单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1381	2025-03-06	Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma 2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.25757 PMID:38047487	研究论文	本研究构建并验证了一个与NAD+代谢相关的新型风险模型，用于骨肉瘤的预后预测	通过结合生物信息学分析和体外实验验证，首次揭示了NAD代谢相关基因在骨肉瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其对预后的影响	研究主要依赖于公开数据库的数据，且体外实验的样本量可能有限	探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	Cox分析、共识聚类、主成分分析、t-SNE、UMAP、基因集富集分析、基因集变异分析、Lasso分析、生存和ROC曲线、Nomogram、免疫相关分析、药物敏感性分析、单细胞RNA测序分析	风险模型和Nomogram	基因表达数据	从TARGET和GEO数据库获取的骨肉瘤数据
1382	2025-03-06	The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1498031 PMID:39640482	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和临床数据，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）的表观遗传调控全景，并构建了一个基于机器学习的预后预测模型	首次在单细胞分辨率下全面描绘了PDAC的表观遗传调控全景，并构建了一个基于17个表观遗传基因的机器学习预后模型，该模型在预测1年、3年和5年生存率方面表现出色（AUC >0.7）	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据异质性和偏差	探索表观遗传调控在PDAC进展和药物反应中的作用，并构建一个预后预测模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、Lasso、随机生存森林	机器学习模型	RNA测序数据、临床数据	多个公共数据库中的数据，具体样本数量未明确
1383	2025-03-05	HIV-SEQ REVEALS GLOBAL HOST GENE EXPRESSION DIFFERENCES BETWEEN HIV-TRANSCRIBING CELLS FROM VIREMIC AND SUPPRESSED PEOPLE WITH HIV 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.17.629023 PMID:39763963	研究论文	本文开发了一种名为HIV-seq的新技术，用于更有效地捕获HIV转录本，包括非多聚腺苷酸化的转录本，以便对HIV感染者（PWH）的细胞进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析	开发了HIV-seq技术，显著提高了在HIV感染者中检测HIV RNA+细胞的效率，并揭示了在病毒血症和抗逆转录病毒治疗（ART）抑制期间HIV RNA+细胞的转录特征差异	由于HIV转录细胞的低频率和低水平的HIV转录本，研究这些细胞仍然具有挑战性	研究HIV转录细胞在病毒血症和ART抑制期间的转录特征差异，以更好地理解这些细胞在ART期间持续存在的机制	HIV感染者的细胞	基因组学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CITE-seq	NA	RNA测序数据	配对的血液样本，来自HIV感染者在ART抑制前后的样本
1384	2025-03-05	Pseudo-Label Guided Structural Discriminative Subspace Learning for Unsupervised Feature Selection 2024-Dec, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2023.3319372 PMID:37796670	研究论文	本文提出了一种新的无监督特征选择方法，名为伪标签引导的结构判别子空间学习（PSDSL）	该方法将概率图的构建引入特征选择学习过程，作为一个统一的通用框架，并设计了伪标签引导的学习机制，结合基于图的方法和最大化类间散布矩阵的思想，构建了一个能提高所选特征判别性的目标函数	NA	提高无监督特征选择的效果	九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	基因数据	九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集
1385	2025-03-05	Genetic variation and molecular profiling of congenital malformations of the female genital tract based on whole-genome sequencing 2024-11, World journal of pediatrics : WJP IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s12519-024-00839-6 PMID:39251565	研究论文	本研究通过全基因组测序分析了590名中国个体的数据，揭示了女性生殖道先天性畸形（CM-FGT）的遗传变异和分子特征	首次在全基因组范围内识别出与CM-FGT相关的7个新发拷贝数变异、12个罕见单核苷酸变异和10个罕见3'UTR突变，并特别强调了ASH1L作为致病基因的重要性	样本主要来自中国人群，可能限制了结果的普遍性	探索女性生殖道先天性畸形的遗传变异和分子机制	590名中国个体，包括95名患者、442名病例对照和53名家族对照	基因组学	女性生殖道先天性畸形	全基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	590名个体（95名患者，442名病例对照，53名家族对照）
1386	2025-03-05	Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316256121 PMID:39226366	研究论文	本文介绍了一种名为VITAE的统计方法，通过结合潜在层次混合模型和变分自编码器来推断单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	VITAE方法通过整合潜在层次混合模型和变分自编码器，提高了轨迹推断的准确性和可解释性，并提供了细胞投影的不确定性量化	尽管VITAE在多种轨迹拓扑结构上表现优异，但其在更广泛的数据集和应用中的通用性仍需进一步验证	研究目标是开发一种能够同时进行轨迹推断和数据整合的统计方法，以提高单细胞测序数据分析的准确性和鲁棒性	研究对象是单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	三个不同的小鼠新皮层单细胞RNA测序数据集
1387	2025-03-05	Acyl-coenzyme a binding protein (ACBP) - a risk factor for cancer diagnosis and an inhibitor of immunosurveillance 2024-Sep-06, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02098-5 PMID:39242519	研究论文	本文研究了酰基辅酶A结合蛋白（ACBP/DBI）在癌症诊断和免疫监视中的作用	发现ACBP/DBI水平升高是癌症发展的风险因素，并证明其中和可以增强化疗免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模临床试验	探讨ACBP/DBI在癌症发展和免疫监视中的作用	癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型	癌症研究	肺癌、乳腺癌、肉瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	血浆样本、小鼠模型数据	癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型
1388	2025-03-05	Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer 2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00914-x PMID:38965396	综述	本文综述了小细胞肺癌（SCLC）的分子和治疗领域的最新进展，特别是基因组和转录组特征的研究，以及转化为新治疗方法的潜力	提出了SCLC的四种转录因子表达状态定义的分子亚型，并探讨了MYC同源基因的过表达和扩增对SCLC生物学和治疗脆弱性的影响	快速发展的治疗耐药性和缺乏有效的患者选择生物标志物是当前的主要挑战	改善小细胞肺癌患者的治疗效果	小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组和转录组数据	NA
1389	2025-03-05	Letter to editor: single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells of published cases 2024-Apr-02, Neurosurgical review IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s10143-024-02375-3 PMID:38561568	comments	本文对最近关于ECM重塑脑膜瘤细胞的单细胞转录组分析研究进行了细致评估	强调了在肿瘤异质性和微环境影响方面更全面的研究视角的重要性	数据解释和验证存在挑战，且ECM重塑的研究焦点可能忽视了肿瘤生物学的其他关键方面	评估单细胞转录组分析在ECM重塑脑膜瘤细胞研究中的应用及其局限性	ECM重塑的脑膜瘤细胞	digital pathology	脑膜瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
1390	2025-03-05	Single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells 2024-Mar-16, Neurosurgical review IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s10143-024-02349-5 PMID:38491247	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性	首次在单细胞水平上对ECM重塑脑膜瘤细胞进行了全面的转录组分析，揭示了其与细胞粘附和细胞外基质组织相关的基因表达特征	研究样本量未明确说明，可能限制了结果的普遍性	研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性	脑膜瘤细胞	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明
1391	2025-03-04	Screening, identification and targeted intervention of necroptotic biomarkers of asthma 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150674 PMID:39270557	研究论文	本研究旨在识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索针对坏死性凋亡的潜在治疗药物	首次系统性地识别了与哮喘相关的坏死性凋亡标志物，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究结果需要进一步的临床验证，以确认其在实际治疗中的应用效果	识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索潜在的治疗药物	哮喘患者与健康对照	生物信息学	哮喘	机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）、Western blot、qPCR、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接研究	LASSO、随机森林、SVM-RFE	基因表达数据、临床数据	哮喘患者与健康对照的基因表达数据
1392	2025-03-04	Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731 PMID:39423574	研究论文	本文通过生物信息学方法鉴定了木薯中的4CL基因家族，并分析了Me4CL32基因的表达模式	首次在木薯基因组中鉴定了50个Me4CL基因，并进行了全面的家族分析，揭示了Me4CL32基因在应对非生物胁迫和激素刺激中的表达变化	研究主要基于生物信息学分析和实验室条件下的基因表达分析，未涉及田间试验验证	研究木薯4CL基因家族的功能及其在植物生长、发育和抗逆性中的作用	木薯（Manihot esculenta Crantz）及其4CL基因家族	植物分子生物学	NA	生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq转录组分析、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	50个Me4CL基因
1393	2025-03-04	Transcriptional regulation of the postnatal cardiac conduction system heterogeneity 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50849-1 PMID:39095365	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观及其分子调控机制	首次在单细胞分辨率下结合空间信息，展示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观，并揭示了区域特异性基因调控网络	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类心脏传导系统的研究	研究心脏传导系统的分子构成和调控机制	小鼠出生后的心脏传导系统	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、ATAC-seq、ChIP-seq	NA	转录组数据	小鼠心脏传导系统的多个区域
1394	2025-03-04	spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601050 PMID:39005315	研究论文	本文介绍了一个名为spatialGE的网页应用程序，旨在简化空间转录组学数据的分析	spatialGE提供了一个用户友好的界面，使没有编程专业知识的用户能够通过多种分析流程，包括质量控制、标准化、域检测、表型分析和多种空间分析	NA	旨在使更广泛的科学界能够更容易地进行空间转录组学数据分析	空间转录组学数据	数字病理学	黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术	NA	空间转录组学数据	NA
1395	2025-03-04	Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone 2024-04, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107158 PMID:38479598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对小鼠骨相关间充质细胞进行了详细分类和比较，旨在澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	通过整合已发表的数据集和内部数据，创建了小鼠骨相关细胞的图谱，揭示了11个主要细胞簇，并定义了新的细胞类型Osteo-X	研究主要集中在小鼠模型上，结果可能无法直接推广到人类	增加骨母细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据，比较骨膜和骨内细胞，澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	小鼠骨相关间充质细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过100,000个间充质细胞
1396	2025-03-04	Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.02.577085 PMID:38370717	研究论文	本文通过空间转录组学和深度学习技术，研究了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	结合空间转录组学和深度学习分析，揭示了黑色素瘤治疗中细胞状态的时空变化和谱系选择	研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能不完全反映人体内的实际情况	研究BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性机制	BRAF突变黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习	深度学习	转录组数据，病理切片图像	患者来源的异种移植模型
1397	2025-03-04	Single-Cell Transcriptomes and Immune Repertoires Reveal the Cell State and Molecular Changes in Pemphigus Vulgaris 2024-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300312 PMID:38117802	研究论文	本文通过单细胞转录组和免疫组库分析，揭示了天疱疮（PV）中细胞状态和分子变化	首次结合5'单细胞RNA测序和V(D)J富集技术，分析了未经治疗和口服泼尼松治疗后的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本	研究样本量有限，且仅针对特定类型的PV（黏膜主导型）	揭示PV的病因和发病机制，特别是免疫细胞与上皮细胞之间的相互作用	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本	单细胞组学	天疱疮	5'单细胞RNA测序，V(D)J富集，免疫组化检测，多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组库数据	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本
1398	2025-03-03	YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity 2024-Oct-16, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351734.124 PMID:39362773	研究论文	本文研究了YY1在B细胞发育中的作用，特别是其在pro-B细胞阶段敲除后对B细胞谱系承诺的影响	发现YY1敲除的pro-B细胞在体外和体内均能生成T细胞谱系，并表现出异常的造血谱系可塑性	研究中未详细探讨YY1在其他细胞谱系中的具体调控机制	探讨YY1在B细胞发育中的功能及其对谱系承诺的影响	pro-B细胞	细胞生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1399	2025-03-03	Study on the prediction model of liver cancer based on chronic liver disease and the related molecular mechanism 2024-Sep-13, Annals of hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.aohep.2024.101572 PMID:39278407	研究论文	本研究基于慢性肝病和相关分子机制，开发了一种新的预测模型，用于准确分类肝细胞癌（HCC），以提高患者的生存率	通过整合分析肝炎、肝硬化和肝细胞癌数据集，识别了10个与预后相关的肝病进展基因，并建立了预测HCC患者预后的模型	NA	开发一种新的预测模型，用于准确分类肝细胞癌（HCC），以提高患者的生存率	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序	多变量Cox回归模型	基因表达数据	从TCGA和GEO数据库中获取的HCV、肝硬化和HCC数据
1400	2025-03-03	Synovial Tissue Insights into Heterogeneity of Rheumatoid Arthritis 2024-03, Current rheumatology reports IF:5.7Q1 DOI:10.1007/s11926-023-01129-2 PMID:38157158	综述	本文综述了类风湿性关节炎（RA）在滑膜组织中的异质性研究进展，包括单细胞RNA测序技术的应用和最新研究成果	通过单细胞RNA测序技术揭示了RA滑膜组织中与疾病相关的细胞群体，如外周辅助T细胞、自身免疫相关B细胞（ABCs）和NOTCH3+亚层成纤维细胞	NA	探讨类风湿性关节炎在滑膜组织中的细胞和分子异质性，以优化患者护理和治疗效果	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、空间转录组学、机器学习	NA	RNA测序数据	NA