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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1441 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the gene expression profile and cellular communication in human fetal heart development
2024-10, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.004
PMID:38876166
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类胎儿心脏发育过程中的基因表达谱和细胞通讯 | 首次在人类胎儿心脏发育的四个时间点(GW8、GW10、GW11、GW17)系统描绘单细胞基因表达图谱,并发现关键信号通路随发育时间的动态变化 | 仅分析了四个发育时间点,样本时间跨度有限;未验证功能机制 | 解析人类胎儿心脏发育过程中的细胞分化和细胞通讯机制 | 人类胎儿心脏组织 | 单细胞组学 | 心脏发育 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4个时间点(GW8、GW10、GW11、GW17)的胎儿心脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1442 | 2025-10-06 |
Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis
2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.23.590827
PMID:38712255
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研究论文 | 提出一种基于图神经网络的空间微环境连续变化分析方法ONTraC | 首次开发基于图神经网络的生态位轨迹构建方法,能够系统表征组织微环境的空间连续变化 | NA | 分析组织微环境的空间连续变化特征 | 组织微环境、胚胎发育过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络(GNN) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1443 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the dysfunctional characteristics of PBMCs in patients with type 2 diabetes mellitus
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1501660
PMID:39916961
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析2型糖尿病患者外周血单个核细胞的转录组特征 | 首次在单细胞水平揭示2型糖尿病患者PBMCs的转录组图谱,发现T细胞和单核细胞中的差异表达基因及关键信号通路 | 样本量较小(仅3名健康参与者和3名T2DM患者),需要更大规模研究验证 | 探索2型糖尿病患者外周血免疫细胞的功能特征和分子机制 | 2型糖尿病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序,Ficoll密度梯度离心 | NA | 单细胞转录组数据 | 6名参与者(3名健康对照,3名T2DM患者) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1444 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing highlights the influence of innate and adaptive immune response mechanisms in psoriatic arthritis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1490051
PMID:40084238
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者的免疫细胞基因表达特征 | 首次在单细胞水平比较有无皮肤银屑病的银屑病关节炎患者的免疫反应差异 | 未发现PsA-only和PsA/PsC患者间的差异表达基因,样本量相对有限 | 探索银屑病关节炎临床表型与免疫发病机制之间的关联 | 70名银屑病关节炎患者和10名健康对照的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序 | 差异表达分析,基因集富集分析 | 单细胞转录组数据 | 80个样本(70名患者+10名健康对照) | BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | BD Rhapsody | BD Rhapsody Single-Cell Analysis System |
| 1445 | 2025-10-06 |
The relationship between Sjögren's syndrome and recurrent pregnancy loss: a bioinformatics analysis
2024-12, Reproductive biomedicine online
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104363
PMID:39299134
|
研究论文 | 通过生物信息学分析揭示干燥综合征与复发性流产之间的基因关联 | 首次发现干燥综合征与复发性流产共享KCNN3枢纽基因及相关生物学通路 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 探索干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性 | 干燥综合征和复发性流产的基因表达数据 | 生物信息学 | 自身免疫疾病与生殖疾病 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), limma分析, 单细胞RNA测序 | ceRNA网络 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的干燥综合征和复发性流产样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1446 | 2025-10-06 |
Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.20.619319
PMID:39484437
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药的机制 | 首次在单细胞水平揭示AR低表达细胞亚群是恩杂鲁胺耐药的前体细胞 | 研究基于LNCaP细胞系,需要在更多模型和临床样本中验证 | 探索前列腺癌恩杂鲁胺耐药机制并寻找潜在治疗策略 | LNCaP前列腺癌细胞系 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | LNCaP细胞系单细胞群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1447 | 2025-10-06 |
SUV39H1 Preserves Cancer Stem Cell Chromatin State and Properties in Glioblastoma
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.15.607856
PMID:39229036
|
研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持和肿瘤进展中的关键作用 | 首次证明SUV39H1通过调控染色质可及性和干细胞特性在胶质母细胞瘤干细胞维持中发挥关键作用 | 研究主要基于患者来源的肿瘤干细胞和异种移植模型,临床转化仍需进一步验证 | 探索胶质母细胞瘤干细胞维持的分子机制并寻找新的治疗靶点 | 胶质母细胞瘤干细胞和肿瘤组织 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, RNA测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 患者来源的胶质母细胞瘤样本和正常脑组织 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1448 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional analysis of irradiated skin reveals changes in fibroblast subpopulations and variability in caveolin expression
2024-Jun-26, Radiation oncology (London, England)
DOI:10.1186/s13014-024-02472-z
PMID:38926892
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了辐射后皮肤中成纤维细胞亚群的变化和小窝蛋白表达变异 | 首次在辐射诱导纤维化中识别出成纤维细胞亚群的转录特征差异,并发现Cav1和Cav2的拮抗表达模式 | 样本量较小(仅6例患者),且仅针对女性乳腺癌患者 | 探索辐射诱导皮肤纤维化的细胞机制 | 接受放射治疗的乳腺癌患者的配对辐照和非辐照皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤纤维化 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,生物力学测试 | Seurat聚类分析,SingleR分类器 | 单细胞转录组数据,组织学图像,生物力学数据 | 6例女性患者的配对皮肤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞平台 |
| 1449 | 2025-10-06 |
Immunomodulatory Role of the Stem Cell Circadian Clock in Muscle Repair
2024-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.24.595728
PMID:38854114
|
研究论文 | 本研究揭示了肌肉干细胞生物钟通过调控NAD+代谢节律影响免疫微环境的时间依赖性机制 | 首次发现肌肉干细胞生物钟通过NAD+代谢节律调控中性粒细胞活化的时间依赖性免疫反应 | 未明确说明样本规模和实验模型的具体细节 | 探究生物钟调控肌肉干细胞与免疫微环境互作的分子机制 | 肌肉干细胞和再生肌肉微环境中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 肌肉再生障碍 | 单核单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1450 | 2025-10-06 |
scRNA-seq analysis of cells comprising the amphioxus notochord
2024-04, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.003
PMID:38224933
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析文昌鱼脊索细胞的组成和功能特性 | 首次在单细胞水平揭示文昌鱼脊索细胞的基因表达特征,发现脊索特异性肌原纤维基因和不同类型Müller细胞的功能分化 | 未涉及其他脊索动物物种的比较分析,样本来源相对单一 | 解析脊索细胞的组成特性和功能分化 | 文昌鱼脊索细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, Iso-seq分析, 原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1451 | 2025-10-06 |
Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury
2024-04, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011
PMID:38286185
|
研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞在斑马鱼心脏损伤后通过激活FGF和MAPK/ERK信号通路促进心外膜再生反应的新机制 | 首次发现中性粒细胞作为早期响应细胞通过分泌hbegfa配体协同FGF和MAPK/ERK信号通路激活心外膜细胞增殖和扩张 | 研究仅限于斑马鱼模型,未在哺乳动物系统中验证 | 探究中性粒细胞在斑马鱼心脏再生早期事件中的功能和作用机制 | 斑马鱼心脏损伤模型中的中性粒细胞和心外膜细胞 | 发育生物学 | 心脏损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1天心脏损伤后的中性粒细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1452 | 2025-10-06 |
Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone
2024-Aug-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1
PMID:39149484
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现载脂蛋白E是生长板静息区软骨细胞的新型标志物 | 首次发现载脂蛋白E可作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标志物 | 研究未详细探讨载脂蛋白E在静息区软骨细胞中的具体功能机制 | 寻找生长板静息区软骨细胞的可靠分子标志物 | 小鼠和人类生长板静息区软骨细胞 | 单细胞生物学 | 骨骼发育疾病 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 基因敲入技术 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1453 | 2025-10-06 |
Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles
2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.19.563173
PMID:37905060
|
研究论文 | 开发了用于跨物种单细胞转录组数据插补和比较的神经网络框架Icebear | 首次实现了跨物种单细胞基因表达谱的准确预测,并揭示了哺乳动物X染色体上调的进化适应性 | 未明确说明样本规模和具体数据集限制 | 开发跨物种单细胞转录组比较和预测方法 | 真兽类哺乳动物和鸡的单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1454 | 2025-10-06 |
Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes
2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.29.596006
PMID:38854132
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据对旋口虫属纤毛虫进行系统发育分析和物种界定 | 首次在旋口虫属中应用单细胞转录组测序技术,通过265个蛋白质编码基因进行系统基因组分析,揭示了该属中至少存在9个隐存种 | 样本仅来自韩国和美国地区,可能无法完全代表该属的全球多样性 | 阐明旋口虫属纤毛虫的系统发育关系和物种边界 | 旋口虫属纤毛虫的25个物种群体(代表6个形态种) | 系统发育基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 多物种溯祖模型 | 转录组数据 | 25个物种群体,37个种群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1455 | 2025-10-06 |
Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma
2024-May-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.03.029
PMID:38653236
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学、空间蛋白质组学和计算方法,揭示胶质母细胞瘤的多层次组织结构 | 首次结合多种空间组学技术系统揭示胶质瘤细胞状态的三类组织模式,发现缺氧作为长程组织者的新功能 | 未明确说明样本规模和技术平台的详细参数 | 解析胶质瘤细胞状态的组织结构和空间分布规律 | 胶质瘤组织样本,包括高级别和低级别IDH突变胶质瘤 | 空间生物学 | 胶质瘤 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 计算分析 | NA | 空间转录组数据, 空间蛋白组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1456 | 2025-10-06 |
A new dawn for the study of cell type evolution
2024-May-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200884
PMID:38722217
|
综述 | 探讨细胞类型进化研究的新机遇与方法学挑战 | 强调结合基因编辑工具和单细胞基因组学技术研究细胞类型进化,提出通过发育本体论准确识别同源细胞的新视角 | 未涉及具体实验验证,主要提出理论框架和研究方向 | 解析细胞类型进化机制及其在动物演化中的作用 | 多种研究生物体的细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学,基因编辑 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1457 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma
2024-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24048
PMID:38133212
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌肿瘤内异质性并建立预后模型 | 首次在单细胞水平系统解析肺腺癌肿瘤内异质性,发现B细胞显著招募现象,建立跨队列验证的预后模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索肺腺癌肿瘤内异质性及其临床意义 | 肺腺癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 单细胞转录组数据 | TCGA-LUAD(n=503), GSE68465(n=442), GSE72094(n=398), GSE26939(n=115) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1458 | 2025-05-10 |
Multivariate stochastic modeling for transcriptional dynamics with cell-specific latent time using SDEvelo
2024-12-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55146-5
PMID:39738101
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SDEvelo的生成方法,通过多元随机微分方程(SDE)建模未剪接和剪接RNA的动态,以推断RNA速度 | SDEvelo首次通过多元随机微分方程建模RNA速度,显式地模拟转录动态中的固有不确定性,并估计跨基因的细胞特异性潜在时间 | 未提及具体局限性 | 改进单细胞RNA测序(scRNA-seq)研究中的动态建模方法,以更准确地重建和预测细胞分化和状态转换的定向轨迹 | 未剪接和剪接RNA的动态 | 生物信息学 | 癌症 | scRNA-seq, 空间转录组学 | SDE | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 | 模拟数据和四个scRNA-seq及空间转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1459 | 2025-10-07 |
Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED
2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.01.605536
PMID:39149356
|
研究论文 | 开发了一种名为sciRED的可解释单细胞因子分解方法,用于改进单细胞RNA测序数据的分析 | 通过去除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子分解模型 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1460 | 2025-10-07 |
Lamination-based organoid spatially resolved transcriptomics technique for primary lung and liver organoid characterization
2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2408939121
PMID:39514315
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于层压的类器官空间转录组技术,用于表征原代肺和肝脏类器官 | 开发了新型层压式类器官空间转录组技术,解决了传统切片方法不适用于原代组织来源类器官的技术难题 | 技术尚未在其他类型类器官中验证,且依赖于自制层压设备 | 开发适用于原代组织来源类器官的空间转录组表征方法 | 原代小鼠肺和肝脏来源的类器官 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,液滴工程方法,免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | 小鼠肺和肝脏类器官 | NA | 空间转录组学 | 自制层压设备 | 基于重量压缩的自制层压装置,液滴工程方法制备类器官 |