	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类无脑回畸形的所有复杂性和多样性	研究无脑回畸形的细胞和分子机制，以及DCX基因在神经发育中的作用	DCX基因敲除雪貂模型	神经科学	无脑回畸形	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	DCX基因敲除雪貂模型	基因表达数据，空间转录组数据	NA
1614	2025-01-23	Single-cell RNA sequencing reveals dynamics of gene expression for 2D elongation and 3D growth in Physcomitrium patens 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114524 PMID:39046878	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了苔藓植物Physcomitrium patens从2D到3D生长的基因表达动态	首次在单细胞分辨率下揭示了苔藓植物从2D到3D生长转变的分子特征和细胞异质性	研究仅针对Physcomitrium patens，结果可能不适用于其他植物物种	研究苔藓植物从2D到3D生长转变的分子机制	苔藓植物Physcomitrium patens	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过17,000个单细胞，涵盖所有主要营养组织
1615	2025-01-23	Transcriptional noise, gene activation, and roles of SAGA and Mediator Tail measured using nucleotide recoding single-cell RNA-seq 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114593 PMID:39102335	研究论文	本文介绍了一种时间分辨的新生单细胞RNA测序方法，用于测量酿酒酵母中基因特异性转录噪声和活跃基因的比例	开发了一种新的时间分辨单细胞RNA测序方法，能够测量基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，并揭示了SAGA和Mediator Tail在激活启动子中的重要作用	研究仅限于酿酒酵母，未涉及其他生物体	研究基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，以及SAGA和Mediator Tail在转录调控中的作用	酿酒酵母	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
1616	2025-01-23	Lipid-associated macrophages for osimertinib resistance and leptomeningeal metastases in NSCLC 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114613 PMID:39116206	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌（NSCLC）患者脑脊液中的脂质相关巨噬细胞与奥希替尼耐药及软脑膜转移的关系	发现了一种特定亚型的巨噬细胞（RNASE1_M）与奥希替尼耐药和软脑膜转移的发展相关，并揭示了其通过Midkine（MDK）调节的机制	研究样本量有限，且主要集中于EGFR突变型NSCLC患者，可能不适用于其他类型的肺癌	探讨非小细胞肺癌患者中脂质相关巨噬细胞在奥希替尼耐药和软脑膜转移中的作用	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本
1617	2025-01-23	A human fetal cerebellar map of the late second trimester reveals developmental molecular characteristics and abnormality in trisomy 21 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114586 PMID:39137113	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类胎儿小脑在妊娠18-25周期间的发育过程，揭示了正常和异常发育的分子特征	首次在妊娠晚期第二孕期的人类胎儿小脑中识别了增殖性UBC祖细胞的分布，并描绘了从ARGs到BGPs的两条发育轨迹，同时识别了ORGs作为原始少突胶质细胞祖细胞的来源	研究仅限于妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本，未涵盖其他发育阶段或其他类型的小脑异常	研究人类胎儿小脑在妊娠晚期第二孕期的正常和异常发育过程	人类胎儿小脑样本	生物信息学	唐氏综合症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本
1618	2025-01-23	Human liver sinusoidal endothelial cells support the development of functional human pluripotent stem cell-derived Kupffer cells 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114629 PMID:39146183	研究论文	本文研究了人类多能干细胞（hPSCs）衍生的库普弗细胞（KCs）的发育，并展示了hPSC-肝窦内皮细胞（LSECs）在支持这些细胞稳定移植中的作用	首次展示了hPSC-LSECs能够支持hPSC-YS-巨噬细胞的稳定移植，并通过单细胞RNA测序揭示了移植的YS-巨噬细胞的基因特征	研究主要依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类体内的复杂环境	研究人类库普弗细胞的发育过程及其功能	人类多能干细胞（hPSCs）及其衍生的库普弗细胞（KCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1619	2025-01-23	Identification and Characterization of ATOH7-Regulated Target Genes and Pathways in Human Neuroretinal Development 2024-07-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13131142 PMID:38994994	研究论文	本文研究了ATOH7在人类神经视网膜发育中的调控作用及其靶基因和通路	通过创建ATOH7敲除和eGFP表达的人诱导多能干细胞（hiPSCs），并分化为早期视网膜类器官，结合CUT&RUN-seq和RNA-seq技术，鉴定了ATOH7调控的靶基因和通路	研究中使用的类器官模型可能无法完全模拟体内环境，且人类突变较为罕见，样本量有限	探讨ATOH7在人类神经视网膜发育中的功能及其调控机制	人诱导多能干细胞（hiPSCs）及其分化的早期视网膜类器官	生物医学	视神经发育不全（ONH）和原发性玻璃体持续增生（PHPVAR）	CUT&RUN-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1620	2025-01-23	ScRNA-Seq Analyses Define the Role of GATA3 in iNKT Cell Effector Lineage Differentiation 2024-06-20, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13121073 PMID:38920701	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞转录组分析，探讨了转录因子GATA-3在不变自然杀伤T细胞（iNKT）效应谱系分化中的关键作用	首次详细揭示了GATA-3在iNKT细胞分化中的具体影响，特别是其对iNKT2和iNKT17细胞亚群的缺失及iNKT1细胞分布的改变	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨GATA-3在iNKT细胞效应谱系分化中的具体作用	小鼠的iNKT细胞	免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	小鼠胸腺iNKT细胞