单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2025-03-11	Reciprocal regulation of SIRT1 and AMPK by Ginsenoside compound K impedes the conversion from plasma cells to mitigate for podocyte injury in MRL/lpr mice in a B cell-specific manner 2024-Mar, Journal of ginseng research IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.jgr.2023.11.006 PMID:38465215	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过调节SIRT1和AMPK在MRL/lpr小鼠中抑制B细胞向浆细胞转化，从而减轻肾小球足细胞损伤的机制	揭示了CK通过激活B细胞特异性SIRT1和AMPK，阻碍肾B细胞向浆细胞转化，从而减轻系统性炎症和免疫复合物沉积的创新机制	研究仅限于MRL/lpr小鼠模型，未在人类患者中进行验证	探讨CK在狼疮性肾炎（LN）中通过调节B细胞亚群减轻肾小球足细胞损伤的机制	MRL/lpr小鼠	生物医学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、代谢组学分析、免疫印迹和免疫荧光检测	NA	RNA测序数据、代谢物数据、免疫印迹和免疫荧光图像	雌性MRL/lpr小鼠
1202	2025-03-10	[Explorations about the correlation between biological changes of meninges in periodontitis mice and cognitive impairment via single-cell RNA sequencing] 2024-Jun-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20231102-00234 PMID:38808420	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析牙周炎小鼠脑膜的生物学变化，探讨其与认知障碍之间的潜在关联	首次使用单细胞RNA测序技术研究牙周炎小鼠脑膜的生物学变化及其与认知障碍的关系	样本量较小，仅使用小鼠模型，未涉及人类样本	探讨牙周炎小鼠脑膜生物学变化与认知障碍之间的相关性	牙周炎小鼠的脑膜组织和认知功能	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	30只C57BL/6小鼠（15只对照组，15只实验组）
1203	2025-03-10	Single Cell Analysis of Human Colonoids Exposed to Uranium-Bearing Dust 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13855 PMID:38771937	研究论文	本文研究了铀尘暴露对人类结肠类器官的分子和细胞变化的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了铀尘暴露对结肠上皮细胞的转录组变化和谱系分化的影响	研究仅基于三个生物学上不同的供体的结肠类器官，样本量较小	确定铀尘暴露对结肠的分子和细胞变化	人类结肠类器官	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个生物学上不同的供体的结肠类器官
1204	2025-03-09	Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma 2024-Oct-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05754-y PMID:39434164	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了线粒体相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后意义，并开发了个性化治疗策略	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，开发了基于线粒体相关基因的人工智能预后签名（AIDPS）模型，并验证了其在多个独立数据集中的预后准确性	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	阐明线粒体相关基因在肺腺癌中的预后意义，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法、AIDPS模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自公开数据库的肺腺癌患者数据
1205	2025-03-09	The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005 PMID:39122180	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，探究了与年龄相关的腺体萎缩和Awat2基因敲除小鼠中腺体功能异常的细胞组成、分化和基因表达变化	首次使用单细胞和空间转录组学技术揭示了腺体功能异常的分子机制，包括脂质生成基因的分层表达和免疫细胞浸润的增加	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞组成、分化和基因表达的影响	野生型小鼠和Awat2基因敲除小鼠的睑板腺	生物医学	干眼病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	年轻（6个月）和老年（22个月）野生型C57Bl/6小鼠，年轻（3个月）和老年（13个月）Awat2 KO小鼠
1206	2025-03-08	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538498 PMID:37163077	研究论文	本文介绍了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在健康和疾病中的功能	开发了iAssembloids系统，结合CRISPRi筛选技术，首次在3D环境中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-4在阿尔茨海默病中的作用	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的普适性	研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在脑健康和疾病中的分子机制	神经元与胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学、免疫组织化学	iAssembloids（诱导多谱系组装体）	单细胞转录组数据、免疫组织化学数据	NA
1207	2025-03-08	Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults 2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.10.612119 PMID:39314416	研究论文	本文通过多组学分析（单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术）研究了300多名健康成年人的外周免疫系统，揭示了年龄相关的免疫细胞动态变化	利用多组学技术对健康成年人进行长期免疫分析，创建了包含超过1600万个PBMC的单细胞RNA测序数据集，并开发了新的免疫健康图谱	研究主要关注健康成年人，未涉及特定疾病状态下的免疫变化	研究健康免疫系统在生命周期中的基本变化，以开发针对年龄相关感染和疾病的干预措施	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪	免疫学	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 流式细胞数据	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪
1208	2025-03-08	Investigating gene functions and single-cell expression profiles of de novo variants in orofacial clefts 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100313 PMID:38807368	研究论文	本研究探讨了与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其单细胞表达谱，特别关注了未在OMIM数据库中列出的基因中的新生变异（DNVs）	通过结合路径分析和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了新生变异基因在OFC发展中的潜在作用，特别是在外胚层和内皮细胞中的表达模式	由于CPO相关的新生变异基因数量有限，未能在此类基因集中获得显著发现	探索与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其在细胞水平上的表达特征	853个基因中的960个新生变异（DNVs），以及从OMIM数据库中筛选的178个CL/P和277个CPO相关基因	基因组学	口面裂	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	960个新生变异（DNVs）来自853个基因
1209	2025-03-08	Inflammatory recruitment of healthy hematopoietic stem and progenitor cells in the acute myeloid leukemia niche 2024-04, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02136-7 PMID:38228679	研究论文	本文研究了急性髓性白血病（AML）微环境中炎症对健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的影响	揭示了HSPCs在白血病微环境中作为炎症传播的未被识别的组成部分，并发现AML来源的纳米级细胞外囊泡（EV）足以触发HSPCs的炎症反应	研究主要基于两种同源AML模型，可能无法完全代表所有AML亚型的炎症反应	探讨AML微环境中炎症对HSPCs功能的影响及其在疾病进展中的作用	健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	两种同源AML模型
1210	2025-03-08	Tetrahedral DNA loaded siCCR2 restrains M1 macrophage polarization to ameliorate pulmonary fibrosis in chemoradiation-induced murine model 2024-Mar-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.01.022 PMID:38273656	研究论文	本文通过整合博来霉素气管内给药和胸部照射，构建了一种模拟特发性肺纤维化（IPF）临床特征的鼠模型，揭示了CCL2/CCR2轴在驱动M1巨噬细胞极化中的决定性作用，并开发了一种新型的FNA-siCCR2治疗策略	构建了一种新的IPF鼠模型，揭示了M1巨噬细胞在IPF中的关键作用，并开发了FNA-siCCR2作为潜在的治疗策略	研究主要基于鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	研究特发性肺纤维化（IPF）的发病机制及潜在治疗方法	鼠模型和IPF患者	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq	鼠模型	基因表达数据	鼠模型和IPF患者的scRNA-seq数据
1211	2025-03-08	Identification of AgRP cells in the murine hindbrain that drive feeding 2024-Feb, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101886 PMID:38246589	研究论文	本研究在小鼠后脑中鉴定出一种新的AgRP细胞群，这些细胞能够独立于下丘脑AgRP神经元刺激进食	首次在小鼠后脑中发现并表征了AgRP表达细胞群，揭示了后脑中央黑皮质系统具有促进食欲的成分	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于其他哺乳动物尚需进一步验证	探索中央黑皮质系统在调节进食和体重中的作用，特别是AgRP细胞的功能	小鼠后脑中的AgRP表达细胞	神经科学	NA	基因表达分析、单细胞RNA测序、免疫荧光分析、DREADD技术、光遗传学刺激	NA	基因表达数据、细胞活性数据	多种转基因小鼠模型
1212	2025-03-08	Single Cell Sequencing Technology and Its Application in Alzheimer's Disease 2024, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.3233/JAD-230861 PMID:38217599	综述	本文综述了单细胞测序技术及其在阿尔茨海默病研究中的应用	单细胞测序技术能够在个体细胞水平上研究复杂疾病，克服了传统批量测序无法反映细胞异质性的问题	NA	探讨单细胞测序技术在阿尔茨海默病研究中的应用	阿尔茨海默病	数字病理学	老年病	单细胞测序技术，包括转录组学、表观基因组学、基因组学和蛋白质组学	NA	NA	NA
1213	2025-03-06	Single-Cell Profiling Uncovers Evolutionary Divergence of Hypocretin/Orexin Neuronal Subpopulations 2024-Sep-04, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0095-24.2024 PMID:39122556	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了斑马鱼下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	首次在斑马鱼中通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	研究主要集中于斑马鱼和小鼠，未涉及其他脊椎动物，可能限制了结果的普适性	揭示下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高分辨率成像	NA	RNA测序数据，成像数据	成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元
1214	2025-03-06	Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma 2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.25757 PMID:38047487	研究论文	本研究构建并验证了一个与NAD+代谢相关的新型风险模型，用于骨肉瘤的预后预测	通过结合生物信息学分析和体外实验验证，首次揭示了NAD代谢相关基因在骨肉瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其对预后的影响	研究主要依赖于公开数据库的数据，且体外实验的样本量可能有限	探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	Cox分析、共识聚类、主成分分析、t-SNE、UMAP、基因集富集分析、基因集变异分析、Lasso分析、生存和ROC曲线、Nomogram、免疫相关分析、药物敏感性分析、单细胞RNA测序分析	风险模型和Nomogram	基因表达数据	从TARGET和GEO数据库获取的骨肉瘤数据
1215	2025-03-06	The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1498031 PMID:39640482	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和临床数据，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）的表观遗传调控全景，并构建了一个基于机器学习的预后预测模型	首次在单细胞分辨率下全面描绘了PDAC的表观遗传调控全景，并构建了一个基于17个表观遗传基因的机器学习预后模型，该模型在预测1年、3年和5年生存率方面表现出色（AUC >0.7）	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据异质性和偏差	探索表观遗传调控在PDAC进展和药物反应中的作用，并构建一个预后预测模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、Lasso、随机生存森林	机器学习模型	RNA测序数据、临床数据	多个公共数据库中的数据，具体样本数量未明确
1216	2025-03-05	HIV-SEQ REVEALS GLOBAL HOST GENE EXPRESSION DIFFERENCES BETWEEN HIV-TRANSCRIBING CELLS FROM VIREMIC AND SUPPRESSED PEOPLE WITH HIV 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.17.629023 PMID:39763963	研究论文	本文开发了一种名为HIV-seq的新技术，用于更有效地捕获HIV转录本，包括非多聚腺苷酸化的转录本，以便对HIV感染者（PWH）的细胞进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析	开发了HIV-seq技术，显著提高了在HIV感染者中检测HIV RNA+细胞的效率，并揭示了在病毒血症和抗逆转录病毒治疗（ART）抑制期间HIV RNA+细胞的转录特征差异	由于HIV转录细胞的低频率和低水平的HIV转录本，研究这些细胞仍然具有挑战性	研究HIV转录细胞在病毒血症和ART抑制期间的转录特征差异，以更好地理解这些细胞在ART期间持续存在的机制	HIV感染者的细胞	基因组学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CITE-seq	NA	RNA测序数据	配对的血液样本，来自HIV感染者在ART抑制前后的样本
1217	2025-03-05	Pseudo-Label Guided Structural Discriminative Subspace Learning for Unsupervised Feature Selection 2024-Dec, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2023.3319372 PMID:37796670	研究论文	本文提出了一种新的无监督特征选择方法，名为伪标签引导的结构判别子空间学习（PSDSL）	该方法将概率图的构建引入特征选择学习过程，作为一个统一的通用框架，并设计了伪标签引导的学习机制，结合基于图的方法和最大化类间散布矩阵的思想，构建了一个能提高所选特征判别性的目标函数	NA	提高无监督特征选择的效果	九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	基因数据	九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集
1218	2025-03-05	Enhancing Single-Cell RNA-seq Data Completeness with a Graph Learning Framework 2024-Nov-06, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	本文提出了一种基于图学习的框架VAImpute，用于增强单细胞RNA测序数据的完整性，通过变分图自编码器技术预测并填补数据中的缺失值	开发了VAImpute，一种基于变分图自编码器的填补技术，利用细胞/基因之间的copula相关性来学习scRNA-seq数据中的固有分布，从而预测并填补缺失值	未提及具体的数据集规模或实验条件的限制	提高单细胞RNA测序数据的完整性，减少由于RNA量低导致的缺失事件	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分图自编码器（VAE）	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
1219	2025-03-05	Genetic variation and molecular profiling of congenital malformations of the female genital tract based on whole-genome sequencing 2024-11, World journal of pediatrics : WJP IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s12519-024-00839-6 PMID:39251565	研究论文	本研究通过全基因组测序分析了590名中国个体的数据，揭示了女性生殖道先天性畸形（CM-FGT）的遗传变异和分子特征	首次在全基因组范围内识别出与CM-FGT相关的7个新发拷贝数变异、12个罕见单核苷酸变异和10个罕见3'UTR突变，并特别强调了ASH1L作为致病基因的重要性	样本主要来自中国人群，可能限制了结果的普遍性	探索女性生殖道先天性畸形的遗传变异和分子机制	590名中国个体，包括95名患者、442名病例对照和53名家族对照	基因组学	女性生殖道先天性畸形	全基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	590名个体（95名患者，442名病例对照，53名家族对照）
1220	2025-03-05	Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316256121 PMID:39226366	研究论文	本文介绍了一种名为VITAE的统计方法，通过结合潜在层次混合模型和变分自编码器来推断单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	VITAE方法通过整合潜在层次混合模型和变分自编码器，提高了轨迹推断的准确性和可解释性，并提供了细胞投影的不确定性量化	尽管VITAE在多种轨迹拓扑结构上表现优异，但其在更广泛的数据集和应用中的通用性仍需进一步验证	研究目标是开发一种能够同时进行轨迹推断和数据整合的统计方法，以提高单细胞测序数据分析的准确性和鲁棒性	研究对象是单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	三个不同的小鼠新皮层单细胞RNA测序数据集