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当前共找到 7461 篇文献，本页显示第 1321 - 1340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1321 | 2025-10-06 |
Recent advances in differential expression analysis for single-cell RNA-seq and spatially resolved transcriptomic studies
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad011
PMID:37022699
|
综述 | 本文系统综述了单细胞RNA测序和空间转录组学数据中差异表达分析的最新进展与挑战 | 首次针对多条件、多样本实验设计下的scRNA-seq和SRT数据差异表达分析工具进行系统性梳理，并提供方法选择与开发指导 | 未进行实证方法比较，主要提供理论框架和综述性指导 | 探讨单细胞和空间转录组数据中差异表达分析的特殊挑战与发展方向 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间解析转录组学(SRT)数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1322 | 2025-10-06 |
An improved hierarchical variational autoencoder for cell-cell communication estimation using single-cell RNA-seq data
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elac056
PMID:36752035
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研究论文 | 提出一种改进的层次变分自编码器模型，利用单细胞RNA-seq数据自动估计细胞间通讯 | 结合层次变分自编码器和传递熵方法，无需依赖先验知识即可自动推断细胞间通讯关系 | 仅在人皮肤疾病和黑色素瘤数据集上进行了验证，需要更多数据集验证通用性 | 开发新方法准确估计肿瘤微环境中的细胞间通讯 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯关系 | 生物信息学 | 皮肤疾病, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 层次变分自编码器(HiVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1323 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq data clustering by deep information fusion
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad017
PMID:37208992
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研究论文 | 提出一种基于深度信息融合的单细胞RNA-seq数据聚类方法scDeepFC | 通过深度信息融合网络同时利用基因属性信息和细胞拓扑结构，结合ZINB模型处理dropout事件 | NA | 解决单细胞转录组数据聚类和插补的计算挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 深度自编码器, 图卷积网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1324 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell RNA sequencing data to genome-wide association analysis data identifies significant cell types in influenza A virus infection and COVID-19
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad025
PMID:37340787
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和全基因组关联分析数据，识别与甲型流感病毒感染和COVID-19相关的显著细胞类型 | 首次将流感GWAS数据与scRNA-seq数据整合分析，识别不同人群中的疾病相关细胞类型 | 需要更多后续研究的关注和验证 | 揭示与流感疾病相关的细胞类型，为理解发病机制提供线索 | 甲型流感病毒和COVID-19 | 生物信息学 | 呼吸道传染病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | RolyPoly, LDSC-cts | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 约70,000个细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1325 | 2025-10-06 |
Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease
2024-Feb-01, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN
IF:8.5Q1
DOI:10.2215/CJN.0000000000000276
PMID:37533147
|
研究论文 | 通过空间转录组学技术分析糖尿病肾病患者肾活检样本中肾小球新生血管的分子特征 | 首次使用三维免疫荧光成像和空间转录组学揭示糖尿病肾病中肾小球周围新生血管的分子特征，突破了传统病理学评估的局限 | 仅基于单个病例分析，样本量有限，需要更大规模研究验证 | 探索糖尿病肾病中肾小球新生血管的分子机制 | 66岁女性糖尿病肾病患者 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学，三维免疫荧光成像 | NA | 基因表达数据，影像数据 | 1例患者肾活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1326 | 2025-10-06 |
Development and experimental validation of a machine learning-based disulfidptosis-related ferroptosis score for hepatocellular carcinoma
2024-02, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-023-01900-x
PMID:37875647
|
研究论文 | 开发并实验验证了一种基于机器学习的双硫死亡相关铁死亡评分系统，用于肝细胞癌研究 | 首次构建双硫死亡相关铁死亡(DRF)评分系统，并通过单细胞水平分析和体外实验验证KIF20A功能 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证 | 探索双硫死亡相关铁死亡基因在肝细胞癌中的作用机制 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 体外实验 | Pearson分析, 差异分析, uniCox回归, lasso, ranger, 多变量Cox回归 | 基因表达数据 | 肝细胞癌患者队列 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1327 | 2025-10-06 |
Myeloid-specific ablation of Basp1 ameliorates diet-induced NASH in mice by attenuating pro-inflammatory signaling
2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000537
PMID:37505219
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现Basp1是NASH中髓系细胞炎症信号的关键调控因子 | 首次发现Basp1在NASH肝脏中特异性高表达，并通过髓系特异性敲除证实其在NASH发病机制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床意义需要进一步验证 | 探究髓系细胞在NASH发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | 小鼠髓系细胞（巨噬细胞和树突状细胞）及人类NASH肝脏样本 | 生物医学研究 | 非酒精性脂肪性肝炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据 | 小鼠模型及人类肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1328 | 2025-10-06 |
A Strategy based on Bioinformatics and Machine Learning Algorithms Reveals Potential Mechanisms of Shelian Capsule against Hepatocellular Carcinoma
2024, Current pharmaceutical design
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学和机器学习算法揭示了射莲胶囊抗肝细胞癌的潜在作用机制 | 首次整合生物信息学分析和多种机器学习算法系统研究射莲胶囊抗肝癌的多层次作用机制 | 研究主要基于数据库分析和计算模拟，缺乏实验验证 | 探索射莲胶囊治疗肝细胞癌的潜在药理机制 | 射莲胶囊的活性成分和肝细胞癌相关基因 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析,机器学习算法,单细胞RNA测序,分子对接 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA),多种机器学习算法 | 基因表达数据,化合物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,微阵列芯片 | NA | NA |
| 1329 | 2025-10-06 |
leptin b and its regeneration enhancer illustrate the regenerative features of zebrafish hearts
2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.556
PMID:36495292
|
研究论文 | 本研究利用leptin b及其组织再生增强子元件解析斑马鱼心脏再生过程中非心肌细胞的异质性 | 首次将lepb作为再生特异性标志物来识别损伤激活的内皮细胞亚群，并发现lepb+内皮细胞作为信号中心与其他心脏细胞相互作用 | 研究仅限于斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证 | 解析斑马鱼心脏再生的细胞和分子机制 | 斑马鱼心脏再生过程中的非心肌细胞（内皮细胞、心外膜和心外膜来源细胞） | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，染色质可及性分析，转基因品系 | NA | 单细胞转录组数据，染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1330 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals the loss of FABP4-positive proliferating valvular endothelial cells relates to functional mitral regurgitation
2024-12-20, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-024-03791-4
PMID:39707349
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析功能性二尖瓣反流患者二尖瓣叶的细胞组成和分子变化 | 首次在功能性二尖瓣反流中发现FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞亚群的异常减少及其在疾病中的作用 | 样本量较小（仅6例患者），需要更大规模研究验证 | 研究功能性二尖瓣反流的发病机制和分子变化 | 二尖瓣反流患者的二尖瓣叶组织和原代瓣膜内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析，免疫组织化学，体外细胞实验 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 6例心脏移植患者（3例二尖瓣反流，3例对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1331 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell and bulk transcriptome analysis of R-loop score-based signature with regard to immune microenvironment, lipid metabolism and prognosis in HCC
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1487372
PMID:39850878
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组分析，构建了基于R-loop评分的特征模型，探索其在肝细胞癌免疫微环境、脂质代谢和预后中的作用 | 首次构建了基于R-loop评分的预后模型，揭示了R-loop调节因子CLTC通过调控脂质代谢促进肝癌进展的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限；样本来源和数量可能存在限制 | 探索R-loop在肝细胞癌进展中的作用机制，并构建预后预测模型 | 肝细胞癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA分析, 体外实验, 体内实验 | R-loop评分模型, 预后风险模型 | 单细胞RNA测序数据, 批量转录组数据 | 来自GSE149614和CRA002308数据集的HCC患者单细胞数据，TCGA数据库的批量数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1332 | 2025-10-06 |
Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma
2024-Dec-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001191
PMID:39666875
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研究论文 | 本研究通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序，深入解析了多灶性肝细胞癌中瘤内转移和多中心发生的肿瘤微环境异质性 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了多灶性肝细胞癌中瘤内转移和多中心发生的基因组和肿瘤微环境差异 | 样本量相对有限(7名患者的23个样本)，需要在更大队列中验证 | 阐明多灶性肝细胞癌中瘤内转移和多中心发生的肿瘤微环境异质性 | 多灶性肝细胞癌患者组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 全外显子组测序,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因组数据,转录组数据,图像数据 | 7名患者的23个样本，另有验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq,全外显子组测序 | NA | NA |
| 1333 | 2025-10-06 |
Identification of the key targets for sepsis-associated acute kidney injury by RNA sequencing combined with bioinformatics methods
2024-11-30, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00673-5
PMID:39616313
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研究论文 | 通过RNA测序结合生物信息学方法识别脓毒症相关急性肾损伤的关键靶点基因 | 首次将脓毒症差异表达基因与肾脏特异性基因进行交集分析，鉴定出CD74和IL32作为脓毒症相关肾损伤的新型生物标志物 | 样本量较小（10例健康对照和22例脓毒症患者），需要更大规模研究验证 | 探索脓毒症患者并发肾损伤的相关基因，为早期识别和预后研究提供可靠靶点 | 脓毒症患者和健康个体的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症相关急性肾损伤 | RNA测序, 生物信息学分析, 单细胞RNA测序 | 差异表达分析, GO分析, KEGG分析, 生存分析, ROC分析 | RNA测序数据 | 32例样本（10例健康对照，22例脓毒症患者） | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1334 | 2025-10-06 |
From bioinformatics to clinical applications: a novel prognostic model of cuproptosis-related genes based on single-cell RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma
2024-09-09, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00649-5
PMID:39251909
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序数据开发了一种铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型 | 首次结合单细胞RNA测序和RNA测序数据构建铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型 | 模型验证仍需更多临床队列验证 | 研究铜死亡相关基因与肝细胞癌预后的关系并构建预后模型 | 肝细胞癌患者和正常对照 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,RNA测序 | Cox回归,LASSO回归 | 基因表达数据 | GEO和TCGA数据库中的肝细胞癌患者和正常对照样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 1335 | 2025-10-06 |
Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity
2024-Sep, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283
PMID:39142076
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研究论文 | 本研究揭示了人肠道内分泌细胞中G蛋白信号调节因子的表达谱及其在饱腹激素分泌和肥胖中的潜在作用 | 首次在瘦型和肥胖个体中通过单细胞RNA测序揭示了肠道内分泌细胞独特的RGS表达谱，并发现RGS9表达与BMI正相关、与餐后GLP-1和PYY负相关 | 样本量相对有限（61例患者），部分数据依赖公开数据集，需要进一步验证RGS的具体作用机制 | 探究RGS在肠道内分泌细胞中的表达特征及其对饱腹激素分泌的调节作用 | 人结肠和空肠L型肠内分泌细胞、61例患者肠道黏膜组织、NCI-H716细胞系 | 单细胞生物学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 体外细胞培养, 激素检测 | NA | 转录组数据, 临床数据, 体外实验数据 | 61例患者（42例肥胖，19例瘦型），公开数据集GSE114853 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1336 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598667
PMID:38915572
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析年轻与年老小鼠卵巢中的髓系细胞，揭示卵巢衰老过程中巨噬细胞亚群和信号通路的改变 | 首次在年老小鼠卵巢中发现独特的巨噬细胞亚群，并揭示ANNEXIN和TGFβ信号在卵巢衰老相关炎症和纤维化中的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究卵巢衰老过程中髓系细胞的功能特征和分子机制 | 年轻(3月龄)和年老(14-17月龄)小鼠卵巢中的CD45+CD11b+髓系细胞 | 单细胞生物学 | 卵巢衰老 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠卵巢样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1337 | 2025-10-06 |
Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution
2024-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001182
PMID:39656099
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研究论文 | 通过单细胞分辨率技术揭示肝细胞癌中静脉肿瘤血栓的独特免疫微环境特征 | 首次在单细胞水平系统揭示PVTT中C5aR+TAMs的免疫抑制功能及其临床意义 | 样本量有限，机制研究主要基于细胞系实验 | 探索肝细胞癌中门静脉肿瘤血栓的免疫微环境特征 | 肝细胞癌患者的门静脉肿瘤血栓、原发肿瘤和血液样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 飞行时间质谱流式技术, 单细胞RNA测序, 多重荧光免疫组化染色 | NA | 单细胞数据, 蛋白质表达数据, 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | NA | NA |
| 1338 | 2025-10-06 |
Transcription Factor Activity Regulating Macrophage Heterogeneity during Skin Wound Healing
2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2400172
PMID:38940624
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了转录因子在皮肤伤口愈合过程中调控巨噬细胞异质性的机制 | 改进了贝叶斯推断TF活性模型，首次结合scRNA-seq和scATAC-seq数据推断伤口愈合过程中Mos/Mϕs的转录因子活性，并验证了NR4A1在炎症调控中的关键作用 | 转录因子活性与mRNA或蛋白表达并不总是相关，可能存在其他调控机制未被充分探索 | 研究皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞异质性的转录因子调控机制 | 小鼠皮肤伤口愈合过程中的单核细胞和巨噬细胞 | 单细胞多组学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 基因敲除 | 贝叶斯推断模型, 网络分析 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | Nr4a1基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1339 | 2025-10-06 |
Neutrophil Heterogeneity Is Modified during Acute Lung Inflammation in Apoa1-/- Mice
2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300459
PMID:38912868
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析载脂蛋白A-I缺失对急性肺部炎症中中性粒细胞异质性的影响 | 首次揭示Apoa1缺失通过改变中性粒细胞和巨噬细胞亚群分布及促炎基因表达来调控急性气道炎症 | 研究仅使用小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探讨载脂蛋白A-I调节急性气道炎症的分子机制 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠的支气管肺泡灌洗液细胞 | 单细胞转录组学 | 肺部炎症 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析，轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠经LPS+屋尘螨诱导的炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1340 | 2025-10-06 |
Scalable genetic screening for regulatory circuits using compressed Perturb-seq
2024-Aug, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01964-9
PMID:37872410
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研究论文 | 本研究开发了一种压缩Perturb-seq方法，通过算法优化显著降低了单细胞CRISPR筛选技术的成本 | 将压缩感知算法应用于Perturb-seq技术设计，实现了在单个细胞或液滴中测量多个随机扰动 | NA | 开发可扩展的基因调控回路筛选方法 | 598个与细菌脂多糖免疫反应相关的基因 | 功能基因组学 | 免疫疾病 | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选 | 压缩感知算法 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Perturb-seq（CRISPR扰动与单细胞RNA测序结合技术） |