单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1301	2024-11-29	Identifying an AML Prognostic Model Using 10 Marker Genes from Single-Cell Transcriptome and Bulk Transcriptome Analysis 2024-Dec, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10678-9 PMID:38347290	研究论文	研究探讨了FANC核心复合物在骨髓衰竭中的作用，并通过单细胞和批量转录组分析确定了与核仁稳态相关的基因，开发了一种预测急性髓系白血病（AML）预后的模型	通过单细胞和批量转录组分析，揭示了FA患者与健康个体在细胞间通信上的显著差异，并开发了一种具有高预测精度的AML预后模型	NA	探讨FANC核心复合物在骨髓衰竭中的作用，并开发AML预后模型	FA患者的造血干细胞和AML预后	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组测序和批量转录组分析	预后模型	转录组数据	FA患者和健康个体的造血干细胞
1302	2024-11-29	m6A Modification of Profilin-1 in Vascular Smooth Muscle Cells Drives Phenotype Switching and Neointimal Hyperplasia via Activation of the p-ANXA2/STAT3 Pathway 2024-Dec, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321399 PMID:39508106	研究论文	研究探讨了PFN1在血管平滑肌细胞中的m6A修饰如何通过激活p-ANXA2/STAT3通路驱动表型转换和新内膜增生	首次揭示了PFN1的m6A修饰在血管平滑肌细胞中的重要作用，并阐明了其通过激活p-ANXA2/STAT3通路促进表型转换和新内膜增生的机制	NA	探讨PFN1在血管平滑肌细胞中的作用及其在支架内再狭窄中的机制	血管平滑肌细胞、支架内再狭窄患者及多种实验模型	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括狭窄的大鼠颈动脉、支架植入的猪冠状动脉、支架内再狭窄患者、PFN1SMC-IKO小鼠和PFN1过表达小鼠等多种样本
1303	2024-11-29	Integrating Prior Knowledge Using Transformer for Gene Regulatory Network Inference 2024-Nov-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409990 PMID:39605181	研究论文	本文提出了一种基于Transformer的基因调控网络推断框架GRNPT，结合大型语言模型嵌入和时间卷积网络自动编码器，从单细胞RNA测序轨迹中捕捉调控模式	GRNPT通过整合大型语言模型嵌入和深度学习方法，克服了传统基因调控网络推断方法的局限，显著提高了推断性能和泛化能力	NA	旨在改进基因调控网络推断方法，提高其在不同细胞类型和未见调控因子上的泛化能力	基因调控网络及其在不同细胞类型中的调控关系	机器学习	NA	单细胞RNA测序	Transformer	文本	NA
1304	2024-11-29	Accurate Spatial Heterogeneity Dissection and Gene Regulation Interpretation for Spatial Transcriptomics using Dual Graph Contrastive Learning 2024-Nov-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410081 PMID:39605202	研究论文	本文提出了一种双图对比学习方法stDCL，用于空间转录组学数据的准确空间异质性解析和基因调控解释	stDCL通过图嵌入自编码器自适应地整合基因表达数据和空间信息，并提出双图对比学习来训练模型，确保潜在嵌入表示与实际空间分布紧密匹配并显示聚类相似性	NA	开发一种能够准确捕捉外部空间异质性并解释内部基因调控的方法，以理解组织微环境中的生物学机制	空间转录组学数据中的空间域识别和基因调控解释	生物信息学	阿尔茨海默病	双图对比学习	图嵌入自编码器	基因表达数据	复杂皮质数据集
1305	2024-11-29	Time-resolved single-cell transcriptomic sequencing 2024-Nov-27, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d4sc05700g PMID:39568874	综述	综述了时间分辨单细胞转录组测序方法及其应用	介绍了将“时间锚点”引入单细胞RNA测序库以记录动态表达模式的方法	现有的计算方法基于假设，未能反映实际状态	探讨时间分辨单细胞转录组测序技术的发展和应用	单细胞RNA测序技术及其在不同时间点的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1306	2024-11-29	Single-cell RNA sequencing reveals key regulators and differentiation trajectory of iPSC-derived cardiomyocytes 2024-11-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-79488-8 PMID:39587160	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了人诱导多能干细胞（iPSC）向心肌细胞分化的动态基因调控网络和关键调控因子	首次在单细胞分辨率下揭示了iPSC向心肌细胞分化的关键调控基因和分化轨迹	研究仅基于两个iPSC细胞系，可能存在样本多样性不足的问题	揭示心肌细胞分化过程中的动态基因调控网络和关键调控因子	人诱导多能干细胞（iPSC）及其分化为心肌细胞的过程	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	32,365个细胞，来自4个分化阶段的两个iPSC细胞系
1307	2024-11-29	A comprehensive analysis of gene expression and the immune landscape in gastric cancer through single-cell and multi-omics approaches 2024-Nov-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01591-z PMID:39585511	研究论文	本研究通过单细胞和多组学方法全面分析了胃癌中的基因表达和免疫景观	首次通过单细胞RNA测序揭示了胃癌微环境的细胞景观和基因表达谱，并发现了与肿瘤微环境相关的性别偏倚基因功能	NA	探讨胃癌微环境中不同细胞类型和基因表达谱的分布，揭示潜在的分子机制	胃癌样本中的基因表达和免疫微环境	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	NA
1308	2024-11-29	Inhalation of itraconazole mitigates bleomycin-induced lung fibrosis via regulating SPP1 and C3 signaling pathway pivotal in the interaction between phagocytic macrophages and diseased fibroblasts 2024-Nov-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05895-0 PMID:39587675	研究论文	研究通过吸入伊曲康唑减轻博来霉素诱导的肺纤维化，并探讨其通过调节SPP1和C3信号通路在吞噬性巨噬细胞与病变成纤维细胞相互作用中的作用	开发了一种吸入型伊曲康唑制剂，显著提高了药物在肺组织中的积累，从而增强了治疗效果	研究仅在动物模型中进行，尚未进行临床试验	探索吸入伊曲康唑对肺纤维化的治疗效果及其分子机制	博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
1309	2024-11-29	Integration of single-cell sequencing and drug sensitivity profiling reveals an 11-gene prognostic model for liver cancer 2024-Nov-25, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00698-2 PMID:39587687	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和药物敏感性分析，构建了一个11基因的肝癌预后模型	首次基于单细胞测序数据构建了肝癌的11基因预后模型，并结合药物敏感性分析识别了高风险患者的潜在治疗药物	研究仅使用了TCGA-LIHC数据集和GDSC数据库中的15个肝癌细胞系，样本量有限	旨在通过单细胞测序和药物敏感性分析，构建肝癌的预后模型并识别潜在治疗药物	肝癌患者的预后和治疗	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO模型	基因表达数据	370名肝癌患者和15个肝癌细胞系
1310	2024-11-29	Stiffness-dependent LOX regulation via HIF-1 drives extracellular matrix modifications in psoriasis 2024-Nov-25, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.10.611 PMID:39603411	研究论文	研究探讨了银屑病中机械力调节对疾病进展的影响，特别是通过HIF-1介导的LOX调控对细胞外基质（ECM）的重组作用	发现了HIF-1在机械敏感性皮肤成纤维细胞中对LOX蛋白调控的新机制，并揭示了机械力在银屑病发病机制中的潜在作用	研究主要集中在体外实验和scRNA-seq分析，缺乏体内实验验证	探讨机械力调节在银屑病发病机制中的作用	银屑病患者的皮肤成纤维细胞和细胞外基质	数字病理学	银屑病	多光子二次谐波生成显微镜、scRNA-seq	NA	图像、基因表达数据	银屑病患者皮肤样本及体外培养的皮肤成纤维细胞
1311	2024-11-29	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538498 PMID:37163077	研究论文	本文开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于快速生成同质的神经元-胶质球体，并通过CRISPRi技术研究神经元与胶质细胞之间的相互作用	首次使用CRISPRi技术在iAssembloids系统中研究神经元与胶质细胞的相互作用，并发现了GSK3β在氧化应激反应中的新作用	NA	揭示神经元与胶质细胞在健康和疾病中的相互作用机制	神经元与胶质细胞的相互作用	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi	NA	单细胞转录组	NA
1312	2024-11-29	A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.603613 PMID:39091762	研究论文	研究了西尼罗病毒感染期间库蚊中肠的单细胞图谱	首次对库蚊中肠在感染西尼罗病毒期间的单细胞RNA测序进行了研究，揭示了不同细胞类型对病毒感染的易感性和免疫反应	未检测到西尼罗病毒感染引起的经典抗病毒免疫基因的显著上调	研究西尼罗病毒感染期间库蚊中肠的细胞类型特异性感染动态和免疫反应	库蚊中肠在感染西尼罗病毒期间的细胞类型和病毒感染动态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个中肠样本
1313	2024-11-29	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-Nov-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54581-8 PMID:39580490	研究论文	本文介绍了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究金黄色葡萄球菌在生物膜生长和免疫细胞暴露后的转录多样性	开发了BaSSSh-seq方法，能够捕捉生物膜中广泛的转录异质性，并识别从浮游生长到生物膜生长的基因轨迹	NA	研究细菌生物膜的转录异质性和对免疫压力的不同反应	金黄色葡萄球菌的生物膜和浮游生长状态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1314	2024-11-29	Integrated single-cell transcriptome and TCR profiles of hepatocellular carcinoma highlight the convergence on interferon signaling during immunotherapy 2024-Nov-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010534 PMID:39581706	研究论文	研究分析了肝细胞癌患者在接受免疫检查点抑制剂联合治疗前后的单细胞转录组和T细胞受体谱，揭示了干扰素信号在免疫治疗响应中的关键作用	首次全面分析了肝细胞癌患者在接受免疫检查点抑制剂联合治疗前后的单细胞转录组和T细胞受体谱，揭示了干扰素信号在免疫治疗响应中的普遍收敛现象	研究样本量较小，仅包括7名患者，可能影响结果的普适性	探讨免疫检查点抑制剂联合治疗对肝细胞癌患者免疫微环境的影响，寻找预测治疗响应的生物标志物	肝细胞癌患者的单细胞转录组和T细胞受体谱	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14个腹水样本，来自7名患者
1315	2024-11-29	Exosomal miRNA reprogramming in pyroptotic macrophage drives silica-induced fibroblast-to-myofibroblast transition and pulmonary fibrosis 2024-Nov-22, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136629 PMID:39603130	研究论文	研究揭示了硅尘暴露下巨噬细胞焦亡和外泌体miRNA重编程在驱动纤维母细胞向肌成纤维细胞转化和肺纤维化中的作用	首次揭示了硅尘纳米颗粒通过诱导巨噬细胞焦亡和外泌体miRNA重编程，促进纤维母细胞向肌成纤维细胞转化，从而加剧肺纤维化的机制	研究主要基于体外和体内模型，缺乏临床样本的验证	揭示硅尘诱导肺纤维化的分子机制，为开发新的治疗策略提供理论基础	硅尘暴露下的巨噬细胞、外泌体miRNA、纤维母细胞和肌成纤维细胞	数字病理学	职业性肺病	单细胞RNA测序、miRNA测序、超光谱成像	NA	RNA序列数据、图像数据	包括体外和体内硅尘暴露模型，具体样本数量未明确提及
1316	2024-11-29	Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.590597 PMID:38746128	研究论文	本文介绍了一种名为SCOTCH的综合计算方法套件，用于通过长读长单细胞RNA测序进行转录组复杂性分析	SCOTCH利用长读长的独特优势，通过动态阈值和读取映射分数的子外显子识别策略，精确对齐读取已知和发现新的isoform	NA	开发和评估一种新的计算方法，以提高长读长单细胞RNA测序数据的映射和定量准确性	单细胞转录组数据	基因组学	NA	长读长单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个平台（包括10X Genomics和Parse Bioscience，配对Illumina或Nanopore测序技术与R9和R10流式细胞仪，以及PacBio测序）的实际数据和综合模拟数据
1317	2024-11-29	Understanding isoform expression by pairing long-read sequencing with single-cell and spatial transcriptomics 2024-Nov-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279640.124 PMID:39567235	综述	本文综述了单细胞和空间长读长测序技术的发展及其在理解RNA异构体表达中的应用	结合长读长测序与单细胞和空间转录组学技术，以更好地表征异构体表达	这些技术在实施和数据解释方面存在挑战，且我们对RNA异构体生物学角色的理解仍然有限	探讨长读长测序技术在单细胞和空间转录组学中的应用，以及其在理解RNA异构体在发育和病理中的作用	RNA异构体的表达及其在生物学中的作用	NA	NA	长读长测序	NA	转录组数据	NA
1318	2024-11-29	Identification of Spatial Specific Lipid Metabolic Signatures in Long-Standing Diabetic Kidney Disease 2024-Nov-20, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14110641 PMID:39590877	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序和空间多组学数据，分析了长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征	首次在长期糖尿病肾病样本中识别出两种受损细胞类型（iTAL和iPT），并发现其脂质代谢和生物合成活动的变化	研究主要基于Kidney Precision Medicine Project的数据，样本量和多样性可能有限	探讨长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征及其与细胞损伤的关系	长期糖尿病肾病样本中的脂质代谢和细胞损伤	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、空间多组学	NA	RNA测序数据、空间代谢组学数据	长期糖尿病肾病样本，具体数量未明确提及
1319	2024-11-29	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617088 PMID:39416029	研究论文	本文介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，专门用于10x Visium空间转录组数据的图像分析	Vispro通过集成四个关键模块（基准标记检测、基准标记移除和图像恢复、组织区域检测以及不连续组织区域分割），解决了空间转录组数据中图像分析的挑战	NA	开发一种能够提高10x Visium空间转录组数据图像分析质量的工具	10x Visium空间转录组数据的图像	数字病理学	NA	图像处理	NA	图像	NA
1320	2024-11-29	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624210 PMID:39605632	研究论文	研究探讨了PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次揭示了PIEZO2在脂肪组织感觉神经支配中的分子基础，并展示了其在调节脂肪组织功能中的重要作用	NA	探讨脂肪组织中感觉神经支配的分子机制	脂肪组织中的感觉神经和PIEZO2通道	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	脂肪组织中的背根神经节（DRG）神经元