单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-12-20	Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing 2024-Dec-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08334-8 PMID:39695234	研究论文	本文构建了一个空间分辨的单细胞转录组脑图谱，并开发了空间衰老时钟模型，用于研究脑衰老过程中的细胞邻近效应	首次通过空间转录组学技术揭示了T细胞和神经干细胞在脑衰老中的邻近效应，并提出了潜在的干预靶点	研究仅限于两个干预措施（运动和部分重编程），且样本量相对较小	研究脑衰老过程中细胞间的相互作用及其对组织衰老的影响	成年生命周期中不同年龄段的脑细胞及其在运动和部分重编程干预下的变化	单细胞组学	神经退行性疾病	空间转录组学	机器学习模型	转录组数据	420万细胞，来自20个不同年龄段和两个干预措施
102	2024-12-20	A single-cell mass cytometry-based atlas of the developing mouse brain 2024-Dec-18, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01786-1 PMID:39695302	研究论文	本文通过基于质谱流式细胞术的单细胞图谱，研究了小鼠发育脑中不同细胞系的分子变化	首次通过质谱流式细胞术对发育中小鼠脑的单细胞蛋白质丰度进行了表征，并展示了蛋白质水平测量在识别功能性细胞状态中的价值	NA	填补单细胞蛋白质丰度在发育脑中未被表征的空白	小鼠发育脑中的单细胞蛋白质丰度	数字病理学	NA	质谱流式细胞术	NA	单细胞数据	24,290,787个细胞，来自C57/BL6小鼠的胚胎期和新生期样本，每个样本有2到4个生物学重复
103	2024-12-20	Prion protein regulates invasiveness in glioblastoma stem cells 2024-Dec-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13285-4 PMID:39695426	研究论文	本文研究了朊蛋白（PrPC）在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性的影响	首次揭示了PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤迁移、增殖和自我更新等关键肿瘤进展途径的调控作用	研究主要基于体外实验和基因组数据分析，缺乏体内实验验证	探讨PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性和增殖的影响	胶质母细胞瘤干细胞及其朊蛋白表达	数字病理学	脑肿瘤	CRISPR-Cas9技术、RNA测序、免疫荧光、Western blot、流式细胞术、Transwell实验、生长曲线实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	U87和U251胶质母细胞瘤细胞系，以及来自TCGA和Broad Institute的单细胞数据
104	2024-12-20	Vitamin D binding protein and receptor prevalence in a large population with periodontitis: single nucleotide polymorphism and transcriptomic profiling 2024-Dec-18, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-024-05227-0 PMID:39695565	研究论文	本文研究了维生素D结合蛋白（VDBP）和受体（VDR）基因在牙周炎患者中的单核苷酸多态性（SNP）及其转录组表达情况	首次通过大规模人群样本和转录组分析，揭示了VDR和VDBP基因的SNP与慢性牙周炎（CP）易感性的关系	研究仅分析了部分SNP位点，未涵盖所有可能的相关位点，且样本量有限	探讨VDR和VDBP基因的SNP及其转录组表达与慢性牙周炎易感性的关系	600名受试者（包括307名慢性牙周炎患者和293名健康对照）的基因组DNA和牙龈组织的转录组数据	NA	牙周炎	单核苷酸多态性检测（MassARRAY系统），转录组测序	回归分析模型	基因组数据，转录组数据	600名受试者（307名慢性牙周炎患者，293名健康对照）
105	2024-12-20	Intestinal metaplasia key molecules and UPP1 activation via Helicobacter pylori /NF-kB: drivers of malignant progression in gastric cancer 2024-Dec-18, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03598-6 PMID:39695769	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序分析，研究了胃癌发展过程中的分子和细胞动态变化	首次构建了详细的单细胞图谱，揭示了胃上皮细胞在肠化生过程中获得类肠干细胞表型的现象，并发现了UPP1作为关键癌基因在胃癌进展中的作用	研究仅限于胃窦黏膜活检样本，未涵盖其他部位的胃黏膜	揭示胃癌发生过程中分子和细胞的动态变化，探索癌前病变的关键分子	胃窦黏膜的单细胞RNA测序数据，涵盖非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、肠化生和早期胃癌等多个阶段	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	26,028个高质量的胃窦黏膜细胞
106	2024-12-20	Application of Single-Cell Genomics to Animal Models of Periodontitis and Peri-Implantitis 2024-Dec-18, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14093 PMID:39695834	综述	本文综述了单细胞基因组学技术在牙周炎和种植体周围炎动物模型中的应用	通过单细胞RNA测序（scRNAseq）揭示了牙周炎和种植体周围炎中的细胞异质性和特定细胞作用，克服了传统批量RNA测序的局限性	目前研究主要集中在动物模型上，尚未广泛应用于临床实践	旨在整合单细胞基因组学技术与牙周炎和种植体周围炎的动物模型，以深入理解疾病发病机制并推动精准治疗的发展	牙周炎和种植体周围炎的动物模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因组数据	动物模型
107	2024-12-20	Spall: accurate and robust unveiling cellular landscapes from spatially resolved transcriptomics data using a decomposition network 2024-Dec-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-06003-1 PMID:39695962	研究论文	本文提出了一种名为Spall的新型分解网络，用于从空间转录组数据中准确推断细胞类型比例，并揭示细胞分布模式	Spall引入了GATv2模块，采用灵活的动态注意力机制来捕捉spots之间的关系，并结合跳跃连接以减少细胞特异性信息的丢失，从而提高了对稀有细胞类型的预测能力	NA	解决现有计算方法在细胞分布的空间连续性与细胞特异性特征保留之间的平衡问题	空间转录组数据中的细胞分布模式	机器学习	胰腺导管腺癌	空间转录组学	分解网络	转录组数据	多个数据集，包括人类胰腺导管腺癌样本、小鼠大脑皮层和小鼠小脑样本
108	2024-12-20	New insights into the role of mitophagy related gene affecting the metastasis of osteosarcoma through scRNA-seq and CRISPR-Cas9 genome editing 2024-Dec-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01989-w PMID:39696352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，探讨了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤转移中的作用	首次通过整合单细胞测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，识别出与骨肉瘤转移相关的线粒体自噬关键基因，并构建了预测患者预后的mitophagy_score模型	研究主要集中在细胞和动物实验层面，尚未在临床试验中验证这些发现	揭示线粒体自噬在骨肉瘤转移过程中的作用，并开发相关的预后模型和治疗策略	骨肉瘤细胞中的线粒体自噬相关基因及其在转移中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	单细胞RNA测序数据、批量测序数据	数百个配体-受体相互作用、细胞生物学实验和动物研究
109	2024-12-20	Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data 2024-Dec-18, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02085-8 PMID:39696422	研究论文	本文提出了一种新的RNA速度估计方法VeloVGI，通过多批次网络处理批次效应，改进了单细胞RNA测序数据的细胞发育轨迹推断	VeloVGI通过最优传输（OT）和互最近邻（MNN）方法构建批次数据的邻居关系，并结合图结构到编码器中以提高特征提取效果，从而克服了现有方法受批次效应影响的局限性	NA	改进RNA速度估计方法，解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题	单细胞RNA测序数据中的RNA速度估计	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	包括小鼠脊髓和嗅球组织以及多个公共数据集
110	2024-12-20	Spatial transcriptome profiling identifies DTX3L and BST2 as key biomarkers in esophageal squamous cell carcinoma tumorigenesis 2024-Dec-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01422-4 PMID:39696540	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定了关键的生物标志物DTX3L和BST2	首次通过数字空间分析（DSP）和单细胞空间转录组学（SMI）技术，系统性地研究了ESCC从正常组织到癌变的分子和免疫特征，并发现了与ESCC进展相关的关键生物标志物DTX3L和BST2	研究样本量较小，且主要集中在早期ESCC（pT1）患者，可能无法完全代表所有ESCC患者的特征	揭示食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定临床上有意义的生物标志物	食管鳞状细胞癌（ESCC）的转录和免疫变化，以及相关的生物标志物	数字病理学	食管癌	数字空间分析（DSP）、单细胞空间转录组学（SMI）、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	11名早期ESCC（pT1）患者和4名pT1 ESCC患者的单细胞空间转录组数据，以及20名pT1 ESCC患者的免疫组化分析
111	2024-12-20	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Dec-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	本文研究了BDNF增强剂对颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的逆转作用	首次在颅脑放射治疗模型中验证了Riluzole（RZ）通过增加BDNF水平来逆转认知功能下降和神经退行性后果	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Riluzole对颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的影响	颅脑放射治疗后的成年小鼠	NA	脑癌	空间转录组学分析	NA	基因表达数据	颅脑放射治疗后的成年小鼠模型
112	2024-12-20	Age-Dependent Bi-Phasic Dynamics of Ly49+CD8+ Regulatory T Cell Population 2024-Dec-18, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14461 PMID:39696807	研究论文	研究探讨了年龄依赖的Ly49+CD8+调节性T细胞群体的双相动态变化	首次在衰老背景下研究了非冗余的Foxp3CD8调节性T细胞，并发现了其在小鼠和人中的双相动态变化模式	研究主要基于小鼠和人类外周血单核细胞，未涉及其他物种或组织	探讨年龄对CD8调节性T细胞群体的影响及其在免疫调节和衰老中的作用	小鼠和人类外周血单核细胞中的CD8调节性T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类外周血单核细胞样本
113	2024-12-20	Cycling alpha cells in regenerative drug-treated human pancreatic islets may serve as key beta cell progenitors 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101832 PMID:39626675	研究论文	本文研究了在DYRK1A抑制剂治疗下的人胰腺胰岛中，循环α细胞可能作为β细胞前体细胞的作用	首次通过单细胞RNA测序发现循环α细胞对DYRK1A抑制剂最为敏感，并可能通过转分化成为β细胞	研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证其有效性	探索恢复糖尿病患者β细胞数量的新方法	人胰腺胰岛中的循环α细胞和β细胞	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	人胰腺胰岛样本
114	2024-12-20	Miltefosine reinvigorates exhausted T cells by targeting their bioenergetic state 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101869 PMID:39657666	研究论文	本文研究了米替福新通过靶向生物能量状态来重新激活耗竭的T细胞	本文首次发现米替福新能够通过非PD-1/PD-L1依赖的方式恢复CAR-T细胞的功能，并在终末期耗竭状态下增强CAR-T细胞的活性	本文主要在体外和小鼠模型中验证了米替福新的效果，尚未在临床试验中进行验证	研究如何通过药物恢复耗竭T细胞的功能，以提高免疫检查点抑制剂和CAR-T细胞疗法的疗效	耗竭的T细胞和CAR-T细胞	免疫学	NA	单细胞测序	NA	细胞	涉及同种异体和同基因的肿瘤模型
115	2024-12-20	A prognostic molecular signature of hepatic steatosis is spatially heterogeneous and dynamic in human liver 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101871 PMID:39657669	研究论文	本文通过整合临床表型和结果、循环蛋白质组学和组织转录组学，识别出与肝脂肪变性相关的动态功能生物标志物	本文创新性地利用多模态成像和广泛的蛋白质组学分析，识别出与肝脂肪变性进展相关的蛋白质，并展示了这些转录本在空间转录组学中的差异表达	NA	识别与肝脂肪变性相关的动态功能生物标志物	肝脂肪变性及其在人类肝脏中的空间异质性和动态变化	数字病理学	代谢性疾病	蛋白质组学、转录组学	NA	蛋白质、转录本	NA
116	2024-12-20	Elaiophylin targets EIF4B to suppress the growth of esophageal squamous cell carcinoma via the PI3K/AKT signaling pathway 2024-Dec-16, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217401 PMID:39694222	研究论文	本研究探讨了elaiophylin在食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞中的作用，发现其通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制ESCC细胞的增殖和促进凋亡	首次报道了elaiophylin在食管癌中的作用，并揭示了其通过EIF4B/PI3K/AKT信号通路抑制ESCC细胞增殖的机制	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床试验数据支持	探讨elaiophylin在食管鳞状细胞癌中的作用及其机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	NA	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 磷酸化抗体阵列, 基因本体论和京都基因与基因组百科全书分析	NA	基因表达数据	体外和体内实验涉及的ESCC细胞样本
117	2024-12-20	Single-cell RNA sequencing of chronic idiopathic erythroderma defines disease-specific markers 2024-Dec-16, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.037 PMID:39694280	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了慢性特发性红皮病的分子特征，并定义了疾病特异性标志物	发现了慢性特发性红皮病中独特的CD8A+KLRK1+ T细胞克隆扩增模式，以及MHC II基因在角质形成细胞和成纤维细胞中的上调，这些特征与其他形式的红皮病不同	研究样本量较小，仅包括5名慢性特发性红皮病患者，可能影响结果的普遍性	建立慢性特发性红皮病的分子疾病图谱，以提高对该疾病的病理理解并发现潜在的治疗靶点	慢性特发性红皮病患者的血液和皮肤样本，以及红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤、中重度特应性皮炎、银屑病和健康对照个体的样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	RNA	5名慢性特发性红皮病患者，8名红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤患者，15名中重度特应性皮炎患者，10名银屑病患者，20名健康对照个体
118	2024-12-20	Increased lamina propria B cells play roles in fructose-induced hypertension of Dahl salt-sensitive rats 2024-Dec-14, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123314 PMID:39675553	研究论文	研究探讨了Dahl盐敏感大鼠中果糖诱导的高血压与肠黏膜固有层B细胞增加之间的关系	首次通过单细胞RNA测序分析了肠黏膜固有层细胞和外周血单核细胞在果糖诱导的高血压中的作用，发现肠黏膜固有层B细胞的增加与果糖诱导的高血压有关	研究仅限于Dahl盐敏感和盐抵抗大鼠，未探讨其他动物模型或人类中的情况	探讨果糖诱导的高血压与肠黏膜固有层B细胞增加之间的关系	Dahl盐敏感和盐抵抗大鼠的肠黏膜固有层细胞和外周血单核细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	8周龄的Dahl盐敏感和盐抵抗雄性大鼠，每组分为四组，每组接受自来水或20%果糖溶液4周
119	2024-12-20	Early downmodulation of tumor glycolysis predicts response to fasting-mimicking diet in triple-negative breast cancer patients 2024-Dec-14, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2024.11.004 PMID:39694040	研究论文	研究探讨了模拟禁食饮食（FMD）在三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的抗肿瘤效果及机制	首次展示了FMD结合术前化疗在早期TNBC患者中的显著病理完全缓解率和长期临床结果，并通过RNA测序揭示了肿瘤糖酵解途径的早期下调	研究样本量较小，需要更大规模的临床试验来验证结果	评估FMD在早期TNBC患者中的抗肿瘤效果及潜在机制	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤细胞	NA	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA	30名早期三阴性乳腺癌患者
120	2024-12-20	Smooth muscle cell-specific CD47 deletion suppresses atherosclerosis 2024-Dec-13, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123315 PMID:39675550	研究论文	研究探讨了平滑肌细胞特异性CD47缺失对动脉粥样硬化的抑制作用	首次报道了CD47在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞表型的关键作用，并发现平滑肌细胞特异性CD47缺失可抑制动脉粥样硬化	研究主要集中在小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨平滑肌细胞CD47信号在调节平滑肌细胞表型和动脉粥样硬化中的作用	平滑肌细胞、动脉粥样硬化病变、CD47和TSP1信号通路	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、分子生物学技术	NA	基因表达数据	包括人类和小鼠的动脉粥样硬化血管组织和平滑肌细胞