单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2025-03-15	Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC PMID:38717443	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了IPF患者外周血细胞群的变化，揭示了与疾病进展相关的免疫异常	样本量相对较小，且未探讨这些免疫变化的具体机制	研究特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化，以揭示与疾病进展相关的免疫异常	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	肺纤维化	10× chromium 5' 单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	25名IPF患者和13名对照者的38个PBMC样本，共149,564个细胞
1342	2025-03-15	Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110353 PMID:39055935	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化	首次在细胞水平上识别了寨卡病毒感染后埃及伊蚊中肠的12个不同细胞群，并发现病毒主要存在于特定的肠上皮细胞和肠内分泌细胞中	研究仅关注了寨卡病毒感染后的中肠细胞变化，未涉及其他组织或器官	研究寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化及其对代谢、信号传导和免疫反应的影响	埃及伊蚊中肠细胞	生物信息学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	寨卡病毒感染后的埃及伊蚊中肠细胞
1343	2025-03-15	nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265 PMID:39058741	研究论文	本文介绍了nf-core/airrflow，一个用于自适应免疫受体库分析的工作流，集成了Immcantation框架，用于处理B细胞和T细胞受体序列数据	开发了nf-core/airrflow工作流，解决了现有工具在样本并行化、可扩展性和高性能计算基础设施上的局限性	NA	开发一个高效的自适应免疫受体库分析工作流，以支持大规模AIRR-seq数据的处理	B细胞和T细胞受体序列数据	生物信息学	传染病、自身免疫疾病、癌症	AIRR-seq	NA	测序数据	97名COVID-19感染者和99名健康对照者，包括批量测序和单细胞测序数据集
1344	2025-03-15	Noninvasive assessment of the lung inflammation-fibrosis axis by targeted imaging of CMKLR1 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9817 PMID:38896611	研究论文	本文验证了CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的准确性，并探讨了其在特发性肺纤维化（IPF）患者中的应用	通过单细胞RNA测序数据集分析，发现CMKLR1在特发性肺纤维化患者中单核细胞来源的巨噬细胞（MDMφ）中表达，并验证了其在肺纤维化小鼠模型中的靶向成像潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	探索CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的潜力，用于特发性肺纤维化的风险分层和治疗监测	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描（PET）	小鼠模型	RNA测序数据、成像数据	特发性肺纤维化患者和小鼠模型
1345	2025-03-15	Dupilumab-associated head and neck dermatitis shows a pronounced type 22 immune signature mediated by oligoclonally expanded T cells 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46540-0 PMID:38565563	研究论文	本文研究了dupilumab治疗特应性皮炎（AD）时出现的头颈部皮炎（DAHND）的免疫特征，通过单细胞RNA测序分析揭示了其与未治疗的AD和健康皮肤的区别	首次通过单细胞RNA测序揭示了dupilumab相关头颈部皮炎的免疫特征，特别是寡克隆扩增的T细胞中IL22相关标志物的显著增加	研究样本量有限，且未探讨dupilumab对其他类型皮炎的影响	探讨dupilumab治疗特应性皮炎时出现的头颈部皮炎的免疫机制	dupilumab相关头颈部皮炎（DAHND）患者、未治疗的AD患者和健康对照者的皮肤样本	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1346	2025-03-15	Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384 PMID:38827745	研究论文	本文研究了TLR9信号在细菌性腹膜炎期间对CD55lo纤维网状细胞（FRCs）免疫调节功能的影响	首次发现TLR9信号在CD55lo FRCs中的主导表达及其对细胞增殖、细胞因子产生和视黄醇代谢的抑制作用	研究主要集中于小鼠模型，人类样本的研究较少	探讨TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在腹膜炎治疗中的潜在应用	小鼠和人类脂肪组织来源的纤维网状细胞（FRCs）	免疫学	腹膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类脂肪组织样本
1347	2025-03-14	Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair 2024-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00555-4 PMID:39455836	研究论文	本文研究了糖蛋白非转移性黑色素瘤蛋白B（GPNMB）在心肌梗死后的心脏修复中的作用	首次揭示了骨髓来源的巨噬细胞是损伤心脏中GPNMB的主要来源，并发现GPNMB通过GPR39信号通路在心脏修复中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨GPNMB在心肌梗死后的心脏损伤和功能中的作用	人类和小鼠的心脏组织	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学	遗传功能缺失模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1348	2025-03-14	Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.17.599411 PMID:38948715	研究论文	本文研究了特发性肺纤维化（IPF）中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制，揭示了细胞连接成分的下调、上皮-间质转化特征的上升以及基底膜基质的失调	首次描述了IPF患者中远端细支气管上皮细胞脱屑的病理现象，并通过空间转录组学和空间蛋白质组学揭示了其机制	研究样本量未明确说明，且未涉及其他类型肺纤维化的比较	探讨特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制及其对疾病进展的影响	特发性肺纤维化患者和健康对照者的远端细支气管上皮细胞和基底膜	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明
1349	2025-03-13	Molecular Profiling Defines Three Subtypes of Synovial Sarcoma 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404510 PMID:39257029	研究论文	本文通过RNA和靶向DNA测序对55名患者的91个肿瘤进行了分析，定义了滑膜肉瘤的三种分子亚型	首次通过分子分析定义了滑膜肉瘤的三种亚型，并揭示了这些亚型与临床预后的关联	样本量相对较小，且未涉及所有可能的滑膜肉瘤亚型	阐明驱动滑膜肉瘤表型多样性的基因组事件	滑膜肉瘤患者及其肿瘤样本	基因组学	滑膜肉瘤	RNA测序、靶向DNA测序、蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	RNA序列、DNA序列、蛋白质组数据、单细胞RNA序列	55名患者的91个肿瘤样本
1350	2025-03-13	Characterization of HPV6/11-reactive T-cell subsets in papillomas of patients with juvenile-onset recurrent respiratory papillomatosis and identification of HPV11 E7-specific candidate TCR clonotypes 2024-Oct-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00677-24 PMID:39258910	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和RNA微阵列技术，分析了青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并鉴定了HPV11 E7特异性候选TCR克隆型	首次在JORRP乳头状瘤组织中鉴定出HPV11 E7特异性候选TCR克隆型，并揭示了IFN-γ+ CD8+记忆T细胞在抗HPV6/11 T细胞免疫中的重要性	研究样本量有限，且未进行体内实验验证候选TCR克隆型的治疗效果	研究JORRP患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并探索其在免疫治疗中的应用	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者的乳头状瘤组织	免疫学	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）	单细胞RNA测序，RNA微阵列	NA	RNA测序数据，微阵列数据	未明确说明样本数量，但涉及JORRP患者的乳头状瘤组织
1351	2025-03-13	Machine learning identifies activation of RUNX/AP-1 as drivers of mesenchymal and fibrotic regulatory programs in gastric cancer 2024-06-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278565.123 PMID:38777607	研究论文	本研究利用ATAC-seq和RNA-seq数据，通过机器学习方法识别了胃癌中调控间质和纤维化程序的关键转录因子	首次使用机器学习方法结合ATAC-seq和RNA-seq数据，系统地识别了胃癌中间质和上皮状态的调控转录因子，并揭示了DNA拷贝数变异对这些转录因子的影响	研究主要基于细胞系和原发肿瘤数据，未涉及更多临床样本的验证	探索胃癌中间质和上皮状态的调控机制，识别关键转录因子及其在胃癌异质性和进展中的作用	胃癌细胞系和原发肿瘤	机器学习	胃癌	ATAC-seq, RNA-seq	机器学习	基因表达数据, 表观基因组数据	多个胃癌细胞系和原发肿瘤样本
1352	2025-03-13	Human inherited PD-L1 deficiency is clinically and immunologically less severe than PD-1 deficiency 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231704 PMID:38634869	研究论文	本文报道了两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹，该变异导致PD-L1功能丧失，并探讨了PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	首次报道了人类遗传性PD-L1缺乏的临床和免疫学特征，并与PD-1缺乏进行了对比，揭示了PD-L1缺乏不会导致致命性自身免疫病	研究样本量较小，仅涉及两名患者，可能限制了结果的普遍性	探讨PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹	免疫学	1型糖尿病	流式细胞术免疫表型分析、单细胞RNA测序	NA	血液白细胞	两名患者
1353	2025-03-13	Single-cell transcriptomics of the human parasite Schistosoma mansoni first intra-molluscan stage reveals tentative tegumental and stem-cell regulators 2024-03-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55790-3 PMID:38472267	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了人类寄生虫曼氏血吸虫在软体动物宿主内的第一阶段发育，揭示了可能的表皮和干细胞调控因子	首次使用单细胞转录组学技术对曼氏血吸虫在软体动物宿主内的发育阶段进行详细分析，识别了六个细胞群及其关键生物过程	研究局限于曼氏血吸虫的特定发育阶段，未涵盖整个生命周期	探索曼氏血吸虫在软体动物宿主内发育阶段的细胞和分子机制	曼氏血吸虫的母孢子囊	单细胞转录组学	血吸虫病	10X Genomics Chromium平台	NA	单细胞RNA测序数据	曼氏血吸虫母孢子囊的单细胞悬浮液
1354	2025-03-13	From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Jan-29, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujae001 PMID:38465983	研究论文	本文探讨了一种先进的网络估计技术，用于在单细胞水平上表征基因关系，称为细胞特异性基因网络	提出了平均局部密度差距（aLDG）这一新的单变量依赖度量，能够累积局部依赖并检测任何非线性、非单调关系	未明确提及具体限制	研究基因关系的局部依赖性，并提出新的统计方法来更好地估计这些关系	单细胞RNA测序数据中的基因关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1355	2025-03-13	Aryl hydrocarbon receptor and IL-13 signaling crosstalk in human keratinocytes and atopic dermatitis 2024, Frontiers in allergy IF:3.3Q2 DOI:10.3389/falgy.2024.1323405 PMID:38344408	研究论文	本文研究了芳烃受体（AHR）和IL-13信号在人类角质形成细胞和特应性皮炎（AD）中的相互作用	揭示了AHR通过基因组范围内的转录调控效应调节IL-13下游信号的新机制	研究主要基于体外HaCaT细胞模型，尚未在体内模型中验证	探讨AHR在AD中的作用机制及其与IL-13信号的相互作用	人类角质形成细胞和特应性皮炎患者皮肤样本	生物医学	特应性皮炎	RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot、ELISA、qRT-PCR	NA	基因表达数据	人类活检样本和HaCaT细胞模型
1356	2025-03-12	Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease 2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12519 PMID:39499013	研究论文	本研究探讨了人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞外泌体在阿尔茨海默病模型中的抗炎作用及其对认知和情绪功能的改善	首次展示了hiPSC-NSC-EVs通过诱导激活的小胶质细胞和反应性星形胶质细胞的转录组变化来抑制神经炎症信号级联反应的效果	研究仅在3个月大的5xFAD小鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探索hiPSC-NSC-EVs作为阿尔茨海默病疾病修饰生物制剂的潜力	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞
1357	2025-03-12	VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition 2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024 PMID:39116349	研究论文	本研究探讨了在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中，血管细胞粘附蛋白-1（VCAM-1）在近端肾小管细胞中的表达及其在修复失败状态中的作用	首次揭示了VCAM-1在AKI向CKD转变过程中通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞间的相互作用，促进修复失败状态	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAM-1在AKI向CKD转变过程中的作用机制	近端肾小管细胞和免疫细胞	肾脏病学	肾脏疾病	单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	AKI和CKD患者的单细胞转录组数据、小鼠模型的肾脏RNA和蛋白质数据
1358	2025-03-12	CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01888-9 PMID:39164479	研究论文	本文通过单细胞转录组学评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后3个月和6个月时，血液和引流淋巴结中针对SARS-CoV-2刺突蛋白的CD4 T细胞反应	使用深度学习反向表位映射方法Trex预测抗原特异性，揭示了人类引流淋巴结中刺突特异性CD4滤泡辅助T细胞的异质性表型	研究样本量相对较小，仅分析了1,277个刺突特异性CD4 T细胞	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后CD4 T细胞的转录表型变化	接种BNT162b2 mRNA疫苗的个体以及SARS-CoV-2感染后的个体	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学，深度学习反向表位映射方法Trex	深度学习	单细胞转录组数据	1,277个刺突特异性CD4 T细胞
1359	2025-03-12	Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.608093 PMID:39229048	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面分析免疫细胞的极化状态	Scupa是首个用于系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化的计算方法，利用Universal Cell Embeddings模型的细胞嵌入，有效识别不同物种和实验条件下新数据集中的极化细胞	NA	开发一种计算方法以系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化	免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Universal Cell Embeddings模型	单细胞RNA测序数据	66种细胞因子驱动的极化状态，涉及14种免疫细胞类型
1360	2025-03-12	Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-May-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1 PMID:38798691	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	首次揭示了NAT在PDAC中通过上调TME中的补体基因表达，改善免疫抑制状态，并与患者生存率提高相关	样本量相对较小（23例NAT治疗患者和13例未治疗患者），且需要进一步验证补体基因表达作为预后标志物的临床实用性	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤学	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗患者和13例未治疗患者