单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1501	2024-11-22	Single-cell RNA-seq analysis of cancer-endothelial cell interactions in primary tumor and peritoneal metastasis from a single patient with colorectal cancer 2024-Nov-18, BJC reports DOI:10.1038/s44276-024-00112-3 PMID:39558013	研究论文	研究分析了单个结直肠癌患者原发肿瘤和腹膜转移灶中单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞之间的相互作用	首次在单个结直肠癌患者中分析了原发肿瘤和腹膜转移灶中的单细胞转录组，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与内皮细胞的相互作用变化	研究受限于N-of-1设计，需要进一步验证	探索结直肠癌腹膜转移灶中的肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞的相互作用	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶样本
1502	2024-11-22	Exploring human pancreatic organoid modelling through single-cell RNA sequencing analysis 2024-Nov-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07193-3 PMID:39558019	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析探索了人类胰腺类器官的建模	首次详细描述了人类胰腺类器官的细胞组成和发育轨迹，并揭示了其复杂的异质性	NA	深入描述人类胰腺类器官的结构和功能，为未来的体外诊断和转化研究提供基础	人类胰腺类器官的细胞组成和发育机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1503	2024-11-22	Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoradiotherapy in local advanced rectal cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05747-x PMID:39558398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了新辅助放化疗后局部晚期直肠癌肿瘤微环境的细胞和分子变化	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了新辅助放化疗后肿瘤微环境的复杂变化，揭示了不同细胞亚群的相互作用及其对治疗的反应	样本量相对较小，仅包括六个样本，可能影响结果的普适性	深入理解新辅助放化疗对局部晚期直肠癌肿瘤微环境的影响，为提高治疗效果提供理论基础	局部晚期直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	32,417个细胞，来自六个样本
1504	2024-11-22	Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations 2024-Nov-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007 PMID:39395421	研究论文	研究探讨了微胶质细胞和单核细胞衍生的巨噬细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及其转录受组蛋白突变的影响	首次展示了组蛋白突变和肿瘤位置对髓系细胞异质性的影响，并揭示了靶向髓系细胞的潜在治疗机会	NA	研究髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及其潜在治疗策略	儿童高级别胶质瘤中的髓系细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA数据	NA
1505	2024-11-22	Lamination-based organoid spatially resolved transcriptomics technique for primary lung and liver organoid characterization 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2408939121 PMID:39514315	研究论文	本文介绍了一种基于层压技术的器官芯片空间转录组学方法，用于小鼠肺和肝脏器官芯片的表征	提出了基于层压技术的器官芯片空间转录组学方法（LOSRT），解决了标准化组织切片方法不适用于器官芯片的问题	NA	开发一种新的空间转录组学技术，用于表征从初级组织衍生的器官芯片	小鼠肺和肝脏衍生的器官芯片	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠肺和肝脏衍生的器官芯片
1506	2024-11-22	DeSide: A unified deep learning approach for cellular deconvolution of tumor microenvironment 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407096121 PMID:39514318	研究论文	提出了一种名为DeSide的统一深度学习方法，用于肿瘤微环境的细胞去卷积分析	DeSide通过整合生物学通路和优先评估非癌细胞类型，有效规避了癌细胞基因表达谱高度变异的问题，并引入了独特的采样和过滤技术生成高质量训练集	NA	开发一种高效且成本效益高的方法，用于分析肿瘤微环境的复杂细胞组成	肿瘤微环境中的细胞组成	数字病理学	NA	RNA测序	深度学习	基因表达谱	利用了来自六种癌症类型和185个癌症细胞系的单细胞RNA测序数据，以及来自TCGA的22种癌症类型的批量RNA测序数据
1507	2024-11-22	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570640 PMID:38106186	研究论文	本文开发了一种单细胞RNA测序方法，用于在酵母中进行eQTL定位，揭示了生长与繁殖之间的权衡	本文首次通过单细胞RNA测序技术在酵母中进行eQTL定位，揭示了基因表达变异与细胞周期阶段之间的相互作用	研究仅限于酵母，且样本量相对较小	通过单细胞RNA测序技术揭示基因变异对基因表达和下游性状的影响	酵母中的单细胞eQTL	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过100,000个单细胞
1508	2024-11-22	Preclinical lentiviral hematopoietic stem cell gene therapy corrects Pompe disease-related muscle and neurological manifestations 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.024 PMID:39295144	研究论文	本文研究了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法治疗庞贝病，并展示了其在小鼠模型中的潜力	提出了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法作为下一代治疗庞贝病的方法	本文仅在预临床小鼠模型中进行了研究，尚未在人体中验证	旨在克服酶替代疗法的局限性，探索新的庞贝病治疗方法	庞贝病及其相关的肌肉和神经系统表现	基因治疗	庞贝病	慢病毒载体介导的基因疗法	NA	RNA测序数据	小鼠模型
1509	2024-11-22	Single-cell RNA sequencing reveals anti-tumor potency of CD56+ NK cells and CD8+ T cells in humanized mice via PD-1 and TIGIT co-targeting 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.025 PMID:39318093	研究论文	本文介绍了一种改进的人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序揭示了CD56+ NK细胞和CD8+ T细胞在PD-1和TIGIT联合靶向下对肝细胞癌的抗肿瘤潜力	引入了改进的人源化小鼠模型，恢复了NK细胞的重建和浸润，并通过单细胞RNA测序识别潜在的抗肝细胞癌治疗方法	组合疗法后肿瘤转录组的显著变化可能导致进一步的耐药性，需要进一步研究	研究NK细胞和T细胞在肝细胞癌中的抗肿瘤作用，并评估PD-1和TIGIT联合靶向疗法的效果	CD56+ NK细胞、CD8+ T细胞、肝细胞癌	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	人源化小鼠模型中的肝细胞癌患者来源的异种移植模型
1510	2024-11-22	Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies 2024-Nov-01, JAMA ophthalmology IF:7.8Q1 DOI:10.1001/jamaophthalmol.2024.3836 PMID:39325468	研究论文	本文对6名携带UBAP1L基因双等位基因致病变异的非综合征性视网膜营养不良患者进行了临床和分子特征分析	发现了UBAP1L基因在非综合征性视网膜营养不良中的致病作用，并提供了功能性证据	样本量较小，仅包括6名患者	提供非综合征性视网膜营养不良患者的临床和分子特征，揭示UBAP1L基因的致病作用	6名携带UBAP1L基因双等位基因致病变异的非综合征性视网膜营养不良患者	遗传学	视网膜营养不良	下一代测序（NGS）、外显子组测序、基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、临床数据	6名患者
1511	2024-11-22	O-GlcNAcylation of circadian clock protein Bmal1 impairs cognitive function in diabetic mice 2024-Nov, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00263-6 PMID:39375536	研究论文	研究揭示了高血糖通过增加Bmal1的O-GlcNAcylation，促进Clock与Bmal1结合，导致Bhlhe41和Dnajb4表达增加，进而引发线粒体钙超载和神经元损伤，最终导致糖尿病小鼠认知功能障碍	首次报道了高血糖通过O-GlcNAcylation修饰Bmal1影响昼夜节律基因表达，进而导致认知功能障碍	研究仅在糖尿病小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨糖尿病中认知功能障碍的分子机制	糖尿病小鼠的海马神经元	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	糖尿病小鼠模型
1512	2024-11-22	Sensory neuroimmune signaling in the pathogenesis of Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2024-Oct-29, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.015 PMID:39481654	研究论文	研究探讨了神经免疫信号在Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症发病机制中的作用	揭示了神经元元素在调节CD8+ T细胞介导的炎症反应中的作用，并提出了新的潜在转化靶点	NA	研究神经免疫调节在Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症中的潜在作用	健康对照组和Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症患者的CD8+ T细胞	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、LEGENDplex分析、免疫荧光染色、钙成像、Smart-seq	NA	RNA、蛋白质、组织	健康对照组和Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症患者的CD8+ T细胞样本
1513	2024-11-22	Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve 2024-Oct-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864 PMID:39326411	研究论文	本文介绍了一种名为scResolve的方法，用于从空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱	scResolve能够准确恢复单细胞在其位置上的表达谱，这是细胞类型反卷积无法实现的	NA	开发一种方法以从空间转录组学数据中恢复单细胞表达谱	人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	人类乳腺癌和肺部疾病数据
1514	2024-11-22	Generation, expansion, gene delivery, and single-cell profiling in rhesus macaque plasma B cells 2024-Oct-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100878 PMID:39406231	研究论文	本文开发了在食蟹猴血浆B细胞中进行细胞生成、扩增、基因递送和单细胞分析的方法	首次在非人灵长类（食蟹猴）B细胞中实现了高效的细胞扩增、分化和基因递送，并发现了与人类细胞不同的免疫检查点分子和主要组织相容性复合物分子的上调	NA	开发用于治疗目的的工程化B细胞在免疫健全的大型动物模型中的评估方法	食蟹猴血浆B细胞	NA	NA	单细胞测序、流式细胞术、腺相关病毒（AAV）递送	NA	转录组数据	NA
1515	2024-11-22	Characterization of the single cell landscape in normal and osteoarthritic equine joints 2024-Oct-20, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-24-40 PMID:39507442	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了正常和骨关节炎马关节滑液中的细胞组成，揭示了骨关节炎免疫病理发生中的关键细胞类型和相互作用	首次在马关节滑液和滑膜中进行了单细胞RNA测序，识别了多种免疫细胞亚群及其在骨关节炎中的变化，为未来研究提供了马特异性细胞类型基因签名	样本量较小，仅包括三只正常马和三只骨关节炎马的关节滑液，以及一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜	通过分析骨关节炎关节中的转录组反应，加深对骨关节炎免疫病理发生的理解，促进靶向疗法的开发	正常和骨关节炎马的关节滑液和滑膜中的免疫细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28,639个细胞来自正常和骨关节炎马的关节滑液，17,690个细胞来自一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜
1516	2024-11-22	Single-cell heterogeneity in ribosome content and the consequences for the growth laws 2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.19.590370 PMID:38895328	研究论文	研究了单细胞水平上核糖体含量与生长规律的关系	首次在单细胞水平上研究了核糖体含量与生长规律的关系，发现单细胞核糖体水平并不精确匹配群体生长速率或营养可用性	研究仅限于两种微生物，结果可能不适用于所有物种	探讨单细胞核糖体含量与生长规律的关系	单细胞酵母和细菌的核糖体含量	NA	NA	单细胞RNA测序	高斯过程模型	转录组数据	数千个单细胞样本，来自多种条件、重复和物种
1517	2024-11-22	High-throughput single-cell transcriptomics of bacteria using combinatorial barcoding 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01007-w PMID:38886529	研究论文	介绍了一种名为microSPLiT的高通量单细胞RNA测序方法，用于细菌的转录状态分析	microSPLiT方法通过四轮组合条形码技术，能够在单次实验中对数十万种革兰氏阴性和阳性细菌进行转录组分析，无需特殊设备	该方法需要基本的分子生物学技术经验，且数据分析需要计算资源和编程知识	开发一种高通量单细胞RNA测序方法，用于细菌的转录状态分析	革兰氏阴性和阳性细菌的转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	最多100万个细菌细胞和96个样本
1518	2024-11-22	An initial game-theoretic assessment of enhanced tissue preparation and imaging protocols for improved deep learning inference of spatial transcriptomics from tissue morphology 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae476 PMID:39367648	研究论文	本文通过游戏理论评估了改进的组织准备和成像协议对深度学习在空间转录组学推断中的影响	本文首次通过游戏理论视角评估了组织处理和成像质量对深度学习模型性能的影响，并提出了一个优化的组织处理和成像协议	本文仅评估了13名III期结直肠癌患者的样本，样本量较小	研究改进的组织准备和成像协议对深度学习模型在空间转录组学推断中的性能影响	III期结直肠癌患者的组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	Inceptionv3神经网络	全切片图像	13名III期结直肠癌患者
1519	2024-11-22	SIngle cell level Genotyping Using scRna Data (SIGURD) 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae604 PMID:39559832	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序数据进行单细胞水平基因分型的R语言管道SIGURD	SIGURD能够结合体细胞和线粒体变异进行克隆分析，并进行功能分析，如检测克隆间的差异表达基因	NA	开发一种能够结合体细胞和线粒体变异进行单细胞RNA测序数据克隆分析的计算工具	单细胞RNA测序数据中的体细胞和线粒体变异	生物信息学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自骨髓增殖性肿瘤患者的集落形成细胞的单细胞数据
1520	2024-11-22	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.04.611293 PMID:39282389	研究论文	本文利用CRISPR barnyard实验研究单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声，并开发了CLEANSER模型来识别和过滤这些噪声	开发了CLEANSER模型，利用双峰分布区分本征和环境gRNA，并包含gRNA和细胞特异性归一化参数，提高了gRNA-细胞分配的准确性	未提及	研究单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声，并开发过滤方法	环境gRNA噪声及其对基因表达分析的影响	基因组学	NA	单细胞RNA测序	混合模型	RNA	未提及