单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-08-06	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息性特征，添加不同噪声以促进图结构信息和分布不确定性的传播	未提及具体在真实生物场景中的应用效果验证	解决单细胞RNA测序数据高维度、高稀疏性的分析挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
142	2025-08-06	Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574 PMID:39471116	研究论文	本文提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释	通过对抗性域适应策略捕获全局低维嵌入，结合对比损失和语义对齐，以及基于域间损失的自适应学习机制，提高了模型的鲁棒性	未提及具体的数据集规模或模型在不同类型细胞上的泛化能力	解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并实现细胞类型注释	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	判别性域适应网络(D2AN)	RNA测序数据	多个真实数据集（未提及具体数量）
143	2025-08-06	Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.13.617920 PMID:39464079	研究论文	本研究通过单细胞抗原受体测序技术，探究了猪在流感病毒感染后的肺适应性免疫系统反应	首次在猪中结合单细胞RNA测序与T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）的配对恢复，以研究其受体库	研究仅针对流感病毒感染的猪模型，可能不适用于其他病原体或物种	探究自然杀伤T（NKT）细胞是否改变猪肺中TCR和BCR库的选择，并追踪克隆扩增对流感病毒暴露的反应	流感病毒感染的猪肺细胞和FACS分选的T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNAseq）、10x Genomics VDJ测序协议	NA	单细胞RNA测序数据、TCR和BCR序列数据	流感病毒感染或疫苗接种后的猪肺细胞样本
144	2025-08-06	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	利用空间转录组学揭示人类阿尔茨海默病脑中斑块-胶质细胞微环境的相互作用	首次结合空间转录组学(ST)和免疫组化(IHC)技术，系统分析了Aβ斑块与周围胶质细胞在人类大脑中的相互作用及其对神经元损失和炎症的影响	研究样本量相对有限(21例个体)，且均为死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的动态变化	探究阿尔茨海默病中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其病理机制	21例个体的78个死后脑切片中的258,987个ST位点	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST), 免疫组化(IHC)	NA	转录组数据, 图像数据	21例个体的78个脑切片(258,987个ST位点)
145	2025-08-06	PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610564 PMID:39257799	研究论文	介绍了一个名为PoweREST的统计功效估计工具，用于支持10X Genomics Visium数据中差异表达基因检测的功效计算	填补了空间转录组学研究中差异表达基因检测功效计算工具的空白，提供了实验前和初步数据收集后的功效估计功能	仅适用于10X Genomics Visium数据，未涵盖其他空间转录组学技术	开发一个工具来估计空间转录组学实验中检测差异表达基因的统计功效	空间转录组学数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	NA
146	2025-08-06	Vagal TRPV1 + sensory neurons regulate myeloid cell dynamics and protect against influenza virus infection 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.21.609013 PMID:39229208	研究论文	研究揭示了迷走神经TRPV1+感觉神经元通过调控髓系细胞动态和免疫病理反应，保护宿主免受流感病毒感染的机制	首次明确了迷走神经TRPV1+伤害性感受神经元在肺部抗病毒防御中的具体作用机制，特别是其对髓系细胞反应和免疫病理的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究迷走神经TRPV1+感觉神经元在流感病毒感染中的保护机制	小鼠模型中的迷走神经TRPV1+感觉神经元和髓系细胞	免疫学	流感	流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
147	2025-08-06	Respiratory viral infection promotes the awakening and outgrowth of dormant metastatic breast cancer cells in lungs 2024-Apr-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4210090/v1 PMID:38645169	research paper	该研究揭示了呼吸道病毒感染如何促进休眠的转移性乳腺癌细胞在肺部的苏醒和生长	首次展示了流感病毒和SARS-CoV-2感染通过IL-6依赖机制促进乳腺癌休眠细胞苏醒和转移的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为观察性研究，需要进一步验证	探究呼吸道病毒感染对乳腺癌转移休眠细胞苏醒的影响机制	乳腺癌转移休眠细胞(DCC)和呼吸道病毒(流感病毒、SARS-CoV-2)	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠模型	基因表达数据和临床观察数据	小鼠实验模型和人类观察性数据
148	2025-08-06	The Extracellular Niche and Tumor Microenvironment Enhance KRAS Inhibitor Efficacy in Pancreatic Cancer 2024-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2504 PMID:38294344	研究论文	本研究评估了KRAS抑制剂MRTX1133在胰腺导管腺癌(PDAC)中的疗效，并探讨了肿瘤微环境对治疗效果的影响	发现ITGB1可作为增强MRTX1133疗效的靶点，并证明3D细胞培养和体内环境中MRTX1133效果更佳，揭示了KRAS抑制通过调节肿瘤微环境促进免疫反应的机制	研究主要基于细胞系和动物模型，需要进一步临床试验验证	开发PDAC新的治疗干预措施	胰腺导管腺癌(PDAC)细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型	肿瘤治疗	胰腺癌	CRISPR-Cas9功能缺失筛选、数字空间分析、单细胞测序、多光谱成像	NA	基因表达数据、影像数据	多株PDAC细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型
149	2025-08-06	Osteosarcoma Cells Secrete CXCL14 That Activates Integrin α11β1 on Fibroblasts to Form a Lung Metastatic Niche 2024-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1307 PMID:38295227	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了骨肉瘤细胞通过分泌CXCL14激活成纤维细胞上的整合素α11β1，促进肺转移微环境形成的机制	首次发现CXCL14-整合素α11β1轴在骨肉瘤肺转移中的关键作用，并证明靶向该轴可抑制转移	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探究骨肉瘤肺转移微环境的形成机制及潜在治疗靶点	骨肉瘤细胞、肺转移微环境中的成纤维细胞	肿瘤微环境	骨肉瘤	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明样本量（使用治疗初治骨肉瘤样本）
150	2025-08-06	Single-cell Transcriptomics Reveals Activation of Macrophages in All-trans Retinoic Acid (atRA)-induced Cleft Palate 2024 Jan-Feb 01, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000009782 PMID:38049149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了全反式维甲酸(atRA)诱导的腭裂中巨噬细胞的激活情况	首次在单细胞水平上描绘了atRA诱导腭裂的细胞图谱，揭示了骨髓细胞特别是M1样巨噬细胞和单核细胞的异常激活	研究仅基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究atRA暴露对腭组织发育的影响及其与腭裂发生的关联	妊娠16.5天的小鼠腭组织	数字病理学	腭裂	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	atRA暴露组和正常组小鼠腭组织样本
151	2025-08-05	Identification of the CD8 + T-cell Related Signature for Predicting the Prognosis of Gastric Cancer Based on Integrated Analysis of Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data 2024-Sep-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000528 PMID:38809517	research paper	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，识别了与CD8 + T细胞相关的特征，用于预测胃癌患者的预后	首次探索了CD8 + T细胞在胃癌中的作用，并构建了一个新的风险模型和定量列线图来预测预后和指导免疫治疗决策	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	预测胃癌患者的预后并指导免疫治疗决策	胃癌患者的基因表达数据和CD8 + T细胞相关基因	digital pathology	gastric cancer	RNA-seq, scRNA-seq	risk model, nomogram	gene expression data	数据来源于The Cancer Genome Atlas数据库和GSE134520数据集
152	2025-08-05	TIGIT Blockade Reshapes the Tumor Microenvironment Based on the Single-cell RNA-Sequencing Analysis 2024-Jun-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000511 PMID:38545758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究TIGIT阻断对肿瘤微环境的改变及其在癌症免疫治疗中的潜力	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析TIGIT阻断后肿瘤微环境的变化，揭示了TIGIT阻断对Treg细胞、NK细胞和cDC1细胞的影响及其机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究TIGIT阻断对肿瘤免疫微环境的影响及其在癌症治疗中的应用	小鼠模型中的T细胞、NK细胞和cDC1细胞	肿瘤免疫学	恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明小鼠数量
153	2025-08-05	AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae207 PMID:38701411	研究论文	利用基于对抗学习的人工智能方法，从基因表达数据中识别能够有效诱导乳腺癌干细胞分化的小分子	采用对抗学习方法消除不同数据域间的偏差，基于转录组数据预测小分子的分化诱导能力	仅验证了六种高分分子中的五种，样本量有限	开发针对乳腺癌干细胞的靶向治疗策略	乳腺癌干细胞（MDA-MB-231和MCF7细胞系）	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度神经网络（DNN）与对抗学习	基因表达数据	公开可用的未处理人类诱导多能干细胞单细胞RNA-Seq数据及LINCS数据库药物诱导基因表达谱
154	2025-08-05	scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae204 PMID:38701412	研究论文	本文介绍了一种名为scCRT的新型降维模型，用于单细胞RNA测序数据的轨迹推断	scCRT整合了细胞级和集群级的对比学习模块，以利用上游分析的先验信息，提高轨迹推断的准确性	未明确提及具体局限性	开发一种专门用于单细胞RNA测序轨迹推断的降维模型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习模型	基因表达数据	54个真实数据集和81个合成数据集，总计135个数据集
155	2025-08-05	scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae203 PMID:38701413	研究论文	提出了一种名为scEWE的高阶元素加权集成聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的异质性分析	提出了一种基于自表示集成学习框架的高阶元素加权策略，能够为单个细胞分配不同的基础聚类权重，并提取细胞间的高阶信息	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据异质性分析的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	集成学习框架	基因表达数据	未明确提及具体样本量
156	2025-08-05	A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis 2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000497 PMID:37982646	研究论文	提出了一种基于单细胞测序分析构建巨噬细胞相关治疗疗效预测因子的新方法	开发了TAMs风险评分（TRS）作为结直肠癌的预后指标，并预测患者对免疫治疗和化疗的反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在结直肠癌（CRC）发展和预后中的作用，并构建预测模型	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	Cox回归和LASSO分析	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库的样本
157	2025-08-04	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	本研究探讨了肿瘤微环境中低水平TNFα通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞自我更新的机制	揭示了低水平TNFα通过VASN介导的糖酵解促进胶质瘤干细胞自我更新的新机制，为GBM治疗提供了新靶点	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探索TNFα在胶质瘤微环境中对胶质瘤干细胞自我更新的调控作用	胶质瘤干细胞(GSCs)和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤(GBM)	空间转录组学、免疫印迹、RNA测序、单细胞RNA测序、质谱分析	体外和体内模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量
158	2025-08-04	Integrated immuno-transcriptomic analysis of ovarian cancer identifies a four-chemokine-dominated subtype with antitumor immune-active phenotype and favorable prognosis 2024-Oct, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02803-7 PMID:39095528	研究论文	该研究通过整合免疫转录组学分析，识别出一种以四种趋化因子为主导的卵巢癌亚型，该亚型具有抗肿瘤免疫活性表型和良好的预后	发现了一个由四种趋化因子（CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13）组成的关键基因面板，这些趋化因子在建立活跃的T细胞浸润抗肿瘤表型中起关键作用，并引入了一种新的卵巢癌免疫分类	研究主要基于转录组数据，虽然进行了免疫组化验证，但仍需更多实验验证趋化因子的具体作用机制	探究卵巢癌中免疫活性表型与临床结果的关系，并识别新的免疫分类标志物	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组化	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	2850个卵巢癌样本（来自19个数据集）、39个卵巢癌样本（单细胞RNA测序）、39个样本（免疫组化验证）
159	2025-08-04	Basophils Play a Protective Role in the Recovery of Skin Barrier Function from Mechanical Injury in Mice 2024-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.024 PMID:38286187	研究论文	本研究探讨了嗜碱性粒细胞在小鼠皮肤机械损伤后屏障功能恢复中的保护作用	揭示了嗜碱性粒细胞通过下调Il17a表达对抗IL-17A对皮肤屏障功能恢复的负面影响的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中得到验证	探究皮肤机械损伤后屏障功能恢复的分子机制	小鼠皮肤机械损伤模型	免疫学	皮肤损伤	单细胞RNA测序、流式细胞术	动物模型	基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明小鼠数量
160	2025-08-04	Spock2 Functions as a Key Time-Series Gene of Endothelial Cells in Sepsis-Induced Cardiomyopathy 2024-Aug-01, Journal of cardiovascular pharmacology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/FJC.0000000000001577 PMID:39115722	研究论文	本研究探讨了脓毒症诱导的心肌病中内皮细胞的关键时间序列基因Spock2的功能	通过时间序列分析和单细胞测序数据，鉴定了内皮细胞特异性时间依赖性差异表达基因Spock2，并验证了其在脓毒症中的保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证不足	研究脓毒症诱导的心肌病的发病机制	脓毒症小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	分子生物学	心血管疾病	转录组分析、单细胞测序、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	GSE171546和GSE207363数据集中的小鼠样本和人脐静脉内皮细胞