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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-05 |
FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.09.602778
PMID:39026885
|
研究论文 | 开发了一个基于网络的工具FUSION,用于深度探索多组学数据与明场组织学的关联分析 | 将分子数据与组织病理学特征整合到单一工作空间,提供端到端的功能性组织单元分析 | NA | 开发一个能够连接分子特征与组织病理学特征的分析平台 | 健康与疾病组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习算法 | 全切片图像, 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 福尔马林固定石蜡包埋和冷冻制备的数据集 |
| 142 | 2025-10-05 |
Endothelial POFUT1 controls injury-induced liver fibrosis by repressing fibrinogen synthesis
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.032
PMID:38460791
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞POFUT1通过抑制纤维蛋白原合成控制损伤诱导的肝纤维化的机制 | 首次发现POFUT1通过NOTCH/HES1/STAT3信号通路抑制纤维蛋白原表达,并鉴定纤维蛋白原作为新的促纤维化旁分泌信号激活肝星状细胞 | 研究主要基于小鼠模型,临床相关性仍需进一步验证 | 探究肝窦内皮细胞表达的POFUT1在肝纤维化中的作用机制 | 内皮特异性Pofut1敲除小鼠、肝窦内皮细胞、肝星状细胞、肝硬化患者样本 | 分子生物学 | 肝纤维化/肝硬化 | RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、ELISA、组织学分析、电子显微镜、免疫染色、RNA原位杂交 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像 | 内皮特异性Pofut1敲除小鼠模型、肝硬化患者和健康个体的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-05 |
Van Gogh-like 2 is essential for the architectural patterning of the mammalian biliary tree
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.030
PMID:38460794
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研究论文 | 本研究揭示了平面细胞极性蛋白VANGL2在哺乳动物胆管系统结构模式形成中的关键作用 | 首次发现VANGL2通过调控细胞间接触形成和肌动蛋白细胞骨架极化来协调胆管模式形成 | 研究主要基于小鼠胚胎肝脏模型,在人类系统中的直接适用性需要进一步验证 | 阐明胆管板从简单上皮细胞片转变为复杂连接胆管系统的机制 | 小鼠胚胎肝脏胆管上皮细胞 | 发育生物学 | 肝胆疾病 | 单细胞RNA测序,遗传学工具,类器官模型 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2025-10-05 |
Leveraging single-cell transcriptomic data to uncover immune suppressive cancer cell subsets in triple-negative canine breast cancers
2024, Frontiers in veterinary science
IF:2.6Q1
DOI:10.3389/fvets.2024.1434617
PMID:39376916
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研究论文 | 利用单细胞转录组数据识别三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制癌细胞亚群 | 首次通过整合分析已发表单细胞测序数据揭示犬三阴性乳腺癌的免疫抑制亚群及其作用机制 | 基于已发表数据集进行二次分析,缺乏原始实验验证 | 鉴定和表征犬三阴性乳腺癌中的免疫抑制癌细胞亚群 | 犬三阴性乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 30只狗分为6组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-05 |
Positional information modulates transient regeneration-activated cell states during vertebrate appendage regeneration
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110737
PMID:39286507
|
研究论文 | 本研究通过非洲鳉鱼尾鳍再生模型,揭示了基底表皮中短暂再生激活细胞状态如何通过调节细胞外基质传递位置信息调控附肢再生 | 首次发现基底表皮中的短暂再生激活细胞状态能够根据截肢位置特异性调节再生过程,并通过CRISPR-Cas9技术证明ECM修饰因子可解耦再生生长速率与截肢位置的关系 | 研究仅限于非洲鳉鱼尾鳍再生模型,在其它物种和组织的普适性有待验证 | 探索位置信息在脊椎动物附肢再生过程中的调控机制 | 非洲鳉鱼尾鳍再生过程中的细胞状态和组织动态 | 发育生物学 | 组织损伤与再生 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 基因表达数据, 组织形态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2025-10-05 |
KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment
2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1421
PMID:37851080
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌中的KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞及其对肿瘤微环境的影响 | 首次发现KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞具有独特的细胞因子谱,能够局部和系统性地调节髓系细胞浸润 | 样本量相对较小(18例PDAC样本),需要更大规模研究验证 | 表征胰腺导管腺癌中间亚型肿瘤细胞的特性及其在肿瘤微环境中的作用 | 人类PDAC样本、患者来源的PDAC类器官、匹配的血液和肿瘤样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 18例人类PDAC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2025-10-05 |
Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies
2024-Nov-01, JAMA ophthalmology
IF:7.8Q1
DOI:10.1001/jamaophthalmol.2024.3836
PMID:39325468
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研究论文 | 本研究通过临床和分子特征分析,发现UBAP1L基因的双等位基因功能丧失变异与非综合征性视网膜营养不良相关 | 首次将UBAP1L基因鉴定为新的视网膜营养不良致病基因,并通过小鼠模型和单细胞RNA测序验证其功能 | 样本量较小(仅6名患者),小鼠模型未表现出视网膜退化表型 | 阐明遗传性视网膜营养不良的遗传基础,改善临床诊断和预后 | 6名来自4家三级医院的遗传性视网膜营养不良患者 | 遗传学 | 视网膜营养不良 | 外显子组测序,基因组测序,单细胞RNA测序,小基因检测,基因敲除小鼠模型 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据,转录组数据,临床评估数据 | 6名患者,来自6个家庭 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-05 |
An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07926-8
PMID:39232171
|
研究论文 | 本研究通过建立小鼠模型揭示了病毒性肺后遗症中异常免疫-上皮祖细胞生态位驱动纤维化的机制 | 首次发现肺驻留CD8 T细胞-巨噬细胞相互作用通过IFNγ+TNF-IL-1β轴损害肺泡再生并驱动纤维化后遗症 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者样本验证仍需进一步扩展 | 阐明呼吸道病毒后遗症(PASC)的细胞分子机制 | 三个呼吸道PASC患者队列和病毒后肺病小鼠模型 | 空间转录组学 | COVID-19后遗症 | 空间转录组学、成像技术 | 小鼠疾病模型 | 空间转录组数据、图像数据 | 三个患者队列和相应小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-05 |
Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type specific responses in primary human pancreatic islets
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604861
PMID:39211206
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了柯萨奇病毒B感染在人类胰岛不同细胞类型中引发的特异性转录反应 | 首次在单细胞分辨率上系统揭示了CVB感染对不同胰岛细胞类型的特异性转录响应,并发现β细胞中长链非编码RNA与病毒感染的关系 | 使用尸体来源的胰岛样本,可能无法完全反映体内真实情况;研究时间点仅限于24和48小时 | 探究柯萨奇病毒B感染对人类胰岛不同细胞类型的特异性影响及其与1型糖尿病的关系 | 人类尸体来源的胰岛细胞 | 单细胞生物学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类尸体胰岛样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 150 | 2025-10-05 |
Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to regulate cortical excitability in TDP-43 related neurodegeneration
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601396
PMID:39005475
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研究论文 | 本研究揭示了杆状小胶质细胞通过与神经元树突相互作用调节TDP-43相关神经退行性疾病中皮层兴奋性的神经保护机制 | 首次发现具有独特形态和转录特征的杆状小胶质细胞亚群,并证明其通过调节兴奋性突触输入来抑制运动皮层过度活跃 | 研究仅限于TDP-43神经退行性疾病小鼠模型,尚未在人类或其他神经退行性疾病模型中验证 | 探究小胶质细胞在TDP-43相关神经退行性疾病运动皮层回路过度兴奋中的调控作用 | TDP-43神经退行性疾病小鼠模型(rNLS8)的运动皮层神经元和小胶质细胞 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化症(ALS) | 多通道探针记录、纵向钙成像、空间转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 电生理信号、钙成像数据、转录组数据 | rNLS8转基因小鼠模型 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-10-05 |
Preventive Treatment with a CD73 Small Molecule Inhibitor Enhances Immune Surveillance in K-Ras Mutant Pancreatic Intraepithelial Neoplasia
2024-Oct-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-24-0200
PMID:39099209
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研究论文 | 本研究探讨CD73小分子抑制剂AB-680在K-Ras突变胰腺上皮内瘤变(PanIN)中的免疫预防作用 | 首次证明CD73抑制剂可通过增强免疫监视机制预防PanIN进展,并发现其能扩增TCR和BCR独特克隆型 | 研究仅使用基因工程小鼠模型,尚未在人体验证;观察时间有限(3个月治疗期) | 评估CD73抑制剂在胰腺癌前病变中的免疫预防效果 | KrasG12D; PdxCre1 (KC)基因工程小鼠模型的胰腺组织 | 癌症免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | KC基因工程小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-05 |
Impeller: a path-based heterogeneous graph learning method for spatial transcriptomic data imputation
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae339
PMID:38806165
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研究论文 | 提出一种基于路径的异质图学习方法Impeller,用于空间转录组数据插补 | 构建包含空间邻近性和表达相似性两种边的异质图,通过可学习路径算子避免传统拉普拉斯矩阵的过平滑问题,同时建模短程和长程细胞间相互作用 | NA | 解决空间转录组数据中过度缺失值的问题,提高数据完整性和可解释性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | GNN(图神经网络) | 空间基因表达数据 | 来自三个流行平台和两个物种的多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 153 | 2025-10-05 |
Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics
2024-05-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adh2602
PMID:38781372
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研究论文 | 通过单细胞基因组学技术揭示自闭症谱系障碍中细胞类型特异的分子级联反应和特征 | 首次结合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学技术,系统揭示自闭症中细胞类型特异性基因调控网络的失调 | 研究基于死后脑组织样本,可能无法完全反映活体状态下的分子变化 | 探索自闭症谱系障碍的分子机制和遗传易感性 | 自闭症患者死后脑组织 | 单细胞基因组学 | 自闭症谱系障碍 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma
2024-04-01, Journal of neurosurgery
IF:3.5Q1
DOI:10.3171/2023.7.JNS23122
PMID:37773782
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析评估5-氨基乙酰丙酸在胶质母细胞瘤术中标记的特异性 | 首次在单细胞水平验证5-ALA标记胶质瘤细胞的特异性,发现其标记并非仅针对肿瘤细胞 | 需要进一步系统比较5-ALA与其他荧光引导手术替代方案的性能 | 确定5-ALA在胶质母细胞瘤中标记不同细胞类型的特异性 | 人类胶质母细胞瘤手术标本、胶质瘤细胞培养模型、小鼠胶质瘤模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞光学表型与表达测序(SCOPE-seq2)、单细胞RNA测序、细胞培养 | NA | 图像、RNA测序数据 | 人类胶质母细胞瘤手术标本、细胞培养模型、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | SCOPE-seq2(配对单细胞成像和RNA测序方法) |
| 155 | 2025-10-05 |
Inducible pluripotent stem cells to study human mast cell trajectories
2024-Oct, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2024.07.003
PMID:39038754
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研究论文 | 本研究开发了一种从诱导多能干细胞分化人类肥大细胞的体外模型,用于研究人类肥大细胞的分化轨迹 | 首次建立了基于iPSC的人类肥大细胞分化模型,通过单细胞RNA测序揭示了肥大细胞前体亚型和成熟状态的转录特征 | 研究仅限于体外模型系统,可能无法完全模拟体内肥大细胞发育的复杂性 | 研究人类肥大细胞的分化轨迹和亚型特征 | 人类诱导多能干细胞分化的肥大细胞及其前体细胞 | 细胞生物学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 细胞学分析 | 体外细胞分化模型 | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 2050个单细胞(来自第4周MCFC培养物) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-10-05 |
Identification of Regulatory RNA-Binding Proteins Associated with Immune Infiltration in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma
2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300498
PMID:38912837
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研究论文 | 通过分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的调控性RNA结合蛋白和可变剪接事件 | 首次系统鉴定与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的RNA结合蛋白及其调控的可变剪接事件,发现RBM47在髓系细胞中上调并与预后显著相关 | 样本量有限(20对癌与癌旁组织),仅使用公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索RNA结合蛋白和可变剪接事件在喉鳞状细胞癌免疫浸润中的作用机制 | 喉鳞状细胞癌组织和免疫细胞 | 生物信息学 | 喉癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,可变剪接分析 | edgeR差异表达分析,科学反卷积算法 | RNA测序数据,单细胞RNA测序数据 | 20对喉癌和癌旁组织,117个喉癌样本,2个单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies WARS1+ Mesenchymal Stem Cells with Enhanced Immunomodulatory Capacity and Improved Therapeutic Efficacy
2024-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300752
PMID:38856632
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定具有增强免疫调节能力的WARS1+间充质干细胞,并验证其在银屑病治疗中的疗效提升 | 首次发现WARS1是增强脐带间充质干细胞免疫调节能力的关键调控因子,并阐明其通过RhoA-Akt轴发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 提高脐带间充质干细胞对银屑病的治疗效果 | 脐带来源的间充质干细胞和银屑病小鼠模型 | 单细胞测序 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2025-10-05 |
Single-cell landscape of functionally cured chronic hepatitis B patients reveals activation of innate and altered CD4-CTL-driven adaptive immunity
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.017
PMID:38423478
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研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了功能性治愈慢性乙型肝炎患者的免疫病理特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了慢性乙型肝炎与功能性治愈患者的肝内组织和外周血免疫细胞状态,发现了CD4细胞毒性T淋巴细胞和天然免疫细胞激活等新机制 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 探索慢性乙型肝炎功能性治愈的免疫病理机制和生物标志物 | 慢性乙型肝炎患者和功能性治愈患者的肝内组织及匹配的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 免疫荧光图像 | 慢性乙型肝炎和功能性治愈患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-05 |
Lupus dermal fibroblasts are proinflammatory and exhibit a profibrotic phenotype in scarring skin disease
2024-02-15, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173437
PMID:38358820
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研究论文 | 本研究探讨狼疮皮肤成纤维细胞的炎症反应特征及其在瘢痕形成中的作用机制 | 首次揭示系统性红斑狼疮成纤维细胞对炎症的过度反应特性,并发现瘢痕与非瘢痕患者存在差异性的TGF-β反应通路 | 样本量有限(56例),仅针对皮肤成纤维细胞进行研究 | 探究皮肤狼疮患者瘢痕形成的细胞机制 | 系统性红斑狼疮和皮肤狼疮患者的真皮成纤维细胞 | 细胞生物学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序,细胞因子刺激实验 | NA | 基因表达数据 | 22例狼疮患者和34例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-10-05 |
Single-cell analyses of metastatic bone marrow in human neuroblastoma reveals microenvironmental remodeling and metastatic signature
2024-02-15, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173337
PMID:38358826
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析神经母细胞瘤骨转移骨髓微环境,揭示免疫细胞重塑和转移特征 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘神经母细胞瘤骨转移微环境的细胞组成和转录重编程特征 | 样本量相对有限,需要更大队列验证发现 | 探究神经母细胞瘤骨转移的微环境机制和开发新治疗策略 | 神经母细胞瘤患者的骨髓样本 | 单细胞组学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含转移和非转移患者的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |