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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1541 | 2025-10-07 |
Group 1 ILCs: Heterogeneity, plasticity, and transcriptional regulation
2024-05, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13327
PMID:38563448
|
综述 | 本文系统综述了小鼠第1组先天淋巴细胞的异质性、可塑性及转录调控机制 | 整合单细胞RNA测序和命运图谱研究的最新发现,揭示第1组ILC的异质性和组织特异性特征 | 主要基于小鼠模型研究,人类第1组ILC的直接证据有限 | 探讨第1组先天淋巴细胞的发育程序、表型异质性和转录调控机制 | 小鼠第1组先天淋巴细胞(包括ILC1和自然杀伤细胞) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序, 命运图谱技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1542 | 2025-10-07 |
Unveiling cell subpopulations in T1D mouse islets using single-cell RNA sequencing
2024-May-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism
DOI:10.1152/ajpendo.00323.2023
PMID:38506753
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析1型糖尿病小鼠胰岛细胞亚群,揭示α和β细胞的异质性及其在疾病进展中的潜在作用 | 首次在STZ诱导的1型糖尿病小鼠模型中构建全面的胰岛单细胞图谱,发现11种主要细胞类型并揭示α和β细胞亚群的异质性 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证;样本数量未明确说明 | 探究1型糖尿病胰岛细胞的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | STZ诱导的1型糖尿病小鼠模型的胰岛细胞 | 单细胞组学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1543 | 2025-10-07 |
Nfe2l3 promotes neuroprotection and long-distance axon regeneration after injury in vivo
2024-May, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2024.114741
PMID:38395216
|
研究论文 | 本研究揭示了Nfe2l3在神经保护和长距离轴突再生中的新功能 | 首次发现Nfe2l3具有促进神经保护和轴突再生的功能,并鉴定其相关基因网络 | NA | 探究Nfe2l3在CNS损伤后神经保护和轴突再生中的作用 | 皮层和视网膜神经节细胞(RGC)CNS投射神经元 | 神经科学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1544 | 2025-10-07 |
How Mycobacterium tuberculosis builds a home: Single-cell analysis reveals M. tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of anti-inflammatory macrophages in infected mouse lungs
2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.20.590421
PMID:38712150
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究结核分枝杆菌ESX-1系统在感染小鼠肺部调控单核吞噬细胞异质性和抗炎反应的作用机制 | 首次揭示ESX-1系统通过招募和分化抗炎性单核吞噬细胞帮助结核分枝杆菌建立生存环境的机制 | 研究仅使用小鼠和鼠源骨髓衍生巨噬细胞模型,未在人体样本中验证 | 探究结核分枝杆菌ESX-1分泌系统对宿主单核吞噬细胞招募和分化的调控作用 | 感染结核分枝杆菌的小鼠肺部组织和鼠骨髓衍生巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠肺部组织和骨髓衍生巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1545 | 2025-10-07 |
Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues
2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.06.547944
PMID:37461466
|
研究论文 | 提出一种基于标记的多模态分类方法MMoCHi,用于整合CITE-seq数据中的基因和蛋白表达信息进行细胞类型注释 | 开发了不依赖参考图谱的多模态层次分类方法,能够识别传统方法难以解析的免疫细胞亚群并发现新的亚群标记 | NA | 开发能够整合多模态单细胞数据的细胞类型分类方法 | 免疫细胞,特别是T淋巴细胞亚群和跨组织人类免疫细胞 | 生物信息学 | NA | CITE-seq,单细胞RNA测序 | 基于标记的分类器 | 单细胞转录组数据,表面蛋白组数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1546 | 2025-10-07 |
Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer
2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.30.578066
PMID:38352515
|
研究论文 | 通过对小鼠和人类前列腺单细胞转录组进行荟萃分析,揭示组织退化、再生和癌症中广泛存在的上皮细胞可塑性 | 首次通过跨物种单细胞转录组荟萃分析系统揭示前列腺上皮细胞在正常状态、雄激素剥夺后退化及癌症中的广泛可塑性 | 基于已有数据集的分析,可能受原始实验设计和技术差异的影响 | 研究前列腺组织中细胞状态可塑性在组织维持和癌症中的作用 | 小鼠和人类前列腺组织样本 | 单细胞转录组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个已发表和新的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1547 | 2025-10-07 |
Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia
2024-Feb, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC
PMID:37874230
|
研究论文 | 本研究探讨细胞衰老在高氧诱导的支气管肺发育不良进展中的作用机制 | 首次系统证实细胞衰老在BPD发病机制中的关键作用,并验证通过抑制髓过氧化物酶氧化产物、内质网应激和细胞衰老可改善BPD表型 | 研究主要基于动物模型,人类样本有限;治疗干预时间点和长期效果需进一步验证 | 阐明细胞衰老在支气管肺发育不良疾病进展中的作用机制 | 人类尸检肺组织、Sprague-Dawley大鼠幼崽(P1-P10) | 病理生理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序, 转录组学, 免疫印迹, 组织学分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织图像 | 人类尸检肺样本和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1548 | 2025-10-07 |
Transcriptomic profiling of thymic dysregulation and viral tropism after neonatal roseolovirus infection
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1375508
PMID:38895117
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析新生儿玫瑰疹病毒感染后胸腺转录组变化和病毒嗜性 | 首次完整描绘新生儿感染后玫瑰疹病毒在胸腺中的嗜性特征,并建立首个体外MRV感染细胞培养系统 | 研究局限于小鼠模型,人类玫瑰疹病毒的直接影响仍需进一步验证 | 探究新生儿玫瑰疹病毒感染如何破坏胸腺功能并诱发自身免疫疾病 | 新生小鼠胸腺细胞和髓质胸腺上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq),伪时间分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1549 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic profiling of lung fibroblasts in a bleomycin-induced systemic sclerosis mouse model
2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151017
PMID:39608052
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究博来霉素诱导的系统性硬化症小鼠模型中肺成纤维细胞的转录组特征 | 首次在系统性硬化症小鼠模型中鉴定出两个不同的成纤维细胞亚群:NPNT阳性和PI16阳性细胞,并比较了皮下和气管内博来霉素诱导模型的差异 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探索成纤维细胞在肺纤维化中的分子机制 | 系统性硬化症小鼠模型中的肺成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 博来霉素诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1550 | 2025-10-07 |
Surface Molecular Markers for the Isolation of Viable Fibroblast Subpopulations in the Female Reproductive Tract: A Comprehensive Review
2024-Dec-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26010233
PMID:39796089
|
综述 | 本文系统综述了女性生殖道中成纤维细胞亚群的表面分子标记及其在选择性细胞分离中的应用潜力 | 基于两千多篇研究文章,首次全面整合女性生殖系统中成纤维细胞亚群的表面标记和分子特征 | 作为综述文章,不包含原始实验数据,主要依赖现有文献分析 | 识别和表征女性生殖道中成纤维细胞亚群及其特异性表面标记 | 女性生殖系统中的成纤维细胞亚群 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS) | NA | 转录组数据, 蛋白质谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1551 | 2025-10-07 |
Differential Expression of CXCL12 in Human and Mouse Hair: Androgens Induce CXCL12 in Human Dermal Papilla and Dermal Sheath Cup
2024-Dec-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26010095
PMID:39795953
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化分析,揭示了CXCL12在人类毛囊真皮乳头细胞和真皮鞘杯细胞中与雄激素受体共表达的现象 | 首次证明CXCL12在人类毛囊中与雄激素受体共表达,并发现CXCL12抗体可通过抑制雄激素受体活性促进毛发生长 | 研究主要基于体外实验,缺乏完整的体内验证 | 探究雄激素诱导的CXCL12对毛囊细胞的影响及其在雄激素性脱发中的作用机制 | 人类和小鼠皮肤组织、毛囊真皮乳头细胞、真皮鞘杯细胞 | 分子生物学 | 雄激素性脱发 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 毛发器官培养, siRNA干扰 | NA | 基因表达数据, 组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1552 | 2025-10-07 |
MPCD Index for Hepatocellular Carcinoma Patients Based on Mitochondrial Function and Cell Death Patterns
2024-Dec-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26010118
PMID:39795978
|
研究论文 | 基于线粒体功能和细胞死亡模式构建肝细胞癌患者的MPCD指数 | 首次结合线粒体功能和程序性细胞死亡模式,通过机器学习构建MPCDI指数用于HCC患者分型 | NA | 研究肝细胞癌中线粒体功能与细胞死亡模式的关系并构建预后指数 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | scRNA-seq, RNA-seq | 机器学习框架 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 来自TCGA、GEO和ICGC数据库的样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 1553 | 2025-10-07 |
Advances in DNA/RNA Sequencing and Their Applications in Acute Myeloid Leukemia (AML)
2024-Dec-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26010071
PMID:39795930
|
综述 | 本文探讨DNA/RNA测序技术在急性髓系白血病研究中的最新进展及其临床应用潜力 | 系统总结单细胞RNA测序在发现白血病干细胞稀有亚群方面的突破性进展 | 测序技术的临床广泛应用仍受成本、数据复杂性和伦理问题限制 | 评估DNA/RNA测序技术在急性髓系白血病诊疗中的应用前景 | 急性髓系白血病分子机制和白血病干细胞 | 基因组学 | 急性髓系白血病 | 全基因组测序, 全外显子组测序, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组测序, 全外显子组测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 1554 | 2025-10-07 |
MICROGLIA AGING IN THE HIPPOCAMPUS ADVANCES THROUGH INTERMEDIATE STATES THAT DRIVE ACTIVATION AND COGNITIVE DECLINE
2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.09.588665
PMID:38645176
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了海马区小胶质细胞在衰老过程中的中间状态及其对神经炎症和认知衰退的驱动作用 | 首次识别了小胶质细胞衰老过程中的中间状态,并证明这些中间状态通过异种共生实验和药理学方法驱动炎症激活和认知功能下降 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明小胶质细胞在衰老过程中从稳态到功能障碍的进展机制 | 小鼠海马区小胶质细胞 | 神经科学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序,假时间分析,条件性基因敲除 | 小鼠模型,异种共生模型 | 单细胞转录组数据 | 跨越成年寿命期的小鼠海马区小胶质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1555 | 2025-10-07 |
Neutrophils with low production of reactive oxygen species are activated during immune priming and promote development of arthritis
2024-12, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2024.103401
PMID:39471640
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术系统分析了胶原蛋白诱导关节炎模型中骨髓来源中性粒细胞的功能特征,揭示了活性氧在免疫启动阶段的保护作用机制 | 首次在免疫启动阶段发现高表达NCF1的中性粒细胞亚群,并揭示ROS通过代谢重编程调控中性粒细胞炎症表型的双向作用机制 | 研究基于小鼠关节炎模型,在人类RA疾病中的直接适用性需要进一步验证 | 探究中性粒细胞在类风湿关节炎发病机制中的作用,特别是ROS调控的分子机制 | 胶原蛋白诱导的关节炎模型小鼠骨髓来源中性粒细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 单细胞测序技术,功能分析,代谢组学 | NA | 单细胞测序数据,代谢组数据,功能实验数据 | 胶原蛋白诱导关节炎模型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1556 | 2025-10-07 |
[Molecular mechanism of Xinyang Tablets in improving myocardial fibrosis in uremic cardiomyopathy based on single-cell sequencing technology]
2024-Dec, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术探讨了心阳片对尿毒症心肌病心肌纤维化的改善作用及其分子机制 | 首次在单细胞水平揭示心阳片通过抑制内源性和外源性骨桥蛋白改善尿毒症心肌病心肌纤维化的作用机制 | 研究仅使用小鼠模型,样本量有限,需要进一步临床验证 | 研究心阳片对尿毒症心肌病心肌纤维化的治疗作用及分子机制 | 尿毒症心肌病小鼠模型的心脏组织细胞 | 单细胞测序分析 | 尿毒症心肌病 | 单细胞RNA测序 | t-SNE, K-means聚类, Seurat, Monocle3, CellChat | 单细胞基因表达数据 | 尿毒症心肌病小鼠模型分组研究 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
| 1557 | 2025-10-07 |
Supervised analysis of alternative polyadenylation from single-cell and spatial transcriptomics data with spvAPA
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae720
PMID:39799000
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研究论文 | 提出了一种用于单细胞和空间转录组数据中可变多聚腺苷酸化分析的监督分析框架spvAPA | 开发了首个专门针对单细胞和空间转录组APA数据的监督分析框架,整合了基因表达和APA双模态数据 | 未明确说明方法在特定数据类型或实验条件下的潜在限制 | 开发专门针对单细胞和空间转录组数据中可变多聚腺苷酸化分析的计算方法 | 单细胞和空间转录组数据中的可变多聚腺苷酸化特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 加权最近邻算法, 稀疏偏最小二乘判别分析 | 基因表达数据, APA数据 | 九个单细胞和空间转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1558 | 2025-10-07 |
Integrating scRNA-seq and scATAC-seq with inter-type attention heterogeneous graph neural networks
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae711
PMID:39800872
|
研究论文 | 提出一种名为scMI的异构图嵌入方法,通过跨模态注意力机制整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 设计了跨类型注意力机制来有效捕获基因与染色质可及性区域之间的长程跨模态相互作用,不依赖motif数据库 | 未明确说明方法在特定细胞类型或疾病背景下的适用性限制 | 开发单细胞多组学数据整合方法,改善跨模态关系学习 | 单细胞RNA测序和ATAC测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 异构图神经网络, 注意力机制 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1559 | 2025-10-07 |
Deep learning in integrating spatial transcriptomics with other modalities
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae719
PMID:39800876
|
综述 | 系统回顾深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的应用 | 首次系统综述深度学习整合空间转录组学与多模态数据的方法,提出分类框架并总结整合策略 | 作为综述文章,不包含原始实验验证 | 促进开发更全面利用多模态信息的稳健计算方法 | 空间转录组学数据整合方法 | 机器学习 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,组织学成像,染色质成像 | 深度学习 | 空间转录组数据,组织学图像,染色质图像,scRNA-seq数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq,空间多组学 | NA | NA |
| 1560 | 2025-10-07 |
CellMsg: graph convolutional networks for ligand-receptor-mediated cell-cell communication analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae716
PMID:39800874
|
研究论文 | 提出了一种基于图卷积网络的细胞间通讯分析计算框架CellMsg | 结合配体-受体多模态特征和图卷积网络识别高可信度配体-受体相互作用,采用三点估计方法量化细胞间通讯强度 | NA | 开发计算工具解析细胞间通讯 | 细胞间通讯和配体-受体相互作用 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 图卷积网络(GCN) | 单细胞RNA测序数据 | 四个基准LRI数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |