单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 1401 - 1420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1401 | 2026-02-24 |
Single cell RNA-seq reveals cellular and transcriptional heterogeneity in the splenic CD11b+Ly6Chigh monocyte population expanded in sepsis-surviving mice
2024-Nov-06, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00970-0
PMID:39506629
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脓毒症存活小鼠脾脏CD11b+Ly6Chigh单核细胞群体的细胞和转录异质性 | 首次在脓毒症存活小鼠模型中，利用单细胞RNA测序技术深入解析了脾脏CD11b+Ly6Chigh髓系细胞的转录异质性，并识别出具有免疫抑制能力的增殖性M-MDSCs亚群 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证；且仅关注了脾脏中的特定髓系细胞群体，可能未全面反映全身免疫状态 | 旨在理解脓毒症幸存者免疫失调的细胞和分子基础 | C57BL/6J和BALB/c小鼠脾脏中的CD11b+Ly6Chigh髓系细胞 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，吞噬和糖酵解功能测定 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | C57BL/6J和BALB/c小鼠的假手术和CLP手术组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1402 | 2026-02-21 |
HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data
2024-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53666-8
PMID:39487129
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组学数据中检测疾病相关细胞群体 | HiDDEN通过优化病例对照标签，解决了标准单细胞分析在受影响细胞子集较小或扰动强度较弱时无法准确识别的问题，从而提高了生物信号恢复能力 | 方法主要基于模拟数据进行验证，实际应用中的复杂生物异质性可能未完全覆盖 | 开发一种计算方法来检测单细胞转录组数据中疾病相关的细胞群体 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞群体，包括人类多发性骨髓瘤前体条件和脱髓鞘小鼠模型 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA-seq | 机器学习方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1403 | 2026-02-21 |
Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors
2024-Jul-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25137435
PMID:39000540
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了过量甲状腺激素信号通过损害光转导和线粒体生物能量学并诱导细胞应激，从而导致小鼠视锥细胞退化的转录组学机制 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了过量甲状腺激素信号对视锥细胞转录组的影响，并明确了光转导、线粒体功能和细胞应激通路的具体变化 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类视网膜细胞或临床样本中验证 | 探究过量甲状腺激素信号诱导视锥细胞退化的基因/转录组学改变 | C57BL/6小鼠的视网膜细胞，特别是视锥细胞 | 单细胞组学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 155,866个单细胞，来自甲状腺激素处理的小鼠视网膜 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1404 | 2026-02-21 |
Canopy2: tumor phylogeny inference by bulk DNA and single-cell RNA sequencing
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.18.585595
PMID:38562795
|
研究论文 | 本文提出Canopy2，一种贝叶斯框架，利用批量DNA和单细胞RNA测序数据推断肿瘤系统发育树并进行突变分析 | Canopy2通过结合批量DNA和单细胞RNA测序数据，使用马尔可夫链蒙特卡洛方法从二项分布和β-二项分布的混合概率分布中采样，能有效解析单细胞数据中的零值来源，区分非癌性、随机性和技术性零值 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 推断肿瘤系统发育树并进行肿瘤亚群的突变分析，以理解肿瘤异质性 | 肿瘤细胞，特别是乳腺癌和胶质母细胞瘤数据 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，批量DNA测序 | 贝叶斯框架，马尔可夫链蒙特卡洛方法 | 单核苷酸变异数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，批量DNA测序 | NA | NA |
| 1405 | 2026-02-20 |
A novel multi-omics approach for identifying key genes in intervertebral disc degeneration
2024-12, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2024.100223
PMID:39528158
|
研究论文 | 本研究采用多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，揭示了椎间盘退变的关键基因和遗传结构 | 首次整合单细胞RNA测序与孟德尔随机化分析，识别出与椎间盘退变相关的关键调控基因SLC40A1、PTGS2和GABARAPL1，并揭示了软骨细胞的动态基因表达模式 | 研究依赖于公开可用的单细胞数据集，样本来源和数量可能有限，且未进行实验验证 | 阐明椎间盘退变的遗传结构和关键基因，为治疗提供潜在靶点 | 椎间盘退变相关的细胞类型和基因 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序, 差异基因表达分析, 孟德尔随机化 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1406 | 2026-02-19 |
The bone marrow is the primary site of thrombopoiesis
2024-01-18, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020895
PMID:37879046
|
研究论文 | 本研究通过多种成像和测序技术，证实骨髓是血小板生成的主要场所，而非脾脏或肺部 | 综合运用全组织光片成像、定量组织学成像、流式细胞术、活体成像和单细胞RNA测序数据分析，系统比较了骨髓、脾脏和肺部中巨核细胞的相对丰度和血小板生成能力 | 研究主要基于小鼠模型和已发表的单细胞RNA测序数据集，人类数据的直接验证有限，且稳态条件下的结论可能不适用于炎症或感染状态 | 探究在稳态条件下，骨髓、脾脏和肺部中巨核细胞的相对丰度及其对血小板池的贡献 | 成年小鼠的骨髓、脾脏和肺部组织，以及已发表的小鼠和人类单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、双光子活体成像、光片显微镜、定量组织学成像 | NA | 图像、测序数据、流式细胞数据 | 未明确具体样本数量，但涉及小鼠器官和已发表的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1407 | 2026-02-18 |
Cystic fibrosis-related diabetes is associated with reduced islet protein expression of GLP-1 receptor and perturbation of cell-specific transcriptional programs
2024-10-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-76722-1
PMID:39463434
|
研究论文 | 本研究探讨了囊性纤维化相关糖尿病（CFRD）中胰岛GLP-1受体表达降低及细胞特异性转录程序紊乱的机制 | 首次结合空间转录组学和免疫组化揭示CFRD中胰岛α/β细胞基因表达失调及GLP-1R蛋白表达特异性降低 | 样本量有限，未验证GLP-1R恢复是否能直接改善β细胞功能 | 阐明CFRD中胰岛素分泌受损的分子机制 | 人类胰腺组织（CFRD患者与非CF/非糖尿病对照） | 空间转录组学 | 囊性纤维化相关糖尿病 | 免疫组化、空间转录组学、基因集富集分析 | NA | 组织切片图像、空间基因表达数据 | 人类CFRD与非CF/非糖尿病对照胰腺样本（未明确数量） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1408 | 2026-02-18 |
iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis
2024-06-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03289-5
PMID:38844966
|
研究论文 | 本文提出了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合组织学图像和分子数据以改进空间转录组学分析 | iIMPACT首次结合AI重建的组织学图像和基因表达空间背景来定义空间区域，并检测区域特异性差异表达基因，提升了准确性和可解释性 | 未在摘要中明确说明 | 克服现有空间转录组学聚类分析仅依赖分子信息而忽略形态特征的局限 | 空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1409 | 2026-02-17 |
The mTOR Pathway: A Common Link Between Alzheimer's Disease and Down Syndrome
2024-Oct-17, Journal of clinical medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jcm13206183
PMID:39458132
|
综述 | 本文探讨了mTOR通路在阿尔茨海默病和唐氏综合征之间的共同联系，并提出了利用组学平台进行未来研究的建议 | 首次提出将组学技术（如空间转录组学、蛋白质组学）应用于研究mTOR通路在唐氏综合征相关阿尔茨海默病中的作用，采用无偏倚方法揭示病理机制 | 目前尚未实际应用组学技术分析mTOR通路与DS-AD的关联，机制研究尚不充分 | 探讨mTOR通路在阿尔茨海默病与唐氏综合征共同病理机制中的作用，并推动未来跨组学研究 | 阿尔茨海默病和唐氏综合征的分子病理机制，特别是mTOR通路及其上游调控因子 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1410 | 2026-02-17 |
Activation-Induced Marker Assay to Identify and Isolate HCV-Specific T Cells for Single-Cell RNA-Seq Analysis
2024-10-17, Viruses
DOI:10.3390/v16101623
PMID:39459954
|
研究论文 | 开发了一种基于激活诱导标记（AIM）的检测方法，用于识别、分选并分析丙型肝炎病毒（HCV）特异性T细胞，以进行单细胞RNA测序研究 | 该方法不依赖于MHC多聚体，能够高灵敏度检测稀有的抗原特异性T细胞，并适用于不同MHC匹配的研究对象 | 研究仅基于一名受试者进行验证，样本量较小，且未在更大队列中评估方法的普适性 | 开发一种用于识别和分离HCV特异性T细胞的方法，以进行单细胞转录组分析 | HCV特异性T细胞（包括CD4和CD8 T细胞） | 免疫学 | 丙型肝炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激活诱导标记（AIM）检测、T细胞受体（TCR）分析 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据 | 一名受试者（具体数量未明确说明，但基于单例分析） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1411 | 2026-02-17 |
An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014
PMID:38843837
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率活体成像和短期谱系标记与干预技术，揭示了小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）迁移的分子基础及其与转录状态的紧密关联 | 首次结合单细胞转录组、磷酸化蛋白质组学和活体成像技术系统解析AVE迁移的动态过程，发现AVE的瞬时性特征及其迁移过程中基因表达的异质性，并鉴定出信号素信号通路对正常迁移的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠胚胎模型，人类胚胎中的保守性有待验证；技术整合虽全面但可能未覆盖所有调控层面 | 阐明小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）独特迁移行为及其限制原条形成的分子机制 | 小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）及周围内脏内胚层（VE）细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白质组学, 高分辨率活体成像, 晶格光片显微镜, 短期谱系标记 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 活体成像视频 | 未明确样本数量的小鼠胚胎VE细胞（迁移前及迁移期间） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1412 | 2026-02-17 |
Molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy
2024-02-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330748
PMID:37758326
|
研究论文 | 本研究通过分析肝内胆管癌患者化疗前的分子特征，预测其对化疗的反应差异，并揭示了肿瘤-髓系细胞相互作用在先天化疗耐药中的关键作用 | 首次基于化疗前诊断活检的转录组特征，区分出化疗快速进展者与长期生存者，并发现该特征源于肿瘤-髓系细胞动态失衡，与肝微环境密切相关 | 研究样本量有限，且为回顾性分析，需要在前瞻性队列中进一步验证和开发该转录组特征 | 预测晚期肝内胆管癌患者对化疗的获益差异，并阐明先天化疗耐药的分子基础 | 晚期肝内胆管癌患者的诊断活检组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全转录组测序、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 图像、转录组数据 | 一组基线特征可比的晚期肝内胆管癌患者（包括快速进展者和长期生存者） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | GeoMx | 靶向数字空间分析平台 |
| 1413 | 2026-02-17 |
Pro-inflammatory feedback loops define immune responses to pathogenic Lentivirus infection
2024-02-05, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01290-y
PMID:38317183
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了高致病性慢病毒感染引发延迟、广泛且持续的炎症反馈环路，从而驱动疾病进展的免疫机制 | 利用遗传相似但毒力不同的SIV变体感染猪尾猕猴模型，结合纵向单细胞转录组学和细胞间通讯技术，首次系统阐明了慢病毒致病性差异的免疫基础，并识别出CXCL10和CXCL16作为关键炎症驱动因子 | 研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类HIV感染的直接转化需谨慎；单细胞技术可能无法完全捕获所有免疫细胞亚群或低丰度信号 | 探究慢病毒（如HIV/SIV）致病性差异的免疫机制，特别是宿主与病毒因素如何影响炎症反应和疾病进展 | 猪尾猕猴感染遗传相似但毒力不同的猴免疫缺陷病毒（SIV）变体 | 免疫学 | 艾滋病 | 单细胞转录组学，细胞间通讯分析 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 猪尾猕猴队列的纵向样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1414 | 2026-02-15 |
Single-cell gene regulatory network analysis for mixed cell populations
2024-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.64
PMID:41674874
|
研究论文 | 本文提出了一种名为VMPLN的算法，用于从混合细胞群体的单细胞RNA测序数据中联合推断不同细胞类型的基因调控网络 | 开发了VMPLN算法，通过变分推理方法联合估计混合细胞群体中不同细胞类型的基因调控网络，避免了传统两步法（先聚类再推断）中聚类不确定性导致的网络估计不准确问题 | 未明确说明算法在计算效率或大规模数据集上的可扩展性限制 | 从单细胞RNA测序数据中准确推断混合细胞群体的基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的混合细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合泊松对数正态模型（MPLN），变分推理 | 单细胞RNA测序计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1415 | 2026-02-15 |
Novel insights into immunopathogenesis and crucial biomarkers between primary open-angle glaucoma and systemic lupus erythematosus
2024-Dec, iMetaOmics
DOI:10.1002/imo2.27
PMID:41676113
|
研究论文 | 本研究通过整合分析基因表达数据，揭示了系统性红斑狼疮与原发性开角型青光眼之间的免疫病理机制关联，并识别了关键生物标志物和潜在治疗药物 | 首次通过多组学方法（包括差异表达分析、加权基因共表达网络分析、机器学习、免疫浸润分析和单细胞转录组分析）系统性探索SLE与POAG的共同生物标志物和免疫病理机制，并利用分子对接预测潜在治疗药物 | 研究主要基于公共数据库的基因表达数据，实验验证仅在人小梁网干细胞中进行RT-qPCR，缺乏临床样本或动物模型的进一步验证 | 识别系统性红斑狼疮和原发性开角型青光眼的共同生物标志物及潜在治疗药物，阐明两者关联的免疫病理机制 | 基因表达数据（来自GEO数据库的GSE27276、GSE50772和GSE148371数据集）和人小梁网干细胞 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮和原发性开角型青光眼 | 差异表达分析、加权基因共表达网络分析、基因富集分析、机器学习、miRNA和转录因子分析、免疫浸润分析、单细胞转录组分析、分子对接、RT-qPCR | 机器学习（具体模型未指定） | 基因表达数据 | 基于三个GEO数据集（GSE27276、GSE50772、GSE148371），具体样本数量未明确 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | NA |
| 1416 | 2026-02-15 |
TCfinder: Robust tumor cell discrimination in scRNA-seq based on gene pathway activity
2024-Sep, iMetaOmics
DOI:10.1002/imo2.22
PMID:41675543
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于基因通路活性和深度神经网络的肿瘤细胞识别工具TCfinder，用于单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞鉴别 | TCfinder通过整合通路活性和深度神经网络，在不同scRNA-seq平台上展现出稳健的识别效率，优于现有工具且能在稀疏数据下工作 | NA | 开发一种稳健的肿瘤细胞识别工具，以提高单细胞RNA测序数据中肿瘤细胞的鉴别准确性 | 单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞 | 自然语言处理 | 肿瘤 | scRNA-seq | 深度神经网络（DNN） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1417 | 2026-02-15 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.12.607664
PMID:39185152
|
研究论文 | 本文开发了PURE-seq技术，用于高效富集和测序稀有细胞，并应用于小鼠长期造血干细胞的研究，识别了Egr1作为衰老背景下造血功能的潜在主调控因子 | 开发了PURE-seq技术，能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，最小化处理步骤并减少细胞损失，实现了对稀有细胞（如1/1,000,000稀有度）的可扩展测序 | NA | 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老背景下的转录组，并识别潜在的主调控因子 | 小鼠长期造血干细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | PURE-seq | PIP-seq for Rare-cell Enrichment and Sequencing，允许从FACS直接加载细胞到PIP-seq反应中 |
| 1418 | 2026-02-15 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2024-01-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03177-y
PMID:38291503
|
研究论文 | 本文介绍了deMULTIplex2算法，一种用于单细胞RNA测序中样本解复用的稳健工具 | deMULTIplex2基于条形码交叉污染的机制模型，采用广义线性模型和期望最大化算法，概率性地确定每个细胞的样本身份，在大型或嘈杂数据集上表现优异 | NA | 开发一种在单细胞RNA测序中处理样本解复用的算法，以应对条形码交叉污染问题 | 单细胞RNA测序数据中的样本解复用过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型，期望最大化算法 | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1419 | 2026-02-14 |
Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG
2024-Dec-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5655066/v1
PMID:39764138
|
研究论文 | 本文提出了一种名为ctSVG的计算方法，专门用于在单细胞分辨率下识别细胞类型特异性空间可变基因 | 开发了ctSVG方法，能够准确分配Visium方块至细胞，并识别出与样本范围SVGs或细胞类型标记基因不重叠的新基因，从而更充分利用空间位置信息 | NA | 旨在解决先前方法在识别空间可变基因时未能充分利用空间位置信息的问题 | Visium HD空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组学平台 |
| 1420 | 2026-02-14 |
Applications of spatial transcriptomics and artificial intelligence to develop integrated management of pancreatic cancer
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.007
PMID:39271261
|
综述 | 本文综述了空间转录组学和人工智能在胰腺癌综合管理中的应用 | 整合空间转录组学和人工智能工具，以更精确地分析肿瘤微环境中的细胞间通讯，并识别新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探索空间转录组学和人工智能在胰腺癌早期诊断和个性化治疗中的应用 | 胰腺癌 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序, seqFISH | NA | 测序数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |