单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-08-29	deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq 2024-01-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03177-y PMID:38291503	研究论文	开发了一种用于单细胞RNA测序样本解复用的新算法deMULTIplex2	采用受条形码交叉污染机制模型启发的算法，使用广义线性模型和期望最大化方法概率性确定细胞样本身份	NA	解决单细胞RNA测序中样本解复用的技术挑战	单细胞RNA测序数据中的样本条形码	生物信息学	NA	scRNA-seq，样本复用技术	广义线性模型，期望最大化算法	基因表达数据	NA
102	2025-08-29	Heat Inactivation of Nipah Virus for Downstream Single-Cell RNA Sequencing Does Not Interfere with Sample Quality 2024-01-09, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13010062 PMID:38251369	研究论文	本文验证了在单细胞RNA测序流程中通过热灭活尼帕病毒的有效性，且不影响样本质量	发现并验证在cDNA合成后增加热灭活步骤可有效灭活BSL-4级病原体尼帕病毒，同时保持scRNA-seq数据质量	研究仅针对尼帕病毒和特定商业平台，未测试其他BSL-4病原体或平台	开发适用于BSL-4病原体的单细胞RNA测序安全流程	尼帕病毒（NiV）及感染细胞样本	生物信息学	病毒感染	scRNA-seq, 热灭活	NA	RNA测序数据	未明确具体样本数量，但基于微流控平台测试
103	2025-08-12	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和光谱流式细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态分层下原发性和复发性胶质瘤的免疫特征	发现了表达粒细胞溶解素的新型炎症性小胶质细胞亚群，并提出了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化基因组框架及胶质瘤特异性肿瘤免疫微环境参考标记(GlioTIME-36)	样本量相对有限(48例胶质瘤)，且未明确说明不同治疗方式对免疫景观的具体影响	解析IDH分层下人类胶质瘤的免疫微环境特征及其在复发过程中的变化	48例人类原发性和复发性胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞转录组测序(scRNA-seq)，光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	48例人类胶质瘤样本(包含144,678个单细胞转录组数据和超过200万个免疫细胞的流式数据)
104	2025-08-12	ScRNA-seq reveals novel immune-suppressive T cells and investigates CMV-TCR-T cells cytotoxicity against GBM 2024-04-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008967 PMID:38688579	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了新型免疫抑制性T细胞，并研究了CMV-TCR-T细胞对胶质母细胞瘤的细胞毒性	发现了两种新型免疫细胞亚群：双阳性CD68+SOX2+肿瘤相关巨噬细胞和FXYD6+ T细胞，并证实FXYD6+ T细胞是一种新型免疫抑制性T细胞	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CMV感染如何影响GBM肿瘤微环境中的免疫细胞，并开发针对GBM的新型免疫治疗策略	胶质母细胞瘤(GBM)患者肿瘤组织和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 免疫电子显微镜, 免疫荧光, 液滴数字PCR, 单细胞TCR/BCR测序	人类来源的GBM小鼠模型	基因表达数据, 细胞互作数据	CMV感染的GBM患者样本和小鼠模型
105	2025-08-12	Dysregulation of CD4+ and CD8+ resident memory T, myeloid, and stromal cells in steroid-experienced, checkpoint inhibitor colitis 2024-04-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008628 PMID:38642938	research paper	该研究通过单细胞转录组学和蛋白质组学分析，探讨了类固醇治疗后的检查点抑制剂（CPI）结肠炎中CD4+和CD8+驻留记忆T细胞、骨髓细胞及基质细胞的失调机制	研究发现CD4+驻留记忆T细胞和CD8+细胞毒性T细胞在类固醇治疗后的CPI结肠炎中富集，并揭示了基质细胞代谢紊乱对上皮细胞存活和炎症的影响	研究样本主要来自类固醇治疗后的患者，可能无法完全代表未接受类固醇治疗的患者情况	阐明类固醇治疗后CPI结肠炎的发病机制	CPI结肠炎患者的结肠活检组织和血液样本	免疫学	结肠炎	单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	主要来自类固醇治疗后的CPI结肠炎患者的结肠活检和血液样本
106	2025-08-12	Supermultipotency and unpredictability in the developing superior colliculus 2024-04, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2024.03.001 PMID:38514350	research paper	该研究结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了发育中上丘的意外特征	发现上丘发育中极其多能的祖细胞能够生成所有类型的神经元和胶质细胞，且其定位模式非预先确定，展示了上丘发育的高度不可预测性	NA	探索发育中上丘的细胞生成模式和机制	发育中的上丘(SC)	发育生物学	NA	谱系追踪, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
107	2025-08-11	Thrombopoietin mimetic reduces mouse lung inflammation and fibrosis after radiation by attenuating activated endothelial phenotypes 2024-Nov-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181330 PMID:39513364	研究论文	研究血小板生成素模拟物（TPOm）在小鼠放射诱导的肺损伤（RILI）中的保护作用及机制	首次发现TPOm通过抑制内皮细胞活化减轻RILI，并改善肺血管结构和功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索TPOm在预防和治疗放射诱导的肺损伤中的效果及机制	小鼠模型和原代肺微血管内皮细胞	放射生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠全胸照射（WTI）模型	基因表达数据和组织学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多个时间点的分析
108	2025-08-11	Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08008-5 PMID:39443792	研究论文	本研究探讨了人类心脏疾病中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制，并提出了针对心脏纤维化的新治疗策略	首次揭示了人类心脏疾病中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制，并验证了靶向IL-1β信号通路治疗心脏纤维化的潜力	研究样本量有限（45例），且需要进一步验证治疗策略的长期效果和安全性	探索心脏纤维化的分子机制并开发针对性治疗策略	健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭的人类心脏组织	心血管疾病	心血管疾病	单细胞多组学基因表达分析、表位定位、染色质可及性分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、表位数据、染色质可及性数据	45例人类心脏组织（包括健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭病例）
109	2025-08-11	[Identification of prognostic genes in prostate cancer by single-cell sequencing combined with Mendelian randomization] 2024-Nov, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:40783865	研究论文	通过单细胞测序结合孟德尔随机化方法识别前列腺癌预后相关基因	结合单细胞测序和孟德尔随机化方法识别前列腺癌预后关键基因	样本量较小（仅4例PCa单细胞测序数据），需进一步验证	鉴定参与前列腺癌发展和预后的关键基因	前列腺癌患者（来自GSE156632、TCGA和GEO数据库）	生物信息学	前列腺癌	单细胞测序、孟德尔随机化、COX回归分析	NA	单细胞测序数据、SNP数据、基因表达数据	4例PCa单细胞数据（GSE156632）+ TCGA/GEO临床数据
110	2025-08-11	Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation 2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613729 PMID:39345473	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Sox10 Dom/+突变对肠神经系统神经元谱系分配的影响，特别是Hoxa6在神经元分化中的作用	首次报道了Hox基因在肠神经元谱系多样化中的作用，揭示了Sox10 Dom/+突变通过改变神经元轨迹影响神经元类型的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Sox10缺陷如何改变肠神经元亚型的比例及其分子机制	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠胶质细胞	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、杂交链式反应(HCR)	小鼠模型	单细胞转录组数据	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞
111	2025-08-11	Cellular dynamics in pig-to-human kidney xenotransplantation 2024-Aug-09, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2024.05.003 PMID:38776915	研究论文	通过单细胞RNA测序和纵向RNA测序分析，研究猪到人肾脏异种移植中的细胞动态和免疫反应	首次使用单细胞RNA测序和纵向RNA测序技术，详细描述了猪到人肾脏异种移植过程中的细胞动态变化和免疫反应	研究仅基于两例异种移植案例，样本量较小	优化异种移植的基因编辑和免疫抑制方案，以解决器官捐赠短缺问题	猪肾脏和接受异种移植的人类患者的PBMCs	生物医学工程	器官移植	scRNA-seq, 纵向RNA-seq	NA	RNA测序数据	两例猪到人肾脏异种移植案例
112	2025-08-11	B cells expressing mutated IGHV1-69-encoded antigen receptors related to virus neutralization show lymphoma-like transcriptomes in patients with chronic HCV infection 2024-08-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000503 PMID:39082968	研究论文	该研究探讨了慢性HCV感染中B细胞表达与病毒中和相关的突变抗原受体，并揭示了这些细胞在患者中表现出类似淋巴瘤的转录组特征	发现慢性HCV感染患者中携带特定突变的B细胞表现出类似淋巴瘤的转录组特征，并揭示了这些细胞在病毒清除后仍持续存在的机制	研究主要基于体外模型和转录组分析，未直接证明这些细胞在体内导致淋巴瘤的发生	探究慢性HCV感染与B细胞异常及淋巴瘤风险增加的机制	慢性HCV感染患者和病毒清除后患者的B细胞	免疫学	HCV感染	BCR测序、单细胞RNA测序	TKO模型	测序数据	慢性HCV感染患者和病毒清除后患者的样本
113	2025-08-10	Unraveling plant-microbe symbioses using single-cell and spatial transcriptomics 2024-12, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.06.008 PMID:38991926	综述	本文探讨了单细胞和空间转录组学在植物-微生物共生研究中的应用及其优势	介绍了单细胞和空间转录组学技术在揭示植物-微生物共生关系中的创新应用	当前技术在同时捕获同一细胞内植物和微生物转录本方面仍存在局限	研究植物-微生物共生的分子机制	植物与微生物的共生关系	基因组学	NA	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
114	2025-08-10	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究机械张力如何通过细胞培养基质硬度影响人类原发性肺成纤维细胞的衰老标志物和分泌表型	揭示了机械力如何塑造细胞衰老及其分泌表型，特别是在肺纤维化等年龄相关疾病中	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的机械环境	探讨物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质组数据	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)在不同硬度基质上培养
115	2025-08-10	Lost in space: what single-cell RNA sequencing cannot tell you 2024-09, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.03.010 PMID:38570278	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在植物科学研究中的应用及其局限性，特别是空间信息的丢失问题	强调了现有单细胞分析流程无法完全恢复空间信息的问题，并讨论了利用空间信息指导单细胞分析的可能性	单细胞RNA测序技术本身导致的空间信息丢失限制了其在复杂生物系统表征中的应用	探讨如何最大化单细胞RNA测序技术的潜力，特别是在保留和利用空间信息方面	植物细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、RNA原位杂交	NA	RNA测序数据	NA
116	2025-08-10	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的发展	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现其通过调节OCT4和KLF4活性影响细胞命运，为冠状动脉疾病治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，人类数据验证相对有限	探究Epsins蛋白在平滑肌细胞重编程中的作用及其与冠状动脉疾病的关系	平滑肌细胞	分子生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	NA	基因表达数据	小鼠动脉粥样硬化斑块样本和人类冠状动脉疾病相关数据
117	2025-08-10	Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.005 PMID:38925112	研究论文	介绍了一种名为CPA-Perturb-seq的多重扰动筛选数据集，用于研究42个CPA调节因子对多聚腺苷酸化位点选择的影响	开发了CPA-Perturb-seq数据集和APARENT-Perturb深度神经网络，用于预测和解析多聚腺苷酸化位点的调控机制	未提及具体样本量或实验验证的局限性	理解多聚腺苷酸化调节蛋白如何控制多聚腺苷酸化位点的选择	42个CPA调节因子及其对多聚腺苷酸化位点选择的影响	生物信息学	NA	3' scRNA-seq	深度神经网络（APARENT-Perturb）	单细胞RNA测序数据	NA
118	2025-08-10	Harnessing spatial transcriptomics for advancing plant regeneration research 2024-07, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.02.004 PMID:38418271	研究论文	利用空间转录组学研究番茄愈伤组织中芽原基和绿色细胞等多种细胞在芽再生过程中的分子特征	展示了空间转录组学在植物生物学研究中的潜力	NA	增进对芽再生过程的理解	番茄愈伤组织中的芽原基和绿色细胞	植物生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
119	2025-08-10	Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582629 PMID:38464041	研究论文	本研究揭示了胰岛素信号通过调节R2反转录转座子表达来控制跨代rDNA拷贝数维持的机制	首次发现胰岛素受体(InR)是R2表达的主要抑制因子，并揭示了饮食调控通过胰岛素通路影响rDNA拷贝数扩增的跨代表观遗传机制	研究主要基于果蝇模型，在高等生物中的普适性有待验证	探究生殖细胞中rDNA拷贝数维持的调控机制	雄性生殖干细胞(GSCs)和rDNA重复序列	分子遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
120	2025-08-10	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2024-Jan-20, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.01.18.24301478 PMID:38410450	研究论文	该研究通过整合全基因组关联研究和单细胞转录组学数据，揭示了精神疾病与人类大脑细胞类型及区域的关联	利用成人脑综合图谱，首次将精神疾病的SNP遗传力富集分析从单个细胞类型扩展到脑区，并揭示了精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症的特定神经元簇富集	研究依赖于人类脑图谱数据，可能受限于样本量和脑区覆盖范围	解码精神疾病的遗传基础与脑细胞类型及区域的关联	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症等精神疾病及智力、教育程度、神经质等性状	基因组学与神经科学	精神疾病	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞转录组学、功能磁共振成像(fMRI)	NA	基因组数据、转录组数据、脑成像数据	NA