单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
101	2026-09-09	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-09-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文提出一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞测序数据中推断B细胞克隆谱系树，同时考虑体细胞超突变和类转换重组。	TRIBAL是首个同时考虑SHM和CSR的B细胞谱系树推断算法，相对于现有方法能产生更全面和准确的谱系树。	摘要中未提及明显的局限性，但可能受限于数据质量和模型的简化假设。	开发一种算法，以重建经历SHM和CSR的B细胞克隆谱系的进化历史，从而改进谱系追踪。	B细胞克隆谱系，涉及单细胞RNA测序数据。	单细胞测序数据分析	不适用（涉及免疫反应，而非特定疾病）	单细胞RNA测序	系统发育推断算法（TRIBAL）	单细胞RNA测序数据	模拟数据和真实世界数据集（具体样本数未说明）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
102	2026-09-09	ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling 2024-09-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642 PMID:39216475	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9介导的abca7基因敲除斑马鱼模型，结合单细胞转录组学和Aβ42毒性，揭示了ABCA7通过BDNF/NGFR信号通路诱导神经肽Y（NPY）对突触弹性的关键作用，并与阿尔茨海默病风险增加相关	首次利用CRISPR-Cas9敲除abca7的斑马鱼模型，结合单细胞转录组学，系统阐明了ABCA7通过NPY-BDNF-NGFR信号轴维持突触完整性的新机制，并整合临床数据验证NPY表达下降与AD病理及遗传变异的关系	研究主要基于斑马鱼模型和iPSC衍生神经元，未在人类脑组织中进行直接功能性验证，且临床数据为相关性分析，缺乏因果证据	探究ABCA7基因在阿尔茨海默病中的功能相关性，特别是其对突触弹性和脑 resilience 的影响机制	ABCA7基因敲除斑马鱼、iPSC衍生人类神经元、临床AD样本（包含Braak分期、遗传变异和表观遗传数据）	机器学习	阿尔茨海默病	CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞转录组学、iPSC分化、Aβ42毒性实验	NA	单细胞转录组数据、临床表型数据、基因变异数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本量，涉及斑马鱼个体、iPSC衍生神经元培养及临床AD患者数据	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
103	2026-09-09	An isoform-resolution transcriptomic atlas of colorectal cancer from long-read single-cell sequencing 2024-09-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100641 PMID:39216476	研究论文	该研究结合短读长和长读长单细胞RNA测序，构建了结直肠癌的异构体分辨率转录组图谱，并识别了肿瘤上皮细胞中失调的转录本结构及潜在新表位。	利用长读长单细胞测序实现了异构体级别的转录组分析，发现了394个失调的转录本结构，并整合新肽段与质谱数据识别复发的新表位。	摘要中未提及具体局限性。	构建结直肠癌的异构体分辨率转录组图谱，并识别与肿瘤相关的新型转录本及新表位。	结直肠癌样本中的肿瘤上皮细胞及亚群。	基因组学	结直肠癌	长读长单细胞RNA测序、短读长单细胞RNA测序、质谱分析	NA	转录组数据、质谱数据	未知（未提供具体样本量）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
104	2026-09-09	Heterogeneity effects of bisphenol A and its substitute, fluorene-9-bisphenol, on intestinal homeostasis 2024-09, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108948 PMID:39167857	研究论文	本研究结合肠道类器官和单细胞RNA测序技术，探讨了双酚A及其替代物芴-9-双酚对肠道稳态的异质性影响	首次利用肠道类器官和单细胞RNA测序技术，揭示BPA和BHPF对肠道上皮细胞类型特异性和化合物依赖性效应，并连接体内小鼠模型验证表型影响	未明确说明局限性，但可能包括类器官与体内环境的差异、样本量有限等	评估BPA及其替代物BHPF对肠道上皮的毒性效应及潜在风险	肠道类器官和暴露于BPA或BHPF的小鼠模型	分子生物学、毒理学	肠道疾病	单细胞RNA测序、类器官培养	类器官模型、小鼠模型	单细胞转录组数据、形态学数据	未提供具体样本数量，涉及肠道类器官和小鼠模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
105	2026-09-09	Microenvironment T-Type calcium channels regulate neuronal and glial processes to promote glioblastoma growth 2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.22.609229 PMID:39229003	研究论文	本研究探讨了微环境T型钙通道通过调控神经元和胶质细胞过程促进胶质母细胞瘤生长的机制	首次揭示微环境Cav3.2在胶质母细胞瘤生长中的促进作用，并发现其通过调节神经元和胶质细胞生物学过程及OPC细胞状态相关基因来影响肿瘤	摘要中未提及明确的局限性	阐明微环境和内在T型钙通道在胶质母细胞瘤生长和进展中的调节作用	小鼠胶质母细胞瘤细胞、Cav3.2敲除小鼠、神经元、胶质母细胞瘤干细胞	神经肿瘤学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞共培养	NA	基因表达数据、细胞图像	未明确样本数量，涉及小鼠模型和细胞培养实验	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
106	2026-09-09	Integrated bioinformatics analysis and experimental validation reveal the relationship between ALOX5AP and the prognosis and immune microenvironment in glioma 2024-08-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01991-8 PMID:39169376	研究论文	本研究整合生物信息学分析与实验验证，探讨ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与预后和免疫微环境的关系	首次揭示ALOX5AP高表达于M2巨噬细胞并与胶质瘤不良预后及免疫治疗反应差相关	未提及	评估ALOX5AP在胶质瘤中的预后价值及其与免疫微环境的关联	胶质瘤患者样本及公共数据库数据	生物信息学	胶质瘤	多重免疫荧光染色、组织微阵列、单细胞RNA测序	Cox比例风险回归、CIBERSORT、ESTIMATE	基因表达数据、临床数据、组织样本	未明确	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
107	2026-09-09	Synthetic DNA barcodes identify singlets in scRNA-seq datasets and evaluate doublet algorithms 2024-07-10, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100592 PMID:38925122	研究论文	本文提出利用合成DNA条形码在单细胞RNA测序数据中识别真实单细胞（singlets），并评估双细胞（doublet）检测算法的性能	将合成DNA条形码用于新用途——提取真实单细胞作为基准，并首次在不同背景下评估现有双细胞检测方法，同时训练概念验证的机器学习分类器以超越其他算法	未在摘要中明确提及局限性	利用合成DNA条形码识别单细胞RNA测序数据中的真实单细胞，并评估和改进双细胞检测算法	单细胞RNA测序数据集中的单细胞和双细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习分类器	单细胞转录组数据	未在标题和摘要中提供具体样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
108	2026-09-09	A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067 PMID:38748883	研究论文	提出一种基于动态批处理对抗自编码器（DB-AAE）的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的去噪和排序	引入动态批处理机制到对抗自编码器中，有效处理scRNA-seq数据的低捕获率和dropout事件带来的噪声	未提及具体局限性	利用深度学习框架改善scRNA-seq数据的去噪效果，提高数据分析准确性	scRNA-seq数据集	深度学习	NA	scRNA-seq	对抗自编码器	基因表达数据	未提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
109	2026-09-09	SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis 2024-06-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100581 PMID:38823397	研究论文	介绍SIMS，一个用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具，能够高效准确地进行细胞类型分类。	SIMS是一个低代码、可扩展且可解释的深度学习管道，即使在训练集很小（<3500个细胞）的情况下也能实现高精度分类，并能揭示细胞分化过程中的遗传变化。	文中未明确提及局限性。	开发并验证一个稳健、通用的单细胞RNA测序数据细胞类型分类工具，以改善现有分类算法的准确性。	来自不同组织和物种的单细胞RNA测序数据集，包括大脑、发育中的大脑和皮质类器官。	深度学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	单细胞转录组数据	脑数据集（<3500个细胞）和皮质类器官数据集（未明确样本数量）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
110	2026-09-09	Cis-regulatory control of transcriptional timing and noise in response to estrogen 2024-05-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100542 PMID:38663407	研究论文	利用单细胞RNA测序和机器学习，研究雌激素反应中顺式调节元件对转录时序和噪声的控制机制	结合单细胞RNA-seq和机器学习，识别调控转录时序和噪声的预测因子，揭示多增强子加速时间响应及启动子与增强子活性对噪声的不同影响	未明确提及，可能涉及样本类型单一或验证范围有限	阐明顺式调节元件组合如何控制转录水平、时间动态和细胞间变异	雌激素处理时间过程中的细胞表达动态	机器学习、单细胞测序	乳腺癌（雌激素相关）	单细胞RNA测序	机器学习模型（未具体指明）	基因表达数据	未具体说明，涉及单细胞RNA-seq时间过程数据	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
111	2026-09-09	ABCA7-dependent Neuropeptide-Y signalling is a resilience mechanism required for synaptic integrity in Alzheimer's disease 2024-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.02.573893 PMID:38260408	研究论文	该研究通过CRISPR/Cas9基因编辑技术生成ABCA7基因敲除的斑马鱼模型，结合单细胞转录组学和人类临床数据，揭示了ABCA7依赖性神经肽Y信号在维持阿尔茨海默病突触完整性中的韧性机制。	首次揭示ABCA7通过NPY信号传导调节神经元与胶质细胞间的交互，从而维持突触完整性，并提出ABCA7功能受损降低大脑韧性是AD风险因素的新机制。	研究主要基于斑马鱼模型，其与人类疾病的相关性需进一步验证；临床数据中ABCA7表达与Braak阶段的关联为观察性，因果关系未直接证明。	探究ABCA7基因（AD风险基因）在阿尔茨海默病中的作用机制，特别是其如何影响突触完整性和大脑韧性。	ABCA7基因敲除的斑马鱼模型、Aβ42诱导的病理模型、人类AD临床样本（包括基因表达、遗传变异和表观遗传数据）。	神经科学、分子生物学、基因组学	阿尔茨海默病	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞转录组测序、临床基因关联分析、表观遗传分析	基因敲除斑马鱼模型、细胞间信号传导模型	单细胞转录组数据、临床基因表达数据、遗传变异和表观遗传数据	斑马鱼模型（具体数量未在摘要中提供）、人类AD样本（具体数量未在摘要中提供）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
112	2026-09-09	Polycystic ovarian syndrome (PCOS) and recurrent spontaneous abortion (RSA) are associated with the PI3K-AKT pathway activation 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17950 PMID:39253602	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）共有的病理机制，特别是PI3K-AKT信号通路的激活。	首次整合PCOS和RSA的单细胞RNA-seq数据，利用WGCNA和GSEA等生物信息学方法，鉴定了两个疾病共有的关键基因和通路，并通过实验验证了PRLR基因在PI3K-AKT通路中的作用。	仅基于公开数据库的数据进行分析，缺乏体内实验验证，且样本量有限，可能限制结果的普遍性。	阐明PCOS和RSA共有的病理机制，探索PI3K-AKT信号通路在两种疾病中的作用，为临床治疗提供新方向。	多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）患者的数据集（GSE168404、GSE193123、GSE113790、GSE178535）及KGN细胞。	生物信息学、医学研究	多囊卵巢综合征、复发性自然流产	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因集富集分析（GSEA）、RT-qPCR、细胞活力测定（CCK-8）、流式细胞术	NA	基因表达数据（单细胞RNA-seq）和实验数据	四个公开数据集，具体样本数未提及	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
113	2026-09-09	The burgeoning spatial multi-omics in human gastrointestinal cancers 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17860 PMID:39285924	综述	本文全面概述了空间转录组学、空间蛋白质组学和空间代谢组学等技术及其在食管癌、胃癌和结直肠癌研究中的应用，旨在推动空间多组学技术在消化系统肿瘤疾病中的研究与应用。	整合了空间多组学技术（包括转录组、蛋白质组、代谢组）在人类消化道癌症（食管癌、胃癌和结直肠癌）中的最新应用，强调了这些技术如何通过保留空间信息来增强对肿瘤微环境和异质性的理解	本文为综述性文章，不包含原始实验数据；未详细讨论各技术的局限性或比较不同空间多组学技术的具体性能差异	综述空间多组学技术在人类消化道癌症中的应用进展，为分子生物学研究者提供新的技术见解	食管癌、胃癌和结直肠癌组织样本中的空间多组学数据	数字病理学	消化道癌症（食管癌、胃癌、结直肠癌）	空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学	NA	空间组学数据（转录组、蛋白质组、代谢组）	NA	NA	NA	NA	NA
114	2026-09-08	The multifaceted role of mitochondria in cardiac function: insights and approaches 2024-10-29, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01899-x PMID:39472951	综述	本文综述了心脏线粒体的起源、异质性及其在心脏功能和疾病相关重塑中的作用，并探讨了利用计算方法与单细胞测序技术研究线粒体与心血管疾病关联的潜力	强调线粒体具有善恶双重功能，并整合了线粒体亚群（如闰盘间、肌膜下、核周和核内线粒体）在心脏中的独特角色以及线粒体向核的逆行通讯，提出结合GWAS和单细胞测序技术来识别异质性和致病基因的新途径	本文为综述，未提供原始实验数据；线粒体功能障碍在其他并存疾病中的复杂角色可能限制靶向治疗的直接应用	探讨心脏线粒体在心血管疾病中的作用，并评估计算与单细胞技术用于遗传筛查的可行性	心脏线粒体亚群、线粒体异质性及其与细胞核的通讯机制	计算生物学与单细胞测序	心血管疾病	单细胞测序、全基因组关联分析	NA	基因组和单细胞数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
115	2026-09-08	Spatial-transcriptomic profiling: a new lens for understanding myelofibrosis pathophysiology 2024-10-21, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01877-3 PMID:39434124	综述	本文综述了空间转录组学技术在骨髓纤维化病理生理学研究中的应用，探讨了其如何揭示骨髓和脾脏中的细胞异质性、空间基因调控及微环境相互作用	首次系统阐述空间分辨转录组学（SRT）作为新工具，通过高分辨率基因表达图谱揭示骨髓纤维化中骨髓和脾脏的病理微环境及“肿瘤替代”作用，为发现新治疗靶点和生物标志物提供新视角	当前研究主要基于综述视角，未包含原始实验数据或具体方法验证，可能缺乏定量证据支持	探讨空间转录组学如何增进对骨髓纤维化病理生理的理解，并促进诊断和治疗创新	骨髓纤维化患者骨髓和脾脏组织的空间转录组特征	空间转录组学	骨髓纤维化	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
116	2026-09-08	Iron chelation as a new therapeutic approach to prevent senescence and liver fibrosis progression 2024-09-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07063-0 PMID:39289337	研究论文	本研究探讨了铁螯合剂（去铁酮）通过减少肝细胞衰老来预防肝纤维化进展的作用机制，基于小鼠慢性肝损伤模型和体外细胞实验。	首次揭示铁积累与肝细胞衰老在肝纤维化中的机制联系，并证明铁螯合剂可通过改变衰老相关分泌表型（SASP）向抗炎方向转化来减轻纤维化。	铁螯合剂未能显著影响肝星状细胞（LX-2）中由不同试剂诱导的衰老，表明其效果可能具有细胞类型特异性。	评估铁螯合剂能否通过降低肝细胞衰老来预防肝纤维化进展。	小鼠肝纤维化模型中的肝细胞和肝星状细胞，以及人类肝细胞系HH4和肝星状细胞系LX-2。	病理学	肝纤维化	RNA-seq	NA	基因表达数据	使用了从CCl处理小鼠分离的肝细胞，分析了已发表的单细胞RNA-seq数据集；在体外实验中使用了HH4和LX-2细胞系；涉及不同病因的患者转录组数据。	NA	单细胞RNA-seq	NA	使用了来自CCl处理肝脏的单细胞RNA-seq数据集（具体平台未在标题和摘要中提供）
117	2026-09-08	Single-cell sequencing analysis of multiple myeloma heterogeneity and identification of new theranostic targets 2024-09-14, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07027-4 PMID:39271659	研究论文	通过单细胞测序分析多发性骨髓瘤的异质性，并识别新的治疗诊断靶点，发现WNK1作为潜在治疗靶点	利用单细胞转录组图谱揭示多发性骨髓瘤中B淋巴细胞谱系的异质性，发现骨髓瘤与健康供体间的细胞通讯异常及血浆细胞亚群特异性，提出WNK1作为新的治疗靶点	该研究基于有限样本量和单细胞转录组数据，可能未涉及蛋白水平的功能验证，且需更多实验验证WNK1的临床实用性	阐明多发性骨髓瘤的细胞异质性并识别新的治疗诊断靶点	多发性骨髓瘤患者和健康供体的骨髓细胞	单细胞测序	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	48,293个骨髓细胞	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
118	2026-09-08	A spatiotemporal comparative analysis on tumor immune microenvironment characteristics between neoadjuvant chemotherapy and preoperative immunotherapy for ESCC 2024-09-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06986-y PMID:39256364	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组技术，从时间和空间维度比较新辅助化疗与术前免疫治疗对食管鳞状细胞癌肿瘤免疫微环境的影响	首次在空间水平上对比化疗和免疫治疗对ESCC肿瘤微环境的影响，揭示免疫治疗联合化疗能促进T细胞增殖、部分恢复耗竭T细胞功能、诱导特定耗竭CD8 T细胞扩增，并增加树突状细胞产生，支持免疫热微环境	未明确提及研究的局限性	比较新辅助化疗和术前免疫治疗对ESCC肿瘤免疫微环境的时空影响，探索潜在机制，并为个性化新辅助治疗提供基础	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据	未明确提及	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
119	2026-09-08	Targeting POLRMT by IMT1 inhibits colorectal cancer cell growth 2024-09-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07023-8 PMID:39227564	研究论文	本研究探讨了新型特异性POLRMT抑制剂IMT1对结直肠癌的抗肿瘤活性，发现其通过靶向POLRMT抑制癌细胞生长、迁移和转移	首次揭示IMT1作为POLRMT特异性抑制剂在结直肠癌中的潜在抗肿瘤作用，并通过单细胞RNA测序确认POLRMT在CRC细胞中过表达	NA	探究IMT1靶向POLRMT抑制结直肠癌细胞生长的机制和效果	结直肠癌细胞（原代和永生化），以及异种移植瘤小鼠模型	数字病理学与癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序、靶向shRNA沉默、慢病毒过表达、异种移植	NA	基因表达数据和细胞实验数据	涉及结直肠癌组织、细胞系及小鼠模型的样本	10x Genomics（推测基于单细胞RNA测序）	单细胞RNA测序	NA	NA
120	2026-09-08	circADAMTS6 via stabilizing CAMK2A is involved in smoking-induced emphysema through driving M2 macrophage polarization 2024-08, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108832 PMID:38936066	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了circADAMTS6通过稳定CAMK2A mRNA促进M2巨噬细胞极化，从而参与吸烟诱导的肺气肿发病的机制	首次阐明circADAMTS6通过形成RNA-蛋白质三元复合物稳定CAMK2A mRNA的分子机制，并证明其在吸烟相关肺气肿中促进M2巨噬细胞极化的新功能	未提及：可能需要更多临床样本验证circADAMTS6作为生物标志物的特异性	探究吸烟诱导肺气肿中circADAMTS6促进M2巨噬细胞极化的分子机制及其作为诊断和治疗靶点的潜力	人类和小鼠的肺组织、巨噬细胞、肺类器官模型	数字病理学	肺气肿（慢性阻塞性肺疾病）	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类和小鼠肺组织样本，具体数量未提及	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'转录组测序