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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-sequencing of human eosinophils in allergic inflammation in the esophagus
2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.029
PMID:38871184
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术深入分析了嗜酸性粒细胞在食管过敏炎症中的转录组特征和生物学功能 | 首次在单细胞水平揭示食管嗜酸性粒细胞存在两种不同功能状态的亚群,并发现其表达多种感应受体和炎症介质的特征 | 样本量相对有限(12名个体),且主要关注转录组水平,需要进一步功能验证 | 全面表征人类嗜酸性粒细胞在食管过敏炎症中的转录组和生物学功能 | 嗜酸性粒细胞在嗜酸性食管炎(EoE)患者中的表达特征 | 单细胞组学 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫染色, 刺激试验 | NA | 单细胞转录组数据 | 586个嗜酸性粒细胞(来自12名个体:6名患者血液,6名患者食管) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于重力的单细胞RNA测序方法 |
| 122 | 2025-10-05 |
VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition
2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024
PMID:39116349
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研究论文 | 本研究揭示了VCAM-1在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中介导近端肾小管与免疫细胞相互作用导致修复失败的机制 | 首次证实VCAM-1通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞的相互作用,促进AKI向CKD转变 | 主要基于体外细胞实验和动物模型,临床验证仍需进一步研究 | 探究VCAM-1在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中促进修复失败的作用机制 | 近端肾小管细胞、免疫细胞、小鼠模型、人类AKI和CKD患者样本 | 肾脏病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析、细胞培养 | NA | 转录组数据、蛋白质数据、细胞实验数据 | AKI和CKD患者样本、小鼠模型、原代培养肾细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2025-10-05 |
Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells
2024-Oct, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2024.102104
PMID:39128812
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析常温离体肝脏灌注对肝脏组织驻留记忆T细胞的影响 | 首次在大鼠肝脏中创建了经历NEVLP的肝脏TRM T细胞图谱,并在单细胞基因表达水平证明了NEVLP对肝脏TRM T细胞的影响 | 研究仅针对大鼠肝脏,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究NEVLP对肝脏组织驻留免疫细胞表型的影响,评估抗炎细胞因子减少TRM活化的能力 | 大鼠肝脏和肝脏组织驻留记忆T细胞 | 单细胞组学 | 肝脏移植 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 大鼠肝脏样本(包括NEVLP处理组、抗炎细胞因子处理组和对照组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2025-10-05 |
Imaging macular carotenoids and their related proteins in the human retina with confocal resonance Raman and fluorescence microscopy
2024-Oct, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.110043
PMID:39151780
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研究论文 | 利用共聚焦共振拉曼和荧光显微镜研究人视网膜黄斑区类胡萝卜素及其相关蛋白的分布 | 首次结合共振拉曼显微镜的荧光和拉曼模式,系统研究12种已知黄斑类胡萝卜素相关蛋白在人视网膜黄斑区的空间分布 | 蛋白质具体作用机制尚未完全阐明,样本量有限 | 探究黄斑类胡萝卜素相关蛋白在黄斑形成中的作用 | 人视网膜黄斑区及视网膜色素上皮细胞 | 生物医学成像 | 眼科疾病 | 共聚焦共振拉曼显微镜,荧光显微镜,Western blot,单细胞RNA测序 | NA | 图像,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 未明确样本数量的人视网膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 125 | 2025-10-05 |
CCKBR+ cancer cells contribute to the intratumor heterogeneity of gastric cancer and confer sensitivity to FOXO inhibition
2024-Oct, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01360-z
PMID:39164456
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了胃癌中CCKBR+干细胞样癌细胞的存在及其与不良预后的关联,并发现FOXO-sialyltransferase轴在维持这些细胞稳态中的关键作用 | 首次鉴定CCKBR+干细胞样癌细胞在胃癌异质性中的作用,揭示FOXO-sialyltransferase轴调控机制,为靶向治疗提供新视角 | 样本量相对有限(5例患者进行单细胞测序),需要更大规模研究验证 | 探究胃癌肿瘤异质性机制及CCKBR+癌细胞的生物学特性 | 胃腺癌患者肿瘤组织中的恶性上皮细胞 | 单细胞生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), CUT&Tag测序, Lectin pulldown | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 5例胃腺癌患者进行单细胞测序,40个样本进行靶向分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2025-10-05 |
Gene inactivation of lysyl oxidase in smooth muscle cells reduces atherosclerosis burden and plaque calcification in hyperlipidemic mice
2024-10, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究探讨了平滑肌细胞中赖氨酰氧化酶失活对高脂血症小鼠动脉粥样硬化负担和斑块钙化的影响 | 首次在平滑肌细胞特异性敲除Lox基因模型中揭示LOX通过FAK/β-连环蛋白信号轴调控动脉粥样硬化斑块钙化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 研究LOX在控制动脉粥样硬化发生和血管平滑肌细胞成骨分化中的作用机制 | 高脂血症条件性基因敲除小鼠和野生型小鼠的原代主动脉平滑肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,基因敲除技术 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质水平数据,组织学数据 | Loxf/fMyh11-CreERT2ApoE-/-条件敲除小鼠和Loxwt/wtMyh11-CreERT2ApoE/-对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-05 |
FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02415-2
PMID:39266749
|
研究论文 | 提出一种名为FICTURE的无分割空间因子分析方法,用于分析亚微米分辨率空间转录组数据 | 开发了首个可扩展至全转录组分析的无分割空间因子推断方法,能够处理数十亿个亚微米分辨率空间坐标数据 | 未提及具体的数据验证范围或与其他方法的全面比较 | 解决高分辨率空间转录组数据分析中的细胞分割难题 | 空间转录组数据,特别是血管、纤维化、肌肉和脂质富集区域的组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 多层狄利克雷模型的随机变分推断 | 空间坐标数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 兼容测序基和成像基空间转录组数据 |
| 128 | 2025-10-05 |
Changes in conjunctival mononuclear phagocytes and suppressive activity of regulatory macrophages in desiccation induced dry eye
2024-Oct, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.09.003
PMID:39306240
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序评估干眼症对结膜免疫细胞特别是单核吞噬细胞的影响 | 首次在干燥应激诱导的干眼模型中系统分析结膜单核吞噬细胞的转录谱和调控机制 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 研究干眼症对结膜免疫细胞数量和转录谱的影响 | C57BL/6小鼠结膜免疫细胞 | 单细胞组学 | 干眼症 | 单细胞RNA测序, scATAC-seq, Monocle 3轨迹分析, IPA通路分析 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 未明确样本数量的小鼠结膜免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 129 | 2025-10-05 |
No Evidence for Persistent Enteroviral B Infection of Pancreatic Islets in Patients With Type 1 Diabetes and Prediabetes From RNA Sequencing Data
2024-Oct-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0076
PMID:39083653
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研究论文 | 通过分析RNA测序数据评估1型糖尿病和糖尿病前期患者胰腺中是否存在持续性肠道病毒B感染 | 首次利用大规模bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据系统评估肠道病毒B在1型糖尿病胰腺中的存在情况 | 无法排除极低水平持续性肠道病毒B感染的可能性 | 验证持续性肠道病毒B感染是否与1型糖尿病病因相关 | 1型糖尿病和糖尿病前期患者的胰腺细胞 | 生物信息学 | 糖尿病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | Kraken2, STAR aligner | RNA测序数据 | 243个bulk RNA文库和79个单细胞RNA文库 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 130 | 2025-10-05 |
Laminin Beta 2 Is Localized at the Sites of Blood-Brain Barrier and Its Disruption Is Associated With Increased Vascular Permeability, Histochemical, and Transcriptomic Study
2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241281896
PMID:39340425
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研究论文 | 本研究定位层粘连蛋白β2在血脑屏障的位置,并探讨其破坏与血管通透性增加的关系 | 首次明确层粘连蛋白β2在血脑屏障微血管的定位,并发现其在病理条件下的表达变化规律 | 研究主要基于组织化学和转录组分析,缺乏功能性验证实验 | 探究层粘连蛋白β2在血脑屏障中的作用及其与血管通透性的关系 | 正常脑组织和高级别胶质瘤的微血管系统 | 神经科学 | 脑胶质瘤 | 组织化学、单细胞RNA测序、磁共振成像 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 131 | 2025-10-05 |
Intestinal Tuft Cells Are Enriched With Protocadherins
2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241287267
PMID:39360911
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研究论文 | 本研究揭示了原钙粘蛋白在肠道簇细胞中的富集现象及其在微绒毛结构中的潜在作用 | 首次发现CDHR2和CDHR5等原钙粘蛋白在人和小鼠肠道簇细胞中特异性富集,揭示了这些蛋白在簇细胞微绒毛组织中的新功能 | 未完全阐明原钙粘蛋白在簇细胞中的具体分子机制和功能意义 | 探究肠道簇细胞中微绒毛间粘附复合体(IMACs)的组成和分布特征 | 小鼠和人类肠道组织中的肠道簇细胞 | 细胞生物学 | NA | 免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 图像数据、基因表达数据 | 小鼠肠道组织、人类肠道组织单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 132 | 2025-10-05 |
Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations
2024-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588294
PMID:38645202
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析揭示儿童低级别胶质瘤肿瘤微环境的异质性特征 | 首次采用多组学方法系统分析pLGG肿瘤微环境,发现BRAF基因改变与特定肿瘤免疫表型的关联 | 需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制 | 深入了解儿童低级别胶质瘤生物学特性以开发更有效的治疗方法 | 儿童低级别胶质瘤(pLGG)样本,包括毛细胞星形细胞瘤(PA)和神经节胶质瘤(GG) | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 细胞因子分析 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-05 |
Widespread transposable element dysregulation in human aging brains with Alzheimer's disease
2024-Nov, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.14164
PMID:39356058
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析揭示了人类阿尔茨海默病衰老大脑中转座元件的广泛失调,并利用CRISPR干扰实验验证了特定转座元件对炎症基因的调控作用 | 首次在人类阿尔茨海默病衰老大脑中系统鉴定转座元件表达数量性状位点(teQTL),并通过CRISPRi实验验证了神经元特异性转座元件调控机制 | 研究主要基于三个脑组织生物样本库,样本来源和数量可能存在限制 | 探究人类阿尔茨海默病衰老大脑中转座元件失调的遗传调控机制 | 人类阿尔茨海默病患者的脑组织样本和iPSC来源的神经元 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序,全基因组测序,CRISPR干扰,xQTL分析 | 数量性状位点分析,共定位分析 | 基因组数据,转录组数据 | 三个大型人类AD脑组织生物样本库的样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
| 134 | 2025-10-05 |
Mouse blood cells types and aging prediction using penalized Latent Dirichlet Allocation
2024-Sep-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10763-8
PMID:39294566
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研究论文 | 本研究开发了一种基于惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)的统计方法,用于分析小鼠血液单细胞RNA测序数据以预测细胞类型和衰老状态 | 提出了惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)这一新型统计方法,用于单细胞RNA测序数据的降维表示学习 | 仅使用小鼠血液数据进行验证,未在其他组织或物种中进行测试 | 开发计算方法来分析单细胞RNA测序数据,以理解衰老过程中的转录组变化 | 小鼠血液细胞 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA) | 基因表达计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2025-10-05 |
scRNA-seq identifies unique macrophage population in murine model of ozone induced asthma exacerbation
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604740
PMID:39211080
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了臭氧诱导哮喘加重小鼠模型中独特的巨噬细胞群体 | 首次在臭氧诱导哮喘加重模型中鉴定出独特的肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群,并揭示了其特异性基因表达通路 | 研究仅限于小鼠模型,结果向人类转化需要进一步验证 | 探究臭氧暴露导致哮喘气道高反应性的免疫细胞机制 | 尘螨、豚草和臭氧暴露的小鼠肺部免疫细胞 | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 暴露于DRA、臭氧或DRA+臭氧的小鼠肺部免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-05 |
Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19
2024-07-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136
PMID:39018367
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研究论文 | 通过比较临床样本和动物模型的单细胞RNA测序数据,揭示IFN-γ是急性COVID-19后呼吸系统后遗症的驱动因素 | 首次在人类和小鼠模型中同时发现促纤维化单核源性巨噬细胞反应及肺巨噬细胞与呼吸系统常驻T细胞的异常相互作用 | 主要关注呼吸系统后遗症,未涉及PASC其他临床表现 | 探究SARS-CoV-2感染后急性后遗症(PASC)的病因机制 | 人类PASC临床样本和小鼠PASC模型 | 单细胞组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 临床PASC样本和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 137 | 2025-10-05 |
Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data
2024-Mar, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-024-00804-y
PMID:41020135
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研究论文 | 评估PENCIL监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的可重复性和可转移性 | 通过基因集变异分析增强PENCIL的细胞亚群识别能力,创建了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征 | 对输入扰动敏感,原始版本存在可重复性问题 | 评估和改进监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的性能 | 12个单细胞RNA测序数据集,代表四种不同表型 | 机器学习 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序,监督学习,基因集变异分析 | PENCIL框架 | 单细胞RNA测序数据 | 12个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 138 | 2025-10-05 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628390
PMID:39763763
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研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本系统比较三种成像型单细胞空间转录组学平台的性能 | 首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组平台在单细胞分辨率下的表现差异 | 研究仅针对特定肿瘤类型(肺腺癌和胸膜间皮瘤),样本量有限 | 比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 免疫荧光, RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | 组织微阵列中的连续5微米切片样本 | CosMx, MERFISH, Xenium | 单细胞空间转录组学, 多重免疫荧光, 数字空间分析 | CosMx, MERFISH, Xenium, GeoMx Digital Spatial Profiler | 单细胞分辨率空间转录组学平台(包括单模态和多模态) |
| 139 | 2025-10-05 |
A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes
2024-Dec-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1
PMID:39711554
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研究论文 | 本研究揭示了淋巴结中淋巴内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原归档的机制 | 首次定义了淋巴内皮细胞抗原归档的独特转录程序,并证明该程序能预测不同疾病状态和物种中的抗原归档能力 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 探究淋巴内皮细胞如何实现持久抗原归档及其独特转录特征 | 淋巴结淋巴内皮细胞和树突状细胞 | 空间转录组学 | 病毒感染(基孔肯雅病毒) | 单细胞测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 多个时间点的免疫后淋巴结组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-05 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.23.609477
PMID:39229093
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研究论文 | 提出SPACE框架,通过调整细胞类型混杂效应改进空间可变基因聚类,以提升空间域检测精度 | 无需基因簇数量、空间模式或细胞类型信息的先验知识,通过调整细胞类型混杂效应实现空间可变基因的准确聚类 | 未明确说明方法在特定组织类型或数据质量下的性能限制 | 改进空间转录组学中空间可变基因的聚类方法以提升空间域检测准确性 | 空间可变基因(SVGs) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | SPACE框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |