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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1341 | 2025-10-06 |
Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with Tumoroscope
2024-10-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53374-3
PMID:39472583
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研究论文 | 提出首个概率模型Tumoroscope,通过整合病理图像、全外显子组测序和空间转录组数据,在接近单细胞分辨率下推断癌症克隆及其定位 | 首个能够基于体细胞点突变直接定位肿瘤组织中克隆的概率模型,解决了空间转录组位点中克隆比例反卷积的问题 | NA | 研究肿瘤的空间和基因组异质性对癌症进展、治疗和生存的影响 | 前列腺癌和乳腺癌数据集 | 数字病理学 | 前列腺癌,乳腺癌 | 全外显子组测序,空间转录组学 | 概率模型 | 病理图像,基因组测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,全外显子组测序 | NA | NA |
| 1342 | 2025-10-06 |
HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data
2024-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53666-8
PMID:39487129
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研究论文 | 提出一种名为HiDDEN的机器学习方法,用于在病例对照单细胞转录组数据中检测疾病相关细胞群体 | 开发了能够细化病例对照标签以准确反映每个细胞扰动状态的计算方法,解决了标准分析方法在受影响细胞比例小或扰动强度弱时的局限性 | 方法验证主要基于模拟数据集和有限的实际应用案例,需要更多真实世界数据的进一步验证 | 检测病例对照单细胞转录组数据中细微的转录变化和疾病相关细胞群体 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤,脱髓鞘疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习方法 | 单细胞转录组数据 | 模拟数据集、人类多发性骨髓瘤前体条件数据集、小鼠脱髓鞘模型数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1343 | 2025-10-06 |
Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells
2024-11-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53706-3
PMID:39487111
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺素E2通过EP2/EP4受体信号通路损害肿瘤浸润免疫细胞的生物能量和核糖体生物合成,导致免疫抑制的机制 | 首次在人类癌症中系统阐明PGE2-EP2/EP4信号通路通过下调c-Myc和PGC-1,损害免疫细胞的氧化磷酸化、糖酵解和核糖体蛋白合成,从而抑制抗肿瘤免疫的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,需要在更多人类癌症类型中验证;机制研究尚未完全揭示所有下游信号通路 | 探究前列腺素E2在肿瘤微环境中诱导免疫抑制的具体分子机制 | 人类癌症和雌性小鼠同系肿瘤中浸润的免疫细胞,包括CD8 T细胞和巨噬细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类癌症和雌性小鼠肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1344 | 2025-10-06 |
Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer
2024-Dec, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-024-10316-z
PMID:39424682
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研究论文 | 本研究揭示了CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进结直肠癌有氧糖酵解和肝转移的新机制 | 首次发现CENP-N与SEPT9直接相互作用并增强其特定赖氨酸残基的甲基化,从而驱动代谢重编程和转移的新通路 | NA | 探索CENP-N介导SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞系及动物模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,甲基化特异性PCR,染色质免疫沉淀,功能分析实验 | NA | 基因表达数据,甲基化数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1345 | 2025-10-06 |
Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.19.624394
PMID:39605713
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研究论文 | 本研究开发了一种通过磁性分选控制干细胞来源胰岛细胞组成的方法 | 首次使用基于CD49a标记的磁性激活细胞分选技术来富集功能性β细胞 | 未提及研究的局限性 | 改善干细胞来源胰岛的细胞组成和功能,用于1型糖尿病治疗 | 人类多能干细胞来源的胰岛细胞 | 细胞生物学 | 1型糖尿病 | 磁性激活细胞分选, 单细胞RNA测序, 免疫染色 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1346 | 2025-10-06 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.14.594208
PMID:38798590
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研究论文 | 开发了一种直接从单细胞基因组数据推断祖先来源的工具scAI-SNP | 首次实现了直接从稀疏的单细胞数据中准确推断个体祖先来源的方法 | 依赖于1000 Genomes Project数据集中的祖先信息SNP,可能不覆盖所有人群 | 开发从单细胞数据推断祖先来源的计算方法 | 单细胞基因组数据中的祖先信息单核苷酸多态性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 1000 Genomes Project中的3201个个体,来自26个人群群体 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1347 | 2025-10-06 |
Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids
2024-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50877-x
PMID:39095390
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研究论文 | 本研究通过构建亨廷顿病镶嵌型端脑类器官,揭示了健康细胞通过非细胞自主机制挽救疾病细胞表型的能力 | 首次在镶嵌型端脑类器官中证明健康细胞可通过细胞间接触恢复亨廷顿病细胞的神经元特性、发育轨迹和突触功能 | 研究主要关注发育阶段,对成熟神经元退行性病变的长期影响仍需进一步验证 | 探究亨廷顿病中不同基因型细胞间的非细胞自主相互作用机制 | 健康与亨廷顿病基因型的端脑类器官 | 神经科学 | 亨廷顿病 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1348 | 2025-10-06 |
SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies
2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009983
PMID:39455096
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研究论文 | 本研究揭示了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞作为胃癌转移生物标志物的重要作用 | 首次发现SPI1+CD68+巨噬细胞亚群在胃癌转移中的关键作用及其作为联合治疗策略的生物标志物 | 研究主要基于实验模型,需要进一步临床验证 | 评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用机制 | 胃癌组织和相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 单细胞转录组分析,免疫组织化学,免疫荧光,流式细胞术,染色质免疫沉淀 | 小鼠腹膜转移模型 | 基因表达数据,组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1349 | 2025-10-06 |
A phase 2 randomized trial with autologous polyclonal expanded regulatory T cells in children with new-onset type 1 diabetes
2024-05-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn2404
PMID:38718135
|
研究论文 | 评估自体多克隆扩增调节性T细胞在新发1型糖尿病儿童中的疗效和安全性的随机二期临床试验 | 首次在儿童新发1型糖尿病患者中开展自体多克隆扩增调节性T细胞的随机二期临床试验 | 单次剂量治疗未能阻止β细胞功能衰退,样本量有限(110例) | 评估自体多克隆扩增调节性T细胞在1型糖尿病儿童中的治疗效果 | 新发1型糖尿病的儿童和青少年患者 | 临床医学 | 1型糖尿病 | 流式细胞术,bulk RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,基因表达数据 | 110例新发1型糖尿病儿童和青少年 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1350 | 2025-10-06 |
Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.591541
PMID:38746119
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研究论文 | 通过单细胞测序分析CAR信号传导,揭示驱动体内持久性的关键因素 | 首次使用单细胞测序系统性地将不同胞内信号域结构与转录输出关联,发现特定结构具有独特的强直信号特征 | 研究中发现的强直信号特征仅在液体肿瘤中驱动持久疗效,在实体瘤中无效 | 解码CAR信号传导设计原则,指导下一代胞内信号域结构的合理设计 | 表达嵌合抗原受体(CARs)的工程化T细胞 | 单细胞分析 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1351 | 2025-10-06 |
The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial
2024-11-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54290-2
PMID:39537648
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研究论文 | 评估IL-1β抑制剂canakinumab在既往治疗过的低危骨髓增生异常综合征患者中的安全性和疗效 | 首次在人体临床试验中证明IL-1β抑制剂canakinumab可通过抑制TNF介导的炎症信号通路影响造血分化 | 仅针对遗传复杂性较低的患者有效,样本量较小(25例患者) | 评估靶向IL-1β信号通路是否能挽救MDS患者的无效红细胞生成 | 25例既往治疗过的低危MDS患者(中位年龄74岁,60%男性) | 临床医学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,基因表达数据 | 25例MDS患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1352 | 2025-10-06 |
Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers
2024-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53954-3
PMID:39516198
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研究论文 | 开发了一种名为scregclust的计算方法,用于从单细胞RNA测序数据重建细胞调控程序 | 提出单细胞调控驱动聚类方法,能高效划分基因模块并预测关键转录因子和激酶 | 对细胞状态调控机制的理解仍有限 | 研究神经系统癌症的表型可塑性调控程序 | 成人和儿童脑癌肿瘤样本及发育组织 | 生物信息学 | 神经系统癌症 | 单细胞RNA测序 | scregclust算法 | 单细胞RNA测序数据 | 15种肿瘤类型的数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1353 | 2025-10-06 |
Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS
2024-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54005-7
PMID:39521797
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研究论文 | 开发名为ELATUS的计算框架,通过单细胞RNA测序数据增强功能性长链非编码RNA的检测能力 | 结合伪比对工具Kallisto和选择性功能过滤,创建专门针对lncRNAs的单细胞RNA测序分析流程,在参考注释不准确的情况下表现更优 | 未提及具体样本数量和研究规模,主要关注方法学比较 | 开发优化单细胞RNA测序数据分析方法,提高功能性长链非编码RNA的检测准确性 | 长链非编码RNA(lncRNAs)在单细胞水平的表达分析 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞多组学测序(single-cell multiome),ATAC-seq | 计算框架ELATUS,基于Kallisto伪比对工具 | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学测序 | NA | NA |
| 1354 | 2025-10-06 |
Bioengineered vascular grafts with a pathogenic TGFBR1 variant model aneurysm formation in vivo and reveal underlying collagen defects
2024-05-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg6298
PMID:38718134
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研究论文 | 本研究通过结合hiPSC、生物工程血管移植物和基因编辑技术,在动物体内建立了功能性人类胸主动脉瘤模型 | 首次将hiPSC来源的血管平滑肌细胞与基因编辑技术结合,在动物体内构建了模拟人类胸主动脉瘤形成的生物工程血管移植物模型 | 研究样本量有限,仅针对特定TGFBR1变异,需要在更大多样性样本中验证 | 建立更好的人类胸主动脉瘤疾病模型并研究其发病机制 | 人类诱导多能干细胞来源的血管平滑肌细胞和生物工程血管移植物 | 组织工程 | 胸主动脉瘤 | 基因编辑,空间转录组学,组织学分析,蛋白质测定 | 生物工程血管移植物模型 | 转录组数据,组织学图像,蛋白质数据 | 使用isogenic对照hiPSC、基因编辑突变细胞和LDS患者来源细胞构建的多种生物工程血管移植物 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1355 | 2025-10-06 |
Synovial fibroblast gene expression is associated with sensory nerve growth and pain in rheumatoid arthritis
2024-04-10, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adk3506
PMID:38598614
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法识别与类风湿关节炎疼痛相关的滑膜成纤维细胞基因表达模块,并验证其促进疼痛感觉神经生长的机制 | 开发了基于图的基因表达模块识别方法,首次发现滑膜衬里层成纤维细胞基因表达与疼痛感觉神经生长的直接关联 | 研究样本主要来自炎症程度较低的类风湿关节炎患者,结果在高度炎症情况下的适用性需进一步验证 | 探究类风湿关节炎疼痛机制与滑膜成纤维细胞基因表达的关系 | 类风湿关节炎患者的滑膜活检样本、滑膜成纤维细胞、背根神经节神经元 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序、机器学习、受体-配体相互作用分析 | GbGMI(基于图的基因表达模块识别) | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 两个独立队列的类风湿关节炎患者滑膜活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1356 | 2025-10-06 |
Multimodal Analytical Tools to Enhance Mechanistic Understanding of Aortic Valve Calcification
2024-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2023.06.017
PMID:37517686
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综述 | 本文综述了用于增强主动脉瓣钙化机制理解的多模态分析工具 | 整合转录组学、蛋白质组学和分子成像技术,构建研究钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)的整体方法,具有识别新调控通路的潜力 | NA | 推进钙化性主动脉瓣疾病和药物靶点研究 | 钙化性主动脉瓣疾病(CAVD) | 生物医学研究 | 心血管疾病 | 转录组学, 蛋白质组学, 分子成像, 正电子发射断层扫描/计算机断层扫描 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 影像数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1357 | 2025-10-06 |
Endothelial cells drive organ fibrosis in mice by inducing expression of the transcription factor SOX9
2024-02-28, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abq4581
PMID:38416842
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研究论文 | 本研究揭示内皮细胞通过转录因子SOX9驱动多器官纤维化的机制 | 首次证实内皮细胞(而非仅成纤维细胞)通过SOX9表达直接促进器官纤维化,并发现CCN2是介导此过程的关键因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚不充分 | 探究内皮细胞在器官纤维化中的作用机制 | 小鼠模型及人类心力衰竭患者心脏组织 | 分子生物学 | 器官纤维化/心力衰竭 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 基因编辑 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 组织病理数据 | 多种小鼠纤维化模型(心脏、肺、肝)及人类心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1358 | 2025-10-06 |
Lipocalin-2 expression identifies an intestinal regulatory neutrophil population during acute graft-versus-host disease
2024-02-21, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adi1501
PMID:38381845
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现表达脂质运载蛋白-2的肠道中性粒细胞群体,可减轻急性移植物抗宿主病的严重程度 | 首次发现LCN2表达的中性粒细胞群体通过调控巨噬细胞功能缓解aGVHD,并揭示LCN2/IGF-1R信号通路机制 | 未明确LCN2治疗对移植物抗白血病效应的影响,人类样本验证仍需扩大 | 探索急性移植物抗宿主病的肠道组织耐受机制和潜在治疗策略 | 小鼠模型和人类aGVHD患者肠道活检样本 | 单细胞生物学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个患者队列的肠道活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1359 | 2025-10-06 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize the molecular and cellular architecture of the ischemic mouse brain
2024-02-07, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg1323
PMID:38324639
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单细胞转录组学技术,系统描绘了缺血性小鼠大脑的分子和细胞结构特征 | 首次整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了缺血大脑中LGALS9-CD44信号通路的关键作用,并发现细胞外囊泡介导的Lgals9递送可改善功能恢复 | 研究仅基于小鼠模型,需要在其他物种中进一步验证;Lgals9的具体作用机制仍需深入探索 | 表征缺血性大脑的分子和细胞结构特征,探索神经炎症在脑缺血后的病理机制 | 缺血性中风小鼠模型中的脑组织细胞 | 空间转录组学 | 脑血管疾病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | 19,777个转录组位点 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1360 | 2025-10-06 |
CD23+IgG1+ memory B cells are poised to switch to pathogenic IgE production in food allergy
2024-02-07, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adi0673
PMID:38324641
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研究论文 | 本研究在儿童花生过敏中发现了一类CD23+IgG1+记忆B细胞,这些细胞在2型免疫反应中产生,含有高亲和力花生特异性克隆,并能被激活分化为产生IgE的细胞 | 首次描述了CD23+IgG1+记忆B细胞作为致病性IgE产生细胞前体在食物过敏中的关键作用,揭示了长期过敏持续性的潜在机制 | 研究主要聚焦于儿童花生过敏,样本来源相对局限,需要进一步验证在其他食物过敏中的普适性 | 探究食物过敏中持续性IgE反应的B细胞记忆机制 | 人类儿童花生过敏患者 | 免疫学 | 食物过敏 | 单细胞RNA测序,B细胞受体分析 | NA | 单细胞转录组数据,血清学数据 | 儿童花生过敏患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |