单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7855 篇文献，本页显示第 1361 - 1380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1361 | 2024-11-27 |
Regulation of disease-associated microglia in the optic nerve by lipoxin B4 and ocular hypertension
2024-Nov-20, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-024-00775-z
PMID:39568070
|
研究论文 | 研究了脂氧素B4和眼压对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用 | 首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压诱导的神经退行性病变中的神经保护机制 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步验证在人类中的适用性 | 探讨脂氧素B4在眼压诱导的神经退行性病变中对小胶质细胞的调控作用 | 视网膜和视神经中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 小鼠眼模型 |
| 1362 | 2024-11-27 |
TARGET-seq: Linking single-cell transcriptomics of human dopaminergic neurons with their target specificity
2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2410331121
PMID:39541349
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为TARGET-seq的新方法，用于将人类多巴胺能神经元的单细胞转录组与其目标特异性联系起来 | 开发了TARGET-seq技术，通过AAV介导的逆行富集转录组来标记投射，从而将多巴胺能神经元的转录组与其在大脑前部的特定目标结构联系起来 | NA | 探讨不同多巴胺能神经元的分子表达谱与其特定功能或经典分类（如mesolimbic和nigrostriatal）之间的关系 | 人类多巴胺能神经元的单细胞转录组及其目标特异性 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1363 | 2024-11-27 |
Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7
2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412120121
PMID:39541355
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了Th1细胞在肿瘤中的存在及其在肿瘤免疫治疗中的潜在作用 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了Th1细胞在肿瘤中的存在及其在肿瘤免疫治疗中的潜在作用，并探讨了IFN-γ通过IRF7上调I型干扰素反应网络和ECM1表达的机制 | 研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证 | 探讨Th1细胞在肿瘤免疫治疗中的作用及其机制 | Th1细胞及其在肿瘤免疫治疗中的作用 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1364 | 2024-11-27 |
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-Nov-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100905
PMID:39561717
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计批量组织中的细胞丰度 | ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，能够推断单细胞数据集中每个细胞在批量组织中的存在可能性，并应用于神经退行性微胶质炎症途径在儿童室管膜瘤间充质转化中的作用研究 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断批量组织中的细胞组成 | 单细胞RNA测序数据和批量组织数据 | 生物信息学 | 儿童室管膜瘤 | 单细胞RNA测序 | ConDecon方法 | RNA测序数据 | NA |
| 1365 | 2024-11-27 |
Non-coding RNAs in oral cancer: Emerging biomarkers and therapeutic frontier
2024-Nov-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40096
PMID:39583806
|
研究论文 | 本文探讨了非编码RNA在口腔癌中的潜在诊断和治疗作用 | 结合空间转录组学和空间代谢组学与单细胞RNA测序，深入研究肿瘤微环境，提高诊断和治疗的精准度 | NA | 探讨非编码RNA作为口腔癌诊断和治疗工具的潜力 | 口腔癌及其相关非编码RNA | 数字病理学 | 口腔癌 | 空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1366 | 2024-11-27 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.11.566719
PMID:38014231
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征偏离正常状态的细胞状态轨迹 | Decipher能够联合建模和可视化正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动力学 | NA | 开发一种有效的计算工具，用于整合跨条件的单细胞基因组数据并表征从正常到异常细胞状态的转变 | 正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA |
| 1367 | 2024-11-27 |
A signal-diffusion-based unsupervised contrastive representation learning for spatial transcriptomics analysis
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae663
PMID:39546378
|
研究论文 | 提出了一种基于信号扩散的无监督对比表示学习方法（SDUCL），用于空间转录组学分析 | 设计了一种信号扩散微环境发现算法，通过模拟生物信号扩散过程，有效捕捉和整合细胞微环境中的交互信息 | 未提及具体局限性 | 学习细胞/位点的低维潜在嵌入，以解析组织异质性和分析生物功能 | 空间转录组学数据，包括正常和肿瘤组织 | 生物信息学 | 肿瘤 | 信号扩散 | 无监督对比学习 | 基因表达数据、空间信息、图像数据 | 涉及多个物种的空间转录组学数据集 |
| 1368 | 2024-11-27 |
Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris
2024-Nov, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012699
PMID:39536069
|
研究论文 | 研究揭示了新兴真菌病原体白色念珠菌在皮肤组织中的细胞特异性抗真菌免疫反应和IL-1Ra-IL-1R免疫逃避策略 | 首次通过单细胞转录组学揭示了白色念珠菌在皮肤感染中的细胞特异性免疫反应和免疫逃避机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨白色念珠菌在皮肤组织中的免疫反应和免疫逃避机制 | 白色念珠菌感染的小鼠皮肤组织中的免疫细胞和非免疫细胞 | 数字病理学 | 真菌感染 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 感染白色念珠菌的小鼠皮肤组织中的多个免疫和非免疫细胞 |
| 1369 | 2024-11-27 |
Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes
2024-Nov, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70063
PMID:39579041
|
研究论文 | 本文介绍了使用超声引导下细针穿刺（FNA）技术从人体淋巴结中采集细胞和可溶性因子的方法 | 首次详细描述了使用超声引导下细针穿刺技术采集淋巴结样本，并介绍了下游分析方法，如多重流式细胞术、单细胞转录组测序和B细胞培养 | NA | 研究淋巴结在免疫反应中的作用，特别是B细胞生发中心反应 | 人体淋巴结中的免疫细胞和可溶性因子 | NA | NA | 超声引导下细针穿刺（FNA） | NA | 细胞和可溶性因子 | NA |
| 1370 | 2024-11-27 |
Identification and analysis of a cell communication prognostic signature for oral squamous cell carcinoma at bulk and single-cell levels
2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70166
PMID:39580787
|
研究论文 | 本文通过单细胞和批量测序数据分析，构建了一个新的免疫相关基因预后模型，用于预测口腔鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次整合单细胞和批量测序数据，构建了一个免疫相关基因预后模型，并验证了FCRL4对口腔鳞状细胞癌细胞的影响 | 需要进一步的临床试验来验证模型的实际应用效果 | 开发一个能够有效预测口腔鳞状细胞癌患者预后和免疫治疗反应的预后模型 | 口腔鳞状细胞癌的免疫微环境分析和预后模型构建 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞测序、批量测序、WGCNA分析、XGBoost | XGBoost | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 1371 | 2024-11-27 |
GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish
2024-Oct-30, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqae151
PMID:39499852
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学研究斑马鱼垂体细胞中GnRH与促性腺激素细胞的相互作用 | 揭示了GnRH3基因在斑马鱼垂体中的直接作用及其对促性腺激素细胞的影响 | GnRH3与LH促性腺激素细胞通过Gnrhr2相互作用的最终结果仍未知 | 阐明GnRH3和其他机制在调节斑马鱼垂体促性腺激素细胞中的作用 | 野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼的垂体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼 |
| 1372 | 2024-11-27 |
Regulation of Diseases-Associated Microglia in the Optic Nerve by Lipoxin B4 and Ocular Hypertension
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.18.585452
PMID:38562864
|
研究论文 | 研究了脂氧素B4和眼压升高对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用 | 首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压升高诱导的神经退行性变中的神经保护机制 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探讨脂氧素B4在眼压升高诱导的视神经退行性变中的作用及其对小胶质细胞的调控机制 | 视网膜和视神经中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 小鼠眼内注射硅油诱导持续稳定的眼压升高 |
| 1373 | 2024-11-27 |
Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis
2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074
PMID:38747639
|
研究论文 | 研究维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响 | 首次探讨了维生素D-VDR轴在溃疡性结肠炎中的作用机制，并发现其在维持肠道上皮屏障完整性中的重要性 | 研究仅限于体外实验和患者样本，缺乏长期临床试验验证 | 探讨维生素D-VDR轴在溃疡性结肠炎中的作用机制 | 溃疡性结肠炎患者的结肠上皮细胞和健康个体的结肠上皮细胞 | NA | 溃疡性结肠炎 | 免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9 | NA | RNA | 溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本 |
| 1374 | 2024-11-27 |
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.06.527318
PMID:36798206
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA-seq数据中估计批量组织中的细胞丰度 | ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，并且能够推断连续细胞过程如细胞分化或免疫细胞激活 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断批量组织中的细胞组成 | 单细胞RNA-seq数据和批量组织数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1375 | 2024-11-27 |
Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data
2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland)
DOI:10.1007/s43657-024-00169-7
PMID:39583311
|
研究论文 | 研究探讨了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对微环境异质性的影响 | 首次综合多组学数据和分子生物学实验，揭示了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的表达与患者病理分级、预后及化疗敏感性的关系 | 研究主要基于多组学数据和体外实验，缺乏临床试验验证 | 探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对患者预后和化疗敏感性的影响 | 透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肾癌 | 多组学数据分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 1376 | 2024-11-27 |
A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia
2024-Jul-18, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.03.03.23286485
PMID:37961528
|
研究论文 | 本文对儿童急性髓系白血病（AML）的肿瘤免疫微环境进行了多维分析，揭示了不同的免疫表型和免疫聚集物的组成 | 首次在儿童AML中发现近三分之一的病例存在免疫浸润的骨髓，并揭示了T细胞网络和B细胞的共定位情况 | 研究主要集中在骨髓样本上，未涉及其他组织或器官 | 了解儿童AML骨髓中T细胞和其他微环境细胞的组成、表型和空间组织，为未来的免疫治疗试验提供信息 | 儿童急性髓系白血病（AML）的骨髓免疫微环境 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 儿童AML病例和非白血病对照组 |
| 1377 | 2024-11-27 |
Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca
2024-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.23.586420
PMID:38585920
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | APR算法在计算效率和内存使用方面优于现有的GLM-PCA算法，并且适用于多核处理器的并行实现 | NA | 研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA (主成分分析) | RNA-seq数据 | 两个已发表的单细胞RNA-seq数据集 |
| 1378 | 2024-11-27 |
CD4+ T cells display a spectrum of recall dynamics during re-infection with malaria parasites
2024-Jun-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49879-6
PMID:38944658
|
研究论文 | 研究了在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应动态 | 首次详细描述了在再次感染疟原虫时，不同CD4 T细胞亚群的回忆反应多样性，并提供了用于研究基因表达动态和克隆关系的图形用户界面 | 研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不完全适用于人类 | 探讨在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应及其多样性 | CD4+ T细胞及其在再次感染疟原虫时的反应 | NA | 疟疾 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体测序（TCR-seq）和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 老鼠模型中的CD4+ T细胞 |
| 1379 | 2024-11-27 |
Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601229
PMID:38979200
|
研究论文 | 开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究生物膜生长和免疫细胞暴露后的转录适应性 | 首次使用BaSSSh-seq方法捕捉生物膜转录异质性和对免疫压力的不同反应 | NA | 研究生物膜内细菌亚群的转录异质性和对免疫压力的适应性 | 细菌生物膜及其对免疫细胞暴露的转录反应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1380 | 2024-11-27 |
Rescue Blood Contamination in scRNA-Seq Data by Originator, a Computational Deciphering Tool using Genetic and Contextual Information
2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.04.588144
PMID:38617220
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Originator的计算框架，用于解析单细胞RNA测序数据中的血液污染问题 | 首次提出了一种计算框架Originator，能够通过遗传和上下文信息解析单细胞的遗传起源并分离血液细胞与组织细胞 | NA | 揭示复杂人体组织中单细胞RNA测序数据中的血液细胞污染问题 | 单细胞RNA测序数据中的血液污染问题 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 单细胞RNA测序数据 | 多种组织的单细胞RNA测序数据 |