单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7461 篇文献，本页显示第 1141 - 1160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1141 | 2025-10-05 |
Refined and benchmarked homemade media for cost-effective, weekend-free human pluripotent stem cell culture
2024, Open research Europe
DOI:10.12688/openreseurope.18245.2
PMID:41040810
|
研究论文 | 本研究开发并评估了两种自制无周末培养基B8+和hE8，用于人类多能干细胞培养 | 优化了B8培养基配方使其适用于常氧培养，并使用商业可得的生长因子提高了可重复性 | B8+培养基存在谱系启动效应，可能影响分化结果 | 开发成本效益高、实用且可重复的人类多能干细胞培养方法 | 人类多能干细胞（hPSCs），包括WTC11人诱导多能干细胞系和H1、H9人胚胎干细胞系 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多个人类多能干细胞系（WTC11、H1、H9） | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1142 | 2025-10-05 |
Synergy Between NK Cells and Monocytes in Potentiating Cardiovascular Disease Risk in Severe COVID-19
2024-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321085
PMID:38989579
|
研究论文 | 本研究探讨了单核细胞和自然杀伤细胞在严重COVID-19患者心血管疾病风险增加中的协同作用机制 | 首次揭示了NK细胞通过激活增强单核细胞源性巨噬细胞对氧化低密度脂蛋白的摄取，阐明了两种免疫细胞在COVID-19相关心血管风险中的协同作用机制 | 样本量相对有限（严重组31例，康复组29例，对照组17例），主要关注严重COVID-19患者 | 研究严重COVID-19期间免疫细胞改变及其与心血管疾病风险的关联 | 严重COVID-19患者、康复患者和未感染SARS-CoV-2的对照人群 | 免疫学 | 心血管疾病 | 光谱流式细胞术、单细胞转录组分析、体外实验 | NA | 流式细胞数据、转录组数据、血浆生物标志物数据 | 严重COVID-19患者31例，康复患者29例，未感染对照17例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1143 | 2025-10-05 |
IRG1/ACOD1 promotes neutrophil reverse migration and alleviates local inflammation
2024-Oct-01, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae110
PMID:38713770
|
研究论文 | 本研究揭示了IRG1/ACOD1通过降低中性粒细胞表面ICAM-1表达促进其反向迁移并缓解局部炎症的机制 | 首次发现IRG1/ACOD1通过调控ICAM-1与Cd11a的结合促进中性粒细胞反向迁移，揭示了炎症消退的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究中性粒细胞反向迁移的分子机制及其在炎症中的作用 | 中性粒细胞（PMN）及其反向迁移现象 | 免疫学 | 急性肺部炎症 | 单细胞RNA测序，基因敲除，体内追踪 | NA | 基因表达数据，细胞迁移数据 | 小鼠炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1144 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-sequencing of human eosinophils in allergic inflammation in the esophagus
2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.029
PMID:38871184
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术深入分析了嗜酸性粒细胞在食管过敏炎症中的转录组特征和生物学功能 | 首次在单细胞水平揭示食管嗜酸性粒细胞存在两种不同功能状态的亚群，并发现其表达多种感应受体和炎症介质的特征 | 样本量相对有限（12名个体），且主要关注转录组水平，需要进一步功能验证 | 全面表征人类嗜酸性粒细胞在食管过敏炎症中的转录组和生物学功能 | 嗜酸性粒细胞在嗜酸性食管炎(EoE)患者中的表达特征 | 单细胞组学 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫染色, 刺激试验 | NA | 单细胞转录组数据 | 586个嗜酸性粒细胞（来自12名个体：6名患者血液，6名患者食管） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于重力的单细胞RNA测序方法 |
| 1145 | 2025-10-05 |
VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition
2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024
PMID:39116349
|
研究论文 | 本研究揭示了VCAM-1在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中介导近端肾小管与免疫细胞相互作用导致修复失败的机制 | 首次证实VCAM-1通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞的相互作用，促进AKI向CKD转变 | 主要基于体外细胞实验和动物模型，临床验证仍需进一步研究 | 探究VCAM-1在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中促进修复失败的作用机制 | 近端肾小管细胞、免疫细胞、小鼠模型、人类AKI和CKD患者样本 | 肾脏病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析、细胞培养 | NA | 转录组数据、蛋白质数据、细胞实验数据 | AKI和CKD患者样本、小鼠模型、原代培养肾细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1146 | 2025-10-05 |
Imaging macular carotenoids and their related proteins in the human retina with confocal resonance Raman and fluorescence microscopy
2024-Oct, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.110043
PMID:39151780
|
研究论文 | 利用共聚焦共振拉曼和荧光显微镜研究人视网膜黄斑区类胡萝卜素及其相关蛋白的分布 | 首次结合共振拉曼显微镜的荧光和拉曼模式，系统研究12种已知黄斑类胡萝卜素相关蛋白在人视网膜黄斑区的空间分布 | 蛋白质具体作用机制尚未完全阐明，样本量有限 | 探究黄斑类胡萝卜素相关蛋白在黄斑形成中的作用 | 人视网膜黄斑区及视网膜色素上皮细胞 | 生物医学成像 | 眼科疾病 | 共聚焦共振拉曼显微镜，荧光显微镜，Western blot，单细胞RNA测序 | NA | 图像，蛋白质表达数据，基因表达数据 | 未明确样本数量的人视网膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1147 | 2025-10-05 |
CCKBR+ cancer cells contribute to the intratumor heterogeneity of gastric cancer and confer sensitivity to FOXO inhibition
2024-Oct, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01360-z
PMID:39164456
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了胃癌中CCKBR+干细胞样癌细胞的存在及其与不良预后的关联，并发现FOXO-sialyltransferase轴在维持这些细胞稳态中的关键作用 | 首次鉴定CCKBR+干细胞样癌细胞在胃癌异质性中的作用，揭示FOXO-sialyltransferase轴调控机制，为靶向治疗提供新视角 | 样本量相对有限（5例患者进行单细胞测序），需要更大规模研究验证 | 探究胃癌肿瘤异质性机制及CCKBR+癌细胞的生物学特性 | 胃腺癌患者肿瘤组织中的恶性上皮细胞 | 单细胞生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, CUT&Tag测序, Lectin pulldown | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 5例胃腺癌患者进行单细胞测序，40个样本进行靶向分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1148 | 2025-10-05 |
Gene inactivation of lysyl oxidase in smooth muscle cells reduces atherosclerosis burden and plaque calcification in hyperlipidemic mice
2024-10, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究探讨了平滑肌细胞中赖氨酰氧化酶失活对高脂血症小鼠动脉粥样硬化负担和斑块钙化的影响 | 首次在平滑肌细胞特异性敲除Lox基因模型中揭示LOX通过FAK/β-连环蛋白信号轴调控动脉粥样硬化斑块钙化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 研究LOX在控制动脉粥样硬化发生和血管平滑肌细胞成骨分化中的作用机制 | 高脂血症条件性基因敲除小鼠和野生型小鼠的原代主动脉平滑肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光，基因敲除技术 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，蛋白质水平数据，组织学数据 | Loxf/fMyh11-CreERT2ApoE-/-条件敲除小鼠和Loxwt/wtMyh11-CreERT2ApoE/-对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1149 | 2025-10-05 |
FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02415-2
PMID:39266749
|
研究论文 | 提出一种名为FICTURE的无分割空间因子分析方法，用于分析亚微米分辨率空间转录组数据 | 开发了首个可扩展至全转录组分析的无分割空间因子推断方法，能够处理数十亿个亚微米分辨率空间坐标数据 | 未提及具体的数据验证范围或与其他方法的全面比较 | 解决高分辨率空间转录组数据分析中的细胞分割难题 | 空间转录组数据，特别是血管、纤维化、肌肉和脂质富集区域的组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 多层狄利克雷模型的随机变分推断 | 空间坐标数据，基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 兼容测序基和成像基空间转录组数据 |
| 1150 | 2025-10-05 |
Laminin Beta 2 Is Localized at the Sites of Blood-Brain Barrier and Its Disruption Is Associated With Increased Vascular Permeability, Histochemical, and Transcriptomic Study
2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241281896
PMID:39340425
|
研究论文 | 本研究定位层粘连蛋白β2在血脑屏障的位置，并探讨其破坏与血管通透性增加的关系 | 首次明确层粘连蛋白β2在血脑屏障微血管的定位，并发现其在病理条件下的表达变化规律 | 研究主要基于组织化学和转录组分析，缺乏功能性验证实验 | 探究层粘连蛋白β2在血脑屏障中的作用及其与血管通透性的关系 | 正常脑组织和高级别胶质瘤的微血管系统 | 神经科学 | 脑胶质瘤 | 组织化学、单细胞RNA测序、磁共振成像 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1151 | 2025-10-05 |
Intestinal Tuft Cells Are Enriched With Protocadherins
2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241287267
PMID:39360911
|
研究论文 | 本研究揭示了原钙粘蛋白在肠道簇细胞中的富集现象及其在微绒毛结构中的潜在作用 | 首次发现CDHR2和CDHR5等原钙粘蛋白在人和小鼠肠道簇细胞中特异性富集，揭示了这些蛋白在簇细胞微绒毛组织中的新功能 | 未完全阐明原钙粘蛋白在簇细胞中的具体分子机制和功能意义 | 探究肠道簇细胞中微绒毛间粘附复合体(IMACs)的组成和分布特征 | 小鼠和人类肠道组织中的肠道簇细胞 | 细胞生物学 | NA | 免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 图像数据、基因表达数据 | 小鼠肠道组织、人类肠道组织单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1152 | 2025-10-05 |
Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations
2024-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588294
PMID:38645202
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析揭示儿童低级别胶质瘤肿瘤微环境的异质性特征 | 首次采用多组学方法系统分析pLGG肿瘤微环境，发现BRAF基因改变与特定肿瘤免疫表型的关联 | 需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制 | 深入了解儿童低级别胶质瘤生物学特性以开发更有效的治疗方法 | 儿童低级别胶质瘤（pLGG）样本，包括毛细胞星形细胞瘤（PA）和神经节胶质瘤（GG） | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 细胞因子分析 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1153 | 2025-10-05 |
Mouse blood cells types and aging prediction using penalized Latent Dirichlet Allocation
2024-Sep-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10763-8
PMID:39294566
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)的统计方法，用于分析小鼠血液单细胞RNA测序数据以预测细胞类型和衰老状态 | 提出了惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)这一新型统计方法，用于单细胞RNA测序数据的降维表示学习 | 仅使用小鼠血液数据进行验证，未在其他组织或物种中进行测试 | 开发计算方法来分析单细胞RNA测序数据，以理解衰老过程中的转录组变化 | 小鼠血液细胞 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA) | 基因表达计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1154 | 2025-10-05 |
scRNA-seq identifies unique macrophage population in murine model of ozone induced asthma exacerbation
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604740
PMID:39211080
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了臭氧诱导哮喘加重小鼠模型中独特的巨噬细胞群体 | 首次在臭氧诱导哮喘加重模型中鉴定出独特的肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群，并揭示了其特异性基因表达通路 | 研究仅限于小鼠模型，结果向人类转化需要进一步验证 | 探究臭氧暴露导致哮喘气道高反应性的免疫细胞机制 | 尘螨、豚草和臭氧暴露的小鼠肺部免疫细胞 | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 暴露于DRA、臭氧或DRA+臭氧的小鼠肺部免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1155 | 2025-10-05 |
Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data
2024-Mar, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-024-00804-y
PMID:41020135
|
研究论文 | 评估PENCIL监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的可重复性和可转移性 | 通过基因集变异分析增强PENCIL的细胞亚群识别能力，创建了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征 | 对输入扰动敏感，原始版本存在可重复性问题 | 评估和改进监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的性能 | 12个单细胞RNA测序数据集，代表四种不同表型 | 机器学习 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序，监督学习，基因集变异分析 | PENCIL框架 | 单细胞RNA测序数据 | 12个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1156 | 2025-10-05 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628390
PMID:39763763
|
研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本系统比较三种成像型单细胞空间转录组学平台的性能 | 首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组平台在单细胞分辨率下的表现差异 | 研究仅针对特定肿瘤类型（肺腺癌和胸膜间皮瘤），样本量有限 | 比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 免疫荧光, RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | 组织微阵列中的连续5微米切片样本 | CosMx, MERFISH, Xenium | 单细胞空间转录组学, 多重免疫荧光, 数字空间分析 | CosMx, MERFISH, Xenium, GeoMx Digital Spatial Profiler | 单细胞分辨率空间转录组学平台（包括单模态和多模态） |
| 1157 | 2025-10-05 |
A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes
2024-Dec-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1
PMID:39711554
|
研究论文 | 本研究揭示了淋巴结中淋巴内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原归档的机制 | 首次定义了淋巴内皮细胞抗原归档的独特转录程序，并证明该程序能预测不同疾病状态和物种中的抗原归档能力 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 探究淋巴内皮细胞如何实现持久抗原归档及其独特转录特征 | 淋巴结淋巴内皮细胞和树突状细胞 | 空间转录组学 | 病毒感染（基孔肯雅病毒） | 单细胞测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 多个时间点的免疫后淋巴结组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1158 | 2025-10-05 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.23.609477
PMID:39229093
|
研究论文 | 提出SPACE框架，通过调整细胞类型混杂效应改进空间可变基因聚类，以提升空间域检测精度 | 无需基因簇数量、空间模式或细胞类型信息的先验知识，通过调整细胞类型混杂效应实现空间可变基因的准确聚类 | 未明确说明方法在特定组织类型或数据质量下的性能限制 | 改进空间转录组学中空间可变基因的聚类方法以提升空间域检测准确性 | 空间可变基因(SVGs) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | SPACE框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1159 | 2025-10-05 |
FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.09.602778
PMID:39026885
|
研究论文 | 开发了一个基于网络的工具FUSION，用于深度探索多组学数据与明场组织学的关联分析 | 将分子数据与组织病理学特征整合到单一工作空间，提供端到端的功能性组织单元分析 | NA | 开发一个能够连接分子特征与组织病理学特征的分析平台 | 健康与疾病组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习算法 | 全切片图像, 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 福尔马林固定石蜡包埋和冷冻制备的数据集 |
| 1160 | 2025-10-05 |
Endothelial POFUT1 controls injury-induced liver fibrosis by repressing fibrinogen synthesis
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.032
PMID:38460791
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞POFUT1通过抑制纤维蛋白原合成控制损伤诱导的肝纤维化的机制 | 首次发现POFUT1通过NOTCH/HES1/STAT3信号通路抑制纤维蛋白原表达，并鉴定纤维蛋白原作为新的促纤维化旁分泌信号激活肝星状细胞 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性仍需进一步验证 | 探究肝窦内皮细胞表达的POFUT1在肝纤维化中的作用机制 | 内皮特异性Pofut1敲除小鼠、肝窦内皮细胞、肝星状细胞、肝硬化患者样本 | 分子生物学 | 肝纤维化/肝硬化 | RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、ELISA、组织学分析、电子显微镜、免疫染色、RNA原位杂交 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像 | 内皮特异性Pofut1敲除小鼠模型、肝硬化患者和健康个体的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |