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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1221 | 2025-10-05 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590194
PMID:38712147
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研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包,用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 引入On-Target Fraction指标量化标记基因特异性,改进算法以识别密切相关的细胞类型间高选择性表达模式的标记基因组合 | NA | 开发可扩展的数据驱动解决方案,识别最小必要且充分的标记基因组合以实现细胞类型分类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 数百万细胞的大规模单细胞RNA测序图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1222 | 2025-10-05 |
Defining the T cell transcriptional landscape in pediatric liver transplant rejection at single cell resolution
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582173
PMID:38464256
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了儿童肝移植排斥反应中T细胞的转录组特征 | 首次在单细胞分辨率下定义了儿童肝移植排斥中CD8+ T细胞的克隆扩增和基因表达特征,并发现这些克隆在组织学排斥缓解后仍持续存在 | 样本量相对较小(14名患者),且为回顾性研究 | 探究儿童肝移植急性细胞排斥反应中T细胞的转录组特征和免疫应答机制 | 儿童肝移植患者的肝脏活检组织 | 单细胞生物学 | 肝移植排斥反应 | 单细胞测序,免疫受体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 14名患者的30份冷冻肝脏活检组织(5份移植前或无排斥,9份有排斥) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞免疫受体谱分析 |
| 1223 | 2025-10-05 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.21.537881
PMID:37162914
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研究论文 | 开发了一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM | 提出使用泊松双线性模型直接建模计数数据,引入快速估计算法可扩展到数百万细胞的数据集,并能量化细胞潜在位置的不确定性 | 未明确说明方法在其他单细胞数据类型上的适用性 | 解决单细胞RNA测序数据降维中标准方法可能诱导虚假异质性和掩盖真实生物学变异的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义双线性模型,泊松双线性模型 | 基因表达计数数据 | 可扩展到数百万细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1224 | 2025-10-05 |
Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance
2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.630532
PMID:39763898
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研究论文 | 通过整合单细胞测序和空间转录组技术构建小鼠前列腺细胞图谱,揭示去势抵抗的细胞机制 | 首次系统整合单细胞RNA测序、单细胞多组学和空间转录组技术,揭示小鼠前列腺叶特异性细胞类型及其在去势抵抗中的作用 | 主要基于小鼠模型,人类前列腺数据的验证仍需进一步研究 | 解析前列腺细胞身份和去势反应的转录、表观遗传及空间基础 | 小鼠前列腺组织及人类前列腺癌数据 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,单细胞多组学,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,表观遗传数据,空间转录组数据 | 小鼠前列腺组织及人类前列腺癌荟萃分析数据 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 1225 | 2025-10-05 |
Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs
2024-09-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adk3700
PMID:39259788
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研究论文 | 利用SNCA基因三倍化iPSC来源的皮质类器官模拟路易体病并筛选治疗药物 | 首次建立人类皮质路易体病模型,通过高通量药物筛选发现四种能抑制α-突触核蛋白聚集的FDA批准药物 | 研究基于基因三倍化特定突变模型,可能无法完全代表散发性路易体病的病理机制 | 阐明α-突触核蛋白在皮质神经元中的病理机制并筛选治疗药物 | 路易体病患者来源的iPSC皮质类器官和兴奋性神经元 | 数字病理学 | 路易体病 | 单细胞RNA测序, 实时震动诱导转化试验 | 皮质类器官模型 | 基因表达数据, 蛋白质聚集数据 | 1280种FDA批准药物筛选 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1226 | 2025-10-05 |
A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care
2024-Sep-09, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029
PMID:39094572
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和基因编辑技术揭示了慈鲷鱼类中信息素受体Or113a在调控雄性求偶行为和抑制父本育幼行为中的双重功能 | 发现单一信息素受体Or113a既能介导对雌性的吸引又能在演化中获得抑制父本育幼行为的新功能 | 研究仅针对慈鲷鱼类,其他鱼类物种的信息素感知机制仍需进一步探索 | 探究脊椎动物信息素信号演化如何导致新生殖行为策略的产生 | 慈鲷鱼类(特别是单倍色鲷类群)的生殖行为调控机制 | NA | NA | 单细胞转录组学,CRISPR基因编辑 | NA | 基因表达数据,行为观察数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1227 | 2025-10-05 |
Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of dendritic-like "hybrid" neutrophils from skull bone marrow
2024-Sep-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.008
PMID:39255776
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研究论文 | 本研究揭示了胶质母细胞瘤通过招募和分化颅骨骨髓中的树突状样“杂交”中性粒细胞来抑制肿瘤生长的机制 | 首次发现颅骨骨髓来源的具有树突状特征的杂交中性粒细胞在胶质母细胞瘤中发挥抗肿瘤作用 | NA | 探究胶质母细胞瘤中肿瘤相关中性粒细胞的来源、分化和功能 | 胶质母细胞瘤患者和小鼠模型中的肿瘤相关中性粒细胞 | NA | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1228 | 2025-10-05 |
Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell-specific gene in atherosclerosis
2024-07-02, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae028
PMID:38289873
|
研究论文 | 本研究通过翻译核糖体亲和纯化测序技术鉴定出Itih4作为动脉粥样硬化中平滑肌细胞特异性表达的新基因 | 开发了SMCTRAP转基因小鼠模型,首次应用TRAP测序技术直接分析组织中的平滑肌细胞特异性基因表达 | 研究样本量较小,仅使用15月龄小鼠的胸主动脉样本 | 研究动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞的基因表达特征 | SMCTRAP和SMCTRAP-AS转基因小鼠的胸主动脉样本 | 单细胞组学 | 动脉粥样硬化 | TRAP-seq, 免疫荧光染色, 空间转录组学, 全基因组关联分析 | 转基因小鼠模型 | 测序数据, 图像数据 | 15月龄SMCTRAP和SMCTRAP-AS小鼠的胸主动脉样本 | NA | 翻译核糖体亲和纯化测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1229 | 2025-10-05 |
Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction
2024-07-02, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae075
PMID:38666458
|
研究论文 | 本研究通过基因敲除小鼠模型揭示了丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的关键调控作用 | 首次发现SerpinA3n通过调节基质功能和蛋白酶活性影响心肌梗死后心脏重塑过程 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究丝氨酸蛋白酶抑制剂在心肌梗死后瘢痕形成中的作用机制 | SerpinA3n条件性基因敲除小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学、组织学分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织图像 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq、蛋白质组分析 | NA | NA |
| 1230 | 2025-10-05 |
Small nucleolar RNA host gene 18 controls vascular smooth muscle cell contractile phenotype and neointimal hyperplasia
2024-05-29, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae055
PMID:38498586
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研究论文 | 本研究揭示了长链非编码RNA SNHG18通过调控miR-22-3p生物合成来维持血管平滑肌细胞收缩表型并抑制损伤诱导的新内膜增生 | 首次发现SNHG18在血管疾病中的功能作用,揭示了其通过竞争性结合ADAR2促进miR-22-3p生成的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,人类样本验证相对有限 | 探索SNHG18在血管平滑肌细胞表型调控和血管损伤修复中的作用机制 | 血管平滑肌细胞、小鼠损伤血管模型、人类动脉样本 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、基因功能增益/缺失研究 | NA | 基因表达数据、测序数据 | 小鼠和人类动脉样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1231 | 2025-10-05 |
Interleukin-1 receptor accessory protein blockade limits the development of atherosclerosis and reduces plaque inflammation
2024-05-07, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae046
PMID:38563353
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研究论文 | 研究通过新型抗IL1RAP阻断抗体探究其在动脉粥样硬化中的作用机制 | 首次使用非消耗性IL1RAP阻断抗体研究动脉粥样硬化,发现其能减少斑块大小和炎症细胞积累 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 探究IL1RAP在动脉粥样硬化发展中的作用及其治疗潜力 | 载脂蛋白E缺陷小鼠和人类动脉粥样硬化斑块样本 | 心血管疾病研究 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学分析,体外细胞实验 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,细胞计数数据,组织图像数据 | 未明确具体样本数量,使用Apoe-/-小鼠模型和人类斑块样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1232 | 2025-10-05 |
Cardiac and perivascular myofibroblasts, matrifibrocytes, and immune fibrocytes in hypertension; commonalities and differences with other cardiovascular diseases
2024-05-07, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae044
PMID:38395029
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综述 | 探讨高血压中心脏和血管周围成纤维细胞亚群的分类、调控机制及其在心血管纤维化中的作用 | 提出成纤维细胞亚群(肌成纤维细胞、基质纤维细胞和免疫纤维细胞)在反应性纤维化中的新型作用机制 | 分子机制尚未完全明确,主要依赖实验模型推导 | 阐明高血压相关心血管纤维化的细胞分子机制 | 心脏和血管周围成纤维细胞亚群 | 心血管病理学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1233 | 2025-10-05 |
An update on periodontal inflammation and bone loss
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1385436
PMID:38919613
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综述 | 本文更新了关于牙周炎症和骨丢失的最新研究进展 | 整合了单细胞RNA测序和动物研究的新发现,深入探讨牙周病与全身系统性疾病之间的联系 | NA | 探讨牙周病的发病机制及其与全身系统性疾病的关系 | 牙周病及其相关的免疫反应和微生物群 | NA | 牙周病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1234 | 2025-10-05 |
Diethylhexyl phthalate induces immune dysregulation and is an environmental immune disruptor
2024-12-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136244
PMID:39442302
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)对小鼠免疫系统的破坏作用 | 首次在单细胞水平系统揭示DEHP通过抑制炎症信号和热休克蛋白表达导致免疫失调的机制 | 研究仅使用小鼠模型,未直接验证对人体免疫系统的影响 | 探究DEHP对环境免疫系统的破坏作用及其机制 | 小鼠脾脏组织和外周血免疫细胞 | 免疫毒理学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠脾脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1235 | 2025-10-05 |
Pulmonary surfactant biogenesis blockage mediated polyhexamethylene guanidine disinfectant induced pulmonary fibrosis
2024-12-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136307
PMID:39488979
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研究论文 | 本研究揭示了聚六亚甲基胍消毒剂通过阻断肺表面活性物质生物合成诱发肺纤维化的机制 | 首次发现PHMG通过破坏自噬流导致AT2细胞内肺表面活性物质生物合成受阻的机制 | NA | 探究PHMG消毒剂吸入暴露诱发肺纤维化的时间效应和分子机制 | 肺泡II型上皮细胞(AT2细胞) | 毒理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1236 | 2025-10-05 |
Comparative Methods for Demystifying Spatial Transcriptomics
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3838-5_17
PMID:38819570
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研究论文 | 本文比较分析了空间转录组学数据分析方法,重点关注10x Visium平台的分析流程 | 系统分解空间转录组学分析流程为四个关键步骤,并比较不同spot选择和基因组/转录组参考对分析结果的影响 | 仅聚焦于制造商提供的软件套件,未涵盖其他分析工具 | 阐明空间转录组学数据分析方法及其影响因素 | 空间转录组学数据分析流程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,RNA测序 | NA | 基因表达数据,显微镜图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 1237 | 2025-10-06 |
Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts
2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.12.623270
PMID:39605411
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞基因表达谱影响急性治疗队列中HIV-1病毒库大小 | 首次通过无偏倚高通量单细胞RNA测序揭示单核细胞基因表达与HIV-1病毒库大小的负相关关系 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 研究宿主基因表达差异是否调节抑制性ART期间HIV-1病毒库大小 | 急性感染期开始ART治疗的HIV-1感染者外周血单核细胞 | 单细胞基因组学 | 艾滋病 | 单细胞RNA测序,完整前病毒DNA检测 | NA | 单细胞基因表达数据 | 14名主要队列参与者 + 38名独立验证队列参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1238 | 2025-10-06 |
Liquid Biopsy for Proliferative Diabetic Retinopathy: Single-Cell Transcriptomics of Human Vitreous Reveals Inflammatory T-Cell Signature
2024 Nov-Dec, Ophthalmology science
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.xops.2024.100539
PMID:39220810
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析增生性糖尿病视网膜病变患者玻璃体液,揭示炎症性T细胞特征 | 首次在疾病状态下对人类玻璃体进行单细胞转录组表征,发现PDR玻璃体主要由T细胞组成 | 样本量较小(5例患者6只眼睛),为病例系列研究 | 通过阐明PDR患者玻璃体的单细胞图谱,识别可靶向的细胞类型和相应信号通路 | 接受玻璃体切除术的PDR患者的玻璃体和外周血样本 | 数字病理 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例成人患者(6只眼睛)的玻璃体细胞和外周血单核细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | Chromium 10x | 基于液滴的单细胞RNA测序平台 |
| 1239 | 2025-10-06 |
MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae492
PMID:39376034
|
研究论文 | 提出了一种名为MultiSC的深度学习流程,用于分析多组学单细胞数据 | 开发了首个能够有效整合三种组学数据(基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达)的多组学单细胞分析流程 | NA | 解决多组学单细胞数据整合分析工具缺乏的问题 | 多组学单细胞数据 | 机器学习 | NA | NEAT-seq | 多模态约束自编码器, 矩阵分解模型, 多元线性回归 | 多组学数据(基因表达、染色质可及性、蛋白表达) | NA | NA | 单细胞多组学测序 | NA | NA |
| 1240 | 2025-10-06 |
The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation
2024-Sep-05, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002
PMID:39089253
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研究论文 | 本研究通过活体双光子成像和单细胞转录组学揭示了脉络丛在神经炎症中与免疫细胞协同作用的机制 | 首次发现脉络丛上皮细胞会短暂特化以滋养免疫细胞,并协调其招募、存活和分化,同时调控紧密连接以控制血脑屏障通透性 | 研究使用LPS诱导的脑膜炎小鼠模型,可能与人类疾病存在物种差异 | 阐明脉络丛在神经炎症调控中的分子机制 | 清醒小鼠的脉络丛组织和免疫细胞 | 神经科学 | 脑膜炎 | 纵向双光子成像, 单细胞转录组学 | LPS诱导的脑膜炎小鼠模型 | 影像数据, 转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |