单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1561	2024-08-05	The heterogeneity of tumour-associated macrophages contributes to the clinical outcomes and indications for immune checkpoint blockade in colorectal cancer patients 2024-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152805 PMID:38669865	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞在结直肠癌患者临床结果和免疫检查点抑制治疗中的作用	研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性与患者预后及免疫疗法反应之间的关系	研究仅基于60名结直肠癌患者的数据，样本量相对较小	了解肿瘤相关巨噬细胞的异质性如何影响结直肠癌的临床结果和免疫治疗指征	结直肠癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	60名结直肠癌患者
1562	2025-01-28	Gene regulatory patterning codes in early cell fate specification of the C. elegans embryo 2024-Jan-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87099 PMID:38284404	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，确定了C. elegans胚胎1至102细胞阶段的转录组，揭示了119种胚胎细胞状态，并发现基因表达程序根据亚细胞谱系模块化	首次系统地研究了C. elegans胚胎早期和晚期原肠胚形成中间阶段的转录组，揭示了基因表达程序的模块化和同源基因调控模式的深度同源性	研究主要集中于C. elegans胚胎，可能不适用于其他物种	研究C. elegans胚胎早期细胞命运指定中的基因调控模式	C. elegans胚胎1至102细胞阶段的细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1至102细胞阶段的C. elegans胚胎细胞
1563	2024-10-24	Genetic variation in IL-4 activated tissue resident macrophages alters the epigenetic state to determine strain specific synergistic responses to LPS 2024-Jan-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3759654/v1 PMID:38712032	研究论文	研究探讨了不同遗传背景下IL-4激活的组织驻留巨噬细胞对LPS刺激的协同反应	揭示了遗传变异通过改变IL-4诱导的细胞内在表观遗传重编程，导致对LPS暴露的特定品系协同反应	NA	研究不同遗传背景下的组织驻留巨噬细胞对多重刺激的整合机制	C57BL/6和BALB/c品系的组织驻留巨噬细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	混合骨髓嵌合小鼠
1564	2025-01-28	Initial regional cytoarchitectonic differences in dorsal and orbitobasal human developing frontal cortex revealed by spatial transcriptomics 2024-Dec-18, Brain structure & function IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00429-024-02865-6 PMID:39692769	研究论文	本文通过空间转录组学技术揭示了人类胎儿大脑皮层早期发育中背侧和眶基底区域在细胞结构上的差异	首次在转录组水平上深入研究了人类胎儿额叶发育过程中背侧和眶基底区域的细胞结构特征，并保留了空间信息	研究仅关注了15个孕周后的胎儿大脑发育，未涵盖其他关键发育阶段	探讨人类胎儿额叶发育过程中背侧和眶基底区域在细胞结构上的差异及其分子机制	人类胎儿额叶的背侧和眶基底区域	空间转录组学	NA	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)	NA	基因表达数据	15个孕周后的胎儿大脑样本
1565	2025-01-28	Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007 PMID:39395421	研究论文	本文研究了儿童高级别胶质瘤（pHGGs）中髓系细胞的作用及其受组蛋白突变影响的转录特征	揭示了髓系细胞在儿童高级别胶质瘤中的肿瘤促进作用，并提出了针对这些细胞的潜在治疗机会	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及其受组蛋白突变影响的机制	儿童高级别胶质瘤（pHGGs）和弥漫性中线胶质瘤（DMGs）	肿瘤学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	小鼠模型和人类pHGG样本
1566	2025-01-28	Progressive polyadenylation and m6A modification of Ighg1 mRNA maintain IgG1 antibody homeostasis in antibody-secreting cells 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.10.004 PMID:39476842	研究论文	本文探讨了mRNA多聚腺苷化和N6-甲基腺苷（m6A）修饰如何维持抗体分泌细胞（ASCs）中IgG1抗体的产生	揭示了m6A修饰和YTHDF1在维持IgG1抗体转录本稳态中的新机制	研究主要基于小鼠模型和系统性红斑狼疮患者，可能不适用于其他疾病或物种	研究RNA转录后修饰对抗体稳态的影响	抗体分泌细胞（ASCs）和IgG1抗体	分子生物学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	系统性红斑狼疮患者和小鼠模型
1567	2025-01-28	Overcoming tyrosine kinase inhibitor resistance in lung cancer brain metastasis with CTLA4 blockade 2024-Nov-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.012 PMID:39423817	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了肺癌脑转移中酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐药的机制，并探讨了CTLA4阻断在克服TKI耐药中的潜力	研究发现TKI治疗提高了T细胞中免疫检查点CTLA4的表达，揭示了肿瘤源性HMGB1在TKI响应中的免疫调节作用，并展示了CTLA4阻断与TKI联合治疗在TKI耐药模型中的增强效果	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨肺癌脑转移中TKI耐药的机制，并寻找克服耐药的治疗策略	肺癌脑转移患者和小鼠模型	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多样遗传背景和TKI治疗历史的肺癌脑转移样本
1568	2025-01-28	Single-Cell Transcriptomics Applied in Plants 2024-09-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181561 PMID:39329745	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在植物科学中的应用，并探讨了其潜力和挑战	首次全面回顾了scRNA-seq在植物科学中的研究进展，并提出了五个数据库以帮助识别不同细胞类型的表达标记基因	scRNA-seq在植物科学中的全部潜力尚未完全阐明，且存在一些潜在问题和挑战	探索scRNA-seq技术在植物研究中的应用，并为未来研究提供理论基础	植物组织，特别是模式植物、作物和木材	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1569	2025-01-28	Deep Immunoprofiling of Large-Scale Tuberculosis Dataset at Single Cell Resolution Reveals a CD81bright γδ T Cell Population Associated with Latency 2024-09-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181529 PMID:39329713	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序和批量RNA测序数据整合，揭示了外周血γδ T细胞的表型和分子特征，并发现了一个与潜伏性结核感染相关的CD81bright γδ T细胞群体	首次在大规模结核病数据集中通过单细胞分辨率进行深度免疫分析，发现了一个独特的CD81bright γδ T细胞群体，并揭示了其在免疫信号传导和免疫反应调节中的特殊作用	研究主要集中在外周血γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞或组织中的γδ T细胞	探索γδ T细胞在结核病保护或疾病进展中的作用	外周血γδ T细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	大规模结核病数据集
1570	2025-01-28	Characterizing the Tumor Microenvironment and Its Prognostic Impact in Breast Cancer 2024-09-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181518 PMID:39329702	研究论文	本研究通过整合分析和单细胞RNA测序数据，探讨了乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观和细胞间通讯	首次通过整合分析和单细胞RNA测序数据，全面描述了乳腺癌肿瘤微环境的组成和动态相互作用，并揭示了免疫浸润程度与临床结果之间的关联	研究结果主要基于RNA测序数据，未涉及其他类型的数据验证	探讨乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观和细胞间通讯，以提供患者分层的预后信息	乳腺癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1571	2025-01-28	Resident Synovial Macrophages in Synovial Fluid: Implications for Immunoregulation in Infectious and Inflammatory Arthritis 2024-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560183 PMID:37873090	研究论文	本研究旨在识别滑液中的常驻滑膜巨噬细胞（RSM），并展示其迁移能力及可能引发慢性炎症反应的功能变化	首次在滑液中识别出RSM，并通过单细胞RNA测序揭示了这些细胞与CD56+细胞毒性树突状细胞和IDO+ M2巨噬细胞的转录相关性	研究样本量有限，且主要依赖于体外实验验证	探讨RSM在感染性和炎症性关节炎中的免疫调节作用	人类患者，特别是表现为未分化关节炎的患者	免疫学	关节炎	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISA	NA	细胞数据、RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及多临床环境下的患者
1572	2025-01-27	Invasive growth of brain metastases is linked to CHI3L1 release from pSTAT3-positive astrocytes 2024-06-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae013 PMID:38271182	研究论文	本文探讨了pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞（RAs）对脑转移瘤（BrM）侵袭模式的影响，并评估了STAT3抑制或RA特异性STAT3基因消融对BrM生长的影响	揭示了pSTAT3阳性RAs通过分泌CHI3L1驱动BrM侵袭性生长，并提出了STAT3和CHI3L1作为治疗高度侵袭性BrM的潜在靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在临床环境中验证其治疗效果	研究pSTAT3阳性RAs对脑转移瘤侵袭模式的影响，并探索其作为STAT3抑制治疗预测生物标志物的潜力	人类和患者来源的异种移植（PDX）脑转移瘤、同源和转基因小鼠模型	数字病理学	脑转移瘤	免疫组织化学、单细胞RNA测序、脑切片-肿瘤共培养实验	PDX模型、同源小鼠模型、转基因小鼠模型	图像、RNA测序数据	人类和PDX脑转移瘤样本、小鼠模型
1573	2025-01-26	Mesenchymal Traits as an Intrinsic Feature of Undifferentiated Cells 2024-Dec-24, Journal of developmental biology IF:2.2Q3 DOI:10.3390/jdb13010001 PMID:39846630	研究论文	本文通过分析早期胚胎阶段和成人组织的单细胞转录组数据集，探讨了间充质表型在未分化细胞中的内在特征	挑战了传统观点，提出间充质表型和混合间充质/上皮状态可能标志着具有干细胞特性的癌细胞，并将这一概念扩展到病理背景之外	研究主要依赖于公开的单细胞转录组数据集，可能缺乏实验验证	探讨间充质表型在未分化细胞中的内在特征及其在胚胎发育和成人器官中的表达	早期胚胎阶段和成人组织的单细胞转录组数据	生物信息学	癌症	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	公开的单细胞转录组数据集
1574	2025-01-26	Dynamic cell fate plasticity and tissue integration drive functional synovial joint regeneration 2024-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.12.628180 PMID:39713398	研究论文	本文通过开发成年斑马鱼的单侧全关节切除模型，研究了如何刺激原生滑膜关节组织的再生	揭示了成年骨骼中潜在的分子和细胞程序，这些程序被用于再生具有润滑关节软骨的复杂关节	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	研究成年哺乳动物滑膜关节的再生能力及其机制	成年斑马鱼的滑膜关节	生物医学工程	关节疾病	microCT、组织学、活体成像、单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	图像、RNA测序数据	成年斑马鱼的全关节切除模型
1575	2025-01-26	TRIM44, a Novel Prognostic Marker, Supports the Survival of Proteasome-Resistant Multiple Myeloma Cells 2024-08-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171431 PMID:39273003	研究论文	本文探讨了TRIM44在多发性骨髓瘤（MM）中的预后影响和治疗潜力，发现其过表达与不良预后相关，并在疾病进展中起关键作用	首次揭示了TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后价值及其在蛋白酶体抑制剂耐药性中的关键作用	研究主要基于回顾性队列分析，缺乏前瞻性临床试验验证	探讨TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后影响和治疗潜力	多发性骨髓瘤患者	癌症研究	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	858名多发性骨髓瘤患者
1576	2025-01-26	3D-Bioprinted Co-Cultures of Glioblastoma Multiforme and Mesenchymal Stromal Cells Indicate a Role for Perivascular Niche Cells in Shaping Glioma Chemokine Microenvironment 2024-08-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171404 PMID:39272976	研究论文	本文利用3D生物打印技术研究胶质母细胞瘤（GBM）与间充质基质细胞的共培养，探讨了血管周围微环境细胞在塑造胶质瘤趋化因子微环境中的作用	通过3D生物打印技术恢复了GBM细胞在单层培养中失去的趋化因子多样性，并揭示了血管周围微环境细胞在GBM肿瘤趋化因子微环境中的重要作用	研究仅使用了两种GBM细胞系，可能无法完全代表所有GBM肿瘤的异质性	研究胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤微环境中的趋化因子分泌及其与血管周围微环境细胞的相互作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞系U-251和DK-MG，以及间充质基质细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	3D生物打印，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	两种GBM细胞系（U-251和DK-MG）及间充质基质细胞
1577	2025-01-26	Genome Restructuring around Innate Immune Genes in Monocytes in Alcohol-associated Hepatitis 2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.07.607014 PMID:39211112	研究论文	本文研究了酒精性肝炎（AH）患者单核细胞中基因组结构的变化及其对先天免疫基因表达的影响	首次使用Hi-C技术结合scRNA-seq数据，揭示了AH患者单核细胞中染色质结构的变化及其对炎症基因表达的影响	样本量较小，仅包括4名AH患者和4名健康对照	探讨酒精性肝炎患者单核细胞中基因组结构的变化及其对炎症基因表达的调控机制	酒精性肝炎患者的单核细胞	基因组学	酒精性肝炎	Hi-C技术, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	4名AH患者和4名健康对照的单核细胞
1578	2025-01-26	Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae170 PMID:39659592	研究论文	本研究提出了一种通过负二项混合模型对LIBRA-seq数据进行去噪的方法，以提高抗体-抗原结合预测的准确性	利用负二项混合模型对单细胞B细胞受体测序数据进行去噪，改进了抗原结合预测的准确性	样本间数据大小和噪声结构的差异可能影响模型的普适性	提高LIBRA-seq数据中抗体-抗原特异性预测的准确性	单细胞B细胞受体测序数据	生物信息学	NA	LIBRA-seq	负二项混合模型	单细胞测序数据	9个供体的LIBRA-seq实验数据
1579	2025-01-26	Single-cell RNA sequencing elucidates cellular plasticity in esophageal small cell carcinoma following chemotherapy treatment 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1477705 PMID:39850495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了食管小细胞癌患者在化疗前后的细胞可塑性及肿瘤微环境的变化	首次在单细胞水平上揭示了食管小细胞癌化疗后的细胞可塑性变化及肿瘤微环境的动态交互	研究仅基于单一患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨化疗对食管小细胞癌细胞可塑性及肿瘤微环境的影响	食管小细胞癌患者的肿瘤样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1名患者的化疗前后样本
1580	2025-01-25	NBAtlas: A harmonized single-cell transcriptomic reference atlas of human neuroblastoma tumors 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114804 PMID:39368085	研究论文	本文介绍了一个名为NBAtlas的协调单细胞转录组参考图谱，该图谱整合了七个单细胞或单核数据集，涵盖了61名患者的362,991个细胞，用于解析神经母细胞瘤的转录景观	通过整合多个单细胞转录组数据集，创建了一个覆盖广泛样本的协调细胞图谱，揭示了神经母细胞瘤的转录组特征与临床结果之间的关联，并展示了其在数据驱动细胞类型注释中的实用性	尽管整合了多个数据集，但样本量仍然相对较小，可能限制了某些结论的普适性	解析神经母细胞瘤的转录景观，揭示其与临床结果的关联，并展示该图谱在细胞类型注释中的应用	神经母细胞瘤患者样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	61名患者的362,991个细胞