单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7515 篇文献，本页显示第 1541 - 1560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1541 | 2025-01-31 |
Integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to explore prognostic value and immune landscapes of methionine metabolism-related signature in breast cancer
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1521269
PMID:39877420
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索了乳腺癌中甲硫氨酸代谢相关特征的预后价值和免疫景观 | 首次构建并验证了基于八个甲硫氨酸相关基因的乳腺癌预后模型，并揭示了APOC1基因在调节巨噬细胞极化和乳腺癌细胞行为中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏临床样本的直接验证 | 探索甲硫氨酸代谢相关基因在乳腺癌中的预后价值和免疫调节作用 | 乳腺癌患者和乳腺癌细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq），批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），Cox回归 | RNA测序数据 | 基于TCGA和GEO数据库的乳腺癌患者数据，以及MDA-MB-231和MDA-MB-468乳腺癌细胞系 |
| 1542 | 2025-01-31 |
Revisiting the female germline cell development
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1525729
PMID:39877734
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综述 | 本文回顾了雌性生殖细胞发育的最新进展，探讨了关键基因调控网络、表观遗传途径、细胞周期调节因子和植物激素在这一过程中的作用 | 利用先进技术如smFISH、LCM、染色质免疫沉淀/测序和CRISPR基因编辑，揭示了雌性生殖细胞发育不同阶段的机制 | NA | 探索雌性生殖细胞发育的机制 | 雌性生殖细胞 | 植物生物学 | NA | smFISH, LCM, 染色质免疫沉淀/测序, CRISPR基因编辑, 单细胞转录组/空间转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA |
| 1543 | 2025-01-30 |
DDO1002, an NRF2-KEAP1 inhibitor, improves hematopoietic stem cell aging and stress response
2024-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae043
PMID:39872153
|
研究论文 | 本文研究了DDO1002作为NRF2-KEAP1抑制剂在改善造血干细胞衰老和应激反应中的作用 | 首次阐明了DDO1002通过激活NRF2-ARE信号通路来减少细胞内活性氧水平，从而延缓细胞衰老和改善造血功能 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨DDO1002在缓解全身照射后或衰老过程中造血功能下降的作用 | 造血干细胞（HSCs） | 生物医学 | 老年疾病 | 单细胞测序分析 | NA | NA | 老年小鼠 |
| 1544 | 2025-01-30 |
Single-cell RNA sequencing reveals the intercellular crosstalk and the regulatory landscape of stromal cells during the whole life of the mouse ovary
2024-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae041
PMID:39872151
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠卵巢整个生命周期中基质细胞的细胞间通讯和调控景观 | 首次整合了从胚胎期到成年期的单细胞RNA测序数据，揭示了卵巢基质细胞的动态变化和细胞间通讯网络，并识别了基质细胞的起源——间充质祖细胞（CD24） | 研究主要基于小鼠模型，人类卵巢中的相关机制仍需进一步验证 | 研究卵巢基质细胞的异质性、发育轨迹及细胞间通讯网络 | 小鼠卵巢中的基质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 从E11.5（胚胎第11.5天）到M12（12月龄）的小鼠卵巢样本 |
| 1545 | 2025-01-30 |
Spatial multi-omics characterizes GPR35-relevant lipid metabolism signatures across liver zonation in MASLD
2024-Dec, Life metabolism
DOI:10.1093/lifemeta/loae021
PMID:39873004
|
研究论文 | 本研究通过结合脂质代谢组学、空间转录组学（ST）和空间代谢组学（SM），旨在识别由GPR35调控的MASLD中不同肝脏分区的特定基因和代谢物的空间分布 | 首次在肝脏分区水平上揭示了GPR35在MASLD中的调控机制，特别是其对脂质代谢和炎症反应的影响 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨GPR35在MASLD中的调控机制及其对肝脏分区的影响 | 小鼠肝脏 | 代谢组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD） | 脂质代谢组学、空间转录组学（ST）、空间代谢组学（SM） | NA | 代谢物和基因表达数据 | NA |
| 1546 | 2025-01-30 |
The evolution of ovarian somatic cells characterized by transcriptome and chromatin accessibility across rodents, monkeys, and humans
2024-Oct, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae028
PMID:39872443
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子卵巢在进化过程中的保守性和差异性 | 首次通过单细胞转录组和染色质可及性联合分析，揭示了卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，并发现了跨物种的共同调控架构 | 研究主要依赖于非人类模型生物，可能无法完全反映人类卵巢的复杂性 | 研究卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，以理解人类卵巢生理和疾病 | 人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | 人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞样本 |
| 1547 | 2025-01-30 |
Comparative dissection of transcriptional landscapes of human iPSC-NK differentiation and NK cell development
2024-Aug, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae032
PMID:39872864
|
研究论文 | 本文通过比较分析单细胞RNA测序数据，揭示了人类iPSC-NK细胞分化和NK细胞发育过程中的关键转录因子调控网络 | 通过单细胞RNA测序技术，识别了iPSC-NK细胞分化过程中缺乏的关键因子，并验证了STAT5A-iPSCs新细胞系的抗肿瘤功能 | 研究中未明确提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性 | 旨在深入理解iPSC-NK细胞的分化过程，以优化其生产和工程化 | 人类iPSC-NK细胞和胎儿肝脏NK细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确说明 |
| 1548 | 2025-01-30 |
Integration of single-cell transcriptome and chromatin accessibility and its application on tumor investigation
2024-Apr, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae015
PMID:39872661
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组和染色质可及性测序方法的最新突破，并描述了整合这些单细胞测序数据的生物信息学策略及其在肿瘤研究中的应用 | 整合单细胞转录组和染色质可及性测序数据，以更深入地理解肿瘤发生和进展 | 讨论了该领域面临的挑战和预期发展，但未具体说明当前方法的局限性 | 总结单细胞测序方法的最新进展及其在肿瘤研究中的应用 | 单细胞转录组和染色质可及性测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞转录组测序, 染色质可及性测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 1549 | 2024-12-11 |
Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution
2024-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001182
PMID:39656099
|
研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌中门静脉肿瘤血栓（PVTT）的免疫微环境特征 | 首次在单细胞分辨率下揭示了PVTT中免疫细胞的组成和功能，特别是C5aR+ TAMs在免疫抑制环境中的作用 | 研究主要集中在PVTT的免疫微环境，未涉及其他类型的肿瘤血栓 | 探索肝细胞癌中门静脉肿瘤血栓的免疫微环境特征 | 肝细胞癌中的门静脉肿瘤血栓（PVTT） | 数字病理学 | 肝癌 | 时间飞行质谱（CyTOF），单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞数据 | 使用了PVTT细胞系CSQT2和单核细胞系THP-1进行实验 |
| 1550 | 2024-12-12 |
Gene regulatory network inference based on novel ensemble method
2024-Dec-06, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae036
PMID:39324652
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于13种基本分类方法和灵活神经树（FNT）的集成方法，以提高基因调控网络（GRN）的识别准确性 | 开发了一种基于基因编程变体和粒子群优化的混合进化算法来搜索最优的FNT模型，并证明了所提出的集成方法在多个数据集上优于多种现有算法 | NA | 提高基因调控网络的识别准确性 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 灵活神经树（FNT） | 基因数据 | 三个模拟数据集和三个真实单细胞RNA-seq数据集 |
| 1551 | 2024-10-26 |
Evolutionary diversity of CXCL16-CXCR6: Convergent substitutions and recurrent gene loss in sauropsids
2024-12, Immunogenetics
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s00251-024-01357-5
PMID:39400711
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研究论文 | 研究CXCL16-CXCR6轴在脊椎动物中的进化多样性及其对宿主免疫的影响 | 首次在脊椎动物中比较了约400个CXCR6直系同源基因，发现DRF基序在不同物种中的替代和CXCR6基因在某些鸟类和爬行动物中的反复丢失 | 研究主要集中在脊椎动物，未涵盖所有物种，且对基因丢失的具体机制和免疫影响的深入研究有限 | 探讨CXCL16-CXCR6轴在脊椎动物中的进化多样性及其对宿主免疫的影响 | CXCL16-CXCR6轴在不同脊椎动物中的基因变异和进化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列 | 约400个CXCR6直系同源基因，涵盖多种脊椎动物 |
| 1552 | 2024-10-28 |
Metabolic Reprogramming Induced by Aging Modifies the Tumor Microenvironment
2024-10-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201721
PMID:39451239
|
研究论文 | 研究了衰老引起的代谢重编程如何影响肿瘤微环境（TME）以促进肿瘤发生 | 利用MMPC方法分析了衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件，揭示了衰老相关代谢重编程对肿瘤微环境的影响 | NA | 探讨衰老与代谢重编程之间的相互作用如何影响肿瘤微环境 | 衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | MMPC（Modeling Metabolic Plasticity by Pathway Pairwise Comparison） | RNA-seq数据 | 17种衰老相关癌症类型的批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据 |
| 1553 | 2024-10-28 |
Podoplanin Expression in Early-Stage Colorectal Cancer-Associated Fibroblasts and Its Utility as a Diagnostic Marker for Colorectal Lesions
2024-10-11, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201682
PMID:39451200
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研究论文 | 研究了早期结直肠癌相关成纤维细胞中Podoplanin的表达及其作为诊断标志物的潜力 | 首次详细研究了早期结直肠癌中Podoplanin阳性成纤维细胞的来源和功能 | 研究仅限于免疫组化和单细胞RNA测序，未涉及临床验证 | 探讨Podoplanin在早期结直肠癌相关成纤维细胞中的表达及其作为诊断标志物的潜力 | 早期结直肠癌、腺瘤、神经内分泌肿瘤及其正常邻近组织和非肿瘤性结直肠病变 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 涉及多种类型的结直肠病变样本 |
| 1554 | 2024-11-02 |
WIP1-mediated regulation of p38 MAPK signaling attenuates pyroptosis in sepsis-associated acute kidney injury
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152832
PMID:38943814
|
研究论文 | 研究探讨了WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的作用及其通过p38 MAPK信号通路调控细胞焦亡的机制 | 首次揭示了WIP1在肾脏中的作用及其在脓毒症相关急性肾损伤中通过p38 MAPK信号通路调控细胞焦亡的机制 | 研究主要集中在小鼠模型和体外细胞实验，缺乏人体临床数据 | 探讨WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的作用及其调控机制 | 小鼠和人类肾2细胞 | NA | 急性肾损伤 | 单细胞测序(scRNA-seq) | NA | 蛋白质 | 小鼠和人类肾2细胞 |
| 1555 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis of macrophage subpopulations contributing to chemotherapy resistance in ovarian cancer
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152811
PMID:38941863
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研究论文 | 这项研究探讨了巨噬细胞亚群在卵巢癌化疗耐药中的复杂功能和机制 | 识别并分析了卵巢癌中与化疗耐药相关的15个不同巨噬细胞亚群 | 尚未提及具体的实验设计和样本代表性 | 了解巨噬细胞在卵巢癌化疗耐药中的作用和机制 | 卵巢癌细胞中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1556 | 2024-08-27 |
Identification and validation of potential biomarkers related to oxidative stress in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152791
PMID:39180853
|
研究论文 | 本研究旨在通过生物信息学技术识别与特发性肺纤维化（IPF）中氧化应激相关的可靠诊断生物标志物 | 利用随机森林算法结合随机最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归识别诊断基因，并构建诺模图评估疾病风险 | NA | 识别与特发性肺纤维化中氧化应激相关的诊断生物标志物 | 特发性肺纤维化中的氧化应激相关基因 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 基因表达数据 | 使用GSE70866和GSE141939数据集，涉及437个氧化应激相关基因和10个差异表达的氧化应激相关基因 |
| 1557 | 2024-09-05 |
Vagal TRPV1 + sensory neurons regulate myeloid cell dynamics and protect against influenza virus infection
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.609013
PMID:39229208
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研究论文 | 研究揭示了迷走TRPV1感觉神经元在调节骨髓细胞动态和保护小鼠免受流感病毒感染中的作用 | 首次阐明了迷走TRPV1感觉神经元在肺部抗病毒防御中的功能，并揭示了其在调节骨髓细胞反应和免疫病理学中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在其他物种或人体中验证这些发现 | 探讨迷走TRPV1感觉神经元在流感病毒感染中的作用及其对肺部免疫反应的影响 | 迷走TRPV1感觉神经元及其在流感病毒感染中的作用 | 免疫学 | 流感 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 小鼠 |
| 1558 | 2024-08-05 |
Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT
2024-07, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822
PMID:38852289
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研究论文 | 本研究重新分析了一项来自PDAC的单细胞RNA测序数据集，探讨了肿瘤及正常组织的异质性，重点关注Treg细胞及其在肿瘤微环境中的相互作用 | 首次揭示了PDAC中自然Tregs与诱导Tregs的数量差异，以及它们与其他细胞类型之间的关键通信途径 | 本研究主要依赖于已有的数据集，缺乏来自临床样本的直接验证 | 研究PDAC中的调节性T细胞与其他细胞在肿瘤微环境中的交互作用 | 调节性T细胞（Tregs）及其与其他肿瘤微环境细胞的相互作用 | 数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA数据 | NA |
| 1559 | 2024-12-08 |
Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232192
PMID:38597954
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研究论文 | 研究定义了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应 | 首次详细描述了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中对间质巨噬细胞的感染及其引发的炎症和纤维化反应 | 研究仅限于健康人肺组织的体外实验，未涉及临床患者样本 | 揭示COVID-19早期阶段病毒感染和炎症反应的机制 | SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的感染和转录组变化 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康人肺组织样本 |
| 1560 | 2024-08-04 |
Accurately deciphering spatial domains for spatially resolved transcriptomics with stCluster
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae329
PMID:38975895
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法stCluster，用于提高空间转录组数据的空间域识别准确性 | stCluster结合了图对比学习和多任务学习，以优化空间转录组数据的表示 | 目前还未提及具体的局限性 | 优化空间转录组数据的解读，以更好地识别复杂空间域 | 空间转录组数据以及其与基因表达和空间组织的关系 | 数字病理学 | NA | 图对比学习 | NA | 空间转录组数据 | 覆盖组织、器官和胚胎等多个数据集和平台 |