单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7460 篇文献，本页显示第 1361 - 1380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1361 | 2025-10-06 |
Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury
2024-04, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011
PMID:38286185
|
研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞在斑马鱼心脏损伤后通过激活FGF和MAPK/ERK信号通路促进心外膜再生反应的新机制 | 首次发现中性粒细胞作为早期响应细胞通过分泌hbegfa配体协同FGF和MAPK/ERK信号通路激活心外膜细胞增殖和扩张 | 研究仅限于斑马鱼模型，未在哺乳动物系统中验证 | 探究中性粒细胞在斑马鱼心脏再生早期事件中的功能和作用机制 | 斑马鱼心脏损伤模型中的中性粒细胞和心外膜细胞 | 发育生物学 | 心脏损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1天心脏损伤后的中性粒细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1362 | 2025-10-06 |
Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone
2024-Aug-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1
PMID:39149484
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现载脂蛋白E是生长板静息区软骨细胞的新型标志物 | 首次发现载脂蛋白E可作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标志物 | 研究未详细探讨载脂蛋白E在静息区软骨细胞中的具体功能机制 | 寻找生长板静息区软骨细胞的可靠分子标志物 | 小鼠和人类生长板静息区软骨细胞 | 单细胞生物学 | 骨骼发育疾病 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 基因敲入技术 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1363 | 2025-10-06 |
Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles
2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.19.563173
PMID:37905060
|
研究论文 | 开发了用于跨物种单细胞转录组数据插补和比较的神经网络框架Icebear | 首次实现了跨物种单细胞基因表达谱的准确预测，并揭示了哺乳动物X染色体上调的进化适应性 | 未明确说明样本规模和具体数据集限制 | 开发跨物种单细胞转录组比较和预测方法 | 真兽类哺乳动物和鸡的单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1364 | 2025-10-06 |
Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes
2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.29.596006
PMID:38854132
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据对旋口虫属纤毛虫进行系统发育分析和物种界定 | 首次在旋口虫属中应用单细胞转录组测序技术，通过265个蛋白质编码基因进行系统基因组分析，揭示了该属中至少存在9个隐存种 | 样本仅来自韩国和美国地区，可能无法完全代表该属的全球多样性 | 阐明旋口虫属纤毛虫的系统发育关系和物种边界 | 旋口虫属纤毛虫的25个物种群体（代表6个形态种） | 系统发育基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 多物种溯祖模型 | 转录组数据 | 25个物种群体，37个种群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1365 | 2025-10-06 |
Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma
2024-May-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.03.029
PMID:38653236
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学、空间蛋白质组学和计算方法，揭示胶质母细胞瘤的多层次组织结构 | 首次结合多种空间组学技术系统揭示胶质瘤细胞状态的三类组织模式，发现缺氧作为长程组织者的新功能 | 未明确说明样本规模和技术平台的详细参数 | 解析胶质瘤细胞状态的组织结构和空间分布规律 | 胶质瘤组织样本，包括高级别和低级别IDH突变胶质瘤 | 空间生物学 | 胶质瘤 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 计算分析 | NA | 空间转录组数据, 空间蛋白组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1366 | 2025-10-06 |
A new dawn for the study of cell type evolution
2024-May-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200884
PMID:38722217
|
综述 | 探讨细胞类型进化研究的新机遇与方法学挑战 | 强调结合基因编辑工具和单细胞基因组学技术研究细胞类型进化，提出通过发育本体论准确识别同源细胞的新视角 | 未涉及具体实验验证，主要提出理论框架和研究方向 | 解析细胞类型进化机制及其在动物演化中的作用 | 多种研究生物体的细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学，基因编辑 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1367 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma
2024-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24048
PMID:38133212
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌肿瘤内异质性并建立预后模型 | 首次在单细胞水平系统解析肺腺癌肿瘤内异质性，发现B细胞显著招募现象，建立跨队列验证的预后模型 | 基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 探索肺腺癌肿瘤内异质性及其临床意义 | 肺腺癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 单细胞转录组数据 | TCGA-LUAD(n=503), GSE68465(n=442), GSE72094(n=398), GSE26939(n=115) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1368 | 2025-05-10 |
Multivariate stochastic modeling for transcriptional dynamics with cell-specific latent time using SDEvelo
2024-12-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55146-5
PMID:39738101
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SDEvelo的生成方法，通过多元随机微分方程（SDE）建模未剪接和剪接RNA的动态，以推断RNA速度 | SDEvelo首次通过多元随机微分方程建模RNA速度，显式地模拟转录动态中的固有不确定性，并估计跨基因的细胞特异性潜在时间 | 未提及具体局限性 | 改进单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中的动态建模方法，以更准确地重建和预测细胞分化和状态转换的定向轨迹 | 未剪接和剪接RNA的动态 | 生物信息学 | 癌症 | scRNA-seq, 空间转录组学 | SDE | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 | 模拟数据和四个scRNA-seq及空间转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1369 | 2025-10-07 |
Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED
2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.01.605536
PMID:39149356
|
研究论文 | 开发了一种名为sciRED的可解释单细胞因子分解方法，用于改进单细胞RNA测序数据的分析 | 通过去除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子分解模型 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1370 | 2025-10-07 |
Lamination-based organoid spatially resolved transcriptomics technique for primary lung and liver organoid characterization
2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2408939121
PMID:39514315
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于层压的类器官空间转录组技术，用于表征原代肺和肝脏类器官 | 开发了新型层压式类器官空间转录组技术，解决了传统切片方法不适用于原代组织来源类器官的技术难题 | 技术尚未在其他类型类器官中验证，且依赖于自制层压设备 | 开发适用于原代组织来源类器官的空间转录组表征方法 | 原代小鼠肺和肝脏来源的类器官 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，液滴工程方法，免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据，图像数据 | 小鼠肺和肝脏类器官 | NA | 空间转录组学 | 自制层压设备 | 基于重量压缩的自制层压装置，液滴工程方法制备类器官 |
| 1371 | 2025-10-07 |
Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED
2024-Aug-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1
PMID:39149508
|
研究论文 | 开发了一种名为sciRED的可解释单细胞因子分解方法，用于改进scRNA-seq数据的因子分析 | 通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的非解释因子 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的因子分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子分解模型 | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1372 | 2025-10-07 |
Endogenous FGFs drive ERK-dependent cell fate patterning in 2D human gastruloids
2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.08.602611
PMID:39026750
|
研究论文 | 本研究揭示了FGF依赖性ERK信号在2D人类胃泌样体中驱动细胞命运模式化的新机制 | 发现了FGF4和FGF17通过基底定位的FGFR1信号诱导原始条纹样细胞的新机制，与人类和猴胚胎相似但与小鼠不同 | 研究基于体外2D胃泌样体模型，与真实胚胎环境存在差异 | 探究FGF在人类胃泌样体模型中的功能和作用机制 | 2D人类胃泌样体模型 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, 原位杂交 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1373 | 2025-10-07 |
Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07466-1
PMID:38811723
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示隐孢子虫完整生命周期的基因表达程序 | 推翻现有模型，仅识别出三种细胞内阶段；发现Myb-M转录因子是雄性命运的最早决定因素 | 研究主要基于体外培养和感染动物模型，人类直接应用需进一步验证 | 解析隐孢子虫生命周期分子机制以推动疫苗和治疗开发 | 微小隐孢子虫(Cryptosporidium parvum) | 单细胞生物学 | 寄生虫感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 体外培养和感染动物样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1374 | 2025-10-07 |
Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis
2024-04, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-024-01666-3
PMID:38589485
|
研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组技术揭示了植物与丛枝菌根真菌共生关系的细胞和空间动态过程 | 首次在细胞和空间分辨率水平整合分析植物和真菌转录组，揭示了皮层细胞在不同定殖阶段的动态转录组特征 | 研究仅限于两种模式生物，且技术方法可能无法完全捕获所有细胞类型的转录信息 | 探索植物与丛枝菌根真菌共生关系的分子机制 | 蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)和根内球囊霉(Rhizophagus irregularis) | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1375 | 2025-05-08 |
Induced B-Cell Receptor Diversity Predicts PD-1 Blockade Immunotherapy Response
2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626669
PMID:39677742
|
research paper | 研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学分析，揭示了B细胞受体多样性在预测PD-1阻断免疫治疗反应中的作用 | 发现PD-1抑制成功反应的特征是治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导，并验证了其作为跨多种癌症治疗反应预测因子的普遍性 | 研究样本主要集中在特定类型的癌症患者，可能限制了结果的广泛适用性 | 探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物 | 局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者 | digital pathology | basal cell carcinoma, glioblastoma, melanoma, head and neck squamous cell carcinoma | single-cell RNA sequencing, high-definition spatial transcriptomics, spatial immunoreceptor profiling | machine learning | RNA sequencing data | 一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列 | NA | NA | NA | NA |
| 1376 | 2025-05-08 |
Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness
2024-Jun-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae313
PMID:38682582
|
研究论文 | 研究人类胰腺β细胞的衰老如何通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应性 | 揭示了p16阳性β细胞的衰老状态如何通过染色质重组激活功能成熟基因的增强子，从而增强胰岛素分泌能力，并首次发现这些细胞中干扰素刺激基因的升高 | 研究主要基于体外培养的β样细胞和单细胞转录组数据，未在体内模型中验证这些发现 | 探究人类胰腺β细胞衰老对其功能成熟和干扰素反应性的影响 | 人类胰腺β细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 成人人类胰腺β细胞的单细胞转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1377 | 2025-05-08 |
Cabergoline targets multiple pathways to inhibit PRL secretion and increases stromal fibrosis
2024-Jun-05, European journal of endocrinology
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/ejendo/lvae055
PMID:38781434
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析卡麦角林治疗和未治疗的泌乳素瘤的细胞组成和转录景观，揭示卡麦角林抑制PRL分泌及增加间质纤维化的多途径机制 | 首次描述了卡麦角林治疗后CD8+ T细胞的未知激活，这可能在其抗肿瘤作用中发挥作用 | 样本量较小（仅5例手术切除的泌乳素瘤） | 揭示多巴胺激动剂治疗在人类泌乳素瘤肿瘤及邻近间质和免疫细胞中的潜在机制 | 3例卡麦角林治疗患者和2例未治疗患者的5例手术切除泌乳素瘤 | 单细胞转录组学 | 泌乳素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 5例手术切除的泌乳素瘤（3例治疗，2例未治疗） | NA | NA | NA | NA |
| 1378 | 2025-05-08 |
Single-cell Transcriptome Analysis Identifies Senescent Osteocytes as Contributors to Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis
2024-Mar-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4047486/v1
PMID:38558984
|
research paper | 该研究通过单细胞转录组分析揭示了衰老骨细胞在乳腺癌骨转移中促进骨破坏的作用 | 首次发现乳腺癌骨转移中的骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究乳腺癌骨转移中骨微环境重编程对骨细胞的影响 | 乳腺癌骨转移中的骨细胞 | digital pathology | breast cancer | single-cell RNA sequencing, multiplex hybridization, AI-assisted analysis | NA | RNA-seq数据 | 小鼠模型和乳腺癌骨转移患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1379 | 2025-05-08 |
A review of single-cell transcriptomics and epigenomics studies in maternal and child health
2024, Epigenomics
IF:3.0Q2
DOI:10.1080/17501911.2024.2343276
PMID:38709139
|
review | 本文综述了单细胞转录组学和表观基因组学在母婴健康领域的研究 | 总结了16个人类和哺乳动物胎盘的单细胞图谱以及31项关于母体暴露和并发症的单细胞研究 | NA | 综述单细胞测序技术在母婴健康领域的应用 | 人类和哺乳动物胎盘以及母体暴露和并发症 | 单细胞测序 | 母婴健康相关疾病 | 单细胞转录组学和表观基因组学 | NA | 单细胞测序数据 | 16个单细胞图谱和31项单细胞研究 | NA | NA | NA | NA |
| 1380 | 2025-05-07 |
Cell-type deconvolution for bulk RNA-seq data using single-cell reference: a comparative analysis and recommendation guideline
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf031
PMID:39899596
|
研究论文 | 本文通过系统评估九种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，提出了在不同场景下选择合适方法的推荐指南 | 首次系统比较了多种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，并提出了实用推荐指南 | 研究仅评估了九种方法，可能未涵盖所有现有方法 | 评估和比较基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法在组织细胞类型比例估计中的准确性和鲁棒性 | 九种反卷积方法和五组单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术 | NA | RNA测序数据 | 五组单细胞RNA测序数据集和真实批量数据 | NA | NA | NA | NA |