单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1221	2025-04-04	Enhancing Endogenous Hyaluronic Acid in Osteoarthritic Joints with an Anti-Inflammatory Supramolecular Nanofiber Hydrogel Delivering HAS2 Lentivirus 2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202400542 PMID:38593309	研究论文	开发了一种超分子纳米纤维水凝胶HAS2@DexP-Gel，用于增强骨关节炎关节内源性透明质酸的产生并抑制滑膜炎症	使用地塞米松磷酸钠作为载体递送编码透明质酸合成酶2的慢病毒，通过调节滑膜细胞亚群比例和滑膜成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用优化滑膜组织微环境	研究仅在动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型水凝胶治疗策略，用于骨关节炎的治疗	骨关节炎小鼠模型	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1222	2025-04-04	Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614811 PMID:39386686	research paper	该研究探讨了肥胖与乳腺癌预后之间的关系，以及TREM2在瘦弱、肥胖和减肥小鼠中对乳腺癌肿瘤生长的影响	揭示了TREM2缺乏在瘦弱小鼠中减缓肿瘤生长的机制，并发现了肥胖和减肥条件下免疫反应的显著差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索肥胖与乳腺癌预后之间的机制，以及TREM2抑制的潜在疗效	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型中的乳腺癌肿瘤	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，VDJ测序	基因功能缺失模型	RNA测序数据，免疫细胞数据	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型
1223	2025-04-04	Analyses of combined Merkel cell carcinomas with neuroblastic components suggests that loss of T antigen expression in Merkel cell carcinoma may result in cell cycle arrest and neuroblastic transdifferentiation 2024-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6304 PMID:39049595	research paper	该研究分析了两种具有神经母细胞分化的组合性Merkel细胞癌（MCC），并对其形态学、免疫组化、转录组学、遗传学和表观遗传学特征进行了全面表征	首次报道了两种罕见的组合性MCC与神经母细胞分化的病例，并提供了全面的分子特征分析，揭示了T抗原表达缺失可能导致细胞周期停滞和神经母细胞转分化	研究样本量较小（仅2例），可能限制了结论的普遍性	探讨组合性MCC中神经母细胞分化的分子机制	两种具有神经母细胞分化的组合性MCC肿瘤	digital pathology	Merkel cell carcinoma	全外显子测序、空间转录组学、DNA甲基化分析	NA	组织样本、基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	2例组合性MCC/神经母细胞瘤（来自老年男性患者）
1224	2025-04-04	The Loss of PPARγ Expression and Signaling Is a Key Feature of Cutaneous Actinic Disease and Squamous Cell Carcinoma: Association with Tumor Stromal Inflammation 2024-08-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13161356 PMID:39195246	研究论文	该研究分析了表皮PPARγ缺陷小鼠的转录组变化，揭示了PPARγ在皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌中的关键作用	首次通过单细胞测序验证了PPARγ缺失导致基质区室的变化，并发现PPAR信号通路是光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中共同受抑制的典型通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据来源于公开数据库，可能需要进一步实验验证	探究PPARγ在皮肤炎症和癌变过程中的作用机制	PPARγ缺陷小鼠、人类和小鼠的光化性角化病及皮肤鳞状细胞癌样本	肿瘤生物学	皮肤鳞状细胞癌	转录组分析、单细胞测序、基因集富集分析	PPARγ缺陷小鼠模型	转录组数据	PPARγ缺陷小鼠和公开数据库中的人类/小鼠AKs和SCCs样本
1225	2025-04-04	Macrophages protect against sensory axon degeneration in diabetic neuropathy 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.577801 PMID:38352324	研究论文	本文研究了巨噬细胞在糖尿病神经病变中对感觉轴突退化的保护作用	揭示了巨噬细胞在糖尿病神经病变中的新型神经保护作用，延迟了轴突退化的发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨炎症在糖尿病周围神经病变(DPN)发病机制中的作用	糖尿病小鼠模型中的巨噬细胞和感觉轴突	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠高脂高果糖饮食(HFHFD)模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用糖尿病小鼠模型
1226	2025-04-03	Long-term, cell type-specific effects of prenatal stress on dorsal striatum and relevant behaviors in mice 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.627207 PMID:39763907	研究论文	研究产前压力对小鼠背侧纹状体及相关行为的长期细胞类型特异性影响	揭示了产前压力通过改变背侧纹状体中多种细胞类型的基因表达，影响与神经发育障碍相关的行为	研究仅使用小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨产前压力如何影响成年后代纹状体依赖性行为及其分子机制	小鼠背侧纹状体及其相关行为	神经科学	自闭症谱系障碍 (ASD)	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	小鼠模型	基因表达数据	NA
1227	2025-04-03	Transcriptomic Evaluation of a Stress Vulnerability Network Using Single-Cell RNA Sequencing in Mouse Prefrontal Cortex 2024-Dec-01, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2024.05.023 PMID:38866174	研究论文	通过单细胞RNA测序技术评估小鼠前额叶皮层中的应激脆弱性网络	首次识别出大脑中与潜在应激脆弱性状态相关的细胞类型和基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究应激脆弱性神经网络的分子机制	雄性及雌性C57BL/6小鼠（n=12）的前额叶皮层	神经科学	情绪障碍（包括重度抑郁症）	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多部位体内神经电生理记录	NA	转录组数据，神经电生理数据	12只C57BL/6小鼠
1228	2025-04-03	Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403572 PMID:39382177	研究论文	介绍了一种名为STAGUE的创新框架，用于从空间转录组学数据中学习细胞图结构和低维嵌入	STAGUE框架能够同时学习细胞图结构和低维嵌入，并通过对比学习生成可学习的图视图，提高了空间聚类精度并促进了新型细胞间相互作用的发现	未明确提及具体限制	探索空间转录组学数据集中的细胞间相互作用	空间转录组学数据	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组学	图结构学习	空间转录组数据	86个真实和模拟的空间转录组数据集
1229	2025-04-03	Characterization of a Novel Pathogenic PLCG2 Variant Leading to APLAID Syndrome Responsive to a TNF Inhibitor 2024-Nov, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42948 PMID:38965708	研究论文	本研究探讨了一种新型PLCG2变体在APLAID综合征患者中的致病机制	发现了一种新型的PLCG2 p.D993Y变体，并揭示了其通过破坏自身抑制导致功能获得性突变的机制	研究仅基于单个患者的数据，样本量较小	研究APLAID综合征的分子机制	APLAID综合征患者及其PLCG2基因变体	分子生物学	自身炎症性疾病	全外显子测序、单细胞RNA测序、免疫印迹、荧光素酶检测、酶联免疫吸附试验、钙流检测、定量PCR、免疫沉淀	NA	基因测序数据、细胞实验数据	1名APLAID综合征患者
1230	2025-04-03	Dynamic dysregulation of retrotransposons in neurodegenerative diseases at the single-cell level 2024-Oct-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279363.124 PMID:39424325	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析，探讨了逆转录转座子在神经退行性疾病中的动态失调	首次在单细胞水平系统研究神经退行性疾病中逆转录转座子的动态调控，并构建了首个相关单细胞图谱scARE	仅分析了三种神经退行性疾病（阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化症），样本覆盖范围有限	探究逆转录转座子在神经退行性疾病中的调控机制和作用	神经元、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其前体细胞中的逆转录转座子	生物信息学	神经退行性疾病（阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症）	单细胞转录组测序	机器学习算法	单细胞RNA测序数据	12个单细胞转录组数据集（覆盖三种疾病）
1231	2025-04-03	Employing single-cell RNA sequencing coupled with an array of bioinformatics approaches to ascertain the shared genetic characteristics between osteoporosis and obesity 2024-Oct-16, Bone & joint research IF:4.7Q1 DOI:10.1302/2046-3758.1310.BJR-2023-0366.R1 PMID:39412449	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和生物信息学方法，探索骨质疏松症和肥胖症之间的共享遗传特征	首次通过单细胞RNA测序结合WGCNA和机器学习方法，鉴定出TLR2作为骨质疏松症和肥胖症的共同关键基因	研究结果需要进一步的实验验证和临床样本验证	识别骨质疏松症和肥胖症的共享遗传标记和分子机制，以开发同时针对这两种疾病的治疗方法	骨质疏松症和肥胖症的基因表达数据	生物信息学	骨质疏松症和肥胖症	单细胞RNA测序, WGCNA, KEGG通路分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 机器学习, ELISA, 蛋白质印迹, 细胞染色	机器学习	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
1232	2025-04-03	Spatial transcriptomics in health and disease 2024-Oct, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-024-00841-1 PMID:38719971	综述	本文综述了空间转录组技术在健康和疾病研究中的应用及其进展	整合空间转录组技术与其他组学方法，如蛋白质组学和空间表观遗传学，以生成全面的分子图谱	领域仍存在一些挑战，如技术分辨率和数据整合的复杂性	探讨空间转录组技术在理解器官细胞和空间组织中的作用	临床前模型和人类样本	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
1233	2025-04-03	High-throughput single-cell transcriptomics of bacteria using combinatorial barcoding 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01007-w PMID:38886529	研究论文	介绍了一种名为microSPLiT的高通量单细胞RNA测序方法，用于细菌转录组学研究	通过四轮组合条形码技术，无需专用设备即可在单次实验中分析数十万革兰氏阴性和阳性细菌的转录状态	需要基本的分子生物学技术经验、细菌样本处理能力以及为下一代测序准备DNA文库的能力	开发一种高通量单细胞转录组测序方法用于细菌研究	革兰氏阴性和阳性细菌	基因组学	NA	单细胞RNA测序，组合条形码技术	NA	转录组数据	单次实验可分析多达100万个细菌细胞和96个样本
1234	2025-04-03	Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease 2024-Oct, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06426-1 PMID:38904753	research paper	该研究通过外显子测序和纯合性定位，发现MYO1C基因的隐性变异可能是儿童肾病综合征的新病因	首次发现MYO1C基因的隐性变异与肾病综合征的关联，并通过结构建模揭示了变异对蛋白质功能的影响	研究样本量较小，仅在两例无关儿童中观察到MYO1C变异	探索肾病综合征的新单基因病因	1649名儿科肾病综合征患者	遗传学	肾病综合征	外显子测序，纯合性定位，单细胞RNA测序，结构建模	NA	基因序列数据，RNA测序数据	1649名患者，其中2名携带MYO1C变异
1235	2025-04-03	Defining heritability, plasticity, and transition dynamics of cellular phenotypes in somatic evolution 2024-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01920-6 PMID:39317739	研究论文	本文介绍了一种名为PATH的框架，用于量化细胞状态的可遗传性与可塑性，并从单细胞谱系追踪数据推断细胞状态转换和增殖动态	提出了PATH框架，首次将细胞状态的可遗传性与可塑性从定性概念转化为定量测量	研究仅基于小鼠模型和特定癌症类型的数据，可能不适用于所有细胞类型或疾病	研究细胞状态的可遗传性、可塑性及其在体细胞进化中的转换动态	胰腺癌小鼠模型、原发性胶质母细胞瘤和B细胞急性淋巴细胞白血病中的细胞状态	单细胞测序	胰腺癌、胶质母细胞瘤、B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞谱系追踪、单细胞全基因组测序	PATH框架	单细胞测序数据	NA
1236	2025-04-03	Single cell transcriptomics reveals dysregulated immnue homeostasis in different stages in HPV-induced cutaneous squamous cell carcinoma 2024-Oct, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15178 PMID:39385326	research paper	通过单细胞转录组学探索HPV诱导的皮肤鳞状细胞癌(cSCC)不同阶段的免疫稳态失调	首次在HPV诱导的cSCC中应用单细胞RNA测序(scRNA-seq)，研究感染与肿瘤之间的相关性，并首次从感染的不同阶段研究肿瘤发展	样本量较小，仅基于一名罕见快速进展的HPV诱导cSCC患者	探索免疫稳态失调对皮肤鳞状细胞癌(cSCC)发生发展的影响，以及细胞组成及其变化在HPV诱导cSCC病理过程中的作用	HPV诱导的皮肤鳞状细胞癌(cSCC)患者	digital pathology	skin cancer	scRNA-seq, immunofluorescence	NA	single-cell RNA sequencing data	11,379个细胞，来自一名患者四种不同皮肤状态的样本
1237	2025-04-03	TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair in back pain conditions 2024-Jun-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.22.581620 PMID:38948728	研究论文	本研究探讨了TNFα受体（TNFRs）在导致疼痛性椎间盘退变（IVDD）愈合不良中的不同作用	揭示了TNFR1和TNFR2在椎间盘细胞修复中的不同作用，提出了针对疼痛性IVDD的免疫调节治疗策略	研究主要基于体外实验，未进行体内验证	探究TNFα受体在椎间盘退变愈合不良中的作用机制	人类椎间盘退变组织和椎间盘细胞	NA	椎间盘退变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人类椎间盘退变组织样本
1238	2025-04-03	Hierarchically Assembled Nanofiber Scaffold Guides Long Bone Regeneration by Promoting Osteogenic/Chondrogenic Differentiation of Endogenous Mesenchymal Stem Cells 2024-06, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202309868 PMID:38259052	研究论文	研究开发了一种三维垂直排列的纳米纤维支架(VAS)，用于促进内源性间充质干细胞向成骨/软骨分化，从而引导长骨再生	开发了具有长通道和大孔径的三维垂直排列纳米纤维支架(VAS)，能够从骨髓腔招募BMSCs到缺损区域，并通过单细胞测序发现VAS的三维纳米拓扑结构能促进BMSCs向软骨细胞和成骨细胞分化	NA	开发有效促进长骨再生的新一代支架	骨髓间充质干细胞(BMSCs)和长骨缺损	组织工程	长骨缺损	单细胞测序	NA	测序数据、免疫组织化学染色数据	NA
1239	2025-04-03	Air Pollutants and Mortality Risk in Patients with Aortic Dissection: Evidence from a Clinical Cohort, Single-Cell Sequencing, and Proteomics 2024-Apr-16, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c00534 PMID:38561599	research paper	评估空气污染物与急性主动脉夹层患者死亡风险的关联，并探讨细颗粒物（PM2.5）诱导不良预后的潜在机制	结合纵向队列研究、单细胞测序和蛋白质组学，首次揭示PM2.5通过激活肥大细胞和炎症反应增加主动脉夹层患者死亡风险的机制	研究仅基于单一临床队列，未考虑其他潜在混杂因素对结果的干扰	探究空气污染物对急性主动脉夹层患者预后的影响及其生物学机制	1,267名急性主动脉夹层患者	临床医学	心血管疾病	单细胞测序、蛋白质组学、多变量Cox回归模型	Cox回归模型	临床数据、组学数据	1,267名急性主动脉夹层患者
1240	2025-04-03	An ultra high-throughput, massively multiplexable, single-cell RNA-seq platform in yeasts 2024-04, Yeast (Chichester, England) DOI:10.1002/yea.3927 PMID:38282330	research paper	该论文优化并应用了一种高通量单细胞RNA测序平台SPLiT-seq于酵母研究，实现了对多种酵母物种和倍性的43,388个细胞的转录组分析	采用组合条形码策略，实现了高通量、低成本、无需专用设备的单细胞RNA测序，能够同时处理数百种酵母基因型或生长条件	主要针对酵母研究，可能不直接适用于其他生物体系	开发并优化适用于酵母的高通量单细胞RNA测序技术	多种酵母物种和倍性的单细胞	基因组学	NA	SPLiT-seq (单细胞RNA测序)	NA	RNA-seq数据	43,388个酵母细胞