单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1321	2025-02-20	Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109397 PMID:38510120	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次展示了人类视网膜类器官发育的单细胞时空转录组	首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了类器官发育各阶段细胞类型特异性转录因子结合位点，并展示了染色质可及性与发育中人类视网膜的高度相关性	研究中使用的视网膜类器官与真实人类视网膜在部分视网膜神经元的时间出现和丰度上存在差异	研究人类视网膜早期发育的分子信息	多能干细胞衍生的视网膜类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 单细胞ATAC测序数据	NA
1322	2025-02-19	Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics 2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401540121 PMID:39150785	研究论文	本文通过从单细胞RNA速度中学习细胞状态向量场，量化单细胞全局非平衡驱动力，揭示了细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	提出了从单细胞数据中量化Waddington景观的方法，揭示了细胞命运决策的过渡状态和先驱基因的作用，并引入了循环通量的概念来量化每个循环通量对细胞状态转变的贡献	NA	探索细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞转录组数据	NA
1323	2025-02-19	Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics 2024-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02284-9 PMID:38844627	研究论文	本文介绍了一种名为IRIS的计算方法，用于在空间转录组学研究中准确高效地检测空间域，以表征组织的空间结构	IRIS方法独特地利用单细胞RNA测序数据进行参考信息检测，整合多个SRT切片，并明确考虑切片内和切片间的相关性	NA	开发一种计算方法来提高空间转录组学研究中空间域检测的准确性和效率	空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	空间转录组学数据	六个SRT数据集，涵盖多种技术、组织、物种和分辨率
1324	2025-02-19	Mechanism of mTOR/RILP-regulated autophagic flux in increased susceptibility to myocardial ischemia-reperfusion in diabetic mice 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1506401 PMID:39958873	研究论文	本研究探讨了糖尿病小鼠心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的潜在机制	揭示了mTOR/RILP通路在糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损中的作用，并提出了通过调节该通路来恢复自噬流和改善心肌易损性的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的机制	糖尿病小鼠的心肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、HE染色、透射电子显微镜、qRT-PCR、WB	NA	基因表达数据、组织图像	糖尿病小鼠的心肌细胞
1325	2025-02-18	CBX1 is involved in hepatocellular carcinoma progression and resistance to sorafenib and lenvatinib via IGF-1R/AKT/SNAIL signaling pathway 2024-Oct, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-024-10696-0 PMID:38769286	研究论文	本研究探讨了CBX1在肝细胞癌（HCC）进展及对索拉非尼和乐伐替尼耐药中的作用及其机制	首次揭示了CBX1通过IGF-1R/AKT/SNAIL信号通路促进HCC进展和增加TKI耐药性的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CBX1在HCC中的作用及其对TKI耐药性的影响	肝细胞癌（HCC）细胞及小鼠模型	癌症研究	肝细胞癌	RT-PCR, Western Blotting, 免疫组化分析, 单细胞RNA测序, CCK-8, 集落形成, Transwell侵袭, 划痕实验, 异种移植实验	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	多种癌症样本及HCC组织样本
1326	2025-02-18	Spatial Transcriptomic Analysis Identifies Epithelium-Macrophage Crosstalk in Endometriotic Lesions 2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.23.586434 PMID:38798560	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了子宫内膜异位症病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用	揭示了子宫内膜异位症病变中上皮细胞在驱动炎症信号和促进巨噬细胞修复表型中的新作用，并提出了补体3在病变病理生物学中的新角色	研究主要关注浅表腹膜子宫内膜异位症病变，未涉及深部病变或其他类型的子宫内膜异位症	识别子宫内膜异位症病变中细胞类型特异性基因表达变化，并阐明基质、上皮细胞和巨噬细胞之间的相互作用	浅表腹膜子宫内膜异位症病变及患者匹配的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1327	2025-02-18	Transcriptomic landscape of endothelial cells: Key tumor microenvironment components indicating variable clinical outcomes in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Feb, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.23881 PMID:37449672	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中内皮细胞（ECs）的多样性及其对临床结果的影响	首次在PDAC中识别出七种不同的ECs簇，并探讨了它们与恶性细胞的相互作用及其对患者预后的影响	样本量相对较小，仅包括24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本	阐明PDAC肿瘤微环境中ECs的多样性及其对治疗效果和患者预后的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的内皮细胞（ECs）	生物信息学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本
1328	2025-02-18	Interferon-γ signaling in eosinophilic esophagitis has implications for epithelial barrier function and programmed cell death 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.26.577407 PMID:38352458	研究论文	本文探讨了干扰素-γ信号在嗜酸性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响	通过单细胞RNA测序和体外器官模型揭示了干扰素-γ在食管上皮细胞中的功能影响	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内情况	揭示免疫细胞与上皮细胞在嗜酸性食管炎中的相互作用及其功能意义	嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞	生物医学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 体外器官模型	NA	RNA测序数据	嗜酸性食管炎患者的食管活检样本
1329	2025-02-17	A Foundation Model for Cell Segmentation 2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.17.567630 PMID:38045277	研究论文	本文介绍了一种名为CellSAM的基础模型，用于细胞分割，该模型能够泛化到多种细胞成像数据	CellSAM基于Segment Anything Model (SAM)，通过开发一种提示工程方法进行掩码生成，实现了跨多种细胞成像数据的泛化能力	尽管CellSAM在多种细胞类型和成像模态上表现出色，但其在特定领域的性能可能仍需进一步优化	研究目标是开发一种能够泛化到多种细胞成像数据的细胞分割基础模型	研究对象包括哺乳动物细胞（组织和细胞培养）、酵母和细菌的成像数据	计算机视觉	NA	深度学习	SAM, CellFinder	图像	多种细胞类型和成像模态的数据
1330	2025-02-16	Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596749 PMID:38854073	研究论文	本文研究了静水压力和剪切应力对内皮细胞（EC）响应的综合影响，揭示了压力在调节剪切应力诱导的信号传导中的剂量依赖性作用	开发了体外模型来研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应，并发现压力在调节剪切应力诱导的信号传导中具有剂量依赖性作用	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探讨静水压力和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响	内皮细胞	细胞生物学	血管疾病	RNA测序	体外模型	RNA测序数据	人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育样本
1331	2025-02-16	Interleukin-22 inhibits cardiac fibrosis by regulating fibroblast metabolic reprogramming in myocardial infarction 2024-Apr, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155256 PMID:38492359	研究论文	本研究探讨了Interleukin-22 (IL-22)在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	揭示了IL-22通过抑制有氧糖酵解和激活JNK/PKM2通路来减轻心肌纤维化和成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	研究IL-22在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	心肌梗死患者和小鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
1332	2025-02-14	Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08105-5 PMID:39506125	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜和蛋白质组学分析，研究了免疫检查点抑制剂相关心肌炎（irMyocarditis）患者的心脏、肿瘤和血液中的免疫反应	首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了irMyocarditis患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应特征，并识别了潜在的生物标志物	样本量相对较小，仅包括28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体，可能限制结果的普适性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系	irMyocarditis患者的心脏、肿瘤和血液样本	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、显微镜图像、蛋白质组学数据	28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体
1333	2025-02-14	Reconstruction of gene regulatory networks from single cell transcriptomic data 2024-Dec, Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii IF:0.9Q3 DOI:10.18699/vjgb-24-104 PMID:39944798	综述	本文综述了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据重建基因调控网络（GRNs）的方法和程序	本文特别关注了利用其他组学数据（主要是转录因子结合位点和开放染色质图谱）来提高单细胞转录组数据重建GRN的准确性	单细胞组学数据的技术和生物学特性需要特定的GRN推断方法	理解和研究细胞在发育过程中及响应各种内外刺激时使用的机制	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1334	2025-02-14	Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block 2024-Nov-28, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-024-10159-x PMID:39609308	研究论文	本研究揭示了冠状动脉心脏病（CHD）与认知障碍之间的分子联系，并评估了星状神经节阻滞（SGB）的治疗潜力	首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出FKBP5和DDIT3这两个关键衰老相关基因在CHD和认知障碍中的上调作用，并展示了SGB通过自主神经调节对这些基因相关通路的调控作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	阐明关键衰老相关基因在CHD和认知障碍病理生理学中的作用，并评估SGB的治疗潜力	冠状动脉心脏病（CHD）和认知障碍	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠模型
1335	2025-02-14	New dimension in viral hepatitis research 2024-Sep, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100136 PMID:39944365	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间转录组学在慢性乙型肝炎研究中的应用，旨在提高对肝脏免疫反应和乙型肝炎病毒感染细胞分布的理解	使用GeoMx nanostring数字空间分析技术，针对特定组织区域进行基因表达分析，揭示了与免疫特征和病毒负担相关的空间转录组特征	样本量较小，组织处理、数据分析和成本方面的挑战仍需解决	实现乙型肝炎的功能性治愈	三名患者的肝组织（一名HBV单感染、一名HBV/HDV共感染和一名HBV/HIV共感染）	数字病理学	乙型肝炎	单细胞测序、空间转录组学、GeoMx nanostring数字空间分析技术	NA	基因表达数据	三名患者的肝组织
1336	2025-02-14	[Analysis of the types and functions of CD34+ cells in full-thickness skin defect wounds of normal mice and diabetic mice by single-cell RNA sequencing] 2024-Mar-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20231130-00217 PMID:38548393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析正常小鼠和糖尿病小鼠全层皮肤缺损伤口中CD34+细胞的类型和功能	首次使用单细胞RNA测序技术对正常和糖尿病小鼠全层皮肤缺损伤口中的CD34+细胞进行详细分类和功能分析	样本量较小，仅包括6只糖尿病模型小鼠和6只正常小鼠	研究CD34+细胞在正常和糖尿病小鼠皮肤伤口愈合过程中的类型和功能	正常小鼠和糖尿病小鼠的全层皮肤缺损伤口中的CD34+细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	Seurat 4.0.2	RNA测序数据	12只雄性CD34细胞谱系追踪小鼠（6只糖尿病模型，6只正常对照）
1337	2025-02-14	RNA-seq analysis reveals prenatal alcohol exposure is associated with placental inflammatory cells and gene expression 2024-Feb-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.147951 PMID:37918548	研究论文	本研究通过RNA-seq分析揭示了产前酒精暴露与胎盘炎症细胞和基因表达的关系	首次在胎盘细胞类型组成和转录组分析中考虑了细胞类型的影响，揭示了产前酒精暴露对胎盘细胞类型比例和炎症基因表达的影响	需要进一步研究以表征这些影响并评估胎盘炎症在胎儿酒精谱系障碍中的潜在功能作用	研究产前酒精暴露对胎盘细胞类型组成和基因表达的影响	35名重度饮酒孕妇和33名对照的胎盘样本	生物信息学	胎儿酒精谱系障碍	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	线性回归模型	RNA-seq数据	68名孕妇的胎盘样本
1338	2025-02-14	The many faces of the megakaryocytes and their biological implications 2024-01-01, Current opinion in hematology IF:3.1Q2 DOI:10.1097/MOH.0000000000000793 PMID:37910197	综述	本文综述了单细胞RNA测序研究揭示的巨核细胞谱系内的转录异质性及其独特亚群的功能和表型可塑性，以及对健康和疾病的影响	揭示了巨核细胞（MKs）的多个亚群及其不同功能，包括血小板生成、生态位支持、免疫和循环细胞，并发现这些细胞在非造血组织中的存在及其增强的免疫相关特性	NA	探讨巨核细胞亚群的功能和表型可塑性及其在健康和疾病中的作用	巨核细胞（MKs）及其亚群	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1339	2025-02-13	Spatial transcriptomic revealed intratumor heterogeneity and cancer stem cell enrichment in colorectal cancer metastasis 2024-Oct-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217181 PMID:39159882	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了结直肠癌（CRC）原发和转移组织中的肿瘤内异质性，并发现转移组织中癌症干细胞（CSCs）的富集	首次应用空间转录组学技术全面分析CRC原发和转移组织的转录组，发现FOXD1作为新的转移性CSCs标志物，并揭示了转移过程中的去分化-分化过程	研究样本量较小，仅包括两对原发和转移组织，可能限制结果的普适性	探索结直肠癌转移的机制，特别是肿瘤内异质性和癌症干细胞的作用	结直肠癌原发组织和匹配的肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	两对原发和转移组织
1340	2025-02-13	Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02380-w PMID:39187683	研究论文	本文提出了一种名为FlowSig的方法，通过图形因果建模和条件独立性，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）或空间转录组学（ST）数据中推断出由通信驱动的细胞间流动	FlowSig方法首次结合图形因果建模和条件独立性，从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动，填补了现有方法论的空白	NA	开发一种能够从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动的方法	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, 空间转录组学	图形因果建模	基因表达数据	新生成的实验性皮质器官样数据和数学建模生成的合成数据