单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2024-11-29	Causal links of human serum metabolites on the risk of prostate cancer: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA sequencing, and metabolic pathway analysis 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1443330 PMID:39600951	研究论文	本文通过孟德尔随机化研究探讨了人类血清代谢物与前列腺癌风险之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化方法结合单细胞RNA测序和代谢途径分析，揭示了三种血清代谢物与前列腺癌风险的因果关系	研究结果需要进一步的机制研究来阐明这些血清代谢物和代谢途径如何影响前列腺癌的发生和发展	探讨血清代谢物与前列腺癌风险之间的因果关系	血清代谢物与前列腺癌风险	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、代谢途径分析	NA	基因组数据、代谢组数据	7824名欧洲人
1342	2024-11-28	Tumor expression of CD83 reduces glioma progression and is associated with reduced immunosuppression 2024-Nov-27, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	研究探讨了CD83在胶质瘤细胞中的表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	首次揭示了CD83在胶质瘤细胞中的表达能够抑制肿瘤生长，并增强细胞毒性T细胞和CD8+ T细胞的活性	研究主要基于小鼠模型和人类样本的生物信息学分析，未来需进一步验证CD83表达在临床免疫治疗中的应用	探究CD83在胶质瘤中的表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	胶质瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的胶质瘤样本
1343	2024-11-27	FOS+ B cells: Key mediators of immunotherapy resistance in diverse cancer types 2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200895 PMID:39583007	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析免疫治疗患者，探讨了FOS B细胞在多种癌症类型中作为免疫治疗抵抗关键介质的作用	发现了FOS B细胞与免疫治疗抵抗的关联，并揭示了其潜在机制，为预测治疗反应提供了新的生物标志物	NA	探讨FOS B细胞在免疫治疗抵抗中的作用及其潜在机制	FOS B细胞在多种癌症类型中的作用	NA	多种癌症类型	单细胞RNA测序、空间转录组分析、免疫荧光分析	NA	RNA测序数据	25名免疫治疗患者和1,253例多癌症免疫治疗转录组分析
1344	2024-11-27	Analysis of population heterogeneity in CHO cells by genome-wide DNA methylation analysis and by multi-modal single-cell sequencing 2024-Dec-10, Journal of biotechnology IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.jbiotec.2024.10.012 PMID:39488254	研究论文	通过全基因组DNA甲基化分析和多模态单细胞测序分析CHO细胞的群体异质性	首次通过全基因组亚硫酸氢盐测序建立了CHO细胞的单碱基甲基化图谱，并揭示了DNA甲基化模式在CHO进化中的集群现象	研究仅限于CHO细胞系，未涉及其他细胞类型	探讨CHO细胞的非遗传机制，特别是DNA甲基化在细胞异质性中的作用	CHO细胞的DNA甲基化和单细胞测序数据	数字病理学	NA	全基因组亚硫酸氢盐测序和多模态单细胞测序	NA	DNA甲基化数据和单细胞测序数据	8个独立的CHO细胞系和3个独立培养的9833个细胞核
1345	2024-11-27	Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance 2024-Dec, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2411854 PMID:39419485	研究论文	研究探讨了组织激素DBI/ACBP对自噬的抑制作用及其在癌症免疫监视中的影响	首次发现DBI/ACBP的中和可以增强抗癌免疫监视，并改善化疗免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠实验和临床观察，需要进一步的临床试验验证	探讨DBI/ACBP在癌症发展中的作用及其对免疫疗法的影响	DBI/ACBP、癌症患者、小鼠模型	癌症研究	NA	单细胞RNA测序	NA	基因数据	包括癌症患者和小鼠模型
1346	2024-11-27	Single-cell transcriptomics reveals evolutionary reconfiguration of embryonic cell fate specification in the sea urchin Heliocidaris erythrogramma 2024-Nov-26, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evae258 PMID:39587400	研究论文	研究利用单细胞转录组学分析海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎发育过程中的细胞命运指定变化	通过比较scRNA-seq发育时间序列，揭示了Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus在胚胎模式形成中的进化变化	需要进一步实验验证候选调控相互作用	揭示物种间胚胎发育机制的进化变化	海胆Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus的胚胎发育	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus的胚胎样本
1347	2024-11-27	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2024-Nov-26, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	研究论文	本文比较了CD30L和OX40L在特应性皮炎中的作用，发现CD30L是一个有前景的治疗靶点	首次探讨了CD30L作为特应性皮炎治疗靶点的潜力，并提供了实验证据支持其有效性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其疗效	探讨CD30L在特应性皮炎中的治疗潜力	特应性皮炎患者和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个特应性皮炎患者的皮肤病变样本和小鼠模型
1348	2024-11-27	In Silico Integrative scRNA Analysis of Human Colonic Epithelium Indicates Four Tuft Cell Subtypes 2024-Nov-26, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00182.2024 PMID:39589317	研究论文	本研究整合并分析了来自四个公开数据集的人类单细胞RNA测序数据，揭示了人类结肠中杯状细胞的异质性，并识别出四种杯状细胞亚型	首次识别出四种杯状细胞亚型，并揭示了它们在基因表达和生物功能上的差异	NA	研究人类结肠中杯状细胞的异质性及其在健康和炎症性肠病中的作用	人类结肠中的杯状细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自四个公开数据集的样本
1349	2024-11-27	Single-cell transcriptome analysis identifies subclusters and signature with N-glycosylation in endometrial cancer 2024-Nov-26, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03802-z PMID:39589706	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，识别了子宫内膜癌中的亚群及其与N-糖基化相关的特征	本研究首次揭示了N-糖基化相关基因在子宫内膜癌中的预后和免疫治疗反应预测中的作用	本研究仅基于五个患者的单细胞RNA测序数据，样本量较小	阐明N-糖基化相关基因在子宫内膜癌细胞异质性、预后和免疫治疗反应中的作用	子宫内膜癌的细胞亚群及其与N-糖基化相关的特征	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	转录组数据	五个子宫内膜癌患者的单细胞RNA测序数据
1350	2024-11-27	Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae154 PMID:39041203	研究论文	通过跨物种单细胞RNA测序揭示人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫的不同表型和激活状态	首次通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞组成和激活状态，发现两者存在显著差异	研究仅限于颈动脉样本，未涵盖其他部位的动脉粥样硬化	探讨人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫细胞的差异及其对疾病进展的影响	人类颈动脉和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	43名接受颈动脉内膜切除术的患者和7组小鼠单细胞RNA测序数据集
1351	2024-11-27	Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae187 PMID:39189621	研究论文	研究探讨了Lkb1通过调控Ptbp1依赖的PKM选择性剪接，维持血管平滑肌细胞的收缩状态，抑制其可塑性	首次揭示了Lkb1在调控血管平滑肌细胞可塑性和命运中的关键作用，并发现PKM2激活剂TEPP-46可以挽救Lkb1缺失引起的血管平滑肌细胞转化和动脉扩张	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证Lkb1和PKM剪接在血管疾病中的作用	探讨血管平滑肌细胞可塑性的关键调控因子及其在血管疾病发展中的作用	血管平滑肌细胞、Lkb1、Ptbp1、PKM剪接	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、基于成像的谱系追踪	NA	RNA	使用tamoxifen诱导的Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2小鼠模型，以及人类动脉瘤组织样本
1352	2024-11-27	Single-Cell RNA Sequencing to Guide Autologous Preterm Cord Mesenchymal Stromal Cell-Therapy 2024-Nov-25, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202403-0569OC PMID:39586004	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析早产儿脐带间充质干细胞的转录组，评估妊娠相关并发症对其治疗潜力的影响	首次探讨了妊娠相关并发症对早产儿脐带间充质干细胞治疗潜力的影响，并使用单细胞RNA测序技术识别具有不同治疗潜力的干细胞	研究仅限于实验模型，尚未在临床环境中验证其治疗效果	评估妊娠相关并发症对早产儿脐带间充质干细胞治疗潜力的影响	早产儿脐带间充质干细胞及其在支气管肺发育不良中的治疗潜力	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	5名足月捐赠者、16名早产捐赠者和人类新生儿真皮成纤维细胞（HNDFs）
1353	2024-11-27	A deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark dataset for accurate analysis of cell type ratios in complex tissue samples 2024-Nov-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278822.123 PMID:39586714	研究论文	本文提出了一种基于单细胞测序和基准数据集的去卷积框架DeMixSC，用于准确分析复杂组织样本中的细胞类型比例	开发了一种新的加权非负最小二乘框架，用于识别和调整具有高技术差异的基因，并使用匹配的基准数据进行大规模去卷积	依赖于匹配的基准数据集，且仅在特定疾病和组织类型中进行了验证	提高复杂生物样本中去卷积分析的准确性	健康视网膜、卵巢癌组织以及年龄相关性黄斑变性和卵巢癌患者的组织样本	数字病理学	年龄相关性黄斑变性、卵巢癌	单细胞RNA测序	加权非负最小二乘框架	基因表达数据	453名年龄相关性黄斑变性患者和30名卵巢癌患者
1354	2024-11-27	Single-Cell RNA-Seq and Histological Analysis Reveals Dynamic Lrig1 Expression During Salivary Gland Development 2024-Nov-25, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31487 PMID:39587709	研究论文	研究探讨了LRIG1在唾液腺发育中的表达模式和功能	通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了LRIG1在唾液腺发育中的动态表达和其在不同细胞类型中的定位	主要集中在小鼠唾液腺的研究，未涵盖人类唾液腺发育的所有方面	研究LRIG1在唾液腺发育中的表达模式和功能	小鼠下颌下腺和人类唾液腺细胞系	NA	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫荧光染色	NA	RNA	不同发育阶段的小鼠下颌下腺样本和人类唾液腺细胞系
1355	2024-11-27	H. Pylori-Facilitated TERT/Wnt/β-Catenin Triggers Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia and Oxyntic Atrophy 2024-Nov-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401227 PMID:39587848	研究论文	研究了幽门螺杆菌感染如何通过TERT/Wnt/β-Catenin途径触发胃黏膜的松弛素多肽表达化生和胃底萎缩	揭示了CagA通过破坏TERT与其新型E3连接酶SYVN1的相互作用来增加TERT表达，从而激活TERT/Wnt/β-Catenin途径，促进胃黏膜主细胞的去分化和松弛素多肽表达化生的发生	NA	阐明幽门螺杆菌感染通过TERT/Wnt/β-Catenin途径触发胃黏膜松弛素多肽表达化生和胃底萎缩的机制	幽门螺杆菌感染、TERT蛋白表达、Wnt/β-Catenin信号通路、胃黏膜主细胞	NA	胃癌前期病变	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1356	2024-11-27	Predicting survival in bladder cancer with a novel apoptotic gene-related prognostic model 2024-Nov-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01575-z PMID:39580765	研究论文	本文建立了一种基于凋亡基因的新型膀胱癌预后模型，并通过多种分析方法验证了其预测生存率和免疫治疗反应的能力	首次基于凋亡基因建立了膀胱癌的预后模型，并验证了其在预测生存率和免疫治疗反应中的有效性	NA	建立并验证一种基于凋亡基因的膀胱癌预后模型，评估其在预测患者生存率和免疫治疗反应中的作用	膀胱癌患者的生存率和免疫治疗反应	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	Cox回归分析	mRNA表达数据	TCGA和GEO数据库中的数据
1357	2024-11-27	Exploring new mechanisms in cancer molecular pathways and pathogenic cell transformation: PIP4K2A as a prognostic marker and therapeutic target in cutaneous malignant melanoma 2024-Nov-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01555-3 PMID:39579298	研究论文	研究探讨了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	利用单细胞测序和机器学习技术，研究了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	NA	探讨PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组测序	机器学习模型	基因表达数据	来自皮肤黑色素瘤患者的样本
1358	2024-11-27	Integration of the bulk transcriptome and single-cell transcriptome reveals efferocytosis features in lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy by combining deep learning 2024-Nov-23, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03571-3 PMID:39580462	研究论文	本研究整合了大量转录组和单细胞转录组数据，通过深度学习揭示了肺腺癌预后和免疫治疗中的吞噬作用特征	开发了一种新的与吞噬作用相关的基因预后特征，能够准确预测肺腺癌患者的生存预后和治疗效果	NA	研究吞噬作用在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用	肺腺癌患者及其相关基因和免疫微环境	数字病理学	肺癌	深度学习	NA	转录组数据	涉及TCGA、GEO和CTRP数据库中的多个样本
1359	2024-11-27	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment niche transitions during the invasive and metastatic processes of ground-glass nodules and part-solid nodules in lung adenocarcinoma 2024-Nov-23, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02177-7 PMID:39580469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺腺癌中磨玻璃结节和部分实性结节在侵袭和转移过程中的免疫微环境转变	首次揭示了CXCL9+和TREM2+肿瘤相关巨噬细胞在不同阶段的显著富集变化，并发现GGN-LUAD在侵袭阶段表现出更强的免疫反应	样本量较小，仅包括8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌不同放射学表型的异质性及其影响肿瘤演变的关联因素	肺腺癌中的磨玻璃结节和部分实性结节	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，以及4例邻近正常组织
1360	2024-11-27	Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease 2024-Nov-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54579-2 PMID:39580485	研究论文	利用单细胞转录组学研究了朊病毒感染小鼠模型中神经元的分子特征，揭示了与阿尔茨海默病重叠的神经元脆弱性	首次通过单细胞转录组学技术识别和表征了朊病毒易感神经元亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的脆弱性相关转录本	研究仅限于朊病毒感染的小鼠模型，未涉及其他神经退行性疾病模型	通过单细胞转录组学技术识别和表征朊病毒易感神经元亚群，揭示神经元脆弱性的分子机制	朊病毒感染的小鼠模型中的活神经元	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	朊病毒感染的雌性小鼠的活神经元