单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-26	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究机械张力如何通过细胞培养基底刚度影响人类原发性肺成纤维细胞的衰老标志物和分泌表型	揭示了机械张力对细胞衰老及其分泌表型的影响，特别是在高刚度条件下观察到的独特分泌蛋白谱和转录组特征	研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析, 转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据, 转录组数据	人类原发性肺成纤维细胞在不同刚度基底(2 kPa, 50 kPa, ~3 GPa)上的培养
122	2025-06-26	scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614685 PMID:39386549	研究论文	介绍了一种基于transformer的深度学习模型scEMB，用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示	scEMB采用创新的分箱策略整合多平台数据，有效保留基因表达层次和细胞类型特异性，并在下游任务中表现优于现有模型	未明确提及具体局限性	从复杂基因表达数据中提取有生物学意义的见解，加速精准医学和治疗开发的发现	大规模单细胞转录组数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞转录组技术	transformer	单细胞转录组数据	超过3000万个单细胞转录组
123	2025-06-26	scHD4E: Novel ensemble learning-based differential expression analysis method for single-cell RNA-sequencing data 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108769 PMID:38897145	研究论文	提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scHD4E	scHD4E仅使用四种顶级方法进行集成学习，相比现有方法scDEA（使用12种方法）表现更优	未提及具体局限性	开发更准确稳定的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	集成学习	基因表达数据	六个真实scRNA-seq数据集和五个实验数据集
124	2025-06-26	Historic obstacles and emerging opportunities in the field of developmental metabolism - lessons from Heidelberg 2024-Jun-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202937 PMID:38912552	综述	本文总结了2023年EMBO研讨会'发育代谢：能量、物质和信息的流动'中的关键讨论，强调了现代发育生物学面临的挑战与机遇	探讨了代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序和计算模型等新技术如何为发育代谢领域带来全新的研究方向	NA	探索发育代谢领域的新机遇与技术进展	细胞特异性和组织特异性代谢网络、器官间代谢通讯以及基因与代谢物在时空上的相互作用	发育生物学	NA	代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序、计算模型	NA	代谢数据、基因表达数据	NA
125	2025-06-24	Distinct Inflammatory Programs Underlie the Intramuscular Lipid Nanoparticle Response 2024-12-03, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c08490 PMID:39563529	research paper	该研究探讨了mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）在肌肉组织中的免疫原性，揭示了两种不同的炎症基因表达程序	研究发现mRNA和LNP协同作用，为有效疫苗接种提供必要的先天免疫刺激，并提出了疫苗和治疗药物的设计框架	研究仅评估了9种常见的LNP，可能无法涵盖所有可能的LNP类型	评估mRNA/LNP的佐剂性及其在肌肉组织中的免疫反应	mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）及其在肌肉组织中的免疫反应	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9种化学性质不同的LNP
126	2025-06-24	Unraveling the spatial organization and development of human thymocytes through integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics profiling 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51767-y PMID:39237503	研究论文	通过整合空间转录组学和单细胞多组学分析，揭示人类胸腺细胞的空间组织和发展	开发了TSO-his工具，整合单细胞和空间转录组学数据，首次在单细胞分辨率下重建胸腺空间结构，并发现新的共定位关系	NA	解析人类胸腺的空间组织结构和T细胞发育过程	人类胸腺细胞	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞多组学分析、VDJ测序	NA	转录组数据、空间数据	NA
127	2025-06-24	Spatial transcriptomics defines injury specific microenvironments and cellular interactions in kidney regeneration and disease 2024-09-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51186-z PMID:39237549	research paper	利用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示损伤特异性和空间依赖的基因表达模式	应用空间转录组学技术揭示了肾脏损伤后不同细胞微环境中的基因表达模式及细胞间相互作用，特别是Clcf1-Crfl1在近端小管细胞和成纤维细胞间的分子互作	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类肾脏损伤中进行验证	解析肾脏损伤后分子通路和细胞互作，以增进对损伤、修复和疾病的理解	小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型	digital pathology	kidney disease	single cell spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	小鼠肾脏样本
128	2025-06-24	Symbiotic symphony: Understanding host-microbiota dialogues in a spatial context 2024 Sep-Oct, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.03.001 PMID:38564842	综述	本文探讨了在空间背景下理解宿主与微生物群对话的重要性及其潜在的临床意义	强调了同时分析微生物和宿主遗传信息并保持其空间完整性的重要性，以及空间转录组学在此领域的应用潜力	在早期生命微生物影响的研究中，由于群落数量有限，需要在减少的生物量框架内进行分析	研究宿主与微生物群之间的相互作用及其对人类健康的影响	人类宿主及其微生物群	微生物组学	局部感染和炎症	空间转录组学	NA	遗传信息	NA
129	2025-06-24	CilioGenics: an integrated method and database for predicting novel ciliary genes 2024-Aug-12, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae554 PMID:38989623	研究论文	开发了一种名为CilioGenics的综合方法，用于预测新的纤毛基因，并建立了一个相关数据库	结合了单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用、比较基因组学、转录因子网络分析和文本挖掘等多种方法，提高了预测纤毛基因的准确性	虽然预测了新的纤毛候选基因，但仍有部分基因需要实验验证	预测人类纤毛基因，以促进纤毛病（ciliopathies）的诊断	人类基因	基因组学	纤毛病	单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析、比较基因组学、转录因子网络分析、文本挖掘	NA	基因组数据、蛋白质相互作用数据、文本数据	全人类基因列表
130	2025-06-24	Dominant dystrophic epidermolysis bullosa is associated with glycolytically active GATA3+ T helper 2 cells which may contribute to pruritus in lesional skin 2024-Jul-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae110 PMID:38477474	研究论文	本研究通过RNA测序分析显性营养不良性大疱性表皮松解症(DDEB)患者的皮肤转录组，以寻找减轻瘙痒的治疗靶点	首次在DDEB病变皮肤中发现糖酵解活性增强的GATA3+ Th2细胞，并验证了抗Th2药物dupilumab对缓解瘙痒的疗效	样本量较小(6例患者)，且仅针对瘙痒严重的pruriginosa亚型	寻找减轻DDEB患者皮肤瘙痒的治疗靶点	显性营养不良性大疱性表皮松解症(DDEB)患者的皮肤组织	转录组学	皮肤病/大疱性表皮松解症	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、定量PCR	NA	RNA测序数据	6例DDEB患者+4例健康对照的皮肤活检样本
131	2025-06-24	N-MYC impairs innate immune signaling in high-grade serous ovarian carcinoma 2024-05-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj5428 PMID:38748789	研究论文	本文研究了N-MYC在高级别浆液性卵巢癌(HGSC)中对先天免疫信号的抑制作用	发现N-MYC通过抑制STING寡聚化和MAVS聚集定位，抑制HGSC中的I型干扰素信号通路	研究主要基于细胞系和单细胞RNA测序，需要更多体内实验验证	探究N-MYC在HGSC免疫抑制中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌细胞系和临床样本	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用HGSC细胞系和临床样本
132	2025-06-24	Toolkit for mapping the clonal landscape of tumor-infiltrating B cells 2024-03, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2024.101864 PMID:38301345	review	本文综述了现有技术，总结了它们在B细胞研究中的应用，并提出了推进B细胞探索的未来方向	提出了一个工具包，用于绘制肿瘤浸润B细胞的克隆景观，并概述了现有技术在B细胞研究中的应用	未提及具体的实验验证或样本量，可能缺乏实证支持	理解和区分B细胞在肿瘤微环境中的不同作用	肿瘤浸润B细胞	digital pathology	NA	单细胞和空间转录组学、基因组学、蛋白质组学、B细胞受体库深度无错误分析	NA	转录组、基因组、蛋白质组数据	NA
133	2025-06-22	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究探讨了HGF-Met信号在肾脏上皮小管相互连接中的作用	首次揭示了HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合的机制，且这一过程独立于细胞增殖	研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人体组织中验证	阐明上皮小管吻合的分子机制	小鼠胚胎肾脏上皮小管	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎肾脏样本
134	2025-06-22	Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.17.603936 PMID:39071425	meta-analysis	通过单细胞RNA测序元分析揭示基于趋化因子的细胞通讯在免疫疾病中的作用	揭示了疾病特异性和共有的免疫细胞趋化和外渗模式，为开发靶向治疗提供了新视角	依赖于公开可用的scRNA-seq数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	解析免疫细胞迁移中涉及的疾病特异性细胞间通讯	多种免疫疾病（如特应性皮炎、慢性阻塞性肺病等）及其影响的器官（皮肤、肺、结肠、肾脏）	生物信息学	免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	涵盖多种免疫疾病和组织的公开scRNA-seq数据集
135	2025-06-22	Diverse contribution of amniogenic somatopleural cells to cardiovascular development: With special reference to thyroid vasculature 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.532 PMID:36038963	research paper	本研究探讨了羊膜生成体壁细胞（ASCs）在心血管发育中的多样化贡献，特别关注甲状腺血管系统的形成	揭示了ASCs不仅形成羊膜，还迁移至胚胎内分化为心肌细胞、平滑肌细胞、心脏间质细胞和血管内皮细胞，尤其在甲状腺血管形成中发挥选择性作用	iASCs的详细分化过程和最终分布仍不完全清楚	阐明ASCs在心血管发育中的作用机制，特别是对甲状腺血管系统的贡献	鹌鹑-鸡嵌合体中的羊膜生成体壁细胞（ASCs）及其在胚胎内的分化	developmental biology	NA	quail-chick chimera analysis, explant culture, single-cell transcriptome analysis	NA	transcriptomic data, imaging data	鹌鹑-鸡嵌合体模型
136	2025-06-21	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并形成驻留记忆细胞的灵活性	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)尽管不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留的能力	研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制尚需验证	探究KLRG1+记忆T细胞在二次感染后的分化潜能和组织驻留能力	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
137	2025-06-21	Glutamatergic neuronal activity regulates angiogenesis and blood-retinal barrier maturation via Norrin/β-catenin signaling 2024-Jun-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.03.011 PMID:38599212	研究论文	本文探讨了谷氨酸能神经元活动通过Norrin/β-catenin信号通路对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的影响	揭示了谷氨酸能神经元活动通过调节内皮Norrin/β-catenin信号通路来调控视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	研究谷氨酸能神经元活动对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的调控机制	小鼠视网膜中的谷氨酸能神经元和血管系统	神经血管生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体内遗传学研究, 功能验证	小鼠遗传模型(Vglut1和Gnat1视网膜)	基因表达数据, 功能实验数据	未明确说明小鼠数量
138	2025-06-21	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	research paper	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中的多类生物标志物	MICA框架能够检测多个组学研究中的多类生物标志物，并通过全局测试和事后分析提高检测的准确性和稳健性	现有方法主要针对两类别场景，MICA虽然解决了多类别问题，但在某些特定情况下可能仍需进一步优化	提高生物标志物检测的统计功效、准确性和稳健性	多类设计的组学研究（如多种疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本）	生物信息学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	四个小鼠代谢相关转录组研究组织和三个雌激素治疗表达谱来源
139	2025-06-21	leptin b and its regeneration enhancer illustrate the regenerative features of zebrafish hearts 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.556 PMID:36495292	研究论文	该研究利用leptin b（lepb）及其组织再生增强子元素（TREE）解析了斑马鱼心脏再生过程中非心肌细胞的异质性	发现lepb可作为再生特异性标记物，用于区分损伤激活的内皮细胞，并揭示了lepb+内皮细胞作为信号中心与其他心脏细胞互动的促再生作用	研究局限于斑马鱼模型，未验证在高等哺乳动物中的保守性	解析心脏再生过程中的细胞异质性和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的非心肌细胞（内皮细胞、心外膜细胞等）	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析、转基因品系	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，使用斑马鱼心脏损伤模型
140	2025-06-20	Integration of Machine Learning and Experimental Validation to Identify Anoikis-Related Prognostic Signature for Predicting the Breast Cancer Tumor Microenvironment and Treatment Response 2024-Nov-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111458 PMID:39596658	research paper	该研究通过整合机器学习和实验验证，识别与失巢凋亡相关的预后标志物，用于预测乳腺癌肿瘤微环境和治疗反应	首次构建了基于失巢凋亡相关基因的预后特征（ANRS），并验证其作为独立预后指标的潜力，同时发现PLK1作为潜在的血液诊断标志物	研究样本量未明确说明，且需要进一步临床验证	探索失巢凋亡相关基因在乳腺癌预后中的作用，并开发预测模型	乳腺癌患者及其肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	RT-PCR, Western blot, ELISA, 单细胞分析, 空间转录组	machine learning	基因表达数据, 临床数据	NA