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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-05-01 |
TRPV1 inhibition suppresses non-small cell lung cancer progression by inhibiting tumour growth and enhancing the immune response
2024-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00894-7
PMID:37902941
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研究论文 | 研究发现TRPV1在非小细胞肺癌中表达上调,抑制TRPV1可通过阻断Ca2+-IGF1R信号和抑制GABA分泌来抑制肿瘤生长并增强免疫反应 | 首次揭示TRPV1通过Ca2+-IGF1R信号通路促进NSCLC增殖并抑制凋亡,同时发现TRPV1通过调节GABA分泌影响肿瘤免疫微环境的新机制 | 未提及具体局限性 | 探索TRPV1在非小细胞肺癌发展中的作用及其机制 | 非小细胞肺癌细胞系和BALB/C、C57BL/6J小鼠肿瘤模型 | 机器学习 | 肺癌 | NA | NA | 空间转录组数据 | TCGA数据库;10× Genomics空间转录组数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x 空间转录组学 | NA |
| 122 | 2026-05-01 |
ITGB2-ICAM1 axis promotes liver metastasis in BAP1-mutated uveal melanoma with retained hypoxia and ECM signatures
2024-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00908-4
PMID:38150154
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研究论文 | 揭示ITGB2-ICAM1轴在BAP1突变葡萄膜黑色素瘤肝转移中的作用及机制 | 首次通过单细胞RNA测序和免疫活性小鼠模型发现ITGB2-ICAM1轴在BAP1突变相关葡萄膜黑色素瘤转移中维持缺氧和细胞外基质特征的关键作用 | 未提及具体局限性 | 探索BAP1缺失驱动葡萄膜黑色素瘤转移的分子机制 | 葡萄膜黑色素瘤原发和转移肿瘤细胞、小鼠肝转移模型 | 单细胞转录组学 | 葡萄膜黑色素瘤 | scRNA-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | 包含原发和转移性葡萄膜黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2026-05-01 |
SUMOylation inhibitors activate anti-tumor immunity by reshaping the immune microenvironment in a preclinical model of hepatocellular carcinoma
2024-Apr, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00880-z
PMID:38055116
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研究论文 | 本文研究了SUMO化抑制剂在肝细胞癌临床前模型中通过重塑免疫微环境激活抗肿瘤免疫的作用机制 | 首次发现SUMO化抑制剂TAK-981和ML-792能通过减少耗竭CD8+T细胞并增强细胞毒性NK细胞、M1巨噬细胞和CTL细胞来重塑肿瘤微环境,同时发现其可通过调节肠道微生物群丰度来恢复抗肿瘤免疫 | 该研究为临床前模型结果,尚未在人体临床试验中验证,其疗效和安全性仍需进一步评估 | 评估SUMO化抑制剂治疗肝细胞癌的效果并探索其免疫调节机制 | 小鼠肝细胞癌皮下模型和原位模型 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、流式细胞术、多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、质谱流式数据 | 小鼠肝细胞癌模型样本(皮下和原位模型) | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式 | NA | NA |
| 124 | 2026-05-01 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals immune cell heterogeneity in acute myeloid leukaemia peripheral blood mononuclear cells after chemotherapy
2024-Feb, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00853-2
PMID:37615858
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研究论文 | 利用单细胞转录组测序揭示化疗后急性髓系白血病外周血单个核细胞中的免疫细胞异质性 | 首次在单细胞水平上描绘化疗后AML患者PBMC的免疫细胞图谱,发现NK细胞和单核-树突状细胞在转录因子表达和染色体拷贝数变异方面存在显著变化,并观察到造血干细胞祖细胞的拷贝数变异和细胞间相互作用网络高度异质 | 样本量较小(仅5位AML患者和6位健康供者),化疗方案不同可能引入混杂因素,未进行功能验证实验 | 探索化疗后急性髓系白血病患者的免疫微环境,为精准医学和免疫治疗提供见解 | 5名接受不同化疗方案的AML患者和6名健康供者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 91,772个高质量细胞(来自5名AML患者的44,950个PBMC和6名健康供者的46,822个PBMC) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'解决方案 |
| 125 | 2026-04-30 |
Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition
2024-Dec-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07408-7
PMID:39730911
|
研究论文 | 通过基因组规模代谢模型分析上皮-间质转化过程中的动态代谢脆弱性 | 结合时间序列转录组、蛋白质组和单细胞转录组数据,利用基因组规模代谢模型揭示了EMT过程中糖酵解和谷氨酰胺代谢的时序依赖性,并验证了烯醇酶3的亚型特异性依赖 | 未提及 | 阐明上皮-间质转化(EMT)过程中的代谢网络重编程及其动态依赖性 | TGF-β刺激的细胞培养模型中的EMT过程 | 机器学习 | 肺腺癌 | 基因组规模代谢建模 | 基因组规模代谢模型 | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 多个公共EMT时间序列转录组、蛋白质组和单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2026-04-30 |
Spatial and temporal expression analysis of BMP signal modifiers, Smoc1 and Smoc2, from postnatal to adult developmental stages in the mouse testis
2024-12, Gene expression patterns : GEP
IF:1.0Q4
DOI:10.1016/j.gep.2024.119383
PMID:39510490
|
research paper | 研究小鼠睾丸从出生后到成年发育阶段中BMP信号调节因子Smoc1和Smoc2的时空表达 | 首次分析了Smoc1和Smoc2在出生后睾丸中的时空表达模式,揭示其在雄性生殖细胞和支持细胞中的差异表达 | 未探讨Smoc1和Smoc2在生殖过程中的具体功能机制 | 阐明Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸发育和精子发生中的表达动态 | 小鼠(新生、幼年和成年)的睾丸组织 | machine learning | NA | RNA原位杂交, 免疫荧光, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠睾丸样本,涵盖新生、幼年和成年阶段 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于单细胞转录组分析 |
| 127 | 2026-04-30 |
Expression of ABC transporters in the Drosophila testis stem cell niche: Comparison of two approaches
2024-12, Gene expression patterns : GEP
IF:1.0Q4
DOI:10.1016/j.gep.2024.119386
PMID:39638273
|
研究论文 | 研究了果蝇睾丸干细胞微环境中ABC转运蛋白的表达,并比较了两种方法的结果 | 首次在果蝇睾丸这一干细胞微环境模型中系统筛选ABC转运蛋白的表达,并对比增强子/基因陷阱筛选与单细胞测序两种方法的相关性 | 两种方法结果相关性较弱,提示单一技术可能不足以准确反映基因表达 | 探讨ABC转运蛋白在果蝇睾丸干细胞微环境中的表达模式 | 果蝇睾丸干细胞微环境 | 机器学习 | NA | 增强子/基因陷阱筛选、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2026-04-30 |
Single-cell heterogeneity in ribosome content and the consequences for the growth laws
2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.19.590370
PMID:38895328
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了酵母和细菌中单细胞核糖体含量的异质性及其对生长法则的影响 | 首次在单细胞水平上研究生长法则,发现单细胞核糖体含量与生长速率并不紧密相关,挑战了传统群体平均水平下的生长法则模型 | 仅研究了两种微生物,可能不适用于所有物种;未深入探讨引起单细胞核糖体含量变异的分子机制 | 探究单细胞水平的核糖体含量异质性及其与生长速率的关系,评估生长法则在单细胞层面的适用性 | 酿酒酵母(真核单细胞生物)与细菌(原核生物)中的单细胞 | 机器学习和生物信息学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 高斯过程模型 | 转录组数据 | 来自多种条件、重复和物种的数千个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 129 | 2026-04-30 |
mosna reveals different types of cellular interactions predictive of response to immunotherapies and survival in cancer
2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532947
PMID:36993595
|
研究论文 | mosna是一个Python包,用于分析空间组学数据并整合临床数据,以揭示与免疫治疗反应和癌症生存相关的细胞相互作用模式 | 开发了一个与所有空间组学方法兼容的Python包,能够整合多种算法并利用临床数据构建准确的空间网络,无缝训练机器学习模型并识别最具预测力的变量 | NA | 使空间组学数据与临床或生物数据的集成分析更加易于进行,从而获得对细胞相互作用模式或组织结构的生物学洞察 | 空间组学数据产生的数据集,包括亚细胞分辨转录组学(MERFISH、seqFISH)、蛋白质组学(CODEX、MIBI-TOF、低多重免疫荧光)以及基于斑点的空间转录组学(10x Visium) | 计算机视觉 | 癌症 | 空间组学 | 机器学习 | 模态数据(空间组学数据与临床数据) | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 130 | 2026-04-30 |
PERCEPTION predicts patient response and resistance to treatment using single-cell transcriptomics of their tumors
2024-Jun, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00756-7
PMID:38637658
|
研究论文 | 开发了PERCEPTION计算流程,利用单细胞转录组数据预测癌症患者治疗反应和耐药性 | 首次利用匹配的批量与单细胞表达谱构建个性化治疗反应模型,并成功在多个临床试验中验证 | NA | 开发基于单细胞转录组的精准肿瘤学计算工具,实现患者分层与治疗优化 | 培养细胞、患者肿瘤来源的原代细胞、多发性骨髓瘤和乳腺癌临床试验样本、肺癌患者 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤, 乳腺癌, 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 大规模细胞系药物筛选数据及多个临床队列 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 131 | 2026-04-29 |
Cancer-cell derived S100A11 promotes macrophage recruitment in ER+ breast cancer
2024-12-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2024.2429186
PMID:39587886
|
研究论文 | 通过分析25个ER+乳腺肿瘤的单细胞RNA测序数据,发现癌细胞分泌的S100A11促进巨噬细胞招募,揭示其在肿瘤微环境中的调控作用 | 首次发现S100A11在巨噬细胞与癌细胞相互作用中的新角色,并验证其作为潜在治疗靶点调控富含巨噬细胞的肿瘤微环境 | NA | 探究雌激素受体阳性乳腺癌中癌细胞与巨噬细胞的相互作用机制,特别是S100A11的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 25个雌激素受体阳性乳腺肿瘤中的癌细胞和巨噬细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 25个雌激素受体阳性乳腺肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 132 | 2026-04-29 |
sc-SPLASH provides ultra-efficient reference-free discovery in barcoded single-cell sequencing
2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.24.630263
PMID:39763839
|
研究论文 | sc-SPLASH是一种高效的分析流程,能够对条形码化的单细胞RNA测序和空间转录组数据进行无参考基因组的从头发现 | 首次将统计学优先、无参考基因组发现的SPLASH框架扩展到条形码化单细胞RNA测序和空间转录组学数据,并提供了优化的预处理和k-mer计数模块BKC | 未提及明显的局限性 | 开发一种高效的流程,用于在单细胞和空间转录组数据中进行无参考基因组的从头发现,以捕捉传统方法遗漏的转录组多样性 | 人类细胞、海鞘、海绵 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 序列数据(k-mer计数) | 未明确提及样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 133 | 2026-04-29 |
Spatial Transcriptomics Unravel the Tissue Complexity of Oral Pathogenesis
2024-Dec, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241271934
PMID:39382116
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综述 | 综述了空间转录组学在口腔发病机制研究中的应用,包括工作流程、数据分析方法以及在不同颅面区域疾病研究中的实例 | 综述了空间转录组学在口腔和颅面发育及疾病研究中的最新应用,展示了其在解析组织复杂性方面的独特优势 | 未明确提及,但可能包括空间转录组学技术的成本、分辨率限制以及数据分析的复杂性 | 探讨空间转录组学如何用于研究口腔和颅面区域的发育与发病机制 | 口腔和颅面组织,包括颅骨、腭、唾液腺、舌头、口底、口咽和牙周组织 | 数字病理学 | 口腔疾病、头颈癌、干燥综合征、牙周病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 134 | 2026-04-29 |
Analysis of the heterogeneity and complexity of murine extraorbital lacrimal gland via single-cell RNA sequencing
2024-10, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.06.005
PMID:38945476
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析小鼠泪腺的细胞异质性和复杂性 | 首次通过单细胞RNA测序对小鼠泪腺细胞类型进行无偏分类,并构建了全面的细胞图谱 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人体样本 | 揭示健康泪腺的细胞类型及其异质性 | C57BL/6J小鼠的泪腺细胞 | 机器学习和单细胞组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 43,850个高质量细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 135 | 2026-04-29 |
The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics
2024-10, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005
PMID:39122180
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研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞群体动态变化的影响 | 首次通过单细胞和空间转录组学技术,揭示睑板腺细胞分化过程中脂质生成基因的分层表达模式,以及年龄相关腺体萎缩和免疫细胞浸润的新机制 | 未明确提及限制条件,可能包括小鼠模型与人类差异、样本量较小或功能验证不足 | 研究睑板腺功能障碍(MGD)的细胞分化、脂质合成及腺体萎缩机制 | 年轻(6月龄)和年老(22月龄)野生型C57Bl/6小鼠,以及年轻(3月龄)和年老(13月龄)Awat2敲除小鼠的睑板腺组织 | 数字病理学 | 干眼病(睑板腺功能障碍) | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 涉及两种基因型(野生型和Awat2敲除)及不同年龄段(3-22月龄)的小鼠,具体样本数量未说明 | Resolve Biosciences | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | Resolve Biosciences Molecular Cartography panel | 使用含100个睑板腺特异性基因的Molecular Cartography panel进行空间转录组分析 |
| 136 | 2026-04-29 |
The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.609098
PMID:39282277
|
研究论文 | 应用定量蛋白质组学分析人类和小鼠类原肠胚四个关键分化阶段的蛋白质动态,并整合转录组和磷酸化数据揭示翻译及翻译后调控的物种特异性 | 首次通过定量蛋白质组学系统描绘类原肠胚发育过程中的蛋白质动态图谱,并整合多组学数据揭示线粒体转录组与蛋白质组在围原肠胚阶段的物种差异性 | 未在体内胚胎模型中验证类原肠胚的蛋白质组学发现;磷酸化调控的激酶-底物关系仅基于动态相关性推测 | 揭示哺乳动物早期发育中蛋白质动态及调控机制 | 人类和小鼠的类原肠胚(包括初始态ESC、激发态ESC、早期类原肠胚、晚期类原肠胚) | 数字病理学 | 先天性遗传病 | 定量蛋白质组学、RNA-seq、磷酸化位点分析 | NA | 蛋白质组学数据、转录组数据、磷酸化修饰数据 | 人类和小鼠各四个发育阶段的类原肠胚样本 | NA | 定量蛋白质组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2026-04-29 |
Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development
2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.599011
PMID:38948840
|
研究论文 | 构建新生儿和成年小鼠T细胞发育的转录和表观遗传图谱,揭示年龄相关差异的基因调控程序 | 首次整合转录组和表观遗传组数据,揭示T细胞发育中与年龄相关的基因调控程序差异,并利用CRISPR扰动结合单细胞测序鉴定关键调控因子 | 仅基于小鼠模型,人类年龄相关差异需进一步验证 | 研究T细胞发育过程中与年龄相关的基因调控程序及其机制 | 新生儿和成年小鼠的胸腺细胞发育 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR扰动、表观遗传分析 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | 新生儿和成年小鼠的胸腺细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒,结合CRISPR扰动技术 |
| 138 | 2026-04-29 |
Single-Cell Sequencing Illuminates Thymic Development: An Updated Framework for Understanding Thymic Epithelial Tumors
2024-06-03, The oncologist
DOI:10.1093/oncolo/oyae046
PMID:38520743
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在解析胸腺上皮肿瘤研究中揭示的胸腺发育新框架,包括胸腺上皮区室的细胞多样性、分化与衰老过程及肿瘤发生机制 | 利用单细胞分子分析技术为胸腺上皮肿瘤的临床和基础研究提供新视角,提出针对肿瘤异质性和起源细胞等未解问题的新见解 | 胸腺上皮肿瘤的罕见性限制了肿瘤发生机制的研究和合理治疗方案的开发 | 探讨单细胞测序如何深化对胸腺正常发育和恶性转化的理解,以推动罕见胸腺上皮肿瘤的改进治疗策略 | 胸腺上皮肿瘤(包括胸腺瘤和胸腺癌)及正常胸腺组织 | 单细胞组学 | 胸腺上皮肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2026-04-29 |
HIF2A mediates lineage transition to aggressive phenotype of cancer-associated fibroblasts in lung cancer brain metastasis
2024, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2024.2356942
PMID:38778816
|
研究论文 | 通过对肺转移性肺癌单细胞RNA测序数据的再分析,发现癌症相关成纤维细胞在缺氧条件下经历由HIF-2α驱动的谱系转变,从而增强血管生成并促进肿瘤生长,揭示了肺癌脑转移的新机制 | 发现HIF-2α驱动癌症相关成纤维细胞谱系转变至更具侵袭性的表型,并明确其在肺癌脑转移微环境中的功能变化,提供了潜在的治疗靶点 | 未明确定量分析的样本规模有限,仅使用了四个配对的脑转移和原发肺癌样本进行验证 | 阐明肺癌脑转移中癌症相关成纤维细胞的谱系组成和功能变化及其分子机制 | 肺癌患者(包含原发灶和脑转移灶)的癌症相关成纤维细胞 | 机器学习和数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、多重免疫组织化学 | NA | 基因表达数据(单细胞和批量RNA测序)、免疫组化图像 | 四个配对的脑转移和原发肺癌样本(用于多重免疫组化验证) | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 基于公共数据集GSE131907的分析 |
| 140 | 2026-04-29 |
SIGLEC15, negatively correlated with PD-L1 in HCC, could induce CD8+ T cell apoptosis to promote immune evasion
2024, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2024.2376264
PMID:38988824
|
研究论文 | 探究SIGLEC15在肝细胞癌中与PD-L1的负相关性及其通过诱导CD8+ T细胞凋亡促进免疫逃逸的机制 | 首次揭示SIGLEC15与PD-L1在肝细胞癌中的负相关表达模式,阐明SIGLEC15通过抑制CD8+ T细胞活力和诱导凋亡而非直接促进肿瘤增殖来介导免疫逃逸 | 未提及研究的明显局限 | 阐明SIGLEC15在肝细胞癌免疫逃逸中的功能及其与PD-L1的表达关系 | 肝细胞癌细胞系、免疫缺陷和免疫健全小鼠模型、Jurkat T细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | PCR分析、免疫组化、流式细胞术、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、测序数据 | 肝细胞癌组织样本、小鼠肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |