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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1381 | 2025-10-06 |
Characterization of the human fetal gonad and reproductive tract by single-cell transcriptomics
2024-02-26, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.006
PMID:38295793
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析人类胎儿性腺及生殖道的细胞组成和分子特征 | 首次对妊娠早期和中期人类胎儿性腺及相邻生殖道进行单细胞转录组分析,揭示了性别分化过程中的形态和分子变化 | NA | 研究人类胎儿性别特异性性腺发生和生殖道发育过程 | 人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 妊娠早期和中期男女性胎儿样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1382 | 2025-10-06 |
The soil emergence-related transcription factor PIF3 controls root penetration by interacting with the receptor kinase FER
2024-02-26, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.001
PMID:38295794
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子PIF3通过与受体激酶FER相互作用调控植物根系穿透土壤的机制 | 首次发现FER-PIF3信号通路在根系土壤穿透中的关键作用,并阐明其通过调控机械敏感离子通道PIEZO和外根冠细胞脱落的分子机制 | 研究主要基于拟南芥和少量大豆突变体,在其他作物中的普适性需要进一步验证 | 探究植物根系穿透土壤的分子调控机制 | 拟南芥和大豆的根系组织 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 生化实验, 成像技术, 遗传学实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 细胞成像数据 | 拟南芥和大豆突变体根系样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1383 | 2025-10-06 |
Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention
2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.28.560068
PMID:37808782
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研究论文 | 开发了一种基于分组视觉注意力的Transformer模型,从组织学图像预测癌症转录组 | 首次将Transformer架构应用于组织学图像进行全转录组预测,并展示了在空间基因表达预测和临床预后中的应用 | 模型在组织水平训练,空间基因表达预测能力仍需进一步验证 | 从组织学图像中预测癌症转录组特征 | 9种癌症类型的肿瘤样本 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习,转录组分析 | Transformer | 组织学图像,基因表达数据 | 预训练:1,802个正常组织样本;训练评估:4,331个肿瘤样本;验证:1,305个肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1384 | 2025-10-06 |
Origin and adult renewal of the gut lacteal musculature from villus myofibroblasts
2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.19.523242
PMID:36712064
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研究论文 | 本研究揭示了肠道绒毛平滑肌细胞的起源和成年更新机制 | 发现绒毛上皮下成纤维细胞前体通过中间收缩性肌成纤维细胞样表型成熟为平滑肌纤维的连续谱系,并鉴定NOTCH3-DLL4信号轴调控绒毛平滑肌与乳糜管组装 | 研究主要基于小鼠模型,人类肠道中的适用性需进一步验证 | 探究肠道绒毛平滑肌细胞的形成、分化和修复机制 | 小鼠肠道组织 | 发育生物学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序,定量谱系追踪 | NA | 基因表达数据,谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1385 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals substantial heterogeneity in triple-negative breast cancer with potential clinical implications
2024-11-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54145-w
PMID:39592577
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤异质性及其临床意义 | 首次系统性地描绘TNBC的空间组织结构,识别出9种空间原型,并发现与免疫治疗反应相关的基因特征 | 样本量相对有限(92例患者),需要在更大队列中进一步验证 | 探索三阴性乳腺癌的肿瘤空间结构和微环境特征 | 92例三阴性乳腺癌患者样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 逐步聚类分析 | 空间转录组数据、组织形态学数据 | 92例TNBC患者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1386 | 2025-10-06 |
Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure
2024-11-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54581-8
PMID:39580490
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研究论文 | 本研究开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,用于分析金黄色葡萄球菌生物膜生长过程中的转录异质性及免疫细胞暴露后的转录适应 | 开发了首个针对细菌的单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,能够在单细胞分辨率下探索生物膜动态和免疫压力响应 | 方法目前主要应用于金黄色葡萄球菌,在其他细菌物种中的适用性有待验证 | 研究细菌生物膜的转录异质性及其对免疫压力的差异响应 | 金黄色葡萄球菌生物膜 | 单细胞测序技术 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | BaSSSh-seq(细菌单细胞RNA测序方法) |
| 1387 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease
2024-11-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54579-2
PMID:39580485
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了朊病毒病小鼠模型中神经元易损性的分子特征及其与阿尔茨海默病的重叠 | 首次通过单细胞转录组学系统识别朊病毒易损神经元亚群,并发现与阿尔茨海默病共享的易损性相关转录本 | 研究仅使用雌性小鼠模型,未涉及其他性别或更广泛的神经退行性疾病模型 | 探究特定神经元对错误折叠蛋白所致功能障碍和死亡更敏感的分子机制 | 朊病毒感染雌性小鼠的活体神经元 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 朊病毒感染雌性小鼠的神经元样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1388 | 2025-10-06 |
Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer
2024-11-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54295-x
PMID:39578450
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析高级别浆液性卵巢癌中肿瘤浸润免疫细胞,发现可增强新辅助化疗反应的潜在靶点 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中通过单细胞RNA测序鉴定出STAB1和FOXP3作为化疗增敏的免疫治疗靶点,并开发了相应的靶向治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索提高高级别浆液性卵巢癌对新辅助化疗反应的免疫治疗策略 | 高级别浆液性卵巢癌患者和小鼠模型的肿瘤浸润免疫细胞 | 单细胞测序分析 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 体外抑制实验, 反义寡核苷酸技术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 患者样本64,097个细胞,小鼠模型69,781个细胞,使用三种不同的HGSOC同系小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1389 | 2025-10-06 |
Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes
2024-11-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54571-w
PMID:39578482
|
研究论文 | 本研究揭示了来那度胺治疗多发性骨髓瘤时诱发纯红细胞再生障碍的机制 | 首次发现来那度胺通过上调红细胞MHC-I分子表达,激活CD8 T细胞导致红细胞生成障碍 | 研究基于单个病例,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探究来那度胺治疗诱发纯红细胞再生障碍的分子机制 | 多发性骨髓瘤患者骨髓样本 | 血液肿瘤学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组分析,体外功能实验 | NA | 单细胞RNA测序数据,体外实验数据 | 1例多发性骨髓瘤患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1390 | 2025-10-06 |
A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma
2024-11-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53802-4
PMID:39567523
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研究论文 | 本研究通过组织学引导和空间转录组学分析肝母细胞瘤,揭示了胚胎胆道谱系程序与Wnt激活协同促进肿瘤细胞增殖的机制 | 发现胚胎胆道转录因子SOX4和生长因子FGF19在肝母细胞瘤增殖异质性中的关键作用,揭示了非遗传性表观遗传机制在肿瘤进化中的功能 | 研究主要基于患者来源的肿瘤类器官模型,需要进一步在体内验证这些发现 | 探究肝母细胞瘤中组织学和增殖异质性的分子机制 | 肝母细胞瘤患者肿瘤样本和患者来源的肿瘤类器官 | 空间转录组学 | 肝母细胞瘤 | 组织学引导的空间转录组学 | NA | 空间转录组数据、组织学图像 | 肝母细胞瘤患者样本和肿瘤类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1391 | 2025-10-06 |
Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612328
PMID:39314454
|
研究论文 | 介绍PHOTON方法实现亚细胞分辨率空间转录组分析 | 结合高分辨率成像与高通量测序,实现亚细胞水平空间转录组分析 | NA | 开发亚细胞分辨率空间转录组分析方法 | 卵巢颗粒细胞、核仁、应激颗粒中的RNA | 空间转录组学 | NA | 高分辨率成像、高通量测序 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | PHOTON | PHOTON(纳米尺度转录组光选法) |
| 1392 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016
PMID:38848718
|
研究论文 | 本研究利用空间增强分辨率组学测序和单细胞RNA测序技术,绘制了水稻种子萌发过程中胚胎细胞的时空转录组图谱 | 开发了基于深度学习的自动细胞分割模型,发现了两种先前未报道的盾片细胞类型,并提供了探索胚胎细胞在种子萌发中作用的新方法 | NA | 阐明不同胚胎细胞在调控种子活力和幼苗建成中的复杂生物学功能 | 水稻胚胎细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间增强分辨率组学测序(Stereo-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 原位杂交 | 深度学习 | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | 吸水后6、24、36和48小时的水稻胚胎样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1393 | 2025-10-06 |
An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014
PMID:38843837
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学和高分辨率活体成像技术,揭示了小鼠胚胎前内脏内胚层迁移的分子机制 | 首次结合单细胞转录组、磷酸化蛋白质组和活体成像技术系统研究AVE迁移,发现转录状态与细胞位置的紧密关联及信号素信号的关键作用 | 研究仅针对小鼠胚胎模型,结果在其他物种中的普适性有待验证 | 阐明前内脏内胚层独特迁移行为和功能的分子基础 | 小鼠胚胎前内脏内胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白质组学, 活体成像, 晶格光片显微镜, 短期谱系标记 | NA | 基因表达数据, 蛋白质磷酸化数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1394 | 2025-10-06 |
Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601229
PMID:38979200
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研究论文 | 开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,用于研究生物膜生长过程中的转录异质性及免疫细胞暴露后的转录适应性 | 首次开发了适用于细菌的单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq,能够捕获生物膜内广泛的转录异质性并分析不同免疫细胞群的特异性反应 | 方法验证主要集中于生物膜与浮游生长的比较,尚未在其他细菌系统或更复杂环境中广泛测试 | 研究细菌生物膜的转录异质性及其对免疫压力的差异反应 | 细菌生物膜中的亚群细胞 | 单细胞测序技术 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | BaSSSh-seq | 优化的细菌单细胞RNA测序平台 |
| 1395 | 2025-10-06 |
Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes
2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.16.594572
PMID:38826410
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术研究神经元特异性剪接模式 | 开发新算法识别细胞特异性表达模式,发现神经元特异性异构体和调控RNA结合蛋白,并建立用户友好的空间转录组可视化平台 | 单细胞RNA-Seq方法的捕获效率和灵敏度限制 | 研究神经系统神经元特异性剪接模式和调控机制 | 神经元 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | CeNGEN联盟生成的深度细胞特异性转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1396 | 2025-10-06 |
Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy
2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2407809121
PMID:39556757
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研究论文 | 开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微机器人,可提高间充质基质细胞的保留率和存活率 | 设计了包含磁性纳米粒子链的超软水凝胶微球,具有活性氧清除功能,能够适应狭窄血管形状 | NA | 提高勃起功能障碍治疗的细胞治疗效果 | 大鼠和比格犬勃起功能障碍模型 | 生物医学工程 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1397 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis reveals CD34 as a marker of human sinoatrial node pacemaker cardiomyocytes
2024-11-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54337-4
PMID:39604360
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现CD34可作为人类窦房结起搏心肌细胞的标志物 | 首次发现CD34可作为窦房结起搏细胞的表面标志物,并证明通过CD34分选可富集具有功能起搏表型的细胞 | 研究主要基于胎儿和干细胞来源的窦房结细胞,未涉及成人原代组织 | 鉴定人类窦房结起搏细胞的分子标志物 | 人类胎儿窦房结细胞和人多能干细胞分化的窦房结细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞/单核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 胎儿和干细胞来源的窦房结细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1398 | 2025-10-06 |
Spatially organized tumor-stroma boundary determines the efficacy of immunotherapy in colorectal cancer patients
2024-11-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54710-3
PMID:39592630
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研究论文 | 本研究通过整合空间增强分辨率组学测序等技术,揭示了结直肠癌中肿瘤-基质边界的空间组织与免疫治疗疗效的关联 | 首次通过空间多组学技术系统解析肿瘤-基质边界的空间组织结构及其在免疫检查点阻断治疗响应中的作用机制 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究结直肠癌患者对免疫治疗不同响应的肿瘤微环境机制 | 未经治疗和接受ICB治疗的结直肠癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间增强分辨率组学测序,单细胞RNA测序,多重成像分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,成像数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1399 | 2025-10-06 |
HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma
2024-Jul, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02712-9
PMID:38762674
|
研究论文 | 本研究探索了食管鳞状细胞癌中HLA-A阳性三级淋巴结构与免疫检查点阻断治疗反应的关系 | 首次发现HLA-A阳性三级淋巴结构及其驻留的肿瘤浸润淋巴细胞与食管鳞癌免疫治疗反应相关 | 样本量相对有限(42例初治组织和60例患者),需要更大规模研究验证 | 识别食管鳞状细胞癌免疫检查点阻断治疗的生物标志物 | 食管鳞状细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组织化学,数字空间分析 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,单细胞测序数据 | 42例初治ESCC肿瘤组织和60例ESCC患者 | NanoString | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NanoString GeoMx数字空间分析仪 | NanoString GeoMx数字空间分析仪用于系统评估肿瘤微环境 |
| 1400 | 2025-10-06 |
Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment
2024-Jan, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350590
PMID:37944995
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研究论文 | 本文揭示了单细胞RNA测序数据中激活型KIR基因表达被低估的原因是标准比对流程对KIR转录本的错误分配 | 首次系统性地识别并验证了单细胞RNA测序标准流程中KIR转录本错误分配的问题及其对激活型KIR表达量化的影响 | NA | 探究单细胞RNA测序数据中KIR基因表达量化的准确性问题 | 杀伤性免疫球蛋白样受体(KIR)转录本 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |