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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1581 | 2025-10-21 |
FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays
2024-Sep-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5063
PMID:39315321
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研究论文 | 本文提供了FixNCut可逆固定方案的优化实用指南,用于单细胞分析中的样本保存 | 开发了可逆固定策略,将样本采集与下游应用分离,避免应激或坏死相关伪影 | NA | 建立可逆固定方案以改善单细胞分析中的样本保存 | 生物样本(组织和细胞悬液) | 单细胞分析 | NA | 可逆固定技术 | NA | 单细胞基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 1582 | 2025-10-19 |
Smyd3-mediated immuno-modulation in HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma mouse models
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110854
PMID:39310755
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Smyd3 ASOs治疗的小鼠口腔癌模型,揭示Smyd3在HPV阴性头颈鳞癌中的免疫调节功能及联合治疗耐药机制 | 首次在体内模型中证明Smyd3通过表观遗传调控I型IFN反应基因影响肿瘤免疫微环境,并系统解析了Smyd3 ASOs与抗PD-1联合治疗的耐药机制 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类患者中验证;耐药机制的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究Smyd3在HPV阴性头颈鳞癌免疫调节中的作用及联合治疗耐药机制 | 小鼠口腔癌模型MOC1肿瘤组织 | 肿瘤免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,反义寡核苷酸技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1583 | 2025-10-18 |
Dysregulation of cell state dynamics during early stages of serous endometrial carcinogenesis
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.15.585274
PMID:38562813
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析,揭示了浆液性子宫内膜癌发生早期阶段的细胞状态动态失调机制 | 首次在SEC小鼠模型中系统描述了正常、癌前和发育异常子宫内膜的细胞类型和状态变化,发现了44个潜在早期诊断标志基因 | 研究基于小鼠模型,在人类中的临床验证仍需进一步研究 | 探索浆液性子宫内膜癌发生早期的分子和细胞动力学机制 | 小鼠子宫内膜组织(正常、癌前和发育异常阶段) | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1584 | 2025-10-17 |
YAP1 Status Defines Two Intrinsic Subtypes of LCNEC with Distinct Molecular Features and Therapeutic Vulnerabilities
2024-Oct-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0361
PMID:39150543
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研究论文 | 本研究通过YAP1状态将大细胞神经内分泌癌分为两个具有不同分子特征和治疗脆弱性的亚型 | 首次发现YAP1状态可定义LCNEC的两个内在亚型,并揭示了各自独特的分子特征和治疗脆弱性 | 研究样本量有限,主要基于细胞系和核心针活检样本 | 阐明大细胞神经内分泌癌的生物学特征并探索个性化治疗策略 | LCNEC细胞系、患者基因组数据和临床前模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、图像、序列数据 | LCNEC患者核心针活检样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1585 | 2025-10-17 |
A call for a unified and multimodal definition of cellular identity in the enteric nervous system
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.15.575794
PMID:38293133
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评论 | 本文呼吁建立统一的多模态细胞身份定义方法以研究肠神经系统 | 强调整合多组学数据和创新技术来重新定义肠神经系统细胞身份 | 当前研究过度依赖转录组数据且缺乏组织验证 | 建立肠神经系统细胞身份的统一定义标准 | 小鼠和人类肠神经系统数据集 | 单细胞生物学 | 肠神经病变 | 单细胞转录组测序, 多重成像, 电生理学, 空间转录组学, 表观基因组分析, 蛋白质组学, 代谢组学 | 差异基因表达分析, 模块评分, 共表达分析, 层次聚类, 数据整合, 标签转移 | 单细胞转录组数据, 多组学数据 | 多个独立报告的ENS数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | NA |
| 1586 | 2025-10-16 |
Distinct tumor architectures and microenvironments for the initiation of breast cancer metastasis in the brain
2024-Oct-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.015
PMID:39270646
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研究论文 | 本研究揭示了不同类型乳腺癌脑转移的独特肿瘤结构和微环境特征 | 发现TNBC和HER2+乳腺癌在脑转移过程中形成不同的肿瘤结构,并引发差异性的阿尔茨海默病相关小胶质细胞反应 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类组织样本,需要更大规模临床验证 | 理解乳腺癌脑转移的早期定植机制 | 三阴性乳腺癌和HER2+乳腺癌的脑转移过程 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织样本数据 | 小鼠模型和人类组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1587 | 2025-10-16 |
scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614685
PMID:39386549
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研究论文 | 开发了一种基于Transformer的深度学习模型scEMB,用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示 | 提出创新的分箱策略整合多平台数据,同时保留基因表达层次和细胞类型特异性,在批次整合、聚类和细胞类型注释等下游任务中表现优于现有模型 | NA | 从大规模单细胞转录组数据中挖掘复杂的基因-基因关系 | 单细胞转录组数据中的基因表达模式 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞转录组数据 | 超过3000万个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1588 | 2025-10-15 |
FlyBase: updates to the Drosophila genes and genomes database
2024-05-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyad211
PMID:38301657
|
研究论文 | 介绍果蝇数据库FlyBase的最新开发进展和功能更新 | 新增单细胞RNA测序数据、改进功能信息展示、更新直系同源分析流程、新增化学报告功能以及加强科普资源 | NA | 维护和更新果蝇基因组数据库资源 | 黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)基因和基因组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、功能注释数据、化学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1589 | 2025-10-12 |
CITEViz: interactively classify cell populations in CITE-Seq via a flow cytometry-like gating workflow using R-Shiny
2024-Apr-02, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05762-1
PMID:38566005
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研究论文 | 开发了一个名为CITEViz的R-Shiny应用,用于通过流式细胞术样门控工作流程交互式分类CITE-Seq数据中的细胞群体 | 首个能够处理多组学测序数据集并允许用户交互式门控细胞的工具,无需编写冗余代码指定门边界 | 仅适用于经过Seurat处理的CITE-Seq数据,功能相对基础 | 简化CITE-Seq数据中的细胞群体分类流程 | 外周血单个核细胞CITE-Seq数据集 | 生物信息学 | NA | CITE-Seq, 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, CITE-Seq | NA | NA |
| 1590 | 2025-10-11 |
Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.07.617088
PMID:39416029
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研究论文 | 开发了针对10x Visium数据的全自动图像处理工具Vispro,用于改善空间转录组学图像分析 | 首个针对Visium数据的端到端全自动图像处理工具,集成了四个关键模块:基准标记检测、基准标记去除与图像修复、组织区域检测和分离组织区域分割 | 仅针对10x Visium平台数据开发,未验证在其他空间转录组技术上的适用性 | 解决空间转录组学图像分析中基准标记和背景区域带来的挑战 | 空间转录组学组织图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 1591 | 2025-10-08 |
Dynamic cell fate plasticity and tissue integration drive functional synovial joint regeneration
2024-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.12.628180
PMID:39713398
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研究论文 | 本研究通过建立成年斑马鱼单侧全关节切除模型,揭示了关节组织再生的细胞来源和分子机制 | 首次在成年脊椎动物中实现功能性滑膜关节的完全再生,并鉴定出神经嵴来源的多能细胞群体作为再生细胞来源 | 研究仅限于斑马鱼模型,在哺乳动物中的适用性尚需验证 | 探索刺激天然滑膜关节组织再生的机制 | 成年斑马鱼的滑膜关节 | 发育生物学 | 关节疾病 | 单细胞RNA测序, 克隆谱系追踪, 显微CT, 组织学分析, 活体成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 组织学数据 | 成年斑马鱼关节切除模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1592 | 2025-10-08 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
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研究论文 | 本研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学揭示了心包膜在斑马鱼心脏形成过程中的独立发育起源 | 首次发现心包膜起源于侧板中胚层中独立于经典心区的特定前部间皮祖细胞,并揭示了其与心肌细胞谱系分离的发育过程 | 研究主要基于斑马鱼模型,哺乳动物中的验证仍需进一步研究 | 探究心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | 斑马鱼胚胎、哺乳动物模型、新生大鼠 | 发育生物学 | 小儿扩张型心肌病 | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、原子力显微镜 | 机器学习辅助细胞追踪 | 图像、转录组数据 | 斑马鱼胚胎和新生大鼠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1593 | 2025-10-08 |
Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic
2024-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.04.592534
PMID:38765980
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研究论文 | 开发了一种名为seismic的新框架,用于整合单细胞RNA测序与全基因组关联研究,以揭示复杂性状与细胞类型之间的关联 | 提出了一种新的特异性评分来表征细胞类型,能够系统、可扩展且可解释地识别疾病-细胞类型关联 | NA | 揭示复杂性状和疾病的细胞类型特异性生物学过程 | 28种复杂性状和超过1,000种不同粒度级别的细胞类型表征 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究 | seismic框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1594 | 2025-10-07 |
FOXP Genes Regulate Purkinje Cell Diversity in Cerebellar Development and Evolution
2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622485
PMID:39574602
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了FOXP基因在调控小脑浦肯野细胞多样性中的关键作用 | 首次在小鼠胚胎小脑中鉴定出11种浦肯野细胞亚型,并开发了新的无监督方法进行三维空间定位 | 研究主要基于小鼠模型,人类和小鸡样本的比较分析相对有限 | 探究小脑发育过程中浦肯野细胞多样性的分子调控机制 | 小鼠、人类和小鸡的小脑浦肯野细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督学习方法 | 单细胞转录组数据 | 胚胎小鼠小脑浦肯野细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1595 | 2025-10-06 |
Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis
2024-12-31, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae215
PMID:39365752
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研究论文 | 本研究揭示了细胞通讯网络因子2在调控平滑肌细胞转分化和动脉粥样硬化脂质积累中的保护作用 | 首次发现SMC特异性CCN2缺失通过调控内质网应激、内吞作用和脂质积累机制促进动脉粥样硬化发展 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明CCN2在动脉粥样硬化中调控平滑肌细胞可塑性的功能和机制 | 人类和小鼠的血管平滑肌细胞 | 细胞生物学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | 可诱导小鼠SMC CCN2缺失模型 | 基因表达数据 | 人类和小鼠动脉粥样硬化样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1596 | 2025-10-05 |
Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease
2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.09.627436
PMID:39713353
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研究论文 | 本研究开发了一种基于细胞类型特异性网络的阿尔茨海默病联合疗法发现方法 | 首次将单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录整合,开发细胞类型特异性多靶点药物发现策略 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类患者中验证 | 开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向联合疗法 | 阿尔茨海默病小鼠模型、神经元和胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、临床记录 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1597 | 2025-10-05 |
Stiff Hydrogel Encapsulation Retains Mesenchymal Stem Cell Stemness for Regenerative Medicine
2024-Oct-02, Matter
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.matt.2024.05.041
PMID:39553898
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研究论文 | 本研究通过调控水凝胶壳层刚度增强间充质干细胞的增殖能力和干性维持 | 首次发现较硬的水凝胶壳层能促进间充质干细胞增殖并维持其干性特征 | 水凝胶封装对MSC亚群的影响尚未完全阐明 | 探索水凝胶封装对间充质干细胞干性维持的影响机制 | 间充质干细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1598 | 2025-10-05 |
Single cell RNA sequencing of human eosinophils from nasal polyps reveals eosinophil heterogeneity in chronic rhinosinusitis tissue
2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.014
PMID:38797240
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞,揭示其在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的异质性 | 首次在慢性鼻窦炎伴鼻息肉组织中通过单细胞RNA测序发现嗜酸性粒细胞存在四种不同亚型 | 样本量较小(5例患者),对照组鼻窦组织嗜酸性粒细胞数量过少未纳入分析 | 揭示鼻息肉组织中嗜酸性粒细胞的角色和异质性 | 鼻息肉组织和外周血中的嗜酸性粒细胞 | 单细胞组学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 5名对照患者和5名CRSwNP患者的鼻窦组织和匹配外周血样本 | BD Biosciences | 单细胞RNA测序 | BD Rhapsody | 基于微孔板的单细胞RNA测序技术 |
| 1599 | 2025-10-05 |
Refined and benchmarked homemade media for cost-effective, weekend-free human pluripotent stem cell culture
2024, Open research Europe
DOI:10.12688/openreseurope.18245.2
PMID:41040810
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研究论文 | 本研究开发并评估了两种自制无周末培养基B8+和hE8,用于人类多能干细胞培养 | 优化了B8培养基配方使其适用于常氧培养,并使用商业可得的生长因子提高了可重复性 | B8+培养基存在谱系启动效应,可能影响分化结果 | 开发成本效益高、实用且可重复的人类多能干细胞培养方法 | 人类多能干细胞(hPSCs),包括WTC11人诱导多能干细胞系和H1、H9人胚胎干细胞系 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多个人类多能干细胞系(WTC11、H1、H9) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1600 | 2025-10-05 |
Synergy Between NK Cells and Monocytes in Potentiating Cardiovascular Disease Risk in Severe COVID-19
2024-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321085
PMID:38989579
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研究论文 | 本研究探讨了单核细胞和自然杀伤细胞在严重COVID-19患者心血管疾病风险增加中的协同作用机制 | 首次揭示了NK细胞通过激活增强单核细胞源性巨噬细胞对氧化低密度脂蛋白的摄取,阐明了两种免疫细胞在COVID-19相关心血管风险中的协同作用机制 | 样本量相对有限(严重组31例,康复组29例,对照组17例),主要关注严重COVID-19患者 | 研究严重COVID-19期间免疫细胞改变及其与心血管疾病风险的关联 | 严重COVID-19患者、康复患者和未感染SARS-CoV-2的对照人群 | 免疫学 | 心血管疾病 | 光谱流式细胞术、单细胞转录组分析、体外实验 | NA | 流式细胞数据、转录组数据、血浆生物标志物数据 | 严重COVID-19患者31例,康复患者29例,未感染对照17例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |