单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 1281 - 1300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1281 | 2025-10-06 |
Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer
2024-Jun-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003
PMID:38788720
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研究论文 | 本研究通过建立遗传工程小鼠模型，揭示了嗅觉神经母细胞瘤与正常嗅觉上皮发育轨迹相似的细胞命运异质性，及其与小细胞肺癌在分子特征上的保守相似性 | 首次建立高级别转移性嗅觉神经母细胞瘤小鼠模型，发现其细胞命运异质性模拟正常球状基底细胞发育轨迹，并揭示与小细胞肺癌相似的分子异质性特征 | 研究基于小鼠模型，人类肿瘤的验证仍需进一步临床研究 | 探究嗅觉神经母细胞瘤的细胞起源和分子异质性特征 | 嗅觉神经母细胞瘤小鼠模型和人类肿瘤样本 | 癌症生物学 | 嗅觉神经母细胞瘤 | 单细胞转录组测序,基于条形码的谱系追踪 | 遗传工程小鼠模型 | 转录组数据 | 小鼠模型和人类肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1282 | 2025-10-06 |
CACIMAR: cross-species analysis of cell identities, markers, regulations, and interactions using single-cell RNA sequencing data
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae283
PMID:38856169
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研究论文 | 开发了名为CACIMAR的工具，用于跨物种分析单细胞RNA测序数据中的细胞身份、标记基因、调控网络和细胞间相互作用 | 基于保守特征的加权和模型开发了多种保守性评分，能够同时分析细胞类型、调控网络和细胞间相互作用的保守性 | NA | 开发跨物种单细胞RNA测序数据分析工具，揭示细胞和分子层面的进化保守性 | 小鼠、斑马鱼和鸡的视网膜再生单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权和模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1283 | 2025-10-06 |
Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types
2024-12, Stem cell research
IF:0.8Q4
DOI:10.1016/j.scr.2024.103523
PMID:39383604
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9技术构建了荧光标记的人胚胎干细胞报告系，用于分离中脑多巴胺能前体细胞 | 首次利用CRISPR/Cas9技术构建特异性荧光报告细胞系，实现两种中脑多巴胺能前体细胞（Rgl1和ProgM）的分离 | NA | 开发帕金森病细胞替代疗法的精确策略 | 人胚胎干细胞、中脑多巴胺能前体细胞 | 干细胞研究 | 帕金森病 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1284 | 2025-10-06 |
VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196
PMID:39067026
|
研究论文 | 介绍一种基于R语言的VisualZoneR计算协议，用于从单细胞空间转录组数据中识别区室化区域 | 开发了专门用于分析Visium和Visium HD空间转录组数据的R语言工具，能够识别从健康组织到转移区域的不同区室 | NA | 建立从单细胞空间转录组数据中识别区室化区域的计算方法 | 肝脏组织，包括健康肝组织和转移区域 | 空间转录组学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium, Visium HD | 10x Visium空间转录组技术 |
| 1285 | 2025-10-06 |
Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209
PMID:39096493
|
研究论文 | 介绍用于单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据分析的Seqtometry分析平台协议 | 提出基于基因特征高级评分的Seqtometry分析平台，可直接通过生物学可解释维度识别和表征特定细胞 | NA | 开发单细胞测序数据分析协议 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1286 | 2025-10-06 |
Protocol to achieve high-resolution single-cell transcriptomics of cardiomyocytes in multiple species
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103194
PMID:39096494
|
研究论文 | 提供从多种物种中获取心肌细胞高分辨率单细胞转录组测序的详细实验方案 | 开发了适用于稀有心肌细胞群体（如再生/分裂细胞）的scRNA-seq方案，支持跨物种应用 | NA | 建立高质量单细胞转录组测序的实验流程 | 小鼠和斑马鱼心脏以及诱导多能干细胞中的心肌细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1287 | 2025-10-06 |
Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139
PMID:38878286
|
研究论文 | 本文提供了一个用于研究同源小鼠肿瘤模型免疫特征的实验方案 | 整合了流式细胞术和单细胞RNA测序等多种技术来全面表征肿瘤微环境的免疫特征 | NA | 建立标准化流程来研究小鼠肿瘤模型的免疫特征 | 荷瘤小鼠的肿瘤组织和免疫相关器官 | 数字病理学 | 肿瘤 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 单细胞悬液制备 | NA | 单细胞数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1288 | 2025-10-06 |
Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254
PMID:39146191
|
方法论文 | 本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备方案，特别关注包含毛囊的样本 | 针对皮肤组织空间转录组学分析的挑战，开发了专门的样本制备流程 | 仅提供实验方案，未包含实际应用数据验证 | 建立适用于皮肤组织空间转录组学分析的标准化样本制备方法 | 哺乳动物皮肤组织样本，特别是包含毛囊的区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1289 | 2025-10-06 |
Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model
2024-Aug-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae091
PMID:38809088
|
研究论文 | 提出基于细胞谱系的模型研究植物分枝过程中的体细胞表观遗传漂变 | 首次形式化分离分生组织模型中细胞随机采样过程，揭示分枝过程中细胞谱系混合现象 | 理论模型需要实验验证，未考虑环境因素对表观遗传的影响 | 研究植物分枝过程中体细胞表观遗传变异的积累机制 | 植物顶端分生组织细胞 | 计算生物学 | NA | 理论建模 | 细胞谱系模型 | 理论模拟数据 | NA | NA | 单细胞测序，批量测序 | NA | NA |
| 1290 | 2025-10-06 |
Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135
PMID:38875113
|
研究论文 | 介绍一种在体功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集协议 | 结合病毒传递的活性依赖性标记工具(CaMPARI2)和虚拟现实环境，实现在体功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序 | NA | 开发功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集方法 | 小鼠神经元群体 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选(FACS) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1291 | 2025-10-06 |
Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling
2024-05, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-024-10695-6
PMID:38418738
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了牙髓干细胞与血管内皮细胞通过FN1-ITGA5信号通路促进牙髓发育过程中血管生成的新机制 | 首次发现牙髓干细胞通过FN1-ITGA5信号通路与血管内皮细胞进行细胞间通讯，促进牙髓血管生成 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化仍需进一步验证 | 探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制 | 牙髓干细胞(DPSCs)和血管内皮细胞(ECs) | 组织工程与再生医学 | 牙科疾病 | 单细胞测序, 免疫组织化学, Western blot, RT-PCR, 细胞增殖检测, 划痕实验, 管形成实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 发育期和成熟期牙髓样本，小鼠动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1292 | 2025-10-06 |
Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment
2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698
PMID:38387508
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研究论文 | 本研究基于铁死亡调控模式构建了结肠癌免疫治疗特征，并验证其与肿瘤微环境的关联 | 首次系统识别结肠癌中铁死亡的三种调控模式，构建FRG-score量化体系，发现APOL6作为铁死亡相关药物敏感靶点 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限 | 开发基于铁死亡调控模式的结肠癌免疫治疗特征 | 结肠癌样本和细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 1623个结肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1293 | 2025-10-06 |
A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer
2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672
PMID:39368544
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研究论文 | 本研究通过构建PANoptosis相关风险模型来识别膀胱癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次将PANoptosis概念应用于膀胱癌研究，并构建了包含五个关键基因的风险评分模型 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探究PANoptosis相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 转录组测序, 单细胞测序 | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据, 临床数据 | 膀胱癌患者队列（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 1294 | 2025-10-06 |
Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065
PMID:38753488
|
研究论文 | 基于GEO数据库的单细胞测序数据开发检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的分析流程 | 整合肿瘤免疫微环境评估、肿瘤纯度分析和异常信号通路识别的一体化分析方案 | 依赖公开数据库数据，缺乏实验验证 | 建立肿瘤组织免疫状态和代谢异常的检测方法 | 肿瘤组织单细胞测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1295 | 2025-10-06 |
Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050
PMID:38703368
|
研究论文 | 介绍一种从组织切片中获取高质量单细胞RNA测序的DRaqL协议 | 将DRaqL与Smart-seq2结合，实现从酒精固定小鼠卵巢切片中获取高质量单细胞RNA测序数据，并提供福尔马林固定切片的可选方案 | NA | 开发高质量单细胞RNA测序实验方案 | 小鼠卵巢组织切片 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序，激光捕获显微切割 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | DRaqL-Smart-seq2，DRaqL-Protease-Smart-seq2 |
| 1296 | 2025-10-06 |
Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986
PMID:38555590
|
研究论文 | 本文提供了一种用于小鼠骨组织和多组织肌肉骨骼FFPE样本的空间转录组学实验方案 | 开发了专门针对矿化组织脱钙的FFPE样本空间转录组学完整流程 | 实验周期较长（约18天），其中超过50%时间用于矿化组织脱钙 | 建立肌肉骨骼FFPE样本的空间转录组学标准化实验流程 | 小鼠股骨及相邻肌肉组织的FFPE样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 测序数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1297 | 2025-10-06 |
Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083
PMID:38781077
|
研究论文 | 提出一种基于单细胞RNA测序的转录组熵值评分协议，用于量化干细胞来源的心肌细胞成熟度 | 开发了基于单细胞RNA测序的熵值评分指标来量化心肌细胞成熟度，为评估干细胞分化效率提供了新工具 | 协议依赖于特定的R代码实现，可能需要一定的生物信息学技能 | 建立量化干细胞来源心肌细胞成熟度的标准化方法 | 多能干细胞来源的心肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1298 | 2025-10-06 |
A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067
PMID:38748883
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研究论文 | 提出一种基于动态批处理对抗自编码器的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的去噪和排序 | 开发了动态批处理对抗自编码器(DB-AAE)，结合对抗训练和动态批处理技术改进单细胞RNA测序数据的去噪效果 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的技术噪音问题，提高数据质量 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对抗自编码器(AAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1299 | 2025-10-06 |
Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT
2024-Feb-01, The American journal of surgical pathology
DOI:10.1097/PAS.0000000000002152
PMID:37994665
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研究论文 | 本研究通过整合分析和单细胞RNA测序鉴定出Birt-Hogg-Dubé综合征相关混合性嗜酸细胞肿瘤的双重谱系标记物 | 首次发现L1CAM和LINC01187在HOT中呈独特的棋盘格状互斥表达模式，能够捕获肿瘤中两种不同的上皮细胞群体 | 研究样本量有限，主要关注BHD综合征相关肿瘤 | 开发混合性嗜酸细胞肿瘤的诊断生物标志物 | Birt-Hogg-Dubé综合征患者的肾肿瘤和正常肾组织 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1300 | 2025-10-06 |
Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae085
PMID:38911824
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研究论文 | 本研究开发了一种利用个体间基因表达变异进行单细胞RNA测序数据解卷积的计算方法 | 提出基于个体间差异共表达模式的解卷积方法，无需额外实验步骤即可对混合样本进行细胞来源鉴定 | NA | 开发单细胞RNA测序混合样本的解卷积计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 差异共表达分析 | 基因表达数据 | 6只同基因近交系小鼠和30个人类样本（脓毒症患者和健康个体） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |