单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1501	2025-02-13	A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07042-7 PMID:38355792	研究论文	本文通过建立人类神经网络模型，揭示了ALS和FTLD中NPTX2的病理机制	通过诱导多能干细胞生成的iCoMoNSCs，建立了长期存活的功能性神经网络模型，揭示了TDP-43病理与NPTX2积累的直接联系	模型依赖于体外培养的细胞系统，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探索TDP-43病理的出现及其后果，特别是其在ALS和FTLD中的作用	诱导多能干细胞衍生的神经网络模型	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶变性（FTLD）	单细胞转录组学	iCoMoNSCs和iNets	单细胞转录组数据	NA
1502	2025-02-13	Innovative super-resolution in spatial transcriptomics: a transformer model exploiting histology images and spatial gene expression 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae052 PMID:38436557	研究论文	本文介绍了一种名为TransformerST的创新无监督模型，基于Transformer架构，用于提升空间转录组学数据的分辨率至单细胞水平	TransformerST模型无需参考单细胞RNA测序数据，通过视觉Transformer编码器识别图像-基因表达的潜在共表示，并利用自适应图Transformer模块增强空间相关性，显著提高了模型的准确性	NA	提升空间转录组学数据的分辨率至单细胞水平，并优化利用组织学图像和基因表达数据	空间转录组学数据，特别是Visium平台的数据	数字病理学	NA	空间转录组学	Transformer	图像，基因表达数据	NA
1503	2025-02-13	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:38898928	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明了血管平滑肌细胞（VSMC）增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了它们在血管疾病中的潜在作用	研究主要基于体外实验和计算模型，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制，以寻找血管疾病的潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞（VSMC）	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学、表观遗传分析	基因调控网络	单细胞RNA测序数据、表观遗传数据	NA
1504	2025-02-13	Interstitial macrophage phenotypes in Schistosoma-induced pulmonary hypertension 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1372957 PMID:38779688	研究论文	本文研究了血吸虫病引起的肺动脉高压中，间质巨噬细胞亚群的作用及其表型变化	首次通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术，识别并描述了血吸虫病引起的肺动脉高压中三种不同的间质巨噬细胞亚群及其功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨血吸虫病引起的肺动脉高压中，间质巨噬细胞亚群的作用及其表型变化	小鼠模型中的间质巨噬细胞亚群	生物医学	肺动脉高压	流式细胞术, 单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	未暴露和暴露于血吸虫卵后第1、3、7天的小鼠肺部和血液样本
1505	2025-02-13	The role of SASP in ischemic stroke: a deep dive into cellular mechanisms 2024, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2024.1513357 PMID:39931101	研究论文	本研究通过结合bulk和单细胞转录组分析，探讨了衰老相关分泌表型（SASP）在缺血性卒中（IS）中的作用及其细胞机制	首次通过单细胞测序技术揭示了SASP相关基因在IS中的表达变化及其对细胞间相互作用网络的影响，为IS的临床诊断和治疗提供了新的视角	研究主要基于小鼠模型和人类外周血样本，可能无法完全反映人类IS的复杂性	探讨SASP在IS发病机制中的作用及其对疾病进展的影响	人类外周血样本和MCAO小鼠模型	生物信息学	缺血性卒中	bulk和单细胞转录组分析，RT-qPCR	NA	转录组数据	人类外周血样本和MCAO小鼠模型
1506	2025-02-12	Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells 2024-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01030-x PMID:39147984	研究论文	本文介绍了一种名为邻近测序的逐步操作流程，用于在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种位于细胞外膜的蛋白质复合物	提出了一种新的邻近测序方法，能够在单细胞水平上同时测量多种蛋白质复合物，结合转录状态和细胞功能的测量	需要具备基础分子生物学和单细胞测序的专业知识，且整个流程需要大约16小时，分散在几天内完成	开发一种能够在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和蛋白质复合物的方法，以研究转录状态与细胞功能之间的相互作用	单细胞中的mRNA、细胞外蛋白质和细胞外蛋白质复合物	单细胞测序	NA	邻近测序	NA	mRNA、蛋白质、蛋白质复合物	单细胞
1507	2025-02-12	Leveraging Single-Cell RNA-Seq to Generate Robust Microglia Aging Clocks 2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616811 PMID:39554035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据开发并比较了生成微胶质细胞衰老时钟的计算方法	通过单细胞RNA测序数据开发微胶质细胞衰老时钟，提供了单细胞水平的衰老过程洞察	研究主要依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和多样性	开发并比较计算方法来建立稳健的微胶质细胞衰老时钟	微胶质细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督、基于频率的特征化方法	RNA测序数据	NA
1508	2025-02-12	Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis 2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074 PMID:38747639	研究论文	本文研究了维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响	揭示了维生素D-VDR信号轴在支持结肠上皮细胞分化中的重要作用，并提出了其作为治疗溃疡性结肠炎的新靶点	研究主要基于体外实验和患者样本，未进行大规模临床试验验证	探讨维生素D和维生素D受体信号在溃疡性结肠炎中的作用机制	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本	NA	溃疡性结肠炎	免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲除	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本
1509	2024-08-08	Correction to: Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data 2024-Sep-27, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad022 PMID:37226813	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1510	2025-02-12	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.04.611293 PMID:39282389	研究论文	本文介绍了一种名为CLEANSER的混合模型，用于在单细胞CRISPR筛选实验中识别和过滤环境gRNA噪声	开发了CLEANSER模型，利用gRNA和细胞特定的归一化参数，有效过滤环境gRNA噪声，提高gRNA-细胞分配的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配的准确性，减少假阳性结果	单细胞CRISPR筛选实验中的环境gRNA噪声	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合模型（CLEANSER）	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1511	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics of vulvar lichen sclerosus reveal multi-compartmental alterations in gene expression and signaling cross-talk 2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.14.607986 PMID:39211101	研究论文	本文利用单细胞和空间转录组学技术，分析了外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤，揭示了VLS的分子发病机制	首次使用单细胞和空间转录组学技术全面分析VLS的分子异质性，并揭示了不同细胞类型中的分子变化和信号通路激活	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证潜在生物标志物和治疗靶点的临床效果	揭示外阴硬化性苔藓（VLS）的分子发病机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组学, 空间转录组学	单层和器官型培养模型	基因表达数据	VLS患者和健康对照的外阴皮肤样本
1512	2025-02-12	Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598858 PMID:38948758	研究论文	本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑	引入了一种新的方法，使用线性混合效应模型系统量化恶性细胞与正常乳腺上皮细胞中染色质可及性区域与基因表达之间的关联	NA	提高对肿瘤生物学的理解，特别是乳腺癌的调控机制	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织	生物信息学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织样本
1513	2025-02-12	Gene regulatory landscape of cerebral cortex folding 2024-Jun-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn1640 PMID:38838158	研究论文	本文研究了大脑皮层折叠的基因调控景观，揭示了其在哺乳动物大脑发育和进化中的关键作用	首次描述了大脑皮层折叠的转录组原图在早期胚胎阶段的出现及其涉及的细胞命运信号通路，并揭示了H3K27ac表观遗传景观在发育细胞命运限制中的作用	研究主要基于雪貂模型，可能不完全适用于人类大脑发育	探索大脑皮层折叠的基因调控机制及其在神经系统疾病中的作用	雪貂大脑皮层的基因表达和表观遗传景观	表观遗传学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1514	2025-02-12	Age-related loss of Notch3 underlies brain vascular contractility deficiencies, glymphatic dysfunction, and neurodegeneration in mice 2024-Jan-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI166134 PMID:38015629	研究论文	本文探讨了年龄相关的Notch3信号丢失如何导致小鼠脑血管收缩功能缺陷、淋巴功能障碍和神经退行性变	揭示了Notch3信号在脑血管老化中的关键作用，并发现其缺失导致血管反应性下降和神经退行性变	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	研究年龄相关Notch3信号丢失对脑血管功能和神经退行性变的影响	小鼠和人类脑血管	神经科学	血管性痴呆	单细胞转录组学、MRI	Notch3-null小鼠模型	基因表达数据、影像数据	小鼠和人类脑血管样本
1515	2025-02-11	Single-cell transcriptomes of dissecting the intra-tumoral heterogeneity of breast cancer microenvironment 2024-Dec-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06015-7 PMID:39724260	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，探讨了乳腺癌微环境中的肿瘤内异质性机制	识别了恶性上皮细胞的六种常见表达程序和六种亚型特异性表达程序，揭示了乳腺癌中髓系细胞谱系的深刻细胞异质性	样本量较小，仅包括4名恶性和4名非恶性患者的样本	研究乳腺癌异质性发展的机制及其在单细胞转录组中的作用	乳腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	非负矩阵分解（NMF）	单细胞转录组数据	54,055个高质量细胞，来自4名恶性和4名非恶性患者的临床样本
1516	2025-02-11	Integrated analysis reveals prognostic correlation and immune characteristics of a tumor-associated macrophage-based risk signature in triple-negative breast cancer 2024-Oct-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1037 PMID:39525038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，构建了与预后相关的风险特征，并验证了其与免疫特征的关系	首次基于单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，并构建了一个8基因风险特征，验证了其作为独立预后因素的价值	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	探索三阴性乳腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的特性，构建与预后相关的风险特征，并验证其与免疫特征的关系	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆转录聚合酶链反应（RT-PCR），蛋白质印迹（Western blot），免疫组织化学	LASSO回归	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1517	2025-02-11	The CD8+ T cell tolerance checkpoint triggers a distinct differentiation state defined by protein translation defects 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.026 PMID:38776918	研究论文	本文研究了外周CD8+ T细胞耐受性检查点，揭示了其与自身免疫疾病和抗癌免疫的关系	通过流式细胞术、单细胞RNA测序和染色质可及性分析，发现耐受性触发了一种与耗竭、记忆和功能性效应细胞不同的分化状态	研究主要关注于小鼠模型，可能需要在人类样本中进一步验证	探讨外周CD8+ T细胞耐受性检查点的分子机制及其在自身免疫疾病和抗癌免疫中的作用	外周CD8+ T细胞	免疫学	自身免疫疾病, 癌症	流式细胞术, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 染色质可及性分析	NA	RNA测序数据, 染色质可及性数据	NA
1518	2025-02-11	Single-cell RNA-seq and single-cell bisulfite-sequencing reveal insights into yak preimplantation embryogenesis 2024-01, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2023.105562 PMID:38097189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞亚硫酸盐测序揭示了牦牛胚胎植入前发育过程中的基因表达和DNA甲基化变化	结合单细胞DNA甲基化和转录组分析，鉴定了43个可能与胚胎发育相关的候选甲基化驱动基因，并确定了与组蛋白去乙酰化酶HDAC1/2相关的表观遗传修饰对胚胎发育的重要性	研究主要聚焦于牦牛胚胎，可能限制了其在其他物种中的普适性	研究牦牛胚胎植入前发育过程中的表观遗传重编程及其对转录调控网络的影响	牦牛的卵母细胞和不同发育阶段的胚胎	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞亚硫酸盐测序	NA	单细胞基因表达数据, 单细胞DNA甲基化数据	牦牛的卵母细胞和一系列不同发育阶段的胚胎
1519	2025-02-11	Human placental cells are resistant to SARS-CoV-2 infection and replication 2024, Wellcome open research DOI:10.12688/wellcomeopenres.20514.2 PMID:39640372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和共聚焦显微镜技术，探讨了人类胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性及其支持病毒释放的能力	首次量化了胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性，并确定了其支持病毒释放的能力	研究主要依赖于体外实验，可能无法完全反映体内情况	探讨SARS-CoV-2在胎盘细胞中的感染和复制能力	人类胎盘细胞	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq），共聚焦显微镜	NA	RNA测序数据，显微镜图像	包括早期妊娠和足月胎盘细胞，以及JEG-3、JAR和HUVEC细胞系
1520	2025-02-10	Identification of potential immunologic resilience in the healing process of diabetic foot ulcers 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14465 PMID:37926487	研究论文	本研究通过生物信息学工具和单细胞RNA测序技术，分析了糖尿病足溃疡（DFU）患者的基因表达数据，揭示了CD8 T细胞在DFU愈合过程中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别了DFU中不同细胞群体的分布，并验证了CD8 T细胞及其相关关键基因在DFU愈合过程中的作用	研究主要依赖于公共数据库的基因表达数据，样本来源和数量可能有限	探讨糖尿病足溃疡的发病机制及治疗新视角	糖尿病足溃疡患者	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序, RT-qPCR, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA