单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1421	2025-03-01	Intestinal Stromal Cells in the Turmoil of Inflammation and Defective Connective Tissue Remodeling in Inflammatory Bowel Disease 2024-09-03, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae066 PMID:38581412	研究论文	本文探讨了炎症性肠病（IBD）中肠道基质细胞在炎症和结缔组织重塑缺陷中的作用	揭示了肠道基质细胞在IBD中的复杂表型和功能，以及它们在炎症和细胞外基质重塑中的主动作用	当前IBD治疗主要针对炎症，对纤维狭窄或瘘管形成的疾病效果不佳	研究肠道基质细胞在IBD中的角色及其在炎症和细胞外基质重塑中的作用	肠道基质细胞，特别是肠道上皮下肌成纤维细胞	病理学	炎症性肠病	单细胞测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1422	2025-03-01	HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405210121 PMID:39190360	研究论文	本文研究了HIV-1感染者在无抗逆转录病毒治疗（ART）情况下，血浆病毒载量与感染细胞中未剪接HIV RNA（HIV usRNA）的关系	研究发现，病毒控制与感染细胞中未剪接HIV RNA的比例无关，而是与感染细胞的总数相关	研究仅基于外周血单核细胞（PBMC），未涉及其他组织或细胞类型	探讨HIV-1感染者在无ART情况下血浆病毒载量控制的机制	HIV控制者和非控制者的外周血单核细胞（PBMC）	NA	HIV感染	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	HIV控制者和非控制者的PBMC样本
1423	2025-03-01	Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09929-5 PMID:38775849	研究论文	本文开发并全面表征了一种可扩展的3D协议，用于生成表型稳定的心脏hPSC-微血管样内皮细胞（hPSC-CMVECs）和心脏周细胞样细胞，用于心脏应用	通过3D搅拌罐生物反应器培养血管类器官，并对生成的3D hPSC-ECs进行高浓度VEGF-A处理，促进了3DV hPSC-ECs的表型稳定性，并通过单细胞RNA测序揭示了心脏内皮和微血管相关基因的显著表达	NA	开发一种用于研究心脏微血管以及CMD的内皮依赖性和非依赖性机制的细胞模型	人类多能干细胞衍生的内皮细胞（hPSC-ECs）和心脏周细胞样细胞	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1424	2025-03-01	West Nile Virus-Induced Expression of Senescent Gene Lgals3bp Regulates Microglial Phenotype within Cerebral Cortex 2024-Jul-08, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070808 PMID:39062523	研究论文	本研究探讨了西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，重点关注了LGALS3BP蛋白在抗病毒反应和衰老中的作用	首次揭示了LGALS3BP在调节神经炎症和小胶质细胞激活中的作用，并提出了靶向LGALS3BP可能缓解衰老和病毒感染后认知衰退的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，以及LGALS3BP在其中的作用	成年和老年小鼠的小胶质细胞	神经科学	西尼罗河病毒感染	空间转录组学、RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据	成年和老年小鼠
1425	2025-03-01	Loss of p73 Expression Contributes to Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-01-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0503OC PMID:37931077	研究论文	本文探讨了p73表达缺失在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并通过小鼠模型和人类样本研究验证了这一假设	首次揭示了p73表达缺失与COPD病理之间的直接联系，并提供了吸烟和COPD对p73表达影响的实验证据	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，可能影响结果的普遍性	确定p73缺失是否会导致小鼠出现COPD样表型，并探讨吸烟或COPD是否影响p73表达	小鼠模型、吸烟者和COPD患者的呼吸道上皮细胞	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	电子显微镜、流式细胞术、形态计量学、强制振荡技术、单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	小鼠模型、82名当前吸烟者、69名前吸烟者、11名COPD患者、12名无COPD的对照者
1426	2025-03-01	Interleukin 13 Promotes Maturation and Proliferation in Metaplastic Gastroids 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101366 PMID:38815928	研究论文	本文研究了IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的作用，并建立了一个可靠的体外器官模型Meta1 gastroids来模拟SPEM细胞	首次建立了Meta1 gastroids模型来模拟SPEM细胞，并揭示了IL-13通过STAT6信号通路促进SPEM细胞成熟和增殖的分子机制	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证IL-13对SPEM细胞的影响	探讨IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的分子作用	SPEM细胞、Meta1 gastroids模型、ILC2s	细胞生物学	胃黏膜再生	单细胞RNA测序、细胞分选、三维共培养、STAT6抑制	Meta1 gastroids模型	基因表达数据、细胞培养数据	Mist1-Kras转基因小鼠和IL-13-tdTomato报告小鼠的胃组织
1427	2025-02-28	Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402913121 PMID:39186651	研究论文	本研究探讨了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路如何增强免疫检查点抑制的效果	揭示了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的损伤，并证明恢复该通路可显著改变肿瘤微环境，使其从免疫学上的“冷”肿瘤转变为“热”肿瘤，从而增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序分析，尚未在广泛的人类临床试验中验证	探讨KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的功能改变及其对免疫治疗的影响	KRAS突变的肺肿瘤	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肺泡II型细胞及携带p53或LKB1突变的晚期小鼠和人类肿瘤样本
1428	2025-02-28	Redox signalling regulates breast cancer metastasis via phenotypic and metabolic reprogramming due to p63 activation by HIF1α 2024-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02522-5 PMID:38238426	研究论文	本文研究了氧化还原信号通过HIF1α激活p63，导致表型和代谢重编程，从而促进乳腺癌转移的机制	首次揭示了GPx2敲低通过HIF1α激活p63，调控表型和代谢可塑性，促进乳腺癌转移的分子机制	研究主要基于PyMT乳腺肿瘤模型，结果是否适用于其他乳腺癌模型尚需验证	探讨氧化还原信号在乳腺癌转移中的作用机制	PyMT乳腺肿瘤模型中的肿瘤细胞亚群及其肺转移灶	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	PyMT乳腺肿瘤模型及其配对肺转移灶
1429	2025-02-27	Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.31.621315 PMID:39574584	研究论文	本文通过整合多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集，旨在识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	通过数据整合生成肠神经元类型的共识视图，提高了稀有神经元类别的分辨率，为疾病状态下肠神经元的变化提供了新的理解	未来的研究需要将这些深度转录组数据与历史分类系统连接起来	识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	小鼠的肠神经系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集
1430	2025-02-27	Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer 2024-Nov, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:39044458	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了Lewis肺癌细胞系在小鼠原位移植模型中的早期肿瘤微环境变化	利用单细胞RNA测序技术，首次在Lewis肺癌细胞系中观察到Kras G12C突变细胞的分子动态变化，并揭示了肿瘤微环境中的早期基因表达变化	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺癌的复杂性	研究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化	Lewis肺癌细胞系（LLC）及其在小鼠模型中的原位移植	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠原位移植模型	RNA测序数据	NA
1431	2025-02-27	Adaptation to ex vivo culture reduces human hematopoietic stem cell activity independently of the cell cycle 2024-08-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021426 PMID:38805639	研究论文	本研究通过时间分辨单细胞RNA测序和体内功能分析，揭示了人类长期造血干细胞（LT-HSC）在体外培养中的功能丧失机制	研究发现LT-HSC在体外培养中的功能丧失与细胞周期进展无关，并提出了通过抑制JAK/STAT信号通路来改善HSC功能的策略	研究主要关注LT-HSC在体外培养中的早期适应过程，未涉及长期培养的影响	研究旨在揭示人类LT-HSC在体外培养中功能丧失的机制，并探索改善HSC功能的策略	人类长期造血干细胞（LT-HSC）	细胞生物学	NA	时间分辨单细胞RNA测序，体内功能分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1432	2025-02-27	Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease 2024-Aug-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043 PMID:38857990	研究论文	本研究通过建立患者来源的肠道类器官生物库，揭示了肠道上皮MHC-I表观遗传失调在严重克罗恩病中的新机制	首次发现并验证了肠道上皮MHC-I的表观遗传调控在克罗恩病发病机制中的关键作用，并开发了疾病预后的表观遗传分子标志物	研究主要基于体外类器官模型和小鼠模型，需要进一步在人体内验证其临床适用性	探讨肠道上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用	168名患者的312个肠道上皮类器官（包括克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及健康对照）	数字病理学	克罗恩病	全基因组分子分析、DNA甲基化分析、批量及单细胞RNA测序、基因编辑	NA	DNA甲基化数据、RNA测序数据	168名患者的312个肠道上皮类器官
1433	2025-02-27	POSTN+ cancer-associated fibroblasts determine the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2024-Jul-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008721 PMID:39067872	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，结合空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝细胞癌（HCC）免疫治疗抵抗中的关键作用	首次系统性地研究了CAF亚群的特征及其在肿瘤微环境中的动态交流，特别是POSTN+ CAFs在特定肿瘤位置作为免疫反应屏障的作用	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，可能缺乏对CAF功能机制的深入实验验证	探讨肝细胞癌免疫治疗抵抗的机制，以提高患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学，多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据，免疫荧光图像	220个样本，来自六个数据集
1434	2025-02-27	Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48267-4 PMID:38744839	研究论文	本文通过空间转录组学和多路单细胞技术，揭示了双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在及其与树突状细胞的相互作用	首次发现双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在，并揭示其与表达DNASE1L3和C1q的树突状细胞的相互作用	研究主要基于人类样本，未在小鼠中观察到相同现象，可能限制了结果的普适性	探讨肠道相关淋巴组织对细菌的初始反应及细菌处理机制	双阴性2型B细胞、树突状细胞、DNASE1L3、C1q	免疫学	自身免疫疾病	空间转录组学、多路单细胞技术	NA	单细胞数据	人类肠道相关淋巴组织样本
1435	2025-02-27	Adult Human, but Not Rodent, Spermatogonial Stem Cells Retain States with a Foetal-like Signature 2024-04-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13090742 PMID:38727278	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了人类和啮齿动物精原干细胞（SSCs）的转录状态，揭示了人类成年精原干细胞保留胎儿样特征的状态	研究发现人类成年精原干细胞中存在一种胎儿样特征的状态0B，这种状态在啮齿动物中不会持续到成年，表明不同物种在确保生育力和基因组完整性方面采取了不同的进化策略	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证来确认这些转录状态的功能意义	研究旨在揭示人类和啮齿动物精原干细胞在发育和物种间的转录异质性	人类和啮齿动物的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	34个青春期后人类睾丸样本，28个胎儿和青春期前样本，以及来自绵羊、猪、水牛、猕猴、大鼠和小鼠的数据
1436	2025-02-27	The rise of single-cell transcriptomics in yeast 2024-04, Yeast (Chichester, England) DOI:10.1002/yea.3934 PMID:38403881	review	本文回顾了酵母单细胞转录组学（scRNA-seq）的当前技术，探讨了其优缺点，并展望了新技术的发展潜力	本文首次系统性地总结了酵母单细胞转录组学技术的现状，并提出了未来技术发展的方向	由于酵母细胞壁、细胞体积小和RNA含量少等固有特性，scRNA-seq在酵母中的应用受到技术限制	探讨酵母单细胞转录组学技术的现状及其在基础和应用研究中的潜力	酵母	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1437	2025-02-27	A single-cell atlas enables mapping of homeostatic cellular shifts in the adult human breast 2024-Apr, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01688-9 PMID:38548988	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，构建了一个包含55名接受乳房缩小术或风险降低乳房切除术的捐赠者的人类乳腺细胞图谱	首次通过单细胞RNA测序技术构建了人类乳腺细胞图谱，并揭示了年龄、生育史和基因突变对乳腺细胞稳态的影响	研究样本主要来自接受手术的捐赠者，可能无法完全代表普通人群	研究人类乳腺细胞的稳态变化及其与乳腺癌风险的关系	55名接受乳房缩小术或风险降低乳房切除术的捐赠者的乳腺细胞	单细胞测序	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	55名捐赠者，超过800,000个细胞
1438	2025-02-26	Nanomaterial-Mediated Reprogramming of Macrophages to Inhibit Refractory Muscle Fibrosis 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202410368 PMID:39548911	研究论文	本研究探讨了纳米材料介导的巨噬细胞重编程在抑制难治性肌肉纤维化中的作用	通过工程化纳米材料调控巨噬细胞表型，利用单细胞RNA测序揭示其通过cfNA介导的TLR7/9-NF-κB信号通路减少促纤维化Gal3巨噬细胞比例，从而改变纤维脂肪生成祖细胞的亚群分布	研究主要针对口面部肌肉纤维化，其他类型肌肉纤维化的适用性尚需验证	开发新的治疗策略以调控先天炎症反应-纤维化稳态，治疗难治性肌肉纤维化	口面部肌肉纤维化	生物医学工程	肌肉纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1439	2025-02-26	scMGATGRN: a multiview graph attention network-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae526 PMID:39417321	研究论文	本文提出了一种基于多视图图注意力网络的新方法scMGATGRN，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	scMGATGRN结合了图注意力网络（GAT）、多视图模型和视图级注意力机制，能够同时利用基因调控网络中节点的局部特征信息和高阶邻居特征信息，动态调整节点嵌入表示的相对重要性，并高效聚合来自两个视图的节点嵌入表示	NA	推断基因调控网络（GRN）以理解细胞系统的结构和动态，揭示复杂的调控关系，并探索疾病机制	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多视图图注意力网络（scMGATGRN）	单细胞转录组数据	七个基准单细胞RNA测序数据集，来自五种细胞系（两种人类和三种小鼠），包含四种不同类型的真实网络
1440	2025-02-26	Identification of microenvironment features associated with primary resistance to anti-PD-1/PD-L1 + antiangiogenesis in gastric cancer through spatial transcriptomics and plasma proteomics 2024-Sep-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02092-x PMID:39272096	研究论文	本研究通过空间转录组学和血浆蛋白质组学，识别了与胃癌抗PD-1/PD-L1和抗血管生成联合治疗原发性耐药相关的微环境特征	首次在Caucasian患者中评估regorafenib与avelumab联合治疗的效果，并揭示了M2巨噬细胞和S100A10蛋白在耐药机制中的关键作用	研究样本量较小，且主要针对Caucasian患者，可能限制了结果的普遍适用性	探讨胃癌患者对联合治疗的耐药机制，特别是肿瘤微环境中的免疫调节作用	晚期胃癌患者	数字病理学	胃癌	空间转录组学, 血浆蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	REGOMUNE II期研究中的Caucasian患者