单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1541	2025-02-08	Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13770 PMID:38425094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫检查点抑制剂相关心肌炎中先天免疫的改变	首次使用单细胞RNA测序技术对免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征进行表征，并识别出S100A蛋白家族作为潜在血清标志物	样本量较小，仅包括四组患者，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的病理生理机制和潜在治疗靶点	外周血单核细胞（PBMC）样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk-RNA sequencing）	NA	RNA测序数据	四组患者的外周血单核细胞样本，具体样本量未明确说明
1542	2025-02-08	Early life vaccination reprograms the metabolism and function of myeloid cells in neonates 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13772 PMID:38424694	研究论文	本文研究了新生儿接种疫苗对髓系细胞代谢和功能的重编程作用	揭示了BCG疫苗通过上调mTOR/HIF1a信号通路和增强糖酵解来促进新生儿髓系细胞成熟的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类新生儿中进行验证	探讨新生儿接种疫苗对免疫系统的影响	新生小鼠的髓系细胞	免疫学	NA	单细胞转录组分析、代谢物分析、功能分析	NA	转录组数据、代谢物数据	新生小鼠的髓系细胞
1543	2025-02-08	TRPV4-Expressing Tissue-Resident Macrophages Regulate the Function of Collecting Lymphatic Vessels via Thromboxane A2 Receptors in Lymphatic Muscle Cells 2024-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.21.595189 PMID:38826322	研究论文	本文研究了TRPV4通道在收集淋巴管中的表达及其对淋巴管收缩功能的调节作用	揭示了TRPV4通道在淋巴系统中的新作用，特别是其在组织驻留巨噬细胞中的表达及其通过血栓素A2受体调节淋巴管收缩功能的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	表征TRPV4通道在收集淋巴管中的表达并确定其对淋巴管收缩功能的调节程度	收集淋巴管及其周围的细胞	生物医学	淋巴水肿	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自小鼠、大鼠和非人灵长类动物的淋巴管样本
1544	2025-02-08	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2024-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582604 PMID:38464095	研究论文	本文介绍了SciDAP平台，一个用户友好的单细胞测序数据分析工具，旨在简化scRNA-Seq、scATAC-Seq和scMultiome数据的分析过程	SciDAP平台通过使用Common Workflow Language (CWL)编写的可移植和可重复的管道，为非计算专业的生物学家提供了无需编码的单细胞测序数据分析方法	本文未明确提及SciDAP平台在处理特定类型数据或大规模数据集时的性能限制	开发一个用户友好的平台，以简化单细胞测序数据的分析过程，提高分析结果的可重复性	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）和单细胞多组学测序（scMultiome）数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome	NA	单细胞测序数据	NA
1545	2025-02-08	Leveraging single-cell transcriptomic data to uncover immune suppressive cancer cell subsets in triple-negative canine breast cancers 2024, Frontiers in veterinary science IF:2.6Q1 DOI:10.3389/fvets.2024.1434617 PMID:39376916	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，识别并表征了三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制亚群	首次在三阴性犬乳腺癌中识别出免疫抑制亚群，并揭示了其通过抗炎和M2样巨噬细胞等机制促进免疫逃逸的潜在途径	研究依赖于已发布的单细胞RNA测序数据集，样本量较小（30只犬），可能限制了结果的普适性	识别和表征三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制亚群，以揭示其免疫逃逸机制	三阴性犬乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	30只犬的样本
1546	2025-02-07	Application of deep learning models on single-cell RNA sequencing analysis uncovers novel markers of double negative T cells 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82406-7 PMID:39732739	研究论文	本研究应用深度学习模型分析单细胞RNA测序数据，揭示了C57BL/6小鼠脾脏双阴性T细胞的新标记物	使用深度学习模型scVI捕捉非线性基因表达模式，发现了新的双阴性T细胞亚群标记物，并通过流式细胞术验证	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证较少	揭示双阴性T细胞的新标记物及其在自身免疫中的潜在作用	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Single Cell Variational Inference (scVI)	基因表达数据	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞样本
1547	2025-02-07	STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae670 PMID:39715685	研究论文	本文提出了一种名为STCGAN的新型循环一致性生成对抗网络，用于空间转录组学中的细胞去卷积	STCGAN首次采用循环一致性生成对抗网络（CGAN）在空间转录组数据上进行预训练，确保从ST数据到潜在空间的映射及其反向映射的一致性，从而捕捉复杂的空间基因表达模式并学习鲁棒的潜在表示	尽管STCGAN在模拟和真实数据集上表现出色，但其在更广泛的组织类型和更复杂的组织架构中的适用性仍需进一步验证	提高空间转录组数据中细胞类型去卷积的准确性，以更精确地描绘组织架构	空间转录组数据（ST数据）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq数据）	数字病理学	NA	空间转录组技术	CGAN（循环一致性生成对抗网络）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	五个模拟和真实数据集
1548	2025-02-05	Correction to: STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf064 PMID:39902583	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1549	2025-02-07	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本研究结合单细胞组学和机器学习，开发了一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型	首次将单细胞组学与机器学习结合，开发基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，揭示了肿瘤微环境的异质性	未提及样本的具体数量，可能影响模型的泛化能力	开发一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，以个性化预后评估	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SuperPC模型	RNA测序数据	NA
1550	2025-02-07	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	本研究利用机器学习技术分析乳腺癌中的分子免疫浸润，特别是HSPB6基因，以开发一种前瞻性诊断模型	通过机器学习模型识别乳腺癌诊断的关键基因，并揭示HSPB6在细胞迁移、增殖和凋亡中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在体内模型中验证	深入了解乳腺癌的分子机制，并识别与疾病相关的关键基因	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞	机器学习	乳腺癌	差异基因表达分析、基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞
1551	2025-02-07	Leukocyte-and Platelet-Rich Fibrin for enhanced tissue repair: an in vitro study characterizing cellular composition, growth factor kinetics and transcriptomic insights 2024-Sep-04, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09890-y PMID:39230578	研究论文	本研究对富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）进行了细胞组成、生长因子动力学和转录组学的深入分析	首次在细胞、蛋白质组和转录组水平上对L-PRF进行了综合表征	研究仅限于体外实验，未涉及体内应用效果	深入了解L-PRF的组成及其在组织修复中的潜在机制	富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）	生物医学工程	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序、RT-qPCR、ELISA	NA	细胞数据、转录组数据、蛋白质数据	4个样本用于流式细胞术，5个样本用于单细胞RNA测序
1552	2025-02-07	A unique human cord blood CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T-cell subset identified by flow cytometric data analysis using Seurat 2024-09, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13803 PMID:38798051	研究论文	本文介绍了如何将Seurat这一R包从单细胞RNA测序分析扩展到高维流式细胞术数据分析，并识别出脐带血中独特的CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T细胞亚群	将Seurat这一原本用于单细胞RNA测序分析的R包，创新性地应用于高维流式细胞术数据分析，并成功识别出脐带血中独特的T细胞亚群	尽管Seurat在流式细胞术数据分析中表现出色，但其灵活性和互操作性仍需进一步验证和改进	探索高维流式细胞术数据的全面和无偏分析方法，并识别脐带血中独特的T细胞亚群	成人血液和脐带血中的T细胞	临床免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞RNA测序	Seurat, Spectre	流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据	成人血液和脐带血样本
1553	2025-02-07	Oral Cannabidiol Treatment Is Associated with an Anti-Inflammatory Gene Expression Signature in Myeloid Cells of People Living with HIV 2024-Aug, Cannabis and cannabinoid research IF:3.1Q2 DOI:10.1089/can.2023.0139 PMID:38252549	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HIV感染者接受至少1个月CBD治疗后外周血单核细胞中的基因表达变化	首次在HIV感染者中通过单细胞RNA测序揭示了CBD治疗与髓系细胞中抗炎基因表达特征之间的关联	样本量较小（仅3名HIV感染者），且未设置安慰剂对照组	探究CBD治疗对HIV感染者外周血单核细胞基因表达的影响	HIV感染者的外周血单核细胞	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3名HIV感染者的约41,000个外周血单核细胞
1554	2025-02-07	Transcription factor KLF2 is associated with the dysfunctional status of NK cells and the prognosis of pediatric B-ALL patients 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1456004 PMID:39906661	研究论文	本研究探讨了转录因子KLF2与NK细胞功能失调状态及儿童B-ALL患者预后的关系	首次在单细胞水平上揭示了B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征，并发现KLF2在NK细胞中的表达与B-ALL患者的不良预后相关	样本量相对较小，且仅针对儿童B-ALL患者，未涵盖其他类型的白血病	研究B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征及其功能抑制机制	43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者的外周血样本，以及139名B-ALL患者的骨髓样本	分子遗传学	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	单细胞RNA测序（scRNAseq）	无监督聚类	RNA测序数据	147名样本（43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者），以及139名B-ALL患者的骨髓样本
1555	2025-02-06	Intratumoural CD8+ CXCR5+ follicular cytotoxic T cells have prognostic value and are associated with CD19+ CD38+ B cells and tertiary lymphoid structures in colorectal cancer 2024-Dec-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03887-z PMID:39739032	研究论文	本研究探讨了结直肠癌中CD8+ CXCR5+滤泡细胞毒性T细胞（TFC细胞）的特性及其在微卫星稳定（MSS）和微卫星不稳定（MSI-high）结直肠癌中的生物学功能	首次在结直肠癌中系统研究了TFC细胞的特性，并开发了基于TFC细胞的结直肠癌预后预测模型	未明确TFC细胞调控CD19+ CD38+ B细胞和三级淋巴结构（TLSs）的具体分子机制	探讨TFC细胞在结直肠癌中的特性及其在MSS和MSI-high结直肠癌中的生物学功能差异	结直肠癌患者肿瘤组织和外周血中的TFC细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、流式细胞术、共培养实验	预后预测模型	RNA测序数据、流式细胞数据	临床队列和公共数据集中的结直肠癌样本
1556	2025-02-06	A novel biomarker of COVI-19: MMP8 emerged by integrated bulk RNAseq and single-cell sequencing 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82227-8 PMID:39730651	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞测序数据，发现MMP8作为COVID-19的新型生物标志物，并探讨了其在疾病进展中的潜在作用	首次将MMP8识别为COVID-19的潜在治疗靶点，并通过单细胞测序揭示了其在髓细胞中的异质性表达及与其他细胞的相互作用	研究主要基于测序数据的分析，缺乏实验验证，且样本量有限	探索COVID-19的病理进展和分子变化，以解决诊断和治疗问题	健康供体、非重症和重症COVID-19患者	数字病理学	COVID-19	RNA-seq, 单细胞测序	NA	RNA测序数据	健康供体、非重症和重症COVID-19患者的RNA-seq数据
1557	2025-02-06	Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.628014 PMID:39763802	研究论文	本文研究了在癌症中1型树突状细胞（cDC1）对三级淋巴结构（TLS）形成、维持和功能的关键作用	揭示了cDC1在肿瘤早期和进展阶段对TLS形成和维持的不同机制，并提出了cDC1靶向治疗作为增强TLS功能和抗肿瘤免疫的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类癌症患者中验证	探讨1型树突状细胞在癌症中三级淋巴结构形成和维持中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型	免疫学	肺癌	空间转录组学、多重成像	小鼠模型	图像、转录组数据	多种人类肿瘤样本及小鼠模型
1558	2025-02-06	Integration of bulk and single-cell RNA-seq reveals prognostic gene signatures in patients with bladder cancer treated with immune checkpoint inhibitors 2024-Dec-21, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03839-7 PMID:39708127	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者的预后基因特征	结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，开发了一种预测膀胱癌基因特征（BC-GS），并验证了其在预后分层中的重要性	研究依赖于特定数据集（GSE176307和GSE135337），可能需要更多独立数据集进行进一步验证	识别可靠的生物标志物以增强对膀胱癌患者免疫检查点抑制剂治疗结果的预测	接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GSE176307和GSE135337数据集的膀胱癌患者样本
1559	2025-02-06	Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG 2024-Dec-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5655066/v1 PMID:39764138	研究论文	本文介绍了一种名为ctSVG的计算方法，用于在单细胞分辨率下识别Visium HD空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	ctSVG方法能够准确地将Visium方块分配给细胞，并识别出细胞类型特异性的空间变异基因，这些基因与样本范围内的空间变异基因或细胞类型标记基因不重叠，揭示了真实空间数据集中的重要生物学功能	NA	开发一种计算方法，以在单细胞分辨率下识别细胞类型特异性的空间变异基因	Visium HD空间转录组学数据	数字病理学	NA	Visium HD空间转录组学	ctSVG	空间转录组学数据	NA
1560	2025-02-06	Decoding the muscle transcriptome of patients with late-onset Pompe disease reveals markers of disease progression 2024-Dec-03, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae249 PMID:39045638	研究论文	本文通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了晚发型庞贝病（LOPD）患者肌肉转录组的变化，以及与疾病进展相关的早期异常	首次应用单核RNA测序技术分析LOPD患者肌肉活检样本，结合GeoMx空间转录组学技术，揭示了肌肉细胞核内的转录异质性及疾病进展的分子机制	样本量较小（8名患者和4名健康对照），且研究结果需要进一步验证	研究晚发型庞贝病（LOPD）患者肌肉损伤的分子机制及疾病进展的早期标志物	8名LOPD患者和4名年龄和性别匹配的健康对照的肌肉活检样本	数字病理学	庞贝病	单核RNA测序，GeoMx空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	8名LOPD患者和4名健康对照的肌肉活检样本