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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1421 | 2026-02-14 |
Crosstalk between tumor and microenvironment: Insights from spatial transcriptomics
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.009
PMID:39271263
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综述 | 本文综述了肿瘤与微环境之间的相互作用,重点关注空间转录组学技术在解析肿瘤异质性、进化及克隆状态中的应用 | 整合空间转录组学技术视角,系统阐述肿瘤异质性驱动因素及肿瘤-微环境动态互作机制 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献总结 | 探讨肿瘤异质性、进化及克隆状态的驱动因素,并分析肿瘤与微环境的相互作用 | 肿瘤组织及其微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1422 | 2026-02-14 |
Deep learning-based multimodal spatial transcriptomics analysis for cancer
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.08.001
PMID:39271260
|
书本章节 | 本章探讨了深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的整合应用 | 将深度学习与多模态空间转录组学结合,为癌症诊断和治疗提供全面且可操作的见解,代表了肿瘤学向更精准和个性化方向的范式转变 | NA | 推进癌症诊断、治疗规划和精准医学 | 癌症生物学,包括肿瘤异质性、微环境相互作用和治疗反应 | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学,多模态数据分析 | 卷积神经网络 | 多模态数据(包括基因组、蛋白质组、影像和临床数据) | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1423 | 2026-02-14 |
Current computational methods for spatial transcriptomics in cancer biology
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.006
PMID:39271268
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综述 | 本文综述了当前在癌症生物学中用于空间转录组学的计算方法 | NA | NA | 回顾和总结空间转录组学在癌症生物学中的计算分析方法 | 空间转录组学数据及其在癌症研究中的应用 | 计算生物学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1424 | 2026-02-14 |
Data enhancement in the age of spatial biology
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.008
PMID:39271267
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综述 | 本文综述了空间转录组学与其他数据类型(如单细胞转录组学和详细组织染色图像)整合的计算方法,旨在克服当前空间转录组学技术在分辨率或同时分析基因数量方面的限制 | 深入探讨了整合空间转录组学与互补数据源的计算方法,以克服现有技术在分辨率或基因分析数量上的局限,并强调了这些方法在癌症生物学理解中的革命性潜力 | 作为综述文章,未涉及具体实验数据或新算法开发,主要聚焦于现有挑战和解决方案的概述 | 旨在通过整合空间转录组学与其他数据类型,提升对细胞异质性和微环境的理解,特别是在癌症等复杂疾病中 | 空间转录组学数据、单细胞转录组学数据、详细组织染色图像 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞转录组学、组织染色 | NA | 空间转录组学数据、单细胞转录组学数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1425 | 2026-02-13 |
Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation
2024-12-02, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13231991
PMID:39682739
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序全面分析了气液界面培养对人类肺类器官上皮细胞分化的影响 | 利用单细胞RNA测序技术首次系统揭示了气液界面培养如何通过调控特定信号通路促进纤毛细胞分化 | 研究仅基于体外类器官模型,未在体内验证;样本量相对有限 | 识别影响上皮细胞分化的关键因素,以开发体外呼吸模型 | 人类肺类器官中的上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1426 | 2026-02-13 |
Electroacupuncture Slows Experimental Myopia Progression by Improving Retinal Mitochondrial Function: A Study Based on Single-Cell RNA Sequencing
2024-12, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400269
PMID:39404059
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,建立了透镜诱导型近视(LIM)及电针(EA)干预下豚鼠视网膜细胞的完整图谱,并揭示了EA通过改善视网膜线粒体功能来减缓实验性近视进展的潜在机制 | 首次在单细胞水平上建立了LIM和EA干预下豚鼠视网膜的综合图谱,并发现了EA通过上调视锥细胞和Müller胶质细胞中线粒体呼吸链相关基因(如COX3、ND4、ND2)的表达来改善视网膜线粒体功能,从而减缓近视进展 | 研究仅在豚鼠模型中进行,结果是否适用于人类近视尚需进一步验证;研究主要基于基因表达分析,功能验证实验相对有限 | 探索电针(EA)减缓实验性近视进展的潜在分子机制 | 透镜诱导型近视(LIM)的豚鼠模型 | 数字病理学 | 近视 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及LIM和EA处理的豚鼠视网膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1427 | 2026-02-13 |
Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation
2024-12, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400334
PMID:39601528
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研究论文 | 本研究探讨了年龄相关的细胞外基质硬化如何通过TRAIL通路影响肌肉干细胞分化,揭示了其在肌肉再生障碍中的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和体外基质工程,系统解析了年龄和基质硬度对肌肉干细胞分化的协同影响,并发现TRAIL通路在年龄相关纤维化群体中的特异性激活 | 研究主要基于体外模型和动物实验,人类肌肉组织的直接证据尚不充分;BAPN治疗的长期效果和副作用未深入评估 | 阐明年龄相关ECM硬化导致肌肉干细胞功能障碍的分子机制 | 年轻和年老小鼠的肌肉干细胞 | 单细胞组学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老肌肉干细胞在软/硬基质上的四组对比实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1428 | 2026-02-13 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和流式细胞术,验证了骨髓中中央骨髓和骨内膜两个空间区室在炎症扰动下的特异性变化,揭示了I型干扰素反应如何影响间充质基质细胞的炎症表型,从而调节局部单核细胞动态 | 开发了一种可重复识别小鼠骨髓中7个关键中央骨髓和骨内膜群体的组合方法,并首次系统展示了不同扰动对骨髓区室的特异性影响,特别是I型干扰素反应在炎症中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类骨髓区室的直接应用尚未验证;方法可能受技术限制,如单细胞测序的覆盖深度和流式细胞术的标记特异性 | 探究骨髓空间区室化在炎症和肿瘤响应中的重要性,开发分子和功能表征方法 | 小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞(HSPC)以及基质细胞,特别是中央骨髓和骨内膜区室 | 单细胞组学 | 炎症相关疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 跨多个小鼠品系的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1429 | 2026-02-13 |
Activation of cGAS/STING Drives Inflammation and Cellular Senescence of Macrophages in Ovarian Endometrioma Induced by Endometriotic Cyst Fluid
2024-09, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202300711
PMID:38864247
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研究论文 | 本研究探讨了卵巢子宫内膜异位囊肿液通过激活cGAS/STING通路驱动巨噬细胞炎症和细胞衰老的机制,并验证了STING抑制剂H-151的治疗潜力 | 首次整合临床样本、单细胞测序及体内外模型,揭示OE液通过cGAS/STING通路导致卵巢功能下降的具体机制,并发现STING抑制剂H-151能有效缓解相关病理变化 | 未明确说明样本量大小或具体实验模型细节,机制研究可能仍需进一步验证 | 探究卵巢子宫内膜异位囊肿液对卵巢功能的影响及其分子机制 | 卵巢子宫内膜异位囊肿液、巨噬细胞、卵巢组织 | 数字病理学 | 卵巢子宫内膜异位症 | 单细胞测序、生物信息学分析、体内外实验模型 | NA | 测序数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1430 | 2026-02-13 |
Organoids for Cancer Research: Advances and Challenges
2024-09, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400056
PMID:38977414
|
综述 | 本文综述了癌症类器官作为三维培养技术在癌症研究中的应用、优势、局限性和前景 | 介绍了四种主要癌症类器官类型,并讨论了单细胞RNA测序在探索癌症类器官中的最新应用 | 讨论了癌症类器官模型的局限性,包括其在模拟复杂肿瘤微环境方面的挑战 | 推动基础癌症研究向临床肿瘤治疗的转化,提高肿瘤药物开发成功率 | 癌症类器官模型 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1431 | 2026-02-13 |
A Single-Cell Transcriptome Profiling of Triptolide-Induced Nephrotoxicity in Mice
2024-09, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400120
PMID:38864263
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,全面描述了雷公藤甲素诱导小鼠肾毒性的转录组图谱和细胞组成 | 首次在单细胞分辨率下系统解析雷公藤甲素诱导肾毒性的机制,揭示了肾单位上皮细胞的异质性反应、血管功能破坏以及免疫细胞损伤等新发现 | 研究仅基于小鼠模型,未在人体中进行验证;样本量相对有限;机制研究仍需进一步功能实验证实 | 阐明雷公藤甲素诱导肾毒性的分子机制和细胞类型特异性反应 | 小鼠肾脏组织 | 数字病理学 | 肾毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 对照组和雷公藤甲素处理组小鼠肾脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1432 | 2026-02-13 |
The HSP90-MYC-CDK9 network drives therapeutic resistance in mantle cell lymphoma
2024-Feb-07, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00484-9
PMID:38326887
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了套细胞淋巴瘤中HSP90-MYC-CDK9网络是治疗耐药性的主要驱动力 | 首次在套细胞淋巴瘤中通过单细胞RNA测序分析揭示了从BTKi到CAR-T疗法的序贯耐药机制,并识别出HSP90AB1和CDK9作为早期驱动因子 | 样本量相对较小(25名患者的66个样本),且为观察性研究,需要进一步功能验证和临床试验确认 | 剖析套细胞淋巴瘤对BTKi和CAR-T疗法序贯耐药的潜在机制 | 套细胞淋巴瘤患者样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 25名患者的66个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1433 | 2026-02-12 |
Characterization of Endothelial Cell Subclusters in Localized Scleroderma Skin with Single-Cell RNA Sequencing Identifies NOTCH Signaling Pathway
2024-Sep-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms251910473
PMID:39408800
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,对局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群进行了表征,并识别出NOTCH信号通路在疾病中的作用 | 首次在局限性硬皮病皮肤中应用单细胞RNA测序技术详细研究内皮细胞亚群,揭示了NOTCH信号通路的激活及其在疾病进展中的潜在作用 | 研究样本量相对有限(27名患者和17名健康对照),且主要关注内皮细胞,可能未全面覆盖其他细胞类型在疾病中的作用 | 探究局限性硬皮病皮肤中内皮细胞的分子机制及其在疾病发病机制中的作用 | 局限性硬皮病患者和健康对照者的皮肤分离细胞 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 27名局限性硬皮病患者(包括儿童和成人)和17名健康对照者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1434 | 2026-02-12 |
Mast cell activation disrupts interactions between endothelial cells and pericytes during early life allergic asthma
2024-Mar-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173676
PMID:38487999
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研究论文 | 本研究通过定量成像和空间转录组学揭示了早期生命过敏性哮喘中肥大细胞激活破坏内皮细胞与周细胞相互作用的机制 | 首次发现新生儿期过敏暴露通过肥大细胞蛋白酶(如类胰蛋白酶)驱动周细胞覆盖缺失,并利用空间转录组学在儿科哮喘活检中验证血管应激与肥大细胞激活通路的关联 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自活检样本的空间转录组学分析,样本量有限 | 探究早期生命过敏性哮喘对肺微循环的影响及肥大细胞在血管重塑中的作用 | 新生小鼠的肺组织切片(PCLSs)和儿科哮喘患者的气管内活检样本 | 数字病理学 | 哮喘 | 定量成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1435 | 2026-02-11 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4863813/v1
PMID:39184105
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研究论文 | 本文开发了PURE-seq技术,用于高效富集和测序稀有细胞,并应用于小鼠长期造血干细胞的研究,识别出Egr1作为衰老背景下造血过程的潜在主调控因子 | 开发了PURE-seq技术,通过直接FACS加载细胞到PIP-seq反应中,减少处理步骤和细胞损失,实现了对稀有细胞(如1/1,000,000稀有度)的可扩展测序 | NA | 开发一种可扩展的稀有细胞测序方法,并研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老中的转录组变化 | 小鼠长期造血干细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1436 | 2026-02-10 |
Identification of kidney cell types in scRNA-seq and snRNA-seq data using machine learning algorithms
2024-Oct-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38567
PMID:39403515
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研究论文 | 本文评估了五种监督机器学习算法在自动注释肾脏单细胞和单核RNA测序数据中细胞类型的性能 | 首次系统比较了五种监督分类方法在肾脏scRNA-seq和snRNA-seq数据中的细胞类型注释性能,并展示了跨数据集和测序技术的高准确性 | 研究样本数量有限,且当模型主要在scRNA-seq数据上训练并测试于snRNA-seq数据时,性能有所下降 | 开发自动细胞类型注释方法以替代耗时的手动注释,促进肾脏疾病细胞机制研究 | 肾脏细胞 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 支持向量机, 随机森林, 多层感知器, k近邻, 极端梯度提升 | RNA测序数据 | 79个肾脏活检样本中的62,120个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 1437 | 2026-02-09 |
Single-cell RNA sequencing of appendiceal adenocarcinoma reveals a low proportion of epithelial cells and a fibroblast enriched tumor microenvironment
2024-Dec, ESMO gastrointestinal oncology
DOI:10.1016/j.esmogo.2024.100094
PMID:41646948
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,首次对阑尾腺癌的肿瘤微环境进行了深入分析,揭示了其与结直肠癌的差异 | 首次将单细胞RNA测序技术应用于阑尾腺癌研究,揭示了其肿瘤微环境中成纤维细胞的富集特征和独特的细胞组成 | 样本量较小(仅3例阑尾腺癌和1例结直肠癌患者),可能限制结果的普遍性 | 探索阑尾腺癌的单细胞水平特征,以支持其作为独立疾病实体的分类 | 阑尾腺癌和结直肠癌患者的腹膜转移样本 | 数字病理学 | 阑尾腺癌 | 单细胞RNA测序 | k-means聚类分析 | 单细胞RNA测序数据 | 3例阑尾腺癌和1例结直肠癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 5' 单细胞RNA测序 |
| 1438 | 2026-02-08 |
scGIST: gene panel design for spatial transcriptomics with prioritized gene sets
2024-02-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03185-y
PMID:38408997
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研究论文 | 本文提出了一种名为scGIST的约束特征选择工具,用于设计单细胞空间转录组学(sc-ST)的基因面板,优先考虑用户指定的基因,同时不损害细胞类型检测的准确性 | scGIST是一种创新的约束特征选择工具,能够在有限的面板大小下优先纳入用户指定的基因(如配体-受体复合物或特定通路基因),同时保持细胞类型检测的准确性,解决了sc-ST技术中面板大小的关键挑战 | NA | 开发一种工具以优化单细胞空间转录组学(sc-ST)的基因面板设计,在有限的面板大小内平衡用户指定基因的优先纳入和细胞类型检测的准确性 | 单细胞空间转录组学(sc-ST)技术中的基因面板设计 | 空间转录组学 | NA | 单细胞空间转录组学(sc-ST),荧光原位杂交(FISH) | 约束特征选择工具 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 1439 | 2026-02-08 |
Kidney double positive T cells have distinct characteristics in normal and diseased kidneys
2024-02-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54956-3
PMID:38396136
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研究论文 | 本研究探讨了正常和疾病状态下肾脏中TCR+CD4+CD8+(双阳性;DP)T细胞的存在、特征及功能 | 首次系统描述了肾脏DP T细胞在正常和损伤条件下的独特炎症与代谢特征,并利用单细胞RNA-seq揭示了其基因表达变化 | DP T细胞在肾脏中为少数群体,其具体病理生理作用仍需进一步验证;人类样本仅来源于肾细胞癌患者,可能限制结果的普适性 | 探究正常和疾病状态下肾脏DP T细胞的特性与功能 | 小鼠肾脏(正常、缺血再灌注损伤、顺铂损伤、病毒感染模型)及人类肾细胞癌患者的肾脏组织 | 免疫学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类肾细胞癌患者肾脏样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1440 | 2026-02-08 |
Circulating cancer-specific CD8 T cell frequency is associated with response to PD-1 blockade in Merkel cell carcinoma
2024-02-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101412
PMID:38340723
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研究论文 | 本研究探讨了Merkel细胞癌中循环MCPyV特异性CD8 T细胞频率与PD-1阻断治疗反应之间的关联 | 首次利用MCPyV肽-HLA-I多聚体结合多色流式细胞术、单细胞转录组学和TCR测序,系统分析了病毒驱动癌症中特异性T细胞的特征,并发现循环中而非肿瘤内的这些细胞频率与治疗反应显著相关 | 样本量较小(27例患者),且研究仅针对病毒驱动的Merkel细胞癌,可能不适用于非病毒性癌症 | 探究癌症特异性T细胞在PD-1免疫治疗中的作用机制 | Merkel细胞癌患者中的MCPyV特异性CD8 T细胞 | 免疫肿瘤学 | Merkel细胞癌 | MCPyV肽-HLA-I多聚体检测、26色流式细胞术、单细胞转录组学、T细胞受体测序 | NA | 流式细胞数据、单细胞转录组数据、TCR序列数据 | 27例Merkel细胞癌患者 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |