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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1581 | 2025-10-07 |
Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics
2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/pathogens13030188
PMID:38535532
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综述 | 本文综述了非洲锥虫病宿主-寄生虫相互作用的免疫学进展,重点介绍了单细胞转录组学技术的应用 | 整合了最新的单细胞和空间测序技术研究锥虫生命周期阶段和宿主细胞的转录组特征 | NA | 深入理解寄生虫生物学和宿主免疫机制,为开发新的疫苗和治疗策略提供基础 | 锥虫寄生虫、哺乳动物宿主细胞、组织微环境 | 单细胞生物学 | 寄生虫病 | 单细胞转录组测序、空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1582 | 2025-10-07 |
Identification of RNA-binding protein RBMS3 as a potential biomarker for immunotherapy in bladder cancer
2024-Dec, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.3233/CBM-230489
PMID:39392600
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研究论文 | 本研究识别RNA结合蛋白RBMS3作为膀胱癌免疫治疗的潜在生物标志物 | 首次将RBMS3鉴定为膀胱癌中具有肿瘤微环境重塑功能的关键预后RNA结合蛋白 | 研究主要基于生物信息学分析,需要实验验证 | 开发基于RNA结合蛋白的预后特征并识别膀胱癌中的关键枢纽RBP | 膀胱癌组织和细胞 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 风险模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 多个生物信息学数据库的数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1583 | 2025-10-07 |
Defective ribosome assembly impairs leukemia progression in a murine model of acute myeloid leukemia
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114864
PMID:39412990
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型和单细胞分析揭示核糖体组装缺陷可延缓急性髓系白血病进展 | 首次证明核糖体组装缺陷可通过改变转录因子景观和增加核糖体生物合成来抑制白血病进展 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果尚需验证 | 探究核糖体组装在白血病细胞功能中的作用及其治疗潜力 | 急性髓系白血病(AML)细胞和小鼠模型 | 癌症生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析 | 小鼠白血病模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 患者数据集和多个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1584 | 2025-10-07 |
Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114779
PMID:39489938
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠骨髓内皮细胞在辐照预处理后的多克隆再生机制 | 首次结合单细胞RNA测序、体外克隆形成实验和机器学习模型,系统揭示了骨髓内皮细胞再生的多克隆特性 | 研究仅限于小鼠模型,人类骨髓内皮细胞的再生机制可能有所不同 | 阐明辐照预处理后骨髓内皮细胞的再生机制 | 小鼠骨髓内皮细胞 | 单细胞生物学 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 成像技术, 体外克隆形成实验 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1585 | 2025-10-07 |
Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level
2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039
PMID:39436235
|
研究论文 | 开发了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A,用于快速低成本检测单细胞水平的m6A修饰 | 首次提出基于机器学习的方法实现单细胞水平m6A定量,解决了现有方法难以检测m6A细胞间异质性的问题 | NA | 开发可靠的单细胞m6A定量方法并验证其在不同疾病研究中的应用 | 外周血单个核细胞、CD4+和CD8+T细胞、肺癌组织、COVID-19患者血液样本 | 机器学习 | 肺癌, COVID-19 | 单细胞RNA测序, m6A测序, 磁激活细胞分选 | 机器学习 | 基因表达数据, 序列特征数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, m6A-seq | NA | NA |
| 1586 | 2025-10-07 |
MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004
PMID:39341794
|
研究论文 | 开发了一种基于基因表达数据检测微卫星不稳定性的软件工具MSIsensor-RNA | 首个能够同时处理批量和单细胞基因表达数据的MSI检测方法 | 未在摘要中明确说明 | 开发微卫星不稳定性检测工具 | 批量和单细胞基因表达数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序, 微阵列, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 1587 | 2025-10-07 |
SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023
PMID:39341795
|
研究论文 | 开发了一个名为SCancerRNA的综合性数据库,用于汇总非编码RNA生物标志物在单细胞水平的表达数据和相互作用网络 | 首个系统整理单细胞水平非编码RNA生物标志物表达数据的在线资源,整合了多种ncRNA类型及其相互作用网络 | 数据库内容依赖于已有的实验支持数据,可能无法覆盖所有相关研究 | 构建一个全面的非编码RNA生物标志物数据库,支持癌症诊断和治疗监测 | 长链非编码RNA、microRNA、PIWI互作RNA、小核仁RNA和环状RNA等非编码RNA生物标志物 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、相互作用网络数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1588 | 2025-10-07 |
DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007
PMID:39215426
|
研究论文 | 开发了一个名为DVsc的开源框架,用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染 | 首个专门基于单细胞RNA测序数据高效检测病毒读段的计算框架 | NA | 开发精确定量分析单细胞转录组数据中病毒感染的计算工具 | 临床样本中的病毒感染检测 | 生物信息学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约200个不同的临床样本,感染超过10种不同病毒 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 兼容多种单细胞测序平台 |
| 1589 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis
2024-Jun-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49037-y
PMID:38876998
|
研究论文 | 通过单细胞和空间分辨率互作组学研究牙周炎中牙齿相关角质形成细胞的作用 | 构建了人类牙周组织的综合单细胞RNA测序图谱,揭示了牙周炎中沟内和结合上皮角质形成细胞的差异化状态及与细菌的细胞特异性趋向性 | 需要进一步研究以支持慢性炎症状态下的精准牙周干预 | 研究牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系 | 人类牙周组织中的沟内和结合上皮角质形成细胞(SK/JKs) | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 单细胞宏基因组学, 荧光原位杂交, 多重免疫荧光 | 细胞-细胞通讯分析 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 34个样本, 105,918个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1590 | 2025-10-07 |
Multimodal Learning for Mapping the Genotype-Phenotype Dynamics
2024-May-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4355413/v1
PMID:38798675
|
研究论文 | 开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学在细胞水平的基因型-表型关系流形 | 提出了计算整合遗传学框架,同时分析基因型和表型的高维景观,通过多模态基础模型揭示传统基因表达分析无法检测的跨组织生物标志物 | NA | 解析基因表达与表型表现之间的动态相互作用关系 | 人类转录组学数据,特别是内皮细胞中的VWF基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,语言模型 | 多模态基础模型,语言模型 | 基因表达数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1591 | 2025-10-07 |
Spinster homolog 2 reduces malignancies of glioblastoma via PTEN/PI3K/AKT pathway
2024-03, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.2785
PMID:37728571
|
研究论文 | 本研究探讨SPNS2通过PTEN/PI3K/AKT通路抑制胶质母细胞瘤恶性进展的分子机制 | 首次揭示SPNS2在胶质母细胞瘤中的抑癌功能及其通过PTEN/PI3K/AKT通路调控肿瘤恶性进展和免疫浸润的新机制 | 未明确SPNS2调控PTEN/PI3K/AKT通路的具体分子机制,缺乏临床样本验证 | 探究SPNS2在胶质母细胞瘤中的生物学功能和分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞系和体内移植瘤模型 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | RNA测序, 单细胞测序, 基因富集分析, 细胞功能实验, 体内移植瘤实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 利用TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1592 | 2025-10-07 |
Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas
2024-Dec-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412
PMID:39277181
|
研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤中KRAS和GNAS突变共同表达导致代谢重编程的机制 | 首次证明GNAS R201C突变与KRAS G12D协同作用诱导胃幽门型化生基因特征和糖酵解依赖性 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,需要进一步在人类样本中验证 | 探究GNAS R201C突变对胰腺肿瘤表型、转录组特征和基因组依赖性的影响 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)和肿瘤来源细胞系 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | CRISPR/Cas9筛选, 实时代谢分析, 磷酸化分析 | 小鼠遗传模型 | 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | p48Cre; KrasLSL-G12D; Rosa26LSL-rtTA; Tg (TetO-GnasR201C)小鼠模型和肿瘤来源细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1593 | 2025-04-25 |
Transcriptional profiles of murine oligodendrocyte precursor cells across the lifespan
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620502
PMID:39554158
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术,探究了小鼠少突胶质前体细胞(OPCs)在整个生命周期中的转录组变化 | 创建了一种新型转基因小鼠系,用于高分辨率解析OPCs从静止到增殖和分化的关键转变过程中的转录变化 | 研究仅针对小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究衰老如何影响少突胶质前体细胞(OPCs)的转录组特征及其功能 | 小鼠少突胶质前体细胞(OPCs) | 生物医学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | RNA-seq数据 | 30至720天龄的小鼠OPCs | NA | NA | NA | NA |
| 1594 | 2025-10-07 |
SUB1 promotes colorectal cancer metastasis by activating NF-κB signaling via UBR5-mediated ubiquitination of UBXN1
2024-06, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2429-5
PMID:38240906
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研究论文 | 本研究揭示转录共激活因子SUB1通过UBR5介导的UBXN1泛素化激活NF-κB信号通路,从而促进结直肠癌转移的分子机制 | 首次发现SUB1通过调控UBR5介导的Lys11连接多聚泛素化降解NF-κB负调控因子UBXN1,激活NF-κB信号通路驱动结直肠癌转移 | NA | 探究SUB1在结直肠癌转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1595 | 2025-10-07 |
IL-12/IL23 blockade reveals patterns of asynchronous inflammation in pyoderma gangrenosum
2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.591387
PMID:38746177
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示坏疽性脓皮病的炎症特征及IL-12/IL-23阻断治疗的分子机制 | 首次发现坏疽性脓皮病皮损中存在B细胞大量浸润和三级淋巴结构形成,并揭示IL-12/IL-23阻断治疗对不同炎症通路的差异化影响 | 研究样本量较小(仅2名患者),需要更大规模研究验证发现 | 阐明坏疽性脓皮病的免疫失调机制及IL-12/IL-23阻断治疗的分子作用 | 坏疽性脓皮病患者皮损组织 | 空间转录组学 | 坏疽性脓皮病 | 空间转录组学,比较计算分析 | NA | 空间转录组数据 | 2名患者的治疗前后皮损活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1596 | 2025-10-07 |
Retinoic acid induces human gastruloids with posterior embryo-like structures
2024-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01487-8
PMID:39164488
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研究论文 | 本研究开发了一种通过视黄酸诱导产生具有后部胚胎样结构的人类类原肠胚模型 | 首次发现早期视黄酸脉冲联合后期Matrigel能诱导人类类原肠胚形成包含神经管、体节分段和多种细胞类型的后部胚胎样结构 | 该模型仍为体外培养系统,可能无法完全模拟体内胚胎发育的复杂性 | 开发更接近真实人类胚胎发育的体外模型 | 人类类原肠胚 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1597 | 2025-10-07 |
Astrocyte-induced Cdk5 expedites breast cancer brain metastasis by suppressing MHC-I expression to evade immune recognition
2024-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01509-5
PMID:39304713
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研究论文 | 本研究揭示了星形胶质细胞通过诱导乳腺癌脑转移瘤中Cdk5过表达,抑制MHC-I表达从而逃避免疫识别的机制 | 首次发现星形胶质细胞诱导的Cdk5过表达通过Irf2bp1-Stat1-importin α-Nlrc5通路抑制MHC-I表达,促进乳腺癌脑转移的免疫逃逸 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究乳腺癌脑转移瘤免疫逃逸的分子机制 | 乳腺癌脑转移瘤、星形胶质细胞、T细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、功能研究 | NA | 基因表达数据、功能实验数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1598 | 2025-10-07 |
Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria
2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.27.601034
PMID:38979245
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研究论文 | 开发了一种名为bacterial-MERFISH的空间转录组学方法,用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析 | 将1000倍体积膨胀与MERFISH技术结合,克服了细菌mRNA密度高的技术障碍 | NA | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为 | 细菌 | 空间转录组学 | NA | 多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | bacterial-MERFISH(结合体积膨胀和MERFISH技术) |
| 1599 | 2025-10-07 |
Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation
2024-03, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-022-2372-y
PMID:37930473
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研究论文 | 通过遗传谱系追踪技术研究不同糖尿病模型中胰岛β细胞的适应性机制 | 首次在不同年龄启动的糖尿病模型中系统比较β细胞的命运转变机制,发现STZ和HFD模型中β细胞采用不同的再生策略 | 研究仅限于小鼠模型,人类糖尿病中的类似机制需要进一步验证 | 阐明在T1D和T2D发病过程中胰岛β细胞应对胰岛素短缺的适应性机制 | 糖尿病小鼠模型中的胰岛β细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 遗传谱系追踪, 单细胞RNA测序 | Cre-LoxP系统 | 单细胞转录组数据 | 多种糖尿病小鼠模型(STZ诱导和HFD诱导) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1600 | 2025-10-07 |
Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2024-05-28, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c01401
PMID:38751164
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人脐带间充质基质细胞来源的细胞外囊泡诱导胎儿样伤口愈合特征 | 首次发现hucMSC-EVs诱导产生造血性成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞,并揭示其通过PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路激活的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用的转化价值仍需验证 | 探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制 | 小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠伤口组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |