单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-08-10	Identifying immune signatures of sepsis to increase diagnostic accuracy in very preterm babies 2024-01-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44387-5 PMID:38195661	research paper	该研究通过多参数流式细胞术、单细胞RNA测序和血浆分析，识别了极早产儿败血症的动态血液免疫特征	发现了败血症期间白细胞群体中amphiregulin的上调，并验证了其作为血浆分析物与疾病临床体征的相关性	研究样本仅限于极早产儿(<32周妊娠)，结果可能不适用于其他年龄段	提高极早产儿败血症的诊断准确性	极早产儿(<32周妊娠)的血液样本	免疫学	败血症	多参数流式细胞术, 单细胞RNA测序, 血浆分析	NA	血液样本数据	极早产儿(<32周妊娠)的纵向血液样本
122	2025-08-09	Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition 2024-Dec-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07408-7 PMID:39730911	研究论文	通过基因组尺度代谢建模，研究上皮-间质转化(EMT)过程中的动态代谢脆弱性	整合多种组学数据，利用计算模型揭示EMT过程中的时间依赖性和细胞状态特异性代谢依赖关系	研究主要基于细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂情况	探索上皮-间质转化过程中的代谢网络重构	TGF-β刺激的细胞培养模型	计算生物学	肺癌	基因组尺度代谢建模、时间序列转录组学、时间序列蛋白质组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9筛选	基因组尺度代谢模型	转录组数据、蛋白质组数据	多个细胞培养模型的组学数据集
123	2025-08-09	Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study 2024-12, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.15946 PMID:39285685	研究论文	探讨铜死亡相关基因（CRGs）与代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）不同阶段（包括肝细胞癌HCC）的关联	首次探索铜死亡相关基因在MAFLD及其进展至HCC过程中的作用机制，发现GLS基因通过铜死亡和T细胞激活促进MAFLD进展	研究样本量相对有限，且主要依赖回顾性数据分析，需要进一步实验验证	揭示铜死亡相关基因在MAFLD疾病谱中的分子机制	MAFLD患者（n=331）、MAFLD相关HCC患者（n=271）及温州PERSONS队列（n=656）	生物医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）和肝细胞癌（HCC）	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、全基因组关联分析（GWAS）	逻辑回归分析、差异相关性分析	基因表达数据、临床指标数据	总样本量1258例（MAFLD 331例，MAFLD-HCC 271例，验证队列656例）
124	2025-08-09	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	research paper	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	GSPA利用细胞-细胞图上的扩散小波字典学习基因表示，能够基于基因在细胞流形上的模式和定位进行表征	NA	解决单细胞测序分析中基因空间映射或嵌入的问题	单细胞测序数据中的基因	computational biology	NA	single-cell sequencing	graph signal processing	single-cell data	NA
125	2025-08-09	Advancing toward a unified eosinophil signature from transcriptional profiling 2024-Nov-27, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae188 PMID:39213186	review	本文总结了小鼠和人类嗜酸性粒细胞在血液和组织中的转录分析研究，讨论了各种方法的优势和潜在缺陷	提出了建立嗜酸性粒细胞转录特征的最小基因集，以及人类疾病活动期与缓解期或发育阶段的比较研究	嗜酸性粒细胞细胞脆弱性和高质量RNA分离困难限制了转录分析的研究	提高嗜酸性粒细胞相关疾病的诊断精确度和治疗选择	小鼠和人类的嗜酸性粒细胞	转录组学	嗜酸性粒细胞相关疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列	NA	转录组数据	NA
126	2025-08-09	[Ionizing radiation-induced damage (IRD) to and repair mechanisms of the male reproductive system: Report of testicular function changes in a case of IRD] 2024-Aug, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:40778793	research paper	研究电离辐射对睾丸结构和功能的影响，并提供预防和治疗辐射损伤的策略	使用单细胞转录组测序技术分析电离辐射对睾丸细胞功能的影响，并探索通过改善脂质代谢来减轻辐射损伤	研究仅基于一个病例和小鼠模型，样本量较小	探讨电离辐射对男性生殖系统的损伤机制及修复策略	睾丸结构和功能、精子、激素水平、Leydig细胞和巨噬细胞	生殖医学	辐射损伤	辐射剂量模拟、精液分析、激素检测、电子显微镜、单细胞转录组测序	小鼠模型	生物医学数据	一个病例和小鼠模型
127	2025-08-09	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-01-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤间质细胞的分子变化及其作用	识别了8个具有跨物种一致性的基质细胞亚群，并发现了periostin在侵袭和分化中的作用，提出了超越传统Gleason评分的转移预测基因特征	主要基于小鼠模型数据，人类样本验证仍需进一步研究	阐明间质细胞在前列腺癌进展中的具体作用机制	前列腺癌肿瘤微环境中的间质细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型(GEMMs)	RNA测序数据	4种基因工程小鼠模型和人类肿瘤样本
128	2025-08-08	WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886 PMID:39515332	研究论文	提出了一种名为WEST的加权集成方法，用于提高空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	WEST方法利用集成技术改进了空间转录组学数据分析的准确性和灵活性，相比现有方法有显著提升	NA	改进空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	集成方法	空间转录组学数据	合成数据集和真实数据集
129	2025-08-08	Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors 2024-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c01773 PMID:39044395	研究论文	本文介绍了一种高灵敏度的多重microRNA空间分析方法及其在小鼠乳腺肿瘤中的应用	开发了一种结合滚环扩增(RCA)和双扫描方法的高灵敏度空间检测技术，能够同时定量检测7种microRNA，并具有较大的动态范围(4个数量级)和极低的检测限(0.17 zeptomoles)	目前仅在小鼠乳腺肿瘤中进行了应用验证，尚未在人类临床样本中进行测试	开发高灵敏度的空间microRNA检测方法，以获取更多样本信息	小鼠乳腺肿瘤中的microRNA	数字病理学	乳腺癌	滚环扩增(RCA), 空间转录组学	NA	空间转录组数据	小鼠乳腺肿瘤样本(具体数量未明确说明)
130	2025-08-08	Evaluation of nanoscale versus hybrid micro/nano surface topographies for endosseous implants 2024-01-01, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2023.10.030 PMID:37918471	研究论文	研究纳米级与混合微/纳米级表面形貌对骨整合过程中细胞功能的影响	首次使用单细胞RNA测序技术鉴定体内植入物表面最早的细胞群，并发现纳米级表面通过影响骨祖细胞和免疫细胞（巨噬细胞）以表面特异性方式改变骨形成过程	研究主要关注短期（21天内）的骨整合效果，长期效果尚不明确	评估不同表面形貌对骨整合过程中细胞功能和组织反应的影响	间充质干细胞（MSCs）和骨髓来源巨噬细胞（BMMs）	生物材料	骨疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	体外和体内实验，具体样本数量未明确说明
131	2025-08-07	Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01890-9 PMID:39227743	研究论文	利用单细胞空间转录组学解析胰腺癌肿瘤微环境在化疗和放疗后的重塑过程	开发了SCOTIA模型，结合空间距离和配体-受体基因表达分析细胞间相互作用，揭示了治疗相关的肿瘤微环境重塑	研究结果需要更多独立数据集验证，且实验主要基于体外模型	探究胰腺癌治疗过程中肿瘤微环境的重塑机制	人类胰腺癌组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞空间转录组学	SCOTIA（空间约束最优运输交互分析）	空间转录组数据	NA
132	2025-08-07	Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process 2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00479-4 PMID:39449067	研究论文	本研究构建了涵盖人类生命周期的首个免疫细胞转录组图谱，并开发了一个新的生物年龄预测模型PHARE，用于揭示健康和疾病中与衰老相关的免疫细胞比例和功能变化	首次构建涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发新的生物年龄预测模型PHARE	未明确提及样本的具体数量及多样性限制	研究衰老如何影响免疫细胞功能，以精确治疗不同生命阶段的患者	从新生儿到超百岁老人的免疫细胞	机器学习	COVID-19、川崎病、冠状动脉疾病	scRNA-seq、bulk RNA-seq	PHARE	转录组数据	涵盖从新生儿到超百岁老人，未明确具体数量
133	2025-08-07	Multi-omics analysis unveils the predictive value of IGF2BP3/SPHK1 signaling in cancer stem cells for prognosis and immunotherapeutic response in muscle-invasive bladder cancer 2024-Oct-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05685-8 PMID:39367493	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）癌症干细胞中的预测价值	首次发现IGF2BP3/SPHK1信号通路在MIBC癌症干细胞中的关键作用，并验证其作为免疫治疗反应预测生物标志物的潜力	样本量相对有限（38例MIBC组织），需要更大规模队列验证	探索MIBC中癌症干细胞特征与免疫治疗反应的关系	肌肉浸润性膀胱癌组织和患者来源的类器官	数字病理学	膀胱癌	单细胞质谱流式(CyTOF)、RNA测序(bulk RNA-seq)、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、CODEX多重成像	NA	单细胞数据、转录组数据、空间分布数据	38例MIBC组织（179,483个单细胞）、25例MIBC组织（67,988个细胞）
134	2025-08-07	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导和MRI特征	发现了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤的生长，并提出了一个潜在的MRI生物标志物	研究样本可能有限，且需要进一步验证MRI生物标志物的临床应用价值	揭示Merlin完整的脑膜瘤生长的生化机制，并寻找非侵入性生物标志物以指导治疗或影像监测	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	脑膜瘤异种移植模型和患者样本（具体数量未提及）
135	2025-08-07	Cardiac Development at a Single-Cell Resolution 2024, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14 PMID:38884716	research paper	该论文利用单细胞RNA测序技术研究哺乳动物心脏发育的复杂过程	利用单细胞RNA测序技术揭示心脏发育过程中的细胞异质性和时空转录组景观	NA	探索哺乳动物心脏发育的分子机制及其与先天性心脏病的关联	人类和小鼠心脏发育过程中的心肌细胞和非心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
136	2025-08-06	Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma 2024-12-18, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01199-0 PMID:39695118	研究论文	通过单细胞转录组和空间分析揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中的免疫抑制微环境	首次使用单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术比较了复发/难治性AITL与新诊断AITL的细胞组成和空间结构，揭示了YY1转录激活驱动的恶性Tfh细胞增殖与患者不良预后的显著关联，以及B细胞在免疫逃逸中的作用	研究样本数量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（RR-AITL）和新诊断AITL（ND-AITL）患者样本	数字病理学	淋巴瘤	scRNA-seq, IMC	NA	单细胞转录组数据, 空间成像数据	未明确说明
137	2025-08-06	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小型加权细胞子集，以促进下游数据分析任务	提出scCoreset框架，能够在保持分析结果相似性的前提下，显著提高单细胞RNA-seq数据分析的效率	未提及该方法在处理特定类型细胞或复杂生物问题时的适用性限制	解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scCoreset框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本量，但涉及大规模数据集
138	2025-08-06	FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	提出了一种快速稳定的非负矩阵分解方法FaStaNMF，用于基因表达数据的解卷积分析	在保证NMF结果全局稳定性的同时兼顾准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题	方法性能仅在四个已知真实值的数据集上进行了验证	开发一种快速稳定的基因表达数据解卷积方法	混合细胞类型的基因表达数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解(NMF)	FaStaNMF	基因表达数据	四个基于公开数据或RNAGinesis模拟生成的数据集
139	2025-08-06	SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400 PMID:38976461	研究论文	本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病的基因调控机制	提出了一种新的基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的单细胞基因调控网络识别方法SCRN	研究仅基于三个已知的AD基因构建调控网络，可能未涵盖所有相关基因	研究阿尔茨海默病的基因调控机制，寻找潜在的生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和正常人的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, UMAP降维分析	图神经网络	单细胞RNA测序数据	NA
140	2025-08-06	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF通过整合深度特征嵌入和核空间分析，学习准确的聚类亲和矩阵，并设计多级核空间融合策略以充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确提及具体样本量