单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1481	2024-11-23	Spatial Transcriptomics Reveals the Temporal Architecture of the Seminiferous Epithelial Cycle and Precise Sertoli-Germ Synchronization 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.28.620681 PMID:39554074	研究论文	本文利用空间转录组学技术研究了小鼠睾丸中精原上皮周期的时间结构和Sertoli细胞与生殖细胞的精确同步	首次通过空间转录组学技术揭示了精原上皮周期中的转录变化模式，并发现Sertoli细胞与生殖细胞发育的周期性转录特征紧密同步	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种	揭示精原上皮周期中的转录变化及其与生殖细胞和体细胞的关联	小鼠睾丸中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	216,090个细胞，2,638个基因
1482	2024-11-23	Tryptophan 2,3-dioxygenase-positive matrix fibroblasts fuel breast cancer lung metastasis via kynurenine-mediated ferroptosis resistance of metastatic cells and T cell dysfunction 2024-Nov, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12608 PMID:39221971	研究论文	研究揭示了色氨酸2,3-双加氧酶阳性基质成纤维细胞通过犬尿氨酸介导的铁死亡抵抗和T细胞功能障碍促进乳腺癌肺转移的作用	首次揭示了色氨酸2,3-双加氧酶阳性基质成纤维细胞在乳腺癌肺转移中的关键作用，并提出了针对肺特异性基质细胞代谢的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证其结果	解析成纤维细胞异质性及其在乳腺癌肺转移形成中的不同作用	乳腺癌肺转移中的成纤维细胞和T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用小鼠模型进行实验，具体样本数量未在摘要中提及
1483	2024-11-23	Genetic variation and molecular profiling of congenital malformations of the female genital tract based on whole-genome sequencing 2024-Nov, World journal of pediatrics : WJP IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s12519-024-00839-6 PMID:39251565	研究论文	本研究通过全基因组测序分析了中国590名个体的遗传变异，识别了与女性生殖道先天畸形相关的新变异，特别是ASH1L基因	首次在大规模样本中识别出与女性生殖道先天畸形相关的新变异，特别是ASH1L基因，并揭示了关键风险基因在子宫发育早期的时空特异性表达模式	样本主要集中在中国，可能影响结果的普适性	识别与女性生殖道先天畸形相关的遗传变异，揭示其分子遗传机制	女性生殖道先天畸形患者及其相关基因变异	基因组学	生殖系统疾病	全基因组测序	NA	基因组数据	590名个体，包括95名患者、442名病例对照和53名家族对照
1484	2024-11-23	Blockade of CCR5+ T Cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Optimizes Anti-TGF-β/PD-L1 Bispecific Antibody 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408598 PMID:39303165	研究论文	研究通过scRNA-seq分析肿瘤微环境变化，发现YM101治疗后存在免疫抑制性CCR5 T细胞，并提出使用Maraviroc抑制CCR5 T细胞积累以优化YM101疗效	首次揭示了YM101治疗后肿瘤微环境中CCR5 T细胞的免疫抑制作用，并提出联合使用Maraviroc以增强YM101的抗肿瘤效果	研究主要在肿瘤小鼠模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索肿瘤微环境中的免疫抑制因素，优化YM101抗肿瘤效果	肿瘤微环境中的免疫细胞和免疫抑制机制	NA	NA	scRNA-seq	NA	RNA	多只肿瘤小鼠
1485	2024-11-23	Spatiotemporal Analysis of Mesenchymal Stem Cells Fate Determination by Inflammatory Niche Following Soft Tissue Injury at a Single-Cell Level 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310282 PMID:39308190	研究论文	研究探讨了软组织损伤后炎症微环境中间充质干细胞命运的决定机制	通过单细胞RNA测序、空间转录组和谱系追踪分析，揭示了炎症微环境中间充质干细胞向软骨和骨细胞分化的动态过程及其调控机制	NA	探讨创伤诱导的炎症暴露对间充质干细胞命运决定的影响	间充质干细胞及其在炎症微环境中的分化	数字病理学	软组织损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1486	2024-11-23	Spatial Isoforms Reveal the Mechanisms of Metastasis 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402242 PMID:39312471	研究论文	研究食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了空间异构体在人类实体瘤和淋巴结中的表达和分布模式，并提出了异构体生成动力学对异构体时间异质性的影响	尚未完全阐明CD8 T细胞在化疗耐药和转移患者中的调控机制	揭示食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	食管鳞状细胞癌中的CD8 T细胞和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	食管癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	转录组数据	涉及人类实体瘤和淋巴结样本
1487	2024-11-23	Mouse enteric neurons control intestinal plasmacytoid dendritic cell function via serotonin-HTR7 signaling 2024-Oct-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53545-2 PMID:39455564	研究论文	研究了肠道血清素能神经元通过血清素-HTR7信号通路调控肠道浆细胞样树突状细胞功能	揭示了肠道血清素能神经元与肠道免疫稳态之间的紧密相互作用，增强了黏膜防御	NA	探讨肠道血清素能神经元在免疫反应调控中的作用	肠道血清素能神经元、肠道浆细胞样树突状细胞、IgA B细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1488	2024-11-23	The spatial impact of a Western diet in enriching Galectin-1-regulated Rho, ECM, and SASP signaling in a novel MASH-HCC mouse model 2024-Oct-14, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00660-3 PMID:39402682	研究论文	研究西方饮食对Galectin-1调控的Rho、ECM和SASP信号在新型MASH-HCC小鼠模型中的空间影响	开发了一种新型MASH-HCC小鼠模型，并使用空间转录组学和多重免疫组化技术研究了西方饮食对Galectin-1信号的影响	NA	探讨西方饮食对Galectin-1信号在MASH向HCC进展中的影响	MASH-HCC小鼠模型中的Galectin-1信号	NA	肝细胞癌	空间转录组学、多重免疫组化	NA	转录组数据、免疫组化数据	小鼠样本
1489	2024-11-23	Transcriptomic mapping of the 5-HT receptor landscape 2024-Oct-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101048 PMID:39569210	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和多重荧光原位杂交技术，对成年小鼠大脑中的5-HT受体进行了全面的转录组分析	首次在单细胞水平上揭示了5-HT受体的多样性分布和共转录现象	NA	研究5-HT受体在小鼠大脑中的转录模式和空间分布	5-HT受体及其在小鼠大脑中的表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重荧光原位杂交（MERFISH）	NA	转录组数据	约400万细胞（scRNA-seq）和约1000万细胞（MERFISH）
1490	2024-11-22	Optimizing CAR-T cell Culture: Differential effects of IL-2, IL-12, and IL-21 on CAR-T cells 2024-Dec, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2024.156758 PMID:39299100	研究论文	研究不同细胞因子（IL-2、IL-12和IL-21）对CAR-T细胞培养的影响	首次通过单细胞RNA测序分析不同细胞因子对CAR-T细胞生物过程的影响	研究仅限于体外实验，未涉及临床应用	优化CAR-T细胞培养条件，寻找最有效的细胞因子	CAR-T细胞在不同细胞因子处理下的生物学过程	生物技术	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种CAR-T细胞组在不同处理下的样本
1491	2024-11-22	Exploring the Unknown: How Can We Improve Single-cell RNAseq Cell Type Annotations in Non-model Organisms? 2024-Nov-21, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icae112 PMID:39013613	研究论文	本文探讨了如何改进非模式生物中单细胞RNA测序（scRNAseq）细胞类型注释的方法	提出了利用细胞谱系进化背景进行注释、使用机器学习进行无参考注释以及利用未注释基因作为潜在细胞标记的新方法	未具体讨论这些方法在实际应用中的效果和局限性	改进非模式生物中单细胞RNA测序的细胞类型注释，以发现新的细胞类型并提高注释的准确性	非模式生物中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	机器学习	基因表达数据	未具体说明样本数量
1492	2024-11-22	A cell atlas foundation model for scalable search of similar human cells 2024-Nov-20, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08411-y PMID:39566551	研究论文	开发了一种名为SCimilarity的度量学习框架，用于学习统一的、可解释的细胞表示，以便快速查询数千万个细胞档案	提出了SCimilarity框架，能够跨研究快速查询转录相似的细胞状态	NA	开发一种能够跨人体快速查询相似细胞状态的工具	人类细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	间质性肺病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	度量学习框架	单细胞RNA测序数据	2340万细胞，来自412项研究
1493	2024-11-22	CD38 ligation in sepsis promotes nicotinamide phosphoribosyltransferase-mediated IL-6 production in kidney stromal cells 2024-Nov-20, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae269 PMID:39568061	研究论文	研究探讨了CD38在脓毒症中的作用及其对肾脏基质细胞IL-6产生的影响	首次揭示了CD38结合通过烟酰胺磷酸核糖基转移酶信号通路促进肾脏基质细胞中IL-6的产生	研究主要基于小鼠模型，需要在人体中进一步验证	阐明CD38结合在脓毒症中的作用，并寻找新的治疗靶点	小鼠和人类的脓毒症模型	NA	脓毒症	单细胞和单核RNA测序（scRNA-seq和snRNA-seq）	NA	RNA	小鼠和人类脓毒症组织的样本
1494	2024-11-22	Serinc5 Regulates Sequential Chondrocyte Differentiation by Inhibiting Sox9 Function in Pre-Hypertrophic Chondrocytes 2024-Nov-20, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31490 PMID:39568258	研究论文	研究探讨了Serinc5在调节软骨细胞分化中的作用	首次揭示了Serinc5通过抑制Sox9功能在过渡期软骨细胞中调节软骨细胞分化的机制	NA	探究过渡期软骨细胞的分子基础及其在骨生长中的作用	软骨细胞的分化过程	NA	NA	scRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq	NA	基因表达数据	荧光标记的生长板软骨细胞
1495	2024-11-22	Single-cell transcriptional analysis of murine norovirus infection in a human intestinal cell line 2024-Nov-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01617-24 PMID:39475272	研究论文	研究通过单细胞转录组分析探讨了在小鼠诺如病毒感染的人类肠细胞系中的复制机制和宿主反应	建立了表达小鼠诺如病毒受体的人类肠细胞系，并首次在单细胞水平上分析了病毒感染过程中的转录组变化	研究仅限于特定的人类肠细胞系和小鼠诺如病毒，可能不适用于其他病毒或细胞类型	探讨小鼠诺如病毒在人类肠细胞系中的复制机制和宿主反应	小鼠诺如病毒感染的人类肠细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个时间点的单细胞样本
1496	2024-11-22	Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer 2024-Nov-19, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.042 PMID:39566495	研究论文	研究揭示了成纤维网状细胞在肺癌肿瘤微环境中生成保护性肿瘤内T细胞环境的作用	首次展示了CCL19表达的成纤维网状细胞在人类非小细胞肺癌中生成互联的T细胞环境，并揭示了这些细胞在调节肿瘤内T细胞活性和分化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和单细胞转录组学分析，可能无法完全反映人类肺癌的复杂性	探讨成纤维网状细胞在肺癌肿瘤微环境中生成保护性T细胞环境的作用及其机制	成纤维网状细胞、T细胞、肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型和人类非小细胞肺癌样本
1497	2024-11-22	A single-cell transcriptomic census of mammalian olfactory epithelium aging 2024-Nov-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.020 PMID:39173624	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析年轻和老年小鼠嗅上皮细胞，识别出与衰老相关的差异表达基因	首次在单细胞分辨率下揭示了嗅上皮衰老的细胞和分子机制	NA	研究嗅上皮衰老的细胞和分子机制	年轻和老年小鼠的嗅上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠的嗅上皮细胞，涉及21种细胞类型
1498	2024-11-22	Integrated single-cell analysis reveals heterogeneity and therapeutic insights in osteosarcoma 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01523-x PMID:39556142	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤的细胞异质性和转录动力学，并提供了个性化治疗策略的基础	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中11种不同的肿瘤细胞亚群及其与疾病进展和转移相关的独特转录特征	NA	深入了解骨肉瘤的分子机制，以改进治疗策略	骨肉瘤肿瘤细胞的异质性和转录动力学	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1499	2024-11-22	Multi-omics analysis reveals the role of the autophagy-related gene AGT in chemotherapy resistance in colorectal cancer and the therapeutic potential of its inhibitors 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01545-5 PMID:39557714	研究论文	通过多组学分析探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	首次通过多组学分析揭示了自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用，并评估了其抑制剂的治疗潜力	研究主要基于数据库分析和模拟实验，缺乏体内实验验证	探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	自噬相关基因AGT在结直肠癌中的表达模式、功能及其与化疗耐药的关系	数字病理学	结直肠癌	多组学分析、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、药物敏感性数据、免疫浸润数据	CRC组织和正常组织的基因表达数据来自GTEx和TCGA数据库，单细胞RNA测序数据来自TISCH数据库
1500	2024-11-22	Molecular profiles, sources and lineage restrictions of stem cells in an annelid regeneration model 2024-Nov-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54041-3 PMID:39557833	研究论文	研究了海洋环节动物Platynereis dumerilii在再生过程中干细胞的分子特征、来源和谱系限制	结合单细胞RNA测序和嵌合转基因技术，揭示了再生过程中细胞类型特异性损伤反应、位置身份因子的重新表达以及多个细胞群体中干细胞特征的重新出现	NA	探究不同动物门类中再生能力的共性和差异性原理	海洋环节动物Platynereis dumerilii的再生过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个细胞群体