单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7519 篇文献，本页显示第 1121 - 1140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1121 | 2025-03-19 |
SCIPAC: quantitative estimation of cell-phenotype associations
2024-05-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03263-1
PMID:38741183
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研究论文 | 本文介绍了SCIPAC算法，该算法首次定量估计单细胞数据中每个细胞与表型（如癌症）之间的关联 | SCIPAC是首个能够定量估计单细胞数据中每个细胞与表型之间关联的算法，并提供每个关联的p值 | NA | 开发一种算法来定量估计单细胞数据中细胞与表型之间的关联 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 四个真实数据集（包括癌症和非癌症数据） |
| 1122 | 2025-03-19 |
IQGAP2 regulates blood-brain barrier immune dynamics
2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.07.527394
PMID:38645082
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研究论文 | 本文探讨了IQGAP2蛋白在调节血脑屏障免疫动态中的作用 | 揭示了IQGAP2在维持血脑屏障免疫特权中的关键作用，并发现其在阿尔茨海默病中的表达减少 | 研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，人类组织分析样本有限 | 研究IQGAP2如何影响免疫细胞通过血脑屏障的渗透 | 脑内皮细胞（BECs）、小鼠、斑马鱼和人类组织 | 生物医学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、免疫组织学 | NA | RNA测序数据、组织图像 | 小鼠、斑马鱼模型及人类组织样本 |
| 1123 | 2025-03-18 |
Altered ontogeny and transcriptomic signatures of tissue-resident pulmonary interstitial macrophages ameliorate allergic airway hyperresponsiveness
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1371764
PMID:38983858
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研究论文 | 本研究探讨了环境暴露和实验操作如何改变组织驻留巨噬细胞的个体发育组成，并评估这些改变对过敏性气道反应的影响 | 揭示了反复LPS诱导的肺损伤后，肺泡和间质巨噬细胞的个体发育变化及其对HDM诱导的过敏性气道反应的影响 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 阐明环境暴露导致的巨噬细胞个体发育变化对过敏性气道反应的影响 | 小鼠模型中的组织驻留肺巨噬细胞 | 免疫学 | 过敏性气道疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据、图像数据 | NA |
| 1124 | 2024-08-07 |
Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis
2024-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/1673-5374.384067
PMID:37905887
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1125 | 2025-03-17 |
Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation
2024-Feb-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45489-4
PMID:38336745
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研究论文 | 本文研究了雄激素剥夺疗法（ADT）如何通过异常的核输出和核糖体生物合成诱导双阴性前列腺癌（DNPC），并揭示了HGF/MET和Wnt/β-catenin信号通路的共激活在这一过程中的作用 | 揭示了当前ADT通过异常的HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号，从而诱导DNPC的机制，并提出了XPO1和核糖体蛋白作为潜在的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和临床样本，尚未在更大规模的人体试验中验证 | 探讨雄激素剥夺疗法（ADT）诱导双阴性前列腺癌（DNPC）的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 前列腺癌患者和小鼠模型 | 癌症研究 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA测序数据 | 人类DNPC样本和小鼠模型 |
| 1126 | 2025-03-16 |
Gpnmb and Spp1 mark a conserved macrophage injury response masking fibrosis-specific programming in the lung
2024-Dec-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182700
PMID:39509324
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠肺部损伤后巨噬细胞的不同亚群及其在纤维化和非纤维化修复中的作用 | 揭示了Gpnmb和Spp1标记的巨噬细胞亚群在组织损伤中的保守反应，并发现这些细胞不足以驱动纤维化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究 | 探讨肺部损伤后巨噬细胞亚群在纤维化和非纤维化修复中的作用 | 小鼠肺部巨噬细胞 | 数字病理 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠肺部巨噬细胞样本 |
| 1127 | 2025-03-16 |
Predicting lung aging using scRNA-Seq data
2024-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012632
PMID:39700255
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研究论文 | 本文开发了一种名为PolyEN的新回归模型，用于基于单细胞RNA测序数据预测年龄 | 提出了PolyEN模型，该模型能够学习随时间变化的基因表达连续表示，并整合基因信息进行年龄预测 | NA | 基于单细胞RNA测序数据进行年龄预测，以了解患者对多种疾病和状况的易感性 | 肺上皮细胞和肺内皮细胞 | 生物信息学 | 肺病 | scRNA-Seq | PolyEN | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 1128 | 2025-03-16 |
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae626
PMID:39592241
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CosGeneGate的新模型，用于在单细胞测序分析中选择更具代表性的标记基因 | CosGeneGate结合了基于细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优点，选择非冗余且具有细胞类型特异性表达模式的标记基因 | 未明确提及具体局限性 | 提高单细胞测序分析中标记基因选择的效率和准确性 | 单细胞测序数据中的标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | CosGeneGate | 单细胞测序数据 | 公共数据集和新测序数据集 |
| 1129 | 2025-03-16 |
Metastasis of colon cancer requires Dickkopf-2 to generate cancer cells with Paneth cell properties
2024-Nov-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97279
PMID:39535280
|
研究论文 | 本文研究了结肠癌转移过程中Dickkopf-2（DKK2）在生成具有Paneth细胞特性的癌细胞中的作用 | 揭示了DKK2在结肠癌转移过程中通过调控HNF4A蛋白水平促进具有Paneth细胞特性的癌细胞生成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本，尚未在更大规模的人群中进行验证 | 探讨结肠癌转移过程中癌细胞获得Paneth细胞特性的分子机制 | 结肠癌细胞、小鼠模型、患者样本 | 癌症研究 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、染色质免疫共沉淀测序 | NA | RNA测序数据、染色质可及性数据 | 小鼠模型和患者样本 |
| 1130 | 2025-03-16 |
Single-cell, spatial, and fate-mapping analyses uncover niche dependent diversity of cochlear myeloid cells
2024-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.30.621184
PMID:39554030
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学、命运图谱和联体共生实验，揭示了小鼠耳蜗中五种髓系细胞的存在，包括三种组织驻留巨噬细胞亚群，并探讨了它们在耳蜗不同区域的特定功能 | 首次揭示了耳蜗中巨噬细胞的基因表达、空间分布、起源和功能的独特异质性，特别是在感觉器官中的巨噬细胞研究方面填补了空白 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探讨耳蜗中髓系细胞的多样性和功能，特别是巨噬细胞在耳蜗微环境中的作用 | 小鼠耳蜗中的髓系细胞，特别是组织驻留巨噬细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学、命运图谱、联体共生实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠耳蜗组织 |
| 1131 | 2025-03-16 |
Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders
2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021
PMID:39098508
|
研究论文 | 本文通过空间转录组学技术研究了非感染性（炎症性）皮肤肉芽肿疾病的免疫激活模式 | 首次在空间分辨率上揭示了皮肤肉芽肿疾病中免疫激活的空间组织和差异 | 未明确提及研究的样本量限制或技术局限性 | 理解皮肤肉芽肿疾病中的空间基因表达特征 | 皮肤肉芽肿疾病（包括皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质坏死性肉芽肿和坏死性黄色肉芽肿） | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及样本量 |
| 1132 | 2025-03-16 |
SDePER: a hybrid machine learning and regression method for cell-type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2024-Oct-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03416-2
PMID:39402626
|
研究论文 | 本文提出了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积 | SDePER方法解决了ST数据和scRNA-seq数据之间的平台效应，确保它们之间的线性关系，同时处理捕获点间细胞类型的稀疏性和空间相关性 | 未明确提及具体局限性 | 提高基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积精度和鲁棒性 | 基于空间条形码的转录组数据和参考单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 混合机器学习和回归方法 | 转录组数据 | 模拟数据和四个真实数据集 |
| 1133 | 2025-03-01 |
Single-cell RNA sequencing data identify a conserved population of metallothionein-expressing macrophages that may be ubiquitous in vital human organs
2024-Oct, Clinical and translational discovery
DOI:10.1002/ctd2.348
PMID:40018369
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1134 | 2025-03-16 |
Teplizumab induces persistent changes in the antigen-specific repertoire in individuals at risk for type 1 diabetes
2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177492
PMID:39137044
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研究论文 | 本文研究了Teplizumab对1型糖尿病高危人群抗原特异性库的长期影响 | 首次揭示了Teplizumab在1型糖尿病高危人群中诱导操作耐受性的长期效果，包括T细胞的激活、耗竭和调节过程 | 研究样本量有限，且未涉及Teplizumab对其他免疫细胞类型的影响 | 探讨Teplizumab对1型糖尿病高危人群的长期免疫调节效果 | 1型糖尿病高危人群的外周血CD8+ T细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 研究参与者，具体数量未明确 |
| 1135 | 2025-03-16 |
CTHRC1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages synergistically contribute to pro-tumorigenic tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-07-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68109-z
PMID:39075108
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，特别是SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞的协同作用 | 通过单细胞和空间转录组学技术，首次揭示了SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞在PDAC肿瘤微环境中的协同作用及其对预后的影响 | 研究主要基于转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析 | 探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，以寻找潜在的治疗靶点 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1136 | 2025-03-16 |
Intestinal strictures in Crohn's disease: An update from 2023
2024-07, United European gastroenterology journal
IF:5.8Q1
DOI:10.1002/ueg2.12568
PMID:38546434
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综述 | 本文提供了2023年关于克罗恩病肠道狭窄的最新进展的全面回顾 | 介绍了单细胞测序等新技术，以及血清生物标志物和新型横断面成像技术等非侵入性诊断工具 | 未知的发病机制、缺乏普遍接受的标准以及缺乏有效的管理方法仍然是未解决的挑战 | 旨在提供关于纤维化的前沿信息，并为研究人员和临床医生在肠道狭窄领域取得更大进展奠定基础 | 克罗恩病患者的肠道狭窄 | NA | 克罗恩病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 1137 | 2025-03-16 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590194
PMID:38712147
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研究论文 | 本文介绍了NS-Forest 4.0及其配套Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因 | NS-Forest 4.0通过模块化最终决策树步骤，能够比较用户定义标记基因与NS-Forest计算得出的标记基因的性能，并引入了On-Target Fraction指标来量化标记基因的特异性 | NA | 研究目的是从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因 | 研究对象是单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | RNA测序数据 | 数百万个细胞 |
| 1138 | 2025-03-15 |
Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model
2024-Dec, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00562-5
PMID:39567770
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究了Tgfbr1 LDS小鼠主动脉中血管平滑肌细胞的异质性，以确定主动脉根部易感性增加的分子决定因素 | 首次发现Gata4表达的血管平滑肌细胞在主动脉根部表现出较少分化和促炎性特征，并通过实验证明Gata4缺失可以减少LDS小鼠的主动脉根部扩张 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限 | 探讨Loeys-Dietz综合征（LDS）中主动脉根部易感性增加的分子机制 | Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞 | 生物医学 | Loeys-Dietz综合征 | 单细胞转录组学 | 小鼠模型 | RNA测序数据 | Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞 |
| 1139 | 2025-03-15 |
Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis
2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC
PMID:38924775
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了纤维化过敏性肺炎（FHP）中的新型免疫扰动 | 首次在单细胞分辨率下揭示了FHP中的免疫异常，包括未描述过的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加 | 样本来源仅限于美国和墨西哥的患者，可能限制了结果的普遍性 | 阐明FHP中的免疫异常机制 | 纤维化过敏性肺炎（FHP）患者、特发性肺纤维化（IPF）患者、非纤维化过敏性肺炎患者及健康对照 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞5' RNA测序 | Seurat, DoRothEA-VIPER, Monocle3, Velocyto-scVelo-CellRank | RNA测序数据 | 45名FHP患者、63名IPF患者、4名非纤维化过敏性肺炎患者及36名健康对照，共501,534个外周血单核细胞和88,336个BAL细胞 |
| 1140 | 2025-03-15 |
Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice
2024-Sep, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041
PMID:38554847
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研究论文 | 本研究探讨了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的重要作用 | 揭示了肠道菌群失调与CFLD发病的直接关联，并提出了通过恢复肠道CFTR功能或调节菌群来预防或减轻肝病的潜在治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床验证 | 研究囊性纤维化相关肝病（CFLD）的发病机制，特别是肠道-肝脏轴的作用 | 野生型（WT）、全身性Cftr敲除（CFTR-KO）和肠道校正（CFTR-KO-GC）小鼠 | NA | 囊性纤维化相关肝病 | 单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、FITC-葡聚糖测定 | NA | RNA测序数据、蛋白质组数据、微生物组数据 | 野生型、CFTR-KO和CFTR-KO-GC小鼠 |