单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1441	2025-02-26	Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07493-y PMID:38987604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，构建了人类大脑血管系统的分子图谱，涵盖了发育期、成年期及疾病状态	首次大规模单细胞RNA测序分析人类大脑血管系统，揭示了健康与疾病状态下血管的分子异质性及细胞间相互作用	样本来源主要为胎儿和成年患者，可能无法完全代表所有年龄段或疾病类型	研究人类大脑血管系统的细胞和分子结构，特别是在发育、成年及疾病状态下的变化	606,380个新鲜分离的内皮细胞、血管周围细胞及其他组织来源细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本	单细胞测序	脑肿瘤、脑血管畸形	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	606,380个细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本
1442	2025-02-26	Pulmonary osteoclast-like cells in silica induced pulmonary fibrosis 2024-Jul-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4913 PMID:38985878	研究论文	本文探讨了硅尘诱导的肺纤维化的机制，通过人类肺样本和硅肺病小鼠模型进行研究	发现了硅尘诱导肺泡巨噬细胞和单核细胞向破骨细胞样分化的新机制，并提出了抗RANKL单克隆抗体治疗的新策略	研究主要依赖于动物模型和有限的临床样本，需要进一步验证在更大规模的人类研究中的效果	研究硅尘诱导的肺纤维化的病理生理机制，并探索潜在的治疗方法	人类肺样本和硅肺病小鼠模型	病理生理学	硅肺病	全肺单细胞RNA测序、组织学、生化和生理评估	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据、生化数据、生理数据	人类肺样本和硅肺病小鼠模型
1443	2025-02-26	SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918 PMID:38537539	研究论文	本研究探讨了SFXN1在肺腺癌（LUAD）中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了SFXN1在LUAD中的上调及其与不良预后的关联，并发现SFXN1通过抑制NK和细胞毒性T细胞的浸润促进肿瘤进展	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨SFXN1在LUAD中的功能及其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌（LUAD）	肿瘤学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化	NA	RNA-seq数据、scRNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
1444	2025-02-26	Integrated scRNAseq analyses of mouse cochlear supporting cells reveal the involvement of Ezh2 in hair cell regeneration 2024-Jan-28, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-023-09173-y PMID:38281217	研究论文	本文通过整合小鼠耳蜗支持细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了Ezh2在毛细胞再生中的潜在作用	首次通过整合多个公共单细胞RNA测序数据集，揭示了Ezh2在小鼠耳蜗毛细胞再生中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索小鼠耳蜗毛细胞再生的分子基础	小鼠耳蜗支持细胞	生物信息学	听力损失	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	多个公共数据集，涵盖E14到P33阶段的小鼠耳蜗样本
1445	2025-02-25	Ectopic expression of NKG7 enhances CAR-T function and improves the therapeutic efficacy in liquid and solid tumors 2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107506 PMID:39551173	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据探索了肿瘤浸润T细胞的特征，发现NKG7的异位表达能显著增强CAR-T细胞的功能，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果	利用临床肿瘤样本的单细胞测序数据寻找增强CAR-T细胞功能的策略，并首次发现NKG7的异位表达能显著提高CAR-T细胞的治疗效果	缺乏治疗后的活检数据，尤其是在实体肿瘤中，限制了CAR-T细胞体内特性的理解	探索增强CAR-T细胞功能的策略，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果	消化系统癌症的肿瘤浸润T细胞（TILs）	生物医学	消化系统癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CAR-T细胞模型	RNA测序数据	19个临床样本
1446	2025-02-25	Gas6-Axl signal promotes indoor VOCs exposure-induced pulmonary fibrosis via pulmonary microvascular endothelial cells-fibroblasts cross-talk 2024-08-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.134786 PMID:38824778	研究论文	本研究探讨了室内挥发性有机化合物（VOCs）暴露通过肺微血管内皮细胞与成纤维细胞的相互作用促进肺纤维化的机制	揭示了VOCs暴露通过Gas6-Axl信号通路激活成纤维细胞的新机制，并发现Atf3基因在调控PANoptosis表型中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人体内的机制仍需进一步验证	阐明VOCs暴露诱导肺纤维化的潜在分子机制	小鼠模型及肺微血管内皮细胞与成纤维细胞	生物医学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1447	2025-02-23	Failure of metabolic checkpoint control during late-stage granulopoiesis drives neutropenia in reticular dysgenesis 2024-Dec-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024123 PMID:39378586	研究论文	本文研究了由于线粒体腺苷酸激酶2（AK2）功能丧失导致的严重免疫缺陷综合征——网状发育不全，探讨了代谢检查点在造血过程中的作用	通过结合单细胞转录组学分析和CRISPR模型，揭示了AK2缺陷在造血系统中的影响，特别是在晚期粒细胞生成过程中代谢检查点的失效机制	研究主要基于患者样本和体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨AK2缺陷对造血系统的影响及代谢检查点在维持代谢稳态中的作用	网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞	细胞生物学	免疫缺陷综合征	单细胞转录组学、CRISPR	CRISPR模型	基因表达数据	网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞
1448	2025-02-23	Genetic inference and single cell expression analysis of potential targets in heart failure and breast cancer 2024-Oct-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06010-y PMID:39460820	研究论文	本研究通过结合遗传推断和单细胞表达分析，探索心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并利用孟德尔随机化方法评估这些靶点的因果关系	结合遗传推断和单细胞表达分析，揭示心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并通过实验验证ITM2B基因在乳腺癌中的作用	研究主要依赖于GWAS数据和单细胞RNA测序技术，可能存在样本选择偏差和技术局限性	探索心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并评估这些靶点的因果关系	心力衰竭和乳腺癌的遗传变异及其表达模式	基因组学	心力衰竭, 乳腺癌	GWAS, 单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	基因组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
1449	2025-02-23	Hydrogel biomaterials that stiffen and soften on demand reveal that skeletal muscle stem cells harbor a mechanical memory 2024-Aug-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406787121 PMID:39163337	研究论文	本文研究了骨骼肌干细胞（MuSCs）对微环境硬度的记忆效应及其对细胞功能的影响	使用动态水凝胶生物材料，能够在光照下软化和硬化，揭示了MuSCs对基质硬度的持久记忆效应及其分子机制	研究主要基于体外实验，未完全验证在体内环境中的适用性	探讨MuSCs是否具有对过去微环境的记忆，以及这种记忆是否可以被克服	骨骼肌干细胞（MuSCs）	生物材料	杜氏肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
1450	2025-02-23	Astrocytes Modulate a Specific Paraventricular Thalamus→Prefrontal Cortex Projection to Enhance Consciousness Recovery from Anesthesia 2024-Aug-21, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1808-23.2024 PMID:38926088	研究论文	本研究通过动物模型和电生理记录，揭示了星形胶质细胞在促进从七氟醚麻醉中恢复意识中的作用	发现了特定的PVT→前额叶皮层投射在意识恢复中的作用，并揭示了七氟醚通过抑制PVT星形胶质细胞Kir4.1电导来调节这一过程	研究主要基于雄性小鼠模型，未涉及其他性别或物种	探索星形胶质细胞在麻醉恢复中的具体调节机制	雄性小鼠的星形胶质细胞和谷氨酸能神经元	神经科学	麻醉恢复	单细胞RNA测序、电生理记录	NA	电生理数据、RNA测序数据	雄性小鼠
1451	2025-02-23	Trem2 Agonist Reprograms Foamy Macrophages to Promote Atherosclerotic Plaque Stability-Brief Report 2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320797 PMID:38695172	研究论文	本文研究了Trem2激动剂AL002a对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响，发现其通过促进泡沫巨噬细胞的存活和增殖，改善斑块稳定性	首次展示了Trem2激动剂AL002a通过重编程泡沫巨噬细胞功能，增强胆固醇外流和胶原沉积，从而改善动脉粥样硬化斑块稳定性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探讨Trem2激动剂对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响	动脉粥样硬化易感小鼠（Ldlr-/-）	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	动脉粥样硬化易感小鼠
1452	2025-02-23	Pharmacological suppression of the OTUD4/CD73 proteolytic axis revives antitumor immunity against immune-suppressive breast cancers 2024-Mar-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176390 PMID:38530357	研究论文	本文探讨了通过药理学手段抑制OTUD4/CD73蛋白水解轴，以恢复对免疫抑制性乳腺癌的抗肿瘤免疫反应	发现了OTUD4/CD73蛋白水解轴作为治疗免疫抑制性三阴性乳腺癌的新靶点，并开发了特异性抑制剂ST80	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索针对免疫抑制性乳腺癌的新治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）	肿瘤免疫学	乳腺癌	多组学分析、空间转录组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	临床前TNBC模型
1453	2025-02-22	[Microglia differential genes and their functions in paraquat-induced Parkinson's disease-like in mice's brains based on single-cell RNA sequencing] 2024-Apr-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases DOI:10.3760/cma.j.cn121094-20230524-00184 PMID:38677987	研究论文	本文基于单细胞RNA测序技术，分析了百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及相关信号通路，为阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制提供线索	首次利用单细胞RNA测序技术研究百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及其功能	样本量较小，仅使用了6只小鼠，且仅验证了部分差异基因的表达	阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制	百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中的小胶质细胞亚群	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6只6周龄的C57BL/6雄性小鼠
1454	2025-02-22	Association of HLA-DRB1*15:01 Status with Transcriptomic Pattern of B cells in CSF in Multiple Sclerosis (P7-6.011) 2024-Apr-09, Neurology IF:7.7Q1 DOI:10.1212/WNL.0000000000208131 PMID:39977876	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了多发性硬化症（MS）患者和健康对照者中HLA-DRB1*15:01单倍型状态对脑脊液（CSF）中B细胞基因表达模式的影响	首次在单细胞水平上揭示了HLA-DRB115:01单倍型状态对CSF中B细胞转录组模式的影响，并发现DRB115:01单倍型与特定基因（如SLC26A3和HSP90AA1）的表达变化相关	样本量相对较小（25个CSF样本），且仅关注了B细胞的转录组变化，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HLA-DRB1*15:01单倍型状态对MS患者CSF中B细胞基因表达模式的影响	多发性硬化症患者和健康对照者的脑脊液（CSF）样本	生物信息学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	25个CSF样本，包含1376个B系细胞
1455	2025-02-22	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of M2 macrophages of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18083 PMID:38393307	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中M2巨噬细胞的分子特征	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，系统地分析了HNSC中M2巨噬细胞的分子特征，并提出了M2巨噬细胞相关特征（MRS）模型	研究主要依赖于TCGA数据库的数据，可能受到数据来源和样本量的限制	研究HNSC中M2巨噬细胞的分子特征及其对肿瘤发展和预后的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	Consensus Clustering	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的HNSC患者数据
1456	2025-02-21	SuperSpot: coarse graining spatial transcriptomics data into metaspots 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae734 PMID:39657949	研究论文	本文介绍了一种名为SuperSpot的工作流程，用于将空间转录组学数据中的相邻且转录组相似的斑点聚合成“元斑点”，以减少数据的大小和稀疏性	提出了SuperSpot工作流程，通过图表示和层次聚类方法将空间转录组学数据中的斑点聚合成元斑点，便于分析大规模数据集	未明确提及具体局限性	开发一种方法来简化空间转录组学数据的分析	空间转录组学数据中的斑点	生物信息学	NA	空间转录组学	图表示和层次聚类	空间转录组学数据	数百万个斑点
1457	2025-02-21	FastTENET: an accelerated TENET algorithm based on manycore computing in Python 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae699 PMID:39570606	研究论文	本文提出了一种基于多核计算的加速版TENET算法，称为FastTENET，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	FastTENET通过数组计算优化了TENET算法，使其在多核处理器（如GPU）上加速，性能提升高达973倍	尽管FastTENET显著提升了计算速度，但其性能提升依赖于硬件（如GPU）的支持	解决TENET算法在处理大规模单细胞RNA测序数据时计算时间过长的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	TENET算法	基因表达数据	NA
1458	2025-02-21	Recruitment of homodimeric proneural factors by conserved CAT-CAT E-boxes drives major epigenetic reconfiguration in cortical neurogenesis 2024-Nov-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae950 PMID:39494521	研究论文	本文通过综合分析ChIP-seq、单细胞RNA-seq、ATAC-seq和DNA甲基化数据，揭示了NEUROG2和NEUROD2在神经元分化中间阶段对CAT-CAT E-boxes的结合及其在染色质重塑中的重要作用	首次提出NEUROG2和NEUROD2作为同源二聚体结合CAT-CAT E-boxes，在神经元分化中间阶段发挥最大染色质重塑影响	研究主要基于小鼠皮层发育数据，人类数据未涉及	探究NEUROG2和NEUROD2在不同E-box类型上的协作及其染色质重塑机制	NEUROG2和NEUROD2在发育中的小鼠皮层中的结合位点和染色质状态	表观遗传学	神经精神疾病	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, DNA甲基化测序, HT-SELEX, 结构建模, DNA足迹法	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	发育中的小鼠皮层样本
1459	2025-02-21	Microfluidic Chip-Based Automatic System for Sequencing Patient-Derived Organoids at the Single-Cell Level 2024-10-22, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05111 PMID:39399894	研究论文	本研究介绍了一种基于微流控芯片的自动系统MASSO，用于在单细胞水平上对患者来源的类器官进行测序	MASSO系统通过在单一微流控芯片上执行所有必要步骤，避免了珍贵PDO的损失，并确保了单PDO细胞的全基因组扩增的高质量，自动化操作过程消除了人为错误，提高了数据重复性	NA	解决现有单细胞测序技术在处理临床组织样本来源的PDO时效率低下的问题	患者来源的类器官（PDOs）	数字病理学	肺癌	全基因组测序	NA	基因组数据	NA
1460	2025-02-21	DEPICT-seq: Single-Cell Transcriptomic Analysis of Rare Cell Subsets Isolated via Nucleic Acid Cytometry 2024-10-15, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c03075 PMID:39287475	研究论文	本文介绍了一种名为DEPICT-seq的高通量液滴核酸细胞计数方法，用于分离和分析基于核酸标记的稀有细胞亚群	DEPICT-seq方法结合了批量细胞固定、双乳液数字PCR细胞分选和单细胞分辨率下的全长转录组分析，能够针对感兴趣的核酸标记进行细胞分选和转录组分析	NA	开发一种能够深入分析稀有细胞亚群的方法，以理解组织生理学和病理学	稀有细胞亚群，特别是T细胞受体（TCR）工程化的T细胞	单细胞转录组学	NA	双乳液数字PCR、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA