单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1161	2025-03-16	Single-cell, spatial, and fate-mapping analyses uncover niche dependent diversity of cochlear myeloid cells 2024-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621184 PMID:39554030	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱和联体共生实验，揭示了小鼠耳蜗中五种髓系细胞的存在，包括三种组织驻留巨噬细胞亚群，并探讨了它们在耳蜗不同区域的特定功能	首次揭示了耳蜗中巨噬细胞的基因表达、空间分布、起源和功能的独特异质性，特别是在感觉器官中的巨噬细胞研究方面填补了空白	研究主要集中在小鼠模型上，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨耳蜗中髓系细胞的多样性和功能，特别是巨噬细胞在耳蜗微环境中的作用	小鼠耳蜗中的髓系细胞，特别是组织驻留巨噬细胞	单细胞组学	NA	单细胞转录组学、命运图谱、联体共生实验	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠耳蜗组织
1162	2025-03-16	Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders 2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021 PMID:39098508	研究论文	本文通过空间转录组学技术研究了非感染性（炎症性）皮肤肉芽肿疾病的免疫激活模式	首次在空间分辨率上揭示了皮肤肉芽肿疾病中免疫激活的空间组织和差异	未明确提及研究的样本量限制或技术局限性	理解皮肤肉芽肿疾病中的空间基因表达特征	皮肤肉芽肿疾病（包括皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质坏死性肉芽肿和坏死性黄色肉芽肿）	数字病理学	皮肤疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及样本量
1163	2025-03-16	SDePER: a hybrid machine learning and regression method for cell-type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data 2024-Oct-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03416-2 PMID:39402626	研究论文	本文提出了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积	SDePER方法解决了ST数据和scRNA-seq数据之间的平台效应，确保它们之间的线性关系，同时处理捕获点间细胞类型的稀疏性和空间相关性	未明确提及具体局限性	提高基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积精度和鲁棒性	基于空间条形码的转录组数据和参考单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合机器学习和回归方法	转录组数据	模拟数据和四个真实数据集
1164	2025-03-01	Single-cell RNA sequencing data identify a conserved population of metallothionein-expressing macrophages that may be ubiquitous in vital human organs 2024-Oct, Clinical and translational discovery DOI:10.1002/ctd2.348 PMID:40018369	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1165	2025-03-16	Teplizumab induces persistent changes in the antigen-specific repertoire in individuals at risk for type 1 diabetes 2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177492 PMID:39137044	研究论文	本文研究了Teplizumab对1型糖尿病高危人群抗原特异性库的长期影响	首次揭示了Teplizumab在1型糖尿病高危人群中诱导操作耐受性的长期效果，包括T细胞的激活、耗竭和调节过程	研究样本量有限，且未涉及Teplizumab对其他免疫细胞类型的影响	探讨Teplizumab对1型糖尿病高危人群的长期免疫调节效果	1型糖尿病高危人群的外周血CD8+ T细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	研究参与者，具体数量未明确
1166	2025-03-16	CTHRC1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages synergistically contribute to pro-tumorigenic tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68109-z PMID:39075108	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，特别是SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞的协同作用	通过单细胞和空间转录组学技术，首次揭示了SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞在PDAC肿瘤微环境中的协同作用及其对预后的影响	研究主要基于转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，以寻找潜在的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1167	2025-03-16	Intestinal strictures in Crohn's disease: An update from 2023 2024-07, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12568 PMID:38546434	综述	本文提供了2023年关于克罗恩病肠道狭窄的最新进展的全面回顾	介绍了单细胞测序等新技术，以及血清生物标志物和新型横断面成像技术等非侵入性诊断工具	未知的发病机制、缺乏普遍接受的标准以及缺乏有效的管理方法仍然是未解决的挑战	旨在提供关于纤维化的前沿信息，并为研究人员和临床医生在肠道狭窄领域取得更大进展奠定基础	克罗恩病患者的肠道狭窄	NA	克罗恩病	单细胞测序	NA	NA	NA
1168	2025-03-16	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	本文介绍了NS-Forest 4.0及其配套Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因	NS-Forest 4.0通过模块化最终决策树步骤，能够比较用户定义标记基因与NS-Forest计算得出的标记基因的性能，并引入了On-Target Fraction指标来量化标记基因的特异性	NA	研究目的是从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因	研究对象是单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机森林	RNA测序数据	数百万个细胞
1169	2025-03-15	Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Dec, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00562-5 PMID:39567770	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了Tgfbr1 LDS小鼠主动脉中血管平滑肌细胞的异质性，以确定主动脉根部易感性增加的分子决定因素	首次发现Gata4表达的血管平滑肌细胞在主动脉根部表现出较少分化和促炎性特征，并通过实验证明Gata4缺失可以减少LDS小鼠的主动脉根部扩张	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探讨Loeys-Dietz综合征（LDS）中主动脉根部易感性增加的分子机制	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞	生物医学	Loeys-Dietz综合征	单细胞转录组学	小鼠模型	RNA测序数据	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞
1170	2025-03-15	Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC PMID:38924775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了纤维化过敏性肺炎（FHP）中的新型免疫扰动	首次在单细胞分辨率下揭示了FHP中的免疫异常，包括未描述过的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加	样本来源仅限于美国和墨西哥的患者，可能限制了结果的普遍性	阐明FHP中的免疫异常机制	纤维化过敏性肺炎（FHP）患者、特发性肺纤维化（IPF）患者、非纤维化过敏性肺炎患者及健康对照	数字病理学	肺病	单细胞5' RNA测序	Seurat, DoRothEA-VIPER, Monocle3, Velocyto-scVelo-CellRank	RNA测序数据	45名FHP患者、63名IPF患者、4名非纤维化过敏性肺炎患者及36名健康对照，共501,534个外周血单核细胞和88,336个BAL细胞
1171	2025-03-15	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究探讨了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的重要作用	揭示了肠道菌群失调与CFLD发病的直接关联，并提出了通过恢复肠道CFTR功能或调节菌群来预防或减轻肝病的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床验证	研究囊性纤维化相关肝病（CFLD）的发病机制，特别是肠道-肝脏轴的作用	野生型（WT）、全身性Cftr敲除（CFTR-KO）和肠道校正（CFTR-KO-GC）小鼠	NA	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、FITC-葡聚糖测定	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、微生物组数据	野生型、CFTR-KO和CFTR-KO-GC小鼠
1172	2025-03-15	Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC PMID:38717443	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了IPF患者外周血细胞群的变化，揭示了与疾病进展相关的免疫异常	样本量相对较小，且未探讨这些免疫变化的具体机制	研究特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化，以揭示与疾病进展相关的免疫异常	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	肺纤维化	10× chromium 5' 单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	25名IPF患者和13名对照者的38个PBMC样本，共149,564个细胞
1173	2025-03-15	Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110353 PMID:39055935	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化	首次在细胞水平上识别了寨卡病毒感染后埃及伊蚊中肠的12个不同细胞群，并发现病毒主要存在于特定的肠上皮细胞和肠内分泌细胞中	研究仅关注了寨卡病毒感染后的中肠细胞变化，未涉及其他组织或器官	研究寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化及其对代谢、信号传导和免疫反应的影响	埃及伊蚊中肠细胞	生物信息学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	寨卡病毒感染后的埃及伊蚊中肠细胞
1174	2025-03-15	nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265 PMID:39058741	研究论文	本文介绍了nf-core/airrflow，一个用于自适应免疫受体库分析的工作流，集成了Immcantation框架，用于处理B细胞和T细胞受体序列数据	开发了nf-core/airrflow工作流，解决了现有工具在样本并行化、可扩展性和高性能计算基础设施上的局限性	NA	开发一个高效的自适应免疫受体库分析工作流，以支持大规模AIRR-seq数据的处理	B细胞和T细胞受体序列数据	生物信息学	传染病、自身免疫疾病、癌症	AIRR-seq	NA	测序数据	97名COVID-19感染者和99名健康对照者，包括批量测序和单细胞测序数据集
1175	2025-03-15	Noninvasive assessment of the lung inflammation-fibrosis axis by targeted imaging of CMKLR1 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9817 PMID:38896611	研究论文	本文验证了CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的准确性，并探讨了其在特发性肺纤维化（IPF）患者中的应用	通过单细胞RNA测序数据集分析，发现CMKLR1在特发性肺纤维化患者中单核细胞来源的巨噬细胞（MDMφ）中表达，并验证了其在肺纤维化小鼠模型中的靶向成像潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	探索CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的潜力，用于特发性肺纤维化的风险分层和治疗监测	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描（PET）	小鼠模型	RNA测序数据、成像数据	特发性肺纤维化患者和小鼠模型
1176	2025-03-15	Dupilumab-associated head and neck dermatitis shows a pronounced type 22 immune signature mediated by oligoclonally expanded T cells 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46540-0 PMID:38565563	研究论文	本文研究了dupilumab治疗特应性皮炎（AD）时出现的头颈部皮炎（DAHND）的免疫特征，通过单细胞RNA测序分析揭示了其与未治疗的AD和健康皮肤的区别	首次通过单细胞RNA测序揭示了dupilumab相关头颈部皮炎的免疫特征，特别是寡克隆扩增的T细胞中IL22相关标志物的显著增加	研究样本量有限，且未探讨dupilumab对其他类型皮炎的影响	探讨dupilumab治疗特应性皮炎时出现的头颈部皮炎的免疫机制	dupilumab相关头颈部皮炎（DAHND）患者、未治疗的AD患者和健康对照者的皮肤样本	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1177	2025-03-15	Single-cell Transcriptomics Reveals Activation of Macrophages in All-trans Retinoic Acid (atRA)-induced Cleft Palate 2024 Jan-Feb 01, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000009782 PMID:38049149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地捕捉了全反式维甲酸（atRA）暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭的细胞组成，揭示了atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活	首次使用单细胞RNA测序技术揭示atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活及其相关基因和信号通路	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	研究atRA暴露对腭组织发育的影响，为腭裂的诊断提供见解	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭	数字病理学	腭裂	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭样本
1178	2025-03-15	Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384 PMID:38827745	研究论文	本文研究了TLR9信号在细菌性腹膜炎期间对CD55lo纤维网状细胞（FRCs）免疫调节功能的影响	首次发现TLR9信号在CD55lo FRCs中的主导表达及其对细胞增殖、细胞因子产生和视黄醇代谢的抑制作用	研究主要集中于小鼠模型，人类样本的研究较少	探讨TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在腹膜炎治疗中的潜在应用	小鼠和人类脂肪组织来源的纤维网状细胞（FRCs）	免疫学	腹膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类脂肪组织样本
1179	2025-03-14	Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair 2024-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00555-4 PMID:39455836	研究论文	本文研究了糖蛋白非转移性黑色素瘤蛋白B（GPNMB）在心肌梗死后的心脏修复中的作用	首次揭示了骨髓来源的巨噬细胞是损伤心脏中GPNMB的主要来源，并发现GPNMB通过GPR39信号通路在心脏修复中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨GPNMB在心肌梗死后的心脏损伤和功能中的作用	人类和小鼠的心脏组织	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学	遗传功能缺失模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1180	2025-03-14	Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.17.599411 PMID:38948715	研究论文	本文研究了特发性肺纤维化（IPF）中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制，揭示了细胞连接成分的下调、上皮-间质转化特征的上升以及基底膜基质的失调	首次描述了IPF患者中远端细支气管上皮细胞脱屑的病理现象，并通过空间转录组学和空间蛋白质组学揭示了其机制	研究样本量未明确说明，且未涉及其他类型肺纤维化的比较	探讨特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制及其对疾病进展的影响	特发性肺纤维化患者和健康对照者的远端细支气管上皮细胞和基底膜	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明