单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1181	2025-03-13	Molecular Profiling Defines Three Subtypes of Synovial Sarcoma 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404510 PMID:39257029	研究论文	本文通过RNA和靶向DNA测序对55名患者的91个肿瘤进行了分析，定义了滑膜肉瘤的三种分子亚型	首次通过分子分析定义了滑膜肉瘤的三种亚型，并揭示了这些亚型与临床预后的关联	样本量相对较小，且未涉及所有可能的滑膜肉瘤亚型	阐明驱动滑膜肉瘤表型多样性的基因组事件	滑膜肉瘤患者及其肿瘤样本	基因组学	滑膜肉瘤	RNA测序、靶向DNA测序、蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	RNA序列、DNA序列、蛋白质组数据、单细胞RNA序列	55名患者的91个肿瘤样本
1182	2025-03-13	Characterization of HPV6/11-reactive T-cell subsets in papillomas of patients with juvenile-onset recurrent respiratory papillomatosis and identification of HPV11 E7-specific candidate TCR clonotypes 2024-Oct-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00677-24 PMID:39258910	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和RNA微阵列技术，分析了青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并鉴定了HPV11 E7特异性候选TCR克隆型	首次在JORRP乳头状瘤组织中鉴定出HPV11 E7特异性候选TCR克隆型，并揭示了IFN-γ+ CD8+记忆T细胞在抗HPV6/11 T细胞免疫中的重要性	研究样本量有限，且未进行体内实验验证候选TCR克隆型的治疗效果	研究JORRP患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并探索其在免疫治疗中的应用	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者的乳头状瘤组织	免疫学	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）	单细胞RNA测序，RNA微阵列	NA	RNA测序数据，微阵列数据	未明确说明样本数量，但涉及JORRP患者的乳头状瘤组织
1183	2025-03-13	TRANSCRIPTOMIC DIFFERENCES IN PERIPHERAL MONOCYTE POPULATIONS IN SEPTIC PATIENTS BASED ON OUTCOME 2024-Aug-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002379 PMID:38713581	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和通路分析，探讨了脓毒症患者外周血单核细胞群体在转录组水平上的差异，以揭示不同临床结果背后的免疫反应机制	首次在单细胞水平上分析了脓毒症患者外周血单核细胞的转录组差异，并发现与TNF-α产生相关的基因表达模式，为慢性危重病的治疗提供了潜在靶点	研究样本量未明确，且未涉及其他免疫细胞类型的影响	揭示脓毒症患者不同临床结果背后的免疫反应机制，并为慢性危重病的治疗提供潜在靶点	脓毒症患者的外周血单核细胞群体	转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确
1184	2025-03-13	Machine learning identifies activation of RUNX/AP-1 as drivers of mesenchymal and fibrotic regulatory programs in gastric cancer 2024-06-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278565.123 PMID:38777607	研究论文	本研究利用ATAC-seq和RNA-seq数据，通过机器学习方法识别了胃癌中调控间质和纤维化程序的关键转录因子	首次使用机器学习方法结合ATAC-seq和RNA-seq数据，系统地识别了胃癌中间质和上皮状态的调控转录因子，并揭示了DNA拷贝数变异对这些转录因子的影响	研究主要基于细胞系和原发肿瘤数据，未涉及更多临床样本的验证	探索胃癌中间质和上皮状态的调控机制，识别关键转录因子及其在胃癌异质性和进展中的作用	胃癌细胞系和原发肿瘤	机器学习	胃癌	ATAC-seq, RNA-seq	机器学习	基因表达数据, 表观基因组数据	多个胃癌细胞系和原发肿瘤样本
1185	2025-03-13	Human inherited PD-L1 deficiency is clinically and immunologically less severe than PD-1 deficiency 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231704 PMID:38634869	研究论文	本文报道了两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹，该变异导致PD-L1功能丧失，并探讨了PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	首次报道了人类遗传性PD-L1缺乏的临床和免疫学特征，并与PD-1缺乏进行了对比，揭示了PD-L1缺乏不会导致致命性自身免疫病	研究样本量较小，仅涉及两名患者，可能限制了结果的普遍性	探讨PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹	免疫学	1型糖尿病	流式细胞术免疫表型分析、单细胞RNA测序	NA	血液白细胞	两名患者
1186	2025-03-13	Single-cell transcriptomics of the human parasite Schistosoma mansoni first intra-molluscan stage reveals tentative tegumental and stem-cell regulators 2024-03-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55790-3 PMID:38472267	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了人类寄生虫曼氏血吸虫在软体动物宿主内的第一阶段发育，揭示了可能的表皮和干细胞调控因子	首次使用单细胞转录组学技术对曼氏血吸虫在软体动物宿主内的发育阶段进行详细分析，识别了六个细胞群及其关键生物过程	研究局限于曼氏血吸虫的特定发育阶段，未涵盖整个生命周期	探索曼氏血吸虫在软体动物宿主内发育阶段的细胞和分子机制	曼氏血吸虫的母孢子囊	单细胞转录组学	血吸虫病	10X Genomics Chromium平台	NA	单细胞RNA测序数据	曼氏血吸虫母孢子囊的单细胞悬浮液
1187	2025-03-13	From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Jan-29, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujae001 PMID:38465983	研究论文	本文探讨了一种先进的网络估计技术，用于在单细胞水平上表征基因关系，称为细胞特异性基因网络	提出了平均局部密度差距（aLDG）这一新的单变量依赖度量，能够累积局部依赖并检测任何非线性、非单调关系	未明确提及具体限制	研究基因关系的局部依赖性，并提出新的统计方法来更好地估计这些关系	单细胞RNA测序数据中的基因关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1188	2025-03-13	Aryl hydrocarbon receptor and IL-13 signaling crosstalk in human keratinocytes and atopic dermatitis 2024, Frontiers in allergy IF:3.3Q2 DOI:10.3389/falgy.2024.1323405 PMID:38344408	研究论文	本文研究了芳烃受体（AHR）和IL-13信号在人类角质形成细胞和特应性皮炎（AD）中的相互作用	揭示了AHR通过基因组范围内的转录调控效应调节IL-13下游信号的新机制	研究主要基于体外HaCaT细胞模型，尚未在体内模型中验证	探讨AHR在AD中的作用机制及其与IL-13信号的相互作用	人类角质形成细胞和特应性皮炎患者皮肤样本	生物医学	特应性皮炎	RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot、ELISA、qRT-PCR	NA	基因表达数据	人类活检样本和HaCaT细胞模型
1189	2025-03-12	Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease 2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12519 PMID:39499013	研究论文	本研究探讨了人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞外泌体在阿尔茨海默病模型中的抗炎作用及其对认知和情绪功能的改善	首次展示了hiPSC-NSC-EVs通过诱导激活的小胶质细胞和反应性星形胶质细胞的转录组变化来抑制神经炎症信号级联反应的效果	研究仅在3个月大的5xFAD小鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探索hiPSC-NSC-EVs作为阿尔茨海默病疾病修饰生物制剂的潜力	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞
1190	2025-03-12	VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition 2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024 PMID:39116349	研究论文	本研究探讨了在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中，血管细胞粘附蛋白-1（VCAM-1）在近端肾小管细胞中的表达及其在修复失败状态中的作用	首次揭示了VCAM-1在AKI向CKD转变过程中通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞间的相互作用，促进修复失败状态	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAM-1在AKI向CKD转变过程中的作用机制	近端肾小管细胞和免疫细胞	肾脏病学	肾脏疾病	单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	AKI和CKD患者的单细胞转录组数据、小鼠模型的肾脏RNA和蛋白质数据
1191	2025-03-12	CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01888-9 PMID:39164479	研究论文	本文通过单细胞转录组学评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后3个月和6个月时，血液和引流淋巴结中针对SARS-CoV-2刺突蛋白的CD4 T细胞反应	使用深度学习反向表位映射方法Trex预测抗原特异性，揭示了人类引流淋巴结中刺突特异性CD4滤泡辅助T细胞的异质性表型	研究样本量相对较小，仅分析了1,277个刺突特异性CD4 T细胞	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后CD4 T细胞的转录表型变化	接种BNT162b2 mRNA疫苗的个体以及SARS-CoV-2感染后的个体	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学，深度学习反向表位映射方法Trex	深度学习	单细胞转录组数据	1,277个刺突特异性CD4 T细胞
1192	2025-03-12	Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.608093 PMID:39229048	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面分析免疫细胞的极化状态	Scupa是首个用于系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化的计算方法，利用Universal Cell Embeddings模型的细胞嵌入，有效识别不同物种和实验条件下新数据集中的极化细胞	NA	开发一种计算方法以系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化	免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Universal Cell Embeddings模型	单细胞RNA测序数据	66种细胞因子驱动的极化状态，涉及14种免疫细胞类型
1193	2025-03-12	Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-May-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1 PMID:38798691	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	首次揭示了NAT在PDAC中通过上调TME中的补体基因表达，改善免疫抑制状态，并与患者生存率提高相关	样本量相对较小（23例NAT治疗患者和13例未治疗患者），且需要进一步验证补体基因表达作为预后标志物的临床实用性	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤学	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗患者和13例未治疗患者
1194	2025-03-12	Molecular differences between neonatal and adult stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.24.590986 PMID:38712156	研究论文	本研究通过开发新生和成年小鼠的完整组织外植模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，为SV相关听力损失的研究提供了新的视角	开发了新生和成年小鼠的完整组织外植模型，并结合单细胞RNA测序技术揭示了SV在新生和成年阶段的分子差异，为SV研究提供了新的平台和方法	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，以探索SV相关听力损失的生物学解决方案	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）	生物医学研究	听力损失	单细胞RNA测序	小鼠组织外植模型	RNA测序数据	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）组织
1195	2025-03-12	Seq-Scope Protocol: Repurposing Illumina Sequencing Flow Cells for High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.29.587285 PMID:38617262	研究论文	本文介绍了一种名为Seq-Scope的新技术，该技术重新利用Illumina测序平台进行高分辨率、高内容的空间转录组分析	Seq-Scope技术通过重新利用Illumina测序平台，克服了传统空间转录组技术在分辨率、基因范围、可扩展性、成本及设备复杂性方面的限制	尽管Seq-Scope技术具有显著优势，但其应用仍受限于需要复杂的实验步骤和计算分析流程	开发并优化一种高分辨率、高内容的空间转录组分析技术，以克服现有技术的限制	多种生物组织的冷冻切片	分子生物学与组织学	NA	Illumina NovaSeq 6000测序平台	NA	转录组数据与组织学图像	7 mm × 7 mm或更大的多个组织切片
1196	2025-03-12	Multi-omics analyses reveal bacteria and catalase associated with keloid disease 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104904 PMID:38061241	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了细菌和过氧化氢酶（CAT）与瘢痕疙瘩病的关联	首次结合微生物组、代谢组、单细胞转录组和细胞来源异种移植（CDX）小鼠模型，全面探讨了细菌在瘢痕疙瘩病中的作用	研究主要基于实验室模型和小鼠实验，尚未在人体中进行大规模验证	探讨细菌和过氧化氢酶在瘢痕疙瘩病中的角色	瘢痕疙瘩和健康皮肤	生物医学	瘢痕疙瘩病	多组学分析（微生物组、代谢组、单细胞转录组）、16S rRNA测序、蛋白质质谱、细胞来源异种移植（CDX）模型	CDX小鼠模型	微生物组数据、蛋白质质谱数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩和健康皮肤样本，BALB/c雌性裸鼠
1197	2025-03-12	A longitudinal molecular and cellular lung atlas of lethal SARS-CoV-2 infection in K18-hACE2 transgenic mice 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104932 PMID:38118400	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细分析了K18-hACE2转基因小鼠在SARS-CoV-2感染期间的肺组织分子和细胞反应	首次在K18-hACE2转基因小鼠模型中，利用单细胞RNA测序技术全面解析了SARS-CoV-2感染引起的肺组织病理变化和细胞动态反应	研究仅限于K18-hACE2转基因小鼠模型，可能无法完全模拟人类SARS-CoV-2感染的复杂性	探究SARS-CoV-2感染在肺组织中的分子和细胞机制，以期为COVID-19的诊断和治疗提供新思路	K18-hACE2转基因小鼠的肺组织	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	K18-hACE2转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了K18-hACE2转基因小鼠的肺组织
1198	2025-03-11	ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost 2024-Dec, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2024.127912 PMID:39326350	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了β-葡聚糖训练如何通过调节肠道Th17细胞功能来减轻细菌感染引起的肠道炎症	提出了训练免疫激活调节肠道Th17细胞功能的新概念，为维持肠道稳态提供了新的策略	研究仅限于大菱鲆这一种鱼类，未在其他物种中验证	探究鱼类肠道免疫细胞在细菌感染中维持肠道稳态的细胞机制	大菱鲆（Scophthalmus maximus）的肠道免疫细胞	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
1199	2025-03-11	Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400334 PMID:39601528	研究论文	本研究探讨了年龄相关的细胞外基质（ECM）硬化如何通过TRAIL途径影响肌肉干细胞（MuSC）的分化	揭示了年龄相关ECM硬化通过TRAIL途径影响肌肉干细胞分化的机制，并发现了一个与年龄相关的纤维化群体	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究年龄和/或ECM刚度对肌肉干细胞分化的分子变化的影响	年轻和年老的肌肉干细胞（MuSC）	细胞生物学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	年轻和年老的肌肉干细胞在不同刚度基质上的培养
1200	2025-03-11	Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates 2024-Apr, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062 PMID:38368736	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了六种捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组特征，揭示了其基因组进化与捕食能力的关系	首次使用单细胞测序技术分析捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组，揭示了与捕食能力相关的基因家族扩展和全基因组复制事件	研究仅基于转录组数据，缺乏基因组数据的直接验证	探讨Litostomatea纤毛虫捕食能力的遗传基础及其进化机制	六种捕食性Litostomatea纤毛虫	基因组学	NA	单细胞测序技术	NA	转录组数据	六种捕食性Litostomatea纤毛虫