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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-01-04 |
Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19
2024-07-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136
PMID:39018367
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研究论文 | 本研究通过比较临床PASC样本与小鼠模型的单细胞RNA测序数据,揭示了干扰素-γ是驱动急性COVID-19后呼吸系统后遗症的关键因素 | 首次在临床样本和动物模型中进行全面的比较单细胞分析,确定了IFN-γ信号轴在呼吸系统PASC中的核心作用,并通过功能实验验证了其致病机制 | 研究主要聚焦于呼吸系统后遗症,可能无法完全代表其他器官系统的PASC机制;动物模型与人类疾病的完全对应性存在局限 | 探究严重急性呼吸综合征冠状病毒2感染后急性后遗症(PASC)的病因和免疫机制 | 临床PASC患者的支气管肺泡灌洗液样本和PASC小鼠模型 | 单细胞组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 临床PASC样本和小鼠模型样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-01-04 |
Ultrasound Neuromodulation of an Anti-Inflammatory Pathway at the Spleen Improves Experimental Pulmonary Hypertension
2024-Jun-21, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323679
PMID:38712557
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研究论文 | 本研究探讨了通过无创聚焦超声刺激脾脏(sFUS)调节脾神经的抗炎神经免疫通路,以改善实验性肺动脉高压 | 首次将非侵入性聚焦超声神经调控应用于脾脏,通过调节抗炎通路改善肺动脉高压,并揭示了其剂量依赖性和持续效应 | 研究基于大鼠实验模型,尚未在人类中进行验证,且长期安全性和具体机制需进一步探索 | 研究sFUS通过神经免疫通路治疗肺动脉高压的疗效和机制 | 使用Sugen/缺氧和野百合碱模型诱导肺动脉高压的大鼠 | NA | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学、超声心动图 | NA | 基因表达数据、细胞计数数据、组织学图像、血流动力学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2026-01-02 |
Spatial, transcriptomic and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition
2024-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.04.01.486135
PMID:41427296
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研究论文 | 本研究通过多物种方法,结合空间转录组学和表观基因组学分析,揭示了背角神经元与慢性疼痛遗传易感性之间的关联 | 首次构建了包含恒河猴、人类和小鼠的综合单细胞图谱,并利用细胞分辨率空间转录组学绘制了物种保守神经元亚型的层状分布,发现了意外的组织模式 | 研究主要基于动物模型和体外数据,尚未在人类患者中进行直接验证,且非编码调控区域的机制解析仍需进一步功能实验 | 探究慢性疼痛遗传变异是否影响背角神经元的调控元件,以解析慢性疼痛的遗传基础 | 背角神经元,涉及恒河猴、人类和小鼠的脊髓组织 | 数字病理学 | 慢性疼痛 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,单核开放染色质测序 | NA | 转录组数据,表观基因组数据,空间分布数据 | 多物种样本(恒河猴、人类、小鼠),具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单核ATAC-seq | NA | NA |
| 104 | 2025-12-31 |
Exploring Cellular Heterogeneity: Single-Cell and Spatial Transcriptomics of Alzheimer Disease Brains and iPSC-Derived Microglia
2024-Oct-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5045715/v1
PMID:39483903
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学数据,揭示了阿尔茨海默病大脑中微胶质细胞的异质性及其与淀粉样斑块的空间分布关系 | 首次整合多队列、多脑区的单细胞与空间转录组学数据,系统绘制了微胶质细胞在阿尔茨海默病中的多样性图谱,并揭示了其状态与淀粉样斑块空间定位的特异性关联 | 研究主要基于转录组数据,功能验证相对有限;样本来源和脑区覆盖可能仍存在一定局限性 | 阐明阿尔茨海默病中微胶质细胞的转录状态异质性及其空间分布特征 | 实验模型和人类大脑中的微胶质细胞,包括阿尔茨海默病患者与对照样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据, 免疫染色图像 | 多队列、多脑区样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 105 | 2025-12-28 |
Failure of metabolic checkpoint control during late-stage granulopoiesis drives neutropenia in reticular dysgenesis
2024-Dec-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024123
PMID:39378586
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研究论文 | 本文研究了线粒体腺苷酸激酶2功能缺失导致网状发育不全的严重免疫缺陷综合征,揭示了代谢检查点在造血分化中的调控作用 | 通过结合患者单细胞转录组学和CRISPR模型,首次揭示了AK2缺陷在不同造血阶段对代谢检查点的影响差异,特别是在晚期粒细胞生成中导致代谢失衡的新机制 | 研究主要基于体外模型和患者样本,可能无法完全模拟体内复杂的造血微环境,且机制细节仍需进一步验证 | 探究代谢检查点在造血分化过程中维持代谢稳态的调控网络 | 网状发育不全患者样本和原代人造血干细胞CRISPR模型 | NA | 免疫缺陷综合征 | 单细胞转录组学, CRISPR基因编辑 | CRISPR模型 | 转录组数据 | 患者样本和原代细胞模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2025-12-28 |
Engineered extracellular vesicles enable high-efficient delivery of intracellular therapeutic proteins
2024-Oct-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae015
PMID:38518087
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研究论文 | 本文报告了一种基于细胞外囊泡的细胞内递送方法(IDEA),用于高效递送细胞内治疗蛋白,无需使用支架 | 提出IDEA方法,无需支架即可高效包装和递送原生蛋白质,避免了传统策略对货物稳定性和功能性的影响 | NA | 开发一种高效的细胞内递送系统,以扩展作用于细胞质或核靶点的蛋白质治疗 | 细胞外囊泡(EVs)作为递送载体,以及cGAS蛋白作为概念验证货物 | 生物医学工程 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个同基因肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2025-12-27 |
Practical considerations for machine learning-enabled discoveries in spatial transcriptomics
2024-Jun, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0050
PMID:41438128
|
综述 | 本文讨论了机器学习在空间转录组学数据分析中的实际应用考虑因素 | 强调了机器学习工具在空间转录组学中的集成应用,并提供了选择合适工具以解决特定生物学问题的启发式方法 | 未涉及具体实验验证或详细技术比较,主要聚焦于概念性指导 | 提升对空间分子模式在健康和疾病中过程的基本理解,并指导机器学习工具的选择与应用 | 空间转录组学数据及其分析 | 机器学习 | NA | 空间转录组学,多重免疫荧光 | NA | 空间分子成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 108 | 2025-12-24 |
Turncoat antibodies unmasked in a model of autoimmune demyelination: from biology to therapy
2024-Dec-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.623846
PMID:39677612
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了自身免疫性脑脊髓炎模型中产生致病性抗体的浆母细胞特性,并开发了一种新型抗体疗法来中和这些致病抗体 | 首次在EAE模型中发现分泌致病性抗体的滤泡外浆母细胞,并利用合成抗体8-18C5及其变体成功阻断致病抗体结合,为自身免疫性疾病提供了新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类MOGAD患者的验证数据有限,且抗体疗法的长期安全性和有效性需进一步评估 | 开发选择性中和致病性自身抗体的疗法,并深入理解自身免疫性脑脊髓炎模型中抗体反应的生物学特性 | 实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型和MOG抗体疾病(MOGAD)患者样本 | NA | 自身免疫性脱髓鞘疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-12-24 |
Spatial, transcriptomic, and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114876
PMID:39453813
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研究论文 | 本研究通过多物种方法,结合空间转录组学和表观基因组学分析,揭示了背角神经元在慢性疼痛遗传易感性中的作用 | 首次整合了猕猴、人类和小鼠的单核RNA测序数据,构建了物种保守的神经元亚型图谱,并利用空间转录组学确定了神经元亚型的精确层状位置,同时通过单核开放染色质图谱将慢性疼痛GWAS变异与神经元亚型特异性调控区域联系起来 | 研究主要基于动物模型(猕猴和小鼠),在人类样本中的直接验证有限,且慢性疼痛的遗传机制可能涉及更复杂的调控网络 | 探究慢性疼痛遗传易感性变异是否影响背角神经元的调控基因组学 | 背角神经元 | 数字病理学 | 慢性疼痛 | 单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学、单核开放染色质分析 | NA | 转录组数据、表观基因组数据、空间转录组数据 | 涉及猕猴、人类和小鼠的多物种数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单核RNA-seq、空间转录组学、单核开放染色质分析 | NA | NA |
| 110 | 2025-12-24 |
The MRAP2 accessory protein directly interacts with melanocortin-3 receptor to enhance signaling
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.06.622243
PMID:39574659
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研究论文 | 本文通过单分子下拉技术证实了MC3R与MRAP2的相互作用,并揭示了MRAP2如何增强MC3R信号传导,从而在能量稳态中发挥关键作用 | 首次使用单分子下拉技术确认MC3R与MRAP2的相互作用,并发现它们以1:1化学计量形成异二聚体,同时通过结构模型和突变分析揭示了关键相互作用残基 | 研究主要在HEK293细胞中进行,可能无法完全反映体内复杂环境,且功能分析集中于cAMP信号通路,其他信号途径的影响未全面探讨 | 探究MRAP2对MC3R信号传导的调节机制及其在能量稳态中的作用 | MC3R受体、MRAP2辅助蛋白及其在HEK293细胞和人类下丘脑神经元中的相互作用 | 分子生物学 | 肥胖症 | 单分子下拉技术、荧光光漂白分析、单核转录组学、空间转录组学、结构同源建模、丙氨酸诱变 | NA | 细胞实验数据、转录组数据、结构模型数据 | HEK293细胞系及人类下丘脑神经元样本 | NA | 单核转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2025-12-24 |
TrkA + sensory neurons regulate osteosarcoma proliferation and vascularization to promote disease progression
2024-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.20.599869
PMID:38979210
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研究论文 | 本研究揭示了表达TrkA的感觉神经元通过调节肿瘤微环境中的CGRP和VEGF信号通路,促进骨肉瘤的生长、血管化和疾病进展 | 首次发现肿瘤相关感觉神经元在骨肉瘤进展中具有超越痛觉感知的调控功能,并证实通过抑制TrkA或使用局麻药脂质体可破坏肿瘤神经支配,从而抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的多组学分析仍需进一步验证;临床转化潜力有待后续研究确认 | 探究感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控功能及其分子机制 | 骨肉瘤(OS)小鼠模型、人类骨肉瘤骨样本、人类背根神经节神经元 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学、多组学分析、化学遗传学方法 | NA | 转录组数据、多组学数据 | 转基因小鼠模型及人类样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2025-12-24 |
Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596749
PMID:38854073
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研究论文 | 本研究探讨了流体静压和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响,通过体外模型和转录组分析揭示了压力在血管发育和疾病中的协同作用 | 开发了体外模型以研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应,首次系统性地整合了流体静压与剪切应力在内皮细胞机械转导中的作用 | 研究主要基于体外模型,可能无法完全模拟体内复杂的血管环境;压力与剪切应力的相互作用机制仍需进一步探索 | 阐明流体静压和剪切应力在内皮细胞身份和功能中的综合作用,以更好地理解血管发育和疾病机制 | 人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育过程 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2025-12-22 |
Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block
2024-Dec-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203152
PMID:39628450
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了海胆胚胎中细胞在缺失微球细胞后的重编程过程,并发现信号时序对色素细胞恢复的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术实时追踪胚胎细胞在转命运过程中的基因调控状态转变,并揭示Delta信号在Nodal信号之前表达可克服重编程障碍 | 研究仅针对海胆胚胎模型,未验证其他动物胚胎中的普适性 | 探究胚胎调节性发育中细胞替代能力的分子机制 | 海胆胚胎细胞(特别是微球细胞缺失后的早期内胚层细胞) | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及多个时间点的海胆胚胎细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2025-12-18 |
Modifications of lipid pathways restrict SARS-CoV-2 propagation in human induced pluripotent stem cell-derived 3D airway organoids
2024-06, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2023.08.005
PMID:37557954
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研究论文 | 本研究利用人诱导多能干细胞衍生的3D气道类器官,揭示了脂质代谢途径的修饰如何通过影响ACE2受体的细胞内定位来限制SARS-CoV-2的传播 | 首次在模拟人类呼吸道生理的iPSC-AOs模型中,系统阐明了脂质代谢修饰(如他汀类药物)通过重定位ACE2受体来抑制多种SARS-CoV-2变异株进入和复制的机制 | 研究主要基于体外类器官模型,其在完全模拟体内复杂免疫环境和全身代谢相互作用方面存在局限 | 阐明脂质代谢修饰影响SARS-CoV-2感染的分子机制,探索针对宿主代谢的抗病毒替代策略 | 人诱导多能干细胞衍生的气道类器官(iPSC-AOs)及SARS-CoV-2病毒(包括野生型、Alpha、Delta、Omicron变异株) | 干细胞与类器官研究 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(ScRNAseq)、免疫荧光染色、生物信息学分析、假病毒实验 | 3D类器官模型 | 单细胞转录组数据、显微图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2025-12-17 |
Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG
2024-Dec-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5655066/v1
PMID:39764138
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ctSVG的计算方法,专门用于在单细胞分辨率下识别Visium HD空间转录组学数据中的细胞类型特异性空间可变基因 | 开发了ctSVG方法,能够准确地将Visium方格分配给细胞,并识别出细胞类型特异性的空间可变基因,这些基因与样本范围的空间可变基因或细胞类型标记基因重叠较少,揭示了新的生物学功能 | NA | 识别细胞类型特异性的空间可变基因,以更充分地利用空间位置信息 | Visium HD空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组学平台,单细胞分辨率 |
| 116 | 2025-12-17 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文提出了一种基于潜能概念的数学框架和算法,用于从单细胞谱系追踪数据中推断细胞分化图谱 | 引入潜能概念平衡细胞分化图谱复杂性与谱系树上未观察到的细胞类型转换之间的权衡,相比现有方法更准确地识别分化特征 | 未明确说明算法在更广泛生物系统或噪声数据中的泛化能力 | 推断细胞分化图谱以理解发育过程中的细胞层次结构 | 哺乳动物躯干发育和小鼠造血作用的细胞分化过程 | 机器学习 | NA | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞谱系追踪 | NA | NA |
| 117 | 2025-12-17 |
The transcriptome of CD14 + CD163 - HLA-DR low monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Sep-11, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.08.07.24311386
PMID:39211854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,发现CD14+CD163-HLA-DR低单核细胞的转录组特征与特发性肺纤维化(IPF)患者的死亡率增加相关 | 首次揭示了特定单核细胞亚群的转录组特征与IPF死亡率之间的关联,并开发了基于230个基因的评分算法来预测患者预后 | 样本量相对较小(初始队列仅18名参与者),且研究结果需要在更大规模的独立队列中进一步验证 | 确定与特发性肺纤维化(IPF)死亡率相关的免疫细胞特异性转录组特征 | 特发性肺纤维化(IPF)患者的外周血单核细胞(PBMC)、支气管肺泡灌洗液(BAL)和肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Cox回归模型、分子亚型评分算法(SAMS) | 转录组数据 | 初始队列18名参与者(包括IPF、COVID-19、COVID-19后间质性肺病和对照),验证队列416名IPF患者来自六个队列,独立验证数据集38名IPF患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-12-17 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-08-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析,构建了人类骨肉瘤的细胞组成和空间组织结构图谱 | 首次提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨率转录组学综合分析,构建了细胞元图谱来解析空间转录组数据,并识别了与化疗耐药相关的独特空间生态位 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 深入理解骨肉瘤的细胞组成、组织结构、功能状态及其对化疗的反应,为靶向治疗提供基础 | 人类骨肉瘤组织 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 119 | 2025-12-17 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 本研究利用海鞘Ciona模型,探索了心脏咽部祖细胞在发育过程中通过细胞周期驱动的转录组成熟获得多谱系能力的机制 | 揭示了转录组成熟过程,包括候选“成熟基因”如Rho GAP编码基因在G2晚期达到峰值,以及行为能力概念,通过多谱系启动和定向不对称分裂影响命运决定 | 研究基于海鞘模型,可能不直接适用于所有脊椎动物系统,且功能验证可能有限 | 探究多谱系能力的获得以及命运决定与细胞周期进程之间的耦合机制 | 心脏咽部祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2025-12-14 |
Supervised Screening of EGFR Inhibitors Validated through Computational Structural Biology Approaches
2024-Dec-12, ACS medicinal chemistry letters
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00385
PMID:39691517
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据与机器学习方法,筛选并验证了针对乳腺癌中EGFR过表达的有效抑制剂 | 结合多组学数据(CCLE、GDSC、scRNA-seq)与机器学习相似性搜索,并通过计算结构生物学方法验证候选化合物的分子相互作用和构象动力学 | 研究主要基于计算和体外数据,缺乏体内实验验证和临床前模型评估 | 识别和验证针对乳腺癌EGFR过表达的有效治疗化合物 | 乳腺癌细胞系数据、ChEMBL数据库中的化合物 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习建模 | 支持向量机(SVM)、人工神经网络(ANN)、随机森林(RF) | 多组学数据(基因表达、药物敏感性)、化学化合物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |