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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-04-28 |
Changes in conjunctival mononuclear phagocytes and suppressive activity of regulatory macrophages in desiccation induced dry eye
2024-10, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.09.003
PMID:39306240
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研究论文 | 评估干眼症对结膜免疫细胞数量和转录谱的影响,重点关注单核吞噬细胞的变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示干眼症诱导结膜单核吞噬细胞中TLF+调节性巨噬细胞和CCR2+炎性细胞的差异化基因表达模式,并证实调节性巨噬细胞对抑制炎症和杯状细胞丢失的关键作用 | 主要基于小鼠模型,尚需在人类样本中验证;调节性巨噬细胞耗竭实验依赖甘露糖化氯膦酸盐脂质体,可能存在非特异性效应 | 阐明干眼症条件下结膜免疫细胞的动态变化及调节性巨噬细胞的免疫抑制功能 | C57BL/6小鼠的结膜免疫细胞 | 数字病理学 | 干眼症 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC-seq | Monocle 3细胞轨迹模型 | 单细胞转录组数据、染色质开放性数据 | 非应激和干燥应激处理的C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 对分选的结膜免疫细胞进行单细胞RNA测序和scATAC-seq分析 |
| 142 | 2026-04-28 |
Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space
2024-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08087-4
PMID:39478210
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研究论文 | 通过空间转录组学分析了来自6种癌症类型的131个肿瘤切片,结合单核RNA测序和CODEX数据,研究了肿瘤在二维和三维空间中的演化及其与微环境的相互作用 | 首次大规模结合Visium空间转录组学、单核RNA测序和CODEX多模态数据,定义了肿瘤微区域和空间亚克隆,并利用深度学习算法重建三维肿瘤结构,揭示了免疫热区和冷区的空间分布 | 样本量有限且仅涵盖6种癌症类型;三维重构基于连续切片可能引入对齐误差;深度学习算法依赖未监督学习,需进一步验证其生物学意义 | 研究肿瘤细胞与非癌细胞在二维和三维空间中的空间相互作用和演化机制 | 来自78例病例的131个肿瘤切片,涵盖6种癌症类型 | 数字病理学 | 多种癌症 | 空间转录组学, 单核RNA测序, CODEX多重免疫荧光 | 无监督深度学习 | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据, CODEX多重成像数据 | 131个肿瘤切片(78例患者,6种癌症类型),48例匹配的单核RNA测序样本,22例匹配的CODEX样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单核RNA测序 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台,结合10x单核RNA测序和CODEX多重免疫荧光技术 |
| 143 | 2026-04-28 |
A spatial expression atlas of the adult human proximal small intestine
2024-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07793-3
PMID:39112711
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研究论文 | 利用空间转录组学、空间蛋白质组学和单分子荧光原位杂交技术,重建了成人近端小肠的综合空间表达图谱,揭示了沿隐窝-绒毛轴的区域化表达和细胞类型分布 | 首次在成人近端小肠中系统描绘了沿隐窝-绒毛轴的基因表达空间异质性,发现迁移性肠上皮细胞从绒毛底部脂滴组装和铁吸收向顶端乳糜微粒合成和铁释放的转变,并揭示绒毛顶端细胞具有促免疫原性特征 | 未明确提及具体局限性 | 重建成人近端小肠的空间表达图谱,解析隐窝-绒毛轴的基因表达和细胞类型空间异质性 | 成人近端小肠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单分子荧光原位杂交 | NA | 空间基因表达数据, 空间蛋白质表达数据 | 成人近端小肠组织样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 空间转录组学, 单分子荧光原位杂交 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台, 单分子荧光原位杂交技术 |
| 144 | 2026-04-28 |
Single-cell RNA-sequencing reveals the transcriptional landscape of lacrimal gland in GVHD mouse model
2024-07, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.04.006
PMID:38703817
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示GVHD小鼠模型泪腺的转录景观 | 首次构建GVHD小鼠泪腺细胞图谱,发现Lrg1高表达上皮细胞新亚群,并描绘细胞间通信网络 | 仅基于小鼠模型,需在人类样本中验证;部分转录结果通过免疫荧光验证,缺乏功能实验 | 研究GVHD小鼠模型中泪腺细胞群的全局转录表达谱,揭示眼表GVHD的发病机制 | GVHD小鼠模型的泪腺细胞 | 转录组学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | GVHD小鼠模型泪腺细胞(具体样本量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 145 | 2026-04-28 |
Inflammatory recruitment of healthy hematopoietic stem and progenitor cells in the acute myeloid leukemia niche
2024-04, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02136-7
PMID:38228679
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研究论文 | 揭示急性髓系白血病微环境中健康造血干细胞和祖细胞被炎症性募集的机制 | 首次证明健康造血干细胞和祖细胞在低白血病浸润时即主动参与骨髓微环境炎症反应,并识别出AML来源的纳米级胞外囊泡是触发该炎症反应的关键因素 | 未明确讨论样本量大小及临床验证结果 | 探究急性髓系白血病微环境中健康造血干细胞和祖细胞是否主动参与炎症传播及其机制 | 急性髓系白血病小鼠模型中的健康造血干细胞和祖细胞 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个独立同源小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2026-04-28 |
Single-cell RNA sequencing reveals the complex cellular niche of pterygium
2024-04, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.01.013
PMID:38290663
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了翼状胬肉的复杂细胞微环境及潜在发病机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术全面解析翼状胬肉的细胞异质性,发现免疫成纤维细胞、EMT上皮细胞和活化血管内皮细胞等新亚群,并揭示巨噬细胞与ACKR1+活化血管内皮细胞的相互作用在疾病发展中的关键作用 | 需要进一步的体内外实验验证单细胞测序发现的细胞间相互作用机制,且样本量有限 | 探究翼状胬肉的发病机制及潜在治疗靶点 | 翼状胬肉患者及正常对照者的结膜组织细胞 | 数字病理学 | 眼部疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 45605个细胞(来自翼状胬肉患者和正常对照) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 147 | 2026-04-28 |
A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD
2024-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07042-7
PMID:38355792
|
研究论文 | 通过人类神经网络模型揭示ALS和FTLD中NPTX2的病理作用 | 首次利用iCoMoNSCs衍生的长寿命功能性神经网络iNets模拟TDP-43蛋白病,并鉴定出NTPX2作为TDP-43关键调控靶点,阐明其在神经毒性中的直接作用 | 未提及明确的局限性 | 研究TDP-43病理在神经退行性疾病中的出现机制及后果 | 诱导多能干细胞衍生的神经干细胞及其分化形成的神经网络 | 自然语言处理 | 肌萎缩侧索硬化症、额颞叶变性 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 患者样本(肌萎缩侧索硬化症和额颞叶变性患者) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 148 | 2026-04-28 |
Circulating myeloid-derived MMP8 in stress susceptibility and depression
2024-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-07015-2
PMID:38326622
|
研究论文 | 循环髓系来源的MMP8在应激易感性和抑郁症中的作用 | 首次揭示外周髓系细胞特异性蛋白酶MMP8在应激易感性和抑郁症中通过直接浸润脑区影响细胞外空间和神经生理的机制 | 未明确MMP8从外周进入脑实质的具体分子途径,且研究主要基于小鼠模型,人类数据仅涉及血清水平检测 | 探究外周免疫系统改变如何通过特定分子影响中枢神经系统功能和压力相关行为 | 人类重度抑郁症患者血清样本及慢性社交挫败应激小鼠模型 | 机器学习 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 | NA | 基因表达数据、蛋白质组学数据 | 人类患者血清样本与小鼠模型(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统用于免疫细胞高维表型分析 |
| 149 | 2026-04-27 |
Single-cell RNA sequencing in stroke and traumatic brain injury: Current achievements, challenges, and future perspectives on transcriptomic profiling
2024-Dec-09, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X241305914
PMID:39648853
|
综述 | 综述单细胞RNA测序在脑卒中和创伤性脑损伤中的应用现状、挑战及未来转录组分析的展望 | 系统总结了scRNA-seq在脑卒中和急性创伤性脑损伤领域的最新成果,并展望了结合空间转录组学的未来应用方向 | 组织解离过程可能诱导细胞应激反应,影响数据的准确性 | 概述单细胞RNA测序技术的工作流程、数据分析方法及优缺点,并探讨其在脑损伤研究中的应用与未来前景 | 脑卒中和创伤性脑损伤中的细胞类型及转录组特征 | 自然语言处理 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 基于液滴的scRNA-seq系统和空间转录组学平台 |
| 150 | 2026-04-27 |
Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis
2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176207
PMID:39621585
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研究论文 | 本文发现内皮细胞中HIF脯氨酰羟化酶(PHD1-3)在缺血后失活通过诱导糖酵解促进肾脏不良修复 | 首次揭示内皮细胞PHD1、PHD2和PHD3联合失活(而非单独PHD2失活)通过糖酵解/MCT4轴驱动AKI向CKD转变,并发现MCT4抑制剂syrosingopine可恢复适应性修复 | 未明确提及,但可能包括机制细节需进一步验证和临床转化距离 | 探究内皮细胞氧感应PHD酶在缺血后肾脏修复中的调控作用 | 小鼠和人类肾脏内皮细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤、慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型、药物抑制 | NA | 单细胞转录组数据、组织病理数据 | 小鼠模型(PHDTiEC基因敲除小鼠)和人类肾组织样本(伴有严重AKI) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 151 | 2026-04-27 |
CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07537-3
PMID:38867048
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现肠道IL-23受体表达细胞中,ILC3s上调CTLA-4以抑制IL-23介导的炎症 | 首次揭示ILC3s表达CTLA-4作为免疫检查点限制IL-23病理作用的新机制 | 未阐明CTLA-4阳性ILC3s在人类炎症性肠病中的具体功能变化及长期效应 | 探究IL-23介导组织保护与病理炎症之间的调控机制 | 肠道IL-23受体表达细胞(T细胞和ILC3s)及小鼠模型 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肠道细胞及人类ILC3s样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 152 | 2026-04-25 |
[Current applications and translational prospects of omics technologies in urothelial carcinoma]
2024-Nov-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery]
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综述 | 本文综述了组学技术在尿路上皮癌诊断和治疗中的当前应用与转化前景 | 结合国家关键策略,深入探讨组学技术如何推动尿路上皮癌诊疗的新发展,包括单细胞组学和空间转录组学在细胞异质性和肿瘤微环境中的新见解 | 尚未提及具体局限性 | 探讨组学技术在尿路上皮癌诊疗中的应用和转化前景 | 尿路上皮癌 | 机器学习 | 尿路上皮癌 | 组学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 153 | 2026-04-25 |
Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75947-4
PMID:39477985
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研究论文 | 通过对肛周瘘管型克罗恩病患者直肠类器官进行单细胞转录组测序,揭示了患者特异性基因表达特征 | 首次利用单细胞转录组技术对直肠类器官进行分析,发现了与疾病、性别和祖源相关的基因表达特征,并确认类器官保留了干细胞和扩增区的疾病信号 | 类器官缺乏在病变粘膜上皮细胞中观察到的许多炎症信号,可能限制了其模拟炎症微环境的能力 | 探讨肛周瘘管型克罗恩病患者直肠上皮干细胞区室在转录水平上的病理决定因素 | 肛周瘘管型克罗恩病患者和健康对照的直肠类器官与粘膜上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 13例患者(8例CD、5例对照)提供77,044个类器官细胞;29例患者(18例CD、11例对照)提供141,367个粘膜上皮细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 154 | 2026-04-25 |
Characterization of cell states in biliary tract cancers identifies mechanisms of therapeutic resistance in a phase II trial of DKN-01/nivolumab
2024-Oct-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.10.08.24315092
PMID:39417106
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临床试验/研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胆道癌患者在接受DKN-01联合纳武利尤单抗治疗前后的细胞状态,揭示治疗耐药机制 | 首次系统分类胆道癌恶性细胞状态(包括此前未描述的神经样和内皮样状态),并阐明联合免疫治疗的耐药机制 | 单臂II期试验未观察到客观缓解,样本量有限,需进一步验证细胞状态分类的普适性 | 探索胆道癌对DKN-01/纳武利尤单抗联合治疗的耐药机制 | 晚期胆道癌患者配对的治疗前和治疗中活检样本 | 数字病理学 | 胆道癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 晚期胆道癌患者(具体数量未在摘要中提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2026-04-25 |
A Prime-Boost Vaccination Approach Induces Lung Resident Memory CD8+ T Cells Derived from Central Memory T Cells That Prevent Tumor Lung Metastasis
2024-Oct-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3257
PMID:39350665
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研究论文 | 通过初免-加强疫苗接种策略诱导源自中央记忆T细胞的肺部常驻记忆CD8+ T细胞,从而预防肿瘤肺转移 | 发现通过肌肉注射DNA疫苗初免后鼻腔喷注减毒流感病毒载体疫苗加强的免疫策略,能高效诱导肺部CD8+常驻记忆T细胞,并证实这些细胞来源于DNA疫苗诱导的中央记忆T细胞,且通过单细胞RNA测序揭示了其转录组重编程过程 | 未提及具体限制 | 探究疫苗诱导的肺部常驻记忆T细胞的来源及其在预防肿瘤肺转移中的作用 | 小鼠模型中的中央记忆T细胞、肺部常驻记忆T细胞及转移性黑色素瘤和间皮瘤 | 免疫学 | 黑色素瘤、间皮瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 156 | 2026-04-25 |
Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation
2024-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07372-6
PMID:38658756
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研究论文 | 揭示了门静脉周围区域富含一种表达Marco的免疫抑制性巨噬细胞,该细胞由肠道微生物群诱导,通过白细胞介素-10和Marco受体抑制炎症,其功能缺失会促进肝脏炎性疾病 | 首次通过活体成像和区域特异性单细胞转录组学发现门静脉周围区域存在免疫抑制性巨噬细胞,并鉴定出Odoribacteraceae菌科及其后生元isoallolithocholic acid诱导该细胞亚群,阐明了共生菌与肝脏免疫稳态之间的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外验证,缺乏直接的人类临床数据支持 | 探究肝脏门静脉周围与中央静脉周围区域免疫系统的功能差异及其在炎症调控中的作用机制 | 肝脏门静脉周围区域富含Marco的免疫抑制性巨噬细胞及其与肠道微生物群的互作关系 | 免疫学 | 原发性硬化性胆管炎、非酒精性脂肪性肝炎 | 活体成像、区域特异性单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及体外培养细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达分析平台 |
| 157 | 2026-04-25 |
spVC for the detection and interpretation of spatial gene expression variation
2024-04-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03245-3
PMID:38641849
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研究论文 | 提出 spVC 方法,用于检测和解释空间基因表达变异 | 基于广义泊松模型,整合协变量的常数和空间变化效应,提高连续表达模式捕获能力和可解释性 | 未明确提及局限性 | 开发一种统计方法来检测和解释空间转录组数据中的基因表达变异 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 广义泊松模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 158 | 2026-04-25 |
[Prediction of prognosis of patients with radical resection of intrahepatic cholangiocarcinoma based on single cell omics]
2024-Apr-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery]
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研究论文 | 基于单细胞组学分析肝内胆管癌根治术后患者预后预测 | 首次通过单细胞测序整合多个数据集,识别与预后相关的关键上皮细胞亚群,并提出抗氧化型与非抗氧化型的ICC组织分型概念,构建预后预测模型 | 研究为回顾性病例系列,样本量有限,且模型验证仅基于公开数据集,可能需进一步外部验证 | 分析基于单细胞组学的肝内胆管癌根治术后患者预后预测 | 肝内胆管癌患者(46例单细胞测序、100例微阵列数据) | 计算机视觉, 机器学习 | 肝内胆管癌 | 单细胞测序, 微阵列分析, ssGSEA算法, Cox比例风险模型 | Cox比例风险模型 | 单细胞测序数据, 微阵列表达数据 | 46例患者(单细胞测序),100例患者(微阵列数据) | Gene Expression Omnibus数据库, EMBI数据库 | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2026-04-25 |
Elucidating the changes in the heterogeneity and function of radiation-induced cardiac macrophages using single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1363278
PMID:38601160
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示辐射诱导心脏巨噬细胞的异质性和功能变化 | 首次在辐射诱导心脏损伤动物模型中,表征早期阶段巨噬细胞的多样性、特征及演化 | NA | 探究辐射后心脏功能的早期变化及心脏巨噬细胞在此过程中的作用 | 辐射诱导心脏损伤小鼠模型中的心脏巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2026-04-25 |
ΔNp63 Regulates Homeostasis, Stemness, and Suppression of Inflammation in the Adult Epidermis
2024-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.07.005
PMID:37543242
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研究论文 | 本研究揭示ΔNp63在成年表皮中调控稳态、干细胞性和抑制炎症的关键作用 | 首次通过急性基因敲除实验证明ΔNp63在成年表皮中维持角质形成细胞增殖和自我更新,并抑制银屑病样炎症 | 仅在小鼠模型中研究,未在人体表皮中验证;ΔNp63敲除后细胞消失机制未完全阐明 | 探究ΔNp63在成年表皮中的功能及其调控机制 | 成年小鼠表皮角质形成细胞 | 分子生物学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠表皮样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |