单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-06-24	CilioGenics: an integrated method and database for predicting novel ciliary genes 2024-Aug-12, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae554 PMID:38989623	研究论文	开发了一种名为CilioGenics的综合方法，用于预测新的纤毛基因，并建立了一个相关数据库	结合了单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用、比较基因组学、转录因子网络分析和文本挖掘等多种方法，提高了预测纤毛基因的准确性	虽然预测了新的纤毛候选基因，但仍有部分基因需要实验验证	预测人类纤毛基因，以促进纤毛病（ciliopathies）的诊断	人类基因	基因组学	纤毛病	单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析、比较基因组学、转录因子网络分析、文本挖掘	NA	基因组数据、蛋白质相互作用数据、文本数据	全人类基因列表
142	2025-06-24	Dominant dystrophic epidermolysis bullosa is associated with glycolytically active GATA3+ T helper 2 cells which may contribute to pruritus in lesional skin 2024-Jul-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae110 PMID:38477474	研究论文	本研究通过RNA测序分析显性营养不良性大疱性表皮松解症(DDEB)患者的皮肤转录组，以寻找减轻瘙痒的治疗靶点	首次在DDEB病变皮肤中发现糖酵解活性增强的GATA3+ Th2细胞，并验证了抗Th2药物dupilumab对缓解瘙痒的疗效	样本量较小(6例患者)，且仅针对瘙痒严重的pruriginosa亚型	寻找减轻DDEB患者皮肤瘙痒的治疗靶点	显性营养不良性大疱性表皮松解症(DDEB)患者的皮肤组织	转录组学	皮肤病/大疱性表皮松解症	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、定量PCR	NA	RNA测序数据	6例DDEB患者+4例健康对照的皮肤活检样本
143	2025-06-24	N-MYC impairs innate immune signaling in high-grade serous ovarian carcinoma 2024-05-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj5428 PMID:38748789	研究论文	本文研究了N-MYC在高级别浆液性卵巢癌(HGSC)中对先天免疫信号的抑制作用	发现N-MYC通过抑制STING寡聚化和MAVS聚集定位，抑制HGSC中的I型干扰素信号通路	研究主要基于细胞系和单细胞RNA测序，需要更多体内实验验证	探究N-MYC在HGSC免疫抑制中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌细胞系和临床样本	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用HGSC细胞系和临床样本
144	2025-06-24	Toolkit for mapping the clonal landscape of tumor-infiltrating B cells 2024-03, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2024.101864 PMID:38301345	review	本文综述了现有技术，总结了它们在B细胞研究中的应用，并提出了推进B细胞探索的未来方向	提出了一个工具包，用于绘制肿瘤浸润B细胞的克隆景观，并概述了现有技术在B细胞研究中的应用	未提及具体的实验验证或样本量，可能缺乏实证支持	理解和区分B细胞在肿瘤微环境中的不同作用	肿瘤浸润B细胞	digital pathology	NA	单细胞和空间转录组学、基因组学、蛋白质组学、B细胞受体库深度无错误分析	NA	转录组、基因组、蛋白质组数据	NA
145	2025-06-22	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究探讨了HGF-Met信号在肾脏上皮小管相互连接中的作用	首次揭示了HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合的机制，且这一过程独立于细胞增殖	研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人体组织中验证	阐明上皮小管吻合的分子机制	小鼠胚胎肾脏上皮小管	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎肾脏样本
146	2025-06-22	Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.17.603936 PMID:39071425	meta-analysis	通过单细胞RNA测序元分析揭示基于趋化因子的细胞通讯在免疫疾病中的作用	揭示了疾病特异性和共有的免疫细胞趋化和外渗模式，为开发靶向治疗提供了新视角	依赖于公开可用的scRNA-seq数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	解析免疫细胞迁移中涉及的疾病特异性细胞间通讯	多种免疫疾病（如特应性皮炎、慢性阻塞性肺病等）及其影响的器官（皮肤、肺、结肠、肾脏）	生物信息学	免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	涵盖多种免疫疾病和组织的公开scRNA-seq数据集
147	2025-06-22	Diverse contribution of amniogenic somatopleural cells to cardiovascular development: With special reference to thyroid vasculature 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.532 PMID:36038963	research paper	本研究探讨了羊膜生成体壁细胞（ASCs）在心血管发育中的多样化贡献，特别关注甲状腺血管系统的形成	揭示了ASCs不仅形成羊膜，还迁移至胚胎内分化为心肌细胞、平滑肌细胞、心脏间质细胞和血管内皮细胞，尤其在甲状腺血管形成中发挥选择性作用	iASCs的详细分化过程和最终分布仍不完全清楚	阐明ASCs在心血管发育中的作用机制，特别是对甲状腺血管系统的贡献	鹌鹑-鸡嵌合体中的羊膜生成体壁细胞（ASCs）及其在胚胎内的分化	developmental biology	NA	quail-chick chimera analysis, explant culture, single-cell transcriptome analysis	NA	transcriptomic data, imaging data	鹌鹑-鸡嵌合体模型
148	2025-06-21	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并形成驻留记忆细胞的灵活性	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)尽管不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留的能力	研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制尚需验证	探究KLRG1+记忆T细胞在二次感染后的分化潜能和组织驻留能力	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
149	2025-06-21	Glutamatergic neuronal activity regulates angiogenesis and blood-retinal barrier maturation via Norrin/β-catenin signaling 2024-Jun-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.03.011 PMID:38599212	研究论文	本文探讨了谷氨酸能神经元活动通过Norrin/β-catenin信号通路对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的影响	揭示了谷氨酸能神经元活动通过调节内皮Norrin/β-catenin信号通路来调控视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	研究谷氨酸能神经元活动对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的调控机制	小鼠视网膜中的谷氨酸能神经元和血管系统	神经血管生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体内遗传学研究, 功能验证	小鼠遗传模型(Vglut1和Gnat1视网膜)	基因表达数据, 功能实验数据	未明确说明小鼠数量
150	2025-06-21	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	research paper	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中的多类生物标志物	MICA框架能够检测多个组学研究中的多类生物标志物，并通过全局测试和事后分析提高检测的准确性和稳健性	现有方法主要针对两类别场景，MICA虽然解决了多类别问题，但在某些特定情况下可能仍需进一步优化	提高生物标志物检测的统计功效、准确性和稳健性	多类设计的组学研究（如多种疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本）	生物信息学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	四个小鼠代谢相关转录组研究组织和三个雌激素治疗表达谱来源
151	2025-06-21	leptin b and its regeneration enhancer illustrate the regenerative features of zebrafish hearts 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.556 PMID:36495292	研究论文	该研究利用leptin b（lepb）及其组织再生增强子元素（TREE）解析了斑马鱼心脏再生过程中非心肌细胞的异质性	发现lepb可作为再生特异性标记物，用于区分损伤激活的内皮细胞，并揭示了lepb+内皮细胞作为信号中心与其他心脏细胞互动的促再生作用	研究局限于斑马鱼模型，未验证在高等哺乳动物中的保守性	解析心脏再生过程中的细胞异质性和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的非心肌细胞（内皮细胞、心外膜细胞等）	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析、转基因品系	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，使用斑马鱼心脏损伤模型
152	2025-06-20	Integration of Machine Learning and Experimental Validation to Identify Anoikis-Related Prognostic Signature for Predicting the Breast Cancer Tumor Microenvironment and Treatment Response 2024-Nov-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111458 PMID:39596658	research paper	该研究通过整合机器学习和实验验证，识别与失巢凋亡相关的预后标志物，用于预测乳腺癌肿瘤微环境和治疗反应	首次构建了基于失巢凋亡相关基因的预后特征（ANRS），并验证其作为独立预后指标的潜力，同时发现PLK1作为潜在的血液诊断标志物	研究样本量未明确说明，且需要进一步临床验证	探索失巢凋亡相关基因在乳腺癌预后中的作用，并开发预测模型	乳腺癌患者及其肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	RT-PCR, Western blot, ELISA, 单细胞分析, 空间转录组	machine learning	基因表达数据, 临床数据	NA
153	2025-06-20	Genomic and immune heterogeneity of multiple synchronous lung adenocarcinoma at different developmental stages 2024-09-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52139-2 PMID:39256403	研究论文	探讨多发性同步性肺癌（MSLCs）在不同病理阶段的基因组和免疫异质性	揭示了MSLCs在从非侵袭性向侵袭性腺癌转变过程中T细胞表型的转变以及基因组和免疫特征的异质性	样本量较小（16个MSLCs来自8名患者），可能影响结果的普遍性	探索MSLCs在不同发育阶段的基因组和免疫异质性	多发性同步性肺癌（MSLCs）	基因组学与免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞TCR测序、全外显子测序	NA	基因组数据、免疫数据	16个MSLCs来自8名患者
154	2025-06-20	Glioblastoma cells increase expression of notch signaling and synaptic genes within infiltrated brain tissue 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52167-y PMID:39251578	研究论文	该研究利用空间转录组学技术，揭示了胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中基因表达的差异及其与神经发育途径和胶质细胞分化的关联	首次使用空间转录组学技术对胶质母细胞瘤浸润脑组织中的恶性细胞进行基因表达分析，揭示了这些细胞在神经发育途径和胶质细胞分化相关基因表达上的变化	样本量较小（n=11），且仅针对特定亚型的胶质母细胞瘤（间充质型和前神经型）进行研究	探索胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中的基因表达特征及其潜在治疗靶点	胶质母细胞瘤患者中的恶性细胞及其浸润的脑组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	11例胶质母细胞瘤患者样本
155	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导及MRI特征	揭示了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤生长，并发现高表观扩散系数（ADC）与Merlin完整脑膜瘤的良好临床结果相关	未明确提及研究的局限性	阐明Merlin完整脑膜瘤生长的生化机制，并寻找可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI影像数据	未明确提及具体样本数量，但包括脑膜瘤异种移植模型和患者样本
156	2025-06-20	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	提出ST-GEARS系统，通过精确恢复空间信息，解决现有三维空间转录组学方法在空间信息或实验诱导失真方面的不足	引入创新的分布式约束优化方案，通过锚点精确连接切片，并利用弹性场校正失真，恢复原始空间轮廓	未提及具体的技术实现细节或在不同组织类型中的适用性验证	提高三维空间转录组学数据的空间信息恢复精度，以支持更可靠的下游分析	三维空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	ST-GEARS	空间转录组数据	NA
157	2025-06-20	Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT) 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49457-w PMID:39242579	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从单分子分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，通过专门的统计测试和算法检测基因对和模块的共定位模式，揭示了细胞内和细胞间的分子关系	未提及具体的技术限制或数据集大小的限制	开发一种计算工具包，用于分析空间转录组数据，以发现亚细胞生物模式	空间转录组数据，特别是来自MERFISH等成像技术的数据	digital pathology	NA	MERFISH, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	五个不同的数据集，代表两种细胞系、两个脑结构、两个物种和三种不同技术
158	2025-06-19	Cellular origin and clonal evolution of human dedifferentiated liposarcoma 2024-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52067-1 PMID:39266532	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、DNA测序等技术，探索了人类去分化脂肪肉瘤（DDLPS）的细胞起源和克隆演化	首次鉴定了肿瘤脂肪干细胞（ASC）群体，并揭示了其与白色脂肪组织中脂肪基质祖细胞的相似性，以及这些祖细胞在DDLPS肿瘤克隆演化中的作用	研究样本仅限于原发性DDLPS肿瘤，未涉及转移性肿瘤或其他肉瘤亚型	阐明去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆演化机制	人类去分化脂肪肉瘤（DDLPS）的肿瘤细胞及其微环境	肿瘤生物学	脂肪肉瘤	单细胞RNA测序, DNA测序, 原位多重免疫荧光, 功能实验	NA	单细胞转录组数据, DNA序列数据, 免疫荧光图像数据	配对的WD和DD成分的原发性DDLPS肿瘤样本
159	2025-06-19	Maf expression in B cells restricts reactive plasmablast and germinal center B cell expansion 2024-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52224-6 PMID:39266537	研究论文	本研究探讨了Maf在B细胞中对浆母细胞和生发中心B细胞扩增的调控作用	揭示了Maf作为B细胞内在负调节因子，在浆母细胞增殖和生发中心B细胞形成中的新作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类B细胞	探究Maf在B细胞分化中的调控机制	B细胞（特别是边缘区B细胞、生发中心B细胞和浆母细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	野生型对照和Maf缺陷型小鼠
160	2025-06-19	3D reconstruction of the mouse cochlea from scRNA-seq data suggests morphogen-based principles in apex-to-base specification 2024-06-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.028 PMID:38593801	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，研究小鼠耳蜗从顶端到基底端的形态发生素调控机制	首次从小鼠耳蜗的单细胞RNA测序数据中重建3D模型，揭示了视黄酸和hedgehog信号通路在耳蜗纵向轴形成中的共同作用	研究仅基于E12.5和E14.5两个时间点的数据，未覆盖耳蜗发育全过程	探索小鼠耳蜗顶端到基底端特异性基因表达的分子调控机制	小鼠耳蜗发育过程中的细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq	3D重建模型	单细胞RNA测序数据	E12.5和E14.5两个发育时间点的小鼠耳蜗细胞