单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1241	2025-03-03	Single cell RNA-seq: a novel tool to unravel virus-host interplay 2024-Mar, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00859-w PMID:38817399	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在揭示病毒与宿主相互作用中的革命性作用	scRNA-seq技术通过高分辨率评估揭示细胞异质性，克服了传统测序技术只能检测细胞群体平均表达水平的不足	尽管scRNA-seq技术在病毒-宿主相互作用研究中具有潜力，但其分析方法和多组学方法的进一步发展仍需改进	研究目的是利用scRNA-seq技术深入理解病毒与宿主之间的相互作用，以促进新型抗病毒治疗策略的开发	病毒与宿主细胞的相互作用	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1242	2025-03-03	Illuminating the terminal nerve: Uncovering the link between GnRH-1 neuron and olfactory development 2024-03, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25599 PMID:38488687	研究论文	本文探讨了胚胎发育过程中嗅觉基板（OP）产生的迁移神经元，特别是GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的联系	发现了Prokr2在GnRH-1神经元形成、迁移和诱导嗅觉球（OB）形态发生的关键时期在终末神经（TN）神经元中的表达，并通过单细胞RNA测序确定了TN神经元与嗅觉神经元的不同	GnRH-1神经元与嗅觉系统之间精确的机制联系仍不明确	揭示GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的机制联系	小鼠和人类的GnRH-1神经元及终末神经（TN）神经元	神经科学	Kallmann综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1243	2025-03-03	Application of Single Cell Gene Expression Technologies to Neurotoxicology 2024-Mar, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2023.100458 PMID:38617035	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在神经毒理学研究中的应用	利用scRNA-seq技术测量单个细胞的转录组，揭示不同细胞类型对毒性刺激的响应	需要将毒理学数据转化为对人类健康的影响，并理解物种间的差异	研究神经毒理学中生物变化与神经元功能之间的联系	多细胞类型样本中的细胞类型及其对毒性刺激的响应	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1244	2025-03-03	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Salivary Gland Endothelial Cells 2024-03, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231219987 PMID:38411696	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析唾液腺内皮细胞的转录组，揭示了其在纤维化和再生过程中的独特基因表达和配体-受体相互作用	研究仅针对雌性小鼠的颌下腺和舌下腺，未涉及其他性别或物种的唾液腺	研究唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的作用及其与其他细胞类型的相互作用	成年雌性小鼠的颌下腺和舌下腺内皮细胞	单细胞转录组学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	成年雌性小鼠的颌下腺和舌下腺细胞
1245	2025-03-03	Multiscale differential geometry learning of networks with applications to single-cell RNA sequencing data 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108211 PMID:38422960	研究论文	本文介绍了一种多尺度微分几何（MDG）策略，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中的挑战	首次将多尺度微分几何应用于scRNA-seq数据分析，通过构建多尺度细胞间交互流形揭示细胞网络的复杂关系	未提及具体的数据集或实验规模，可能限制了方法的普适性验证	解决scRNA-seq数据分析中的挑战，特别是细胞类型分类	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	多尺度微分几何（MDG）	单细胞RNA测序数据	NA
1246	2025-03-03	Molecular and Spatial Signatures of Mouse Embryonic Endothelial Cells at Single-Cell Resolution 2024-03, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323956 PMID:38348657	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重误差稳健荧光原位杂交技术，定义了小鼠胚胎内皮细胞及其前体亚型，并分析了动脉和静脉内皮细胞的发育轨迹	首次在单细胞分辨率下提供了胚胎内皮细胞异质性的时空图谱，揭示了胚胎内皮细胞多样性来源于组织起源和血管床位置	研究主要基于小鼠胚胎，人类胚胎内皮细胞的异质性可能有所不同	研究血管系统发育过程中内皮细胞异质性的建立，特别是动脉和静脉内皮细胞的指定	小鼠胚胎内皮细胞及其前体亚型	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 多重误差稳健荧光原位杂交, CRISPR功能缺失实验	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	7682个E9.5至E15.5的小鼠胚胎内皮细胞, 15448个内皮细胞的空间转录组分析
1247	2025-03-02	Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection 2024-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00730-z PMID:39543407	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，揭示了COVID-19感染后大脑的广泛改变	结合多种实验和分析方法，首次展示了COVID-19对大脑的广泛影响，包括皮质和皮质下区域，并揭示了与年龄相关神经退行性疾病相似的变化	样本量相对较小（n=42），且仅限于死后大脑样本，可能限制了结果的普遍性	了解COVID-19感染后神经系统症状的病理生理学，以优化治疗和结果	COVID-19患者和具有匹配肺部病理的对照组的死后大脑样本	数字病理	COVID-19	空间转录组学、批量基因表达和蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	42个样本（COVID-19患者和对照组）
1248	2025-03-02	Cellular transitions during cranial suture establishment in zebrafish 2024-Aug-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50780-5 PMID:39138165	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、谱系追踪和突变分析，揭示了斑马鱼颅骨扩张期间骨缝处骨形成的关键发育转变	识别了中缝区域的一个非成骨性间充质细胞亚群，这些细胞通过局部BMP拮抗作用限制骨形成，确保骨缝形态正常	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需验证	探讨颅骨扩张期间骨缝处骨形成的调控机制	斑马鱼颅骨缝	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、突变分析	NA	基因表达数据	NA
1249	2025-03-02	Secreted clusterin inhibits tumorigenesis by modulating tumor cells and macrophages in human meningioma 2024-07-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae034 PMID:38416702	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了分泌型clusterin（CLU）在抑制脑膜瘤发生和恶性转化中的作用及其机制	首次发现CLU通过诱导线粒体损伤和触发1型干扰素通路抑制脑膜瘤的发生和恶性转化，并揭示了其在调节肿瘤细胞和微环境中的双重作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，临床样本数量有限，需进一步扩大临床验证	探索脑膜瘤恶性转化的潜在治疗靶点和肿瘤抑制因子	脑膜瘤样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）	肿瘤生物学	脑膜瘤	单细胞转录组分析	动物模型和细胞实验	转录组数据	18个样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）
1250	2025-03-02	Tumor and immune cell types interact to produce heterogeneous phenotypes of pediatric high-grade glioma 2024-03-04, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad207 PMID:37934854	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞类型，揭示了其异质性及其对肿瘤特性的影响	首次在单细胞水平上构建了PHGG的转录组数据集，并识别了主要的肿瘤细胞类型及其基因表达特征	样本量较小（19个PHGG样本），可能限制了结果的普遍性	探究儿童高级别胶质瘤的肿瘤和免疫细胞类型及其相互作用，以理解其异质性和治疗反应差异	儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多通道免疫荧光染色（IF）	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	19个PHGG样本
1251	2025-03-02	Myeloid-specific ablation of Basp1 ameliorates diet-induced NASH in mice by attenuating pro-inflammatory signaling 2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000537 PMID:37505219	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了Basp1在NASH中的关键作用，并发现其在髓系细胞中的特异性失活可以减轻NASH的病理严重程度	首次发现Basp1在NASH中的关键调控作用，并通过髓系特异性失活Basp1减轻NASH病理	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨髓系细胞在NASH中的转录组重编程及其对疾病进展的贡献	小鼠和人类的NASH肝脏中的髓系细胞	生物医学	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（sc-RNA seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类NASH肝脏样本
1252	2025-03-02	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.16.575895 PMID:38293110	研究论文	本文研究了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的代谢重塑作用及其对肿瘤生长和进展的促进作用	揭示了铜通过调控线粒体呼吸链复合物、谷胱甘肽代谢和NRF2靶基因的表达，协调生物能量产生与氧化还原保护，促进ccRCC的进展	未明确铜积累与ccRCC进展的具体分子机制，且未涉及铜靶向治疗的临床验证	探讨铜在ccRCC代谢重塑和肿瘤进展中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	肿瘤代谢	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1253	2025-03-01	Optimizing CAR-T cell Culture: Differential effects of IL-2, IL-12, and IL-21 on CAR-T cells 2024-Dec, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2024.156758 PMID:39299100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了不同细胞因子（IL-2、IL-12和IL-21）对CAR-T细胞的影响，以优化CAR-T细胞培养条件	首次使用单细胞RNA测序技术系统比较了IL-2、IL-12和IL-21对CAR-T细胞的影响，发现IL-21在防止细胞衰老方面的独特作用	研究仅限于体外实验，未进行体内验证	优化CAR-T细胞培养条件，寻找最有效的细胞因子以促进CAR-T细胞的持久性	CAR-T细胞	细胞治疗	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1254	2025-03-01	Single-cell RNA-seq in diabetic foot ulcer wound healing 2024 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.13218 PMID:39264020	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病足溃疡慢性伤口愈合的细胞亚群、基因和分子	通过单细胞RNA测序技术从炎症、血管生成和细胞外基质重塑三个方面探索糖尿病足溃疡的伤口愈合机制	未提及具体样本量或实验设计的局限性	深入了解糖尿病足溃疡伤口愈合的机制并识别潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡慢性伤口相关的细胞亚群、基因和分子	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1255	2025-03-01	Intestinal Stromal Cells in the Turmoil of Inflammation and Defective Connective Tissue Remodeling in Inflammatory Bowel Disease 2024-09-03, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae066 PMID:38581412	研究论文	本文探讨了炎症性肠病（IBD）中肠道基质细胞在炎症和结缔组织重塑缺陷中的作用	揭示了肠道基质细胞在IBD中的复杂表型和功能，以及它们在炎症和细胞外基质重塑中的主动作用	当前IBD治疗主要针对炎症，对纤维狭窄或瘘管形成的疾病效果不佳	研究肠道基质细胞在IBD中的角色及其在炎症和细胞外基质重塑中的作用	肠道基质细胞，特别是肠道上皮下肌成纤维细胞	病理学	炎症性肠病	单细胞测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1256	2025-03-01	HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405210121 PMID:39190360	研究论文	本文研究了HIV-1感染者在无抗逆转录病毒治疗（ART）情况下，血浆病毒载量与感染细胞中未剪接HIV RNA（HIV usRNA）的关系	研究发现，病毒控制与感染细胞中未剪接HIV RNA的比例无关，而是与感染细胞的总数相关	研究仅基于外周血单核细胞（PBMC），未涉及其他组织或细胞类型	探讨HIV-1感染者在无ART情况下血浆病毒载量控制的机制	HIV控制者和非控制者的外周血单核细胞（PBMC）	NA	HIV感染	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	HIV控制者和非控制者的PBMC样本
1257	2025-03-01	Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09929-5 PMID:38775849	研究论文	本文开发并全面表征了一种可扩展的3D协议，用于生成表型稳定的心脏hPSC-微血管样内皮细胞（hPSC-CMVECs）和心脏周细胞样细胞，用于心脏应用	通过3D搅拌罐生物反应器培养血管类器官，并对生成的3D hPSC-ECs进行高浓度VEGF-A处理，促进了3DV hPSC-ECs的表型稳定性，并通过单细胞RNA测序揭示了心脏内皮和微血管相关基因的显著表达	NA	开发一种用于研究心脏微血管以及CMD的内皮依赖性和非依赖性机制的细胞模型	人类多能干细胞衍生的内皮细胞（hPSC-ECs）和心脏周细胞样细胞	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1258	2025-03-01	West Nile Virus-Induced Expression of Senescent Gene Lgals3bp Regulates Microglial Phenotype within Cerebral Cortex 2024-Jul-08, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070808 PMID:39062523	研究论文	本研究探讨了西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，重点关注了LGALS3BP蛋白在抗病毒反应和衰老中的作用	首次揭示了LGALS3BP在调节神经炎症和小胶质细胞激活中的作用，并提出了靶向LGALS3BP可能缓解衰老和病毒感染后认知衰退的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，以及LGALS3BP在其中的作用	成年和老年小鼠的小胶质细胞	神经科学	西尼罗河病毒感染	空间转录组学、RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据	成年和老年小鼠
1259	2025-03-01	Loss of p73 Expression Contributes to Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-01-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0503OC PMID:37931077	研究论文	本文探讨了p73表达缺失在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并通过小鼠模型和人类样本研究验证了这一假设	首次揭示了p73表达缺失与COPD病理之间的直接联系，并提供了吸烟和COPD对p73表达影响的实验证据	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，可能影响结果的普遍性	确定p73缺失是否会导致小鼠出现COPD样表型，并探讨吸烟或COPD是否影响p73表达	小鼠模型、吸烟者和COPD患者的呼吸道上皮细胞	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	电子显微镜、流式细胞术、形态计量学、强制振荡技术、单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	小鼠模型、82名当前吸烟者、69名前吸烟者、11名COPD患者、12名无COPD的对照者
1260	2025-03-01	Interleukin 13 Promotes Maturation and Proliferation in Metaplastic Gastroids 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101366 PMID:38815928	研究论文	本文研究了IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的作用，并建立了一个可靠的体外器官模型Meta1 gastroids来模拟SPEM细胞	首次建立了Meta1 gastroids模型来模拟SPEM细胞，并揭示了IL-13通过STAT6信号通路促进SPEM细胞成熟和增殖的分子机制	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证IL-13对SPEM细胞的影响	探讨IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的分子作用	SPEM细胞、Meta1 gastroids模型、ILC2s	细胞生物学	胃黏膜再生	单细胞RNA测序、细胞分选、三维共培养、STAT6抑制	Meta1 gastroids模型	基因表达数据、细胞培养数据	Mist1-Kras转基因小鼠和IL-13-tdTomato报告小鼠的胃组织