单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1481	2025-02-18	Interferon-γ signaling in eosinophilic esophagitis has implications for epithelial barrier function and programmed cell death 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.26.577407 PMID:38352458	研究论文	本文探讨了干扰素-γ信号在嗜酸性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响	通过单细胞RNA测序和体外器官模型揭示了干扰素-γ在食管上皮细胞中的功能影响	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内情况	揭示免疫细胞与上皮细胞在嗜酸性食管炎中的相互作用及其功能意义	嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞	生物医学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 体外器官模型	NA	RNA测序数据	嗜酸性食管炎患者的食管活检样本
1482	2025-02-17	A Foundation Model for Cell Segmentation 2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.17.567630 PMID:38045277	研究论文	本文介绍了一种名为CellSAM的基础模型，用于细胞分割，该模型能够泛化到多种细胞成像数据	CellSAM基于Segment Anything Model (SAM)，通过开发一种提示工程方法进行掩码生成，实现了跨多种细胞成像数据的泛化能力	尽管CellSAM在多种细胞类型和成像模态上表现出色，但其在特定领域的性能可能仍需进一步优化	研究目标是开发一种能够泛化到多种细胞成像数据的细胞分割基础模型	研究对象包括哺乳动物细胞（组织和细胞培养）、酵母和细菌的成像数据	计算机视觉	NA	深度学习	SAM, CellFinder	图像	多种细胞类型和成像模态的数据
1483	2025-02-16	Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596749 PMID:38854073	研究论文	本文研究了静水压力和剪切应力对内皮细胞（EC）响应的综合影响，揭示了压力在调节剪切应力诱导的信号传导中的剂量依赖性作用	开发了体外模型来研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应，并发现压力在调节剪切应力诱导的信号传导中具有剂量依赖性作用	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探讨静水压力和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响	内皮细胞	细胞生物学	血管疾病	RNA测序	体外模型	RNA测序数据	人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育样本
1484	2025-02-16	Interleukin-22 inhibits cardiac fibrosis by regulating fibroblast metabolic reprogramming in myocardial infarction 2024-Apr, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155256 PMID:38492359	研究论文	本研究探讨了Interleukin-22 (IL-22)在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	揭示了IL-22通过抑制有氧糖酵解和激活JNK/PKM2通路来减轻心肌纤维化和成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	研究IL-22在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	心肌梗死患者和小鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
1485	2025-02-14	Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08105-5 PMID:39506125	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜和蛋白质组学分析，研究了免疫检查点抑制剂相关心肌炎（irMyocarditis）患者的心脏、肿瘤和血液中的免疫反应	首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了irMyocarditis患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应特征，并识别了潜在的生物标志物	样本量相对较小，仅包括28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体，可能限制结果的普适性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系	irMyocarditis患者的心脏、肿瘤和血液样本	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、显微镜图像、蛋白质组学数据	28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体
1486	2025-02-14	Reconstruction of gene regulatory networks from single cell transcriptomic data 2024-Dec, Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii IF:0.9Q3 DOI:10.18699/vjgb-24-104 PMID:39944798	综述	本文综述了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据重建基因调控网络（GRNs）的方法和程序	本文特别关注了利用其他组学数据（主要是转录因子结合位点和开放染色质图谱）来提高单细胞转录组数据重建GRN的准确性	单细胞组学数据的技术和生物学特性需要特定的GRN推断方法	理解和研究细胞在发育过程中及响应各种内外刺激时使用的机制	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1487	2025-02-14	Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block 2024-Nov-28, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-024-10159-x PMID:39609308	研究论文	本研究揭示了冠状动脉心脏病（CHD）与认知障碍之间的分子联系，并评估了星状神经节阻滞（SGB）的治疗潜力	首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出FKBP5和DDIT3这两个关键衰老相关基因在CHD和认知障碍中的上调作用，并展示了SGB通过自主神经调节对这些基因相关通路的调控作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	阐明关键衰老相关基因在CHD和认知障碍病理生理学中的作用，并评估SGB的治疗潜力	冠状动脉心脏病（CHD）和认知障碍	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠模型
1488	2025-02-14	New dimension in viral hepatitis research 2024-Sep, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100136 PMID:39944365	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间转录组学在慢性乙型肝炎研究中的应用，旨在提高对肝脏免疫反应和乙型肝炎病毒感染细胞分布的理解	使用GeoMx nanostring数字空间分析技术，针对特定组织区域进行基因表达分析，揭示了与免疫特征和病毒负担相关的空间转录组特征	样本量较小，组织处理、数据分析和成本方面的挑战仍需解决	实现乙型肝炎的功能性治愈	三名患者的肝组织（一名HBV单感染、一名HBV/HDV共感染和一名HBV/HIV共感染）	数字病理学	乙型肝炎	单细胞测序、空间转录组学、GeoMx nanostring数字空间分析技术	NA	基因表达数据	三名患者的肝组织
1489	2025-02-14	[Analysis of the types and functions of CD34+ cells in full-thickness skin defect wounds of normal mice and diabetic mice by single-cell RNA sequencing] 2024-Mar-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20231130-00217 PMID:38548393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析正常小鼠和糖尿病小鼠全层皮肤缺损伤口中CD34+细胞的类型和功能	首次使用单细胞RNA测序技术对正常和糖尿病小鼠全层皮肤缺损伤口中的CD34+细胞进行详细分类和功能分析	样本量较小，仅包括6只糖尿病模型小鼠和6只正常小鼠	研究CD34+细胞在正常和糖尿病小鼠皮肤伤口愈合过程中的类型和功能	正常小鼠和糖尿病小鼠的全层皮肤缺损伤口中的CD34+细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	Seurat 4.0.2	RNA测序数据	12只雄性CD34细胞谱系追踪小鼠（6只糖尿病模型，6只正常对照）
1490	2025-02-14	RNA-seq analysis reveals prenatal alcohol exposure is associated with placental inflammatory cells and gene expression 2024-Feb-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.147951 PMID:37918548	研究论文	本研究通过RNA-seq分析揭示了产前酒精暴露与胎盘炎症细胞和基因表达的关系	首次在胎盘细胞类型组成和转录组分析中考虑了细胞类型的影响，揭示了产前酒精暴露对胎盘细胞类型比例和炎症基因表达的影响	需要进一步研究以表征这些影响并评估胎盘炎症在胎儿酒精谱系障碍中的潜在功能作用	研究产前酒精暴露对胎盘细胞类型组成和基因表达的影响	35名重度饮酒孕妇和33名对照的胎盘样本	生物信息学	胎儿酒精谱系障碍	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	线性回归模型	RNA-seq数据	68名孕妇的胎盘样本
1491	2025-02-14	The many faces of the megakaryocytes and their biological implications 2024-01-01, Current opinion in hematology IF:3.1Q2 DOI:10.1097/MOH.0000000000000793 PMID:37910197	综述	本文综述了单细胞RNA测序研究揭示的巨核细胞谱系内的转录异质性及其独特亚群的功能和表型可塑性，以及对健康和疾病的影响	揭示了巨核细胞（MKs）的多个亚群及其不同功能，包括血小板生成、生态位支持、免疫和循环细胞，并发现这些细胞在非造血组织中的存在及其增强的免疫相关特性	NA	探讨巨核细胞亚群的功能和表型可塑性及其在健康和疾病中的作用	巨核细胞（MKs）及其亚群	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1492	2025-02-13	Spatial transcriptomic revealed intratumor heterogeneity and cancer stem cell enrichment in colorectal cancer metastasis 2024-Oct-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217181 PMID:39159882	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了结直肠癌（CRC）原发和转移组织中的肿瘤内异质性，并发现转移组织中癌症干细胞（CSCs）的富集	首次应用空间转录组学技术全面分析CRC原发和转移组织的转录组，发现FOXD1作为新的转移性CSCs标志物，并揭示了转移过程中的去分化-分化过程	研究样本量较小，仅包括两对原发和转移组织，可能限制结果的普适性	探索结直肠癌转移的机制，特别是肿瘤内异质性和癌症干细胞的作用	结直肠癌原发组织和匹配的肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	两对原发和转移组织
1493	2025-02-13	Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02380-w PMID:39187683	研究论文	本文提出了一种名为FlowSig的方法，通过图形因果建模和条件独立性，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）或空间转录组学（ST）数据中推断出由通信驱动的细胞间流动	FlowSig方法首次结合图形因果建模和条件独立性，从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动，填补了现有方法论的空白	NA	开发一种能够从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动的方法	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, 空间转录组学	图形因果建模	基因表达数据	新生成的实验性皮质器官样数据和数学建模生成的合成数据
1494	2025-02-13	Endothelial Heterogeneity in the Response to Autophagy Drives Small Vessel Muscularization in Pulmonary Hypertension 2024-Aug-06, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.068726 PMID:38873770	研究论文	本文研究了内皮细胞在缺氧条件下对自噬的不同反应如何导致肺动脉高压中的小血管肌肉化	揭示了自噬激活在肺动脉内皮细胞（PAECs）和微血管内皮细胞（MVECs）中的不同作用，以及这种差异如何导致血管重塑	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨内皮细胞在肺动脉高压中的异质性反应及其对血管重塑的影响	小鼠、大鼠和人类的内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织样本	小鼠、大鼠和人类肺组织样本
1495	2025-02-13	Single-cell RNA sequencing reveals placental response under environmental stress 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50914-9 PMID:39095385	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠胎盘在砷暴露下的反应，揭示了细胞类型特异性基因表达、功能和病理变化	首次在26种胎盘细胞类型中发现Prap1基因显著上调，并揭示了PRAP1在砷暴露下的性别偏向性增加及其在胎盘中的定位	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘的反应可能有所不同	研究环境压力（如砷暴露）对胎盘的影响	小鼠胎盘细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠胎盘细胞
1496	2025-02-13	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive, and early onset prostate cancer using Mendelian Randomisation and tumour spatial transcriptomics 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105168 PMID:38878676	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	结合孟德尔随机化和空间转录组学数据，首次系统性地识别了与前列腺癌风险相关的蛋白质，并验证了其在肿瘤侵袭性中的作用	研究依赖于遗传预测的蛋白质水平，可能无法完全反映实际蛋白质表达情况	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者（总体、侵袭性和早发性）	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	遗传数据、转录组数据	2002种遗传预测的循环蛋白质水平，两个独立的癌症GWAS数据集（欧洲和非洲血统）
1497	2025-02-13	Hofbauer cells and fetal brain microglia share transcriptional profiles and responses to maternal diet-induced obesity 2024-06-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114326 PMID:38848212	研究论文	本研究探讨了母体饮食诱导的肥胖对胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞转录组的影响，并发现它们具有共同的转录程序和反应	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞在母体肥胖条件下的共同转录变化，并提出了霍夫鲍尔细胞作为胎儿大脑小胶质细胞编程的非侵入性生物标志物的潜力	研究主要基于小鼠模型，尽管与人类数据集进行了比较，但仍需进一步验证其在人类中的适用性	探索母体肥胖对胎儿大脑小胶质细胞编程的影响，并寻找非侵入性生物标志物以早期识别易患神经发育障碍的后代	小鼠模型中的胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞	生物医学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型和人类数据集的比较
1498	2025-02-13	Apolipoprotein E controls Dectin-1-dependent development of monocyte-derived alveolar macrophages upon pulmonary β-glucan-induced inflammatory adaptation 2024-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01830-z PMID:38671323	研究论文	本文研究了肺部低度炎症环境下，载脂蛋白E（ApoE）依赖的单核细胞源性肺泡巨噬细胞（ApoECD11b AMs）的发育及其功能	揭示了ApoE信号在单核细胞向ApoECD11b AMs分化中的关键作用，并发现这些细胞在肺部适应性和组织韧性中的重要性	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨肺部巨噬细胞在环境刺激下的功能和发育适应机制	小鼠模型中的单核细胞源性肺泡巨噬细胞	免疫学	肺部疾病	单细胞转录组学、高维成像、流式细胞术	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠模型
1499	2025-02-13	Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues 2024-Apr-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03227-x PMID:38615064	研究论文	本文介绍了小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织的批量、单细胞和核水平转录组数据集	首次对小鼠胎儿和成年卵巢网进行转录组分析，揭示了其在卵巢发育和女性成熟中的潜在作用	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示卵巢网在卵巢发育和女性成熟中的功能	小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织	转录组学	NA	转录组分析	NA	转录组数据	Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠的胎儿和成年卵巢网组织
1500	2025-02-13	Targeting metabolic sensing switch GPR84 on macrophages for cancer immunotherapy 2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03603-3 PMID:38349405	研究论文	本文探讨了通过靶向巨噬细胞上的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的潜力	发现并验证了GPR84作为调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）抗肿瘤表型的重要代谢感应开关，并展示了其激动剂6-OAU在增强抗肿瘤免疫反应中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证GPR84激动剂的效果	探索通过调控巨噬细胞的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的策略	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢感应开关GPR84	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	多个肿瘤模型的小鼠数据