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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1521 | 2025-10-07 |
A targetable type III immune response with increase of IL-17A expressing CD4+ T cells is associated with immunotherapy-induced toxicity in melanoma
2024-09, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00810-4
PMID:39210005
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研究论文 | 本研究探讨了免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发不良反应的免疫机制,发现III型免疫反应和IL-17A表达CD4+T细胞与免疫治疗毒性相关 | 首次揭示了III型免疫反应特征和IL-17A表达CD4+T细胞在免疫治疗毒性中的作用,并提供了抗IL-17A治疗不良反应的概念验证证据 | 样本量有限,抗IL-17A治疗仅在两名患者中验证,需要更大规模的临床试验确认疗效 | 研究免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发不良反应的免疫机制 | 黑色素瘤患者接受免疫检查点抑制剂治疗期间出现不良反应的患者 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 蛋白质组学分析、多重细胞因子检测、流式细胞术、多重免疫组织化学、空间转录组学 | NA | 血清蛋白质组数据、细胞因子数据、流式细胞数据、组织病理数据、空间转录组数据 | 未明确具体样本数量,包括血清样本、外周血样本、皮肤皮疹和结肠炎组织样本 | NA | 空间转录组学, 蛋白质组学, 流式细胞术, 多重免疫组织化学 | NA | NA |
| 1522 | 2025-10-07 |
The proteogenomic landscape of multiple myeloma reveals insights into disease biology and therapeutic opportunities
2024-08, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00784-3
PMID:38942927
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研究论文 | 通过蛋白质基因组学分析多发性骨髓瘤的疾病生物学特征和潜在治疗靶点 | 首次系统评估多发性骨髓瘤蛋白质组,整合磷酸化蛋白质组学、RNA测序和纳米孔DNA测序进行多组学分析 | 样本量相对有限(138例),需要进一步验证研究 | 探索多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征以改善风险分层和发现新疗法 | 138例原发性患者来源的浆细胞恶性肿瘤,包括初治多发性骨髓瘤、浆细胞白血病和意义未明的单克隆丙种球蛋白病以及健康对照 | 癌症研究 | 多发性骨髓瘤 | 串联质量标签定量蛋白质组学、RNA测序、纳米孔DNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、基因组数据 | 138例患者样本和健康对照 | Oxford Nanopore | 蛋白质组学、RNA测序、DNA测序、单细胞RNA测序 | 纳米孔测序 | 基于串联质量标签的定量全局(磷酸化)蛋白质组学 |
| 1523 | 2025-10-07 |
An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases
2024-07-05, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.add8394
PMID:38963856
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类CD4 T细胞中增强子RNA和其他编码/非编码RNA的转录起始位点图谱 | 首次在人类CD4 T细胞中定义了双向转录增强子的细胞类型特异性图谱,并揭示疾病遗传性在这些增强子中的富集 | NA | 解码转录增强子与人类疾病的关联 | 人类CD4 T细胞 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 5'单细胞RNA测序,单细胞染色质分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,染色质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1524 | 2025-10-07 |
TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.596911
PMID:38895265
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研究论文 | 本研究通过实验与计算相结合的方法揭示了三阴性乳腺癌细胞对紫杉醇的响应机制,发现其表型复制干扰素响应并识别出ELF3作为潜在的紫杉醇耐药生物标志物 | 首次发现紫杉醇治疗诱导的转录程序与干扰素响应高度相似,并通过单细胞RNA测序结合活细胞成像技术鉴定出ELF3等转录因子在细胞周期调控和紫杉醇耐药中的关键作用 | 研究主要基于体外细胞模型,临床样本验证有限,需要进一步体内实验和临床试验确认ELF3作为生物标志物的可靠性 | 探索三阴性乳腺癌细胞对紫杉醇治疗的分子响应机制,识别耐药相关因子 | 三阴性乳腺癌细胞系 | 计算生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序,siRNA敲低,活细胞成像,转录因子富集分析 | NA | 单细胞转录组数据,公共患者数据,活细胞成像数据 | 未明确样本数量,使用TNBC细胞系和公共乳腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1525 | 2025-10-07 |
The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.09.588557
PMID:38645223
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研究论文 | 本研究开发了一个动态平台来探究前列腺癌神经内分泌转化的分子机制 | 建立了能够模拟前列腺癌神经内分泌转化的动态模型,揭示了ASCL1在此过程中的关键作用 | 需要原生微环境支持,传统类器官培养无法复制这一过程 | 探究前列腺癌神经内分泌谱系可塑性的分子决定因素 | 小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌模型 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 多重免疫荧光,空间转录组学,PrismSpot分析 | NA | 空间基因表达数据,免疫荧光图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1526 | 2025-10-07 |
A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program
2024-07, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442
PMID:38838779
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术首次绘制了人类皮脂腺分化过程的高分辨率转录图谱 | 首次利用空间转录组学结合伪时间分析、RNA速率和功能富集分析,详细描述了皮脂细胞分化为皮脂的渐进性转录变化 | 研究主要基于皮脂腺增生组织,可能不完全代表正常生理状态 | 解析皮脂腺分化过程中的转录变化及其功能调控 | 人类皮脂腺组织和皮脂细胞 | 空间转录组学 | 皮肤疾病 | 空间转录组学, 伪时间分析, RNA速率分析, 功能富集分析 | 无监督聚类分析 | 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1527 | 2025-10-07 |
A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers
2024-05-03, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adj4857
PMID:38696569
|
研究论文 | 本研究通过构建涵盖20种癌症类型的B细胞蓝图,揭示了肿瘤浸润B细胞的异质性及其与临床预后的关联 | 首次系统构建了跨癌种的B细胞发育图谱,发现两条独立发育路径及其与免疫治疗响应的关联,揭示了表观遗传-代谢交互作用机制 | 样本量相对有限(269例患者),尚未验证代谢干预的实验效果 | 解析肿瘤浸润B细胞的功能特征及其在癌症免疫中的作用机制 | 人类肿瘤组织中的B淋巴细胞 | 单细胞生物学 | 多癌种肿瘤 | 单细胞转录组测序, B细胞受体谱分析, 染色质可及性检测 | NA | 单细胞多组学数据 | 477个样本来自269名患者,涵盖20种癌症类型 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1528 | 2025-10-07 |
Preparation of a Single-Cell Suspension from Mouse Carotid Arteries for Single-Cell Sequencing
2024-01-19, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65863
PMID:38314826
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研究论文 | 开发了一种用于小鼠颈动脉单细胞测序的两步消化法制备单细胞悬液 | 首次设计了整合胶原酶/DNase和胰蛋白酶的两步消化法用于颈动脉单细胞悬液制备 | 仅在小鼠正常颈动脉上验证,其他组织需要适当修改才能应用 | 建立适用于颈动脉单细胞测序的高质量单细胞悬液制备方法 | 小鼠颈动脉组织 | 单细胞测序 | 颈动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠颈动脉样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1529 | 2025-10-07 |
De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.06.583775
PMID:38496441
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研究论文 | 开发了名为LongSom的计算工作流程,利用高质量长读长单细胞RNA测序数据检测体细胞变异 | 无需正常样本即可检测体细胞变异,能够同时检测SNV、mtSNV、CNA和基因融合,并基于细胞突变谱重新注释细胞类型 | NA | 开发检测体细胞变异的方法以重建肿瘤克隆异质性 | 人类卵巢癌样本 | 计算生物学 | 卵巢癌 | 长读长单细胞RNA测序 | 计算工作流程 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1530 | 2025-10-07 |
ApoE ε4-dependent alteration of CXCR3 + CD127 + CD4 + T cells is associated with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease
2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.596276
PMID:38853824
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研究论文 | 本研究通过单细胞质谱流式技术揭示了阿尔茨海默病患者外周血中CXCR3+CD127+Th1细胞与神经丝轻链蛋白的负相关性,并发现这种关联受ApoE ε4基因型调控 | 首次发现外周免疫细胞CXCR3+CD127+Th1细胞与AD神经退行标志物NfL的ApoE ε4依赖性关联,并证实脑脊液中该细胞群的促炎能力增强 | 样本量有限,机制研究不够深入,需要进一步验证因果关系 | 探究阿尔茨海默病患者外周适应性免疫细胞组成与神经炎症的关联 | 阿尔茨海默病患者和健康对照者的外周血单核细胞和脑脊液样本 | 免疫学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞质谱流式技术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 血浆蛋白浓度数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1531 | 2025-10-07 |
Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs
2024-07, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-024-01204-8
PMID:38778183
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研究论文 | 开发了一种通过配对sgRNA文库进行Cas9介导的全基因组非编码调控元件功能筛选的方法 | 首次使用配对sgRNA文库系统性地删除全基因组非编码调控元件来研究其功能 | 研究仅限于K562、293T细胞系和人胚胎干细胞,尚未在更多细胞类型中验证 | 系统研究非编码调控元件的功能及其在生物学过程中的作用 | 人类基因组中的非编码调控元件 | 基因组学 | NA | CRISPR-Cas9筛选,单细胞测序 | NA | 基因组数据,测序数据 | K562细胞系、293T细胞系和人胚胎干细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1532 | 2025-10-07 |
Transcript and protein signatures derived from shared molecular interactions across cancers are associated with mortality
2024-05-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05268-7
PMID:38734658
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研究论文 | 通过分析多种实体癌中的共享细胞间相互作用,构建多细胞肿瘤模型并识别与死亡率相关的基因特征 | 首次构建跨癌种的共享多细胞肿瘤模型,并在mRNA和蛋白质水平验证基因特征与死亡率关联 | 研究仅涵盖五种实体癌,样本来源有限 | 识别跨癌种的共享细胞间相互作用及其与癌症死亡率的关系 | 乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌和卵巢癌患者 | 生物信息学 | 多癌种 | 单细胞RNA测序,NicheNet分析,Cox比例风险模型 | 共享多细胞肿瘤模型 | 单细胞RNA测序数据,蛋白质组数据 | TCGA队列:9185个肿瘤样本和727个对照;UKBB队列:10384名癌症患者和5063个对照 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
| 1533 | 2025-10-07 |
Choline metabolism reprogramming mediates an immunosuppressive microenvironment in non-small cell lung cancer (NSCLC) by promoting tumor-associated macrophage functional polarization and endothelial cell proliferation
2024-05-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05242-3
PMID:38730286
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研究论文 | 本研究探讨胆碱代谢通过调控肿瘤相关巨噬细胞功能和内皮细胞增殖重塑非小细胞肺癌免疫抑制微环境的机制 | 首次发现胆碱酯酶水平与免疫治疗预后的关联,并构建了胆碱代谢相关基因特征揭示其在免疫抑制微环境中的作用机制 | 研究为单中心回顾性分析,样本量有限,需要多中心前瞻性研究验证 | 探索胆碱代谢在非小细胞肺癌免疫治疗耐药中的作用机制 | 277例接受一线免疫治疗的晚期非小细胞肺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,Cox回归分析,Kaplan-Meier生存分析,功能富集分析 | 预后模型,列线图 | 临床数据,基因表达数据,单细胞测序数据 | 277例晚期NSCLC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1534 | 2025-10-07 |
Integrative analyses of bulk and single-cell transcriptomics reveals the infiltration and crosstalk of cancer-associated fibroblasts as a novel predictor for prognosis and microenvironment remodeling in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-05-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05238-z
PMID:38702814
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研究论文 | 本研究通过整合分析和单细胞转录组学揭示了癌症相关成纤维细胞在肝内胆管癌中的浸润特征及其与肿瘤细胞的相互作用 | 首次构建了CAFs浸润评分系统并揭示了成纤维细胞与肿瘤细胞通过多种信号通路相互作用的机制 | 研究结果需要进一步实验验证,样本量相对有限 | 探索肝内胆管癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其与肿瘤细胞的相互作用 | 肝内胆管癌组织和癌旁正常组织 | 生物信息学 | 肝内胆管癌 | 加权基因共表达网络分析,单细胞转录组学分析,SCENIC分析 | WGCNA,回归分析 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | TCGA-CHOL队列,GSE89748队列和107,943队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1535 | 2025-10-07 |
De novo antibody discovery in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotyped-resolved germline assemblies
2024-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.26.586834
PMID:38585716
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研究论文 | 本研究结合单细胞转录组测序和单倍型解析的种系基因组组装,从人血液中发现了新的抗体 | 首次将单倍型解析的种系免疫球蛋白位点组装与单B细胞全长转录组测序相结合,能够完全解析母源和父源对种系V、D、J基因库的贡献 | 研究仅针对麻疹、腮腺炎和风疹疫苗接种后的B细胞反应,样本来源和免疫挑战类型有限 | 理解种系免疫球蛋白单倍型如何影响表达的抗体库 | 人类B细胞及其表达的抗体 | 免疫基因组学 | 传染病 | 单细胞全长转录组测序, 基因组测序, 单倍型组装 | NA | 基因组序列, 转录组序列 | 来自同一供体的B细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组测序 | NA | NA |
| 1536 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveal distinctive patterns of fibroblast activation in heart failure with preserved ejection fraction
2024-12, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-024-01074-w
PMID:39311911
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示射血分数保留型心衰中成纤维细胞激活的独特模式 | 首次在早期HFpEF模型中系统鉴定疾病特异性成纤维细胞表型,并发现血管生成素样4(ANGPTL4)的核心调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 解析HFpEF疾病进展中成纤维细胞的分子激活机制 | 小鼠心脏间质细胞(成纤维细胞和巨噬细胞)及人类心肌组织 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 小鼠HFpEF模型及两种HFrEF模型,人类心肌样本和血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1537 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome unveils unique transcriptomic signatures of human organ-specific endothelial cells
2024-12, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-024-01087-5
PMID:39508863
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研究论文 | 构建了包含超过21万个来自24个人类组织38个区域的内皮细胞图谱,揭示了不同组织内皮细胞的转录组异质性 | 首次系统性描绘了人类组织特异性内皮细胞的转录组特征,发现了毛细血管内皮细胞的高度异质性和组织特异性衰老模式 | 研究主要基于转录组数据,可能未完全捕捉蛋白质水平和功能层面的异质性 | 探索人类不同组织中内皮细胞的异质性和转录组特征 | 人类24个组织38个区域的210,000多个内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 多种疾病(与不同组织内皮细胞相关) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | >210,000个内皮细胞,来自24个人类组织的38个区域 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1538 | 2025-10-07 |
Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease
2024-09, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae098
PMID:40162103
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研究论文 | 评估FFPE乳腺组织中细胞类型反卷积方法的性能,并开发用于良性乳腺疾病分析的R包 | 构建了乳腺组织单细胞RNA-seq参考数据,测试了多种反卷积方法在FFPE样本中的表现,发现深度学习方法的优越性 | FFPE伪影显著影响反卷积方法的准确性,RMSE误差范围在0.04-0.17之间 | 优化从FFPE样本中定义个体细胞类型组成的策略 | 良性乳腺疾病组织 | 生物信息学 | 乳腺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 数字病理学 | 深度学习, 细胞类型反卷积方法 | 转录组数据, 图像数据 | 62个良性乳腺疾病RNA-seq样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1539 | 2025-10-07 |
Integrative single-cell and bulk transcriptomes analyses reveals heterogeneity of serine-glycine-one-carbon metabolism with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities in HNSCC
2024-06-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00310-2
PMID:38886346
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析揭示头颈鳞状细胞癌中丝氨酸-甘氨酸-一碳代谢异质性及其与预后和治疗脆弱性的关联 | 首次在HNSCC中系统揭示SGOC代谢异质性,构建4-SGOC基因预后特征,并鉴定IMPDH1作为潜在代谢治疗靶点 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步实验验证代谢通路的直接功能 | 解析HNSCC代谢异质性以推进精准肿瘤治疗 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,LASSO-COX回归分析 | 预后特征模型 | RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1540 | 2025-10-07 |
Single cell analysis unveils B cell-dominated immune subtypes in HNSCC for enhanced prognostic and therapeutic stratification
2024-04-16, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00292-1
PMID:38622125
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示头颈鳞状细胞癌中B细胞主导的免疫亚型,用于改善预后和治疗分层 | 首次通过单细胞RNA测序系统分析头颈鳞癌中肿瘤浸润B细胞的基因表达模式,并建立基于B细胞活化的新型肿瘤分类系统 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证B细胞在免疫微环境中的具体作用机制 | 探索肿瘤浸润B细胞在头颈鳞癌免疫微环境中的作用及其对免疫治疗反应的影响 | 头颈鳞状细胞癌患者样本和肿瘤浸润B细胞 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的头颈鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |