单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-12-20	Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution 2024-Dec-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02555-5 PMID:39653820	研究论文	本文开发并验证了多重皮质脑类器官的策略，用于在单细胞分辨率下纵向解析发育特征	提出了两种多重脑类器官的策略（镶嵌模型和下游多重化），并开发了新的计算方法SCanSNP用于细胞身份的去卷积	NA	提高人类神经生物学研究的可扩展性和机制精度	皮质脑类器官的发育轨迹和遗传变异的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	多个多能干细胞系
122	2024-12-20	Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence 2024-Dec-08, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976 PMID:39657893	研究论文	本文通过多组学证据分析了阿尔茨海默病（AD）患者外周血单核细胞（PBMCs）中CD4细胞毒性T细胞（CD4-CTLs）的扩增情况	首次揭示了AD患者外周血中CD4-CTLs的显著增加，并发现了TBX21和MYBL1作为CD4-CTL扩增的关键转录因子，以及SRGN和ITGB1作为风险基因的遗传调控作用	NA	研究阿尔茨海默病中适应性免疫反应的作用机制	阿尔茨海默病患者的CD4细胞毒性T细胞及其在疾病中的作用	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	阿尔茨海默病患者的PBMCs样本
123	2024-12-20	Cell Type Differentiation Using Network Clustering Algorithms 2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626793 PMID:39677670	研究论文	本文研究了使用网络聚类算法在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的方法	本文引入了Infomap算法，并发现其在单细胞RNA测序数据中对细胞类型的分类效果优于其他方法	本文仅使用了PBMC和ROSMAP两个数据集进行验证，可能需要更多数据集来进一步验证方法的普适性	开发和比较不同的算法以准确识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（scGNN）	基因表达数据	两个独立数据集：PBMC和ROSMAP
124	2024-12-20	MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics 2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626766 PMID:39677693	研究论文	本文介绍了一种名为MerQuaCo的计算工具，用于图像为基础的空间转录组学数据的质量控制	开发了MerQuaCo，这是一种开源代码，能够自动检测和量化数据中的缺陷，无需用户输入，从而简化了数据质量评估过程	本文主要集中在新鲜冷冻成年小鼠大脑切片的数据集上，可能限制了其在其他类型样本或实验中的应用	开发和验证一种自动化的工具，用于评估和提高空间转录组学数据的质量	641个新鲜冷冻成年小鼠大脑切片的数据集	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	图像	641个新鲜冷冻成年小鼠大脑切片
125	2024-12-20	Endoplasmic Reticulum Stress Induces ROS Production and Activates NLRP3 Inflammasome Via the PERK-CHOP Signaling Pathway in Dry Eye Disease 2024-Dec-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.14.34 PMID:39699913	研究论文	本研究探讨了内质网（ER）应激在干眼病（DED）发展中的潜在作用	首次揭示了内质网应激通过PERK-CHOP信号通路诱导ROS产生并激活NLRP3炎症小体，从而在干眼病中发挥作用	研究主要基于小鼠模型和细胞模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨内质网应激在干眼病发展中的作用及其潜在治疗靶点	干眼病小鼠模型和人类角膜上皮细胞	NA	干眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括干眼小鼠模型的角膜组织和人类角膜上皮细胞（HCECs和HCE-2细胞）
126	2024-12-20	A novel multi-omics approach for identifying key genes in intervertebral disc degeneration 2024-Dec, SLAS technology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.slast.2024.100223 PMID:39528158	研究论文	本文采用多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，研究了椎间盘退变的关键基因	首次通过多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，揭示了椎间盘退变的遗传基础，并识别出可能调控椎间盘退变的关键基因	研究依赖于公开的单细胞数据集，可能存在数据偏倚；基因网络分析和功能富集分析的结果需要进一步实验验证	揭示椎间盘退变的遗传基础，并识别可能的调控基因	椎间盘退变相关的不同细胞类型及其分子通路	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、孟德尔随机化	NA	基因表达数据	1,164个差异表达基因，涉及四种与椎间盘退变相关的重要细胞类型
127	2024-12-20	Formation of CSE-YAP complex drives FOXD3-mediated transition of neurotoxic astrocytes in Parkinson's disease 2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107507 PMID:39547464	研究论文	本文揭示了胱硫醚γ-裂解酶（CSE）在帕金森病（PD）中通过形成CSE-YAP复合物驱动FOXD3介导的神经毒性星形胶质细胞转变的作用	首次揭示了CSE在PD中通过形成CSE-YAP复合物驱动神经毒性星形胶质细胞转变的作用，并发现了FOXD3作为调控星形胶质细胞表型的新型转录因子	研究主要基于体外和体内实验，缺乏临床试验验证	探讨帕金森病进展中神经毒性星形胶质细胞的分子机制	帕金森病中的星形胶质细胞及其分子机制	NA	帕金森病	单细胞测序，RNA测序，无标记质谱	NA	基因表达数据	来自PD患者的单细胞测序数据和MPP处理的星形胶质细胞的RNA测序数据
128	2024-12-20	Ectopic expression of NKG7 enhances CAR-T function and improves the therapeutic efficacy in liquid and solid tumors 2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107506 PMID:39551173	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据研究了肿瘤浸润T细胞的特征，发现NKG7的异位表达可以增强CAR-T细胞的功能，提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果	首次发现NKG7的异位表达可以显著提高CAR-T细胞的细胞毒性和治疗效果，并促进TNF-α和IL-2的表达	缺乏治疗后尤其是实体肿瘤中的活检数据，限制了对CAR-T细胞体内特性的全面理解	探索提高CAR-T细胞治疗效果的策略	消化系统癌症的肿瘤浸润T细胞和CAR-T细胞	数字病理学	消化系统癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	19个消化系统癌症的临床样本
129	2024-12-20	Lessons about physiological relevance learned from large-scale meta-analysis of co-expression networks in brain organoids 2024-Dec, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002965 PMID:39693319	研究论文	本文通过大规模的单细胞RNA测序数据集的整合分析，研究了脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性	本文首次通过大规模的单细胞RNA测序数据的元分析，评估了不同脑类器官协议的可靠性	本文依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在数据质量和代表性的限制	研究脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性	脑类器官与人类发育中大脑的基因共表达关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因共表达网络	百万级单细胞RNA测序数据集
130	2024-12-20	Changes in AXL and/or MITF melanoma subpopulations in patients receiving immunotherapy 2024-Dec, Immuno-oncology technology DOI:10.1016/j.iotech.2024.101009 PMID:39697983	研究论文	本研究分析了接受免疫治疗的黑色素瘤患者中AXL和/或MITF亚群的变化	首次通过NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序和多重免疫荧光原位杂交技术，研究了AXL+和MITF+黑色素瘤亚群在免疫治疗中的变化	研究样本量较小，且免疫治疗对AXL+或MITF+肿瘤细胞丰度的变化与生存率无显著相关性	探讨免疫治疗对黑色素瘤患者中AXL+和MITF+亚群的影响	接受免疫治疗的黑色素瘤患者中的AXL+和MITF+亚群	NA	黑色素瘤	NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光原位杂交	NA	mRNA、蛋白质	NA
131	2024-12-20	STING Activation in Macrophages and Microglia Drives Poststroke Inflammation: Implications for Neuroinflammatory Mechanisms and Therapeutic Interventions 2024-Dec, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70106 PMID:39698742	研究论文	本研究探讨了STING激活在小胶质细胞和巨噬细胞中的作用，揭示了其在驱动中风后炎症中的关键机制	首次揭示了STING激活通过I型干扰素信号通路驱动中风后小胶质细胞和巨噬细胞向促炎表型的转变	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类样本中验证	探讨中风后小胶质细胞和巨噬细胞的表型转变机制及其潜在的治疗干预策略	小胶质细胞、巨噬细胞和中风后神经炎症	NA	中风	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了C57BL/6雄性小鼠进行实验，并进行了体外培养的小胶质细胞和骨髓来源的巨噬细胞实验
132	2024-12-20	Neuroepithelial cell transforming 1 as a key regulator in non-small cell lung cancer: unveiling causal links and therapeutic potentials 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-587 PMID:39697721	研究论文	本研究探讨了神经上皮细胞转化1（NET1）在非小细胞肺癌（NSCLC）进展中的关键调控作用，并通过生物信息学分析和实验室实验揭示了其因果关系和治疗潜力	本研究首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化算法揭示了NET1在NSCLC中的因果关系，并验证了其在细胞增殖和铁死亡抑制中的作用	本研究主要基于实验室实验和生物信息学分析，未来需要进一步的临床试验验证其治疗潜力	揭示NET1在非小细胞肺癌中的分子机制及其治疗潜力	NET1在非小细胞肺癌中的作用及其对细胞增殖和铁死亡的影响	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）算法、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、细胞活力测定、丙二醛（MDA）检测、分子对接分析	NA	基因表达数据	非恶性肺组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，以及实验室实验中的细胞样本
133	2024-12-20	Identification of the CD8+ T-cell exhaustion signature of hepatocellular carcinoma for the prediction of prognosis and immune microenvironment by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-650 PMID:39697729	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了肝细胞癌的CD8+ T细胞耗竭特征，用于预测患者的预后和免疫微环境	首次通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了CD8+ T细胞耗竭特征，为评估肝细胞癌患者的预后和免疫微环境提供了新方法	研究结果需要在更多独立数据集和临床试验中进一步验证	构建基于CD8+ T细胞耗竭特征的模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫微环境	肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高通量RNA测序（RNA-seq）	Cox回归分析模型	RNA测序数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的肝细胞癌患者RNA-seq数据，以及来自GSE149614的10× scRNA数据
134	2024-12-20	Multi-omics decipher the immune microenvironment and unveil therapeutic strategies for postoperative ovarian cancer patients 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-656 PMID:39697734	研究论文	本研究通过多组学数据分析，揭示了卵巢癌术后患者的免疫微环境特征，并提出了新的治疗策略	本研究首次利用12种程序性细胞死亡模式构建了新的分类和预后模型，并建立了基于8基因签名的程序性细胞死亡指数（PCDI），用于预测卵巢癌术后患者的预后和药物敏感性	本研究的样本量相对较小，且依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏倚	探讨程序性细胞死亡模式在卵巢癌术后患者预后和药物敏感性预测中的应用	卵巢癌术后患者的免疫微环境和治疗反应	数字病理学	卵巢癌	转录组学、基因组学、单细胞转录组学	机器学习算法	基因表达数据、临床信息	使用了来自TCGA和GEO数据库的多个数据集，包括批量转录组、基因组和临床信息，以及单细胞转录组数据
135	2024-12-20	Elucidating the molecular and immune interplay between head and neck squamous cell carcinoma and diffuse large B-cell lymphoma through bioinformatics and machine learning 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1064 PMID:39697749	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用	本研究首次通过生物信息学和机器学习方法，识别出头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的共享生物标志物和潜在治疗靶点	本研究主要基于现有数据库的数据进行分析，未来需要进一步的实验验证	阐明头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用	头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	机器学习	NA	基因表达数据	2040个差异表达基因和1983个模块相关基因
136	2024-12-20	Integrative multi-omics and machine learning approach reveals tumor microenvironment-associated prognostic biomarkers in ovarian cancer 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-539 PMID:39697754	研究论文	本研究利用多组学整合和机器学习方法，揭示了卵巢癌肿瘤微环境相关的预后生物标志物	首次系统性地解码了卵巢癌肿瘤微环境相关的基因特征，并开发了包含免疫细胞标志物的预后模型，展示了其在个性化治疗中的潜力	NA	揭示卵巢癌肿瘤微环境相关的预后生物标志物，为个性化治疗提供依据	卵巢癌肿瘤微环境及其相关的预后生物标志物	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus（GSE184880）和The Cancer Genome Atlas（TCGA）的卵巢癌和正常组织样本
137	2024-12-20	Depletion of intrinsic renal macrophages with moderate-to-high expression of CD163, MRC1, PTH2R, PDE4D, and CUBN in regulating podocyte injury in diabetic nephropathy: a single-cell RNA sequencing analysis 2024-Nov-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-24-569 PMID:39698573	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了糖尿病肾病中肾巨噬细胞的极化及其对足细胞损伤的影响	首次揭示了在糖尿病肾病中，表达CD163、MRC1、PTH2R、PDE4D和CUBN的肾巨噬细胞亚群的耗竭与足细胞损伤的关系	研究仅基于单核RNA测序数据，未进行体内实验验证	探讨糖尿病肾病中肾巨噬细胞的极化及其对足细胞损伤的影响	糖尿病肾病患者的肾巨噬细胞及其与足细胞的相互作用	NA	糖尿病肾病	单核RNA测序	NA	基因表达数据	糖尿病肾病和对照组的肾脏样本
138	2024-12-20	Transcriptome and Temporal Transcriptome Analyses in Single Cells 2024-Nov-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312845 PMID:39684556	综述	本文综述了单细胞转录组分析技术的发展，特别是结合RNA代谢标记的单细胞RNA测序技术，探讨了其在生物学过程中的应用	本文介绍了RNA代谢标记与单细胞RNA测序技术的结合，能够对单个细胞中的时间转录组进行分析，提供了对RNA动力学和细胞命运决定等动态生物过程的新见解	NA	探讨单细胞转录组分析技术的发展及其在生物医学研究中的应用	单细胞转录组和时间转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
139	2024-12-20	scDCA: deciphering the dominant cell communication assembly of downstream functional events from single-cell RNA-seq data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae663 PMID:39694816	研究论文	提出了一种基于深度学习的方法scDCA，用于从单细胞RNA-seq数据中解析对特定功能事件有重要影响的细胞通信组合	首次提出了一种基于多视图图卷积网络和注意力机制的深度学习方法，用于量化细胞类型对特定功能过程的贡献	目前仅在肾细胞癌样本中进行了验证，未来需要在更多疾病和样本中进行验证	开发一种新的计算方法，用于解析细胞通信对特定功能事件的影响，以促进癌症治疗	单细胞RNA-seq数据中的细胞通信及其对下游功能事件的影响	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA-seq	多视图图卷积网络	基因表达数据	肾细胞癌样本
140	2024-12-20	Unlocking the Complexity: Exploration of Acute Lymphoblastic Leukemia at the Single Cell Level 2024-Nov, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-024-00739-5 PMID:39190087	综述	本文综述了单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用及其优势和局限性	本文介绍了单细胞测序技术在ALL研究中的最新进展，特别是多组学技术和空间维度的引入，为揭示ALL的分子复杂性提供了新的视角	本文主要讨论了现有技术的优势和局限性，但未提出具体的改进方法	探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病研究中的应用	急性淋巴细胞白血病（ALL）的分子复杂性、异质性及其与微环境的相互作用	数字病理学	血液肿瘤	单细胞测序	NA	DNA、RNA、表观遗传修饰、细胞内和细胞表面蛋白	数千个细胞