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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1481 | 2025-10-06 |
Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations
2024-09-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52440-0
PMID:39333113
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研究论文 | 开发了一种整合scHi-C和scRNA-seq数据的计算方法,用于定义3D染色质结构调控的细胞亚群 | 首次在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据,提出了拓扑整合亚群(TISPs)的新概念 | 方法主要在乳腺癌细胞模型系统中验证,需要进一步在其他癌症类型中测试 | 研究3D染色质结构如何调控细胞异质性,特别是在癌症发展中的作用 | 乳腺癌细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | scHi-C, scRNA-seq, 多组学数据整合 | MUDI算法 | 单细胞3D基因组数据, 单细胞转录组数据 | 公开数据和新生成数据,包含20个TISPs | NA | 单细胞Hi-C, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1482 | 2025-10-06 |
Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.10.561724
PMID:39386437
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析乳腺导管原位癌,揭示基因型与表型关系的复杂性及其对上皮细胞组成的影响 | 首次在DCIS中结合单细胞RNA测序和推断的拷贝数变异进行系统发育分析,揭示肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联 | 样本量相对有限,且主要基于回顾性档案样本分析 | 探索DCIS生长机制及向浸润性癌进展的关键特性 | 乳腺导管原位癌病变及匹配的正常乳腺组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 拷贝数变异推断, 系统发育分析, 反卷积分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | DCIS病变和匹配正常组织的临床标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1483 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a myeloid cell-related regulon predicting neoadjuvant immunotherapy response across cancers
2024-05-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05123-9
PMID:38773508
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,发现与髓系细胞相关的PPARG调控子可预测多种癌症中新辅助免疫治疗的应答 | 首次发现PPARG调控子作为免疫检查点抑制剂应答的预测标志物,并构建了髓系细胞图谱和在线资源平台 | 样本量有限,主要基于公共数据集验证 | 探索免疫治疗应答机制并开发预测生物标志物 | 肺癌、结直肠癌、乳腺癌等多种癌症患者 | 生物信息学 | 肺癌、结直肠癌、乳腺癌等多种癌症 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、转录组分析 | pySCENIC、Symphony参考映射 | 基因表达数据、单细胞数据、转录组数据 | 1例治疗前和1例治疗后达到病理完全缓解的肺腺癌患者,多个公共数据集(TCGA泛癌队列、5个ICI转录组队列等) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1484 | 2025-10-06 |
Human surface ectoderm and amniotic ectoderm are sequentially specified according to cellular density
2024-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh7748
PMID:38427729
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研究论文 | 本研究开发了人类多能干细胞模型,揭示了羊膜外胚层和表面外胚层根据细胞密度顺序分化的机制 | 首次提出人类羊膜外胚层和表面外胚层沿着共同的非神经外胚层轨迹基于细胞密度进行分化的新机制 | 研究基于体外干细胞模型,可能与体内实际发育过程存在差异 | 研究人类羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制 | 人类多能干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1485 | 2025-10-06 |
Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer
2024-02, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.7053
PMID:38426622
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综述 | 探讨乳腺和乳腺癌中巨噬细胞异质性及其靶向治疗潜力 | 整合单细胞RNA测序技术揭示巨噬细胞亚群的空间分布与功能特异性 | 基于文献综述,缺乏原始实验数据验证 | 解析巨噬细胞异质性在乳腺发育与乳腺癌中的作用机制 | 乳腺组织驻留巨噬细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1486 | 2025-10-06 |
Type 1 immunity enables neonatal thymic ILC1 production
2024-01-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh5520
PMID:38232171
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研究论文 | 本研究揭示了1型免疫通过促进新生胸腺ILC1细胞的扩增和外周归巢来应对病毒感染等炎症条件 | 首次发现新生胸腺中存在独特的未成熟ILC1亚群,并证实1型细胞因子能促进其扩增和胸腺外迁 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证 | 探究1型免疫对胸腺驻留先天淋巴样细胞的影响 | 新生小鼠胸腺ILC1细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,活体成像,胸腺移植 | NA | 基因表达数据,影像数据 | 新生小鼠胸腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1487 | 2025-10-06 |
Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages
2024-01-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi5791
PMID:38241368
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现触圆顶角质形成细胞特异性表达Tenascin-C,并揭示这些细胞具有自我维持能力和多向分化潜能 | 首次鉴定Tenascin-C作为触圆顶角质形成细胞的标志物,并证明其在稳态维持和损伤修复中的独特功能 | 未明确触圆顶角质形成细胞分子调控机制的具体细节 | 探究触圆顶角质形成细胞的稳态维持机制和分子特征 | 小鼠皮肤触圆顶角质形成细胞 | 细胞生物学 | NA | scRNA-seq, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1488 | 2025-10-06 |
A sexually dimorphic hepatic cycle of periportal VLDL generation and subsequent pericentral VLDLR-mediated re-uptake
2024-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52751-2
PMID:39341814
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝脏功能在空间和时间上的性别二态性,特别是极低密度脂蛋白的生成与摄取循环 | 首次发现肝脏中存在性别二态性的门静脉周围VLDL生成和中央静脉周围VLDLR介导的再摄取循环 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 探究性别二态性如何影响肝脏功能的时空逻辑 | 小鼠肝脏和人类肝脏组织 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1489 | 2025-10-06 |
Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C
2024-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51995-2
PMID:39341835
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研究论文 | 本研究揭示缺氧通过诱导MUC1-C上调形成ROS抵抗性记忆,促进乳腺癌转移的机制 | 首次发现缺氧细胞在复氧后仍保持缺氧诱导基因表达,并鉴定MUC1-C在介导ROS抵抗和转移中的关键作用 | 主要基于动物模型和体外实验,临床验证仍需进一步研究 | 探究缺氧诱导肿瘤转移的分子机制 | 乳腺癌细胞、循环肿瘤细胞(CTCs)、患者来源异种移植模型 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学、基因敲除、药物抑制 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1490 | 2025-10-06 |
Introducing synthetic thermostable RNase inhibitors to single-cell RNA-seq
2024-09-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52717-4
PMID:39333520
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研究论文 | 本研究在单细胞RNA测序中引入合成热稳定RNase抑制剂,证明其性能优于传统蛋白质类RNase抑制剂 | 首次将合成热稳定RNase抑制剂应用于单细胞RNA测序,可在热循环过程中保持RNase抑制活性 | 未明确说明样本规模和具体实验条件的局限性 | 改进单细胞RNA测序中的RNase抑制方法 | RNase抑制剂在单细胞RNA测序中的应用 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1491 | 2025-10-06 |
The chemokine receptor CXCR3 promotes CD8+ T cell-dependent lung pathology during influenza pathogenesis
2024-01-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj1120
PMID:38170765
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了CXCR3在促进CD8+ T细胞依赖性流感肺部病理中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出调控CD8+ T细胞毒性反应的独特调控因子,并证明CXCR3阻断可减轻流感相关肺损伤而不影响病毒清除 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索CD8+ T细胞在流感控制与肺部病理中的双重作用及其特定亚群功能 | 流感感染小鼠肺组织中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 流感感染小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1492 | 2025-10-06 |
OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.25.625000
PMID:39651293
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研究论文 | 开发了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序,用于将非临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源基因数据 | 利用BioMart数据库访问Ensembl中的不同基因集,无需用户编写代码即可实现非人类转录组向人类同源基因的转换 | NA | 促进药理学转录组学数据库在临床前研究模型中的应用,并促进非人类转录组的人类同源基因转换 | 单细胞、单核和空间转录组数据,包括髓母细胞瘤患者来源原位异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型 | 生物信息学 | 髓母细胞瘤, 脊髓损伤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1493 | 2025-10-06 |
Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates
2024-11, International journal for parasitology
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003
PMID:39168434
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研究论文 | 本研究报道了澳大利亚Haemonchus contortus寄生虫Haecon-5菌株的高质量染色体水平基因组,并利用机器学习方法预测了潜在的关键基因 | 首次提供了Haecon-5菌株的染色体连续基因组,揭示了与英国ISE菌株的显著遗传差异,并采用跨物种机器学习方法预测了必需基因 | 研究主要基于计算预测,候选基因的功能验证需要后续实验研究 | 构建高质量基因组资源以支持捻转血矛线虫的基础研究和药物靶点发现 | Haemonchus contortus寄生虫Haecon-5菌株 | 基因组学 | 寄生虫感染 | 基因组测序, 转录组分析, 单细胞RNA-seq, 机器学习 | 机器学习 | 基因组序列, 转录组数据, 表观遗传数据 | 一个特定菌株(Haecon-5)的完整基因组分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | NA | NA |
| 1494 | 2025-10-06 |
Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment
2024-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189178
PMID:39241895
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综述 | 本文系统回顾了肿瘤微环境中基质组的研究进展,涵盖多组学方法和新技术应用 | 首次整合多组学水平(表观基因组学、基因组学、转录组学、蛋白质组学)和新兴测序技术研究肿瘤基质组 | 肿瘤基质组的具体机制和临床应用尚未完全阐明 | 探索肿瘤微环境中基质组的表达模式和功能作用 | 肿瘤组织中的基质组蛋白及其相关基因 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学分析 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1495 | 2025-10-06 |
Hematopoietic cells emerging from hemogenic endothelium exhibit lineage-specific oxidative stress responses
2024-11, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.107815
PMID:39326495
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类胚胎造血过程中不同血细胞谱系对缺氧和氧化应激的特异性反应 | 首次在单细胞水平描述不同造血谱系对缺氧的转录反应,发现红细胞对氧化应激的特殊敏感性及代谢途径差异 | 研究主要基于体外模型,体内验证仍需进一步研究 | 探究缺氧对人类内皮-造血转变及后续造血过程的影响 | 人造血内皮细胞衍生的不同血细胞谱系 | 单细胞生物学 | 血液发育疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1496 | 2025-10-06 |
Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction
2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.07.617070
PMID:39416184
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研究论文 | 本研究通过构建结核分枝杆菌单克隆抗体库并筛选具有限制细菌能力的抗体,揭示了抗体Fab和Fc区域在结核病免疫防御中的协同作用机制 | 首次系统性地通过Fc区域交换技术优化保护性抗体,并利用单细胞转录组学揭示了抗体介导的结核分枝杆菌限制依赖于中性粒细胞的早期激活 | 研究主要在小鼠模型中进行,尚未在人体验证;抗体作用机制仍需进一步深入探索 | 探究抗体介导的结核分枝杆菌限制机制 | 结核分枝杆菌单克隆抗体及其Fc变异体 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞转录组学,Fc区域交换技术,单克隆抗体筛选 | NA | 转录组数据,免疫学数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1497 | 2025-10-06 |
The frequency of CD38+ alveolar macrophages correlates with early control of M. tuberculosis in the murine lung
2024-10-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52846-w
PMID:39358361
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示CD38+肺泡巨噬细胞在控制结核分枝杆菌感染中的关键作用 | 首次发现CD38+肺泡巨噬细胞亚群在结核感染控制中的动态作用及其表观遗传预激活特征 | 研究基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证 | 探究肺泡巨噬细胞亚群在结核病控制中的作用机制 | 小鼠肺泡巨噬细胞亚群 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1498 | 2025-10-06 |
The estrogen response in fibroblasts promotes ovarian metastases of gastric cancer
2024-09-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52615-9
PMID:39349474
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了雌激素通过激活ER-MDK-LRP1信号轴促进胃癌卵巢转移的分子机制 | 首次在单细胞水平发现卵巢转移灶中成纤维细胞高表达雌激素受体和中期因子,并阐明雌激素-MDK-LRP1信号轴在胃癌卵巢转移中的关键作用 | 样本量相对有限(18例患者),需要更大规模研究验证 | 探究胃癌卵巢转移的分子机制,特别是雌激素在其中的作用 | 18例伴有卵巢转移的胃癌患者的45个肿瘤样本 | 单细胞测序 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例患者的45个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1499 | 2025-10-06 |
CD38+ Alveolar macrophages mediate early control of M. tuberculosis proliferation in the lung
2024-Jul-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3934768/v1
PMID:39070650
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研究论文 | 通过多模态单细胞RNA测序分析揭示了CD38+肺泡巨噬细胞在结核分枝杆菌感染早期控制细菌增殖的关键作用 | 首次发现CD38+单核细胞来源的肺泡巨噬细胞和组织驻留肺泡巨噬细胞在结核感染过程中作为细菌生长的重要控制器,并揭示其表观遗传预激活特征 | 研究聚焦于特定感染时间点的巨噬细胞亚群分析,尚未完全阐明所有巨噬细胞亚型在结核控制中的具体机制 | 探究不同巨噬细胞亚群在结核分枝杆菌感染过程中的功能作用和动态变化 | 肺泡巨噬细胞亚群,包括CD38+单核细胞来源的肺泡巨噬细胞和组织驻留肺泡巨噬细胞 | 免疫学 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序,scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 1500 | 2025-10-06 |
An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination
2024-06-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005
PMID:38821054
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研究论文 | 开发了一种可诱导的遗传工具Clec7a-CreER,用于追踪和操纵特定小胶质细胞状态,揭示其可塑性及在髓鞘再生中的作用 | 创建了首个特异性靶向PAMs和DAMs小胶质细胞状态的可诱导Cre驱动工具,首次直接证明了小胶质细胞状态的可塑性及其在疾病恢复中的功能 | 未明确说明样本规模和技术重复次数,疾病模型范围有限 | 研究小胶质细胞状态的可塑性及其在神经系统发育和疾病中的功能 | 大脑实质中的增殖区域相关小胶质细胞(PAMs)和疾病相关小胶质细胞(DAMs) | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,遗传谱系追踪,细胞特异性消融 | 遗传工程小鼠模型 | 基因表达数据,细胞追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |