单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1381	2025-02-09	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2024-Nov-01, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39486872	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）中组织驻留滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	发现了一种新型的组织重塑CD45-CD31-PDPN+ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群，并揭示了其在RA进展中的调控机制	研究主要依赖于单细胞和空间转录组学技术，可能受限于样本量和技术的分辨率	研究类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜组织和滑膜成纤维细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光、流式细胞术、细胞共培养、RNA测序	NA	基因表达数据、细胞表型数据	两个队列（PEAC和R4RA）的类风湿性关节炎患者样本
1382	2025-02-09	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2024-Oct-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39375009	研究论文	本研究采用多组学方法，识别了膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）中的主要细胞类型及其转录组特征，并探讨了IFP在KOA、性别和肥胖状态下的差异	首次提供了人类IFP的细胞和转录组多样性的全面图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小，仅包括21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者）	探讨膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性及其在KOA、性别和肥胖状态下的差异	膝骨关节炎（KOA）患者和健康对照者的髌下脂肪垫（IFP）	数字病理学	膝骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、生物信息学分析、代谢组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者），共82,924个细胞核
1383	2025-02-09	Inducible pluripotent stem cells to study human mast cell trajectories 2024-Oct, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.07.003 PMID:39038754	研究论文	本文开发了一种从诱导多能干细胞（iPSC）分化人类肥大细胞（MC）的体外模型，用于研究人类MC的分化轨迹	利用iPSC技术生成人类MC前体和成熟MC群体，为研究MC生物学和分化轨迹的转录调控提供了新的模型系统	研究中使用的细胞模型系统可能无法完全模拟体内MC的分化和功能	研究人类肥大细胞的分化轨迹和亚型	人类肥大细胞及其前体细胞	细胞生物学	炎症性疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	iPSC分化模型	细胞数据	547个单细胞（来自MCFC培养第4周的细胞）
1384	2025-02-09	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本文通过纵向双光子成像和单细胞转录组学技术，揭示了脉络丛在脑炎症中的调控机制	首次详细描述了脉络丛上皮细胞在神经炎症期间如何短暂特化以滋养免疫细胞，并协调其招募、存活和分化	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨脉络丛在脑炎症中的调控机制	小鼠脉络丛和免疫细胞	神经科学	脑膜炎	纵向双光子成像，单细胞转录组学	NA	图像，转录组数据	小鼠模型
1385	2025-02-09	NR3C2 affects the proliferation and invasiveness of colon cancer cells through the Wnt/β-Catenin signaling pathway 2024-Sep-05, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05935-8 PMID:39237674	研究论文	本研究探讨了核受体亚家族3组C成员2（NR3C2）与结肠癌结果之间的潜在关联及其机制	首次揭示了NR3C2通过Wnt/β-Catenin信号通路影响结肠癌细胞的增殖和侵袭性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，样本量有限，且未进行大规模临床验证	探索NR3C2与结肠癌结果的相关性及其机制	结肠癌细胞	癌症研究	结肠癌	mRNA数据分析、生物信息学方法、ROC曲线、单细胞转录组分析、细胞培养实验	NA	mRNA数据、临床记录、单细胞数据	TCGA数据库中的结肠癌数据、GEO数据库中的单细胞数据、3个新鲜结肠癌样本及其旁癌样本
1386	2025-02-09	Stellate cells are in utero markers of pancreatic disease in cystic fibrosis 2024-Aug-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00871-2 PMID:39112965	研究论文	本文通过绵羊CF模型研究了囊性纤维化（CF）胰腺疾病的演变过程，发现星状细胞在CF胰腺疾病中的关键作用	首次在CF绵羊模型中通过单细胞RNA测序技术识别出在CF胰腺疾病中显著过表达的独特细胞群体，特别是星状细胞	研究仅基于绵羊模型，尚未在人类中进行验证	探讨囊性纤维化胰腺疾病的早期演变机制	CFTR-/-绵羊的胎儿胰腺	数字病理学	囊性纤维化	RNA-seq, scRNA-seq, 免疫化学	CFTR-/-绵羊模型	RNA序列数据	从妊娠50天到足月的六个时间点收集的胎儿胰腺样本
1387	2025-02-09	Unravelling CD4+ T cell diversity and tissue adaptation of Tregs in abdominal aortic aneurysms through single-cell sequencing 2024-08, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13796 PMID:38637948	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了腹主动脉瘤中CD4+ T细胞的多样性和调节性T细胞（Tregs）的组织适应性	首次在腹主动脉瘤中识别出Tregs的前体细胞，并揭示了这些细胞在外周组织中起源并在主动脉中获得组织特异性表型的过程	Tregs获得组织特异性表型的具体时间和机制仍不明确	探讨腹主动脉瘤中CD4+ T细胞的异质性及Tregs的组织适应性	腹主动脉瘤患者的CD4+ T细胞和脾脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1388	2025-02-09	Single-cell profiling of bronchoalveolar cells reveals a Th17 signature in neutrophilic severe equine asthma 2024-04, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13745 PMID:38153159	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术，研究了严重马哮喘（SEA）中的免疫机制，揭示了Th17免疫反应在其中的主导作用	首次在SEA中通过单细胞mRNA测序技术揭示了Th17免疫反应的主导作用，并发现了单核细胞-淋巴细胞复合物及CXCL13在中间单核细胞中的上调	研究样本量较小，仅包括11匹温血马	揭示严重马哮喘（SEA）中的免疫机制	温血马（5匹对照马和6匹SEA马）的冷冻保存的支气管肺泡细胞	数字病理学	哮喘	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	mRNA序列数据	11匹温血马（5匹对照马和6匹SEA马）
1389	2025-02-09	Modeling primitive and definitive erythropoiesis with induced pluripotent stem cells 2024-03-26, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023011708 PMID:38290102	研究论文	本文利用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟原始和最终红细胞生成，比较了两种红细胞的功能特性	通过iPSCs生成同基因背景的原始和最终红细胞，并直接与胎儿肝脏来源的红细胞进行比较，揭示了两种红细胞生成程序的差异	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内红细胞生成的复杂性	研究红细胞生成的不同阶段及其功能特性，探索iPSCs在遗传性血液疾病建模中的应用	诱导多能干细胞（iPSCs）及其分化的红细胞	细胞生物学	血液疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康胎儿肝脏细胞来源的iPSCs及其分化的红细胞
1390	2025-02-09	Investigating adverse genomic and regulatory changes caused by replacement of the full-length CFTR cDNA using Cas9 and AAV 2024-Mar-12, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102134 PMID:38384445	研究论文	本文研究了使用Cas9和AAV替换全长CFTR cDNA后引起的基因组和调控变化的安全性	通过多种测序技术（CAST-seq、ATAC-seq、scRNA-seq）全面评估了基因编辑后的基因组和调控变化，验证了该策略的安全性	研究中发现的基因组重排和大片段插入/缺失虽然比例较低，但仍需进一步评估其长期影响	评估一种基于Cas9和AAV的通用基因编辑策略在治疗囊性纤维化中的安全性	气道基底干细胞	基因编辑	囊性纤维化	Cas9基因编辑、AAV、CAST-seq、ATAC-seq、scRNA-seq	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据、开放染色质数据	NA
1391	2025-02-09	Rapid anti-myeloma activity by T cells expressing an anti-BCMA CAR with a human heavy-chain-only antigen-binding domain 2024-Feb-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2023.12.018 PMID:38155568	研究论文	本文介绍了一种新型的完全人源化抗BCMA嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ，用于治疗多发性骨髓瘤（MM）的首次人体临床试验	开发了一种具有重链唯一抗原识别域、4-1BB域和CD3ζ域的完全人源化抗BCMA CAR，并首次在人体临床试验中验证其疗效	样本量较小（25名患者），且未进行长期随访以评估持久性疗效	评估新型CAR-T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ在多发性骨髓瘤患者中的安全性和有效性	25名复发多发性骨髓瘤患者	生物医学工程	多发性骨髓瘤	嵌合抗原受体T细胞疗法（CAR-T）	NA	临床数据	25名复发多发性骨髓瘤患者
1392	2025-02-08	InTraSeq: A Multimodal Assay that Uncovers New Single-Cell Biology and Regulatory Mechanisms 2024-Dec-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5284652/v1 PMID:39711533	研究论文	本文介绍了一种新型的多模态单细胞RNA测序技术InTraSeq，能够同时测量单个细胞中的mRNA、表面标记、细胞质蛋白和核蛋白，从而提供对细胞功能的全面理解	InTraSeq技术通过使用寡核苷酸条形码抗体，首次实现了在单个细胞中同时测量RNA和蛋白质表达，包括翻译后修饰和转录因子，揭示了新的细胞亚型和状态	尽管InTraSeq提供了全面的细胞功能视图，但其协议相对简单，可能在某些复杂应用中存在局限性	研究目的是通过多模态单细胞RNA测序技术，揭示细胞分化和调控机制中的新生物学见解	研究对象是Th17细胞分化过程中的复杂细胞状态和调控机制	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多模态测序	NA	RNA和蛋白质表达数据	超过85,000个细胞
1393	2025-02-08	The MRAP2 accessory protein directly interacts with melanocortin-3 receptor to enhance signaling 2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.06.622243 PMID:39574659	研究论文	本文研究了MRAP2蛋白如何通过与MC3R受体直接相互作用来增强信号传导，揭示了MRAP2在能量稳态中的关键作用	首次使用单分子下拉技术（SiMPull）确认MC3R和MRAP2在HEK293细胞中的相互作用，并通过荧光漂白步骤分析显示它们以1:1的化学计量比形成异二聚体	研究主要在HEK293细胞中进行，未在更复杂的生物体模型中验证结果	探讨MRAP2如何调节MC3R的功能及其在能量稳态中的作用	MC3R受体和MRAP2蛋白	分子生物学	肥胖症	单分子下拉技术（SiMPull）、荧光漂白步骤分析、单核和空间转录组学	NA	细胞实验数据、转录组数据	HEK293细胞
1394	2025-02-08	Single-cell RNA transcriptomics in mice reveals embryonic origin of fibrosis due to maternal obesity 2024-Nov, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105421 PMID:39476533	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了母体肥胖导致后代纤维化的胚胎起源	首次在胚胎水平上揭示了母体肥胖导致后代纤维化的细胞机制，并提出了AMPK作为潜在的治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究母体肥胖对后代纤维化的影响及其机制	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎	单细胞RNA测序	纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎（E9.5, E11.5, E13.5）
1395	2025-02-08	NME4 suppresses NFκB2-CCL5 axis, restricting CD8+ T cell tumour infiltration in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-10, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13838 PMID:39016535	研究论文	本文研究了NME4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的免疫学意义，揭示了NME4通过调控NFκB2-CCL5轴阻止CD8+ T细胞浸润肿瘤微环境的机制	首次在肿瘤微环境中描述了NME4的免疫学作用，并揭示了其通过NFκB2-CCL5轴调控CD8+ T细胞浸润的分子机制	NME4在ESCC患者中的临床病理和预后重要性有限，且研究主要基于小鼠模型，人类数据较少	探讨NME4在食管鳞状细胞癌中的免疫学作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	多重免疫组化、定量蛋白质组学、蛋白质微阵列筛选、单细胞RNA测序	小鼠同源肿瘤模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	ESCC患者和小鼠模型
1396	2025-02-08	FANCD2 as a ferroptosis-related target for recurrent implantation failure by integrated bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70119 PMID:39400935	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和孟德尔随机化方法，探讨了铁死亡相关基因在复发性着床失败（RIF）中的表达及其意义	首次将铁死亡相关基因与RIF联系起来，并通过机器学习模型和单细胞RNA测序揭示了MUC1、GJA1和FANCD2作为潜在诊断标志物的重要性	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能限制了结果的普遍性	探讨铁死亡相关基因在复发性着床失败中的作用及其潜在治疗策略	复发性着床失败患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	生殖系统疾病	生物信息学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	NA
1397	2025-02-08	Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness 2024-Jul-11, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae015 PMID:38985000	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了细胞因子处理的人类胰岛细胞的基因表达变化，发现人类胰岛细胞对细胞因子的反应显著减弱	首次在人类胰岛细胞中发现细胞因子反应的减弱，并揭示了与应激反应基因的高表达相关	研究未详细探讨供体死亡原因和胰岛分离方法对细胞应激的具体影响	研究人类胰岛细胞在细胞因子刺激下的基因表达变化及其与细胞应激的关系	人类胰岛细胞	单细胞RNA测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1398	2025-02-08	The dysfunction of CD8+ T cells triggered by endometriotic stromal cells promotes the immune survival of endometriosis 2024-07, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13786 PMID:38544333	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症的细胞异质性，并探讨了CD8 T细胞在疾病进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面描绘了子宫内膜异位症的细胞景观，并揭示了CD8 T细胞通过STAT1/PDCD1通路和代谢重编程在疾病中的关键作用	样本量较小，仅包括三名卵巢子宫内膜异位症患者	探讨子宫内膜异位症的细胞异质性及CD8 T细胞在疾病进展中的作用	子宫内膜异位症患者和裸鼠模型	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三名卵巢子宫内膜异位症患者
1399	2025-02-08	A Regularized Bayesian Dirichlet-multinomial Regression Model for Integrating Single-cell-level Omics and Patient-level Clinical Study Data 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.597391 PMID:38895417	研究论文	本文提出了一种正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据
1400	2025-02-08	Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13770 PMID:38425094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫检查点抑制剂相关心肌炎中先天免疫的改变	首次使用单细胞RNA测序技术对免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征进行表征，并识别出S100A蛋白家族作为潜在血清标志物	样本量较小，仅包括四组患者，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的病理生理机制和潜在治疗靶点	外周血单核细胞（PBMC）样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk-RNA sequencing）	NA	RNA测序数据	四组患者的外周血单核细胞样本，具体样本量未明确说明