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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1461 | 2026-01-28 |
STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics
2024-Jun-20, ArXiv
PMID:38947920
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研究论文 | 本研究介绍了STimage-1K4M数据集,该数据集通过空间转录组学数据提供子图块图像的基因组特征,以弥补现有医学图像-文本数据集中文本描述不足的缺陷 | STimage-1K4M是首个将病理图像子图块与高维基因表达数据(15,000-30,000维)配对的大规模数据集,提供了前所未有的空间分辨率,支持多模态数据分析的深入研究 | 数据集中仅包含1,149张原始图像,且基因表达数据维度较高,可能对计算资源要求较高,同时未提及数据来源的具体疾病类型或样本多样性 | 旨在通过提供细粒度的图像-基因表达配对数据,推动计算病理学和多模态算法的发展 | 空间转录组学数据中的病理图像及其对应的基因表达信息 | 计算病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像和基因表达数据 | 1,149张图像,分解为4,293,195个子图块-基因表达对 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1462 | 2026-01-27 |
Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review
2024-07-08, ACS biomaterials science & engineering
IF:5.4Q2
DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303
PMID:38934720
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综述 | 本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用,强调了其在心脏生物工程和再生医学中的重要性 | 聚焦于转录组学技术(如bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、单核RNA-seq和空间转录组学)在解析心肌细胞-生物材料相互作用网络中的创新应用,并探讨了纵向研究、通路分析和机器学习等方法的整合潜力 | 存在成本高、细胞尺寸限制、样本差异以及分析流程复杂等挑战 | 旨在通过转录组学方法深入理解心肌细胞与生物材料的相互作用机制,以促进心脏健康相关研究 | 心肌细胞与生物材料的相互作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1463 | 2026-01-24 |
Bulk and single-cell RNA-seq analyses reveal canonical RNA editing associated with microglia homeostasis and its role in sepsis-associated encephalopathy
2024-11-12, Neuroscience
IF:2.9Q2
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研究论文 | 本研究通过分析小鼠大脑的bulk和单细胞RNA-seq数据,揭示了与稳态小胶质细胞相关的典型RNA编辑及其在脓毒症相关脑病中的潜在作用 | 首次将稳态小胶质细胞与RNA编辑联系起来,并探索了其在脓毒症相关脑病中的作用,揭示了不同小胶质细胞亚群间RNA编辑的异质性及其对脂多糖的不同反应 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性有待验证;样本量相对有限(107个样本) | 探索稳态小胶质细胞相关的典型RNA编辑及其在脓毒症相关脑病中的潜在作用 | 小鼠大脑组织和小胶质细胞 | 生物信息学 | 脓毒症相关脑病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 107个小鼠大脑组织和小胶质细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1464 | 2026-01-24 |
Restoring social deficits in IRSp53-deleted mice: chemogenetic inhibition of ventral dentate gyrus Emx1-expressing cells
2024-10-07, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-03104-6
PMID:39375329
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研究论文 | 本研究通过化学遗传学抑制小鼠腹侧齿状回Emx1表达细胞,恢复了IRSp53缺失导致的社会行为缺陷 | 首次确定腹侧齿状回是IRSp53缺失引起社会行为缺陷的关键脑区,并通过化学遗传学方法实现行为恢复 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床验证;机制研究仍待深入 | 探究IRSp53缺失导致社会行为缺陷的神经机制并寻找潜在治疗靶点 | Emx1-Cre;IRSp53 flox/flox基因工程小鼠 | 神经科学 | 精神疾病 | 化学遗传学、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 行为学数据、基因表达数据 | 未明确说明,但涉及实验组和对照组小鼠 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1465 | 2026-01-24 |
Single-cell multiomics analysis reveals cell/tissue-specific associations in bipolar disorder
2024-08-06, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-03044-1
PMID:39107272
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞多组学数据,探讨了双相情感障碍的细胞起源和组织异质性 | 识别了一个名为ADCY1的新型脑细胞簇,并从高分辨率遗传学角度揭示了胶质细胞作为双相情感障碍的主要细胞病理学关联 | 研究样本量有限,特别是单细胞RNA测序数据仅来自胚胎和胎儿脑组织,可能无法完全代表成年患者的情况 | 探究双相情感障碍的细胞起源、组织异质性及其潜在致病机制 | 双相情感障碍患者及对照组的脑组织样本 | 生物信息学 | 双相情感障碍 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 全基因组关联研究, 转录组范围关联研究 | scDRS算法 | 单细胞RNA测序数据, ATAC-seq数据, 批量RNA测序数据, GWAS汇总数据 | 单细胞RNA测序数据(n=8个样本,1,266个细胞),ATAC-seq数据(n=210),批量RNA测序数据(n=314),GWAS汇总数据(n=413,466) | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 批量RNA-seq, GWAS | NA | NA |
| 1466 | 2026-01-24 |
Single-cell insights into mouse testicular toxicity under peripubertal exposure to di(2-ethylhexyl) phthalate
2024-08-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfae064
PMID:38730545
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研究论文 | 本研究首次通过单细胞转录组学揭示了青春期小鼠睾丸在邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯暴露下的毒性机制 | 首次提供了青春期小鼠睾丸在DEHP暴露下的单细胞转录组图谱,明确了支持细胞和间质细胞是DEHP的关键靶点 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本;实验周期限于青春期暴露,长期效应未评估 | 探究DEHP在青春期暴露下对睾丸毒性的具体细胞靶点和分化过程影响 | 青春期雄性小鼠睾丸组织 | 单细胞转录组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16只3周龄雄性小鼠(对照组和DEHP暴露组各8只) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1467 | 2026-01-24 |
Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood
2024-06-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfae047
PMID:38648751
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了生命早期暴露于阻燃剂BDE-99会重编程肠道-肝脏轴,导致雄性小鼠在成年后期出现促炎症代谢特征 | 首次结合单细胞转录组测序(scRNA-seq)和无菌(GF)小鼠模型,阐明了生命早期BDE-99暴露如何通过改变肠道微生物组,持久地重编程肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯,从而促进成年后期的促炎症状态 | 研究仅针对雄性C57BL/6小鼠,未探讨性别差异;暴露时间窗口(出生后2-4天)和剂量(57 mg/kg)可能无法完全模拟人类真实暴露场景;机制关联性部分基于预测和相关性分析 | 探究生命早期暴露于环境污染物BDE-99对肠道-肝脏轴的长期影响,特别是其对肝脏免疫代谢稳态和肠道微生物组的重编程作用 | 雄性C57BL/6小鼠(包括常规饲养和无菌小鼠),重点关注其肝脏细胞(如肝细胞、中性粒细胞)和肠道组织 | 单细胞组学 | 代谢与炎症相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),微生物移植 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 雄性C57BL/6小鼠(具体数量未明确说明),包括BDE-99暴露组和玉米油对照组,并在15月龄进行分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1468 | 2026-01-24 |
Single-cell transcriptome analysis reveals keratinocyte subpopulations contributing to psoriasis in corneum and granular layer
2024-Feb, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI)
IF:2.0Q3
DOI:10.1111/srt.13572
PMID:38279596
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了与银屑病相关的角质形成细胞亚群及其分子机制 | 首次在单细胞水平上系统鉴定了银屑病皮肤角质层和颗粒层中特定的角质形成细胞功能亚群,并阐明了它们参与的关键信号通路 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;样本量相对有限;未进行体内功能实验验证 | 探究银屑病发病机制中角质形成细胞的具体功能亚群及其分子特征 | 正常和银屑病皮肤组织 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1469 | 2026-01-23 |
Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling
2024-Dec-30, Periodontology 2000
IF:17.5Q1
DOI:10.1111/prd.12619
PMID:39740162
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综述 | 本文综述了炎症和机械力诱导的骨重塑过程,重点关注牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞作用 | 利用单细胞RNA测序技术的新进展,深入探讨了不同细胞类型在炎症和机械力驱动的骨重塑中的作用和相互作用,并分析了这两种条件(慢性炎症与急性瞬时炎症)的联合效应 | NA | 探讨炎症和机械力在骨重塑中的作用机制,特别是在牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞和分子基础 | 宿主免疫细胞(角质形成细胞、白细胞、基质细胞、骨细胞、成骨细胞、破骨细胞)及其在骨重塑中的功能 | NA | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1470 | 2026-01-23 |
Neuron-glia crosstalk and inflammatory mediators in migraine pathophysiology
2024-11-12, Neuroscience
IF:2.9Q2
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综述 | 本文综述了偏头痛病理生理学中神经胶质细胞相互作用和炎症介质的作用机制 | 整合了细胞和分子层面的神经炎症机制,并强调了如PBR28靶向成像和单细胞测序等新技术在理解偏头痛神经炎症中的突破性应用 | 作为一篇综述文章,未进行原始研究,主要基于现有文献总结,可能未涵盖所有最新进展 | 概述偏头痛中神经炎症的机制,并探讨其治疗靶点 | 偏头痛的神经炎症过程,涉及中枢和外周神经系统的胶质细胞及炎症介质 | 神经科学 | 偏头痛 | 单细胞测序,靶向成像 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1471 | 2026-01-23 |
Bacterial phenotypic heterogeneity through the lens of single-cell RNA sequencing
2024 Feb-Apr, Transcription
DOI:10.1080/21541264.2024.2334110
PMID:38532542
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在研究细菌表型异质性方面的应用与前景 | 将单细胞转录组学技术应用于微生物群体,为研究细胞分化和细菌生态学提供了新的视角 | 作为一篇综述文章,未涉及具体实验数据或方法验证 | 探讨细菌转录异质性及其在微生物系统中的作用 | 细菌群体及其转录异质性 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1472 | 2026-01-22 |
Matrine induces V-ATPase-dependent cytoplasmic vacuolation and inhibits the function of the lysosome in leukemia cells
2024-Dec, Pharmaceutical science advances
DOI:10.1016/j.pscia.2023.100013
PMID:41550167
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研究论文 | 本文研究了苦参碱通过诱导V-ATPase依赖性细胞质空泡化并抑制溶酶体功能来抑制白血病细胞增殖的新分子机制 | 揭示了苦参碱通过质子化激活V-ATPase导致溶酶体功能抑制和空泡形成的新机制 | NA | 探究苦参碱抑制白血病细胞增殖的分子机制 | 白血病细胞 | NA | 白血病 | 单细胞RNA测序, 透射电子显微镜, 荧光显微镜, 蛋白质印迹, 流式细胞术 | NA | RNA-seq数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1473 | 2026-01-22 |
Schizophrenia endothelial cells exhibit higher permeability and altered angiogenesis patterns in patient-derived organoids
2024-01-23, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-02740-2
PMID:38263175
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研究论文 | 本研究利用精神分裂症患者来源的iPSCs生成3D脑类器官,通过单细胞RNA测序发现其内皮细胞比例增加,并揭示了基因表达、血管结构和通透性的异常变化 | 首次在患者来源的脑类器官模型中系统揭示了精神分裂症内皮细胞的高通透性和血管生成模式改变,为疾病病因提供了新视角 | 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内复杂环境;样本量相对有限(23名供体) | 探究精神分裂症中内皮/血管功能障碍对疾病发展的贡献 | 精神分裂症患者和健康对照者来源的诱导多能干细胞生成的3D脑类器官 | 数字病理学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、显微图像数据 | 23名供体(患者与健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1474 | 2026-01-21 |
Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells
2024-10, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2024.102104
PMID:39128812
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了常温体外肝脏灌注对肝脏驻留记忆T细胞的影响,并评估了抗炎细胞因子在减少T细胞激活中的作用 | 首次在大鼠肝脏中创建了肝脏驻留记忆T细胞的图谱,并在单细胞基因表达水平上展示了常温体外肝脏灌注对T细胞的影响 | 研究仅基于大鼠模型,未涉及人类样本,且样本规模有限,可能影响结果的普适性 | 研究常温体外肝脏灌注对肝脏驻留记忆T细胞表型的影响,并评估抗炎细胞因子在灌注过程中的保护作用 | 大鼠肝脏及其中的组织驻留记忆T细胞 | 单细胞测序 | 肝脏移植相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大鼠肝脏样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1475 | 2026-01-21 |
The Transcriptional Landscape of Pericytes in Acute Ischemic Stroke
2024-08, Translational stroke research
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s12975-023-01169-x
PMID:37378751
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,在小鼠永久性大脑中动脉闭塞模型中,探究了缺血性卒中后1、12和24小时周细胞转录组特征的时间差异 | 首次在急性缺血性卒中模型中,通过单细胞RNA测序揭示了周细胞在卒中后特定时间点(12和24小时)出现一个独特的亚群,该亚群以细胞因子信号和免疫反应相关基因上调为特征 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人体中得到验证;且仅关注了急性期(24小时内)的变化,未涉及更长期的转录组动态 | 探究急性缺血性卒中后周细胞的转录组变化,以寻找潜在的治疗靶点 | 小鼠模型中的周细胞 | 单细胞转录组学 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠永久性大脑中动脉闭塞模型在卒中后1、12和24小时的时间点样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1476 | 2026-01-21 |
Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.15.599167
PMID:38915676
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研究论文 | 本研究通过批量与空间RNA测序分析人类胫神经和腓肠神经,揭示了糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞转录组变化 | 首次结合批量与空间转录组学分析人类周围神经,发现感觉轴突mRNA运输在神经退行中的潜在作用 | 样本主要来自糖尿病患者截肢手术,可能无法完全代表早期或轻度病变 | 深入探究糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞变化 | 人类胫神经和腓肠神经 | 数字病理学 | 糖尿病周围神经病变 | 批量RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 来自下肢截肢手术的胫神经和腓肠神经样本,主要来自糖尿病患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1477 | 2026-01-21 |
SLC45A3 Serves as a Potential Therapeutic Biomarker to Attenuate White Matter Injury After Intracerebral Hemorrhage
2024-06, Translational stroke research
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s12975-023-01145-5
PMID:36913120
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和动物实验,发现SLC45A3基因在脑出血后白质损伤中作为潜在治疗生物标志物,其过表达可减轻脑损伤 | 首次结合加权基因共表达网络分析、差异表达基因筛选及单细胞RNA-seq技术,系统鉴定SLC45A3在脑出血后白质损伤中的关键作用,并验证其治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,尚未在人类临床样本中进行验证,且具体分子机制需进一步探索 | 探究脑出血后白质损伤的分子机制,并寻找潜在治疗靶点 | 脑出血小鼠模型(自体血或胶原酶诱导)及公共基因表达数据集(GSE24265、GSE125512、GSE167593) | 生物信息学与神经科学 | 脑血管疾病(脑出血) | 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、差异表达基因分析、单细胞RNA-seq、扩散张量成像(DTI)、基础医学实验 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、影像数据 | 两个公共数据集(GSE24265和GSE125512)及一个单细胞RNA-seq数据集(GSE167593),具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1478 | 2026-01-16 |
Computational methods for allele-specific expression in single cells
2024-11, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.07.003
PMID:39127549
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综述 | 本文综述了单细胞等位基因特异性表达(ASE)数据的计算处理方法,包括从原始读取到统计分析的完整流程 | 系统总结了单细胞ASE分析的计算方法,并强调了集成优化生物信息学流程和统计方法进一步发展的需求 | 作为综述文章,未提出新的实验数据或算法,主要基于现有文献进行归纳 | 综述单细胞等位基因特异性表达的计算分析方法及其在生物学问题中的应用 | 单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1479 | 2026-01-16 |
Unveiling contact-mediated cellular crosstalk
2024-10, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.05.010
PMID:38906738
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综述 | 本文探讨了细胞间相互作用在复杂生物功能中的作用,并综述了单细胞测序、空间转录组学等前沿技术如何革新我们对细胞间通讯的理解 | 整合了单细胞测序、空间转录组学与生物工程工具,提供了分析细胞接触介导基因表达变化的新视角 | 作为综述文章,未涉及具体实验数据或方法验证 | 解析细胞间接触如何调控细胞反应网络 | 多细胞生物中的细胞间相互作用 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1480 | 2026-01-16 |
APOE ε4-associated downregulation of the IL-7/IL-7R pathway in effector memory T cells: Implications for Alzheimer's disease
2024-09, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.14173
PMID:39129310
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研究论文 | 本研究探讨了APOE ε4等位基因通过下调IL-7/IL-7R通路影响效应记忆T细胞,从而加剧阿尔茨海默病中海马萎缩的机制 | 首次揭示了APOE ε4等位基因与IL-7/IL-7R通路下调在效应记忆T细胞中的关联,并建立了血浆IL-7水平与海马萎缩程度的负相关关系 | 样本量较小(仅54名患者),且为横断面研究,无法确定因果关系 | 探究APOE ε4等位基因影响外周炎症和神经炎症的潜在机制 | 晚发性阿尔茨海默病患者(包括APOE ε4携带者和非携带者) | 单细胞组学 | 阿尔茨海默病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | 54名患者(28名APOE ε4携带者,26名非携带者) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |