单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7855 篇文献，本页显示第 1261 - 1280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1261 | 2024-12-01 |
Downregulation of Notch Signaling-Stimulated Genes in Neurovascular Unit Alterations Induced by Chronic Cerebral Hypoperfusion
2024-Nov, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.70082
PMID:39607309
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研究论文 | 研究慢性脑低灌注（CCH）引起的神经血管单元（NVU）变化及其病理机制 | 揭示了CCH引起的NVU变化，特别是神经炎症相关基因的激活和Notch信号通路的下调 | NA | 探讨CCH引起的NVU变化的病理机制 | 小鼠模型中的脑微血管（BMV）和神经血管单元（NVU） | 数字病理学 | 脑血管疾病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 1262 | 2024-12-01 |
Single-cell sequencing reveals cellular landscape alterations in the airway mucosa of patients with pulmonary long COVID
2024-Nov, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.01947-2023
PMID:39326914
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测序揭示了长期COVID患者气道黏膜的细胞景观变化 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了长期COVID患者气道黏膜中中性粒细胞的独特聚集及其在慢性小气道炎症中的作用 | 样本量较小，且仅限于加拿大温哥华地区的患者 | 阐明长期COVID患者肺部的重要细胞和分子驱动因素 | 长期COVID患者的气道黏膜细胞 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞 | 18名成年患者，其中9名长期COVID患者和9名对照组 |
| 1263 | 2024-12-01 |
Distinct Patterns of Smooth Muscle Phenotypic Modulation in Thoracic and Abdominal Aortic Aneurysms
2024-Nov-01, Journal of cardiovascular development and disease
IF:2.4Q2
DOI:10.3390/jcdd11110349
PMID:39590192
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研究论文 | 研究胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中平滑肌细胞表型调节的差异模式 | 使用单细胞RNA测序技术分析胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中平滑肌细胞的转录组特征，揭示了细胞组成的差异 | 需要进一步研究揭示特定基因在病理过程中的作用 | 探讨胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中平滑肌细胞的表型调节差异 | 胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中的平滑肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胸主动脉瘤和腹主动脉瘤样本及其对照组 |
| 1264 | 2024-12-01 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma
2024-Oct-31, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14111394
PMID:39595571
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析DNMT3B和PFKFB4的转录特征与肝母细胞瘤转移特性的关联 | 首次通过ElasticNet机器学习方法评估代谢酶在肝母细胞瘤转移预测中的价值，并构建了基于代谢表达评分的临床-生物学逻辑回归模型 | 研究仅基于GSE131329数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 探讨肝母细胞瘤中代谢酶的过度表达与转移特性的关系，并开发预测模型 | 肝母细胞瘤患者及其转移特性 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | ElasticNet | 转录组数据 | GSE131329数据集中的肝母细胞瘤和非癌性肝组织样本 |
| 1265 | 2024-12-01 |
Metabolic Transcriptional Activation in Ulcerative Colitis Identified Through scRNA-seq Analysis
2024-Oct-31, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15111412
PMID:39596612
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了溃疡性结肠炎中的代谢转录激活 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别了溃疡性结肠炎中代谢酶的差异表达，并建立了代谢表达评分模型 | 研究仅基于两个独立的数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 探讨溃疡性结肠炎中代谢酶的表达变化及其对疾病的影响 | 溃疡性结肠炎患者的结肠组织 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序 | Elastic Net模型 | 转录组数据 | 两个独立数据集，共涉及溃疡性结肠炎和正常对照样本 |
| 1266 | 2024-12-01 |
Stratified analysis identifies HIF-2α as a therapeutic target for highly immune-infiltrated melanomas
2024-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.29.620300
PMID:39554029
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研究论文 | 本文通过分层分析识别出HIF-2α作为高免疫浸润黑色素瘤的治疗靶点 | 发现高免疫浸润是联合免疫检查点阻断（ICB）反应的生物标志物，而不是单独使用抗PD-1；识别出HIF-2α作为潜在的治疗靶点 | 研究主要基于预临床模型，需要在临床试验中进一步验证 | 识别新的治疗靶点以提高黑色素瘤患者的治疗效果 | 高免疫浸润的黑色素瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 290例接受抗PD-1治疗的患者，175例接受抗CTLA-4治疗的患者，51例接受联合抗PD-1/抗CTLA-4治疗的患者 |
| 1267 | 2024-12-01 |
scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614685
PMID:39386549
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研究论文 | 本文介绍了一种基于大规模单细胞转录组数据的变压器深度学习模型scEMB，用于捕获上下文感知的基因嵌入 | scEMB采用了一种创新的binning策略，能够跨平台整合数据，有效保留基因表达层次和细胞类型特异性 | NA | 开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中提取生物学意义洞察的工具 | 基因嵌入和基因关系 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | 变压器 | 基因表达数据 | 超过3000万个单细胞转录组 |
| 1268 | 2024-12-01 |
Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613729
PMID:39345473
|
研究论文 | 研究探讨了Sox10 Dom/+小鼠模型中Hoxa6基因在肠神经系统（ENS）神经元谱系分配中的作用 | 首次报告了Hox基因在肠神经元谱系多样化中的作用 | NA | 研究Sox10缺陷如何影响肠神经元亚型的比例 | Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞 |
| 1269 | 2024-12-01 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类气道上皮细胞在感染两种不同真菌病原体后的细胞类型特异性反应 | 首次报道了单细胞转录组分析人类气道上皮细胞感染或后的数据，为解析疾病机制和识别可靶向通路提供了重要数据 | NA | 研究人类气道上皮细胞在感染不同真菌病原体后的细胞反应机制 | 人类气道上皮细胞和两种真菌病原体 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1270 | 2024-12-01 |
Empowering Precision Oncology: Advancing Cancer Research by Augmenting Single-cell RNA and Bulk RNA Sequencing for Confronting the Heterogeneity in Ovarian Cancer
2024 Jul-Sep, Journal of mid-life health
IF:1.2Q3
DOI:10.4103/jmh.jmh_93_23
PMID:39610955
|
研究论文 | 本研究探讨了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序在卵巢癌分子水平上的应用 | 强调了scRNA-Seq在揭示卵巢肿瘤复杂细胞组成和表型可塑性中的关键作用，并展示了其在新生物标志物发现和治疗靶点识别中的应用 | NA | 通过增强对卵巢癌分子水平的理解，推动精准肿瘤学的发展 | 卵巢癌的分子特征和细胞异质性 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1271 | 2024-12-01 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.05.592608
PMID:38766132
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研究论文 | 本文开发了一种无监督训练方案和基于transformer的深度学习架构，用于使用空间转录组数据在整个小鼠大脑中检测空间域 | 本文提出了一种新的transformer架构，能够从粗到细粒度地识别小鼠大脑中的空间域，并能发现其他方法无法识别的未分类亚区域 | NA | 开发一种新的方法来定义小鼠大脑的空间组织 | 小鼠大脑的空间域 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | transformer | 空间转录组数据 | 多只小鼠的全脑数据 |
| 1272 | 2024-12-01 |
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024-06, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00474-4
PMID:39215134
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研究论文 | 本文通过重建基因调控网络，揭示了血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素，并识别了新的增殖调控因子 | 通过单细胞转录组学和表观遗传学分析，重建了基因调控网络，识别了新的增殖调控因子RUNX1和TIMP1，并验证了其在血管疾病中的潜在作用 | NA | 揭示血管平滑肌细胞增殖的分子机制，识别新的调控因子 | 血管平滑肌细胞的增殖调控因子 | 基因调控 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、表观遗传学分析 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA |
| 1273 | 2024-12-01 |
Strategies for arterial graft optimization at the single-cell level
2024-05, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00464-6
PMID:39195932
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研究论文 | 通过分析不同动脉移植物的单细胞转录组，提出基于内乳动脉（ITA）的桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA）优化策略 | 首次通过单细胞转录组分析不同动脉移植物的细胞特征，并提出优化策略 | 研究仅限于细胞水平，未涉及临床试验验证 | 优化冠状动脉搭桥术中使用的动脉移植物 | 内乳动脉（ITA）、桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA） | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 不同动脉移植物的单细胞样本 |
| 1274 | 2024-12-01 |
A Systematic Overview of Single-Cell Transcriptomics Databases, their Use cases, and Limitations
2024-Apr-15, ArXiv
PMID:38699169
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综述 | 本文系统地概述了单细胞转录组学数据库、其应用案例和局限性 | 本文提出了通过用户友好的基于网络的平台来弥合计算科学家和湿实验室科学家之间的差距，以促进跨学科研究 | 本文讨论了构建大规模单细胞RNA测序数据库的技术和方法学挑战 | 本文旨在探讨单细胞RNA测序数据库的利用和局限性，以促进有效利用这些数据进行稳健的发现和识别新的生物学见解 | 本文研究了大规模单细胞RNA测序数据库，并根据其范围和目的进行了分类 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因组数据 | NA |
| 1275 | 2024-12-01 |
A genome-wide CRISPR screen identifies BRD4 as a regulator of cardiomyocyte differentiation
2024-03, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00431-1
PMID:39196112
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研究论文 | 本研究通过全基因组CRISPR筛选，揭示了BRD4在心肌细胞分化中的调控作用 | 首次揭示了BRD4在心肌细胞命运决定中的新角色，并发现SHF心脏前体细胞对BRD4的需求存在异质性 | NA | 研究BRD4在心肌细胞分化中的作用 | 人诱导多能干细胞（hiPSC）和心肌细胞（CM）的分化 | NA | 心血管疾病 | CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 1276 | 2024-12-01 |
Bone morphogenic protein-4 availability in the cardiac microenvironment controls inflammation and fibrosis in autoimmune myocarditis
2024-03, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00432-0
PMID:39196111
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研究论文 | 研究探讨了骨形态发生蛋白4（BMP4）在心脏微环境中的作用，揭示了其在控制自身免疫性心肌炎中的炎症和纤维化过程中的关键作用 | 首次通过单细胞转录组学分析揭示了BMP4在心脏组织稳态中的作用，并证明了通过抗体介导的BMP抑制剂中和可以改善心肌炎症 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞转录组学分析，可能需要进一步的临床验证 | 探讨BMP4在自身免疫性心肌炎中的分子机制及其在炎症和纤维化控制中的作用 | BMP4在心脏微环境中的作用及其对心肌炎和纤维化的影响 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类心肌组织样本 |
| 1277 | 2024-12-01 |
Kupffer cells dictate hepatic responses to the atherogenic dyslipidemic insult
2024-03, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00448-6
PMID:39196121
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研究论文 | 研究探讨了Kupffer细胞在应对动脉粥样硬化性血脂异常损伤中的作用 | 首次揭示了Kupffer细胞在肝脏对动脉粥样硬化性血脂异常损伤的早期响应中的关键作用，并展示了Kupffer细胞特异的转录程序 | 研究主要基于诱导模型，可能无法完全代表自然状态下的情况 | 探讨肝脏在动脉粥样硬化性血脂异常损伤中的响应机制 | Kupffer细胞在肝脏中的作用及其对血脂异常的响应 | NA | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1278 | 2024-12-01 |
Massively parallel single-cell sequencing of diverse microbial populations
2024-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02157-7
PMID:38233503
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研究论文 | 本文介绍了一种简单、稳健且可推广的高通量单细胞测序方法，用于多样性微生物群体中的目标基因座测序 | 开发了一种名为DoTA-seq的新方法，利用简单的液滴微流控设备进行高通量单细胞测序，适用于多样性微生物群体 | NA | 研究微生物群体中的单细胞遗传异质性 | 人类和小鼠肠道微生物群中的抗生素抗性基因和质粒 | 基因组学 | NA | 液滴微流控技术 | NA | 基因组数据 | 超过10个抗生素抗性基因和质粒 |
| 1279 | 2024-12-01 |
SEVtras delineates small extracellular vesicles at droplet resolution from single-cell transcriptomes
2024-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02117-1
PMID:38049696
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SEVtras的算法，利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，从单细胞转录组中识别小细胞外囊泡（sEVs）并估计其分泌活性 | SEVtras算法能够高效地捕获含有sEVs的液滴，并表征特定细胞类型的分泌活性，为研究sEVs的异质性和细胞行为提供了新的工具 | NA | 开发一种高吞吐量技术来解析sEVs的复杂异质性并揭示其分泌机制 | 小细胞外囊泡（sEVs）及其在肿瘤进展中的作用 | 单细胞测序 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 四个肿瘤scRNA-seq数据集 |
| 1280 | 2024-12-01 |
demuxSNP: supervised demultiplexing single-cell RNA sequencing using cell hashing and SNPs
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae090
PMID:39607981
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研究论文 | 提出了一种名为demuxSNP的监督算法，利用细胞标记和单核苷酸多态性（SNPs）进行单细胞RNA测序数据的解复用 | demuxSNP结合了细胞标记和SNP数据，解决了仅使用单一数据模态的解复用方法的局限性，提高了低质量标记数据下的解复用性能 | NA | 开发一种新的解复用算法，以提高单细胞RNA测序实验的成本效益和数据质量 | 单细胞RNA测序数据，特别是低质量标记数据和存在类大小不平衡的数据 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 监督学习 | RNA测序数据 | 模拟和真实数据，包括5-50%的双胞率 |